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예규·판례
무자료 매입 유류에 대해 교통세 등을...
과세적부불채택
무자료 매입 유류에 대해 교통세 등을 과세하는 것이 이중과세인지 여부
적부-부산청-2025-0045생산일자 2026.02.19.
AI 요약
요지
무자료 매입 유류에 대해 교통세 등을 과세하는 것은 이중과세에 해당하지 않음
상세내용

주 문

이 건 과세전적부심사청구는 불채택결정합니다.

이 유

1. 과세예고 통지 내용

가. 청구법인은 2019.8.16. 개업하여 부산 A건물, B호에서 선박연료공급 운수업을 영위하고 있으며 2025.1.1.~2025.6.30. 기간 동안 세금계산서로 확인되는 청구법인의 매입경유 금액은 77,658,000원(공급가액), 매출경유 금액은 2,833,947,681원(공급가액)이다.

나. B지방국세청장(이하 “통지관서”라 한다)은 2025.1.1.부터 적용되는 「교통·에너지·환경세법」제11조제1항제1호나목(이하 “쟁점규정”이라 한다)에 근거하여 무자료 유류 판매 및 보관자 점검을 실시함에 따라, 청구법인에게 2025.1.1.~2025.6.30. 기간 동안 매출 대비 부족한 매입경유 수취분에 대해 실제 매출·매입자료를 요청하는 해명자료 제출 안내를 보냈다.

다. 이에 청구법인은 과세자료 소명서를 통해 해명요구에 대한 청구법인의 대표 C의 의견서와 경유 매출내역, 세금계산서 미수취 경유 매입내역 자료를 제출하였다.

라. 통지관서는 청구법인이 제출한 과세자료소명서 및 국세통합전산망을 통해 청구법인이 무자료 매입경유를 판매한 사실을 확인하고, 청구법인이 2025.1.1. ~2025.6.30. 기간 동안 세금계산서를 통해 판매한 경유 0,000,000ℓ 중 매입세금계산서 수취 경유 00,000ℓ를 제외한 경유 0,000,000ℓ를 무자료 매입경유(이하 “쟁점경유”라 한다)라 판단하여, 쟁점경유에 대해 2025년분 교통·에너지·환경세(이하 “교통세”라 한다) 및 교육세 836,459,515원, 2025년 제1기 부가가치세 102,535,269원 총 938,994,784원을 과세예고 통지하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.12.24. 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 쟁점경유는 제조장에서 반출 시에 이미 과세된 유류제품이므로 쟁점규정에 따라 교통세 등을 다시 과세하는 것은 이중과세에 해당한다.

 1) 시중에 유통되는 모든 유류제품은 정유사가 원유를 수입하고 정제하는 작업을 거쳐 생산된 것으로, 정유사는 생산한 유류제품을 거래처에 공급하기 위해 제조장에서 반출 시 세법에 따라 교통세 등을 신고·납부한다.

 2) 즉 쟁점경유는 정유사가 제조장에서 반출할 시 이미 교통세 등이 세법에 따라 과세된 것이므로, 같은 법의 쟁점규정을 적용하여 동일한 과세물품에 대해 동일한 세목으로 다시 과세하는 것은 이중과세에 해당한다.

 3) 뿐만 아니라 이러한 쟁점규정의 이중과세적 성격을 문제삼아 D 국회의원 등 10인이 쟁점규정을 삭제하는 법안을 2025.11.27. 국회에 접수한 사실 또한 확인된다.

 4) 따라서 통지관서가 청구법인에게 한 과세예고통지는 이중과세에 해당하므로 취소하는 것이 타당하다.

나. 쟁점규정은 일종의 과태료 성격으로, 별도의 과태료 규정을 두지 않고 세법 자체 내에 쟁점규정을 두어 교통세 등의 세목으로 과세하는 것은 입법목적에 맞게 과세요건(납세의무자 및 과세대상)을 규정해야하는 세법의 원칙에 어긋나는 것이다.

 1) 교통세는 도로ㆍ도시철도 교통시설의 확충 및 대중교통 육성을 위한 사업, 에너지 및 자원 관련 사업, 환경의 보전과 개선을 위한 사업에 필요한 재원을 확보하는 것을 목적으로 하는 조세로, 도로ㆍ도시철도 교통시설의 확충 등을 발생하게 하는 원인자인 유류를 제조하여 반출하는 자를 납세의무자로 하고, 제조된 유류제품을 과세물품으로 규정하고 있다.

