이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 주식회사 P(대표이사 김○○, 이하 “청구법인”이라 한다)는 2021. 6. 29. 설립되어 ○○도 ○○시 ○○구 ○○로138번길 15, 2층에서 화장품 도소매업을 영위하는 법인사업자로, 2023년 제1기 및 제2기 과세기간 동안 ㈜H(現 E, 이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 37,064,862,233원(공급가액)의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 수취하고, ㈜D 외 5개 업체들(이하 “쟁점매출처들”이라 하고 쟁점매입처와 쟁점매출처들을 합하여 “쟁점거래처들”이라 한다)에게 37,447,051,910원(공급가액)의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 발행하고 이에 따라 각 과세기간의 부가가치세를 신고·납부 하였다.

나. KK세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024. 2. 29.부터 2025. 4. 30.까지 청구법인에 대한 부가가치세 세목별조사를 실시한 결과, 청구법인과 쟁점매입처 및 쟁점매출처들과의 거래(이하 “쟁점거래”라 한다)를 가공거래로 보아 전부 부인하고, 청구법인에게 「부가가치세법」제60조 제3항에 따른 가산세(공급가액의 3%)를 부과하도록 청구법인의 관할세무서장에게 부가가치세 결정결의서(안)을 통보하였다.

다. GG세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 조사청의 통보내용에 따라 2025. 5. 28. 2023년 제1기 과세기간 부가가치세 1,280,463,670원, 2023년 제2기 과세기간 부가가치세 1,015,896,374원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2025. 6. 24. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 기초적 사실관계

    청구법인은 2021. 6. 29. 설립되어 화장품 도소매업을 영위하는 법인으로, 아○스, 정○장, 닥○지, 더○○○샵, 아○와, 설○수 자음2종 등 다양한 브랜드의 제품을 취급하고 있고, 쟁점매입처로부터 상품을 매입하여 쟁점매출처들에게 판매하는 정상적인 사업 활동을 영위하고 있다.

    보다 구체적으로 쟁점매출처들로부터 발주를 받으면 청구법인이 다시 쟁점매입처에게 물품을 발주하는 방식으로 거래가 이루어졌다.

    청구법인은 통상 발주 시 대금의 30%를 선지급하고 물품 배송이 완료되면 잔금을 지급하는 형태로 대금 결제를 하였는데 이러한 거래에서 청구법인은 약 0.2% 내지 0.3%의 마진율을 취하였다.

    조사청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점거래를 실물 이동이 없는 가공거래로 판단하였고 이 건 부가가치세 고지를 하였다.

나. 청구법인은 거래상대방으로부터 대금을 수수하였고, 실제 재화도 이동 되었으므로 가공거래로 볼 근거가 전혀 없다.

 1) 관련법리

  「부가가치세법」제39조 제1항 제2호는 ‘발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있으므로, 실물거래 없이 수수된 가공의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다.

    또한 「부가가치세법」제60조 제3항 제1호 및 제2호는 ‘재화를 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화를 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받은 경우에는 공급가액의 일정 비율을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다’고 규정하고 있으므로, 세금계산서 가공 발급 및 가공 수취 가산세 부과대상에도 해당한다.

    어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원2008두13446, 2009. 6. 23. 참조).

    납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하고(대법원2017두57516, 2017. 12. 22., 대법원2018두57452, 2019. 1. 31. 참조), 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 유효하다고 보아야 한다(대법원2010두3961, 2011. 4. 28., 대법원2015두49320, 2017. 4. 7. 참조).

    이와 같은 법리는 당해 거래가 가공거래인지 등이 문제되는 형사사건의 경우에도 마찬가지로 적용된다.

    나아가 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서, 부가가치세법령상 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원2010도11382, 2012. 11. 15. 참조).

 2) 청구법인은 대금 지급, 재화의 인수 및 인도 등 계약상 주된 의무를 모두 이행하였기에 쟁점거래는 애당초 가공거래로 볼 수가 없다.

  가) ‘가공거래’에 해당하는지 여부를 판단하는 기준은 ‘계약상 의무가 문제없이 이행되었는지 여부’이다.

     ‘가공거래’라는 용어는 법률상 개념은 아니지만 이 개념은 주로 사실과 다른 세금계산서의 발급과 관련하여, ‘실물거래는 존재하되 세금계산서의 필요적 기재사항(공급자 등)을 사실과 다르게 기재하는 것’이라는 의미의 ‘위장거래’와 구분되는 개념으로, ‘실물거래 없이 세금계산서만 주고받음으로써 허위로 매입세액을 공제받는 것’이라는 의미로 사용되고 있다(대법원93누14400, 1993. 10. 8. 참고).

     이러한 개념 정의에 따르면, 어떤 거래가 가공거래에 해당하는지 여부는 ‘실물거래가 존재하는지 여부’에 따라 판단되게 되므로 실물거래의 존재를 판단하는 기준이 무엇인지가 문제가 된다.

     이와 관련하여 조세심판원은 운수업을 영위하는 법인이 폐업한 법인으로부터 버스 45대를 할부로 매입하는 거래를 한 사안에서, ‘계약상 계약금 등 대금의 정산내역이 불분명하고, 폐업 법인이 과점주주의 지위에서 벗어나기 위해 매매계약의 형식을 취하였을 뿐이므로 문제의 거래를 가공거래로 보아야 한다’는 과세관청의 주장에 대하여, 위 사건의 청구법인이 폐업 법인에 대하여 보유하고 있던 대금의 권리를 상계하는 방식으로 계약금을 지급한 것으로 보이는 점, 계약 할부금의 지급이 진행 중임이 확인되는 점, 자동차등록원부상 명의이전이 확인되는 점, 자동차등록원부 및 채무인수약정서에 의하여 할부금채무가 승계된 사실이 확인되는 점 등을 근거로 위 거래를 실물거래 없이 이루어진 가공거래로 볼 수 없다고 판단한 바 있다(조심2018부2001, 2019. 3. 25).

     즉 위 사건에서 조세심판원은 ‘형식적으로는 계약금 지급 등 일부 미비한 요소가 있지만, 그 실질에 비추어 대금의 지급, 자동차 명의이전, 채무의 승계를 당해 계약에 따른 주된 의무가 문제없이 이행된 경우에는 실물거래가 존재하지 않은 것으로 볼 수 없다’고 판단한 것이다.

