이 유

1. 처분개요

가. A 주식회사(대표이사 B, C, 이하 “발행법인”이라 한다)는 2020. 8. 5. 개업하여 경기도 ○○시 D건물 E호에서 부동산업/주거용 건물 개발 및 공급업을 영위하는 법인으로, 공동대표인 B, C(이하 “청구인들”이라 하고, 각각 ‘B’, ‘C’라 한다)이 발행법인 주식을 각각 50,000주(50%)(총발행주식 100,000주, 액면가액 @5,000원) 보유하였다.

나. 발행법인은 서울주택도시개발공사(이하 “SH공사”라 한다)가 공고한 「2020년 제3차 매입임대주택 매입공고」에 따라 매입심의위원회 심의를 통과하여 2020년 11월 서울특별시 F 토지 6,266㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 약 510억원에 매입하고, 그 지상에 오피스텔 건물(이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 통칭하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 개발하는 사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)를 이행하였다.

다. 2021. 6. 28. 발행법인과 SH공사는 쟁점건물 준공 완료 후, 쟁점부동산의 소유권을 SH공사로 이전하는 매매이행약정을 체결하면서 제1차 감정평가를 실시하여 2개의 평균액인 1,581억원(토지 949억원, 건물 632억원, 부가가치세 제외)을 매매대금(이하 “쟁점금액”이라 한다)으로 하였고, 2023년 4월 SH공사는 쟁점금액의 60%인 매매이행약정금(949억원)을 발행법인에 지급하였으며, 2024년 2월 쟁점건물 완공 후 제2차 감정평가를 실시하여 2개의 평균액인 1,839억원을 최종매매대금으로 하는 부동산매매계약을 체결하였다.

라. 쟁점건물 신축공사가 약 71%(총 공사예정원가 대비 진행률) 진행된 2023. 7. 1. 발행법인의 주식을 50,000주(50%)씩 보유한 청구인들은 각각 대표로 있는 G 주식회사, H 주식회사(이하 “양수법인들”이라 한다)에 발행주식 50,000주를 액면가액인 주당 5,000원에 각각 양도하기로 하는 내용의 주식 양수도 거래를 하고(이하 “쟁점주식거래”라 한다), 청구인들은 쟁점주식거래에 대한 양도소득세 및 증권거래세를 신고·납부하였다.

마. I지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2026. 4. 9.부터 2026. 5. 19.까지 발행법인에 대한 주식변동조사(조사대상연도 2023년)를 실시한 결과, 청구인들이 특수관계법인인 양수법인들에 발행법인의 주식을 시가(@ 114,894원, 「상속세 및 증여세법」상 보충적평가액)보다 저가양도한 것으로 보아 부당행위계산 부인을 적용하여, 청구인 B에게 2023년 귀속 양도소득세 1,743,127,089원 및 증권거래세 24,776,261원을, 청구인 C에게 2023년 귀속 양도소득세 1,743,127,089원 및 증권거래세 24,776,261원을 과세한다는 내용의 세무조사결과통지를 하였고,

 또한, 양수법인들은 발행법인의 주식을 저가양수한 것으로 보아 양수법인 G 주식회사에 2023년 사업연도 법인세 1,337,877,029원을, 양수법인 H 주식회사에 2023년 사업연도 법인세 1,325,726,121원을 과세한다는 내용의 세무조사결과통지를 하였다.

바. 발행법인은 사업 개시 3년 미만인 법인에 해당하여 순자산가치로만 주식 평가되며, 조사청은 발행법인의 쟁점건물 및 쟁점토지 자산 평가를 위해 기획재정부 조세정책과-1153(2023. 5. 17.) 예규 등에 따라, 신축분양 중인 건물과 부수토지의 분양가액이 시가에 해당하는 경우에는 건물에 대한 분양가액 중 평가기준일까지의 작업진행률에 따라 계산한 금액을 그 건물가액으로, 부수토지에 대한 분양가액을 토지가액으로 하여 평가액을 산출하였다.

사. 청구인들과 청구법인들은 이에 불복하여 2026. 6. 4. 이 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구인 주장

가. 사실관계

 발행법인은 2020. 8. 24. 한국산업단지공단이 추진하는 ‘T 건립사업’의 민간대행 사업자로 선정되어, 2020년 11월 쟁점토지를 약 510억원에 매입하고, 그 지상에 오피스텔 건물을 개발하는 사업을 이행하였다.

발행법인은 쟁점건물 공사에 착공하기 전인 2021. 6. 28. SH공사와 쟁점건물 건설공사 완료 후 쟁점부동산의 소유권 일체를 SH공사로 이전하는 것을 내용으로 하는 매매계약 체결을 위한 ‘전 단계’로써 ‘매매이행약정’을 체결하였다.

2021년 6월경 SH공사와 발행법인은 J감정평가법인 및 K감정평가법인이 쟁점건물 및 쟁점토지의 완공 이후 가치를 평가한 감정평가액에 근거해 산출한 1,581억원을 예상매매대금(쟁점금액)으로 정하고, 본건 매매이행약정을 담보하기 위해 그 금액에 60%를 적용한 가액을 매매이행약정금으로 책정하였다. 그리고 SH공사와 발행법인은 쟁점건물이 완공된 후 제2차 감정평가를 실시해 최종매매대금을 확정하기로 약정하였다.

청구인들은 본건 매매이행약정 체결일로부터 약 2년 후인 2023. 7. 1. 각자가 보유한 발행법인의 주식 지분을 각각 양수법인들에 양도하는 주식양수도 거래를 하였다. 청구인들은 발행법인 주식을 각각 50,000주씩 보유하고 있었고, 이를 전부 액면가액 5,000원에 양수법인들에 각 양도하였으며, 관련 소득세 신고를 하였다. 이때 쟁점건물의 기성률은 약 71%이었던 것으로 파악된다.

발행법인은 쟁점건물이 완공된 후인 2024년 2월 15일 SH공사와 쟁점부동산 매매에 관한 본계약을 체결하였고, 해당 계약에 따라 쟁점토지 및 쟁점건물의 소유권을 SH공사에 이전하였다. 한편, 본건 매매계약에서는 제1차 감정평가를 수행한 J감정평가법인과 K감정평가법인이 2024년 2월경 쟁점건물과 쟁점토지에 대해 제2차 감정평가를 진행하여 산출한 평가액인 1,839억원이 최종 매매금액으로 확정되었다.

나. 청구취지

조사청은 쟁점주식거래는 특수관계자 간의 거래이고, 청구인들은 각각 특수관계인인 양수법인들에 발행법인 주식을 시가보다 저가로 양도하였으므로 해당 거래에 대하여는 부당행위계산 부인 규정이 적용되어야 한다고 보아 청구인들에 대해 각각 2023년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를, 양수법인들에 대해 각각 2023년 귀속 법인세를 과세하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였다.

 조사청은 본건 주식의 시가 산정을 위한 자산평가와 관련하여 발행법인이 보유한 ① 쟁점토지의 경우에는 매매이행약정에 기재된 예상매매대금(토지분)을 시가로 하여야 하고, ② 쟁점건물의 경우 매매이행약정상 예상매매대금(건물분)에 평가기준일까지의 작업진행률을 곱한 가액을 시가로 하여야 함에도 쟁점주식거래 주당 가격 산정 시 이러한 시가 산정 방식이 적용되지 않았다는 점을 근거로 쟁점주식거래가 저가양도에 해당한다는 입장인 것으로 파악되며, 조사청은 위와 같은 주장의 근거로 기획재정부가 2023년 생산한 유권해석(조세정책과-1153, 2023. 5. 17.)을 제시하였다.

「소득세법」제101조 제1항은 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고 있고, 동법 시행령 제167조 제3항 제1호는 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우의 하나로 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때를 규정하고 있으며,

부당행위계산부인이란 거주자가 특수관계인과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 「소득세법 시행령」 제167조 제3항 각 호에 열거된 거래 형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적으로 타당해 보이는 양도소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 합리적인 경제인의 처지에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용된다.

 요컨대, 개인이 그 특수관계인에게 자산을 양도할 때 그 가격이 시가보다 낮으면서, 동시에 그러한 거래를 한 배경에 경제적 합리성이 없는 경우에 부당행위계산부인 규정의 적용대상이 되는 것이다.

위와 같은 법리에 비추어 청구주장을 정리하면, ① 청구인들이 각 특수관계인인 양수법인들에 쟁점주식을 양도한 가액이 시가보다 낮은지 여부(구체적으로는, 가계약인 매매이행약정상 쟁점금액이 세법상 시가에 해당하는지 여부), ② 쟁점주식거래에 경제적 합리성이 부재하는지 여부로 나누어 볼 수 있다.

이하에서는 항을 바꾸어 청구주장은 ① 부동산매매와 관련하여 본계약(매매계약)에 따른 확정거래가액이 아닌 가계약(매매이행약정)상 기재된 잠정가액(쟁점금액)의 경우, 세법상 시가로 보는 이른바 매매사례가액에 해당한다고 보기 어려운바 쟁점주식거래는 세무상 저가양도에 해당하지 않는다는 점, ② 가사 위 잠정가액(쟁점금액)이 세법상 시가에 해당한다고 가정하더라도, 쟁점주식거래는 청구인들의 소득을 부당하게 감소하기 위한 목적에서 이루어진 것이 아니므로 경제적 합리성이 존재한다는 점이다.

다. 청구주장

 1) 매매이행약정 상의 쟁점금액은 세법상 ‘시가’로 볼 수 없다.

 가) 기획재정부 조세정책과-1153(2023. 5. 17.) 유권해석은 부동산 매매계약이 유효하게 성립한 경우에 적용되는 해석례에 해당하므로, 매매계약이 성립하기 이전단계에서 당사자들 간에 잠정 합의된 가액을 매매사례가액으로 삼을 수 없다.

 「소득세법」은 양도소득에 대한 부당행위계산부인 규정 적용 시의 ‘시가’ 산정을 「상속세 및 증여세법」(이하 “상증세법”이라 한다)을 준용하도록 정하고 있고, 상증세법 제60조 제2항 및 동법 시행령 제49조 제1항 제1호는 이러한 ‘시가’의 하나로 ‘해당 재산에 대한 매매 사실이 있는 경우 그 거래가액’(이하 “매매사례가액”이라 한다)을 들고 있다.

  조세법률주의의 원칙상 과세요건사실과 비과세요건 사실을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장 및 유추해석은 허용되지 않는바, 전술한 매매사례가액의 의미 역시 그 법문에 따라 엄격하게 해석되어야 하고, 그렇다면, ‘매매사실이 있는 경우’의 의미는 ‘매매계약에 따른 거래가액’이 있는 경우라고 보는 것이 타당하며 그 이외에 매매사실에 이르지 못한 상태의 어떤 잠정가액을 매매사례가액에 해당한다고 볼 수 없다.

 즉, 매매계약의 유효한 성립까지 아직 이르지 못한 단계라면 그것이 ‘가계약’, ‘사전예약’, ‘매매이행약정’ 등 여하한 명칭으로 불리던지 간에, 이 단계에서 당사자들이 잠정적으로 합의한 가액을 매매사례가액이라 볼 수 없음은 분명하다. 나아가, 당사자들이 가계약 체결 당시, 추후 본계약 체결과 함께 확정 거래가액을 별도 합의하기로 한 경우라면 더욱 그러하다.

  반면 통상의 공동주택이나 상가 등의 ‘분양계약’은 기본적으로 매매계약의 성질을 가진다. 「민법」제563조에서 매매계약이란 매도인이 재산권을 상대방에게 이전하고 매수인은 그 대금을 지급하기로 하는 계약인데, 분양계약에서 분양자의 주된 의무는 통상의 매도인과 마찬가지로 분양목적물에 대한 완전한 소유권 및 그 점유를 수분양자에게 이전하여 매수인으로 하여금 분양목적물로부터 나오는 모든 이익을 누릴 수 있도록 하는 데 있고, 수분양자의 주된 관심사도 일반적으로 거기에 있다고 할 것이기 때문이다(대법원2009다86000, 2010. 2. 25. 판결 등).

    조사청이 과세 근거로 삼은 기획재정부의 유권해석은, ‘주택건설업’ 등을 영위하는 비상장법인(=질의법인)이 평가기준일 현재 공사진행률 62.86%, 분양률 100%인 건설 중인 분양건물과 그 부수토지를 재고자산으로 보유하고 있는데, 이때 해당 건설 중인 분양건물과 토지의 가치를 어떻게 평가하여야 하는지가 문제된 사안으로, 본건 유권해석은 건설공사가 진행 중인 부동산에 대한 시가평가를 할 때 대상 부동산이 이미 수분양자에게 분양된 경우라면 해당 분양계약에 기재된 거래가액을 대상 부동산의 매매사례가액(=시가)으로 삼을 수 있다고 보았다.

  본건 유권해석은 그 질의의 기본적인 사실관계로 분양계약이 당사자 간에 확정적으로 성립한 본계약이라는 점을 전제하고 이에 대해 회신하고 있다. 즉, 매매계약이 유효하게 체결된 이상 당사자들은 해당 매매거래사실의 내용(매매목적물, 매매대금 등)에 구속된다는 점을 고려할 때, 집합건물 등의 분양계약에 따른 분양가액(=매매대금)은 확정된 금액으로서 매매사례가액으로 인정될 수 있는 것이다.

  결국, 본건 유권해석은 본계약인 부동산 매매계약이 유효하게 성립한 경우에 적용되는 해석례에 해당하므로 본 매매계약이 성립하기 이전단계에서 당사자 간에 잠정적으로 합의된 가액이라면 그 합의의 명칭이 무엇이든 간에 해당 가액을 본 매매계약상 매매대금과 동일하게 취급할 수 없음은 자명하다.

 나) 가계약인 매매이행약정에 따른 거래가액은 본계약인 매매계약에 따른 거래가액과 달리 매매사례가액이 될 수 없다.

    매매이행약정은 당장 매매계약을 체결하는 것이 곤란한 경우 앞으로 매매계약을 체결할 것임을 보장하기 위한 목적으로 사용되는 제도라고 할 수 있다. 즉, 매매이행약정은 당사자들이 장래에 매매계약을 체결하도록 일정한 구속력을 부여하기 위해 합의하는 가계약이고, 따라서 매매이행약정 당시에는 매매대금과 같은 매매거래의 핵심적 내용이 확정될 필요가 없다는 점에서 본계약인 매매계약과는 본질적인 차이를 가진다.

