이 유

1. 사실관계 및 처분개요

가. A(이하 “청구인”이라 한다)는 경기도 부천시 원미구 B건물 C호에서 건축토목공사 건설업을 영위하는 E 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사로, 쟁점법인은 2015.4.21. 개업하여 2024.6.30. 폐업하였다.

나. D지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 쟁점법인에 대해 2024.4.17.부터 2024.9.6.까지 실시한 2019〜2022 사업연도 법인통합조사 결과 쟁점법인의 계좌에서 前대표이사인 F의 개인계좌(이하“쟁점계좌”라 한다)로 7,320,864,542원(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 출금하면서 쟁점법인의 계좌내용에는 거래처의 상호를 기재하였으나 거래처에 지급되지 않았고 그 중 일부는 거래처 부채계정과 상계처리한 사실이 확인되어, 가공매입과 업무무관 가지급금 인정이자를 계산한 후 법인세 1,581,985,170원, 부가가치세 658,799,480원, 총 2,240,784,650원을 쟁점법인에게 경정·고지하고,

 가공매입 4,793,800,000원, 업무무관 가지급금 2,527,064,542원에 대한 인정이자 276,870,809원, 총 5,070,670,809원을 청구인의 상여로 소득처분한 뒤 청구인의 주소지 관할인 G세무서장(이하“처분청”이라 한다)에게 소득금액 변동통지를 하였다.

다. 청구인이 소득금액 변동통지에 따른 종합소득세 수정신고를 하지 않아 처분청은 청구인의 2020년〜2022년 과세연도 종합소득세 2,372,433,087원을 과세하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였고 청구인은 이에 불복하여 2026.2.19. 과세전적부심사청구를 제기하였으나 2026.3.31.「불채택」결정되어 2026.4.3. 처분청은 2020년〜2022년 과세연도 종합소득세 2,415,540,652원을 고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2026.5.4. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 쟁점금액은 사업에 사용한 금액으로 상여처분 대상이 아니다.

 1) 2016.3.29.부터 2022.6.30.까지 쟁점법인의 대표¹⁾이사는 청구인의 형인 F로 등록되었으나, 실제 쟁점법인의 모든 운영은 청구인이 본인의 책임 아래 관리해왔고 2022.7.1.에 청구인이 실질에 맞게 대표이사로 등재되었다.

 2) 건설업종을 영위하는 쟁점법인의 경우 전문건설면허를 보유한 업체와 연계되어 사업을 진행할 수밖에 없는 특성이 있어 쟁점법인과 전문건설면허를 보유한 H 주식회사, I㈜(이하 “특수관계법인들”이라 한다)와 함께 건설업법 규정을 준수하여 공사를 진행하였다.

 3) 공사 현장은 기성금이 제때 입금되지 않았어도 지급해야할 금액이 수시로 발생하기 때문에 항상 운영자금이 부족했고, 자금이 부족하여 임직원의 신용카드를 사업에 사용할 때도 있어 쟁점법인과 특수관계법인들 3개 회사의 자금을 쟁점계좌로 일원화하여 운용할 수밖에 없는 상태였으며,

  쟁점법인의 계좌에서 쟁점계좌로 출금된 금액 일부는 3개 회사의 자금을 관리하는 과정에서 운용자금이 부족할 때를 대비하고자 매입처에게 지급할 금액을 쟁점계좌로 출금한 뒤 청구인이 각 회사가 결제하여야 할 매입대금, 인건비 등을 지급한 것이다.

 4) 쟁점법인이 특수관계법인들에 매입대금을 지급하면서 전표상의 계정과목을 외상매입금 지급, 원재료 결제로 계상한 사실과 관련하여, 조사청은 쟁점법인에서 쟁점계좌로 금액이 출금되고 특수관계법인들로 다시 이체된 사실이 없어 쟁점법인과 특수관계인법인들의 거래가 가공매입이라고 보았으나 이것은 단순히 자금의 이동만을 보고 판단한 것으로,

  거래의 실질은 특수관계법인들이 쟁점법인으로부터 매입대금을 수령하고 다시 쟁점계좌로 가지급 또는 대여한 과정이 생략된 것이며, 이는 3개 회사의 대표이사가 청구인으로 동일하여 발생한 거래 형태일 뿐이다.

 5) 조사청은 쟁점법인 계좌에서 쟁점계좌로 출금된 금액의 귀속이 불분명하다는 이유로 쟁점금액을 청구인의 인정상여로 소득처분하였으나, 이는 사업에 사용된 금액이므로 조사청의 소득처분 결정을 인정할 수 없다.

