이 유

1. 처분개요

가. A(대표이사 B, 이하 “체납법인”이라 한다)는 2020. 3. 23. 개업하여 경기도 ○○시에서 액세서리, 케이스 도·소매업을 영위하는 법인사업자로 2024. 2. 1. 폐업하였고, 부가가치세 및 법인세 총 체납액은 7,795백만원이며, 국세청 대내포털시스템의 주주현황에 따르면 B(이하 “청구인”이라 한다)은 체납법인 발행주식의 100%를 보유하고 있다.

나. C세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 체납법인의 재산으로 납부할 국세 및 강제징수비 등에 충당하여도 부족한 것으로 판단하고, 「국세기본법」제39조【출자자의 제2차납세의무】에 따라 납세의무 성립일 현재 청구인이 체납법인의 과점주주에 해당하는 것으로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 2026. 2. 11. 체납법인의 체납액 중 청구인의 보유 지분 100%에 해당하는 금액인 7,795백만원을 납부통지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2026. 5. 19. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 청구인은 청구인의 지인인 D(이하 “D”이라 한다)에게 체납법인의 계좌를 빌려준 사실이 있다. 당시 계좌를 빌려주는 행위가 큰문제로 이어질 것이라 생각을 못하였고 현재 깊이 반성하고 있다.

나. 청구인은 D가 2018년경부터 2020년경까지 도박자금을 메꿔야 한다는 사유로 사정을 하여 수차례에 걸쳐 3∼4천만원 가량을 빌려주었고, D는 변제를 하지 못하게 되자 청구인에게 아는 형이 법인 통장이 필요하다고 하는데 만들어서 보내주면 빌려 간 돈을 변제할 수 있고 아무런 문제가 없을 것이라고 하여 계좌를 빌려주게 된 것이다.

다. 실제로 청구인은 체납법인의 실제 사업 및 자금 운영에 직접 관여하지 않았고 어떠한 경제적 이익도 얻지 못하였으며, 경찰 조사를 통해 체납법인의 계좌를 D에게 빌려준 내용에 대해 성실히 진술하여 현재 사건은 검찰로 송치된 상태이다.

라. 청구인은 경솔한 판단으로 인해 이러한 일이 발생한 점에 대하여 무거운 책임감을 느끼고 있으며 다만, 체납법인의 실제 거래 및 운영의 주체가 따로 존재하는 점, 청구인은 체납법인의 실질적인 수익자가 아닌 점, 현재 형사 절차가 진행 중인 점을 고려하여 체납법인의 제2차 납세의무 지정으로 부과된 부가가치세 및 법인세 총 7,795백만원에 대해 재검토를 간곡히 요청드리는 바이다.

3. 처분청 의견

 가. 「국세기본법」제39조의 입법 취지 및 개정 경과 등에 비추어 보면, 해당 법 제39조 제2호의 의미는 과점주주 중 발행주식 총수의 100분의 50 초과의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주에 해당하는 자들은 모두 제2차 납세의무를 부담하되, 다만 그 책임 범위는 자신의 소유 지분 범위 내로 제한된다는 취지로 봄이 상당하고,

 과점주주에 해당하는 주주 1인이 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사할 것을 요구하는 것은 아니며, 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것이다.

나. 주식의 소유 사실은 과세관청이 주주명부나 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주 명의를 도용당하였거나 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 할 것이다(대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 등 참조).

다. 위 법리에 비추어 이 사건을 검토한 바, 체납법인의 설립 당시 제출된 주주명부와 법인등기부등본 등 자료에 의하면 개업일부터 폐업일까지 체납법인 발행주식의 100%는 청구인이 계속하여 소유하고 있었으며, 법인등기부등본 상 이사로 등재되어 있음이 확인된다. 또한, 청구인은 명의를 대여하였을 뿐 실제 주주가 아니며 경영에 참여하지 않았다고 주장하는 진술에만 의존할 뿐 이에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 제2차 납세의무자 지정이 취소되어야 한다는 청구인의 주장은 이유 없다.

라. 따라서 처분청이 납세의무 성립일을 기준으로 청구인을 체납법인의 과점 주주에 해당한다고 보아 체납세액 중 청구인의 지분율(100%) 해당액에 대하여 제2차 납세의무자로 지정한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

 1-1) 국세기본법 기본통칙 14-0…3【명의상 주주에 대한 과세문제】

  회사의 주주로 명부상 등재되어 있더라도 회사의 대표자가 임의로 등재한 것일 뿐 회사의 주주로서 권리행사를 한 사실이 없는 경우에는 그 명의자인 주주를 세법상 주주로 보지 않는다.