 2) 그런데 쟁점규정은 교통·에너지·환경세법의 입법취지와 무관한 납세의무자와 과세대상을 과세요건으로 규정하고 있고, 교통세 등의 담세자 또한 부가가치세법상 거래질서를 위반한 자로 규정하고 있다.

  가) 예를 들어, 법인세법의 경우 납세의무자는 법인, 과세 대상은 해당 법인의 소득 등으로 규정하여 납세의무자와 과세대상이 세법의 입법취지에 맞다. 하지만 쟁점규정은 교통·에너지·환경세법의 입법목적에 맞는 납세의무자와 과세대상을 정한 것이 아니라 이와는 무관하게 유통과정 정상화 및 부가가치세 관련 거래질서 확립을 위한 과태료를 부과하기 위한 목적으로 과태료 부과 대상과 물품을 규정하고 있다.

 3) 개별세법에서 납세의무자와 과세대상을 규정할 때는 입법목적에 맞는 납세의무자와 과세대상을 정하여야 하며 이와 무관한 납세의무자와 과세대상을 임의로 규정하는 것은 입법의 한계를 벗어난 것이다.

 4) 즉 쟁점규정은 과태료의 성격에 해당하는 것으로 이는 별도의 과태료 규정을 두어 부과해야 하는 것이지, 교통·에너지·환경세법의 입법목적과는 무관한 납세의무자와 과세대상을 교통·에너지·환경세법 자체 내에 쟁점규정으로 두어 해당 세목으로 징수하는 것은 세법을 정하는 기본원칙(입법목적에 맞는 과세대상과 과세물품을 규정하는 것)에 부합하지 않는다.

 5) 따라서 쟁점경유에 대해 교통·에너지·환경세법에 별도의 과태료 규정을 두지 않고, 쟁점규정을 근거로 과세예고통지한 것은 입법목적에 맞지 않는 납세의무자와 과세대상에 대한 것으로 통지관서의 과세예고통지는 취소되는 것이 타당하다.

다. 통지관서 의견에 대한 추가 의견

 1) 쟁점경유가 교통세 등이 과세되지 않은 유류제픔으로 보이므로 이중과세에 해당하지 않는다는 통지관서의 의견에 대하여

  가) 교통세는 과세물품을 제조장이나 보세구역에서 반출하는 자에게 납세의무가 있다. 즉 정유사에서 원유를 정제하여 반출하는 시점 또는 수입업자가 석유를 수입해서 보세구역 밖으로 반출하는 시점에 교통세 등을 신고·납부하게 된다.

  나) 쟁점경유의 경우, 정유사가 유류제품을 반출시 교통세 등을 신고하지 않는 경우는 거의 없으므로 이미 반출되는 시점에 교통세 등이 과세된 것으로 합리적 추측이 가능하고, 이후 유통과정에서 세금계산서를 수수하지 못한 것은 별개의 문제이다.

  다) 또한 쟁점경유가 제조장에서 반출 시 교통세 등이 과세되지 않았다는 확실한 근거가 없는 상황에서 통지관서의 단순한 추측만으로 교통세 등을 과세하는 것은 과세요건 중 과세대상이 분명하지 않은 것으로, 이는 세법의 기본원칙인 과세요건의 명확주의에 어긋나는 것이다.

  라) 만일 통지관서의 주장대로 쟁점경유가 교통세 등이 과세되지 않은 것이라면, 이는 국내 정유사의 제조장에서 반출된 유류제품 중에 교통세 등이 과세되지 않은 것이 있는지 확인하고 이를 반출한 정유사에게 교통세 등을 과세해야 하는 것이지, 반출된 이후에 세금계산서의 수수여부에 따라 교통세 등을 과세하는 것은 반출 시에 과세된 유류제품에 대해 다시 과세하는 이중과세에 해당한다.

 2) 쟁점경유에 교통세가 신고·납부되었다는 객관적인 입증자료를 제시하지 못하므로 이중과세에 해당하지 않는다는 통지관서의 의견에 대하여

  가) 현재 국내에서 정유사의 제조장에서 원유를 정제하여 유류제품을 얻거나, 수입을 하는 것 외에는 유류제품을 얻을 수 있는 방법은 없으므로 국내에서 유통되는 모든 경유는 교통세 등이 과세된 것으로 보는 것이 합리적이며 쟁점경유 또한 그렇다고 추측할 수 있다.

