이 유

1. 처분개요

가. 주식회사 A(대표이사 B, 이하 “청구법인”이라 한다)는 1995. 5. 20. 개업하여 경기도 ○○시에서 컨베어계산대, 쇼핑컷트, 진열대 제조업을 영위하는 법인이다.

나. C지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2026. 1. 28.부터 2026. 4. 1.까지 청구법인에 대한 비정기 법인통합조사를 실시한바 2021년∼2024년 사업연도 법인세 연구인력개발에 대한 세액공제를 부인하고,

 2021년 제1기∼제2기 과세기간에 청구법인의 대표이사가 지분율 100%를 보유한 특수관계법인인 D주식회사와 E주식회사로부터 임가공용역을 제공받아 매입한 일부 거래(이하 “쟁점매입거래”라 한다)에 대해,

 실제 거래가 없는 가공거래로 보아 쟁점매입거래 가액을 법인세 익금산입하고 부가가치세 매입세액 불공제하여, 2026. 4. 6. 청구법인에게 2021년∼2024년 사업연도 법인세 235백만원, 2021년 제1기∼제2기 과세기간 부가가치세 70백만원, 대표이사인 B에게 385백만원을 상여로 소득처분한다는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.

다. 이에 청구법인은 연구인력개발 세액공제 부인에 대하여 시인하였으나, 쟁점매입거래를 가공거래라고 본 것에 대해 불복하여 2026. 4. 28. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구인 주장

가. 세무조사결과 통지내용의 내용

청구법인은 2021년 사업연도에 청구외법인 D주식회사로부터 731,064,000원을 매입하고, E주식회사로부터 528,100,000원을 매입하였다.

 조사청은 청구법인이 D주식회사와 E주식회사로부터 매입한 거래 중 350,000,000원에 해당하는 거래(이하 “쟁점매입거래”라 한다)를 가공거래로 판단하여 이 사건 세무조사결과통지를 하였다.

나. 사실관계 및 사건개요

 1) 청구법인과 D주식회사, E주식회사에 관한 설명

  청구법인은 현재 대표이사인 B가 1998. 5. 20. 설립하여 대형마트 등에 진열대, 계산대, 집기 등을 공급하는 사업을 주로 영위하고 있고,

  청구법인이 소재하고 있는 포천지역은 근로자를 구하기 어렵고 외주 임가공업체를 구하기도 쉽지 않아 외국인 근로자를 고용하고 있으며,

 「외국인 근로자의 고용 등에 관한 법률」은 내국인 근로자의 고용보험 피보험자의 숫자에 따라 외국인 근로자를 고용할 수 있도록 규정하고 있다.

(그림 생략)

청구법인의 대표이사 B는 2014. 4. 23. 외국인 근로자를 추가로 고용하는 효과를 보기 위하여 100% 출자하여 D주식회사를 설립하고 청구법인에 재직하고 있는 F를 대표이사로 선임하였으며,

  D주식회사는 청구법인의 사업장에서 청구법인의 기계와 설비를 이용하고 D주식회사가 고용한 근로자로부터 근로를 제공받아 청구법인에게 임가공용역을 제공하는 사업을 영위하였다.

청구법인의 대표이사 B는 D주식회사와 같은 이유로 청구법인에 재직하고 있는 G에게 D주식회사와 같은 사업 구조로 E주식회사를 설립할 것을 제안하였고 G가 제안을 받아들여 2015. 4. 28. E주식회사를 설립하였다.

2021년 기준으로 D주식회사는 6명의 외국인 근로자를, E주식회사는 3명의 외국인 근로자를 고용하고 있다.

 2) 2021년 청구법인과 D주식회사, 대표이사의 거래내용

  가) 청구법인은 D주식회사로부터 64회에 걸쳐 731,064,000원(공급가액)을 매입하였다.

(표 생략)

나) 당시 D주식회사의 대표이사 F는 D주식회사로부터 3회에 걸쳐 112,000,000원을 차입하여 3회에 걸쳐 청구법인 대표이사인 B에게 110,000,000원을 대여하였다.

  다) F는 B로부터 20회에 걸쳐 699,500,000원을 상환받아 23회에 걸쳐 D주식회사에 712,204,974원을 상환하였다.

(표 생략)

 3) 2021년 청구법인과 E주식회사, 대표이사의 거래내용

  가) 청구법인은 E주식회사로부터 49회에 걸쳐 528,100,000원(공급가액)을 매입하였다.

