이 유

1. 처분내용

가. 청구법인은 0000년 0월 부산 영도 A 일원(65,289.7㎡)의 주택재개발을 목적으로 설립된 주택재개발정비사업조합으로, ㈜B를 시공사로 선정하여 “C” 아파트를 2020.7월 착공하였으며 총 10개동 0,000세대(조합원 000세대, 일반분양 000세대, 임대 00세대) 아파트를 준공하여 2023.0월 부분준공인가를 받았다.

나. 청구법인은 2023 사업연도 법인세 신고시 청구법인이 납부한 조합원이주비대출금에 대한 이자 4,325,030,844원(이하 “쟁점이주비대출이자”라 한다)을 공통손금으로 보아 이 중 수익사업부분에 해당하는 3,831,977,327원을 손금에 산입하였다.

다. D지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.7.9.~2025.9.2. 기간동안 2022~2023사업연도를 조사대상연도로 하여 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시하였고 조사 결과 조사청은 쟁점이주비대출이자는 조합원 분양과 관련된 비용으로서 비수익사업에 대한 개별손금에 해당하는 것으로 보아 청구인이 손금에 반영한 3,831,977,327원을 손금불산입하여 법인세 경정에 반영하겠다는 내용이 포함된 세무조사결과통지를 청구인에게 하였다.

라. 처분청은 조사청의 조사결과에 따라 2025.9.12. 청구법인에게 법인세 884,815,820원을 경정고지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.12. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구취지

 ‘처분청이 2025.9.12. 청구법인에게 한 2023년 귀속 법인세 금 884,815,820원의 부과처분(납세고지서 겸 영수증 참조)은 수익사업부분의 경비에 해당하는 조합원 이주비 대출이자 금 3,831,977,327원을 비수익사업부분의 경비에 해당하는 것으로 오인하여 행한 위법·부당한 것이므로 이를 전부 취소한다.’라는 결정을 구한다.

나. 청구원인

 1) 사실관계 및 부과처분의 개요

  가) 청구법인은 부산시 영도구 A 일원 E 재개발정비구역에서 재개발사업을 시행한 재개발정비사업조합으로서 2023년 귀속 법인세 신고시 청구법인이 납부한 쟁점이주비대출이자를 공통손금으로 보고 이 중 수익사업부분의 경비에 해당하는 금 3,831,977,327원을 손금산입하였다.

  나) 그런데 조사청은 2025.7.9.~2025.9.2.까지 청구법인에 대한 정기세무조사를 실시한 후 쟁점이주비대출이자 중 수익사업분은 수익사업부분의 경비가 아니라 비수익사업부분의 경비라며 손금불산입 하겠다는 세무조사결과통지를 하였고 이어 2025.9.12. 자로 처분청은 쟁점부과처분을 하였다.

 2) 청구법인의 주장

  가) 청구법인의 비수익사업은 조합원에 대한 분양사업이며, 수익사업은 조합원 외의 자에 대한 분양사업 즉 일반분양사업이다. 한편 이러한 조합원에 대한 분양사업과 일반분양사업을 하기 위해서는 당해 재개발정비사업 지구내에 거주하는 자의 이주가 필수적이며 이러한 이주가 빨리 진행되어야만 조합원의 조기입주라는 비수익사업의 목적이 달성됨은 물론 사업기간의 단축을 통한 금융비용 및 공사비 등 각종 비용들이 감소하여 수익사업의 수익성을 높인다는 수익사업의 목적도 달성되는 것이다. 즉 빠른 이주는 비수익사업의 목적달성은 물론 수익사업의 목적달성과도 직결된 중요한 요소이다.

  나) 때문에 청구법인도 빠른 이주를 통한 조합원의 조기입주와 수익성 제고를 위해 관리처분계획 제6조제1호에 쟁점이주비대출이자를 사업비로 규정하고 지출하였던 것이다. 이와 같이 쟁점이주비대출이자는 조합원의 조기입주라는 비수익사업부분의 목적은 물론 사업기간의 단축을 통한 수익사업부분의 수익극대화라는 수익사업의 목적도 함께 가지고 지출된 것이기 때문에 공통손금으로 보아야 한다고 생각된다.