  이와 관련하여 당사자들이 매매예약을 하는 시점에서 잠정적으로 합의한 거래가액이 있을 경우 이를 시가 또는 시가대용치로 볼 수 있는지가 쟁점이 되는데, 다수의 선례들은 이러한 금액이 본질적으로 미확정된 금액이고 객관적·구체적 교환가격이 아니기 때문에 세무상 시가로 볼 수 없다는 입장을 취하고 있다.

    국세청은 부동산개발사업의 성공적인 완수를 조건으로 체결된 가계약상 매매대금을 양도소득의 부당행위계산 적용 시 시가로 삼을 수 있는지 문제된 사안에서, 해당 금액은 부동산개발사업이 성공할 경우 받을 수 있는 미확정 가액이므로 이를 시가로 볼 수 없다고 판단하였다(심사양도2010-342, 2011. 4. 4. 결정 참조).

    또한, 대법원은 비상장주식의 시가 산정 시 실제 주식매각이 이루어지지 않아 확정되지 않은 경쟁입찰과정에서의 공매가격은 객관적이고 구체적인 교환가격이라고 볼 수 없으므로 이는 시가가 아니라고 판시하였다(대법원2008두1849, 2011. 5. 13. 판결).

  마지막으로 국세청은 상증세법상 토지의 시가가 문제된 사안에서, 토지의 시가평가 시 관련 소송이 진행 중에 아직 금액이 확정되지 않은 토목공사비를 토지에 가산하여 증여세 과세가액을 산정할 수 있는지와 관련하여 이러한 과세처분은 과세 근거가 없는 것으로 위법하다고 판단하였다(심사증여2001-0006, 2001. 2. 16. 결정).

    선례는 당사자들이 체결한 가계약 또는 단순히 매매를 예약한 수준의 법률행위에서 확인되는 잠정적인 매매가액을 본계약 상 확정된 매매대금과 동일하게 볼 수 없어 이에 근거하여 과세표준을 산정할 수 없으며, 따라서 이를 시가로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다는 입장에 있는 것으로 사료된다.

 다) 본건 매매이행약정은 SH공사가 매입임대주택 물건 확보를 위해 체결하는 가계약이고, 본계약은 건물이 준공된 이후 별도의 계약으로 체결될 예정이므로 본건 매매이행약정 상 쟁점금액을 본건 유권해석에서의 분양대금과 동일선상에서 취급할 수 없다.

    본건 매매이행약정은 해당 약정서 전문에 ‘장래 매매계약 체결을 위한 전 단계로써 매매이행약정을 체결한다’고 규정하고 있고, 제3조 제1항에서 ‘소유권 보존등기완료일로부터 60일 이내에 본계약인 매매계약을 체결해야 한다’고 밝히고 있는바, 본계약의 체결에 구속력을 부여하기 위한 목적에서 이뤄진 일종의 매매예약이다.

  SH공사는 서울시 관내에서 대규모 공공임대주택 사업을 영위하는 사업자로, 자신의 임대주택 사업용도로 취득하려는 임대주택 물건 중 신축물건의 경우 통상 건물 공사가 착공되기 전부터 매수인 지위를 미리 확보하기 위해, ‘매매이행약정’을 선체결한 뒤 본계약인 매매계약을 건물 공사가 완료된 후 체결하는 방식을 사용하고 있다. 이는 본계약을 조기에 체결함으로써 생길 수 있는 법적·경제적 리스크를 최소화하면서 경쟁자에 앞서 대상 물건을 배타적으로 확보하는 효과를 거둘 수 있기 때문에 SH공사와 같은 공공임대사업자가 선호하는 방식이다.

  발행법인은 건물 완공 이후에 발생할 수 있는 미분양 리스크를 낮추고 예정 매수자가 확보되었을 때 자금조달 등에서 금융비용을 절감할 수 있는 효과를 기대할 수 있기에, SH공사와 본건 매매이행약정을 선체결하고 추후 건물 완공 후 본계약을 체결하는 방식에 동의하였다.

    결국, 본건 매매이행약정은 매도인인 발행법인과 매수인인 SH공사가 (매매대금을 확정하려는 의도 없이) 장래 매매계약 체결에 구속력을 부여하는 데 목적을 둔 가계약인바, 다른 매매사례가액의 확인 없이 본건 매매이행약정에 기재된 쟁점금액으로 세법상 시가를 추단하기에는 그 가액의 확정성이 부족하다.

  본건 매매이행약정 제2조에 따르면, 매도인은 본건 건물에 대한 사용승인이 이루어진 후 그 소유권 보존등기를 경료하고서 이를 매수인에게 통보하여야 하고, 이후 매수인은 2개 감정평가법인으로부터 본건 건물과 부속토지에 대한 감정평가(=제2차 감정평가)를 받아 해당 금액의 산술평균치를 최종매매대금으로 확정할 것이라는 점이 기재되어 있다.

  본건 매매이행약정을 체결할 당시부터 당사자들은 추후 건물이 모두 지어지고 난 뒤 확정되는 최종 매매금액의 결정이 제1차 감정평가가액과는 별개로 독립적인 평가를 거쳐 산정되는 것임을 확인하고 있다.

  결과적으로 쟁점금액이란 본건 매매이행의 구속성을 담보하기 위해 당사자들이 수수하는 약정금을 지급하기 위한 기준일 뿐이므로 쟁점부동산의 실제 가치를 정확하게 반영하기 위해 엄밀한 산정방식을 통해 계산된 것이라 보기 어려우며, 향후 부동산 경기의 향방, 건설자재비의 변동, 추후 있을 제2차 감정평가 결과 등에 따라 얼마든지 변동될 수 있는 미확정 가액에 불과하다.

    실제로 쟁점부동산의 제1차 감정평가는 건축공사가 이제 막 개시되려는 시점에 그 건물의 완공을 가정한 미래가치를 추정하는 방식으로 이뤄지지만, 제2차 감정평가는 건물 완공이 이뤄진 현재 시점에서 존재하는 부동산의 가치를 실사하여 측정하는 방식으로 이뤄지는바, 그 둘의 평가액이 최종적으로 일치할 가능성은 처음부터 없었다.

    마지막으로, 본건 매매이행약정 제4조, 제8조, 제9조에 따르면, 매도인인 발행법인은 매수인인 SH공사가 제시한 엄격한 기준을 모두 충족시킨 채로 쟁점건물을 준공해야 하고, 그 과정에서 만약 위 기준을 준수하지 못한 부분이 있다면 SH공사는 해당 약정을 언제든지 해제할 수 있다.

    발행법인이 해당 약정에 규정된 수많은 공사 조건들을 모두 충족시키지 못하면 본건 매매계약을 체결하기는커녕 언제든지 본건 매매이행약정 자체를 해제당할 위험이 있고, 이 경우 발행법인은 기수취한 약정금과 함께 그 10%에 상당하는 위약금을 SH공사에 지급하여야 한다.

  이처럼 본건 매매이행약정이 해제의 가능성을 폭넓게 열어두고 있는 합의라는 점을 고려하면, 해당 약정상 쟁점금액은 최종매매대금을 확정 짓거나 이에 근사하는 수치를 산정하기 위한 목적이라기보다 매매이행을 보증하는 약정금을 산정하기 위한 목적에서 산출된 것임이 분명하다.

    이와 관련하여 조사청은 ‘SH공사가 본건 매매이행약정을 체결한 것은 발행법인의 안정적인 사업추진을 보장하기 위한 것이고, 실제 계약의 해제 가능성은 없다고 보아야 한다’는 입장인 것으로 이해된다. 즉, 매매이행약정이 체결된 이상, 본계약으로 이르지 못할 가능성은 거의 없다는 것인데, 이는 아래의 사실에 근거할 때 전혀 현실에 부합하지 않는다.

     ① SH공사의 2023년 매입실적이 신축매입약정의 계약 해지로 인하여 2024년 6월 기준 대비 164호가 감소한 것으로 확인된다.

     ② 감사원이 작성한 2021년 4분기 기준 SH공사 정기감사보고서에서 매매이행약정의 해제 예고 통보 사실의 존재가 확인된다.

   ③ SH공사의 매매이행 약정 해제 보고서에 따르면 P동, Q동 지역 등에서 매매이행약정 해제 사실이 확인된다.

   ④ 그 이외에도, 여러 언론보도 내용에 따르면 시행사의 내부사정 등으로 매매이행 약정이 해제되거나 취소된 사례가 다수 보고되고 있고, 2023. 3. 15. S신문에 따르면 서울 T동 소재 신축매입약정 사업장의 경우 시행사의 자금난으로 공매가 진행되어 SH공사가 매매이행약정을 해제한 사실이 확인된다.

    위의 사정을 종합하여 고려할 때, SH공사가 매매이행약정을 체결한 후 매매계약을 체결하지는 않는 사례들이 다수 존재하는 것으로 확인되며, 결국 조사청 주장과 달리 발행법인은 쟁점건물의 준공을 목전에 둔 시점에도 본건 매매이행약정의 해제 위험에서 자유로울 수 없었다고 봄이 타당하다.

  또한, 다수 사업장의 등기사항전부증명서를 확인한바 SH공사가 매매이행약정 체결 과정에서 채권 보전을 목적으로 설정한 근저당권 및 지상권이 이후 말소된 사례들이 확인되는데 이는 매매이행약정 체결만으로 SH공사의 최종 매입 및 실제 매매이행계약 체결이 확정적으로 보장되는 구조는 아니며, 실제 사업 진행 과정에서 약정 해제 사례가 다수 존재하였음을 보여주는 객관적 정황으로 판단된다. 아래 사례들은 일부 임대주택 신축 사업장의 등기부 열람 등을 통해 확인한 사례로 SH공사가 보유한 전체 사업 현황까지 확인할 수 없는 점을 고려하면 이와 유사하게 약정 해제가 된 사례가 상당수 존재할 것으로 이해된다.

  사정을 종합하여 고려하면 SH공사가 매매이행약정을 체결한 후 매매계약을 체결하지는 않는 사례들이 다수 존재하는 것으로 확인되고 결국, 조사청 주장과 달리 발행법인은 쟁점건물의 준공을 목전에 둔 시점에도 본건 매매이행약정의 해제 위험에서 자유로울 수 없었다고 봄이 타당하다.

  결론적으로 가계약에 불과한 본건 매매이행약정 상 쟁점금액을 매매가액을 확정짓기 위한 목적에서 산출된 것이라 볼 수 없음이 분명하다면, 이를 세무상 매매사례가액의 한 형태로 간주할 수는 없는 것이며 그렇다면 매매 본계약의 체결과 그에 따른 확정매매가액의 존재를 기본 사실관계로 전제한 본건 유권해석의 결론도 본건 사안에는 원용될 수 없다고 보아야 한다.

2) 매매이행약정 상의 쟁점금액을 시가로 보아 부당행위계산부인을 적용 할 수 없다.

 가) 부당행위계산부인 규정상 ‘시가’란 ‘거래 당시’의 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 ‘객관적인 교환가치’를 말하므로(대법원 2011두11181, 2012. 11. 29. 판결, 조심 2024서5164, 2025. 9. 18. 결정, 심사-법인-2022-12, 2022. 8. 31. 결정 등 참조), 본건 매매이행약정상 쟁점금액은 다음과 같은 이유에서 ‘거래 당시’의 ‘객관적인 교환가치’를 반영한다고 볼 수 없으므로 시가 적합성이 없다.

    쟁점금액의 기초가 된 제1차 감정평가가액은 ‘거래 당시’의 시점을 기준으로 대상 목적물을 물리적으로 평가하여 산출한 금액이 아니라, 추후 쟁점건물이 신축 완료되고 물리적으로 임대주택 용도로 사용될 수 있는 상태가 된 이후인 ‘미래 어느 시점’을 기준으로 추정가치를 평가한 금액이다.

  SH공사는 2021년 5월경 J감정평가법인과 K감정평가법인의 평가액을 산술평균하여 제1차 감정평가액(쟁점금액)을 산출하였는데, 이때 사용된 평가 방법은 평가기준일 현재의 대상 목적물의 상태에 근거한 가치를 직접 측정하는 접근법이 아니라, 향후 약 3년 후 쟁점사업이 모두 마무리된 이후에 존재할 예정인 미래의 부동산 가치를 측정하는 방식이다.

    이는 ‘개발감정(Development Appraisal)’으로 지칭되는 감정평가법인데, 현재 시점이 아니라 장래에 부동산 개발이 완공된 후의 총개발가치를 추정하는 방법을 말하며, 이러한 ‘개발감정’의 목적은 평가기준일 현재 존재하는 목적물의 공정가치를 측정하는 데 있다기보다는 사업진행에 앞서 개발사업 전후의 경제적 가치를 분석하여 프로젝트의 사업적 타당성(Feasibility or Commercial Viability)을 분석하기 위한 데 평가 목적이 있다.

  따라서 ‘미래 어느 시점’을 기준으로 추정법에 의해 평가한 개발감정평가액을 세무 목적상 시가로 사용하는 것은 ‘거래 당시’의 객관적인 교환가치가 아니라는 점에서 부적합하다.

 나) SH공사가 제시한 제1차 감정평가액은 토지와 건물 가액을 각각 별도로 평가한 것이 아니라 일괄해서 전체 부동산 가치를 평가한 뒤, 이를 임의의 비율(토지 60%, 건물 40%)로 나눈 것인데 이는 각 물건의 ‘객관적인 교환가치’를 표시하지 못한다.

    제1차 감정평가액은 향후 완공될 예정인 집합건물의 가치를 추정하는 방식이기 때문에, 평가과정에서 토지의 가치(대지권 가치)와 건물의 가치(건물 전유부분)를 따로 구분하여 측정하지 않고 일괄해서 산출하는 구조였으며 이를 일률적으로 토지와 건물의 안분비율인 6 : 4로 나누어 각 가액을 산정하였고, SH공사는 이에 근거하여 매매이행약정서를 작성하였다.

    이러한 토지와 건물의 일괄 안분비율(6 : 4)은 본건 사업장에만 적용된 것이 아니라 SH공사가 매입하는 다른 주거용 오피스텔 사업장에도 모두 일괄적으로 적용되고 있으며 SH공사가 일괄 매입한 사업장은 동일하게 6 : 4의 안분비율이 적용되었음을 알 수 있.

