이 유
1. 처분개요
가. A(이하 “청구인”이라 한다)은 2010. 5. 31. 경기도 ○○시 B 토지를 상속으로 취득 후 2016. 10. 21. 부동산매매업 및 주택신축판매업을 주업종으로 하는 면세사업자 등록하였으며, 2018. 10. 18. 부동산 분양 및 분양대행을 주업종으로 하는 주식회사 C(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 설립하였다.
나. 청구인은 2020. 1. 21. 주식회사 D(이하 “신탁사”라 한다)과 쟁점법인을 시행대행사 및 차주로 하여 토지 위에 다세대 주택을 건설하고 토지와 건물을 신탁재산으로 하여 이를 분양하는 관리형토지신탁 계약(이하 “쟁점사업”이라 한다)을 체결하였으며, 2021. 4. 14. 건물 건축 후에 다세대 주택 28호에 대한 분양을 완료하여 9,533백만원의 분양수입이 발생하였다.
다. E세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구인의 면세사업자 소재지 부동산 양도자료를 청구인의 사업소득으로 보아 과세자료를 파생하였고 2021년 발생한 다세대 주택 분양수입에 대해 종합소득세를 신고하지 않은 것으로 확인하여,
2025년 7월 종합소득세 과세자료 해명안내문을 발송하였으나 청구인이 제출한 증빙서류에 의해 소득금액을 계산할 수 없어 2025. 12. 11. 간편장부대상자 기준경비율로 추계결정하여 2021년 귀속 종합소득세 5,257백만원을 결정·고지하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2026. 3. 16. 이 건 이의신청을 제기하였다.
2. 청구인 주장
가. 사실관계 및 사건개요
청구인은 상속으로 취득한 토지에 대해 2019. 3. 4. 신탁사와 부동산담보신탁계약을 체결하고 F신용협동조합을 우선수익자로 지정하였으며 이후 2020. 1. 21. 신탁계약을 관리형 토지신탁 계약으로 변경하면서 쟁점법인을 시행대행사 및 차주로, ㈜G을 시공사로, H은행 및 I저축은행을 대주단으로 각각 지정하여 쟁점사업을 추진하였다.
쟁점법인은 2018. 10. 18. 설립된 법인으로 쟁점사업의 인허가, 착공, 시공관리, 분양업무 등 일체의 사업을 청구인을 대행하여 수행한 시행대행사이며 청구인은 전체 분양수입에 대하여 사업소득자로서의 납세의무를 부담한다.
또한, 관리형 토지신탁은 신탁사 또는 시행대행사인 쟁점법인이 법적 명의인으로서 각종 계약의 당사자가 되어 이에 따른 세금계산서 등 각종 증빙서류도 수탁자 또는 시행대행사 명의로 수수되는 것이 일반적이며 이러한 구조는 부동산개발사업에서 위험 분산, 담보 제공, 자금 관리 등의 목적으로 광범위하게 활용되는 정상적이고 합법적인 사업구조이다.
처분청은 쟁점사업의 실제 수익자이자 사업주체는 청구인임을 인정하여 전체 분양수입을 청구인의 사업소득으로 귀속시켜 종합소득세를 부과하면서 사업수행 과정에서 발생한 시행대행사인 쟁점법인의 명의로 계약된 각종 비용(이하 “쟁점비용”이라 한다)에 대하여는 종합소득세 미신고라는 이유로 경비를 인정하지 않았다.
이는 청구인에게 수입은 귀속시키면서 비용은 인정하지 않는 모순된 처분으로 실질과세의 원칙 및 수익·비용 대응원칙에 정면으로 배치되는 위법한 처분이다.
나. 청구주장
1) 실질과세의 원칙 위반
쟁점사업의 기초가 되는 토지는 청구인의 소유이며 신탁계약에서 청구인은 위탁자이자 수익자로 지정되어 있고 쟁점사업에서 발생한 모든 이익과 비용 부담은 최종적으로 청구인에게 귀속되며 쟁점법인은 단순히 청구인을 대행하여 사업을 수행하는 시행대행사에 불과하여 사업수입은 청구인에게 귀속되었다.
