주 문

이 건 이의신청은 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 사실관계

 1) 청구인 A 1973.9.7. 설립되어 필름인화지 제조 및 판매업을 영위하는 ㈜B(이하 ‘B’이라 한다)의 주주이고, 청구인 C은 B의 대표이사이자 주주인 자이다.

 2) B는 2021.6.24. 청구인 D 비롯하여 주주 E, F, G, H로부터 주식 총 14,000주(이하 ‘쟁점주식’이라고 한다)를 1,073,296,000원(1주당 가액 76,664원)에 취득하는 주식매매계약을 체결하고 매매대금을 전액 지급(이하 ‘쟁점거래’라고 한다)하였다.

 3) B는 2021.6.24. 주주들로부터 취득한 자기주식 14,000주를 자산으로 계상하고, 2021년 사업연도 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서와 주식출자지분 양도명세서에 주식변동 내용을 반영하여 제출하였다.

 4) 청구인 A 양도한 주식 3,500주의 양도대금 286,324,000원에 대한 양도소득세 46,164,800원 및 증권거래세 1,153,790원을, 청구인들의 父 E는 양도주식 4,000주의 양도대금 306,656,000원에 대한 양도소득세 52,8331,200원 및 증권거래세 1,318,620원을 2021.7.27. 신고‧납부하였고, 2023.7.16. E의 사망으로 청구인 I 대표상속인으로 상속이 개시되었다.

나. 처분내용

 1) 〇〇지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2025.8.11.부터 2025.11.20.까지 B에 대한 2021년 및 2024년 사업연도 주식변동조사를 실시한 결과, B가 법인세법상 특수관계에 있는 개인 주주들로부터 자기주식을 시가보다 저가로 취득한 것으로 보고 시가와 매매가액의 차액 2021년 2,336,516,000원 및 2024년 432,993,000원을 익금산입하여 법인세 등 제세 경정‧결정하고 처분청에 조사결과를 통보하였다.

 3) 〇〇세무서장은 조사청이 통보한 내용에 따라 2026.1.5. 2021년 사업연도에 주주들이 1주당 시가 243,558원의 주식을 76,664원에 저가양도한 것으로 보고 청구인 J 양도소득세 199,577,790원과 증권거래세 3,650,880원 및 E의 양도소득세 679,906,860원과 증권거래세 10,608,540원을 대표상속인인 청구인에게 경정‧고지하였고, 2026.2.20. 납부지연가산세 기산일 오류 정정하여 K E에게 양도소득세 각각 6,283,900원, 21,407,540원을 추가 고지하였다.

 4) △△세무서장은 조사청이 통보한 내용에 따라 2026.1.2. 2021년 사업연도에 B가 주식을 저가양수함에 따라 특정법인의 지배주주인 청구인 C가 이익을 얻은 것으로 보고 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제를 적용하여 C에게 증여세 81,931,880원을 결정‧고지하였다.

마. 청구인들은 이에 불복하여 2026.3.27. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 조사청의 B에 대한 2021년 및 2024년 사업연도 주식평가액과 청구인들이 신고한 주식평가액의 차이 및 원인은 다음과 같다.

 1) 조사청은 평가기준일인 2021.6.24. 기준 가결산 자료를 적용하였으나 신고한 주식평가액은 간편 평가로 2020.12.31. 기준을 적용하였다.

 2) 신고한 주식평가액에는 2021.1.28. 양도한 OO구 L 소재 부동산 유형자산처분이익 57억 원이 미반영되었다.

 3) 신고한 주식평가액에는 유보금액 반영 제외 대상인 「상속세 및 증여세법」상 평가대상 자산 관련 유보금액 △71억3천만 원이 반영되었다.

나. 상기의 주식평가액 차이로 주주들은 B을 상대로 거래의 부당성을 이유로 거래를 취소하는 주식반환청구의 소를 2025.10.1. 법무법인을 통하여 서울중앙지방법원에 제기하였다. 주식매매계약 체결 경위는 다음과 같다.