     법원 역시 ‘계약상 주된 의무의 이행 여부’를 기준으로 실물거래 존재 여부를 판단하고 있으며, 반도체 매입·매출 과정에서 세금계산서가 수수된 사안에서, ‘원고를 비롯한 이 사건 각 거래주체들은 이 사건 거래구조에 따른 거래를 할 경제적 동기가 충분히 있었고, 이에 따라 원고를 비롯한 각 거래주체들은 형식적인 거래당사자가 아닌 실질적인 거래당사자로서 각 거래행위를 하였던 것으로 보이는 점, 원고가 이 사건 거래구조 내에서 위험을 부담하고 그에 상응하는 이익을 얻는 실질적인 거래당사자의 지위에 있었다고 할 만한 점 등을 종합하면 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다’라고 판단하여, 거래당사자가 실제로 계약에 따른 거래행위를 하고, 위험을 부담한 경우, 즉 ‘거래당사자가 실제로 계약상 권리·의무를 부담하고, 이를 이행하였는지 여부를 기준으로 실물거래 존재 여부’를 판단한 바 있다(서울고등법원2017누90430, 2018. 9. 5. 참조).

     또한 법원은 A사가 B사, C사 사이에서, D사 등이 발주하는 각 사업에 참여하여 낙찰업체, 중간거래업체, 최종거래업체를 번갈아 가며 수행하기로 담합하였던 사안에서는, ‘업체들은 각 사업별로 자신들이 맡은 역할에 따라 각각 독립된 계약당사자로서 자신들의 이해관계에 따라 서로 상대 업체들과 독자적으로 납품계약을 체결한 점, 각 계약에서 공급품목, 공급가격, 단가 등에 관한 구속력 있는 합의가 있었고, 이에 따라 계약당사자인 각 업체들은 각각의 계약상대방에게 물품을 생산하거나 납품하여야 할 의무나 하자담보책임 등 의무를 부담한 것으로 보이는 점 등을 종합하며, 피고인 회사가 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 사실이 없음에도 허위세금계산서를 발급하거나 발급받았다고 보기 어렵다’고 판단하기도 하였다(수원지방법원 안양지원 2018고합177, 2019. 6. 21.).

   즉, 이 판결 역시 ‘당사자가 계약을 체결하고, 당해 계약에 따른 의무를 이행하였다는 점’을 이유로 실물거래의 존재를 인정하였던 것이다.

   위와 같은 조세심판원, 법원의 입장을 종합하면, 결국 가공거래를 판단하는 기준은 ‘계약상 주된 의무가 문제없이 이행되었는지 여부’이다.

     다시 말해, 거래의 외형만을 고려할 때 일부 미비한 요소가 있다고 하더라도, 대금의 지급, 용역·재화의 공급 등 주된 계약상 의무가 제대로 이행된 경우에는 함부로 당해 거래를 실물거래가 없는 것으로 평가할 수 없다.

  나) (재화의 ‘인수’ 단계) 쟁점매입처와의 거래와 관련하여 거래명세서 및 세금계산서가 모두 존재하고 이에 따라 당사자 간에 적법하게 대금이 지급되었으며, 실제로 청구법인은 지게차 업자를 통하여 해당 재화의 하역작업을 수행한 사실이 객관적으로 확인된다[거래명세서(발주)→세금계산서 수취 및 대금 지급→ 실물 인수(하역 작업)].

   청구법인은 쟁점매입처에 정식으로 거래명세서를 보내 발주하고, 이에 근거하여 세금계산서를 적법하게 수취하였다.

     쟁점매입처의 사업장은 ○○시 ○○구 ○○로**길 **, 101호, 102호에 소재하고 있으며, 청구법인과의 거래 관계는 제출된 거래명세서를 통해 명확히 확인된다.

     이와 관련하여, 청구법인이 제출한 매입 관련 거래명세서(발주서)의 거래내역 중 일부를 발췌하면 다음과 같다.

(표 생략)

     청구법인은 위 매입거래와 관련하여 모두 정상적으로 대금을 지급하였고, 이는 객관적인 은행 거래내역을 통해 명확히 확인할 수 있으며, 이와 같은 금융거래 증빙은 쟁점거래가 가공거래가 아니라는 점을 방증하는 객관적인 근거에 해당한다.

     더욱이 청구법인은 쟁점매입처로부터 물건을 수취하는 과정에서 그 수량 및 품질을 확인하기 위하여 하역작업을 담당할 지게차 업자 ◯◯웅, ◯◯천으로부터 지속적으로 용역을 제공받은 사실이 확인되는데, 2023년 전체 기간 동안 청구법인이 지게차 작업자인 ◯◯천과 ◯◯웅(◯◯건기)에게 지급한 비용 내역은 제출한 증빙자료로 확인된다.

   청구법인이 처분청의 주장과 같이 가공거래의 당사자였다면, 실제 비용을 들여 물리적 하역 작업을 수행할 이유가 없을 것이다.

     지게차 작업비용은 통상 작업시간 40분당 70,000원으로 산정되었으며, 증빙자료의 지급 내역을 구체적으로 살펴보면 1회당 지급금액이 70,500원부터 350,500원까지 다양하게 분포되어 있는 것을 확인할 수 있다.

   즉 지게차 작업비용은 작업시간, 물량 및 작업 난이도에 따라 합리적으로 차등 지급되었으며, 이러한 지급내역은 청구법인이 지급한 금액이 형식적인 금융거래가 아닌 실질적인 물류 작업에 따른 정당한 대가임을 보여주는 것이다.

   더구나 월별 용역 수행건수도 역시 상당한 변동성을 보이고 있는바(2월 6회, 3월 4회, 4월 3회, 5월 3회, 6월 7회, 7월 4회, 8월 7회, 9월 1회, 10월 1회, 11월 13회, 12월 1회), 이는 실제 물류 물량의 계절적, 시기적 변동에 따른 자연스러운 업무 패턴을 있는 그대로 반영(2월과 9월은 작업량이 급감, 6월과 11월에 작업이 집중되는 것은 대규모 발주 물량을 처리하기 위함)하는 것으로서 가공거래에서는 결코 나타나기 어려운 전형적인 실제 거래의 양상이라 할 수 있다.

     이와 같이 청구법인이 지게차 작업비용을 정기적이고 지속적으로 지급하였다는 객관적인 사정은 청구법인의 거래가 단순한 서류상 거래가 아닌 실제로 재화의 물리적 이동이 수반된 정상적인 도소매 거래였음을 불가쟁적으로 입증하는 것이며, 특히 이러한 사정은 대법원이 가공거래 여부를 판단함에 있어 가장 중요한 요소로 고려하는 ‘물품의 실제 인도 여부’에 관한 직접적인 증빙에 해당하는 것으로서 처분청의 가공거래 의심을 근본적으로 배척할 수 있는 결정적 증거라 할 것이다.

     덧붙여 이 건에서 문제되고 있는 쟁점거래처들 중 하나인 ㈜Y(이하 “Y”라 한다)와의 거래는 아니나, 청구법인은 홍삼정 출고와 관련하여 쟁점매입처의 업무처리가 지나치게 지연됨에 따라 매출처에 환불처리를 진행하였고, 쟁점매입처 역시 이에 상응하여 세금계산서를 취소하는 적법한 처리를 한 사실이 확인된다.