    그러나 이러한 안분비율은 일반적인 집합건물(오피스텔 등)의 감정평가 과정에서 적용되는 토지·건물의 안분비율과 차이를 보인다. 일반적으로 신축 집합건물과 그 부속토지의 분양금액 산정 시, 토지와 건물이 차지하는 비율은 어림잡아 4 : 6 인 경우가 대부분이고, 그 평가 비율도 소수점 단위로 계산되는 경우가 일반적이다.

  2021년∼2023년 사이 쟁점건물 소재지에 인접한 서울시 R구 및 S구에서 분양된 오피스텔 및 아파트 사례를 보면 토지가치가 전체 분양가에서 차지하는 비율이 약 40% 수준임을 알 수 있으며, 본건과 같이 60%에 이르는 경우는 찾아보기 힘들다.

    실제로 2021년 5월경 이루어진 SH공사의 1차 감정평가보다 7개월 앞서 2020. 10. 30. 한국산업단지공단의 의뢰를 받은 L감정평가법인과 M감정평가법인이 쟁점부동산에 대해 제1차 감정평가(완공 후 가치)를 하였는데, 토지와 건물의 배분비율이 SH공사의 1차 감정평가와 정반대인 4 : 6 으로 결정되었다.

  이는 앞서 살펴본 일반적인 신축 집합건물의 분양과정에서 적용되는 토지 및 건물의 분양가액 배분비율에도 부합하는 결과이다.

  한편, 상기 L감정평가법인과 M감정평가법인의 감정평가보고서에서 쟁점토지 및 쟁점건물의 안분비율을 4 : 6 으로 사용한 근거를 명확히 밝히는데, 구체적으로 ① 법원 감정평가 시, 구분건물에 대한 배분비율과 ② 한국 부동산연구원이 발간한 공동주택에 대한 토지, 건물 배분비율 연구자료(2012. 3. 31.), ③ 비주거용 집합건물 토지 건물 배분비율표(2011. 8. 12.)를 제시하고 이를 바탕으로 ‘본건의 지리적 위치, 주변상권 형성도, 건물의 용도, 총 층수 및 내용연수 등을 종합 참작’하였음을 밝히고 있다.

    이처럼 본건 매매이행약정상 쟁점금액은 본건 건물 및 토지의 ‘객관적인 교환가치’를 시세에 맞춰 반영하고 있지 못하다는 점에서도 시가 적합성을 결여하고 있다.

 다) 본건과 유사하게 1차 감정평가액을 매매이행약정상 쟁점금액으로 삼은 뒤, 차후 건물이 완성되고서 별도로 2차 감정평가를 진행하여 확정매매가액을 산정한 임대사업장 사례 중에는 심지어 2차 감정평가금액이 1차 감정평가액에 미치지 못하고 거래가액이 낮아진 경우도 다수 확인된다.

    SH공사는 본건 사업과 유사한 시기(2022년)에 임대주택 매입목적으로 다른 3개의 건설사업자와 매매이행약정을 체결하였는데, 해당 사례에서 최종매매가액(=제2차 감정평가액)은 쟁점금액(=제1차 감정평가액)에 미치지 못하는 금액으로 결정되었다.

    이와 같이 개발감정평가(1차) 방식으로 쟁점금액을 추정할 경우 필연적으로 제2차 감정평가에 따른 최종매매대금과 일정한 차이가 발생할 수밖에 없는 구조이며, 심지어 그 금액이 늘기는커녕 줄어드는 경우도 다수 발생한다는 점에서 이러한 1차 추정 감정평가가액을 일반적인 분양가액에 준하는 안정적이고 확정적인 거래가액이라고 볼 수는 없다.

  결국, 본건 쟁점금액은 불확실한 미래 개발감정평가액에 SH공사가 내부적으로 설정한 임의의 토지 건물 안분비율을 곱하여 추정한 금액이므로, 그 자체로 ‘거래 당시’의 ‘객관적이고 공정한 교환가치’를 측정한 것으로 볼 수 없는바, 조사청이 이를 매매사례가액으로 삼아 쟁점주식거래에 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다고 사료된다.

3) 쟁점주식거래는 경제적 합리성이 존재하므로 이에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다.

 부당행위계산부인 제도는 기본적으로 ① 특수관계인 간 거래일 것, ② 해당 거래의 부당성이 확인될 것(또는 경제적 합리성이 결여될 것), ③ 시가를 벗어난 거래일 것, 그리고 ④ 실제로 회피된 조세가 존재할 것을 그 적용 요건으로 한다.

   쟁점주식거래가 위 ①, ③, ④요건을 모두 충족한다고 가정하더라도 만약 ② 부당성 요건이 결여된다면, 쟁점주식거래는 부당행위계산부인의 적용 대상이 아니다. 다시 말해, 청구인들이 각각 특수관계법인인 양수법인들에 발행법인의 주식을 매각할 때 쟁점금액을 기준으로 주식양도가액을 산정하지 않은 데에 뚜렷한 부당성이 확인되지 않을 뿐더러 경제적 합리성이 존재한다면 여전히 쟁점주식거래는 부당행위계산부인 적용 대상에 해당하지 않게 된다.

 청구인들이 2023년 7월 당시, 각각 특수관계법인인 양수법인들에 발행법인의 주식을 매각하면서 본건 쟁점금액을 시가로 보아 주식양도가액을 산정하지 않은 것은 그 당시 앞서 언급한 바와 같이 최종매매가액(=제2차 감정평가액)이 예상매매가액(=제1차 감정평가액)보다 낮아진 사례들이 속출하였고, 더불어 부동산 시장의 전반적인 침체상황에 따라 대폭 증가한 준공 리스크와 SH공사의 본건 매매이행약정 해제 가능성 등을 종합적으로 고려한 결과이므로 이러한 거래에는 경제적 합리성이 충분히 존재한다고 볼 수 있다.

 부연하면 쟁점주식거래가 있던 2023년에는 미국을 위시한 글로벌 금융시장의 긴축국면으로 인해 국내에서도 고금리 기조가 장기간 유지되고 저성장이 고착화되는 한편, 러시아·우크라이나 전쟁 등의 여파로 물가상승이 지속되어 소위 스태그플래이션 상황이 펼쳐지면서 국내 건설·부동산시장이 급격하게 침체되는 상황이었고 이러한 사정은 그 이후 상당 기간 이어졌다.

   특히 부동산 실물경기 급랭에 따른 미분양 부동산의 증가와 이에 따른 부동산 PF 대출채권의 부실화 문제로 인해 국내 금융당국 역시, 금융시장 리스크 관리 차원에서 거의 대부분의 부동산 대출을 사실상 정지하거나 축소하려 하였다. 나아가 정부예산 상 사회인프라 투자 예산도 대폭 축소되는 등 여러 악재가 더해지면서 쟁점사업 역시 큰 어려움을 겪던 시기였다.

 아래는 쟁점부동산의 건설 과정에서, 시시각각으로 오르는 변동금리를 반영하여 쟁점사업의 사업수지 상 PF대출 변동이자 지급총액 예정액이 어떻게 증폭되는지를 보여주는 도표인데, 2022년 12월 무렵 PF이자율이 가장 크게 상승한 뒤 2023년 내내 전반적으로 PF 대출이자 지급총액이 당초 대비 크게 높아진 수준을 유지하였음을 알 수 있다.

(그림 생략)

 이에 더해, 2023년 6월 시공사인 ㈜N은 2022년 이래 우크라이나 전쟁, 코로나 확산, 화물연대 파업 등을 이유로 공사원가가 급격히 상승하였음을 들어 공사비 증액을 지속 요청해왔는데, 발행법인 입장에서는 공사중단을 압박하는 시공사의 요구를 마냥 무시할 수 없었기에 수차례 협의 끝에 부득이하게 공사도급 대금을 증액하는 합의를 체결하였다. 게다가 부동산 시행사업 특성상 공사진행 과정에서 주변 민원 등 외부변수가 발생할 가능성도 배제할 수 없는 상황이었다.

 결과적으로, 2023년 7월 무렵은 발행법인 및 발행법인 주주 입장에서, 금융비용 및 공사비 상승 압박으로 사업이익이 급격히 감소하고 전체 사업의 시행이익 저하를 예상할 수밖에 없었던 가장 어려웠던 시기였다.

   특히 잠정적 매수인인 SH공사는 본건 매매이행약정에 자신의 약정해제사유를 매우 자세하고 촘촘하게 규정하고 있었기 때문에 청구인들의 입장에서는 혹여라도 있을 공사 지체로 인한 자금수지 상의 우려 및 SH공사와의 매매이행약정 해제 위험 등을 고려하였을 때, 본건 매매이행약정에 따른 쟁점금액이 무사하게 실현될 가능성을 기대하기보다는 쟁점토지 및 쟁점건물의 역사적 원가만이라도 회수할 기회가 있기를 기대할 수밖에 없는 상황이었다. 이러한 상황 속에서 청구인들은 발행법인의 주식을 액면가액에 양수법인들에 각 양도한 것이다.

 2023년 6월경은 쟁점주식거래의 매수인이 양수법인들이 아니라 청구인들과 세무상 아무런 특수관계가 없는 제3자였다고 가정하더라도 발행법인의 주식을 양수하는 대가를 산정할 때 본건 매매이행약정상 쟁점금액을 쟁점부동산의 가치로 그대로 인정해줄 것을 기대하기는 사실상 불가능한 상황이었다.

 적어도 부동산 경기의 하방기조와 금리 민감성, 공사비 상승전망을 합리적으로 이해하고 있는 자라면, 쟁점사업이 직면했던 여러 사업상의 난관과 최종매매가액 감소 위험 및 SH공사의 매매이행약정 해제 위험을 감수하면서까지 본건 건물 준공 시점을 기준으로 추정된 제1차 감정평가액을 그대로 수용하는 전제에서 발행법인의 주식을 매수하지 않았을 것이다. 청구인들이 특수관계 없는 제3자에게 발행법인의 주식을 양도하였더라도, 그 가액은 발행법인의 액면가액에서 약간의 금액을 가감한 수준이었을 가능성이 상당하다.

   위와 같은 상황에서 청구인들이 쟁점주식거래 시 본건 매매이행약정상 쟁점금액을 그대로 반영한 채 주식 양도가액을 산정하였다면, 오히려 역으로 특수관계인 간 고가양도거래에 해당하여 부당행위계산부인 규정이 적용되었을 가능성도 배제할 수 없다.

 이상의 사정들을 종합하여 볼 때, 본건 주식거래에는 경제적 합리성이 충분히 존재하는바 이에 대해 부당행위계산부인 규정을 적용할 수는 없다고 봄이 타당하다.

4) 쟁점토지의 시가 산정 시 잠재적 분양가액에 작업진행률을 곱한 가액 등으로 평가되어야 한다.

 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제20조에 따라 집합건물의 경우 집합건물의 전유부분과 대지사용권이 일체성과 수반성을 가지므로 그 소유자는 집합건물의 전유부분과 분리하여 대지사용권을 처분할 수 없다. 즉, 일반적인 토지와 건물이 법률상 별개의 물건인 것과 달리, 집합건물은 토지와 건물이 법률상 일체화되어 하나의 물건으로 취급된다. 따라서 집합건물을 예정매수하는 자가 있다면 그는 당연히 매수가액 산정 시 건물과 토지의 가치를 구분하지 않고 하나의 경제적 물건으로 판단한다.

 따라서 집합건물의 시가 산정 시, 잠재적 분양가액에 작업진행률을 적용한 가액으로 평가하여야 한다면 그 부속토지의 시가 역시 동일하게 잠재적 분양가액에 작업진행률을 적용한 가액으로 평가하는 것이 타당하다. 만약 집합건물과 달리 부속토지에 대한 평가기준만 해당 건물의 준공 후의 특정 시점 기준으로 평가된 매매예정가액을 그대로 사용할 경우 자산평가의 왜곡을 초래하여 미래에 실현될 이익까지 한꺼번에 미리 자산으로 인식하는 불합리한 결과가 발생할 수 있다.

 법원 역시 같은 취지에서 비상장주식을 보충적 평가방법에 의하여 순자산가치를 평가함에 있어, 신축ㆍ분양 중인 건물은 분양가액에 작업진행률을 적용하면서, 부속토지는 수년이 경과한 이후로서 건물 준공 시의 가액인 토지 분양가액을 적용하는 것은 평가기준일의 자산가치를 적절하게 반영하였다고 볼 수 없다고 판시한 바 있다(서울행정법원 2014구합984, 2014. 8. 29. 판결).

   같은 취지에서 서울행정법원은 물건의 거래가격은 미래가치를 고려하여 정해지는 것이므로 평가기준일 당시의 가격에 미래가치가 포함되어 있다고 하여 객관적 교환가치를 적정하게 반영하지 못하였다고 단정할 것은 아니라하면서도 통상적으로 아파트가 준공될 때까지 수년이 걸리는 점을 고려할 때, 이 사건 각 토지의 분양가액을 이 사건 증여 당시의 시가로 보는 것은 이 사건 각 토지의 미래가치를 지나치게 미리 반영하는 것이므로, 시가 산정이 합리적이라고 보기 어렵다고 판단하였다(서울행정법원 2022구합84161, 2023. 10. 24. 판결).

   이와 같은 집합건물법상 법리 및 관련 판례의 법리에 비추어 볼 때, 가사 본건 유권해석에 따라 쟁점 건물의 시가를 잠재적 분양가액에 작업진행률을 적용한 가액으로 평가하는 것이 적법·타당하다고 가정하더라도, 최소한 쟁점토지의 시가 역시 동일하게 잠재적 분양가액에 작업진행률을 곱한 가액으로 평가하는 것이 타당하다.

 집합건물인 쟁점건물과 그 부속토지인 쟁점토지는 법률상 일체화되어 하나의 경제적 물건으로 취급된다는 점에서, 양자에 대한 시가 평가도 동일한 기준으로 이루어지는 것이 비교가능성 측면 등에서 합리적이다. 쟁점건물과 달리 쟁점토지만 ‘완공 후 가액’으로 평가할 경우 미래에 발생할 개발 이익을 별도의 현재가치 할인 계산도 없이 주식 양도 시점으로 앞당겨 절대금액을 반영하는 것이므로 일반적인 평가 방법론으로 적절하다고 보기 어렵다.

