이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. A㈜[대표이사 이ㅇㅇ(지분 100%), 이하 “청구법인”]는 2021.4.12. 개업하여 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구에서 재생용 재료를 수집 및 판매하는 계속 사업중인 법인사업자로,

  2021.1기～2022.2기 동안 B(이하 “쟁점사업장①”)으로부터 공급가액 9,650백만원의 세금계산서를 수취하였고, 2022.2기～2024.1기 동안 C(이하 “쟁점사업장②”)으로부터 공급가액 9,012백만원의 세금계산서를 수취하고(이하 “쟁점거래”) 이를 반영하여 부가가치세 및 법인세를 신고․납부하였다.

나. ㅇㅇ지방국세청장(이하 “처분청”)은 2025.3.6.～2025.5.12. 기간 동안 청구법인에 대하여 범칙 자료상 조사 및 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과,

청구법인이 쟁점사업장①, 쟁점사업장②로부터 수취한 세금계산서가 실제 용역의 공급없이 거짓으로 발행된 세금계산서를 수취한 것으로 확인되어 2025.5.22. 부가가치세 2021.1기 33백만원, 2021.2기 292백만원, 2022.1기 457백만원, 2022.2기 42백만원, 2023.1기 175백만원, 2023.2기 257백만원, 2024.1기 344백만원, 법인세^* 2021년 사업연도 1,458백만원, 2022년 사업연도 3,484백만원, 2023년 사업연도 2,300백만원을 경정․고지하고, 직원 W(’63년생, 男)에게 2021년 4,383백만원, 2022년 11,179백만원, 2023년 8,190백만원을 상여처분으로 소득금액 변동통지를 하였다.

* 2021년∼2023년 사업연도 법인세 경정시 기준경비율로 추계결정

다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.25. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 청구법인과 쟁점사업장① 또는 청구법인과 쟁점사업장②간 거래행태의 구조를 보면, D 등 철강회사에 매출할 수 있는 영업 권한을 가진 업체를 대상업체라 하며 청구법인이나 쟁점사업장① 및 쟁점사업장②와 같은 업체들은 D에 직접 매출할 수 없고 청구법인 등이 대상업체에 물품을 팔면 대상업체가 D 등 철강회사에 매출하는 구조로 되어있다.

나. 대상업체와 거래함에 있어 공급인센티브가 있는바, 첫번째 공급인센티브 방법은 약정된 공급량을 정하고 그 공급 수량에 따라 kg당 5원∼10원을 인상해 주는 경우이며, 두번째 방법은 별도계약을 통해 약정된 공급량을 초과하여 공급해주는 경우로 kg당 공급인센티브로 10원∼20원 매입단가를 인상해 주는 것이다.

가급적 1개 업체를 통해 많이 공급을 하는 것이 공급인센티브를 받는 것에 유리하므로, 각종 거래처를 통해 최초 매입을 하는 쟁점사업장① 및 쟁점사업장②는 일정 마진을 보고 청구법인에 매도하고 다시 청구법인은 공급인센티브를 받고 대상업체에 매도하는 거래의 형태를 취하고 있다.

다. 다만 청구법인과 쟁점사업장① 및 쟁점사업장②는 물품을 적재할 곳이 없으므로 물품을 최초 매입처에서 바로 대상업체로 이동하였다. 처분청이 부가가치세 범칙조사 중 예치조사에서 운반작업노트를 압수하였는바, 해당 노트에 물건 운반 차량의 번호와 적재물의 내용이 기록되어 있다.

라. 최초 매입처는 자료를 발생시키지 않았기에 최초 매입처에 거래대금을 결제하기 위해서는 현금으로 지급하는 방법밖에 없었으므로, 이사 W^*(이하 “W”)의 통장으로 인출한 후 현금으로 각 거래처의 대금을 결제하였다. 즉 매입은 실제로 있었지만 자료 발생은 되지 않았고 대금결제는 W의 통장으로 이체한 후 현금으로 인출하여 실제 매입처에 지급된 것이다.

* 법인등기부상 2021.11.22. 사내이사 사임

마. 처분청은 청구법인에 대한 법인세 범칙조사를 실시하여 2021.1기～2024.1기 기간 동안 청구법인과 거래처 쟁점사업장①과의 매입세금계산서 전체 공급대가 합계액 9,650백만원과 쟁점사업장②와의 매입세금계산서 전체 공급대가 합계 9,012백만원에 대하여 「부가가치세법」 제60조 제3항 제1호에 따른 “재화 또는 용역을 공급하지 아니한 세금계산서”로 보아 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호에 따라 매입세액 불공제하여 부가가치세를 결정․고지하였다.