   이는 청구법인과 쟁점매입처 사이에 형식적 거래가 아닌 실질적이고 정상적인 거래관계가 존재하였음을 명백히 뒷받침하는 것이다.

     형식적인 세금계산서 수수만을 목적으로 하는 가공거래라면 물품 공급 지연이나 환불과 같은 실질적 문제가 발생할 여지가 없다고 할 것인바, 이 건 거래가 실제 거래임을 더욱 공고히 입증하는 근거라 할 것이다.

  다) (재화의 ‘인도’ 단계) 매출거래와 관련하여서도 발주서, 세금계산서가 존재하고 이에 따라 대금을 지급 받았으며, 실제로 청구법인은 출고 작업을 창고 인근 238-169에서 수행하였고 출고에 소요되는 운임을 직접 부담(매입한 상품을 매출처에 인도하기 위해 운송업체를 직접 섭외하고 운임 지급)하였다.

      청구법인은 2023년에 쟁점거래처 중 하나인 Y와의 거래명세서 41건 발행 및 세금계산서를 모두 교부하였고, 실제로 대금 역시도 Y로부터 직접 지급받았다.

      청구법인은 Y에 청구법인이 직접 부른 운송업체를 통하여 물품을 운송하였고, 대금 지급내역 역시 금융거래내역, 카카오톡으로 확인할 수 있으며, 주요 거래내역을 정리하면 다음과 같다.

(표 생략)

      또한 청구법인이 Y와 주고받은 카카오톡 내용을 보면 실제로 청구법인이 수행한 출고과정을 촬영한 사진이 있는데, 이 사진에서 출고작업중인 장소가 청구법인이 사용한 창고( 238-25) 인근에 있는 238-169라는 사실을 확인할 수 있다.

      사진에는 실제 상차 작업중인 화물차와 적재된 제품들이 명확히 나타나 있어 물품의 물리적 이동이 있었음이 객관적으로 증명되는데 청구법인이 조사청의 의심과 같이 순환거래를 한 것이라면 출고과정과 관련된 증빙이 남아 있을 수 없다.

 3) 청구법인의 대표이사 김○○은 매일 M 자택에서 사무실까지 출퇴근 하였고, 이때 택시를 이용하였는데 이러한 김○○의 택시 이용 내역은 실물거래가 있었다는 사정을 뒷받침한다.

   김○○은 2023. 7. 1.부터 2023. 12. 31.까지 기간 동안 택시로 총 110회(출근 55회, 퇴근 55회) 이동하였으며, 택시이동일 외에는 대중교통을 통해 출퇴근하였다.

   특히 주목할 점은 주요 제품 출고일의 택시 내역인데 이를 보면 제품 출고일의 출근시간이 10시에 출근하는 평소보다 이르고(오전 8:30〜9:00경), 제품 출고일의 퇴근시간이 6시에 퇴근하는 평소보다 늦다는 점이다(오후 9:15〜10:30경).

   즉 이러한 사실은 주요 출고일에 대표이사가 실제로 출근하여 물품 출고를 관리·감독하였다는 점을 객관적으로 뒷받침하는 것이라 할 것이다.

   주요 제품 출고일과 택시 이용내역이 겹치는 날을 정리하면 다음과 같다.

(표 생략)

 이상과 같이 청구법인의 대표이사인 김○○이 제품 출고일에 출고 과정을 직접 관리·감독하기 위해 일찍 출근하고 늦게 퇴근하였다는 점은 객관적인 증빙으로 뒷받침되므로 청구법인의 쟁점거래가 단순한 서류상 거래가 아닌 실제 물품 이동을 수반한 정상적인 상거래임을 부인할 수 없다.

 4) 소결

   쟁점거래와 관련하여서는 당사자들 사이에 진정한 의사에 의하여 체결된 것이고, 재화가 실제로 이동하였으며 대금도 수수되었으므로 재화의 공급이 이루어진 것이어서 가공의 거래라 판단할 수 없다.

   청구법인은 쟁점매입처와 화장품 도소매업의 목적에 부합하는 실질적인 매매계약을 체결하고 대금을 정상 지급하였으며 객관적인 증빙(대금지급내역, 발주서, 세금계산서, 지게차비 지급기록 등)이 이를 뒷받침한다.

   특히 지게차 작업비용 지급내역과 운송업체 섭외 및 운임 지급기록은 실제 물품이동이 있었음을 명확히 증명하는 것이다.

   또한 제품 출고일에 대표이사가 평소보다 일찍 출근하고 늦게 퇴근한 택시이용내역은 현장업무 지휘 사실을 객관적으로 보여주는 것이며, 출고지연 시 환불과 세금계산서 정정이 이루어진 점은 가공거래에서는 발생하기 어려운 정상거래의 특징이다.

   따라서 쟁점거래는 부가가치세법상 정당한 재화의 공급에 해당하므로 이를 가공거래로 보아 과세한 이 건 부과처분은 위법하다.

다. 설령 쟁점거래가 순환거래라 하더라도 청구법인에게는 가산세를 면제할만한 ‘정당한 사유’가 인정되므로 관련 가산세는 취소되어야 한다.

 1) 가산세 면제요건인 ‘정당한 사유’의 의미

  「국세기본법」제48조 제1항 제2호는 납세자에게 의무를 이행하지 아니한데 ‘정당한 사유’가 인정되는 경우, 그러한 납세자에게는 가산세를 부과하지 않도록 규정하고 있다.

   대법원은 위 ‘정당한 사유’의 해석에 관하여, 일종의 행정상 제재인 가산세는 ① 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때, ② 또는 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다는 확립된 입장을 취하고 있다(대법원2002두66, 2002. 8. 23. 참조).

   대법원은 다른 판결에서 ‘부과경위에 비추어 가산세를 부과하는 것이 가혹하다고 인정되는 점 등 여러 사정을 종합할 때 납세의무자에게 납세의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과할 수 없다’고 판시하기도 하였다(대법원2002두66, 2002. 8. 23. 등 참조).

 2) 납세의무의 불이행 등이 거래상대방 등의 ‘사기행위’ 내지는 ‘범죄행위’에서 기인한 경우, 그 피해자에게는 가산세를 면제할 ‘정당한 사유’가 인정된다.

  가) 납세자가 납세의무를 이행하지 못하는 데에는 여러 이유가 있을 수 있다.

      단순히 ⅰ) 자신에게 납세의무가 있다는 점을 알지 못한 경우도 있을 것이나, ⅱ) 때로는 거래상대방의 ‘사기행위’나 소속 직원의 ‘횡령’ 등 범죄행위로 인하여 납세의무 성립의 기초가 된 사실 자체를 알지 못한 경우도 있을 것이다.