 2) 국세기본법 제39조【출자자의 제2차납세의무】[시행 2024. 4. 1.] [제19926호, 2023. 12. 31.]

법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

   1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

    가. 합명회사의 사원

    나. 합자회사의 무한책임사원

   2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)

    가. 합자회사의 유한책임사원

    나. 유한책임회사의 사원

    다. 유한회사의 사원

 2-1) 국세기본법 시행령 제18조의 2【짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위】

법 제35조제6항 각 호 외의 부분 후단에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

   1. 친족관계

   2. 경제적 연관관계

   3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 "100분의 30"은 "100분의 50"으로 본다.

 2-2) 국세기본법 시행령 제20조【출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위】

② 법 제39조 제2호에서 "특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자"란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

 2-3) 국세기본법 기본통칙 39-0…2 【과점주주의 요건】

  ① 법인의 주주에 대하여 제2차납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있음을 요하며, 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없다.

 2-4) 국세기본법 기본통칙 39-0…3 【과점주주의 판정】

  과점주주의 판정은 국세의 납세의무성립일 현재 주주 또는 유한책임사원과 그 친족 기타 특수관계에 있는 자의 소유주식 또는 출자액을 합계하여 그 점유비율이 50％를 초과하는 지를 계산하는 것이며, 이 요건에 해당되면 당사자 개개인을 전부 과점주주로 본다.

 3) 국세기본법 제21조【납세의무의 성립시기】

  ① 국세를 납부할 의무는 이 법 및 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립한다.

  ② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.

 1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때를 말한다.

   4. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다.

   10. 종합부동산세: 과세기준일

다. 사실관계

 1) 기초사실

 가) 처분청이 청구인을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하여 통지한 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

  나) 체납법인의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

(표 생략)

  다) 체납법인의 부가가치세 및 법인세 고지 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

  라) 청구인의 총사업내역과 근로소득 내역은 다음과 같다.

(표 생략)

  마) 체납법인의 사업자등록신청 당시 제출한 서류는 다음과 같다.

(그림 생략)

2) 청구인이 제출한 자료는 다음과 같다.

가) 청구인은 D(피고소인)를 사기로 고소하였고 진술조서에 따르면 청구인은 체납법인의 계좌를 D가 E에게 전달한 것으로 알고 있으며, 진술조서 내용은 다음과 같다.

(그림 생략)

  나) 청구인이 D와 나눈 문자 내용은 다음과 같다.

(그림 생략)

다) 청구인이 불복 접수 후 추가 증빙으로 제출한 피의사건 결정 결과통지서와 D에 대한 수사결과 통지서는 다음과 같다.

(그림 생략)

라. 판단

청구인은 체납법인의 실제 주주가 아니라 명의를 빌려주어 주주명부에 등재되어 있는 형식상 주주에 불과하기에 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 통지한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「국세기본법」제14조 제1항에 의하면 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하도록 규정하고 있다.

 또한 같은 법 제39조에서는 법인의 재산으로 그 법인에 부과하거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 주주와 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들은 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있다.

아울러 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원2003두1615, 2004. 10. 15., 대법원2008두983, 2008. 9. 11. 등 참조).

그리고 법인의 주주에 대하여 제2차 납세의무를 지우기 위해서는 과점주주가 주금을 납입하는 등 출자한 사실이 있거나 주주총회에 참석하는 등 법인의 운영에 참여하여 그 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있을 것을 요하며 형식상 주주명부에 등재되어 있는 것만으로는 과점주주라 할 수 없을 것이다(조심2018서465, 2018. 4. 30. 참조).

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, ① 청구인은 법인등기사항증명서 상 법인설립일부터 현재까지 이사로 등재되어 있으나 법인경영에 실질적으로 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없다고 보여지는 점, ② 청구인의 사업내역과 근로소득 내역으로 보아 체납법인의 사업자등록 기간동안 청구인이 체납법인을 실질적으로 운영하였다고 보기 어려운 점, ③ 청구인의 명의대여로 인한 전자금융거래법위반 피의사건 결정결과 통지에 따라 청구인이 벌금형의 처분을 받은 점 등을 고려하면 청구인은 형식상 주주로 등재되어 있는 것이고 체납법인을 운영한 실질적 주주가 아니라는 청구주장은 타당해 보인다 하겠다.

 따라서 처분청이 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

5. 결론

 이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.