(표 생략)

나) 당시 E주식회사의 대표이사 H은 E주식회사로부터 6회에 걸쳐 275,000,000원을 차입하여 6회에 걸쳐 청구법인 대표이사인 B에게 275,000,000원을 대여하였다.

  다) H은 B로부터 15회에 걸쳐 334,500,000원을 상환받아 18회에 걸쳐 E주식회사에 408,098,203원을 상환하였다.

(표 생략)

다. 조사청의 부과처분

 조사청은 D주식회사의 대표이사 F와 E주식회사의 대표이사 H가 청구법인의 대표이사 B에게 대여한 합계금액 385,000,000원을 가공거래의 공급대가로 판단하여 이 사건 세무조사결과통지를 한 것으로 추정된다.

라. 이 사건 세무조사결과통지의 위법·부당성

 1) 조사청은 청구법인의 대표이사가 D주식회사, E주식회사 대표이사로부터 차입한 금액을 가공거래의 공급대가로 판단하였는데, 이 금전소비대차 거래가 청구법인이 가공으로 매입거래를 하였음을 입증하지는 못한다.

 2) 청구법인의 대표이사는 D주식회사, E주식회사 대표이사로부터 2021년에 차입한 채무를 2021년에 모두 상환하였고,

 D주식회사, E주식회사의 대표이사는 청구법인 대표이사로부터 상환받은 돈으로 각 법인으로부터 차입한 가지급금을 상환하였으며,

 D주식회사, E주식회사의 법인세 신고시 가지급금에 대한 인정이자를 계산하여 익금에 산입하였다.

 청구법인의 대표이사와 D주식회사, E주식회사 대표이사 간의 금전소비대차 거래는 영세한 청구법인의 운영자금 조달을 위한 지극히 정상적인 거래이다.

3) 상기와 같이 정상거래인 쟁점매입거래를 조사청에서 가공거래라고 판단하면서도 이에 대한 입증을 하지 못하고 있으므로,

 쟁점매입거래의 매입금액을 손금에 산입하여 법인세를 산정하고, 관련 부가가치세를 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 산정하고, B에 대한 소득처분을 취소하여야 한다.

3. 처분청 의견

가. 처분경위 및 처분내용

 세무조사 결과, 청구법인은 2021년 제1기∼제2기 특수관계법인인 D주식회사, E주식회사로부터 매입 과정에서 실제 거래 금액보다 과다하게 대금을 지급한 사실(이하 “과다매입액”이라 한다)이 확인되어,

 조사청은 청구법인에게 2021년∼2024년 귀속 법인세 및 부가가치세 총 304,596,690원을 결정·고지한다는 세무조사결과통지를 하였다.

나. 사실관계

1) 청구법인은 대표이사 B가 100% 지분을 보유한 특수관계법인인 D주식회사, E주식회사로부터 임가공 용역을 제공받은 후 세금계산서를 수취하였으며,

청구법인이 특수관계법인으로부터 수취한 세금계산서 중 2021년 과다 수취 대상이 되는 매입세금계산서 금액은 D주식회사 131,300,400원, E주식회사 281,314,000원으로 총 412,614,400원이다.

2) 조사청이 청구법인에 대해 2021년∼2024년 귀속분 법인사업자 통합조사를 실시한바, 청구법인은 2021년 귀속 법인세 신고 시 특수관계법인인 D주식회사, E주식회사로부터 세금계산서를 수취하면서 쟁점매입금액을 과다하게 계상한 후,

 쟁점매입금액을 특수관계법인이 특수관계법인 대표이사에게 지급하고, 특수관계법인 대표이사는 다시 청구법인 대표이사의 농협은행 계좌로 재이체한 것을 확인하였다.

3) 청구법인은 특수관계법인으로부터 세금계산서를 수취하면서 D주식회사의 경우 파레트랙-연결(타이빔), E주식회사의 경우 전시용 진열대로 작성하였고 이에 대하여 청구법인의 대표이사 B는 인건비를 품목명에 넣으면 구매카드로 세금계산서 발급이 되지 않기 때문에 품목명을 달리하여 세금계산서를 수취한 것이라 진술한바 있다.

다. 이 사건 처분의 적법성 및 청구주장에 대한 반박 등

 1) 청구법인은 특수관계법인 대표이사로부터 청구법인 대표이사 B에게 재이체한 금액이 금전소비대차 거래라 주장하나 이는 사실과 다르다.