 1) B는 경영권 확보를 위하여 이사회 의결을 거쳐 자기주식을 취득하기로 하였고, 각 주주들에게 양도요청서를 발송하여 승낙받은 후 2021.6.24. 주식매매계약을 체결하였다.

 2) B는 청구인을 포함한 주주들에게 연락하여 주식평가액이 1주당 @76,664원이라고 설명하고 그 금액에 맞춰 보유 주식을 양도할 것을 제시하였다.

 3) 주주들은 B가 제시한 금액을 신뢰하였기에 별다른 의심 없이 2021.6.24. 총 14,000주를 B에 1,073,296,000원에 매도하였다.

다. 청구인을 포함한 주주들은 조사청의 세무조사로 B가 제시한 주식평가액이 부적정한 평가자료에 근거하여 작성된 것을 인지하였고, B의 주식평가액에 중대한 착오가 있었음을 알게 되었다.

이로 인해 청구인을 포함한 주주들은 주식매매계약 전부를 취소하고 거래의 원상회복을 위하여 2025.10.1. 법무법인을 통하여 주식 반환청구의 소를 서울중앙지방법원에 제기하였다.

라. 결론

  상기와 같이 B의 주식평가액에 중대한 착오가 명백히 발생하였고, 또한 청구인들을 포함한 주주들이 2025.10.1.자로 거래를 취소하고 원상회복을 위해 주식반환 청구의 소를 제기하였으므로 처분청은 이를 받아들여 청구인들 관련 부과처분을 취소하여야 한다.

마. 처분청 의견에 대한 항변

 1) B의 주식평가는 의도적 저평가로 이루어진 것이 아닌 「상속세 및 증여세법」을 잘못 이해한 오류로서, 청구인들과 B 모두 세무조사 전까지 오류 발생을 인지하지 못하였다.

 2) 청구인과 주주들은 거래의 부당성 인지 후 거래 취소 목적 소송을 제기한바, 이는 부당한 주식거래를 정상적으로 바로잡고자 한 주권 반환 소송이며, 이는 형식적인 소송이나 조세 회피 및 다른 경제적 이익을 위한 소송이 아니다. 단지 거래가 잘못되었기 때문에 원상회복을 위한 소송이며, 거래가 취소된 후 추후에 주식 양도 시 정상적으로 거래가 가능하다.

 3) 청구인과 주주들은 2025.10.1. 주권반환소송을 제기하였고 현재 2026.3.27. 1차 변론기일 및 2026.4.23. 2차 변론기일이 종료되었다.

3. 처분청 의견

가. 조사내용

 조사청은 2025.8.11.부터 2025.11.20.까지 B의 자기주식 취득거래에 대한 법인세 부분조사를 실시하였다.

조사청은 B의 비상장주식 평가기준일 및 평가내용의 오류¹⁾를 확인하여 2021.6.24. 기준 가결산한 재무제표를 바탕으로 「상속세 및 증여세법」을 준용한 평가 방법으로 계산한 1주당 243,558원을 시가로 평가하였고,

양도인 중 F(E의 처남댁), G(C의 동서), H(B 임원)가 보유 및 매매한 주식은 E이 명의신탁한 주식임을 확인하였다.

따라서 쟁점거래의 양도인은 E(본인 보유주식 4,000주, F, G, H 명의신탁주식 6,500주)과 청구인으로 E는 청구법인의 등기임원이며, 청구인들은 E의 자녀로 임원의 친족이자 비소액주주등으로서 법인세법상 특수관계인에 해당한다.

조사청은 B가 쟁점거래를 통해 특수관계인인 개인으로부터 자기주식을 시가보다 저가로 매입한 것으로 보아 시가와 매입가액의 차이인 1주당 166,894원, 총 2,336,516,000원을 익금산입하여 법인세를 경정결정하였고, 청구인 및 E에 대하여 주식 저가양도에 따른 양도소득세 및 증권거래세를 경정고지하고, 특정법인으로서 지배주주인 C가 이에 따른 이익을 증여받은 것으로 보아 C에게 증여세를 경정고지하였다.