또한, 처분청은 2021～2023년 사업연도 법인세의 손금 중에서 거래처 쟁점사업장① 및 쟁점사업장②로부터 매입한 금액 18,662백만원과 개인으로부터 매입하였다고 계상한 7,188백만원, 합계 25,850백만원을 거짓 매입자료로 보아 매출원가를 부인하여 법인세를 결정․고지하였고, 법인통장에서 인출된 금액에 대해 W를 실제 소득귀속자로 보아 23,752백만원을 상여처분하였다.

바. (쟁점1)은 재화의 실제 공급이 있음에도 청구법인과 쟁점사업장① 또는 청구법인과 쟁점사업장②의 거래를 「부가가치세법」 제60조 제3항 제1호에 따른 재화의 공급이 없는 세금계산서의 발행으로 보아 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 매출원가부인을 할 수 있는지 여부이고,

  (쟁점2)는 청구법인의 통장에서 인출하여 매입대금을 지급한 경우 인출한 직원을 귀속자로 하여 상여처분을 할 수 있는지 여부이다.

사. (쟁점1) 관련 청구법인과 쟁점사업장① 또는 청구법인과 쟁점사업장②의 거래는 공급인센티브를 활용한 거래로서, 즉 가격협상의 필요성에 의하여 존재하는 거래의 형식이므로 이를 가공거래로 볼 수 없어 부가가치세 부과처분 및 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

아. 앞서 사실관계에서 살펴본 바와 같이 최초 거래처 → 쟁점사업장①이나 쟁점사업장② 매입 → 청구법인 매입 → 대상업체의 매입 순서로 이루어지는데 쟁점사업장①이나 쟁점사업장②에서 대상업체로 바로 매출이 이루어지지 않고 청구법인을 통해 매출이 이루어진 것은 대상업체의 공급인센티브 조건 때문이었다. 공급량이 많을수록 또는 약정 수량을 초과하여 공급하는 경우 주어지는 매입단가의 인상이라는 공급인센티브가 있어, 유통업에서 이러한 단가 협상과 대금지급은 유통에서 핵심적인 역할로서 판례에서도 인정하고 있고, 실질적인 역할을 하고 있기 때문에 가공거래로 보지 않는다고 판시하고 있다(대법원2017도18890, 2018.2.13. 참고).

따라서 본 사건의 대상이 된 청구법인과 쟁점사업장① 또는 청구법인과 쟁점사업장② 사이의 거래는 정상적인 형태의 거래로서 세금계산서의 상호대사를 어지럽혀 시장거래질서를 문란하게 하는 거래에 해당되지 않는다(대법원2017도13213, 2017.11.23. 참고).

  청구법인과 쟁점사업장① 또는 청구법인과 쟁점사업장② 사이의 거래는 거래의 실물이 운반작업노트와 계량증명서 등을 통해 재화 실물의 존재가 확인 가능하다. 또한 출발지의 저울과 도착지의 저울에 따라 다소 차이(운반 중에 일실 등)가 있을 수 있으나 계량증명서와 세금계산서에 부기된 기록이 실제 거래계약이 있었다는 증거가 된다.

따라서 청구법인과 쟁점사업장① 또는 청구법인과 쟁점사업장②에 대한 거래는 조세회피 목적이 없이 영세한 기업의 가격협상 필요성에 의하여 존재한 거래의 형식이다.

자. 부가가치세에서는 전단계 세액공제법을 취하기 때문에 최종 매출세액이 과세사업에 사용되어 납부된다면 국가 입장에서는 부가가치세를 망실했다고 볼 수 없다. 청구법인과 쟁점사업장① 또는 청구법인과 쟁점사업장②의 거래와 같은 방식에 따른 인도가 가공거래가 되기 위해서는 조세회피의 목적에서 기인해야 하며(대법원2010두11948, 2012.4.26. 참고), 이러한 거래가 허위여서 매입세액 공제가 부인되기 위한 사실과 다른 세금계산서에 대한 증명책임은 처분청이 부담하는 것이 원칙이다(대법원2008두13446, 2009.6.23. 참고).