      이중 후자의 경우까지 가산세를 부과하는 것은 건전한 상식에 비추어 보더라도 심히 부당한 바, 대법원 역시 이러한 경우에는 가산세를 면제할 정당한 사유가 인정된다고 판단하였다.

      우선 대법원은 거래 상대방의 ‘사기 행각’에 따라 가공거래가 이루어졌고 거래 당사자인 납세자는 당해 거래가 가공거래라는 점을 알지 못한 사안에서, 납세자에게는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 판단하여 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보았다(대법원2014두39760, 2016. 10. 13.).

      이 판결의 사실관계 요지는 다음과 같다.

      유통업체인 A사, B사, C사(이하 ‘A사 등’)의 실제 운영자인 소외 1은 2005년경부터 중소기업 제품 판로 개척을 위해 설립된 주식회사 甲과 상품 매입 및 납품에 관한 위탁계약을 체결하고 그 업무를 대행하여 오다가, 투자 실패로 인한 채무를 변제하기 위해, 甲의 매입·매출 업무를 모두 위탁받은 점을 이용하여, 실제로 상품이 유통되지 않음에도 상품이 A사 등으로부터 지에스리테일 등 유통업체를 거쳐 甲으로 납품되었다가 다시 A사에게로 돌아오는 것처럼 꾸며낸 후, 유통업체들로부터 물품 구매 대금 명목으로 대금을 선지급받아 채무변제에 사용하고, 거래규모를 확대하여 전문유통업체로부터 더 많이 지급받는 자금으로 기존에 선지급받은 대금을 갚아나가는 방식으로 가공거래를 하였다. 이러한 상황에서 甲사의 대리인 소외 2는 잡화 도소매업을 영위하는 원고 회사에게 甲사와의 거래를 제안하였고, 이에 원고와 甲사 사이에 납품계약이 체결되었으며, 원고와 甲사, 그리고 매입처인 A사와의 거래는 (i) 甲사가 원고에게 발주서를 발급하면 (ii) 원고는 甲사가 지정한 매입처인 A사로부터 거래명세표와 매입세금계산서를 교부받은 후 물품대금을 선지급하고, (iii) 원고는 甲사로부터 매입처에 지급한 물품구매대금에 이윤을 붙인 금액의 물품대금과 납품확인서를 받는 방식으로 진행되었다. 과세관청은 위 거래를 가공거래로 보아서 원고에 대한 매출세액을 감액하고 매입세액을 불공제하였으며, 세금계산서불성실가산세 등 가산세를 각 부과하였다.

      그러나 이에 대하여 대법원은 ① 위 거래는 기본적으로 소외 1이 자신의 채무를 돌려막기 위하여 가공거래를 한 것으로 소외 1의 사기 행각에 따라 이루어졌고, 소외 1은 물류센터에 업무를 보는 담당자까지 두어 허위의 화물입출고확인증까지 작성하게 한 점, ② 원고는 이 사건 거래와 관련하여 필요한 증빙을 모두 수취한 점, ③ 원고는 2010. 12. 10.경 甲사로부터 물품이 실제로 납품되지 않았다는 이유로 원고가 발급한 2010. 11. 30.자 세금계산서의 수취 및 그 대금 지급이 거절되자 甲사와의 거래가 가공거래임을 인식하게 되었고, 이에 따라 YY지방국세청에 이와 관련한 탈세제보를 한 점 등을 종합하여 보면, 원고로서는 이 사건 거래가 가공거래임을 알지 못하였고, 이를 의심할 수 있는 상황에 있지도 않았다고 보이므로 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 판단하였다.

      즉 대법원은 가공거래가 거래상대방의 ‘사기행위’에서 비롯되었고, 납세자가 필요한 증빙을 모두 수취하는 등 주의의무를 다한 경우에는 가산세를 면할 정당한 사유가 인정된다고 판단한 것이다.

  나) 다음으로 최근 대법원은 클럽 소속 직원들이 입장권을 위조하여 판매한 후 판매대금을 횡령한 사안에서도, 위 클럽 운영자가 판매대금을 매출로 신고하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 판단하였다(대법원2017두41108, 2022. 1. 14. 참조).

      위 판결의 사안에서는 YY지방국세청장의 클럽 운영자(원고들)에 대한 세무조사 과정에서 원고들의 종업원들이 위 각 클럽의 입장권을 위조·판매하여 그 대금을 빼돌린 사실이 밝혀진 경우였다.

      위 직원들은 클럽에 입장하려는 사람들을 상대로 입장권을 판매하여 판매대금을 수금, 보관 및 입금하는 업무에 종사하였는데, 약 2년의 기간 동안 입장권을 위조하여 판매한 후 판매대금을 횡령하였던 것이다.

      과세관청(피고들)은 원고들이 위조된 입장권 판매대금 상당의 매출을 누락하였다고 보고 원고들에게 부가가치세, 종합소득세, 개별소비세, 교육세 각 본세와 이에 대한 각 신고불성실가산세 및 납부불성실가산세를 부과하였다.

      그러나 이에 대하여 법원은 ① 원고들은 직원들이 현금으로 판매되는 입장권 대금의 일부를 횡령하는 사례가 많다는 이야기를 듣고, 횡령범죄를 방지하기 위하여 직원들을 매일 번갈아 가며 순환 근무시켜 서로를 감시하는 근무체계를 구축한 점, ② 원고들은 횡령사실이 밝혀진 이후 위 종업원들을 횡령 등 혐의로 고소한 점, ③ 직원들의 횡령범죄가 장기간 대규모로 이루어진 점에 비추어 원고들이 그 횡령사실을 쉽게 발견하기 어려웠다고 보이는 점 등을 이유로 원고들에 대한 과세처분 중 가산세 부분 전체가 위법하다고 판단하였다.

      즉, 대법원은 소속 직원의 범죄행위로 인하여 납세의무 불이행이 발생하였더라도 그러한 범죄행위 사실을 발견하기 어려웠던 사정이 인정되는 경우에는 가산세를 면할 정당한 사유가 인정된다고 판단한 것이다.

  다) 정리하면 대법원은 납세의무의 불이행 등이 거래상대방의 사기행위나 소속 직원의 횡령 등 범죄행위에서 기인한 경우, 그 피해자가 필요한 증빙을 모두 수취하는 등 주의의무를 다하였다면 이 피해자에게는 가산세를 면제할 ‘정당한 사유’가 인정된다고 판단하고 있으며, 이 점에 관하여는 아래에서 상세히 살펴보겠다.

 3) 설령 쟁점거래가 가공거래라 하더라도 청구법인이 가공세금계산서를 수수한 사실 자체를 제대로 인식하지 못한 것은 사실이다.