나. 청구인은 쟁점법인을 운영하기 전부터 건설업 계통에서 기술자로 일해왔고 40여 년이라는 기간 건설업체를 운영하면서, 세무신고 등에 착오로 인한 누락이 있었는지는 모르겠으나 성실하게 세금을 납부하였고, 이를 고의로 악용하여 탈세를 저지르기 위한 수단으로 활용한 적은 결단코 없었다.

3. 조사청 의견

가. 쟁점금액은 쟁점법인에서 유출된 자금으로 상여처분 대상이다.

 1) 심문조서 작성 시 청구인은 쟁점법인의 대표이사는 청구인 본인이라고 진술하였으며, 쟁점법인의 계좌에서 쟁점계좌로 출금된 내역을 심문할 때에도 쟁점계좌를 청구인 본인이 관리하였다고 진술하여 쟁점법인의 실제 대표이사는 청구인인 것으로 확인되었다.

 2) 청구인은 다음과 같이 특수관계법인인 H 주식회사와 I㈜를 포함한 매입처로부터 거짓세금계산서를 수취하고 쟁점법인의 前대표이사인 F에게 매입대금을 지급하는 것처럼 위장하여 법인자금을 유출하였다.

  가) 쟁점법인의 계좌에서 쟁점계좌로 대금을 이체하고 법인계좌의 거래내용에는 매입처의 상호를 기재하는 방식을 사용하여 쟁점법인 매입대금의 일부인 7,320,864,542원을 前대표이사인 F의 개인계좌로 유출하였다.

  나) 쟁점법인이 H 주식회사, I㈜, ㈜J 등의 거래처로부터 가공으로 매입한 내역의 전표상 계정과목별 분류는 아래와 같다.

(표 생략)

  다) 쟁점법인은 H 주식회사, I㈜, K에게 매입대금 지급 시 전표상 해당 거래처의 외상매입금 등과 상계처리 하였으나, 실제 대금은 쟁점계좌로 이체되었으며 이체된 후 각 거래처에 대금이 지급된 이력이 확인되지 않아 가공매입으로 확정하고, 가공거래로 확정한 3개 업체의 외상매입금, 원재료(도급) 계정에 계상된 4,794백만원을 청구인에게 상여 처분하였다.

  라) ㈜P, ㈜M, ㈜L 등의 거래처는 금융계좌 및 거래사실 확인서 등을 조사한바 가공매입으로 확정할 수는 없으나 일부 법인자금을 유출한 것으로 확인되어 대표이사 가지급금으로 확정하였다.

 3) 청구인은 특수관계법인들이 쟁점법인으로부터 대금을 수령하여 대표이사에게 가지급하는 과정이 생략되었다고 주장하나,

  심문조서 작성 시 청구인은 쟁점금액을 쟁점법인의 장부에 반영하지 않은 사실을 시인하면서도 대표이사에게 가지급한 과정이 생략되었다는 주장에 대한 증빙을 제시하지 못하였으며, 쟁점금액을 쟁점법인의 운영자금이라고 주장하다가 심문조서 작성 시에는 관계회사의 운영자금으로 사용하였다고 주장을 번복하고 있어 청구인의 진술을 신뢰하기는 어려워 보인다.

 4) 따라서 청구인이 쟁점법인의 계좌에서 쟁점계좌로 이체하여 법인자금을 유출한 점, 거래처에 지급되지 않고 쟁점계좌로 출금된 쟁점금액의 사용 내역을 입증하지 못하는 점, 쟁점금액을 가지급한 것이라는 주장을 뒷받침할 수 있는 자료를 제출하지 못하고 진술의 일관성이 없어 주장을 신뢰하기 어려운 점 등을 종합하면 쟁점금액을 쟁점법인의 대표이사인 청구인에게 상여로 처분한 조사청의 당초 처분은 적법하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점법인 계좌에서 쟁점계좌로 출금된 금액을 대표자 상여로 소득 처분하여 종합소득세를 과세한 것은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

 2) 법인세법 제67조【소득처분】

다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

   1. 제60조에 따른 신고

   2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

   3. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고

 3) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

 4) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 5) 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

   1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

   2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계

 1) 국세청 대내포털시스템에서 확인되는 내용은 다음과 같다.

가) 쟁점법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

  나) 청구인의 총 사업자 등록내역은 다음과 같다.

(표 생략)

  다) 세무조사에 따른 쟁점법인과 특수관계법인들의 부과처분 내역은 아래와 같고, 청구인은 쟁점법인과 특수관계법인들의 부과처분에 대하여는 불복을 제기하지 않은 것으로 확인된다.