  다) 한편 이주비 보상액은 공통손금으로 널리 인정되어 오고 있다. 그런데 이주비 보상액이나 쟁점이주비대출이자는 모두 빠른 이주를 통한 빠른 사업진행, 그로인한 조합원의 조기입주 및 수익사업의 수익성 제고를 위해 지출된 비용이므로 그 본질면에서 아무런 차이가 없는 바 달리 취급할 아무런 이유가 없으며 쟁점이주비대출이자도 이주비보상액과 마찬가지로 공통손금으로 인정되어야 한다고 생각된다.

  라) 그런데도 처분청은 쟁점이주비대출이자가 공통손금이 아니라 비수익사업의 개별 손금이라고 오인하여 청구법인이 손금산입한 쟁점 이주비 대출이자 중 수익사업분을 손금불산입하여 쟁점 부과처분을 하였는 바 이는 마땅히 취소되어야 한다고 생각된다.

3. 처분청 의견

가. 사실관계 및 처분내용

 1) 청구법인은 0000.0월 부산시 영도구 A 일원 65,289.7㎡의 주택재개발을 목적으로 설립되었으며, ㈜B를 시공사로 선정하여 “C” 브랜드 아파트를 분양한 주택재개발정비사업조합이다.

 2) 청구법인은 수익사업(일반분양)과 비수익사업(조합원분양)의 겸영사업자로 각 사업별로 구분 경리하여 법인세를 신고하였으며, 청구법인은 건축 연면적 기준으로 수익사업비율 88.6%, 비수익사업비율 11.4% 산정하여 공통원가를 아래와 같이 안분계산하였다.

<표 생략>

 3) 조세특례제한법시행령 제104조4【정비사업조합의 수익사업의 범위】에 따르면, 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획 따라 조합원에게 종전 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법상 비수익사업에 해당한다.

 4) 청구법인은 아파트 공사기간 중 조합원들의 원활한 이주를 위해 조합원들의 이주비 대출에 따른 쟁점이주비대출이자 4,325,030,844원을 지원한 것으로 확인되며, 최근 1심 판례^*에 근거하여 수익사업부분(88.6%)에 해당하는 3,831,977,327원을 공통손금으로 판단하여 손금산입하였다.

 5) 조사청은 2025.7.9.∼2025.9.2. 기간동안 청구법인의 2022∼2023사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 조사청은 청구법인이 조합원을 대신하여 부담한 쟁점이주비대출이자를 비수익사업(조합원분양) 관련 개별손금으로 보아 전액 손금불산입하였다.

 6) 쟁점이주비대출이자 등 적출 내역을 포함하여 처분청에게 법인세를 부과하도록 결정 결의서(안)을 통보하였고, 처분청은 조사청의 결정결의서(안)에 따라 청구법인에게 법인세 884,815,820원을 경정·고지하였다.

나. 처분청(조사청) 의견

 1) 쟁점이주비대출이자는 조합원들의 대체 주거에 필요한 차입금의 이자를 청구법인이 대납한 것으로 수익사업(일반분양)·비수익사업(조합원분양)의 공통손금에 해당하지 않는다.

  가) 청구법인이 조합원들을 대신하여 지출한 쟁점이주비대출이자는 비수익사업(조합원분양)의 직접 경비로서 수익사업(일반분양)과는 직접 관련이 없으므로 공통손금에 해당하지 않는다.

  나) 쟁점이주비대출이자는 일반분양자에게는 지출되지 않았으며, 청구법인의 조합원들을 위해서만 직접 지출되는 것으로 지출의 경제적 효익이 조합원에게만 귀결되고 있다.

  다) 쟁점이주비대출이자는 조합원들의 대체 주거에 필요한 자금을 청구법인이 금융회사로부터 대출받은 후에 해당 대출금에서 발생한 이자를 대납한 것으로,

   청구법인이 조합원들의 거주를 위해 사용한 쟁점이주비대출이자를 사업비로 충당하였다 하더라도 청구법인의 수익사업(일반분양)을 진행하는데 반드시 필요한 지출이라고 할 수 없다.