 발행법인은 쟁점건물을 평가할 때, 이미 매매이행예정금액에 작업진행률을 적용한 가액으로 가치를 평가하였으며 건물가치에 대해서는 조사청과 이견이 없는 상태이고, 토지의 경우 지상 건물에 대한 기성이 진행된 부분(71.37%)과 기성이 이뤄지지 않은 부분(28.63%)을 구분하여, 전자는 매매이행예정금액에 작업진행률(71.37%)를 곱한 가액을, 후자는 토지의 최초 취득원가에 작업미이행률(28.63%)을 곱한 가액으로 평가해서 이를 서로 더해 전체 토지 가치를 산정하였다.

(표 생략)

   그 결과, 판례가 예정한 방식처럼 단순히 토지분 예정분양가액(매매이행 예정금액)에 작업진행률을 곱해 산정된 금액(67,730백만원)보다도 16,531백만원 가량 더 높게 토지가치를 평가(84,261백만원)하였는바, 그 자체로도 평가기준일 현재 토지 가치를 시가보다 과소하게 계상하지 않았음을 보여준다.

   덧붙여 SH공사와 본계약인 매매계약을 최종적으로 체결하기 전까지는 준공 지연 리스크와 공사비 상승으로 인한 공사 중단 위험, 매매이행약정의 해제 가능성, 최종매매금액 미확정 등의 불확실성이 상존하고 있었는바, 본건 매매이행약정상 매매예정금액은 이러한 불확실성이 제거된 시점의 미래가치를 단순 추정한 금액이므로, 이를 현재가치로 그대로 사용한다면 필연적으로 자산가치의 과대평가를 초래할 수 밖에 없다.

 결론적으로, 관련 판례의 법리에 비추어 볼 때, 설사 본건 유권해석에 따라 본건 건물의 시가를 잠재적 분양가액에 작업진행률을 곱한 가액으로 평가하는 것이 적법·타당하다고 가정하더라도, 본건 토지의 시가 역시 동일하게 잠재적 분양가액 등에 작업진행률을 곱한 가액으로 평가되어야 할 것이다.

라. 결론

 지금까지 살펴본 바와 같이, ① 본계약(매매계약)에 따른 확정거래가액이 아닌 가계약(매매이행약정)상 잠정가액은 세법상 시가로 보는 매매사례가액에 해당한다고 보기 어려운바 쟁점주식거래는 저가양도에 해당하지 않고, ② 가사 쟁점 잠정가액이 세법상 시가에 해당한다고 가정하더라도, 쟁점주식거래는 청구인들의 양도소득을 부당하게 감소하기 위한 목적에서 이루어진 것이 아니므로 경제적 합리성이 존재하므로 쟁점주식거래가 소득세법상 부당행위계산에 해당한다는 전제하에 이루어질 예정인 과세처분은 위법·부당하다고 봄이 타당하다.

 이러한 점들을 두루 혜량하시어 부디 청구인들과 청구법인들의 본건 청구를 채택하는 결정을 내려주시기를 간원하는 바이다.

3. 처분청 의견

가. 사실관계

발행법인은 2020. 8. 5. 경기도 ○○시에 개업한 주거용 건물 개발 및 공급업을 영위하는 업체로 공동대표인 B와 C가 50%씩 지분으로 설립되었고, 설립 당시 총발행주식은 100,000주, 자본금 500백만원이다.

 발행법인은 2020년6월 SH공사가 공고한「2020년 제3차 매입임대주택 매입공고」에 따라 주택매도를 신청하여 2020년9월 매입심의위원회 심의를 통과하였고, 2020년11월 ㈜O로부터 주택 건축 부지인 쟁점토지를 510억원에 매수하였다.

발행법인과 SH공사는 2021년 6월 1차 감정평가를 실시하여 2개 평균액인 쟁점금액으로 매매이행약정을 체결하였고, SH공사는 매월 현장 정기점검을 실시(매월 현장정기점검 보고서 작성)하는 등 당초 공고한 매입 절차에 따라 1∼6단계 품질점검(기초공사·골조공사·마감공사·준공·입주대비·최종점검)을 실시하였다.

 SH공사는 매매이행약정에 따라 골조공사가 완료된 2023년4월 이행약정금의 60%인 949억원(부가가치세제외)을 지급하였고, 2023년12월 건물 사용승인 후 2차 감정평가를 실시하여 2개 평균액인 1,839억원(부가가치세제외)을 최종 매매대금으로 하여 2024년 2월 부동산 매매계약을 체결하고, 기지급한 949억원을 제외한 금액을 지급하였다.

 쟁점부동산의 분양율은 100%(SH공사 전 호실 매입)이며, 신축공사가 71.38%(총공사예정원가 대비 진행률) 진행된 2023. 7. 1. 청구인들은 보유주식 50,000주씩을 청구인들이 대표로 있는 G 주식회사와 H 주식회사에 액면가액(@5,000원)인 250백만원에 양도하고, 양도소득세 및 증권거래세를 신고하였다.

 2024년 발행법인은 양수법인에 186억원의 중간배당을 실시하였고, 양수법인은 지급받은 배당금 186억원을 2023년 개정된 「법인세법」 제18조의2 규정에 따라 100% 익금불산입 하였다.

나. 통지내용

 조사청은 2026. 3. 31.부터 2026. 5. 19.까지 발행법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 양도인이 쟁점 주식을 본인들이 100%지분을 보유한 특수관계 법인에 별도의 평가 없이 액면가액으로 양도한 것을 확인하였다.

 발행법인은 사업 개시 3년 미만 법인으로 주식평가 시 순자산가치로만 평가하여야 하며, 기획재정부 조세정책과-1153(2023.5.17.) 예규 등에 따라 신축·분양 진행 중인 건물과 부수토지의 분양가액이 시가에 해당하는 경우에는 건물에 대한 분양가액 중 평가기준일까지의 작업진행률에 따라 계산한 금액을 그 건물가액, 부수토지에 대한 분양가액을 토지가액으로 하여 순자산가치를 산정하여야 한다.

이에 조사청은 2021년6월 체결한 쟁점금액을 쟁점주식거래 당시의 시가로 보아 쟁점금액 중 토지가액인 949억원을 토지가액으로, 건물가액인 632억원을 작업진행률(71.38%)에 따라 계산한 451억원을 건물가액으로 하여 순자산가치를 평가하여 주당 평가액을 114,894원으로 산정하였다.

 양도인은 특수관계인 양수법인에 시가(@114,894원)보다 낮은 액면가액(@5,000원)에 양도하였으므로 「소득세법」 제101조에 따라 부당행위계산 부인을 적용하여 소득금액 54,947,000,000원에 대해 각 양도소득세 1,743,127,089원, 증권거래세 24,776,261원을 과세하고,

 양수법인은 특수관계인 개인으로부터 유가증권을 시가보다 낮은가액으로 매입하였으므로 「법인세법」제15조에 따라 시가와 매입가액의 차액인 54,947,000,000원을 익금산입하여 법인세 1,337,877,029원, 1,325,726,121원을 과세하는 것으로 조사결과를 통지하였다.

다. 조사청 의견

 1) 쟁점 매매이행약정은 매매계약과 그 본질이 같으므로 쟁점금액은 쟁점주식거래 당시 ‘시가’로 볼 수 있다.

   청구인은 쟁점 매매이행약정은 가계약으로 건물 사용승인 후 본 매매계약을 체결하기로 하였으므로 매매계약이 성립된 것으로 볼 수 없어 세법상 시가로 보는 매매사례가액에 해당하지 않는다고 주장하나,

   대법원은 매매계약은 당사자 일방이 재산권을 상대방에게 이전할 것을 약정하고 상대방이 그 대금을 지급할 것을 약정하는 계약으로, 매도인이 재산권을 이전하는 것과 매수인이 그 대가로서 금원을 지급하는 것에 관하여 쌍방 당사자의 합의가 이루어짐으로써 성립하는 것이고(대법원 94다34432 1996.4.26.판결, 대법원 2018다223054, 2021.1.14.판결 등 참조),

   계약서에 잔금 지급시기가 기재되지 않았고 후에 그 정식계약서가 작성되지 않았다 하더라도, 가계약서 작성 당시 매매계약의 중요 사항인 목적매매물과 매매대금 등이 특정되고 중도금 지급 방법에 관한 합의가 있으면 부동산에 관한 매매계약은 성립된다고 판시하였다(대법원 2005다39594, 2006.11.24.판결 등 참조).

   나아가 당사자 사이 계약을 체결하면서 일정한 사항에 관하여 장래의 합의를 유보한 경우에도, 당사자에게 계약에 구속되려는 의사가 있고, 계약 내용을 나중에라도 구체적으로 특정할 수 있는 방법과 기준이 있다면 계약체결 경위, 당사자의 인식, 조리, 경험칙 등에 비추어 당사자의 의사를 탐구하여 계약 내용을 정해야 하며, 매매대금의 확정을 장래에 유보하고 매매계약을 체결한 경우에도 이러한 법리가 적용된다(대법원 2017다20371, 2020.4.9.판결 등 참조).

   쟁점 매매이행 약정의 경우 다음과 같이 매매계약의 중요사항들에 대한 쌍방합의가 되어 매매계약이 성립한 것으로 볼 수 있어 매매계약과 본질이 같다.

 ① (쌍방합의) 발행법인은 SH 매입공고문에 따라 매매이행약정 내용에 동의하여 SH와 쌍방합의 하에 매매이행 약정을 체결하였다.

 ② (매매목적물 명시) 매매이행약정서 상 매매목적물은 F 토지(6,266㎡)와 신축대상 건물(378호)로 명확히 기재되어 있다.

 ③ (매매대금 특정 및 대금 지급방법 명시) 매매이행약정서 상 매매대금은 1차 감정평가 평균액인 1,581억원(부가가치세제외)이고, 매매대금의 60%를 골조완료 시 지급하며, 최종 확정 매매대금은 ‘2차 감정평가 산술 평균금액’으로 하되, 매입대금의 상한 한도를 정하였고, 나머지 계약금액에 대한 구체적인 지급 방법도 명시되어 있는바, 이는 매매이행 약정 시 최종매매대금의 확정에 대해 ‘2차 감정평가 산술 평균금액’이라는 기준 및 매입대금 상한선을 정한 것으로 양 당사자는 최종적인 매매대금에 대해 예측 가능 범위 내에 산정 기준을 구체적으로 합의하여 약정을 체결한 것이다.

 ④ (법적구속력) 쟁점 매매이행약정서에 약정 해제 또는 해지 시 위약금 규정을 명시하여 단순한 협의를 넘어 계약 이행을 강제하는 등 양 당사자가 약정서에 실질적 법적 구속력을 부여하고 있음을 알 수 있다.

   또한, 발행법인은 매매이행약정에 따라 골조공사가 완료된 2023년 4월에 약정금의 60%인 949억원(부가가치세제외)을 SH로부터 수령하였고, 이에 대한 매출세금계산서(건물분) 및 계산서(토지분)를 발급하여 부가가치세를 신고한바, 이는 발행법인이 쟁점 매매이행약정을 SH공사와 가계약(단순한 장래 협의를 위한 단계)을 맺은 단계보다는 현실적인 공급계약을 맺은 거래 관계로 인식하고 업무를 처리한 것으로 판단되며,

   이러한 매매이행 약정금에 대해 매매이행약정서 제1조 1항은 “표시 부동산 매매대금의 일부로 지급된 것”이라고 기재 되어있는바, 이는 단순 가계약금으로 지급한 것으로 보기 어렵다.

   SH공사의 임대주택 매입사업은 아래의 매입절차에 따라 ①매도신청부터 ⑭품질점검 완료 후 잔금 지급 순으로 진행되는데, 실제 발행법인과 SH공사가 매매이행약정 체결 후 SH공사는 월별 정기점검을 진행하였고, 골조공사를 마친 뒤 이행약정금을 지급하는 등 아래의 절차에 따라 순차적으로 진행되었음을 알 수 있는 바,

   이는 ‘매매이행약정’ 체결 역시 사업 절차의 일부로 쟁점 매매이행약정 체결이 본 매매계약을 위한 별도의 가계약 행위라기보다는 매입 절차의 일부였음을 의미하는 것이고, 약정서상 ‘장래 매매계약 체결을 위한 전 단계’라는 문언은 본계약 체결 여부에 대한 선택권을 유보한 것보다는 완공 후 2차 감정가액에 의한 최종 매매대금 확정의 절차적 단계를 예정한 것으로 보인다.

   덧붙여 쟁점 매매이행약정은 당해 재산 매매가액으로 특수관계가 아닌 발행법인과 SH가 공정하게 체결한 계약으로 약정서상 쌍방합의, 매매목적물 명시, 매매대금 특정, 중도금 성격의 이행약정금 지급 방법, 위약금 규정 등이 명확히 기재되어 있고, 이행약정금의 60%인 949억원을 수수하는 등 지속적으로 계약이 이행되었던 것으로 확인되는바,

   본 계약이 추후에 다시 작성될 매매이행약정이라 하더라도 그 명칭과 상관없이 일반적인 부동산 매매계약과 그 내용의 본질이 동일하므로 매매이행약정 당시 부동산 매매계약은 성립된 된 것이며, 따라서 쟁점금액은 주식 양도 당시 ‘시가’로 볼 수 있다.

 2) 쟁점금액은 객관적 교환가치가 적정하게 반영되어 시가로 적합하다.

   청구인은 쟁점금액이 미래가치를 감정하는 개발감정평가금액일 뿐이고, 명확한 근거 없이 임의로 토지·건물 안분비율을 적용하였기에 거래 당시의 객관적인 교환가치로 볼 수 없다고 주장하나,

   상증세법 제60조 제2항에서 시가는 불특정다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 규정하고 있으며, 대법원은 상증세법 시행령 제49조 제1항 각 호에서 열거한 평가방법은 시가로 볼 수 있는 대표적인 경우를 예시한 것에 불과하므로, 각 호에 해당하지 않는다고 하여 바로 시가를 산정하기 어려운 것으로 단정할 수 없고, 객관적으로 합리적인 방법으로 평가된 가액이 있다면 시가로 볼 수 있다고 판시하였다(대법원 2000두5098, 2001.8.21. 판결 등 참조).

   쟁점금액은 SH공사의 주택 매수 목적하에 2021년 5월 2개 감정평가법인이 쟁점부동산과 유사한 물건의 ‘거래(매매)사례비교법’으로 대상 물건 위치 부근의 상황·규모·건물의 구조, 사용자재, 층별·향별·위치별 효용요인, 인근 유사 물건의 정상적인 가격수준, 기타 가격형성상 의제요인 등을 종합적으로 고려하여 감정평가한 금액으로써,

   당시 주위 오피스텔 시세를 반영하여 쟁점 부동산 호수별 건물 및 토지를 평가하였고, 이 금액을 바탕으로 특수관계가 없는 발행법인과 SH공사가 쌍방합의 하에 부동산 매매계약을 체결한 것이므로 거래 당시의 객관적인 교환가치에 해당한다.