하지만 처분청은 세무조사시 가공거래에 대하여 입증을 한 바 없다. 따라서 재화의 공급이 없이 발급한 세금계산서가 아니기 때문에 부가가치세 관련 매입세액 불공제 처분과, 이에 관한 가산세에 대해 취소처분을 청하는 바이며 매출원가 부인에 대한 법인세 처분 역시 취소하여 줄 것을 청구한다.

차. (쟁점2)에 대하여 법인통장에서 인출한 금액을 매입대금 지급에 사용하였다면 인출한 직원에 대한 상여처분은 취소되어야 한다.

앞서 사실관계에서 살펴본 바와 같이 드러나지 않은 최초 거래처와 거래는 현금으로 이루어졌으며 이를 지급하기 위해 W의 통장으로 이체하여 지급하였을 뿐 W의 소득은 아니다. 즉 매입과 관련하여 대금을 지급하기 위해 지출된 것이므로 상여가 아닌 기타사외유출로 처분하여야 한다. 따라서 W에 대한 과세처분은 취소되어야 한다.

3. 처분청(조사청) 주장

가. 청구법인은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구에서 2021.4.12. 개업하여 재생용재료 수집 및 판매업을 주업종으로 사업자등록을 하였고, 2024.12.31. 기준 등록 주주는 대표이사 이ㅇㅇ(100%)으로 확인된다.

  청구법인의 대표이사 이ㅇㅇ는 명의 대표자이며 직원인 W가 청구법인을 운영한 실질 대표자이고, W는 2010년부터 철근 및 고철 도매 관련 사업을 하였으며, ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동에 청구법인을 설립하고 세금계산서 발급 등 실제 관리 등 운영 사항을 총괄하였다.

  쟁점사업장①은 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동에서 철근, 금속 도소매업을 영위하는 업체로 대표 H(女)은 W의 배우자이며 현재 W로 대표자가 변경되었으며, 쟁점사업장②는 ㅇㅇ시 ㅇ구 ㅇㅇㅇ로에서 재생용 재료 도소매업을 영위하는 업체로 대표 Y(男)은 W와 지인 관계이며 현재 W로 대표자가 변경되었다.

    청구법인 직원 W는 H 명의의 쟁점사업장①과 Y 명의의 쟁점사업장②를 실질적으로 운영하였으며, H과 Y은 W가 사업을 영위하도록 도운 자이다.

나. 청구법인은 일반적인 하도급 계약과 유사한 외관을 취하고 있으나, 중간 거래자의 거래가 형식적인 것에 불과하며 실질적인 용역을 제공하였다고 볼 수 없다.

  고철 및 비철 스크랩의 경우 계근대에서 계량을 통해 구리 등 일자별 시세에 따라 가액이 결정되므로 계량 절차가 필수적이지만 청구법인의 경우 계근대를 보유하고 있지 않으며 계근과 관련된 회계 비용을 전혀 발견할 수 없었다.

  또한 업종 특성상 물건을 취급할 공간이 있어야 하나, 청구법인은 사업장 면적이 26㎡정도이며 쟁점사업장①의 사업장소재지는 2021.4.2. 당시 W와 H의 주소지였던 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ로 아파트로 물건을 취급하기에 적합하지 않았음에도 불구하고 W는 2021. 4월부터 청구법인에 지속적으로 고철 및 철근 품목의 세금계산서를 발급하였다.

  쟁점사업장①과 청구법인의 세금계산서 수수내역을 보면 쟁점사업장①이 물품을 매입하기도 전에 청구법인이 매출처로 세금계산서를 미리 발급한 경우와 쟁점사업장①로부터 매입한 물품을 일정한 마진 없이 같은 금액으로 매출처로 다시 발급한 경우가 상당수 확인되는바, 이는 쟁점사업장①과 청구법인이 독립적인 업체로서 정상적인 거래를 한 것이 아님을 방증하는 것이다.

<(쟁점사업장①→청구법인) 발급 이전 (청구법인→매출처) 미리 발급한 경우>

(표 생략)

<(쟁점사업장①→청구법인), (청구법인→매출처) 공급가액이 동일한 경우>

(표 생략)

다. 쟁점사업장①이 청구법인에 발급한 세금계산서 거래에 대한 자료 제출 요구를 조사 착수일인 2025.3.6.부터 지속적으로 하였으나 제출하지 아니하다가 조사종결일 직전인 2025.5.12. 거래명세서 등을 제출하였는데, 원본으로 제출한 거래명세서의 겨우 인주 자국이 번지는 등 거래 당시 작성한 자료가 아닌 사후 작성한 자료로 판단되며, 제출한 계량증명서 등은 쟁점사업장①과 청구법인 간의 거래에 대한 확인서가 아닌 최종 수요자인 ㅇㅇㅇ에서 발급한 확인서로 중간 소상인 두 업체간의 실제 거래 유무를 확인하기 어렵다.