    청구법인은 앞서 상세히 소명한 바와 같이 쟁점매입처로부터 실제 물품을 매입하여 Y에 판매하는 정상적인 상거래를 진행하였고, 거래명세서와 세금계산서를 적법하게 수취·발급하였으며 대금 역시 정상적으로 지급하였다.

    특히 청구법인이 실물거래라고 믿었다는 점은 객관적 증거로 뒷받침되는데 물품 하역을 위해 지게차 업자(○○천, ○○웅)를 고용하여 정기적으로 비용을 지급하였고, 물품 출고일에는 대표이사가 평소보다 일찍 출근하고 늦게 퇴근하였음이 택시이용내역으로 확인된다.

    또한 청구법인은 Y와의 거래에서 직접 운송업체를 섭외하고 운임을 지급하였으며, 출고지연 시 환불처리와 세금계산서 정정까지 진행하였다.

    만약 청구법인이 쟁점거래가 가공거래임을 알았다면, 이와 같이 실제 물류작업에 비용을 지출하거나 대표이사가 직접 출고과정을 관리할 이유가 전혀 없었을 것이다.

    청구법인은 화장품 도소매업을 영위하는 법인으로 오로지 실제 물품을 매입하여 판매함으로써 이윤을 창출하는 데에만 사업의 목적과 관심이 있었을 뿐이며, 세금계산서만을 수수하는 허위거래에 관여할 어떠한 동기도 없다.

    청구법인이 수취한 세금계산서는 모두 정상 발급된 것으로서 국세청 홈택스를 통해서도 발행 여부가 확인되는 등 형식상 하자가 없으며, 가공거래임을 의심할만한 정황(대표자 연락 두절, 사업장 부재, 동일 물품의 이상 거래 등)이 전혀 발견된 적이 없다.

    따라서 청구법인은 가공세금계산서를 수수하고 있다는 사실을 전혀 인식하지 못하였다.

 4) 청구법인이 알 수 없었던 외부 정황에 책임을 물을 수 없다.

   조사청이 가공거래의 증거로 제시하는 사실들은 모두 청구법인이 알 수 없고, 알 필요도 없는 영역에서 발생하였는데 최초매입처인 이른바 ‘폭탄업체’의 실체, 즉 청구법인 매입처의 매입처에 해당하는 업체의 대표가 중국인이며 이들이 출국했다는 사실 등은 통상적인 거래과정에서 파악할 수 없고, 파악할 이유도 없다.

   나아가 J 물류센터를 경유했다는 사실 역시 청구법인의 매출처가 독자적으로 이용하는 외부 물류창고의 입출고 내역으로서 청구법인과는 무관하며, 거래대금이 여러 단계를 거쳐 최종적으로 현금화되는 자금흐름 또한 청구법인의 지배영역에서 완전히 벗어난 사항이다.

 5) 소결

    청구법인이 결과적으로 법을 위반하게 된다하더라도 이러한 법 위반행위는 가공세금계산서 수수 사실 자체를 제대로 인식하지 못하였기 때문에 발생한 결과이다.

    즉 청구법인은 쟁점거래의 위법성 자체를 확정적으로 인식하지 못하였던 것인바, 이 점은 가산세 감면의 정당한 사유를 판단함에 있어 반드시 고려되어야 할 것이다.

    따라서 설령 처분청과 같이 쟁점거래를 순환거래 또는 가공거래로 인정하더라도 청구법인에게 가산세까지 부과하는 것은 너무나 가혹하다고 할 것이다.

라. 결론

    이상과 같이 쟁점거래는 허위의 거래가 아닌 실제 거래이고, 설령 쟁점거래가 가공거래라 하더라도 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되므로 이 건 부가가치세 부과처분을 취소하여 주기 바란다.

3. 조사청 의견

가. 쟁점거래는 사실과 다른 위장·가공거래에 해당한다.

 1) 청구법인과 쟁점거래처들은 전부 카카오톡 대화를 통해서 물품을 주문하고 대금이체 및 물품출고를 통보하며, 실거래의 증빙으로 카카오톡 대화내역 전체를 처분청에 제출하였다.

 2) 제출된 카카오톡을 살펴보면, 청구법인은 매출처로부터 먼저 거래품목·수량·가격 등을 정해 발주가 들어오면 단일매입처인 쟁점매입처에게 전달하고, 쟁점매입처 또한 단일매입처인 甲(1월∼9월), 乙 주식회사(9월∼12월)에게 전달하여 전량 매입하는 구조로, 청구법인이 쟁점매출처들에게 공급하는 물건은 곧 쟁점매입처가 甲와 乙주식회사로부터 공급받은 물건이다.

    청구법인과 쟁점거래처들 간 이루어진 쟁점거래의 거래흐름은 다음과 같다.

(그림 생략)

 3) 최초매입처인 甲와 乙 주식회사는 모두 중국인 명의의 사업자들로, 개업이후 대표자 외 직원은 없으며 대표자들은 모두 개업한 후 얼마되지 않아 중국으로 완전출국 하였는데, 대표자 출국 이후에도 매출세금계산서의 발행과 사업자통장에서의 수표 및 현금 인출은 계속되었다.

  청구법인의 최초매입처들은 매입 없이 매출세금계산서만 발행한 뒤 부가가치세를 무신고하거나 매출신고 후 무납부하여 체납을 발생시키는 ‘폭탄업체’들로, 폭탄업체들이 자료상조사 및 고발 등으로 폐업되면 또 다른 신규매입처와 세금계산서를 수취하는 방식으로 거래를 하였다.

 4) 청구법인과 거래처들은 모두 당일에 카카오톡으로 화장품 출고를 통보받고, 물품운송시 각각 착불로 운송료를 부담하고 있는데, 청구법인 대표 김○○은 수취하는 물품의 출발지가 ‘’임을 알고 있는데 반해, 쟁점매입처의 대표 ◯◯란은 甲나 乙 주식회사에서 매입한 물품의 출발지(상차지)는 알지 못한다고 진술하였다.

 5) 조사청은 폭탄업체에서 발송한 물품의 최초 출발지를 확인하기 위해 청구법인의 쟁점매입처가 부담한 운송비 관련 매입세금계산서 검토 중, ○○도 J시 ○○구 ○○동에서 출발하여 쟁점매입처의 사업장인 ○○구 으로 하차하는 건들이 많은 점을 발견하고,

    이 중 배송량이 많은 날짜 2일(’23. 6. 30., ’23. 7. 12.)을 특정하여 수탁자인 운송대행업체 ㈜VV에 상기 배송과 관련한 상·하차지 및 상하차 관련 담당자 정보를 요청한 결과, 상차지의 담당자가 청구법인의 매출처 6곳 중 3곳 [Y·㈜M·㈜Q]이 외부물류센터로 이용중인 업체 ㈜R의 직원 김◯◯ 과장(김◯◯ 과장은 청구법인이 Y 등으로 물품 출고 시, 도착지의 인수담당자이기도 함)임을 확인하였다.