 2) 청구법인은 2023사업연도 법인세 신고 전에 쟁점이주비대출이자가 손금 산입 대상이 아니라는 사실을 인지하였음에도 손금 산입하여 법인세 신고를 한 사실이 있다.

  가) 청구법인은 2023사업연도 법인세 신고 전 2024.3.3. 총회에서 제6호 안건으로 아래와 같이 “이자비 이자의 이자후불제 전환 승인의 건”을 통과시켜 손금에 해당하지 않는다는 사실을 인지한 사실이 있다.

<그림 생략>

  나) 청구법인은 이러한 총회의 결의 내용이 인수인계가 제대로 되지 않은 채 쟁점이주비대출이자를 손금 산입하여 2023사업연도 법인세 신고가 이루어졌으며, 이후 세무조사 착수 전까지 수정신고 등으로 해당 오류 내용을 시정한 사실이 없다.

 3) 기존의 다수 유권해석(국세청 기준—2019-법령해석법인-0485, 등)과 조세심판례에서도 쟁점이주비대출이자는 조합원들이 직접 부담해야야 할 성질의 비용으로 본 사실이 확인된다.

  가) 청구법인의 내부 총회 의결 내용, 관련 예규 등을 확인한 바 쟁점이주비대출이자는 조합원수익사업(일반분양)과 무관하게 조합원들에게 경제적 효익이 귀결되는 것으로 보이고,

  나) 쟁점이주비대출이자를 공통손금으로 보는 것은 세법상 수익비용대응의 원칙에 부합한다고 보기 어려우므로 청구법인의 이 건 이의신청은 이유없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점이주비대출이자는 공통손금에 해당하므로 쟁점이주비대출이자 중 수익사업부분에 해당하는 금액을 손금불산입하여 법인세를 부과한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 조세특례제한법 제104조의7【정비사업조합에 대한 과세특례】

  ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조합(이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

   1.「도시 및 주거환경정비법」제35조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함한다)

   2.「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제23조에 따라 설립된 조합

 1-1) 조세특례제한법 시행령 제104조의4【정비사업조합의 수익사업의 범위】

  법 제104조의7제2항을 적용할 때 정비사업조합이 「도시 및 주거환경정비법」 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제4조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

 2) 법인세법 제4조【과세소득의 범위】

  ③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

   1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것

   2. 「소득세법」 제16조제1항에 따른 이자소득

   3. 「소득세법」 제17조제1항에 따른 배당소득

   4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입

   5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

   6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입

   7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것

 3) 법인세법 제19조【손금의 범위】

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

 4) 법인세법 제29조【비영리내국법인의 고유목적사업준비금의 손금산입】

 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 단체만 해당한다. 이하 이 조에서 같다)이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 제24조제3항제1호에 따른 일반기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액(제2호에 따른 수익사업에서 결손금이 발생한 경우에는 제1호 각 목의 금액의 합계액에서 그 결손금 상당액을 차감한 금액을 말한다)의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다.

 5) 법인세법 제113조【구분경리】

  ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다.

 5-1) 법인세법 시행규칙 제76조【비영리법인의 구분경리】

  ⑥ 비영리법인이 법 제113조제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적등의 기준에 의하여 안분계산한다.

   1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

   2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산

   3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산

  ⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다.

다. 사실관계

 국세통합전산망, 청구법인 및 조사청이 제시한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

 1) 청구법인의 재개발사업 추진 흐름은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 2) 청구법인의 주택 분양 세대수 및 면적의 수익사업(조합원 분양 외 분양)·비수익사업(조합원분양)별 구분내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 3) 청구법인은 위 <표0>의 수익사업부분의 면적비율을 수익사업비율로 산정하여 2023사업연도 법인세 신고시 쟁점이주비대출이자 4,325,030,844원에 수익사업비율을 곱한 3,831,977,327원을 손금으로 반영한 것으로 나타난다.