「국세기본법」제14조 제1항에 따라 수입에 대하여 실질과세 원칙을 적용하여 청구인을 납세의무자로 인정하였다면 비용에 대하여도 동일한 실질과세 원칙을 적용하여 청구인이 실질적으로 부담한 비용을 필요경비로 인정하여야 한다.
계약서상 명의가 쟁점법인 또는 수탁자로 기재된 것은 관리형 토지신탁 구조상 불가피한 것이며 실질적으로 모든 비용은 모두 청구인의 사업에서 발생한 비용이고 그 경제적 부담은 최종적으로 청구인에게 귀속되므로 실질과세의 원칙에 따라 해당 비용을 청구인의 필요경비로 인정하여야 한다.
2) 수익·비용 대응 원칙 위반
처분청은 쟁점사업의 분양수입 전액을 청구인의 수익으로 인식하면서도 해당 분양수입을 창출하기 위하여 실질적으로 지출된 비용들을 필요경비에서 제외하였는바 이는 수익은 실질에 따라 청구인에게 귀속시키면서 비용은 형식적 명의를 근거로 인정하지 않는 것으로 「소득세법」제27조 및 「소득세법 시행령」제55조에 따른 수익·비용 대응원칙에 위반된다.
3) 필요경비로 인정되어야 할 비용
쟁점사업의 수익을 창출하기 위하여 실질적으로 지출된 비용은 다음과 같으며 실질과세의 원칙 및 수익·비용 대응원칙에 따라 청구인의 필요경비로 인정되어야 한다.
가) 부지조성공사비(쟁점비용①)
쟁점사업을 위해 토지 위에 건축물을 건축하고 분양하기 위한 부지조성공사 및 측량설계 용역은 반드시 필요하며 분양수입을 창출하기 위해 직접적으로 지출한 비용인 209,493,000원은 필요경비로 인정되어야 한다.
나) 건축공사비(쟁점비용②)
분양수입을 얻기 위해 건축물의 신축이 필수적이며 이를 위해 시공사에게 지출한 공사비 6,027,295,335원은 필요경비로 인정되어야 한다.
다) 인테리어 설계비(쟁점비용③)
분양가격 극대화 및 수요자 유치를 위해 인테리어 설계는 분양수입 창출에 직결되는 비용이므로 쟁점사업의 인테리어 설계 용역에 대한 20,900,000원은 필요경비로 인정되어야 한다.
라) 건축설계비(쟁점비용④)
건축허가를 위한 건축설계는 쟁점사업에 있어 법적 필수 요건이자 사업 수행의 전제조건이며 건축설계비는 건축물 신축을 위한 필수 비용으로써 그 경제적 부담이 청구인에게 귀속되므로 건축설계 용역에 대한 107,800,000원은 필요경비로 인정되어야 한다.
마) 상수도 관로공사비(쟁점비용⑤)
상수도 관로공사는 건축물 사용승인 및 입주를 위한 법적 필수 요건으로써 분양수입 창출에 직접적으로 기여하는 비용이며, 해당 비용의 경제적 부담은 청구인에게 귀속되므로 건축물 상수도 관로공사비 140,000,000원은 필요경비로 인정되어야 한다.
바) 분양대행수수료(쟁점비용⑥)
분양대행수수료는 분양수입을 창출하기 위하여 직접적으로 지출된 비용으로 수익·비용 대응원칙 상 분양수입에 직접 대응되는 비용이며 분양대행계약의 실질적 위임인은 청구인이므로 분양대행수수료 902,405,440원은 청구인의 필요경비로 인정되어야 한다.