  나) 또한 유류제품이 제조장에서 반출 시에 교통세 등이 실제 납부되었는지 여부는 이후 중간 유통단계에 있는 유통자들이 관여할 수 있는 부분이 아니며, 이는 세금계산서를 수취한 매입뿐 아니라 무자료 매입의 경우에도 마찬가지이다.

  다) 「교통·에너지·환경세법」제11조제1호가목에 따른 가짜석유의 경우에는 제조장에서 반출시 교통세 등을 과세할 수 없으므로 중간 유통단계에서 가짜석유를 판매하거나 보관하는 자에게 교통세 등을 과세하는 것이 정당하다고 할 수 있으나, 쟁점경유는 가짜석유가 아니므로 경우가 다르다.

  라) 즉 쟁점경유는 유통과정에서 제조장에서 반출될 때 이미 과세되었다는 합리적인 추측이 가능하므로 이와 다르게 교통세 등이 과세되지 않았다고 주장하는 경우에는 그 입증책임이 통지관서에게 있다.

 3) 쟁점규정이 세법의 기본원칙에 부합하지 않는다는 것은 과세예고통지의 적법성 판단과는 별개의 문제라는 통지관서의 의견에 대하여

가) 입법에 관한사항은 국세청의 소관사무에는 해당하지 않으나, 세법 개정안의 대부분은 국세청에서 마련한 정부안이며 쟁점규정 또한 그런 것으로 사료된다.

  나) 따라서 입법 후에 해당 법령이 납세의무자와 과세대상 등에 논란이 있다면 통지관서는 법령을 그대로 강행하기보다 해당 법령이 완전하게 정비 될 때까지 집행을 유보하는 것이 더 타당할 것이라고 생각된다.

3. 과세예고관서 의견

가. 교통세 개정 배경

 1) 교통세는 소비자에게 담세능력이 있다고 인정되는 휘발유 경유 및 이와 유사한 대체 유류에 과세하는 간접소비세로 휘발유 등을 제조장에서 반출하거나 수입신고를 하는 때에 부과된다.

 2) 고율의 교통세와 그에 따른 교육세 및 부가가치세로 인해 석유의 판매가격을 구성하는 세금의 비중이 증가하자, 판매업자들의 정상 유류제품의 가격에 포함되는 유류세를 부담하지 않고 부당이득을 얻기 위한 가짜석유와 면세유 부정유통이 확산되었다.

 3) 이러한 부정유통은 제조단계가 아닌 유통단계에서 적발됨에도 불구하고 제조자나 수입업자에게만 교통세를 과세하도록 한 규정 때문에 부정유통을 적발하더라도 판매업자가 제조행위를 부인하거나 제조업자가 밝혀지지 않는 경우 사실상 과세하지 못하게 되는 문제점이 발생되어,

먼저 2011.12.31. 가짜석유의 사용으로 발생하는 환경오염 유발과 낮은 세율 등 부정행위를 방지하기 위해 가짜석유 판매·보유자에게 교통세를 과세하도록 하는 「교통·에너지·환경세법」제11조【유사석유제품 판매자등에 대한 과세 특례】가 제정되었고,

이후 2024.12.31. 면세유의 부정유통을 방지하기 위하여 세금계산서 등을 발급받지 않고 공급받은 유류를 판매·보관한 자에게도 교통세를 부과·징수할 수 있는 근거를 마련하기 위해 교통·에너지·환경세법이 개정되어 쟁점규정을 두게 되었다.

나. 쟁점경유는 청구법인이 무자료로 매입한 유류제품으로서 교통세 등 납부 사실이 확인되지 않으므로 쟁점규정을 근거로 교통세 등을 과세하는 것은 이중과세에 해당하지 않는다.

 1) 정상적인 국내 석유유통 단계에서는 정유사가 원유를 정제하여 유류제품을 생산한 후 반출 시에 필수적으로 세금계산서와 출고전표를 발행하고 교통세 등을 신고·납부한다.

 2) 석유 판매업자는 정유사로부터 세금계산서를 통해 세금이 포함된 유류제품을 매입하고 소매점이나 소비자에게 판매하면서 출고전표, 세금계산서 등을 통해 세금이 부과된 유류제품이라는 사실을 입증할 수 있다.