 4) 조사청은 청구법인에 대한 법인통합조사 결과 쟁점이주비대출이자를 수익사업과 비수익사업의 공통비용이 아닌 비수익사업의 개별경비로 보아 청구법인이 2023사업연도 법인세 신고시 손금에 반영하였던 3,831,977,327원(쟁점이주비대출이자 중 수익사업비율 해당부분)을 손금불산입한 것으로 나타난다.

 5) 조사청이 청구법인 조사 당시 작성받은 청구법인 조합장 확인서 내용은 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 6) 조사청이 제시한 청구법인의 ‘이주비 이자의 이자후불제 전환 승인의 건’ 관련 조합정기총회(0000.0월) 자료는 아래와 같이 나타난다.

 7) 쟁점이주비대출이자가 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당하는지 여부 쟁점 외에는 청구법인과 처분청(조사청) 간에 달리 다툼이 없는 것으로 나타난다.

라. 판단

1) 조세특례제한법 제104조의7 제2항에서는 “정비사업조합에 대해서는 법인세법 제2조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아 법인세법(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다”라고 규정하고 있고 같은 법 시행령 제104조의4에서는 “정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 법인세법 제4조제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다”라고 규정하고 있다.

  한편 법인세법 제19조제1항에서는 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 ”손비“라 한다]의 금액으로 한다”라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 “손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다”라고 규정하고 있다.

 2) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 청구법인은 쟁점이주비대출이자 지출은 빠른 이주를 통해 사업기간을 단축하고자 하는 목적의 지출로서 비수익사업인 조합원 분양뿐 아니라 수익사업인 일반 분양부분의 수익 극대화 목적도 함께 가지고 있으므로 공통손금에 해당한다고 주장하고 있으나,

 3) 주택재개발정비사업을 함에 있어서 사업시행구역 안에 거주하고 있는 조합원들이 다른 지역으로 이주하는 것과 그에 따른 기본이주비 이자 지출은 일반분양의 시행여부나 그 시행 규모에 상관없이 당연히 발생하는 것이고, 쟁점이주비대출이자 역시 조합원이 아닌 일반인에 대한 분양사업을 하지 않았더라도 조합원 분양사업을 위해 당연히 지출되었어야 할 비용인바, 그렇다면 이를 수익사업인 일반분양 사업에 있어서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라 보기 어려운 점,

  주택재개발사업에서 기본이주비 대출이자를 조합이 대신 부담하지 않고 처음부터 개별 조합원이 직접 부담하는 경우도 존재하는 것으로 보이는 바 이러한 측면에서도 쟁점이주비대출이자를 수익사업에 있어서 일반적으로 인정되는 통상적인 비용으로 보기 어려운 점,

  개별 조합원이 애초부터 기본이주비 이자를 직접 부담하는 경우와 조합이 이를 대신 부담하고 조합원 분담금으로 회수하는 경우 양자 사이에 본질적인 차이가 있다고 보기 어려움에도 후자의 경우에만 조합이 부담한 이주비 이자상당액을 법인세 산정에서 수익사업의 손금으로 인정해주어야 할 특별한 이유가 있다고 보기 어려운 점,

  청구법인이 쟁점이주비대출이자를 부담함으로 인하여 전체 재개발사업의 일부인 수익사업 부분에도 신속하고 원활한 사업 진행과 같은 효과가 발생하였다고 하더라도 이는 고유목적사업을 위한 비용 지출로 인한 반사적이고 부수적인 이익에 불과하다고 여겨지므로 이를 두고서 수익사업인 일반분양을 위하여 지출된 비용이라고 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 청구주장을 받아들이기 어려우며 쟁점이주비대출이자는 공통손금이 아닌 청구법인의 비수익사업인 조합원 분양사업을 위한 비용인 것으로 판단된다.

 4) 따라서 쟁점이주비대출이자를 공통손금에 해당하지 않는 것으로 보아 이를 손금불산입하여 청구법인에게 2023사업연도 법인세를 부과한 처분청의 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.