라. 2025.4.17. 진행한 W 심문조서에 따르면 쟁점사업장①과 쟁점사업장② 모두 명의만 빌려 직접 운영한 것이라고 진술하였으며, 또한 H의 기업은행 등 개인 통장, OTP, 공인인증서, 인감도장 등 쟁점사업장① 관련 발급받은 것들은 당초부터 W 본인이 직접 관리하여 사용하였다고 진술하였다.

   W는 쟁점사업장②를 운영하면서 거래 발주 관련 내용에 대하여 추후 답변하겠다며 미루었고 거래 증빙 제출 자료도 없었으며, 쟁점사업장②와 청구법인의 거래 과정 문답 시 청구법인은 대표자 이ㅇㅇ와 W 외 다른 직원이 없음에도 청구법인에서 본인이 아닌 다른 직원이 전화로 주문하였고 직원 등의 관계는 추후 진술하겠다고 답변하여 신빙성 없는 진술로 일관하였다.

마. 쟁점사업장②는 청구법인으로터 수취한 매입 세금계산서가 확인되지 않음에도 청구법인과 대표 이ㅇㅇ에게 1,515백만원을 이체하였고 지급한 이유에 대해서는 추후 진술하겠다고 답변하였으며, 청구법인으로부터 스크랩 계좌와 사업용 계좌를 통해 대금을 입금받은 즉시 현금으로 인출하거나 청구법인 대표자 이ㅇㅇ 개인계좌 및 김동현(W의 子), 이ㅇㅇ의 모친 김ㅇㅇ에게 이체한 것이 확인되었고, W는 현금 출금을 위해 김동현, 김명숙 통장을 사용한 것에 대하여 인정하고 대표자 이ㅇㅇ 개인계좌를 구분하여 거래한 사유는 추후 진술하겠다고 답변하였다.

바. 쟁점사업장②는 2022년 2기 고철 매입금액이 확인되지 않음에도 청구법인과 203백만원의 매출 거래가 발생한 것에 대해 개인으로부터 현금으로 매입하였고, 부가가치세 신고 시 제출된 재활용폐자원 매입세액 신고서상 공급자들로부터 매입하지 않고 실제 매입처가 별도로 있어 확인 후 진술하겠다고 답변하였다.

사. 쟁점사업장②에서 청구법인에 고철 등을 판매한 후 청구법인이 일정 마진을 붙여 매출처로 판매하여야 하나, 청구법인이 재화를 매입하기 전 매출처로 세금계산서를 발급하는 것이 확인되었고 W는 단순 발급 착오라 답변하여 쟁점사업장②와 매출처인 청구법인이 독립적인 업체로서 정상적인 거래를 하였다고 볼 수 없다.

아. 청구법인은 쟁점사업장① 및 쟁점사업장②의 거래를 유통업에서 공급가격인센티브 조건을 활용하기 위한 중간거래 과정이므로 이에 따른 세금계산서 수취는 정상적이라고 주장하나, 실제 용역의 공급은 이루어지지 않았고 거래 증빙을 갖추고 있지 않고 불분명한 거래 흐름을 보이고있어, 청구법인이 두 업체로부터 수취한 세금계산서는 거짓세금계산서에 해당하여 매입세금계산서를 부인하고, 거짓세금계산서에 대한 가산세를 부과하여 부가가치세 및 법인세를 고지한 당초 처분은 정당하다.

자. W는 아래와 같이 쟁점사업장①과 비슷한 업종으로 과거 지속적으로 사업자등록을 한 이력이 있으며 이에 대하여 세무신고하고 무납부하는 등 고액의 관련 제세를 체납하였다.

  W는 매출 세금계산서를 발급할 경우 공급가액에 대한 부가가치세와 소득세 등을 납부할 의무가 있음을 알고 있었다는 사실에서 거짓 세금계산서 발급행위가 위법함을 인지하고 있었음이 분명하다.

차. W는 본인의 명의로 사업을 영위하지 않고 무재산자인 배우자 H의 명의로 사업자등록을 하여 대량의 가공세금계산서를 발급함이 일시적 혹은 우발적이 아니다

   위와 같이 W는 과거 동일 업종의 사업 이력이 여러 차례 있으며 그로 인한 고액의 체납액이 발생한바, 전자세금계산서 발급 및 발급으로 인한 세금 관계와 국세 징수권의 소멸시효완성 제도 등을 잘 알고 있다.