 3) 그러나 청구법인은 2025.1.1.부터 2025.6.30.까지 판매한 경유 0,000,000ℓ중 세금계산서를 통해 정상적으로 매입한 것으로 확인되는 경유 00,000ℓ 외 경유 0,000,000ℓ(쟁점경유)는 정상적인 유통단계를 거치지 않은 무자료 매입 유류제품으로 교통세 등이 납부되지 않은 물품으로 보인다.

 4) 또한 쟁점경유가 이미 교통세 등이 납부되었다는 주장에 대한 입증책임은 청구법인에게 있음에도 불구하고 청구법인은 관련된 구체적이고 객관적인 입증자료를 제출하지 못하고 있다.

 5) 정상적인 유통 경로를 통해 교통세 등이 납부된 사실이 입증된 경우에는 추가 과세할 수 없으나, 유류제품의 출처 및 교통세 등 납부된 사실이 확인되지 아니한 무자료 유류제품에 대해서는 관련 법령에 따라 이를 판매·유통한 자에게 교통세 등을 과세하는 것이 정당하다.

다. 쟁점규정이 세법의 기본원칙에 부합하지 않으므로 이를 근거로 과세하는 것은 부당하다는 청구법인의 주장은 법령 개정 또는 입법 필요성에 관한 사항으로 본 건 과세예고통지의 적법성 판단과는 별개의 문제이다.

1) 청구법인은 쟁점규정이 일종의 과태료 성격에 해당하므로 교통세에 쟁점규정을 두어 해당 세목으로 징수하는 것은 세법을 정하는 기본원칙에 부합하지 않는다고 주장하나, 법령 개정 또는 입법 필요성에 관한 사항은 국회의 고유한 입법권에 속하는 사항으로서 과세관청인 국세청의 소관 사무에 해당하지 않는다.

 2) 국세청은 현행 법령이 유효하게 존속하는 한 그 규정에 따라 과세여부를 판단하고 집행할 권한과 의무가 있을 뿐, 청구법인이 주장하는 법령의 불합리성이나 개정 필요성은 본 건 과세예고통지의 적법성 판단과는 별개의 문제이다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 1) 쟁점경유는 제조장에서 반출 시에 이미 과세된 유류제품이므로 쟁점규정에 따라 교통세 등을 다시 과세하는 것은 이중과세라는 청구주장의 당부

 2) 쟁점규정은 세법의 기본원칙에 부합하지 않으므로 쟁점규정에 따른 이 건 과세예고통지는 취소되어야한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 「국세기본법」제16조 【근거과세】

  ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다. <개정 2020.6.9>

 2) 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」제3조 【납세의무자】

  다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 납부할 의무가 있다. <개정 2005.7.8, 2006.12.30, 2011.12.31, 2018.12.31>

1. 과세물품을 제조하여 반출하는 자

2. 과세물품을 「관세법」에 의한 보세구역(이하 "보세구역"이라 한다)으로부터 반출하는 자(「관세법」에 의하여 관세를 납부할 의무가 있는 자를 말한다. 이하 같다)

3. 제2호의 경우외에 관세를 징수하는 물품에 대하여는 그 관세를 납부할 의무가 있는 자

 3) 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」제4조 【과세시기】

교통ㆍ에너지ㆍ환경세는 과세물품을 제조장으로부터 반출하거나 수입신고를 하는 때에 부과한다. 다만, 제3조제3호의 물품에 대하여는 「관세법」에 의한다. <개정 2005.7.8., 2006.12.30.>

 4) 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」제11조 【가짜석유제품 등의 판매자등에 대한 과세 특례】

  ① 제3조 및 제4조에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 "판매자등"이라 한다)로부터 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수할 수 있다. <개정 2019.12.31, 2024.12.31>

1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 물품을 판매하거나 판매하기 위하여 보관하는 자

가. 「석유 및 석유대체연료 사업법」제2조제10호에 따른 가짜석유제품

나. 「부가가치세법」제32조에 따른 세금계산서나 「소득세법」제163조 또는 「법인세법」제121조에 따른 계산서를 발급받지 아니하고 공급(「부가가치세법」제33조제1항에 해당하는 경우는 제외한다)받은 과세물품 <2024.12.31.개정>

  ② 다음 각 호에 따라 어느 하나의 당사자로부터 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수한 경우에는 다른 당사자로부터는 이를 징수하지 아니한다. <개정 2024.12.31>

1. 제3조 및 제4조에 따라 제조자등으로부터 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수한 경우

2. 제13조부터 제15조까지에 따라 반입자ㆍ양수자로부터 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수한 경우

3. 제1항에 따라 판매자등으로부터 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수한 경우

  ③ 판매자등으로부터 제1항에 따라 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수하는 경우의 과세표준은 제6조에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 수량으로 한다. <개정 2019.12.31>

1. 제1항제1호의 경우: 판매수량과 보관수량을 모두 합한 수량

2. 제1항제2호의 경우: 판매수량

  ④ 제1항에 따라 판매자등으로부터 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수하는 경우에 관하여는 제17조를 준용한다.