나. 처분의 정당성

 1) B는 취득할 주식을 착오로 오류 평가하여 시가보다 저가로 취득하게 되었고, 세무조사 개시 이후 양도인들이 쟁점거래를 전부 무효화하고 주식반환을 구하는 소송이 제기되어 쟁점처분을 취소해야 한다고 주장하고 있다.

 2) 상법상 절차에 따라 주주들의 보유주식을 적법하게 매수하였으나 평가잘못으로 인한 세금이 과다하다는 사유로 주식반환 청구 소송을 제기하였고, 그 판결의 결과로 쟁점거래를 소급하여 무효로 판시되어 소유권이 환원된다 하더라도 주식매매거래의 효력은 유효하다고 판단된다.

  가) B의 이사회의사록에 따르면 자기주식 취득목적이 “경영권 확보를 공고히 하고 가업승계를 원활히 하기 위함”이라고 명시하여 주주들의 주식을 절차에 따라 적법하게 취득함에 따라 청구인 C가 B의 지분 60.8%를 소유하게 되어 경영권 확보와 동시에 가업승계절차가 마무리되었다고 볼 수 있다.

  나) 쟁점거래 이후 B는 주식등변동상황명세서를 제출하여 주주의 변동상황을 정상적으로 신고하였고, 양도인들은 양도소득세와 증권거래세를 자진 신고·납부하였다.

  다) 조사청의 세무조사 이전까지 B와 양도인들 모두 이 사건 주식거래에 대해 이의를 제기하지 않았고, 조사청이 주식평가액에 대한 오류를 확인하여 법인세와 양도소득세, 증여세가 과세될 수 있음을 인지하자 조세 부과를 회피, 취소할 목적으로 소송을 제기하였을 가능성이 충분하다.

  라)B는 쟁점거래 이전부터 현재까지 E와 그 친족이 실질적으로 B의 지분 전부를 보유하고 있으며, 1992년 이후 E와 C가 대표이사와 등기이사로 재직하였다.

 현재 B의 대표이사는 C가며 C의 자녀 M이 등기이사로 재직 중으로 B의 의사결정에 관한 전반적인 사항을 결정할 수 있으며, 소송사건 상대방이 B을 실질적으로 지배하고 있으므로　B는 독립된 지위에서 주식반환 소송을 수행할 수 없는 상황이다.

 또한 B와　주식거래 양도인들은 주식반환 청구 소송이 B의　패소로 B와 주식 양도인들에게 부과된 조세가 취소된다면 쌍방 모두 이득을 얻는 동일한 경제적인 이해관계에 있다.

  마) 따라서 해당 소송사건은 조세 부과의 회피, 취소를 위하여 B와 주식 양도인들이 동일한 목적으로 진행하는 형식적인 쟁송으로 보이므로 재판 결과와 관계없이 쟁점처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

당초 계약의 취소를 위하여 주식반환청구 소송을 제기하였으므로 주식 저가양도로 과세한 처분도 취소해야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 소득세법 제101조 【양도소득의 부당행위계산】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. <개정 2012.1.1.>

 2) 소득세법 시행령 제167조 【양도소득의 부당행위 계산】

  ③ 법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다. <개정 2007.2.28, 2012.2.2, 2017.2.3>

   1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

  ⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다.

3) 상속세 및 증여세법 제45조의5 【특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】

  ① 지배주주등의 주식보유비율이 100분의 30 이상인 법인(이하 이 조 및 제68조에서 "특정법인"이라 한다)이 지배주주 및 그 특수관계인과 다음 각 호에 따른 거래를 하는 경우에는 거래한 날을 증여일로 하여 그 특정법인의 이익에 특정법인의 지배주주등의 주식보유비율을 곱하여 계산한 금액을 그 특정법인의 지배주주등이 증여받은 것으로 본다. <개정 2023.12.31, 2025.3.14, 2025.12.23>

   2. 재산 또는 용역을 통상적인 거래 관행에 비추어 볼 때 현저히 낮은 대가로 양도ㆍ제공받는 것

4) 상속세 및 증여세법 시행령 제35조의5 【특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여 의제】

  ④ 법 제45조의5제1항에서 "특정법인의 이익"이란 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 말한다.