    Y·㈜Q·㈜M는 아래와 같이 2023년 ㈜R에 물류대행비로 185백만원을 지출하였으며, 세 법인은 대표자가 같거나 형제자매 사이로 서로 특수관계가 있는 법인

 6) 조사청은 ㈜R에 상기 두 날짜(’23. 6. 30., ‘23. 7. 12.)에 물품 상차를 출고 지시한 업체 및 상차한 차량정보 제공을 공문으로 요청하였는데, 모두 Y에서 출고지시한 건으로 회신 받았다.

  가) ㈜R의 대표이사와 유선상 확인한바, 해당 건은 화주인 Y가 직접 차량을 배차한 경우로서 ㈜R가 Y로부터 배차내용을 전달받아 물품을 상차한 차량정보(기사 연락처)와 甲가 쟁점매입처로, 쟁점매입처가 청구법인으로 물품출고 시 물건을 배차한 차량정보가 일치하였다.

      즉 세금계산서 상 최초 출고자는 폭탄업체인 甲이나 실제 출고자는 청구법인의 매출처인 Y로, 카카오톡을 통해 쟁점매입처로 물품출고를 통보하고 차량정보를 보내고 있는 甲는 결국 Y라는 것이 확인되었다.

  나) 샘플링한 2023. 6. 30.과 2023. 7. 12. 두 날짜에 출고된 물품의 최종매출처는 Y와 ㈜M로,

   (1) Y는 청구법인에게서 매입한 것처럼 세금계산서 수취하였으나 실제로는 Y 자신의 물건을 폭탄업체인 甲에서 판매한 것처럼 가장하여 쟁점매입처(1차 도관업체)로 판매하고, 쟁점매입처는 청구법인(2차 도관업체)에게 매출한 것처럼 세금계산서를 발행하였으며, 청구법인은 다시 Y에게 매출하는 것처럼 세금계산서를 발급하여,

      결국 Y는 자기 물품을 폭탄업체 및 도관업체들을 이용하여 순환한 후 자기가 다시 매입하는 전형적인 가장거래를 한 것으로 확인된다.

   (2) ㈜M의 경우 폭탄업체와 쟁점매입처(1차도관업체)를 거쳐 청구법인에게 매입한 것처럼 세금계산서를 수취하였지만 실제는 Y가 본인의 물건을 ㈜M로 직접 매출한 것으로, 청구법인이 ㈜M로 매출한 매출세금계산서는 모두 가공거래로 확인되었다.

 7) 처분청은 이후 샘플링한 두 날짜 외에도 ㈜R와 Y의 2023년 전체 입출고비용 및 물류보관료 산정내역을 추가로 확보하여 위 사례처럼 실제로는 Y에서 출발하였으나 甲나 乙 주식회사의 이름으로 출고된 13건의 내역을 추가로 확인하였는데, 이 중에는 乙 주식회사와 거래하는 시기인 9月〜12月도 포함되어있는 것으로 보아, 甲 뿐 아니라 乙 주식회사의 이름으로 쟁점매입처에 카카오톡을 보내는 자 또한 Y라는 사실이 확인되었다.

 8) 청구법인과 매입매출처간 대금거래내역을 보면 아래 예시와 같이 Y 등의 매출처로부터 대금이 입금되면 쟁점매입처로 송금된 후 수분 내 하위 매입처인 甲, 乙 주식회사 등의 업체로 송금되어 즉시 현금 및 수표로 출금되는 등 전형적인 자료상의 금융거래 형태를 보이며,

    도소매업을 영위하는 사업자는 본래 자기 자본으로 자기계산과 책임 하에 거래 품목과 가격을 결정하여 매입하고 판매하는 것이 일반적이나 청구법인과 매입처들은 해당 규모의 도소매업을 영위할 수 있는 자금여력이 전혀 없는 것으로 확인되고 물품 매입 시 본인의 자금이 아닌 매출처로부터 입금 받은 금액을 그대로 매입처에 전달하거나 일정비율의 수수료만 제하고 전달하는 비정상적인 거래 형태를 띠고 있음이 확인된다.

   甲 사업용계좌 금융조회 결과 현금인출 11,203백만원, 대체출금(현금+수표) 17,734백만원으로 확인되며, 가공매출에 대한 입금액의 실귀속자 확인을 위해 대체거래 중 일부를 금융추적조사 실시한 결과 아래와 같이 수표인출내역 확인되며, 수표사용처는 현금교환 및 면세점 입금 등으로 확인되었다.

    결국 6)에서 밝혀진 가장거래를 통해 Y는 불법거래대금이 모인 甲와 乙 주식회사에서 현금 및 수표로 인출한 후 따이공들을 이용하여 면세점에서 면세화장품 등을 사게 한 후, 그 물건을 Y 외 5개 매출처(쟁점매출처들)에 매출하고, 해당매출을 누락하기 위해 甲 → 쟁점매입처 → 청구법인 → 매출처로 매출이 이루어진 것처럼 세금계산서를 수수한 것으로 판단된다.

 9) 청구법인은 독립된 사업자로서 실거래를 주장하나 실거래의 증빙으로 제출된 카카오톡에는 물건발주·대금이체·물건출고내용 외 다른 내용은 확인되지 않는다.

    거래하고자 하는 재화를 거래상대방이 보유하고 있는지 여부, 재화의 거래가격을 조율하는 과정, 재화의 공급이 언제까지 가능한지, 재화를 보내는 장소가 어디인지, 재화의 운송시간이 언제이며 재화를 받을 자가 누구인지, 언제 받을 것인지 등 일반적인 상거래 과정에서 필수적이고 수시로 발생하는 과정이 없고, 우연하게 발생할 수 있는 제품하자나 물품배송 지연문제 등 돌발상황 등에 대한 책임소재에 대해 미리 약정된 내용이 전혀 없으며, 일반적으로 사업상 발생되는 직원 인건비, 복리후생비(식대, 교통비) 등 통상적 손금이 발생된 내역도 전혀 없는 점 등으로 보아 단지 매출처로부터 매출대금이 입금되면 쟁점매입처에게 전달하고 정상거래로 보이기 위해 중간 단계에서 물품운송만 담당하는 Y의 도관업체로 확인된다.

    이러한 가장거래를 하는 이유는 Y가 무자료 불법 면세화장품을 유통하면서 중국 따이공을 이용해 현금매입 하는 과정에서 매입 관련 증빙자료가 없을 뿐 아니라 중국 따이공이 사업자가 아니므로 부가가치세 매입세액 공제 및 법인세 비용처리가 어려워 도관업체인 ㈜P(청구법인), ㈜H(쟁점매입처), 甲, 乙 주식회사와의 거래를 인위적으로 만든 것이다.