 2) 청구법인은 특수관계법인으로부터 세금계산서를 수취하면서 구매카드로 거래 대금을 결제하였고, 구매카드로 대금을 결제하는 경우 특수관계법인 계좌로 즉시 현금이 이체되는 반면 결제자는 결제일로부터 90일까지 지급일 설정이 가능하다.

 3) 이러한 구매카드 특성을 이용하여 청구법인은 특수관계법인에 구매카드로 대금을 결제하고 즉시 현금을 이체받은 특수관계법인은 지급 받은 대금 중 일부를 각 특수관계법인 대표이사인 F(D주식회사 대표), H(E주식회사 대표)에게 지급하였고 F 및 H은 이체 받은 금액을 다시 청구법인의 대표이사 B에게 재이체 하였으며 해당 대금은 총 385,000,000원이다.

4) 이후 청구법인 대표이사 B는 지급 받은 대금을 포함하여 407,000,000원을 청구법인 계좌에 입금하였고, 청구법인은 이를 가수금으로 처리하였다.

5) 위 사실관계를 종합하면 다음과 같은 거래흐름이 나타난다.

(표 생략)

6) 위 거래 내역에 대하여 청구법인은 아래 표와 같이 회계처리를 한 바 있다.

(표 생략)

7) 특수관계법인 대표가 청구법인 대표이사 B의 농협은행 계좌로 매입 대금을 재이체하고 B가 해당 대금을 청구법인에 출금한 금액을 정리하면 아래와 같다.

(표 생략)

 8) 청구법인은 대표이사 B로부터 수취한 자금을 청구법인의 가수금으로 회계처리 하였다.

(표 생략)

9) 청구법인과 특수관계법인과의 세금계산서 거래 금액은 412,614,400원이고 특수관계법인의 대표이사가 청구법인 대표이사에게 자금을 이체한 금액은 385,000,000원이며 청구법인의 대표이사 B가 청구법인에 재차 이체한 자금은 407,000,000원에 해당하여 위와 같은 거래 내역을 종합하면 아래 표와 같다.

(표 생략)

 10) B 농협은행 계좌의 자금 흐름을 보았을 때, 청구법인이 특수관계법인에 지급한 대금 412,614,400원 중 385,000,000원은 세금계산서 발급시기와 특수관계법인의 대표이사가 청구법인의 대표이사 B 계좌로 자금을 송금한 시기가 같거나 비슷하고, 특수관계법인 대표로부터 수취한 대금을 당일에 청구법인 계좌로 이체하여 위와 같은 자금 흐름으로 이어지며 이는 일반적인 매입거래에서 일어나지 않는 행위에 해당한다.

 11) 청구법인은 특수관계법인으로부터 세금계산서를 수취하면서 거래품목은 D주식회사의 경우 파레트랙-연결(타이빔)이고 E주식회사는 전시용 진열대이나 해당 거래는 구매카드로 거래하기 위한 품목 기재에 불과하다.

 12) 따라서 청구법인과 특수관계법인인 D주식회사, E주식회사 간의 거래는 일반적이지 않은 금융거래에 해당하므로 과다 세금계산서 발급에 해당한다 할 것이다.

라. 결 론

법인이 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고함에 있어서 보유하고 있는 비상장주식을 특수관계없는 자에게 정상가액보다 낮은 가액으로 양도한 것을 정당한 사유에 의한 것으로 하여 그 정상가액과 양도대가와의 차액이 법인세법 시행령 제35조 제2호의 규정에 의한 기부금에 해당하지 않는 것으로 하는 경우에는 불특정 다수인 간의 주식 거래실태 등 객관적인 자료 등에 의하여 당해 거래가 건전한 사회통념 및 상관행 등에 비추어 정당한 사유에 의한 것임을 입증 하여야 하며(법인 46012-1315, 2000. 6. 7.),

 가공경비를 임시계정인 가수금계정에 계상하여 그 상대계정인 현금이 일단 법인에 들어온 것으로 회계처리를 하였다고 하더라도, 그 가수금계정의 내용이 청구인 대표자로부터의 단기차입금 거래를 기장한 것으로 장차 대표자에게 반제해야할 채무에 해당한다면 이미 사외유출 된 것으로(조심 2008서0987, 2009. 3. 5.),