(그림 생략)

   쟁점주식거래 시점에 이미 건축물의 주요 공정이 상당 부분 완료(SH공사 점검 보고서상 공정률 약 75%)되었고, 전체 호수 분양이 100% 완료된 상태였던 점을 고려할 때, 쟁점토지 및 쟁점건물은 쟁점주식거래 당시 이미 분양가액에 상응하는 객관적 재산가치를 형성하고 있던 것으로 판단된다.

   쟁점주식거래 당시 공사를 마감하는 단계였고, 실제 주식 양도 시점 이후 발행법인의 공사 관련 매입세금계산서 품목을 살펴보면 외부공사, 마감공사, 교통공사, 교통영향평가, 녹지 휴게공간 조성, 등 준공 전 공사 마무리 단계 관련 비용이 대부분을 차지하고 있고, 6개월 후 실시한 제2차 감정평가서상 ‘사진용지’에서도 건물 외부 및 내부 공사가 완료된 상태임이 확인되는 점으로 볼 때, 쟁점주식거래 당시 이미 분양가액에 상응하는 객관적 재산가치를 형성하고 있던 것으로 보아야 한다.

   또한, 매매가 성립(2021년 6월)된 후 주식 양도 시점(2023년 7월)까지는 2년 1개월 가량의 간격으로 쟁점 매매대금의 계약일이 「상증세법 시행령」 제49조의 평가기준일을 벗어나긴 했으나, 다음과 같은 사유로 토지의 분양가액이 객관적 교환가치를 반영한 시가로 볼 수 있다.

   ① 주식 양도 시점까지 계약이 이행되고 있던 당해 재산 매매가액이고,

   ②SH로부터 매매이행약정금(매매대금 성격)을 지급받아 세금계산서 및 계산서를 발행하고 부가가치세 신고를 이행한 상태였으며,

   ③ 1차 감정평가 시점(’21.5월)부터 주식 양도 시점인 ’23.7월까지 토지 개별공시지가는 꾸준히 상승하거나 유지되어 쟁점 분양토지의 시가는 하락하지 않은 것으로 검토된다.

   ④ 쟁점주식거래 당시 쟁점 건물도 ’21.5월 당시 비교 대상 건물에 비해 신축 건물에 해당되어 그 값어치가 더 낮다고 보기 어렵고, 실제 1차 감정가액보다 2차 감정가액은 약 258억원 상승한 가액으로 매매금액이 변경되는 등 적어도 1차 감정가액인 1,581억원 보다 그 값어치가 더 낮아졌다고 볼 수 없다.

(표 생략)

   대법원은 당해 재산에 대하여 매매사실이 있는 경우 계약체결일이 상증세법 시행령 제49조가 예시한 상속개시일로부터 6개월을 벗어난 경우에도 객관적으로 공정하게 체결된 계약으로서 그 사이에 가격변동의 특별한 사정이 없다고 인정된다면 그 거래가액을 시가로 볼 수 있으며,

   토지 매매계약이 상속개시일로부터 2년 3개월 전이고, 잔금 지급시기가 미확정인 사건에서 특수관계가 아닌 사람들 사이에서 공정하게 체결된 매매계약으로 계약금과 중도금을 지급받고 토지개발이 진행되고 있어 매매계약이 진행중이고, 그 사이에 개별공시지가가 꾸준히 상승하거나 유지되어 왔으므로 쟁점 매매가액을 상속개시일 당시의 시가로 봄이 타당하다고 판시한 바 있다(대법원 2014두47334, 2015.4.9.판결 등 참조).

   청구인은 토지와 건물가액의 안분비율을 SH공사가 임의로 설정한 비율대로 적용하여 토지가액이 현실과 부합하는 객관적 교환가치가 적절하게 구현되어 있지 않다고 주장하나,

   감정평가 법인이 토지 및 건물을 구분하여 표시하는 경우 「감정평가에 관한 규칙」 제16조에 의거 합리적 기준을 갖추고 있어야 하는 것으로, 쟁점감정평가 시 토지·건물 배분 비율은 임의로 설정한 비율이 아닌 한국부동산연구원에서 간행한 ‘집합건물 구분평가시 토지 및 건물 배분비율에 관한 연구’ 내 [연립 및 다세대주택의 최종 토지·건물 배분비율표]를 근거로 물건별 특성 및 원가산정에 의한 토지·건물 비율 등을 고려하여 적용된 배분 비율이다.

   한국부동산연구원 발행 ‘공동주택의 구분평가 시 토지, 건물 배분비율에 관한 연구’에서 제시된 아파트의 최종 토지, 건물 배분 비율표를 기준으로 공시지가 기준법으로 산정된 토지가격과 원가법으로 산정된 건물가격의 비율을 참작하여 결정한 사건에서 적용 방법이 합리적이고 구체적 근거가 있는 경우 적법한 감정평가라고 인정한 바 있다(수원지방법원 오산시법원 2016가단2004, 2018.2.1. 선고).

  따라서 쟁점금액은 쟁점주식거래 시점까지 계약이 이행되고 있던 당해 재산 매매가액으로, 특수관계가 아닌 사람들 사이에서 공정하게 체결된 매매계약일 뿐 아니라 발행법인과 SH공사가 합리적인 감정평가 기준을 갖춰 결정한 금액이며, 주식 양도 당시 쟁점건물 공사는 마감 단계이고(2023년 12월 사용승인), 전체 호수에 대하여 SH공사와 매매계약이 성립되었다는 객관적인 상황에 비추어 볼 때 그 당시 쟁점건물과 쟁점토지는 이미 분양가액에 상응하는 가치를 갖춘 시가로 봄이 타당하며, 주식 양도 시점의 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액이 매매이행약정 시점보다 더 시가가 낮아졌다고 볼 수 없다.

 3) 쟁점주식거래는 경제적 합리성이 결여되어 부당행위계산부인 규정을 적용해야 한다.

   부당행위계산 부인을 위한 요건으로는 ①특수관계가 있는 자와의 거래일 것, ②객관적 요건으로서 행위·계산이 경제적 합리성을 결여한 이상한 형식을 취함으로써 부당하다고 평가될 수 있을 것, ③조세의 부담을 감소시켰을 것을 충족해야 하는 것으로, 여기에 납세자의 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야 하는 것은 아니다.

   청구인은 ①,③의 요건을 충족한다고 하더라도 ②의 요건이 결여되어 부당행위계산 부인을 적용 대상에 해당하지 않는다고 주장하나,

   쟁점주식거래 시점은 2023. 7. 1.로 당시 세법상 작업진행률은 71.38%이나 감리보고서상 공정률은 75.07%, SH공사 현장 정기 점검보고서상 공정률은 75.36%로 공사가 상당히 진행되었고, 건물의 사용승인일인 2023. 12. 20.과 불과 6개월도 차이 나지 않는 시점으로, 양도 직전인 2023년 4월에는 매매이행약정금의 60%인 949억원을 중도금 성격으로 지급받아 사실상 SH공사와 계약 해제 가능성이 없던 시기이고, 오히려 사업이익이 충분히 예상되던 시기이다.

   설사 사업이익이 감소할 것으로 예상되었다 하더라도 쟁점주식을 양수법인에 양도할 이유가 전혀 없으며, 당시 공사가 상당 부분 진척되어 사업이익이 충분히 예상되었고, 얼마 지나지 않아 양수법인이 186억원의 중간 배당을 지급받은 것으로 볼 때, 2023년 개정된 법인세법에 따라 지분이 50% 이상일 경우 수입배당금이 100% 익금불산입 되는 점을 이용하여 배당소득세를 줄이기 위해 쟁점주식을 양수법인에 양도한 것으로 판단된다.

   보통 계약이라는 것이 상호 대등한 지위에서 각자 경제적 이익의 극대화를 도모하려고 노력하기 마련인데, 양수법인에만 유리한 쟁점 주식 거래는 서로가 이익의 극대화를 위해 자유로운 의사로 주식 매매대금을 결정하였다고 볼 수 없고, 오히려 특수관계가 없는 제3자에게 양도하였다면 제대로 평가하여 더 많은 금액을 받았을 것이 자명하므로, 양도인이 액면가액으로 양도한 해당 거래는 경제적 합리성을 결여한 이상한 형식을 취한 부당한 거래에 해당한다.

   양도인이 합리적인 경제인이라면 쟁점 주식을 제대로 평가하여 양도하였을 것임에도 불구하고 시가보다 낮은 액면가액으로 양수법인에 양도한 것은 조세를 부당하게 감소시키면서 양수법인에 이익을 분여하기 위함으로 이는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래이므로 부당행위계산 부인 규정을 적용해야 한다.

 4) 순자산가치 산정 시 건물은 건물 분양가액 작업진행률을, 토지는 토지 분양가액을 적용해야 한다.

   청구인은 서울행정법원(2014구합984, 2022구합84161) 판례를 제시하며 집합건물은 토지와 건물이 법률상 일체화되어 하나의 물건으로 취급되므로 토지 분양가액을 토지가액으로 할 경우 자산평가의 왜곡을 초래하고, 미래에 실현될 이익을 미리 자산으로 인식하는 불합리한 결과가 발생한다고 주장하나,

   서울고등법원(2014누64423, 2015.5.6.)은 토지가 집합건물의 부지라도 법령상 근거 없이 건물의 작업진행률에 따라 가액을 산정하여야 한다고 볼 수 없는 것으로 토지의 객관적 교환가치가 적절하게 구현되어 있고, 가액 산정의 합리성을 갖추면 ‘시가’로 인정할 수 있다고 판시하였으며, 청구인이 제시한 판례는 아래와 같이 본 건 사례와는 다르다.

(표 생략)

  청구인이 제시한 판례는 ‘택지개발지구의 아파트 분양’으로 통상적으로 아파트가 준공될 때까지 수년이 걸리나, 평가기준일 당시 작업진행률 및 분양률의 진척도가 낮아 토지의 분양가액을 시가로 볼 경우 토지의 미래가치를 지나치게 미리 반영하게 될 뿐만 아니라,

   해당 토지 분양가액은 공동주택 분양가격의 산정 등에 관한 규칙에 따라 산정한 금액으로 금융비용, 이주보상비, 시행사 이윤, 연암/암석지반 공사비, 흙막이 및 차수벽 공사비, 학교용지부담금 등이 포함되어 있어 토지의 객관적 교환가치를 구성하는 요소로 보기 어렵고, 건설법인이 임의로 정한 금액에 불과한 분양가액을 시가로 인정하는 것은 합리성이 결여되었다는 것이나,

   본건의 경우 쟁점금액 중 토지가액은 위 판례와 같이 토지매입대금에 각종 비용, 이윤 등을 더하여 임의로 계산된 금액이 아닌 감정평가를 통해 당시 주변 오피스텔의 시세를 반영하여 각 호수별 건물과 토지가액이 결정된 금액으로,

   분양된 일부 호실을 바탕으로 매매사례가액을 적용한 가액이 아닌 100% 분양된 각 호수별 당해재산의 감정가액으로 객관적 교환가치가 적절하게 반영된 금액이다.

   또한 쟁점부동산은 한동짜리 주거용 오피스텔로서, 청구인이 제시한 판례의 택지개발 분양과 달리 이미 인프라가 형성된 서울 상업지역에 신축한 것으로 단지 외 주변 주거환경은 이미 개선되어 있고, 단지 내 주거환경 또한 아파트 단지처럼 부속토지의 가치를 높여주는 시설은 없거나 미비한바,

 쟁점부동산 신축 당시 토지가격에 이미 형성된 인프라에 대한 가치가 상당 부분 반영되어 있으며, 공사도 75% 이상 진행되어 쟁점금액이 쟁점주식거래 당시의 토지의 가치를 적절하게 반영한 것으로 보아야 한다.

   따라서 토지가 집합건물의 부지라 하더라도 토지의 객관적 교환가치가 적절하게 구현되어 있고, 가액 산정의 합리성을 갖추면 ‘시가’로 인정할 수 있는바, 쟁점금액은 임의로 결정된 금액이 아닌 감정평가를 통해 당시 주변 오피스텔의 시세를 반영하여 결정되었고, 일부 분양된 매매사례가액이 아닌 호수별 당해 재산 매매가액으로 주식 양도 당시의 토지의 객관적 교환가치를 적절하게 반영하고 있으므로 건물은 ‘건물 분양가액에 작업진행률’을, 토지는 ‘토지 분양가액’을 적용하여 순자산가치를 산정해야 한다.

라. 결론

 발행법인과 SH공사가 체결한 쟁점 매매이행약정서에는 매매목적물과 매매대금에 관한 사항에 대해 양 당사자 간 의사 합치가 확인되고, 이행약정금 지급 및 위약금 규정 등 매매이행 관련 내용이 구체적으로 정하여져 있는 점 등을 고려할 때, 실질적으로 매매계약이 성립된 것이므로 쟁점금액은 당해재산 매매가액으로 ‘시가’로 인정될 수 있다.

  또한 쟁점금액은 주식 양도 당시 쟁점 토지의 객관적 교환가치를 반영하고 있으며, 감정평가를 통하여 가액 산정의 합리성을 갖추고 있는바, 쟁점금액 전체가액을 토지의 시가로 인정하여 비상장주식의 가치를 산정하는 것이 관련 법령 취지에 부합하며, 기업의 실질가치를 보다 적정하게 반영한 처분일 것이므로 이 사건 과세처분은 관련 법령에 부합하는 적법·타당한 처분으로 청구주장은 불채택되어야 한다.

4. 조사청 의견에 대한 청구인 항변

가. 본건 매매이행약정이 본계약인 매매계약에 앞선 가계약이라는 데에 본건 시행사와 SH공사 간 합치된 의사가 있는 이상 이를 매매계약으로 볼 여지는 전무한바, 조사청의 주장은 기본전제에서부터 오류가 있어 위법하다.

 1) 본건 매매이행약정이 매매계약의 중요사항에 대한 쌍방합의가 있었으므로 본계약인 매매계약에 해당한다는 조사청의 주장은 대법원의 법률행위 해석 원칙에 관한 법리에 반하여 위법·부당하다.