교통ㆍ에너지ㆍ환경세법 부칙 <제20609호, 2024.12.31.>

제1조(시행일) 이 법은 2025년 1월 1일부터 시행한다.

제2조(세금계산서 등을 발급받지 아니하고 매입한 과세물품 등의 판매자등에 대한 과세 특례에 대한 적용례) 제 11조의 개정규정은 이 법 시행 이후 판매하거나 판매하기 위하여 보관하는 과세물품부터 적용한다.

다. 사실관계

 국세통합전산망, 청구법인 및 통지관서에서 제시한 심리자료를 종합하면 다음과 같은 사실이 나타나며, 2025.1.1.~2025.6.30. 기간 동안 세금계산서 미수취 매입 경유 판매량에 대해서는 청구인과 처분청 간의 다툼이 없다.

 1) 청구법인의 사업자등록 현황

 국세통합전산망에 의하면 청구법인은 2019.8.16. 해산물 도·소매 무역업을 주업종으로 하여 개업하였으나, 2020.4.6.부터 현재까지 선박연료공급 운수업을 주업종으로 하여 부산 A건물, B호에서 계속사업영위중이며 2022.10.25. 전 대표자 E에서 현 대표자 C로 변경 된 사실이 있다.

<표생략>

 2) 청구법인의 2025년 1월부터 2025년 6월 동안의 월별 경유 판매량와 매출액은 매출 세금계산서를 통해 다음과 같이 나타난다.

<표생략>

 3) 2025년 1월부터 2025년 6월 기간 동안 청구법인이 판매한 경유의 리터(ℓ)당 평균단가와 한국석유공사(오피넷)1)에서 공시한 국내 정유사의 평균적인 과세 경유 리터(ℓ)당 판매가격을 비교해보면 아래와 같고, 청구법인이 거래 시점의 일반적인 시가보다 낮은 가격으로 경유를 판매한 사실이 나타난다.

<표 2> 월별 경유 판매가격 비교(2025년 상반기) (원/ℓ)

구분

오피넷1) 공시 평균가격

청구법인 경유 판매단가2)

1월

1,371.84

1,216.60

2월

1,462.08

1,297.65

3월

1,425.06

1,285.10

4월

1,364.70

1,236.00

5월

1,368.52

1,228.12

6월

1,315.88

1,230.67


1) 오피넷(Opinet) : 한국석유공사에서 운영 중인 유가 정보 사이트

2) 청구법인 경유 판매단가 = (매출세금계산서상 경유 품목 월별 공급대가 합계액) ÷ (월별 판매량)

4) 청구법인이 2025년 1월부터 2025년 6월 동안 수취한 경유 매입세금계산서는 아래와 같으며, 경유 00,000ℓ를 공급가액 77,658,000원에 매입한 사실이 나타난다.

<표생략>

5) 경유 유류세율을 다음과 같다.

<표 4> 경유 유류세

【경유 유류세 세율】

*주행세(지방세)

기간

구분

교통세
①

교육세

②

(①×15%)

주행세*

③

(①×26%)

부가가치세
(①+②+③)×10%

2024.11.1.~
2025.4.30.

경유(ℓ)

289.0원

43.35원

75.14원

40.75원

2025.5.1.~

경유(ℓ)

319.0원

47.85원

82.94원

44.97원

6) 청구법인은 통지관서의 해명자제출안내에 따라 다음과 같이 소명자료를 제출하였다.

가) 청구법인은 쟁점경유는 모두 과세된 유류제품임을 주장하며 대표자 C의 의견서를 통해 청구법인은 국내선박 시판용 유류제품만을 판매하므로 면세유는 취급하지 않는다고 소명하였다.