 이 사건 쟁점과 유사한 사안에 대하여 한결같이 과세관청의 처분이 적법하다고 판단하였다. 조사청의 이 사건 처분은 적법하고 청구 주장은 이유 없으므로 청구법인의 과세전적부심을 모두 기각하여 주시기 바란다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점매입거래는 정상거래라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 부가가치세법 제4조【과세대상】

  부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

   1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급

   2. 재화의 수입

 2) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

   2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

 3) 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

  ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

   1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

  ② 제1항제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

 4) 법인세법 제19조【손금의 범위】

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

  ③ 「조세특례제한법」 제100조의18제1항에 따라 배분받은 결손금은 손금으로 본다.

  ④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 4-1) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】

  법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

   1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 따른 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

   1의2. 판매한 상품 또는 제품의 보관료, 포장비, 운반비, 판매장려금 및 판매수당 등 판매와 관련된 부대비용(판매장려금 및 판매수당의 경우 사전약정 없이 지급하는 경우를 포함한다)

 5) 법인세법 제67조【소득처분】

  다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

   1. 제60조에 따른 신고

   2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

   3. 「국세기본법」 제45조에 따른 수정신고

 5-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

   가. 귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

   나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

   다. 귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 「소득세법」 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다.

   라. 귀속자가 가목 내지 다목 외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

다. 사실관계

 1) 기초사실

가) 조사청의 세무조사 결과 통지 내용은 다음과 같다.

(표 생략)

나) 청구법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

 다) D주식회사의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

  라) E주식회사의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

 마) 2021년 제1기∼제2기 과세기간 청구법인이 D주식회사와 E주식회사로부터 수취한 매입세금계산서 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

 2) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

가) D주식회사 대표이사 F는 청구법인 대표이사로부터 상환받은 금액을 D주식회사로 상환한 내역을 다음과 같이 제출하였다.

(그림 생략)

  나) E주식회사 대표이사 H은 청구법인 대표이사로부터 상환받은 금액을 E주식회사로 상환한 내역을 다음과 같이 제출하였다.

(그림 생략)

다) D주식회사의 가지급금 내역과 2021년 사업연도 법인세 신고시 인정이자 내역은 다음과 같다.

(그림 생략)

 라) E주식회사의 가지급금 내역과 2021년 사업연도 법인세 신고시 인정이자 내역은 다음과 같다.

(그림 생략)

 3) 조사청이 제출한 청구법인 대표이사 B와의 문답서는 다음과 같다.

(그림 생략)

라. 판단

청구법인은 쟁점매입거래는 가공거래가 아닌 정상거래라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「부가가치세법」제38조 제1항에서는 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액을 매출세액에서 공제하는 매입세액으로 규정하고 있고, 같은 법 제39조 제1항 제2호에서는 제38조에 불구하고 그 중 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있다.

 또한 「법인세법」제19조 제1항에서 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 하며, 제2항에서 손실 또는 비용은 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다고 규정하고 있다.

 아울러 특정 거래가 부가가치세법이 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래 당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 특정거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이나(대법원2008두9739, 2018. 12. 11., 대법원2010두8263, 2012. 11. 15., 참조),

사실관계 또는 제반 정황을 토대로 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 입증되었다면, 그 세금계산서가 실물거래를 동반하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명하여야 한다(대법원2014두8284, 2014. 9. 25. 참조).

 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 청구법인은 쟁점매입거래에 대해 정상적으로 대금결제가 이루어졌다고 주장하나 청구법인의 대표이사는 청구법인이 특수관계법인으로부터 세금계산서를 수취하면서 품목을 기재한 것은 구매카드로 거래하기 위해서였다고 진술한 점, ② 특수관계법인에게 구매카드로 대금이 지급되면 시기가 같거나 비슷한 날 특수관계법인의 대표이사는 청구법인의 대표이사에게 대금을 이체하고, 청구법인의 대표이사는 청구법인으로 대금을 재이체하면서 이를 대표이사 가수금으로 회계 처리한 점, ③ 청구법인은 쟁점거래가 실제 외주가공비 거래라는 사실에 대해 충분히 입증할 만한 객관적인 자료를 제출하지 않은 점 등에 비추어 쟁점매입거래를 실제거래로 보기는 어렵다 하겠다.

따라서 조사청이 쟁점매입거래를 가공거래로 보아 청구법인에게 한 이 건 세무조사결과통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 심의결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.