 이를 악용하여 W는 H의 개인 통장, OTP카드, 공인인증서, 인감도장 등을 직접 관리하며 407여 차례에 걸쳐 가공의 전자세금계산서를 발행하였으며 부가가치세 등 관련 제세를 신고 후 납부를 하지 않는 등 W는 적극적이고 고의적으로 세금계산서 수수의무 위반행위를 하고 세금을 포탈하였다.

 또한 W는 Y의 명의를 빌려 사업을 영위하고 부가가치세 254백만원, Y의 종합소득세 870백만원을 체납하고 쟁점사업장①과 동일한 형태로 적극적이고 고의적으로 세금계산서 수수의무 위반행위를 하고 세금을 포탈하였다.

카. 청구법인, 쟁점사업장①, 쟁점사업장②의 실질적 운영자인 W에게 한 상여처분 적정 여부에 대하여,

  W는 무재산자로 동종업계 근무 경력이 없는 배우자 H 명의를 빌려 쟁점사업장①을 설립하여 운영하였고, 동일한 형태로 Y 명의를 빌려 쟁점사업장②를 설립하여 사업을 운영하였다.

  심문조서 등 내용으로 알 수 있듯이 본인이 쟁점사업장① 및 쟁점사업장②의 사업한 것을 인정하였고 W도 본인이 실질적 운영자라고 인식하고 주장하고 있다. 이에 따라 쟁점사업장①, 쟁점사업장②의 대표자도 W로 변경된 상태이며 체납되었던 국세도 W에게 다시 고지된 상황이다.

  이는「국세기본법」 제14조 실질과세의 원칙에 따라 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 변경된 것이며 이에 수반되는 모든 책임은 그 사실상 귀속자에 따르는 것이다.

  W는 청구법인의 직원위치에서 인출한 것에 불과하다고 주장하나 청구법인에서 H, Y 등으로 출금된 금액이 다시 W로 되돌아오고 이후 현금 출금되는 형태를 보이며,

    H, Y으로 입금된 금액은 매입대금으로 쓰이는 것이 일반적이나 매입처가 아닌 매출처의 계좌로 다시 반환되어 현금 출금이 되고 있어, 이는 청구법인의 직원으로서 되돌아오는 것이 아닌 실제 자금을 관리하는 W로 불투명한 자금흐름을 보이는 전형적인 자료상 형태이다.

    이러한 자료상 업체의 실운영자인 W는 개인사업자 명의위장혐의와 청구법인의 가공세금계산서 수취 혐의자로 법인자금을 유출하여 불분명하게 사용하였으므로 처분청이 W에게 한 상여처분은 적법하다.

<청구법인과 쟁점사업장①의 금융흐름도>

(그림 생략)

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 (쟁점1)쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

 (쟁점2)직원 W에 상여로 소득처분한 소득금액변동통지의 당부

나. 관련 법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

2) 국세기본법 제16조【근거과세】

  ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

  ③ 정부는 제2항에 따라 장부의 기록 내용과 다른 사실 또는 장부 기록에 누락된 것을 조사하여 결정하였을 때에는 정부가 조사한 사실과 결정의 근거를 결정서에 적어야 한다.

 3) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 4) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

5) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

 1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

  2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

  ③ 제1항제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

6) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   1. 제54조제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

7) 부가가치세법 제60조【가산세】

  ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

   1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

   2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

   3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

   4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

   5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

   6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

8) 법인세법 제19조【손금의 범위】

     ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

     ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

     ③「조세특례제한법」제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

     ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

9) 법인세법 제67조【소득처분】

   다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

   1. 제60조에 따른 신고

   2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

   3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

10) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

    가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

    나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

    다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

    라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

   2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

  ④ 내국법인이 「국세기본법」 제45조의 수정신고기한내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당되는 경우로서 경정이 있을 것을 미리 알고 사외유출된 금액을 익금산입하는 경우에는 그러하지 아니하다.

   1. 세무조사의 통지를 받은 경우

   2. 세무조사가 착수된 것을 알게 된 경우

   3. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

   4. 납세지 관할세무서장으로부터 과세자료 해명 통지를 받은 경우

   5. 수사기관의 수사 또는 재판 과정에서 사외유출 사실이 확인된 경우

   6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우로서 경정이 있을 것을 미리 안 것으로 인정되는 경우

다. 사실관계

 1) 국세청 대내포털시스템 등을 통해 확인한 내용은 다음과 같다.