 10) 따라서 청구법인은 청구법인이 체결한 계약들이 계약상 의무가 문제없이 이행되었고, 순환거래라 하더라도 재화가 실제 이동되었고(실물거래가 있고), 재화의 이동과정과 관련된 운송료나 지게차 등의 증빙이 존재함을 이유로 정상거래임을 주장하나,

    납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하지만, 이는 일련의 거래 과정이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등 특별한 사정이 없는 한 유효하다고 보아야 하므로(대법원2010두3961, 2011. 4. 28., 대법원2015두49320, 2017. 4. 7. 등 참조),

    이 건과 같이 폭탄업체들과 쟁점매입처, 청구법인 간 계약이행 및 청구법인이 물품을 실제 운송한 행위는 Y의 ‘부가가치세 탈루’라는 조세회피 목적을 이루기 위한 수단에 불과하고, 상기 내용과 같이 청구법인과 관련업체들 간의 거래가 가장거래임이 확인된 이상 정상적인 거래과정에서 발생한 행위로 인정할 수 없다.

나. 청구법인은 가산세 면제 대상이 되는 선의의 거래당사자에 해당하지 않는다.

 1) 가장거래에 대해 참고인 심문조서에서 Y의 ◯◯호 팀장은 청구법인의 대표이사인 김○○이 창고사용에 대해 문의해서 알려준 적이 있다고 답변하였고, 이에 청구법인 대표 김○○은 쟁점매입처의 대표 ◯◯란이 창고가 필요하다고 하여 Y의 ◯◯호 팀장에게 물어 알려준 적이 있으며, 창고사용시마다 ◯◯란 대표에게 전화를 받아 ◯◯호 팀장에게 통보하였다고 답변하였다.

    이 진술이 사실이라 하더라도 J창고는 외부업체인 ㈜R가 관리하고 있으므로 해당 물품을 출고하려면 ◯◯란이 직접 보관물품을 출고할 수는 없고 ◯◯란이 김○○에게 출고신청을, 김○○이 Y에게 출고신청을 하여야 하나, 이보다 먼저 이루어진 ◯◯란의 참고인 심문조서에서 ◯◯란은 처분청이 밝혀낸 가장거래에 대해 전혀 모른다고 답변하였으며, 심문조서 당시 밝혀낸 2건 외에 추가로 13건이 더 확인된 상황에서 본인이 Y의 창고를 빌려 사용했다는 사실을 인지하지 못하고 있다는 것은 이해되지 않으며, 이는 Y의 ◯◯호 팀장과 김○○ 대표가 쟁점거래에 대한 책임을 회피하기 위해 거짓으로 진술한 것으로 판단된다.

    게다가 쟁점매입처 대표 ◯◯란은 폭탄업체인 甲와 乙 주식회사로부터 카카오톡으로 출고 및 배차정보를 받고 있는데, ◯◯란 본인이 본인의 물건을 출고하면서 甲와 乙 주식회사인 척 1인 2역을 했다는 말이 되므로 전혀 수긍할 수 없는 답변이다

 2) 상기 내용에서 확인된 바와 같이 청구법인은 가장거래의 도관업체로서 금융거래 및 카카오톡을 통한 거래증빙을 만들어 무자료화장품을 유통시킨 것으로 확인되는데, ’21. 6월 개업한 이래 매출처의 일부 변동은 있으나 [중국인 명의의 폭탄업체 – 1차도관업체{㈜丁, ㈜H} - 2차 도관업체(청구법인) - 쟁점매출처들]의 거래 방식을 2025년 현재까지도 지속하고 있다.

    당초 조사 착수 시 김○○ 대표는 청구법인의 매입처들이 문제가 있는 줄 몰랐다고 하였으나, 이 건 이전 2023년의 자료상조사(YY청 조사국, ’21. 제2기〜 ’22. 제2기) 및 매입처조사를 통해 문제점이 공식적으로 드러나게 되었음에도 불구하고 거래처들을 바꾸지 않고 비정상적인 거래 형태를 계속 유지하고 있으며, 청구법인 및 관련 업체들이 이러한 가장거래를 통해 탈루한 부가가치세는 총 109억여원(폭탄업체가 발행한 세금계산서 기준, ’21. 제2기〜’25. 제1기)에 달한다.

다. 결론

 상기 내용과 같이 쟁점거래 관련하여 청구법인이 수수한 세금계산서는 가장거래에서 발생한 사실과 다른 거짓 세금계산서이며, 청구법인은 도관업체로서 선의의 거래당사자가 아니므로 쟁점거래 전부를 가공으로 보아 부인하고 가산세를 부과한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

(주위적) 쟁점거래가 가공거래에 해당하는지 여부

(예비적) 청구법인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 인정되는지 여부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제14조【실질과세】

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 2) 국세기본법 제48조【가산세 감면 등】

  ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

   1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

   2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

   3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

 3) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 4) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

  ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 5) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

   2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 6) 부가가치세법 제60조【가산세】

  ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

   1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

   2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

다. 사실관계

 1) 국세청 대내포털시스템에서 확인한 사항은 다음과 같다.

  가) 청구법인은 2021.6.22. 개업하여 현재 ○○도 ○○시 M동구 ○○로 138번길 15에서 도소매 및 화장품을 주업종으로 계속사업 중이며, 대표이사 김○○이 100%의 지분을 보유하고 있는 것으로 확인된다.

※ 개업시부터 조사대상기간인 2023년까지 청구법인이 제출한 근로·사업·일용소득지급명세서는 대표이사 김○○의 근로소득지급명세서가 유일함

  나) 청구법인의 대표이사 김○○의 총사업내역은 다음과 같다.

(표 생략)

  다) 조사청은 쟁점거래를 가공거래로 보아 전부 부인하고 가공세금계산서 수취·발급에 대한 가산세(공급가액의 3%)를 부과하여 2023년 제1기와 제2기 과세기간 부가가치세를 경정·고지한 제세결의안을 처분청에 통보하였고, 이에처분청은 가공세금계산서 수수에 대해 경정·고지한 것으로 확인된다.

  라) 쟁점매입처와 쟁점매출처의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

  바) 2023년 제1기와 제2기 과세기간 청구법인이 쟁점매입처로부터 수취한 세금계산서 및 쟁점매출처들에게 발급한 매출세금계산서 내역(조사청은 모두 가공세금계산서로 판단함)은 다음과 같다.

(표 생략)

 2) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

  가) 청구법인은 쟁점매입처와의 거래가 실제거래라고 주장하며 청구법인과 쟁점매입처 간 발주서, 발주서에 기재된 날짜에 쟁점거래와 관련하여 대화한 카카오톡 내역, 매입물품 하역작업을 담당한 지게차 업자에게 지급한 내역을 제출하였다.