 법률행위란 거래 당사자 간의 계약, 즉 거래 당사자 간의 명시적·묵시적으로 합치된 의사를 말하는데, 이에 대한 해석은 당사자가 표시행위에 부여한 의미를 명백하게 확정하는 것으로서, 양쪽 당사자의 의사 합치가 있는 경우에는 그것이 계약서에 기재된 내용과 다르더라도 양쪽 당사자의 의사가 합치된 내용에 따라 계약이 성립한 것으로 보아야 한다(대법원 2021. 3. 25. 선고 2018다275017 판결 등 참조).

 또, 계약당사자의 의사 합치가 없는 상태에서, 이들 사이에 어떠한 계약내용을 처분문서인 서면으로 작성한 경우에도, 계약 문언의 객관적인 의미가 명확하다면 특별한 사정이 없는 한 문언대로 의사표시의 존재와 내용을 인정해야 한다(대법원 2021. 12. 30. 선고 2021다264420 판결 등 참조).

 한편, 계약서의 문언의 객관적인 의미가 명확하게 드러나지 않는 경우라면, 그 문언의 형식과 내용, 법률행위가 이루어진 동기와 경위, 당사자가 법률행위로 달성하려는 목적과 진정한 의사, 거래의 관행 등을 종합적으로 고려하여 논리와 경험의 법칙, 사회 일반의 상식과 거래의 통념에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2020. 10. 29. 선고 2020다243945, 243952 판결, 대법원 2005. 5. 27. 선고 2004다60065 판결 등 참조).

 정리하면, 어떠한 계약의 성격은 ① 거래 양 당사자의 의사 합치가 있는 경우 가사 그것이 계약서 등의 문언과 다르더라도 양쪽 당사자의 의사가 합치된 내용에 따라 결정해야 하고, ② 거래 양 당사자의 의사 합치가 없지만 이들이 표시한 문언에 따라 의미가 명확하게 드러나는 경우 그 표시된 문언에 따라 결정해야 하며, ③ 거래 양 당사자의 의사 합치가 없을 뿐만 아니라 당사자가 표시한 문언에 따라 의미가 명확하게 드러나지 않는 경우에는 문언의 형식과 내용, 법률행위가 이루어진 동기와 경위, 당사자가 법률행위로 달성하려는 목적과 진정한 의사, 거래의 관행 등을 종합적으로 고려하여 논리와 경험칙, 사회 일반의 상식과 거래의 통념에 따라 합리적으로 결정하여야 한다.

 (표 생략)

 위와 같은 계약해석의 법리는 가계약인 매매이행약정과 본계약인 매매계약을 구분하는 기준이 된다. 즉, 어떠한 계약이 매매이행약정(가계약)인지 아니면 매매계약(본계약)인지 여부는 우선적으로 ‘계약 양 당사자 간 의사의 합치’를 살펴 판정될 문제이고, ‘계약 양 당사자의 의사 합치가 없을 뿐만 아니라 당사자가 표시한 문언의 내용이 불분명한 경우’에 비로소 매매목적물, 이전방법, 매매가액, 지급방법 등의 매매계약에 필요한 내용이 확정되었는지 여부를 가지고 판정할 수 있는 것이다.

 그렇기 때문에 법원은 “가계약은 장차 체결될 본계약의 구체적인 내용이 확정되어 있지 않은 경우에도 성립할 수 있으나, 장차 체결될 본계약의 요소가 되는 매매목적물, 그 이전방법, 매매가액 및 지급방법 등의 내용이 확정되어 있는 가계약도 존재할 수 있는바, 매매목적물과 거래대금 등 본계약의 본질적 사항에 관한 의사의 합치가 있었다는 사정만으로는 이 사건 가계약이 본계약이라고 인정하기에 부족하다. 오히려 본계약과 가계약은 그 계약을 체결할 당시 양 당사자의 의사가 ‘장차 그와 같은 내용의 계약을 체결할 의사’였는지, 또는 ‘그와 같은 내용의 계약을 그 시점에 확정적으로 체결할 의사’였는지 여부에 따라 구별되어야 할 것.”이라고 판시한 바 있다(서울중앙지방법원 2018. 12. 14. 선고 2018가합522008 판결 참조).

 한편 본건의 경우, SH공사는 쟁점건물의 착공 전에 경쟁자들에 앞서 본건 건물 매수인 지위에 대한 우선권을 미리 확보하면서도 법적·경제적 리스크는 최소화하기 위해 가계약으로서 본건 매매이행약정을 체결하려고 하였고, 발행법인은 건물 완공 이후에 발생할 수 있는 미분양 리스크를 낮추고, 예정 매수자가 확보되었을 때 자금조달 등에서 금융비용을 절감할 수 있는 효과를 누리고자 가계약으로써 본건 매매이행약정을 체결하는 방식에 동의하였다. 즉, SH공사와 발행법인은 ‘본건 건물을 매수/매도하겠다’는 의사의 합치가 달성되어 본건 매매이행약정을 체결한 것이 아니라, ‘본건 건물이 준공된 이후 다른 조건에 이견이 없는 한 매매계약을 체결하겠다’는 점을 합의하고 본건 매매이행약정을 체결한 것이므로 본건 매매이행약정의 성격은 본계약이 아닌 가계약이라고 봄이 마땅하다.

 SH공사와 발행법인 사이에 체결된 본건 매매이행약정은 본계약이 아니기에, 그 본계약 체결 이전이라면, 이론적으로 발행법인은 SH공사와의 매매이행약정에도 불구하고, 다른 제3자(더 좋은 매매조건을 제시한 제3자가 있다고 가정할 경우)와 본계약을 체결 후, 완공된 임대주택 건물과 부속토지의 소유권을 이전할 수 있다. 이 경우, SH공사는 발행법인의 행위로 말미암아, 자신이 입은 손해에 대해 발행법인에 배상을 청구할 수 있을지언정, 제3자와 발행법인 간에 유효하게 체결된 매매약정의 효력을 부인할 수는 없다. 이는 조사청이 주장하는 것처럼, 본건 매매이행약정의 성격을 중도금이 납입된 매매약정과 동일하게 보아야 한다는 주장과 근본적으로 다른 지점이라 할 수 있다.

 이와 같이, 본건 매매이행약정이 본계약인 매매계약에 앞선 가계약이라는 데에 발행법인과 SH공사 간 합치된 의사가 있는 이상, 직전에 살펴본 대법원의 법리에 따라 그 합치된 의사에 따라 해당 계약내용을 해석해야 한다. 다시 말해, 본건 매매이행약정의 성격은 발행법인과 SH공사의 합치된 의사와 같이 본계약(매매계약)이 아닌 가계약으로 인정되어야 하며, 본건은 거래 당사자 간의 의사가 합치되지 않고 당사자가 표시한 문언에 따라 의미가 명확하게 드러나지 않는 경우에 해당하지 않는바, 조사청의 원용 판례가 적용될 여지가 없다.

 2) 조사청이 원용한 대법원 판례는 본건에 적용할 수 없는 판례임이 분명하므로, 이를 근거로 한 조사청의 기본전제는 타당하다고 볼 수 없다.

(표 생략)

 3) 법원은 본건 매매이행약정의 성격이 본계약인 매매계약이 아니라 가계약에 해당한다고 밝혔는바, 이를 본계약으로 전제한 조사청의 주장은 부당하다.

  조사청이 본건 매매이행약정을 ‘분양계약’, 본건 매매이행약정상 예상매매대금을 ‘분양대금’, SH공사가 쟁점부동산 매수인의 지위에 대한 우선권을 확보한 것을 ‘쟁점부동산의 100% 분양’이라고 표현하는 것은 부적절하다. 본건 매매이행약정은 단순한 가계약에 불과하며 본계약인 매매계약에 해당하지 않으며, 본건 매매이행약정을 본계약인 매매계약으로 볼 수 있다고 가정하더라도 ‘분양’이란 분양사업자가 건축하는 건축물의 전부 또는 일부를 2인 이상에게 판매하는 것을 말하므로 잠정적 매수인이 SH공사 1인인 본건 매매이행약정이 분양계약이 되는 것은 어렵다.

  발행법인은 서울시장이 쟁점건물이 업무시설(오피스텔)에 해당한다고 보아 과밀부담금 부과처분을 하자 ‘쟁점건물은 명목상 공부에 오피스텔의 용도로 기재되어 있기는 하나, 준주택으로서 건축허가 단계에서부터 향후 SH공사에 매각되어 공공매입임대주택으로 활용될 것이 예정되어 있어 주택으로서의 실질을 갖추고 있는바, 공부상 용도만을 기준으로 과밀부담금을 부과한 처분은 위법하다’는 취지로 서울행정법원에 소를 제기한 바 있다.

 그러나 서울행정법원은 ‘본건 건축물은 현재 그 신축공사가 진행 중이고, 아직 본건 시행사와 SH공사 사이의 매매계약이 체결되지는 않은 것으로 보이며(본건 매매이행약정에 따르면, 본건 시행사와 SH공사 사이의 매매계약은 본건 건물의 사용승인 후 소유권보존등기가 완료된 날로부터 60일 이내에 체결하는 것으로 규정되어 있다), 또한 SH공사는 발행법인이 SH공사의 단계별 점검에 협조하지 않는 경우, 이 사건 건축물이 관련 법령 및 SH공사가 제시한 설계기준과 다르게 시공이 되어 SH공사가 매입목적을 달성할 수 없는 경우, 건축허가상의 내용과 사용승인상의 내용이 SH공사와의 협의 없이 변경되어 당초 SH공사가 제시한 매입조건 달성이 어렵다고 판단되는 경우 등에 있어서는 언제든지 계약을 해제할 수 있다.… 이러한 사정들에 비추어 보면, 현재로서는 원고 주장과 같이 이 사건 건축물 전체가 임대주택으로 활용될 것으로 확정되었다고 보기 어렵다’고 판시하였고(서울행정법원 2022. 9. 29. 선고 2021구합70271 판결), 제2심인 서울고등법원 역시 동일한 취지로 판단하였다(서울고등법원 2023. 10. 19. 선고 2022누64176 판결).

  이와 같이, 법원은 본건과 동일한 사실관계에 기초한 사안에서 본건 매매이행약정의 성격이 본계약인 매매계약이 아니라 가계약에 해당한다는 점을 분명하게 밝혔는바, 이러한 점을 고려하더라도 본건 매매이행약정의 성격을 본계약으로 전제한 조사청의 주장은 부당하다.

나. 조사청은 쟁점금액이 객관적 교환가치가 적절하게 반영된 금액이므로 시가로 사용할 수 있다고 주장하나, 이는 잘못된 근거에 기초한 것으로 타당하지 않다.

 1) 조사청은 기본적으로 발행법인과 SH공사 간의 본건 매매이행약정 체결이 ‘매매거래’에 해당한다는 점을 전제하나, 본건 매매이행약정은 본계약인 매매계약에 해당하지 않는다. 즉, 거래 자체가 존재하지 않으므로 쟁점금액이 거래 당시의 객관적인 교환가치에 해당한다는 주장은 그 자체로 이유없다.

 또한, 조사청은 쟁점금액이 쟁점부동산의 호수별 건물 및 토지를 개별적으로 평가한 금액이기 때문에 객관적인 교환가치에 해당한다고 주장하나, 제1차 감정평가에 따른 쟁점부동산의 호수별 건물 및 토지가액은 기실 미래가치를 감정하는 개발감정평가액인 쟁점금액을 산정한 후 이를 ‘토지 6 : 건물 4’라는 임의의 비율로 나눈 값에 불과하므로 객관적인 교환가치에 해당한다고 보기 어렵다.

 2) 조사청은 SH공사가 설정한 ‘토지 6 : 건물 4’의 안분비율이 ‘한국부동산연구원 토지·건물 배분비율표’에 근거한 비율이기 때문에 합리적이라는 점을 전제하나, 본건 매매이행약정이 체결되던 2021년 6월경에 적용되었을 ‘한국부동산 연구원 토지·건물 배분비율표’에 따르면 쟁점부동산이 소재한 서울 S구 신축 연립 및 다세대주택의 최종 비율이 ‘토지 4 : 건물 6’으로 명시되어 있다. 즉, SH공사가 설정한 ‘토지 6 : 건물 4’의 안분비율은 한국부동산연구원 토지·건물 배분비율표상 비율을 반대로 적용한 오류가 있다.

 3) 조사청은 쟁점주식거래 당시 쟁점건물의 공정률이 약 75%에 달했기 때문에 쟁점부동산이 이미 쟁점금액에 상응하는 객관적 재산가치를 형성하였다고 주장하나, 신축건물의 경우 완공 전까지 해당 건물과 부지가 그 가치를 온전하게 인정받기 어려운 것이 현실이다. 건물이 준공되기 전까지는 예산초과, 일정지연, 품절저하 및 하자발생, 현장안전사고, 시공사 부도, 매수인의 계약 해제 등 다양한 법적·경제적 리스크가 존재하기 때문이다. 특히 공사가 중단되면 이후 재건축 또는 공사 재개 비용이 막대해지기 때문에 더욱 부동산의 가치를 인정받기 어렵다.

 아울러 조사청은 쟁점토지의 개별공시지가가 상승하였다는 점을 근거로 삼고 있는데, 쟁점금액이 산정된 2021년 기준 쟁점토지의 개별공시지가는 2020년 대비 14.0% 상승하였으나, 조사청이 주장하는 쟁점토지의 시가(94억)는 2020년 발행법인이 이를 실제로 취득한 가액(51억) 대비 86.1%가 높다. 즉, 조사청이 원용한 개별공시지가를 기준으로 하면 오히려 조사청이 주장하는 시가가 과도하게 높다는 점만 드러난다.

다. 조사청은 쟁점주식거래는 경제적 합리성이 결여되어 있다고 하나, 본건의 실제 사실관계 및 법률관계를 오인한 것인바 위법·부당하다.

 1) 발행법인이 본건 매매이행약정에 따라 수취한 이행약정금 949억은 중도금 성격의 자금이 아니고, 이를 수취함으로써 SH공사와의 계약 해제 가능성이 없어지지 않았다.