사) 토지원가(쟁점비용⑦)
「소득세법」제97조 및 「소득세법 시행령」제163조에 의하면 사업소득금액 계산 시 사업과 관련하여 사용된 자산의 취득가액은 필요경비에 산입되므로 청구인이 상속받은 토지는 쟁점사업의 사업장으로써 분양수입 창출의 기본적 전제가 되는 자산으로 그 취득가액은 쟁점사업의 필요경비로 인정되어야 한다.
상속으로 취득한 자산의 취득가액은 「상속세법」 및 「소득세법」의 관련 규정에 따라 상속세 과세가액을 취득가액으로 인정하며 이에 따른 상속세 개시일 기준 개별공시지가로 산출된 토지 취득가액 1,389,471,000원은 필요경비로 인정되어야 한다.
아) 이자비용(쟁점비용⑧)
쟁점사업을 위한 프로젝트파이낸싱(PF) 차입금은 사업의 자금조달을 위한 것으로써 차입금의 명의가 쟁점법인으로 되어있다 하더라도 쟁점사업을 위한 것이므로 이자비용의 경제적 부담은 최종적으로 청구인에게 귀속되는 것이며,
관리형 토지신탁 구조에서 시행대행사인 쟁점법인이 차주로서 PF대출을 받는 것은 일반적인 사업 관행이며 이자비용의 실질적 부담자는 위탁자이자 수탁자인 청구인이다.
따라서 쟁점법인 명의의 PF 차입금에 대한 이자비용 265,906,076원은 청구인의 필요경비로 인정되어야 한다.
자) 기타 수수료(쟁점비용⑨)
쟁점사업과 관련하여 지출된 각종 용역비, 수수료 제 경비인 2018년∼2020년 귀속분 420,489,786원, 2021년 귀속분 67,045,071원 총 합계 487,534,857원은 인허가, 등기, 행정처리, 금융 관련 수수료로 쟁점사업에 필수적인 비용들이며 각각의 비용은 쟁점사업과 관련성이 명확하고 그 경제적 부담이 청구인에게 귀속되므로 필요경비로 인정되어야 한다.
다. 결론
처분청은 쟁점사업의 분양수입을 신청인의 사업소득으로 귀속시키면서 그 수익을 창출하기 위하여 실질적으로 지출된 비용의 필요경비 인정을 거부하는 모순된 처분을 하였다.
「국세기본법」제14조의 실질과세의 원칙에 의해 수입의 귀속에 실질과세를 적용하였다면 비용의 귀속에도 동일하게 실질과세를 적용하여야 하며, 수익·비용 대응원칙에 의하면 특정 수익을 창출하기 위하여 지출된 비용은 해당 수익에 대응시켜 필요경비로 인정하여야 한다.
또한, 관리형 토지신탁 구조상 시행대행사인 쟁점법인 명의의 도급계약은 불가피한 것이며 해당 비용의 실질적 귀속자는 청구인이다.
따라서 처분청이 청구인에게 한 종합소득세 부과 처분 중 분양수입과 대응하는 비용 합계 금 9,550,805,708원에 해당하는 필요경비를 인정하지 아니한 부분은 위법·부당하다 할 것이므로 이를 취소하여 주시기 바라며,
해당 분양사업의 실패로 인해 청구인은 현재 큰 빚을 지고 있으며 남은 재산에 대해서도 금융권의 압류 및 각종 소송 등에 휘말린 상태임을 혜량해 주시길 간곡히 부탁드리는 바이다.
3. 처분청 의견
위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배·통제하는 경우 「부가가치세법」제3조에 따라 위탁자가 납세의무자에 해당하며 수탁자 또는 시행대행사인 쟁점법인 명의로 발급받은 세금계산서 등은 「부가가치세법」제32조에 따른 적법한 세금계산서가 아니므로 청구인의 필요경비로 인정될 수 없다.
다만, 거래의 명칭이나 형식과 상관없이 그 실질 내용에 따라 적용하기 위해서는 이를 주장하는 자인 청구인이 적극적으로 입증하여야 하는 것으로 수차례 해명안내 등을 하였음에도 적극적으로 해명하지 않은 것에 대한 책임이 청구인에게 있다.