  나) 청구법인은 쟁점매입처로부터 물건을 수취하는 과정에서 수량과 품질을 확인하기 위하여 하역작업을 담당한 지게차 업자를 지속적으로 고용하였다고 주장하며 지게차 작업자(◯◯천, ◯◯웅)에게 지급한 비용 내역(2023년)을 제출하였다.

  다) 청구법인은 쟁점매출처들 중 한곳인 Y와의 거래명세표와 Y로부터 입금 받은 금융거래내역을 제출하였다.

  라) 청구법인은 대표이사 김○○이 자택에서 사무실까지 대중교통을 이용해서 출퇴근을 하였으며, 특히 제품 출고일에 평소보다 일찍 출근하고 늦게 퇴근한 택시이용내역은 실제 거래 및 대표이사가 현장업무를 지휘하였다는 사실을 입증하는 것이라고 주장하며 택시이용내역을 제출하였다.

 3) 조사청이 제출한 자료는 다음과 같다.

  가) 조사청은 물류업체인 ㈜R에 샘플링한 두 날짜(’23.6.30., ’23.7.12.)에 물품 상차를 출고 지시한 업체 및 상차한 차량정보 제공을 공문으로 요청하여 모두 Y에서 출고지시한 것으로 회신 받았다.

  나) 샘플링한 두 날짜(’23.6.30., ’23.7.12.)의 폭탄업체(甲)와 쟁점매입처[㈜H], 청구법인, 매출처[Y, ㈜M] 간 카카오톡 대화내용은 다음과 같다.

(그림 생략)

  다) 샘플링한 두 날짜(’23.6.30., ’23.7.12.)의 순환거래 관련 청구법인 대표 김○○의 심문조서 내용은 다음과 같다.

(그림 생략)

 4) 2023년 청구법인에 대한 YY지방국세청의 세무조사 시 이루어졌던 김○○ 대표의 심문조서 내용 중 쟁점매입처 관련 부분은 다음과 같다.

(그림 생략)

 5) 국세청 대내포털시스템에서 추가로 확인한 사항은 다음과 같다.

  가) 청구법인은 현재 4,299백만원(부가가치세 5건, 모두 YY지방국세청과 조사청의 세무조사결과 고지된 건임)이 체납된 것으로 확인된다.

  나) 청구법인은 현재까지도 쟁점거래처들과 세금계산서를 수취 및 발행하고 있으며, 그에 따른 부가가치세 신고와 납부도 계속하고 있는 것으로 확인된다.

  다) 쟁점매입처의 매입처(최초 매입처)인 甲와 乙 주식회사가 제출한 근로·사업소득지급명세서는 없으며, 수취한 매입세금계산서 상 화장품에 대한 매입은 없는 것으로 확인된다.

 6) 이 건 외 청구법인이 제기한 불복청구 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

라. 판단

 먼저, 주위적 쟁점에 대하여 본다.

 청구법인은 쟁점매입처와의 거래가 가공거래가 아닌 정상거래라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「부가가치세법」제38조 제1항에서는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하고 있고,

 같은 법 제39조 제1항 제2호에서는 제38조에 불구하고 그 중 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

 아울러 특정 거래가 부가가치세법이 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래 당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 특정거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원2008두9739, 2018. 12. 11., 대법원2010두8263, 2012. 11. 15., 참조),

사실관계 또는 제반 정황을 토대로 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 입증되었다면, 그 세금계산서가 실물거래를 동반하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명하여야 한다(대법원2014두8284, 2014. 9. 25., 참조).

 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 쟁점매입처 조사결과 쟁점매입처의 매입과 매출 거래가 가공거래로 확정되어 고지된 점, ② 국세청 대내포털시스템 상 청구법인과 쟁점매입처의 화장품 매입거래에 대응하는 최초매입처들의 화장품 매입거래가 확인되지 않아 청구법인에게 공급할 수 있는 재화는 존재하지 아니하였던 것으로 보이는 점, ③ 최조매입처인 甲와 乙 주식회사는 대표가 중국인으로 국내에서 건설일용직 근로자로 근무한 사실이 있고 개업 후 얼마 되지 않아 중국으로 완전 출국한 것으로 확인되며, 근무하는 직원이 있지 않음에도 대표자 출국 이후에 매출세금계산서의 발행과 사업자통장에서의 수표 및 현금 인출이 계속되는 등 정상적인 업체들이 아닌 것으로 확인되는 점, ④ 조사청이 쟁점거래와 관련한 물류흐름을 추적한 결과 청구법인은 독립된 지위에 있는 사업자가 아닌 도관업체에 해당하는 것으로 밝혀진 점, ⑤ 청구법인과 쟁점매입처, 최조거래처들 간 대금거래내역을 보면 매출처들로부터 청구법인에게 대금이 입금되면 쟁점매입처로 송금된 후 곧바로 최초매입처들로 송금되고 즉시 현금 및 수표로 출금되는 금융거래 형태를 보이는 점 등에 비추어 쟁점거래를 정상적인 거래로 보기는 어렵다 하겠다.

 따라서 처분청이 쟁점거래를 가공거래로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 다음으로 예비적 쟁점에 대하여 본다.

 청구법인은 쟁점거래시 가공세금계산서를 수수하고 있다는 사실을 전혀 인식하지 못하였기에 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「부가가치세법」제39조 제1항 제2호에서는 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고,

「국세기본법」제48조 제1항은 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있다.

 아울러, 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서상의 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원2002두2277, 2002. 6. 28. 참조).

 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 샘플링한 두 날짜의 거래와 관련하여 청구법인의 대표와 쟁점매입처 대표 간 진술이 달라 진술의 신빙성이 의심되는 점, ② 이 건 조사가 있기 전인 2023년 YY지방국세청의 가공거래 관련 조사가 있었고, 이를 통해 쟁점거래처들과의 거래에 문제가 있음이 공식적으로 확인되었음에도 불구하고 현재까지도 거래처들을 바꾸지 않고 동일한 거래 형태를 유지하고 있는 점, ③ 앞선 YY지방국세청의 조사시 쟁점매입처와의 거래 경위에 대한 심문조서에서 청구법인은 쟁점매입처를 이◯선의 소개로 알게 되었고 이◯선이 세무조사를 받게 되어 거래를 하지 못하게 되었다고 진술하였는데, 쟁점매입처의 법인등기부등본 상 대표이사는 ◯◯란이나 사내이사로 이◯선이 등재되어 있으므로 청구법인이 조금만 주의를 기울였다면 쟁점매입처에 문제가 있을 수 있다는 사실에 대해 충분히 인지할 수 있었던 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보건대 청구법인이 쟁점거래와 관련하여 가공거래라는 사실을 전혀 인식하지 못하여 선의의 거래당사자에 해당한다는 청구주장은 이유가 없는 것으로 판단된다.

 따라서 처분청이 가산세 감면의 정당한 사유가 없는 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.