 일반적으로 부동산 매매대금은, 매매계약인 본계약이 체결된 후 ‘계약금-중도금-잔금’ 또는 ‘계약금-잔금’의 구조로 지급된다. 즉, 중도금이 지급되었다는 사실은 그에 앞서 매매계약이 체결되고, 계약금이 지급되었다는 점을 전제한다. 그러나 본건 매매이행약정은 본계약인 매매계약이 아닌 가계약에 불과하고, 본건 이행약정금 또한 SH공사가 쟁점부동산 매수인의 지위에 대한 우선권을 확보하기 위해 발행법인에 지급하는 가계약금일 뿐이다. 즉, 본건 이행약정금은 조사청의 주장과 달리 매매계약상 중도금은커녕 계약금에조차 해당하지 않는다.

 2) 쟁점주식거래 당시 발행법인은 사업 이익의 하락을 우려하고 있는 상황이었고, 침체된 부동산 경기 속에 사업을 이어가던 와중에 발행법인의 두 주주 간 갈등이 생겨 쟁점주식거래를 하기에 이른 것이며, 청구들이 특수관계가 없는 제3자에게 쟁점주식을 양도하였더라도 더 많은 금액을 수취하기는 어려웠다.

 발행법인은 최종매매대금이 예상매매대금보다 낮아질 수도 있는 리스크를 부담하면서 쟁점건물 신축공사를 완공할 것인지, 현 상태로 쟁점토지를 매각하여 리스크를 감소시킬지를 두고 중대한 기로에 서게 되었고, 이에 대한 입장의 차이로 발행법인의 주주인 청구인들 간에도 갈등이 생기게 되어 그 결과, 청구인들은 보다 느슨한 형태의 동업관계로 전환하기 위한 조치로 각자 보유한 발행법인의 주식을 각자가 소유한 양수법인으로 이전한 것이다.

 이때 청구인들은 최종매매가액이 예상매매가액보다 낮아진 사례, 부동산 시장의 전반적인 침체에 따른 준공 리스크 급증, SH공사의 본건 매매이행약정해제 가능성 등의 사정을 고려하여 주신 양도가액을 산정하였다. 따라서 객관적으로 보더라도 청구인들이 특수관계 없는 제3자에게 발행법인의 주식을 양도하였더라도 그 가액은 발행법인 주식의 액면가액(토지 및 건물의 역사적 원가를 반영한 가액과 대동소이하다)에서 약간의 금액을 가감한 수준이었을 가능성이 상당하다.

 3) 청구인들이 배당소득세를 절감하기 위해 쟁점주식거래를 하였으므로 부당행위계산부인 적용대상에 해당한다는 취지는 부당행위계산 부인의 법리에 어긋난다.

 조사청은 쟁점주식거래에 대해 부당행위계산 부인 규정을 적용함으로써 과세하려는 세목은 청구인들의 ‘양도소득세’이지 ‘배당소득세’가 아니기 때문이다. 다시말해, 조사청은 청구인들이 쟁점주식거래를 통해 부당하게 회피한 양도소득세가 존재한다는 점을 입증하여야지 이와 무관한 배당소득세를 이유로 쟁점주식거래로 인해 회피된 조세가 있다고 할 수 없는 것이다.

라. 청구인들은 쟁점토지 시가 산정을 위한 가치를 과소계상하였다고 볼 수 없다.

 1) 조사청은 청구인들이 제출한 판례(서울행정법원 2014구합984, 2014. 8. 29. 서울행정법원 2022구합8461, 2023. 10. 24.)와 본건은 건설현장, 토지개발여부, 시가로 본 금액, 작업진행률, 총진행률, 토지분양가액 산정방식에 차이가 있어 본건에 적용할 수 없다고 주장하나,

 위 판례의 요지는 미래의 분양대금은 아직 실현되지 않은 미래의 사업이익이 포함되어 있을 뿐만 아니라, 개발위험·분양위험·사업비 부담·금융비용 등이 모두 제거된 가치이므로, 할인이나 조정 없이 곧바로 현재의 시가로 사용할 수 없다는 것이다.

 그리고 쟁점금액은 개발감정평가액으로서 ‘거래당시’ 시점이 아닌 ‘미래 어느 시점’을 기준으로 추정가치를 평가한 금액이라는 점에서 위 판례의 법리가 충분히 적용될 수 있으며 조사청이 언급한 사정들은 위 판례의 법리와 직접적 관련이 없는 지엽적인 사실관계에 불과하다.

또한, 조사청이 원용한 서울고등법원 판례(대법원2014누64423, 2015. 5. 6.)는 토지 분양가액을 상증세법상 시가라고 보기 위해서는 해당 가격이 토지의 객관적 교환가치를 적절히 반영해야하고 그 가격에 포함된 여러 요소가 합리적이어야 한다는 점을 전제한 후, 해당 사안에서 문제된 분양가액의 경우 순수한 토지 가치가 아니라 개발사업 전체의 미래수익과 비용을 반영한 금액이기 때문에 시가로 인정할 수 없다고 판단하였다. 즉, 해당 판례는 오히려 청구인들의 주장을 뒷받침하는 근거에 보다 가깝다고 봄이 타당하다.

 2) SH공사가 쟁점부동산에 설정한 근저당권 및 지상권의 피담보채권액을 시가로 하여 계산하더라도 청구인들은 쟁점토지의 가치를 시가보다 과소계상한 바 없다.

 부동산을 담보로 제공하는 경우에 피담보채권액은 통상 그 부동산의 실제가액 범위 내에서 결정되는바, 피담보채권액은 해당 부동산의 시가의 하나로 볼 수 있다. SH공사는 본건 매매이행약정 제1조 제3항에 따라 쟁점부동산에 대해 이행약정금의 120%를 채권최고액으로 하여 SH공사를 1순위 우선수익자로 지정하였다. 여기서 본건 이행약정금은 쟁점부동산에 대한 제1차 감정평가액 1,647억원의 60%인 986억원이므로, 채권최고액은 본건 이행약정금의 120%이므로 1,184억원이 된다.

 한편, 본건 매매이행약정에 따르면, 본건 이행약정금은 원칙적으로 골조 완료 시에 청구할 수 있는데 골조 완료 시점이란 전체 5단계 공사 중 2단계 공사(골조)가 마무리된 이후의 시점으로 SH공사의 현장점검반 확인이 따른다. 그런데 본건 이행약정금 986억원은 공정률 63.63%이던 2023. 4. 27. 납입되었고, 이는 쟁점주식거래가 있던 2023. 6. 30.과 시기적으로 큰 차이가 없다.

 이처럼 쟁점부동산에 대해 설정된 근저당권 및 지상권의 채권최고액은 쟁점부동산의 시가로 볼 수 있는 점, 본건 이행약정금이 확정되어 실제 납입된 시점과 쟁점주식거래가 있던 시기가 비슷한 점 등을 고려할 때, 쟁점부동산에 대한 피담보채권액인 1,184억원은 쟁점주식거래가 있던 당시의 쟁점부동산의 시가로 볼 수 있으므로 청구인들이 계상한 쟁점부동산 가액인 1,294억원은 1,184억원보다 약 110억원 많아 청구인들이 쟁점토지 가치를 시가보다 과소계상하였다고 볼 여지는 없다.

5. 청구인 항변에 대한 조사청 추가 답변

쟁점금액은 특수관계가 없는 발행법인과 SH공사가 계약 체결한 ‘당해 재산 매매가액’으로 객관적 교환가치가 적정하게 반영되어 있고, 가액 산정에 합리성을 갖추었으므로 시가에 해당한다.

 가. 「상증세법」제60조 제2항에서 시가는 불특정다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 규정하고 있는 바, 쟁점금액은 특수관계가 없는 발행법인과 SH공사가 공정하게 계약 체결한 ‘당해 재산 매매가액’으로 그 금액 자체가 ‘시가’에 해당하고, 거래 당시의 객관적인 교환가치가 적정하게 반영되어 있다.

 나. 본건 매매이행약정서 상 매매목적물 명시, 매매대금 특정, 중도금 성격의 이행약정금 지급, 위약금 규정 등이 기재되어 있고, 실제 약정서 내용에 따라 공사점검이 매월 진행되었으며, 이행약정금의 60%인 949억원을 수수하는 등 지속적으로 계약이 이행되었던 것으로 확인되므로 본건 매매이행약정서는 명칭과 상관없이 일반적인 부동산 매매계약과 본질이 동일하므로 매매계약은 성립된 것이며,

 다. 본건 매매이행약정은 당초 공고한 SH공사의 매입임대주택 사업의 매입절차 중 한 단계로 추후 본 매매계약과 별도의 계약 행위가 아닌 매입 절차의 일부이고, 약정서상 ‘장래 매매계약 체결을 위한 전 단계’라는 문언은 본계약 체결 여부에 대한 선택권을 유보한 것보다는 완공 후 2차 감정가액에 의한 최종 매매대금 확정의 절차적 단계를 예정한 것으로 가액 변경 계약에 불과하다.

 라. 청구인은 SH공사와 쟁점 부동산을 매도·매수하겠다는 의사가 합치되지 않았고, 준공 이후 다른 조건에 이견이 없을 시 매매계약을 체결하겠다고 한 것이므로 본 계약이 아닌 가계약으로 보아야 하며, 매매이행 약정에도 불구하고 제3자가 더 좋은 매매조건을 제시할 경우 그 제3자와 본계약을 체결할 수 있다고 주장하나,

   발행법인과 SH공사가 쟁점부동산을 매도·매수하겠다는 의사가 합치되지 않았다면, 단순 가계약금으로 60%인 949억원을 지급할 리 없고, SH공사가 매월 정기점검을 하고, 이행약정금을 지급하는 등 매입 절차를 순차적으로 진행 하지 않았을 것이며, SH공사의 매입임대주택 사업은 SH공사가 단독으로 사업을 진행하는 것이 아닌 국토교통부·서울시와 협의하여 매입계획이 결정되고, 매도신청 접수 시기 및 상세 절차 등은 SH공사 홈페이지에 공고되고 있어 제3자가 더 나은 조건을 제시한다고 해서 매매이행 약정을 해지하고 제3자와 본계약을 체결할 수 있는 것이 아니다.

마. 또한, 청구인의 주장처럼 쟁점 매매이행약정이 가계약이라 하더라도 그 명칭과 상관없이 매매계약의 중요사항인 목적매매물과 매매대금 등이 특정되고 중도금 지급 방법에 관한 합의가 있으면 매매계약은 성립하는 것이고,

   매매대금의 확정을 장래에 유보하고 매매계약을 체결한 경우에도 당사자에게 계약에 구속되려는 의사가 있고, 계약 내용을 나중에라도 구체적으로 특정할 수 있는 방법과 기준이 있으면 되는바, 발행법인과 SH공사는 최종적인 매매대금에 대해 상한선과 예측 가능 범위 내에 산정 기준을 구체적으로 합의하여 약정을 체결하였기에 본건 매매이행약정은 매매계약과 본질이 같다.

 바. 법원도 토지의 분양가액에 현실과 부합하는 토지의 객관적 교환가치가 적절하게 구현되어 있고, 분양가액 속에 평가되어 있는 장래 투입되는 재화나 용역의 가치가 적정하게 반영되어 있는 등 가액 산정에 합리성을 갖추고 있다면 분양가액이 시가에 해당한다고 판시한바, 쟁점금액은 아래와 같이 쟁점 토지의 객관적인 교환가치를 적절하게 반영하고 있고, 가액 산정에 합리성을 갖추었으므로 ‘시가’로 적용할 수 있다.

  1) (객관적 교환가치) 주식 양도 당시(2023년7월) 전체 호실을 SH공사가 매입하기로 하여 분양이 완료되었고, 이미 건축물의 주요 공사가 상당 부분 완료(SH공사 점검 보고서상 공정률 약 75%)된 상태로 해당 토지 및 건물은 분양가액에 상응하는 객관적 재산 가치를 형성하였다.

  2) (가액 산정의 합리성) 쟁점금액은 SH공사의 주택매수 목적으로 2개 감정평가법인이 쟁점부동산과 유사한 물건의 ‘거래(매매)사례비교법’으로 대상 물건 위치 부근의 상황·규모·건물의 구조, 사용자재, 층별·향별·위치별 효용요인, 인근 유사 물건의 정상적인 가격수준 등을 종합적으로 고려하여 감정평가한 금액이므로 가액 산정의 합리성을 갖추었다.

 사. 한편, 청구인은 서울시장에 제기한 과밀부담금 처분 관련 판결문을 근거로 발행법인과 SH공사 간 매매계약이 성립하지 않았다고 주장하나,

   과밀부담금은 건축물의 용도에 따라 달리 부과되기 때문에 해당 사건은 건축물의 완공된 후 실제 어떠한 용도로 사용될 것인지가 중요한 사건으로, 판결문상 ‘이 사건 건축물은 현재 그 신축공사가 진행 중이고, 아직 원고와 SH공사 사이의 매매계약이 체결되지는 않는 것으로 보인다’는 문언은 말 그대로 ‘매매이행약정’과 ‘본 매매계약’이라는 명칭을 구분하여 사용한 것일 뿐이고, 해당 판결은 매매이행약정을 매매계약이 성립한 것으로 볼 수 있는지 여부를 판단한 것이 아니다.

   해당 판결은 오피스텔인지 주택인지에 따라 과밀부담금 감면대상 여부를 판단하는 내용으로서 2021년 3월 건축허가 시점에 제기한 사건이고, 건축허가 당시에는 신축공사가 진행 중이고 중간에 용도가 변경될 수 있는 등 건축물이 완공된 후 실제 용도를 알 수 없다는 것이지 매매이행약정이 본 계약이냐 아니냐를 따져 시가 판단을 고려한 것이 아니며, 그 건축물이 최종 주택으로 사용되든, 오피스텔로 사용되든 쟁점 매매대금이 ‘시가’라는 것에 영향을 미치지 않는다.

 아. 쟁점금액은 특수관계가 아닌 자들 간 거래로 부동산을 통째로 매도한 ‘당해 재산 매매가액’에 해당하며, 주식 양도 당시 쟁점토지의 객관적 교환가치를 반영하고 있고 감정평가를 통하여 가액 산정의 합리성을 갖추고 있는바, 쟁점 금액 전체가액을 토지의 시가로 인정하여 비상장주식의 가치를 산정한 이 사건 과세처분은 관련 법령에 부합하는 적법·타당한 처분이므로 청구인들의 주장은 ‘불채택’ 되어야 한다고 판단된다.

6. 심리 및 판단

가. 쟁점

(주위적) 쟁점금액을 시가로 보아 부당행위계산 부인을 적용할 수 있는지 여부

 (예비적) 토지 시가 산정 시 건물과 동일하게 평가되어야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1)상속세 및 증여세법 제60조【평가의 원칙 등】

① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

  ③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다.