   1. 다음 각 목의 구분에 따른 금액

    가. 재산을 증여하거나 해당 법인의 채무를 면제ㆍ인수 또는 변제하는 경우: 증여재산가액 또는 그 면제ㆍ인수 또는 변제로 인하여 해당 법인이 얻는 이익에 상당하는 금액

    나. 법 제45조의5제1항제3호의2에 따른 자본거래의 경우: 제2항 각 호의 거래 유형에 따라 법 제38조, 제39조, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2, 제42조의2, 이 영 제28조제3항부터제7항까지, 제29조제2항, 제29조의2, 제29조의3, 제30조제1항ㆍ제2항ㆍ제5항, 제31조의2제2항 및 제32조의2를 준용하여 계산한 이익에 상당하는 금액

   다. 가목 및 나목 외의 경우: 제7항에 따른 시가와 대가와의 차액에 상당하는 금액

  ⑦ 법 제45조의5제1항제2호및제3호에서 "현저히 낮은 대가" 및 "현저히 높은 대가"란 각각 해당 재산 및 용역의 시가와 대가와의 차액이 시가의 100분의 30 이상이거나 그 차액이 3억원 이상인 경우의 해당 가액을 말한다. 이 경우 금전을 대부하거나 대부받는 경우에는 법 제41조의4를 준용하여 계산한 이익으로 한다. <개정 2020.2.11, 2025.5.7>

 5) 상속세 및 증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

  ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. <개정 2013.5.28, 2016.12.20>

   1. 주식등의 평가

   가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(이하 생략)

   나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

 6) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 【비상장주식등의 평가】

  ① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(「소득세법」제94조제1항제4호다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다. <개정 1999.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.8.5, 2008.2.22, 2010.2.18, 2015.2.3, 2016.2.5, 2017.2.7, 2021.1.5, 2025.12.30>

  ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. <개정 1999.12.31., 2003.12.30>

1주당 가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)

다. 사실관계

1) 이 사건 양도소득세 등 부과처분 내역은 【표1】과 같다.

2) 주식발행법인인 B의 사업자등록내역은 【표2】와 같다.

 3) B의 2021년 이후 주식변동내역은【표3】과 같다.

4) B는 2021.6.24. 청구인 D 비롯한 주주 E, F, H, G으로부터 주식 14,000주를 1주당 76,664원에 취득하였다.

 5) 쟁점거래 관련 주식매매계약서는 다음과 같다.

 6) 쟁점거래 관련 이사회의사록 내용은 다음과 같고, 취득단가는 “상증법 제63조 및 상증법시행령 제54조에 의거 평가한 금액”으로 확인된다.

 7) B가 2021.5.17. 발송한 자기주식 양도요청서 내용은 다음과 같다.

 8) 쟁점거래 관련 B의 비상장주식 평가내용을 보면 2020.12.31.을 평가기준일로 평가한 것으로 나타난다.

 9) 조사청은 쟁점주식의 시가를 2021.6.24. 기준 가결산한 재무제표를 근거로 1주당 243,558원으로 평가하였다.

 10) 조사종결보고서에서 확인되는 주식평가 관련 내용은 다음과 같다.

 11) 쟁점거래에 대한 B의 양도인별 양도대금 지급내역은 다음과 같다.

 12) 청구인을 비롯한 주주들의 B 주식 양도에 대한 양도소득세 신고 내역은 다음과 같다.

 13) 조사청은 B에 대한 주식변동조사 결과 주주 F, G, H 보유 주식 16,000주는 E이 명의신탁한 주식으로 확인하였다.

 14) 조사청은 청구인을 비롯한 주주들이 특수관계법인인 B에 해당 법인의 주식을 시가보다 저가로 양도하여 시가와 대가의 차이 2,336,516,000원을 부당하게 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인하고, 명의신탁 주식 중 2021.6.24. 양도된 6,500주를 실소유주인 故 E이 양도한 것으로 보아 「소득세법」제101조에 따라 청구인 K E에게 양도소득세를 과세하였다.