청구인은 개인의 실질 소득을 주장하면서도 쟁점법인의 2020년∼2021년 귀속 법인세 신고 시 재무상태표상 미완성공사와 분양선수금 등 금액을 반영하고 청구인의 실질적 필요경비라고 주장한 이자비용도 손익계산서 상 이자비용으로 신고하였다.
이러한 청구인의 주장은 이율배반적인 것으로 실질과세의 논리를 들어 청구인에게 유리한 방식으로 세법을 적용하려는 의도가 있다고 보이며 개인과 법인 간의 법인격이 엄격히 구별되어야 함에도 이를 형해화 할 우려가 있고,
청구인이 필요경비로 제시한 내역과 전산상 확인되는 세금계산서 등 발급내역이 일치하지 않아 그 비용을 실질적으로 청구인이 부담하였다는 입증자료도 부족하다.
또한, 2020년 귀속 필요경비는 2020년 귀속 종합소득세 신고 시 해당 비용을 반영하여 결손금으로 신고하고 2021년 귀속 종합소득세 장부 신고하여 이월결손금으로 인정받았어야 할 것으로, 2020년∼2021년 귀속 종합소득세 신고 의무를 이행하지 않아 필요경비로 인정하기 어려운바 당초 추계결정하여 고지한 처분은 정당하다.
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
쟁점비용이 청구인의 수입금액에 대응하는 필요경비인지 여부
나. 관련법령
1) 국세기본법 제14조【실질과세】
① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
2) 소득세법 제2조의3【신탁재산 귀속 소득에 대한 납세의무의 범위】
① 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 이익을 받을 수익자(수익자가 사망하는 경우에는 그 상속인)에게 귀속되는 것으로 본다.
② 제1항에도 불구하고 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 통제하는 등 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 신탁의 경우에는 그 신탁재산에 귀속되는 소득은 위탁자에게 귀속되는 것으로 본다.
3) 소득세법 제27조【사업소득의 필요경비의 계산】
① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.
② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.
③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
3-1) 소득세법 시행령 제55조 【사업소득의 필요경비의 계산】
① 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격(매입에누리 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용. 이 경우 사업용외의 목적으로 매입한 것을 사업용으로 사용한 것에 대하여는 당해 사업자가 당초에 매입한 때의 매입가액과 그 부대비용으로 한다.
1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련한 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)
2. 부동산의 양도 당시의 장부가액(건물건설업과 부동산 개발 및 공급업의 경우만 해당한다). 이 경우 사업용 외의 목적으로 취득한 부동산을 사업용으로 사용한 것에 대해서는 해당 사업자가 당초에 취득한 때의 제89조를 준용하여 계산한 취득가액을 그 장부가액으로 한다.
4) 소득세법 제80조【결정과 경정】
① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제70조, 제70조의2, 제71조 및 제74조에 따른 과세표준확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 해당 과세기간 과세표준과 세액을 결정한다.
(중략)
③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사 결정할 수 있다.
4-1) 소득세법 시행령 제143조 【추계결정 및 경정】
① 법 제80조제3항 단서에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 과세표준을 계산할 때 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 한국표준산업분류에 따른 동종업종 사업자의 신고내용 등에 비추어 수입금액 및 주요 경비 등 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우
2. 기장의 내용이 시설규모ㆍ종업원수ㆍ원자재ㆍ상품 또는 제품의 시가ㆍ각종 요금 등에 비추어 허위임이 명백한 경우
3. 기장의 내용이 원자재사용량ㆍ전력사용량 기타 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 경우
② 법 제80조제3항 단서에 따라 과세표준을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 제3항에 따라 산출한 소득금액에서 법 제50조, 제51조, 제52조에 따른 인적공제와 특별소득공제를 하여 과세표준을 계산한다.
③ 법 제80조제3항 단서에 따라 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각 호의 방법에 따른다. 다만, 제1호의2는 단순경비율 적용대상자만 적용한다.