2)상속세 및 증여세법 제61조【부동산 등의 평가】

  ① 부동산에 대한 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

   1. 토지

   「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지(구체적인 판단기준은 대통령령으로 정한다)의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사 토지의 개별공시지가를 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역의 토지 가액은 배율방법으로 평가한 가액으로 한다.

   2. 건물

    건물(제3호와 제4호에 해당하는 건물은 제외한다)의 신축가격, 구조, 용도, 위치, 신축연도 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액

   3. 오피스텔 및 상업용 건물

    건물에 딸린 토지를 공유(共有)로 하고 건물을 구분소유하는 것으로서 건물의 용도ㆍ면적 및 구분소유하는 건물의 수(數) 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 오피스텔 및 상업용 건물(이들에 딸린 토지를 포함한다)에 대해서는 건물의 종류, 규모, 거래 상황, 위치 등을 고려하여 매년 1회 이상 국세청장이 토지와 건물에 대하여 일괄하여 산정ㆍ고시한 가액

 2-1) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조【평가의 원칙등】

  ① 법 제60조제2항에서 "수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것"이란 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(「민사집행법」에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 "매매등"이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다.

   1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

    가.특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우

   2. 해당 재산(법 제63조제1항제1호 및 제65조제2항에 따른 재산을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 재정경제부령으로 정하는 공신력 있는 감정기관(이하 "감정기관"이라 한다)이 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액.

  ② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 그 평균액을 말한다)을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제4항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.

   1. 제1항제1호의 경우에는 매매계약일

   2. 제1항제2호의 경우에는 가격산정기준일과 감정가액평가서 작성일

   3. 제1항제3호의 경우에는 보상가액ㆍ경매가액 또는 공매가액이 결정된 날

 2-2) 상속세 및 증여세법 시행령 제55조【순자산가액의 계산방법】

  ① 제54조제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다.

 3) 소득세법 제101조【양도소득의 부당행위계산】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

 4) 소득세법 시행령 제167조【양도소득의 부당행위 계산】

  ③ 법 제101조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

   1.특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

   2.그 밖에 특수관계인과의 거래로 해당 연도의 양도가액 또는 필요경비의 계산시 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때

  ⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는「상속세 및 증여세법」제60조부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우「상속세 및 증여세법 시행령」제49조제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간(이하 이 항에서 "평가기간"이라 한다)"으로 보며, 같은 조 제4항 본문 중 "법 제67조 또는 제68조에 따라 상속세 또는 증여세 과세표준을 신고한 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 제1항에 따른 평가기간 이내의 신고일까지의 가액"은 "「소득세법」제105조에 따라 양도소득세 과세표준을 신고한 경우에는 양도일 또는 취득일 전 3개월부터 평가기간 이내의 신고일까지의 가액"으로 본다.

  ⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가「법인세법 시행령」제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 「법인세법」제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 거짓 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 5) 법인세법 제15조【익금의 범위】

  ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 "수익"(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.

  ② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

   1.특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조제2항에 따른 시가보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액

 6) 법인세법 제18조의2【익금의 범위】[시행 2025. 1. 1] [2022.12.31.-19193호][일부개정]

  ① 내국법인(제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 해당 법인이 출자한 다른 내국법인(이하 이 조에서 "피출자법인"이라 한다)으로부터 받은 이익의 배당금 또는 잉여금의 분배금과 제16조에 따라 배당금 또는 분배금으로 보는 금액(이하 이 조 및 제76조의14에서 "수입배당금액"이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 이 경우 그 금액이 0보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다.

   1. 피출자법인별로 수입배당금액에 다음 표의 구분에 따른 익금불산입률을 곱한 금액의 합계액

   2. 내국법인이 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자가 있는 경우에는 차입금의 이자 중 제1호에 따른 익금불산입률 및 피출자법인에 출자한 금액이 내국법인의 자산총액에서 차지하는 비율 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액

 7) 감정평가에 관한 규칙 제16조【토지와 건물의 일괄감정평가】

  감정평가법인등은「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」에 따른 구분소유권의 대상이 되는 건물 부분과 그 대지사용권을 일괄하여 감정평가하는 경우 등 제7조제2항에 따라 토지와 건물을 일괄하여 감정평가할 때에는 거래사례비교법을 적용해야 한다. 이 경우 감정평가액은 합리적인 기준에 따라 토지가액과 건물가액으로 구분하여 표시할 수 있다.

 8) 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률 제20조【전유부분과 대지사용권의 일체성】

  ① 구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따른다.

  ② 구분소유자는 그가 가지는 전유부분과 분리하여 대지사용권을 처분할 수 없다. 다만, 규약으로써 달리 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

  ③ 제2항 본문의 분리처분금지는 그 취지를 등기하지 아니하면 선의(善意)로 물권을 취득한 제3자에게 대항하지 못한다.

다. 사실관계

 1) 기초사실

  가) 조사청의 청구인들에 대한 세무조사 결과 통지 내용은 다음과 같다.

(표 생략)

  나) 조사청의 양수법인들에 대한 세무조사 결과 통지 내용은 다음과 같다.

(표 생략)

다) 발행법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

라) 양수법인 G 주식회사의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

마) 양수법인 H의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

바) 발행법인의 주주인 청구인들이 각각 대표로 있는 양수법인들과 거래한 쟁점주식 매매계약서는 다음과 같다.

(그림 생략)

사) 쟁점주식거래 이후 발행법인의 주주 변동내역은 다음과 같으며, 청구인들이 쟁점거래에 대해 신고한 양도소득세 및 증권거래세 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

  아) 쟁점토지 및 쟁점건물의 부동산등기부등본은 다음과 같다.

(그림 생략)

  자) 쟁점건물의 건축물대장은 다음과 같다.

(그림 생략)

 2) 쟁점사업 내용은 같다.

가) 발행법인은 SH공사가 공고한 매입임대주택 매입공고에 따라 쟁점사업을 이행하였고, 관련 내용은 다음과 같다.

(그림 생략)

나) 매입공고문에 안내된 SH공사의 매입임대주택의 매입절차는 다음과 같다.

(그림 생략)

  다) 쟁점사업에 대한 매매이행약정서는 다음과 같다.

(그림 생략)

라) 매매이행약정서의 매매대금(쟁점금액)은 1차 감정평가 평균액으로 산출되었으며, 쟁점부동산 감정평가서는 다음과 같다.

(그림 생략)

3) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

가) 발행법인이 SH공사와 체결한 매매이행약정은 장래에 맺을 매매계약 이전에 언제든지 계약해지가 가능하다며 제출한 자료는 다음과 같다.

(그림 생략)

(표 생략)

나) SH공사는 매매이행약정 시 토지와 건물의 안분비율을 6 : 4로 나누어 감정평가액을 산정하지만, 인근 신축건물과 그 부속토지의 분양가격 산정 시 토지와 건물 안분비율은 4 : 6으로 산정되므로 본건 매매이행약정서의 쟁점금액은 쟁점부동산의 객관적인 교환가치를 반영하지 못한다고 주장하며 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

(표 생략)

(그림 생략)

다) 청구인은 SH공사와 맺은 매매계약의 매매대금(제2차 감정평가액)이 매매이행약정의 예상매매대금(제1차 감정평가액)에 비해 거래가액이 낮아진 사례에 대해 제출한 자료는 다음과 같다.

(표 생략)

(그림 생략)

라) 청구인은 당시 부동산 시장의 불경기 등으로 인해 쟁점주식거래는 경제적 합리성이 존재하는 거래이므로 부당행위계산부인 적용될 수 없음을 주장하며 제출한 자료는 다음과 같다.

(그림 생략)

마) 청구인은 쟁점주식거래가 이루어진 2023년도 쟁점토지의 공시지가가 전연도에 비해 감소하였으며, 쟁점토지를 매입한 2020년 대비 본건 매매이행약정을 체결한 2021년의 잼점토지 공시지가 상승률은 14%이나 쟁점토지 매입원가(510억원)대비 조사청이 평가한 쟁점토지의 시가(949억원)의 매매가 상승률은 86.1%라며 다음과 같은 자료를 제출하였다.

(그림 생략)

4) 청구인은 발행법인이 서울시장에 제기한 쟁점건물에 부과된 과밀부담금부과처분 취소소송의 내용 중, 매매이행약정 당시 발행법인과 SH공사 사이의 매매계약이 체결되지 않은 것으로 보인다는 내용을 근거로 매매이행약정은 본계약인 매매계약에 해당하지 않는다고 주장하였고, 이에 대해 조사청은 해당 판결문은 건축물의 용도에 따른 과밀부담금 감면여부를 판단하는 판결로서 매매이행약정이 매매계약이 성립한 것으로 볼 수 있는지 여부를 판단한 것이 아니라고 주장하였으며, 해당 판결문은 다음과 같다.

(그림 생략)

5) 조사청은 쟁점금액은 발행법인과 제3자인 SH공사가 체결한 금액으로, 쟁점주식거래 당시 이미 쟁점건물 공정률이 약 75% 진행되어 분양가액에 상응하는 객관적 교환가치를 반영하고 있어 시가로 적합하다고 주장하며 제출한 자료는 다음과 같다.

(그림 생략)

6) 쟁점건물 완공 후 발행법인과 SH공사가 맺은 쟁점부동산 매매계약서는 다음과 같다.

(그림 생략)

7) SH공사가 청구법인에 지급한 매매이행약정금 및 매매대금은 다음과 같다.

(표 생략)

8) 2024년 발행법인은 양수법인들에 중간배당을 실시하였고, 양수법인들은 지급받은 배당금 186억원을 입금불산입한 내역은 다음과 같다.

(그림 생략)

라. 판단

 (주위적) 쟁점금액을 시가로 보아 부당행위계산 부인을 적용할 수 있는지 여부

청구인은 매매이행약정상 최종매매대금(쟁점금액)은 시가가 될 수 없으며 객관적 교환가치가 결여되어 부당행위계산 부인을 적용할 수 없다고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

 양도소득 부당행위계산부인 적용 시 시가는「상속세 및 증여세법」을 준용하여 평가하며, 「상속세 및 증여세법」제60조 제1항에서 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 "평가기준일"이라 한다) 현재의 시가에 따르고, 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하며, 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다고 규정하고 있다.

또한 「법인세법」제52조 제1항은 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산하고, 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있다.

 아울러 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조 제4항 제5호에 따라 순자산가치로 평가하는 비상장주식등에 해당하는지 여부를 판단할 때 법인의 자산총액은 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정에 따라 평가하는 것으로, 평가대상 법인이 소유한 신축분양 중인 건물과 부수토지의 분양가액이 시가에 해당하는 경우에는 건물에 대한 분양가액 중 평가기준일까지의 작업진행률에 따라 계산한 금액을 그 건물가액으로, 부수토지에 대한 분양가액을 토지가액으로 하여 산출하는 것이다(기획재정부 조세정책과-1153, 2023. 5. 17.).

 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 발행법인과 SH공사가 체결한 쟁점부동산에 대한 매매이행약정은 쌍방합의가 되어 매매계약이 성립된 것으로, 발행법인은 SH공사의 매입임대주택 매입공고문에 따라 매매이행약정 내용에 동의하여 매매이행약정을 체결하였으며, 매매대금의 산출방식과 구체적인 지급방법 및 매매이행약정 해제 또는 해지 시 위약금 규정을 명시하여 계약 이행을 강제하는 등 약정서에 실질적인 법적 구속력을 부여하고 있어 쟁점금액을 시가로 보는 것이 합리적으로 보이는 점, ② 쟁점금액은 2개의 감정평가법인이 쟁점부동산과 유사한 물건의 거래(매매)사례법으로 쟁점부동산 인근의 상황·규모·사용자재·기타 가격형성 상 의제요인 등을 종합적으로 고려하여 감정평가한 금액으로 객관적 교환가치가 반영되어 있다고 보여지는 점, ③ 쟁점주식거래 당시 쟁점건물의 공정률은 약70% 이상으로 이미 분양가액에 상응하는 객관적 자산가치를 형성하고 있다고 보여지는 점, ④ 액면가액으로 이루어진 쟁점주식거래는 조세를 부당하게 감소시키면서 양수법인에 이익을 분여한 것으로 보이며, 이는 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여된 거래로 판단되는 점 등에 비추어 쟁점금액은 시가가 될 수 없으며, 경제적 합리성이 존재하여 부당행위계산을 적용할 수 없다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

따라서 조사청이 쟁점금액을 시가로 보아 부당행위계산 부인을 적용한 이 건 세무조사결과통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 (예비적) 토지 시가 산정 시 건물과 동일하게 평가되어야 한다는 청구주장의 당부

청구인은 쟁점부동산의 매매이행약정상 최종매매대금인 쟁점금액을 시가로 보더라도 쟁점토지 역시 쟁점건물과 동일하게 쟁점금액에 작업진행률을 곱한 가액을 토지가액으로 하여 평가해야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」 제20조는 구분소유자의 대지사용권은 그가 가지는 전유부분의 처분에 따르며 구분소유자는 그가 가지는 전유부분과 분리하여 대지사용권을 처분할 수 없다고 규정하고 있고,

 또한, 「감정평가에 관한 규칙」제16조는 감정평가법인 등은 「집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률」에 따른 구분소유권의 대상이 되는 건물부분과 그 대지사용권을 일괄하여 감정평가하는 경우 등 제7조 제2항에 따라 토지와 건물을 일괄하여 감정평가할 때에는 거래사례비교법을 적용해야 한다. 이 경우 감정평가액은 합리적인 기준에 따라 토지가액과 건물가액으로 구분하여 표시할 수 있다고 규정하고 있다.

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 쟁점금액 중 토지가액은 감정평가를 통해 당시 주변 오피스텔 시세를 반영하여 각 호수별 건물과 토지가액이 반영된 금액으로 객관적 교환가치가 반영된 것으로 보이는 점, ② 준공 당시 이미 형성된 주변 인프라에 대한 가치가 상당 부분 반영되어 있어 쟁점토지의 가치가 적절히 반영된 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점토지 평가시 쟁점건물과 동일하게 평가되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다 하겠다.

따라서 조사청이 쟁점토지를 쟁점금액 중 토지가액으로 평가한 이 건 세무조사결과통지는 잘못이 없는 것으로 판단된다.

7. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 심의결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.