 15) 조사청은 2021.6.24. 명의신탁 주식을 故 E이 양도한 것으로 보고, B의 지배주주와 그 친족이 보유하는 비율이 100분의 30 이상인 특정법인에 해당하며, B가 주주들로부터 주식을 시가보다 낮은 가액으로 저가매입하여 지배주주인 청구인 C가 이익을 얻은 것으로 보아 「상속세 및 증여세법」제45의5에 따라 증여세를 과세하였다.

 16) 조사청의 쟁점주식 평가금액 및 양도소득세, 증권거래세, 증여세 부과처분 내용에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼이 없다.

 17) B의 법인세 신고 및 원천징수이행상황신고서 내용을 살펴보면 2022년 10월 중간배당 810,000,000원을 지급한 내역이 확인되며, B 주주들의 2022년 과세연도 소득세 신고서 상 B으로부터 배당받은 금액에 대한 소득세 신고내역은 다음과 같다.

 18) 청구인은 조사가 진행 중이던 2025.10.1. B을 상대로 서울지방법원에 주식반환청구의 소를 제기하였고 그 내용은 다음과 같다.

라. 판단

청구인은 쟁점거래 당시 외부 회계법인이 제시한 주식평가액에 중대한 착오가 있는 것이 명백하여 당초 거래를 취소하고 원상회복을 위해 주식반환청구의 소를 제기하였으므로, 주식을 저가양도한 것으로 보아 과세한 처분을 취소해 달라고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

구 「상속세 및 증여세법(2003. 12. 30. 법률 제7010호로 개정되기 전의 것)」 제39조제1항제1호다목 소정의 신주의 초과 배정에 의하여 증여의제의 과세 원인이 발생하여 증여세 부과처분이 있은 후에 증자에 관한 주주총회결의나 이사회결의의 부존재확인 소송의 승소판결이 확정되고 그로 인하여 법인등기부에 발행주식 등이 증자 이전의 상태로 회복되었다고 하더라도, 그 판결이 당사자 사이에 담합하여 실제로 주주총회결의나 이사회결의가 부존재하는 것이 아님에도 부존재하는 것처럼 제소하여 받은 것이라면 증여세부과처분에 아무런 영향을 미칠 수 없다고 할 것이다(대법원 2001. 3. 27. 선고 99두10377 판결, 1998. 4. 24. 선고 98두2164 판결 등 참조).

 살피건대, B는 쟁점거래 당시 청구인들의 父 E이 명의신탁한 주식을 포함하여 청구인의 가족들이 100% 보유한 법인인 점,

대표이사 N과 이사인 E의 이사회결의를 통해 경영권 확보를 공고히 하고 가업승계를 원활히 하기 위한 목적으로 자기주식을 취득하기로 결의한 점,

2021.6.24. 청구인을 비롯한 주주 E, F, G, H는 B에 주식을 양도하는 것으로 계약하였고 양도소득세 및 증권거래세를 자진신고한 것이 확인되는 점,

이 사건 주식 양도는 외관상 정상적으로 이루어진 것으로서 세무조사시까지 약 4년간 청구인은 물론 다른 주주들로부터도 아무런 이의제기가 없었고, 세무조사가 진행 중이던 2025.10.1.에서야 주식반환청구의 소를 제기한 점,

 B의 자기주식 취득으로 쟁점거래 이후 청구인 C가 B의 최대주주가 되는 결과가 발생하였고, 실질적인 지분율이 증가하게 되었으며, 주주들이 B으로부터 현금배당을 지급받은 사실도 확인되는 점 등을 미루어 볼 때, 주식반환청구의 소는 세무조사에 따라 양도소득세 및 증여세가 과세되는 것을 회피하기 위하여 특수관계자인 주주 간에 형식적으로 제기한 것으로 보여지므로, 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조제6항 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.