1. 수입금액에서 다음 각 목의 금액의 합계액(수입금액을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 제외한다)을 공제한 금액을 그 소득금액(이하 이 조에서 "기준소득금액"이라 한다)으로 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 기준소득금액이 제1호의2에 따른 소득금액에 기획재정부령으로 정하는 배율을 곱하여 계산한 금액 이상인 경우 2027년 12월 31일이 속하는 과세기간의 소득금액을 결정 또는 경정할 때까지는 그 배율을 곱하여 계산한 금액을 소득금액으로 결정할 수 있다.
가. 매입비용(사업용 유형자산 및 무형자산의 매입비용을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)과 사업용 유형자산 및 무형자산에 대한 임차료로서 증빙서류에 의하여 지출하였거나 지출할 금액
나. 종업원의 급여와 임금 및 퇴직급여로서 증빙서류에 의하여 지급하였거나 지급할 금액
다. 수입금액에 기준경비율을 곱하여 계산한 금액. 다만, 복식부기의무자의 경우에는 수입금액에 기준경비율의 2분의 1을 곱하여 계산한 금액
1의2. 수입금액(「고용정책 기본법」제29조에 따라 고용노동부장관이 기업의 고용유지에 필요한 비용의 일부를 지원하기 위해 지급하는 금액으로 기획재정부령으로 정하는 것은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에서 수입금액에 단순경비율을 곱한 금액을 공제한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법
1의3. 법 제73조제1항제4호에 따른 사업소득(이하 "연말정산사업소득"이라 한다)에 대한 수입금액에 제201조의11제4항에 따른 연말정산사업소득의 소득률을 곱하여 계산한 금액을 그 소득금액으로 결정 또는 경정하는 방법
2. 기준경비율 또는 단순경비율이 결정되지 아니하였거나 천재ㆍ지변 기타 불가항력으로 장부 기타 증빙서류가 멸실된 때에는 기장이 가장 정확하다고 인정되는 동일업종의 다른 사업자의 소득금액을 참작하여 그 소득금액을 결정 또는 경정하는 방법. 다만, 동일업종의 다른 사업자가 없는 경우로서 과세표준확정신고후에 장부등이 멸실된 때에는 법 제70조의 규정에 의한 신고서 및 그 첨부서류에 의하고 과세표준확정신고전에 장부등이 멸실된 때에는 직전과세기간의 소득률에 의하여 소득금액을 결정 또는 경정한다.
3. 기타 국세청장이 합리적이라고 인정하는 방법
5) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】
① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
5-1) 소득세법 시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】
⑨ 상속 또는 증여(법 제88조제1호 각 목 외의 부분 후단에 따른 부담부증여의 채무액에 해당하는 부분도 포함하되, 「상속세 및 증여세법」제34조부터 제39조까지, 제39조의2, 제39조의3, 제40조, 제41조의2부터 제41조의5까지, 제42조, 제42조의2 및 제42조의3에 따른 증여는 제외한다)받은 자산에 대하여 법 제97조제1항제1호가목을 적용할 때에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가한 가액(같은 법 제76조에 따라 세무서장등이 결정ㆍ경정한 가액이 있는 경우 그 결정ㆍ경정한 가액으로 한다)을 취득당시의 실지거래가액으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따라 1990년 8월 30일 개별공시지가가 고시되기 전에 상속 또는 증여받은 토지의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조제4항의 규정에 의한 가액중 많은 금액
2. 「상속세 및 증여세법」제61조제1항제2호 내지 제4호의 규정에 의한 건물의 기준시가가 고시되기전에 상속 또는 증여받은 건물의 경우에는 상속개시일 또는 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액과 제164조제5항 내지 제7항의 규정에 의한 가액 중 많은 금액
6) 소득세법 제160조의2【경비 등의 지출증명 수취 및 보관】
① 거주자 또는 제121조제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다.
② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제163조 및 「법인세법」 제121조에 따른 계산서
2. 「부가가치세법」 제32조에 따른 세금계산서
3. 「여신전문금융업법」에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)
4. 제162조의3제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 "현금영수증"이라 한다)
③ 제2항을 적용할 때 사업자가 다음 각 호에 해당하는 경우에는 같은 항에 따른 증명서류의 수취ㆍ보관의무를 이행한 것으로 본다.
1. 제2항제1호의 계산서를 발급받지 못하여 제163조의3에 따른 매입자발행계산서를 발행하여 보관한 경우
2. 제2항제2호의 세금계산서를 발급받지 못하여 「부가가치세법」 제34조의2 제2항에 따른 매입자발행세금계산서를 발행하여 보관한 경우
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 비용 지출에 대한 증명서류의 수취ㆍ보관에 관한 사항과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
7) 부가가치세법 제3조【납세의무자】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 개인, 법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다), 법인격이 없는 사단ㆍ재단 또는 그 밖의 단체는 이 법에 따라 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 사업자
2. 재화를 수입하는 자
② 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 신탁재산(이하 "신탁재산"이라 한다)과 관련된 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 「신탁법」제2조에 따른 수탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제8조, 제10조 제9항 제4호, 제29조 제4항, 제52조의2 및 제58조의2에서 "수탁자"라 한다)가 신탁재산별로 각각 별도의 납세의무자로서 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「신탁법」제2조에 따른 위탁자(이하 이 조, 제3조의2, 제10조 제8항, 같은 조 제9항 제4호, 제29조 제4항 및 제52조의2에서 "위탁자"라 한다)가 부가가치세를 납부할 의무가 있다.
1. 신탁재산과 관련된 재화 또는 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우
2. 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배ㆍ통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우
3. 그 밖에 신탁의 유형, 신탁설정의 내용, 수탁자의 임무 및 신탁사무 범위 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우
8) 부가가치세법 제32조【세금계산서 등】
① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
3. 공급가액과 부가가치세액
4. 작성 연월일
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항
9) 상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙 등】
① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.
10) 상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】
① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
1. 토지
「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법으로 평가한 가액으로 한다.
다. 사실관계
1) 기초사실
가) 처분청이 결정·고지한 2021년 과세연도 종합소득세 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
나) 청구인의 사업소득 수입금액 관련한 부동산 양도자료는 다음과 같다.
(표 생략)
다) 청구인의 사업소득 수입금액 관련한 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.
(표 생략)
라) 쟁점법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.
(표 생략)
마) 쟁점법인의 법인등기사항일부증명서는 다음과 같다.
(그림 생략)
바) 쟁점법인의 2018년∼2021년의 법인세 신고내역은 다음과 같다.
(표 생략)
사) 쟁점사업으로 총 28세대의 다세대주택(5개동)이 신축되었으며, 이 중 101동의 건축물대장은 다음과 같다.
(그림 생략)
아) 쟁점사업으로 분양완료 후 소유권 이전된 다세대주택 중 일부(101동 101호)의 부동산등기부등본은 다음과 같다.
(그림 생략)
2) 청구인이 주장하는 필요경비로 인정되어야 할 비용 내역과 처분청의 확인 금액은 다음과 같다.
(표 생략)
3) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.
가) 청구인이 쟁점법인을 시행대행사 및 차주로 하여 신탁사와 맺은 관리형 토지신탁 계약 내용은 다음과 같다.
(그림 생략)
나) 부지조성공사비(쟁점비용①)에 대한 공사비 내역서는 다음과 같다.
(그림 생략)
다) 건축공사비(쟁점비용②)에 대한 공사비 정산서는 다음과 같다.
(그림 생략)
라) 인테리어설계비(쟁점비용③)에 대한 계약서는 다음과 같다.
(그림 생략)
마) 건축설계비(쟁점비용④)에 대한 비용 정산 내역은 다음과 같다.