  가) 청구법인은 2021년 4월에 설립된 재생용 재료 등을 도소매하는 업체로 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구에 소재하며 계속사업자로 확인된다.

  나) 청구법인에 대한 부가가치세 신고·경정 내역은 다음과 같으며, 처분청은 매입거래를 가공거래로 보아 부인하고 세금계산서불성실가산세(공급가액의 3%) 등을 고지한 것으로 확인된다.

  다) 청구법인의 2021녀∼2023년 법인세 경정 내역 및 W에게 상여로 소득금액변동통지한 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

 2) 청구법인은 거래처와의 세금계산서, 계량증명서, 입금내역, 거래명세서를 제출하였다.

 3) 처분청이 제출한 자료를 살펴보면 다음과 같다.

  가) W의 심문조서 내용 중 쟁점사업장①,②를 본인이 직접 운영하였다고 진술한 내용이 심문조서에서 확인된다.

  나) 쟁점사업장②의 대표자였던 Y이 실제 운영자가 W라고 작성한 확인서를 제출하였다.

  다) W가 쟁점사업장②의 실제 운영자가 본인이라고 작성한 확인서를 제출하였다.

라. 판단

(쟁점1) 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

청구법인은 처분청이 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 과세함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

 「부가가치세법」제38조 제1항에서는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하고 있고,

같은 법 제39조 제1항 제2호에서는 제38조에 불구하고 그 중 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

아울러 특정 거래가 부가가치세법이 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래 당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 특정거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 「부가가치세법」 제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원2008두9739, 2018.12.11., 대법원2010두8263, 2012.11.15. 참조),

  사실관계 또는 제반 정황을 토대로 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 입증되었다면, 그 세금계산서가 실물거래를 동반하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명하여야 한다(대법원2014두8284, 2014.9.25. 참조).

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 일반적인 하도급 계약과 유사한 외관을 취하고 있으나, 중간거래자(청구법인)의 거래가 형식적인 것에 불과하며 실질적인 용역을 제공하였다고 볼 수 없는 점, ② 쟁점사업장들이 물품을 매입하기도 전에 청구법인이 세금계산서를 미리 발급하거나, 쟁점사업장들로부터 마진없이 동일한 금액으로 다시 세금계산서를 발급하는 등 비정상적인 형태의 거래인 점, ③ 청구법인이 제출한 거래명세서 원본의 경우 인주 자국이 번지는 등 사후 작성이 가능한 자료이고, 계량증명서는 청구법인과 쟁점사업장들의 상호가 아닌 다른 상호로 기재되어 있어 신뢰하기 어려운 점, ④ 실사업자인 W가 과거에 동종 업종으로 사업을 한 이력이 있으며 세금계산서 수수 위반 행위로 세금을 포탈하는 등 조세회피 목적이 있었다는 점 등을 종합하여 볼 때, 쟁점거래를 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 경정․고지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(쟁점2) 직원 W에 상여로 소득처분한 소금금액변동통지의 당부

청구법인은 청구법인의 법인통장에서 W의 통장으로 인출한 금액은 쟁점사업장들의 실질적 운영자에게 지급한 결제 대금이므로, 상여처분은 취소되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「법인세법」제67조는 법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 전하는 바에 따라 처분한다고 규정하고 있으며,

가공원가 등이 사외유출된 것으로 추정되면 그 사외유출금액이 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 실지 귀속되었을 개연성이 있다고 할 것이어서 사외유출금액의 귀속이 불분명한 경우에는 그 사외유출금액이 대표자에게 귀속되지 않았다는 것을 납세의무자 측에서 입증하여야 한다고 해석하고 있다(대법원97누447, 1997.10.24. 외 다수).

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인은 W가 청구법인의 직원 위치에서 인출한 것에 불과하다고 주장하나 청구법인에서 H, Y 등으로 출금된 금액이 다시 W로 되돌아오고 이후 현금 출금되는 형태를 보이는 등 불투명한 자금 흐름의 전형적인 자료상 형태를 보이는 바, 이러한 자료상 업체의 실제 운영자인 W를 청구법인의 가공세금계산서 수취 혐의자로 보고 법인자금을 유출하여 불분명하게 사용하였으므로 W에게 상여로 소득금액변동통지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.