(표 생략)

  라) 조사청의 2020～2022년 소득금액 조정 및 처분 내역은 <표7>과 같고 조사청이 가공매입과 인정이자 익금산입액을 소득금액으로 통지함에 따른 처분청의 2020～2022년 과세연도 종합소득세 과세 내역은 <표8>과 같다.

(표 생략)

  마) 2019〜2021 과세기간 쟁점법인과 특수관계법인들의 부가가치세 신고금액 및 법인 간 거래금액은 다음과 같다.

(표 생략)

  바) 쟁점법인이 특수관계법인들로부터 수취한 2019～2021년 매입세금계산서 품목은 다음과 같다.

(표 생략)

  사) 쟁점법인이 건물신축(증축)공사 관련 매출세금계산서를 발급하면 H 주식회사는 철골공사, I㈜는 판넬·창호공사의 매출세금계산서를 발급하는 것으로 확인하였고, 특수관계법인들은 쟁점법인과의 거래 외에는 쟁점법인과 동일하게 건물 신축공사관련 매출세금계산서도 발부하였다.

(그림 생략)

 2) 조사청이 제출한 자료는 다음과 같다.

가) 쟁점계좌로 출금된 것으로 확인한 금액의 연도별 분류는 아래 <표11>과 같고, 출금된 금액 중 <그림4>, <그림5>와 같이 전표상 외상매입금 등과 상계처리하지 않은 금액은 가지급금으로 분류한 것으로 확인된다.

(그림 생략)

(표 생략)

  나) 쟁점법인의 심문조서 내역은 다음과 같다.

(그림 생략)

 3) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

가) 청구인은 2020〜2022년 기간의 쟁점계좌 거래내역 사본을 제출하였고, 위 <그림4>의 거래일인 2020.4월 전후의 거래내역은 다음과 같다.

(그림 생략)

  나) 쟁점계좌의 입·출금 거래내용의 대부분은 공과금, 카드대금, 사업자, 개인과의 이체이며 청구인과 청구인의 자녀 V의 복권(케이토토 등) 구매 관련 출금 내역도 확인된다.

(그림 생략)

  다) 청구인은 쟁점계좌로 출금한 대금이 각 사업을 위하여 운용되었다며 특수관계법인의 전표상 상계처리한 외상매입금 계정의 소명처와 카드납부내역, 청구인의 자녀 V의 차입금 거래내역을 제출하였다.

(그림 생략)

라. 판단

 청구인은 쟁점금액을 대표자 상여로 소득 처분하여 종합소득세를 과세한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

｢법인세법｣ 제67조, ｢법인세법 시행령｣ 제106조제1항제1호 단서에서 ‘법인세 과세표준의 신고·결정 또는 경정이 있는 때 사외로 유출된 금액 중 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다’라고 규정하고 있고,

법인이 매출 사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출 누락액 또는 가공비용액 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 자가 증명하여야 한다(대법원 1999.12.24. 선고 98두16347 판결, 대법원 2012.11.29. 선고 2011두4053 판결 등 참조).

 이상의 사실 관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 청구인은 쟁점법인의 계좌에 매입처의 상호를 기재하여 매입처에게 지급하여야 할 외상매입금을 지급하는 것처럼 가장하였으며 쟁점계좌로 이체된 쟁점금액을 매입처에 다시 지급한 내역도 확인되지 않는 점, ② 쟁점금액은 이자나 변제기일의 약정이 없음은 물론 쟁점계좌로 출금된 이후 입·출금 내역의 사용처도 관리되지 않은 것으로 보여 청구인이 쟁점계좌에서 쟁점금액을 임의로 인출하여 개인적인 용도로 사용하더라도 이러한 행위를 통제하거나 감시·감독할 만한 사람이나 기관도 없었던 것으로 보이는 점, ③ 특수관계법인들이 지급받은 매입대금을 대표이사인 청구인에게 다시 가지급한 과정이 생략된 것이라는 주장을 쟁점법인이 전표상의 가수금 등의 계정으로 관리하지 않고 있어 그 사실을 확인할 수 없는 점, ④ 청구인이 제출한 자료는 전표상 거래처(특수관계법인)의 부채계정과 상계처리된 금액이 실제 특수관계법인의 외상매입대금을 지급한 것이라기 보다는, 청구인이 운용 중인 사업에 전반적으로 사용되는 것으로 보일 뿐 실제 매입임을 입증할 객관적인 증빙이라고 보기 어려운 점 등으로 보아 쟁점금액이 사외로 유출된 것이 아니라거나, 전표상의 외상매입금과 상계처리한 금액이 실제 거래처의 외상매입금이라고 볼 특별한 사정을 인정하기에 부족하다고 판단된다.

 따라서 처분청이 쟁점금액을 대표자 상여로 소득 처분하여 청구인에게 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.