(그림 생략)
바) 상수도 관로공사비(쟁점비용⑤)에 대한 도급계약서는 다음과 같다.
(그림 생략)
사) 분양대행수수료(쟁점비용⑥)에 대한 청구내역서는 다음과 같다.
(그림 생략)
아) 토지원가(쟁점비용⑦)에 대한 토지 상속 내역 및 상속세 개시일 기준 개별공시지가는 다음과 같다.
(그림 생략)
자) 이자비용(쟁점비용⑧)에 대한 쟁점법인 법인세 신고서 상 이자비용 내역은 다음과 같다.
(그림 생략)
차) 기타수수료(쟁점비용⑨)에 대한 매입세금계산서 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
3) 처분청이 제출한 자료는 다음과 같다.
가) 처분청이 청구인의 부동산 양도 관련 과세자료에 대해 2025. 7. 9. 및 2025. 7. 21. 발송한 문자 내용과 해명안내문은 다음과 같다.
(그림 생략)
나) 처분청은 쟁점법인의 재무상태표 상 미완성공사와 분양선수금 등 금액이 반영되어 있어 쟁점비용을 청구인의 수입금액에 대응하는 필요경비로 인정할 수 없다고 주장하며 제출한 법인세 신고서 내용은 다음과 같다.
(그림 생략)
다) 쟁점법인의 매입계산서 내역은 다음과 같다.
(표 생략)
라. 판단
청구인은 쟁점사업의 실질적인 수익자이므로 사업수행 과정에서 발생한 쟁점비용은 청구인의 수입금액에 대응하는 필요경비로 인정되어야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.
「소득세법」제27조 제1항은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다고 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제55조 제1항은 사업소득의 각 과세기간의 총수입금액에 대응하는 필요경비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것 외에는 다음 각 호에 규정한 것으로 한다고 규정되어 있으며, 제1호는 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가격과 그 부대비용이, 제28호는 제1호부터 제27호까지의 경비와 유사한 성질의 것으로서 해당 총수입금액에 대응하는 경비가 규정되어 있다.
또한, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득 확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 하나,
경험칙상 필요경비의 발생이 명백한 경우에 있어서는 납세의무자의 입증이 없거나 불충실하다 하여 필요경비를 영(零)으로 보는 것은 경험칙에 반하므로 과세관청이 실지조사가 불가능한 경우에 시행하는 추계조사의 방법에 의하여 산정이 가능한 범위 내에서는 과세관청이 그 금액을 입증하여야 하고 납세의무자가 이보다 많은 필요경비를 주장하는 경우에는 납세의무자에게 그 입증의 필요가 돌아가며, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다고 판단한 바가 있다(대법원 91누10909, 1992. 7. 28. 판결, 대법원 2002두1588, 2004. 9. 23. 판결, 수원지방법원 2015구합67596, 2016. 6. 2. 등 참조).
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 추계과세는 실지조사가 불가능하여 추계의 방법에 의할 수밖에 없는 경우에 한하여 허용되는 것이고 그 방법과 내용 또한 가능한 한 실제 소득금액에 근접하도록 합리성과 타당성을 갖추어야 하고(대법원 96누12054, 1997. 9. 9.), ② 쟁점사업과 관련하여 실제 주택신축판매가 이루어져 청구인 명의로 수입금액이 발생한 사실이 확인되어 사업 수행 과정에서 일정한 비용이 발생하였을 가능성을 배제하기 어려우며, ③ 청구인이 쟁점비용 관련하여 제출한 관리형 토지신탁계약서, 정산서, 토지원가 관련 입증자료 등을 보아 필요경비가 전혀 존재하지 않는 것으로 단정하기 어려우므로,
청구인이 제출한 필요경비 내역의 실제 귀속 주체 및 지출 사실 등을 살펴 청구인의 수입금액에 대응하는 필요경비에 해당하는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당할 것으로 판단된다.
5. 결론
이 건 이의신청은 사실관계 확인 등 추가적인 조사가 필요하므로 「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