<대표자C 의견서 생략>

나) 청구법인은 아래와 같이 2025.1.1.~2025.6.30. 기간 동안 경유 총 2,511,850ℓ를 2,833,947,681원에 판매하였다고 소명하였다.

<표생략>

다) 청구법인은 아래와 같이 2025.1.1.~2025.6.30. 기간 동안 경유 2,302,000ℓ를 1,680,265,000원에 매입하였다고 소명하였다.

<표생략>

7) 청구법인이 주장에 따라 제출한 심리자료는 아래와 같다.

가) D 국회의원 등 10인이 쟁점규정에 대한 이중과세 성격을 문제삼아 쟁점규정을 삭제하는 법안을 2025.11.27. 국회에 접수한 사실이 있다.(의안번호: 2214664)

<그림생략>

라. 판단

먼저 ‘쟁점①’에 대하여 살펴본다.

일반적으로 과세요건 사실에 관한 입증책임은 처분청에게 있다 할 것이나, 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 청구인이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 못되는 사정을 입증하지 않는 한 당해 세금 부과처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없는 것이며(대법원 2024두2017, 2024.5.29. 참조), 처분청이 주장하는 당해 처분의 적법성이 합리적으로 수긍할 수 있는 일응의 입증책임이 있는 경우에는 그 처분은 정당하다고 할 것이고 위와 같은 합리적으로 수긍할 수 있는 근거와 상반되는 주장과 입증은 그 상대방인 청구인에게 그 책임이 있다고 할 것이다(대법원 84누124, 1984.7.24. 참조).

  청구법인은 2025.1.1.부터 2025.6.30.까지 판매한 경유 0,000,000ℓ중 세금계산서를 통해 정상적으로 매입한 것으로 확인되는 경유는 00,000ℓ에 불과하여 나머지 0,000,000ℓ(쟁점경유)가 정상적인 유통단계를 거치지 않은 무자료 매입 유류제품인 것으로 판단하여 과세예고통지를 한 것으로 나타나는바, 쟁점경유가 교통세 등이 납부된 것이어서 본 건 과세예고가 이중과세임을 주장하고자 한다면, 그에 대한 입증의 필요성은 청구법인에게 있다 할 것이다. 그러나 청구법인은 쟁점경유의 생산처 또는 이를 청구법인에게 판매한 매출처 등 쟁점경유가 정상적인 과세과정을 거쳤다는 청구주장에 대한 구체적이고 객관적인 증빙없이 유통과정에서 쟁점경유를 제조한 정유사가 이를 반출 시에 교통세 등을 신고하고 납부하였을 것이라는 추측만을 제시하고 있으므로 쟁점경유가 기과세된 유류제품이라는 청구주장을 받아들이기에는 어렵다고 판단된다.

또한 청구법인은 이 건 과세예고의 근거가 되는 쟁점규정이 이중과세의 소지가 있어 이를 삭제하고자 하는 법률안이 국회에 접수된 사실을 근거로, 쟁점규정에 따른 본 건 과세가 과세형평에 위배된다고 주장하나, 법률에 근거하여 행정처분이 발하여진 후에 헌법재판소가 그 행정처분의 근거가 된 법률을 위헌으로 결정하였다면 결과적으로 위 행정처분은 법률의 근거가 없이 행하여진 것과 마찬가지가 되어 하자가 있는 것이 된다고 할 것이나, 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위해서는 그 하자가 중대할 뿐만 아니라 명백한 것이어야 하는데, 일반적으로 법률이 헌법에 위반된다는 사정이 헌법재판소의 위헌결정이 있기 전에는 객관적으로 명백한 것이라고 할 수는 없으므로 헌법재판소의 위헌결정 전에 행정처분의 근거되는 당해 법률이 헌법에 위반된다는 사유는 특별한 사정이 없는 한 그 행정처분의 취소소송의 전제가 될 수 있을 뿐 당연무효 사유는 아니라고 봄이 타당하고(대법원 2013. 10. 31. 선고 2012두17803 판결 등 참조), 청구법인이 제시한 법안의 경우, 법안의 국회 제출은 입법의 정책적인 단계에 지나지 않으므로 해당 사실만으로 쟁점규정에 따른 이 건 과세가 이중과세에 해당한다고 단정할 수 없다.

다음으로 ‘쟁점②’에 대하여 살펴본다.

청구법인은 쟁점규정이 도로·도시철도 등의 교통시설 확충 및 대중교통 육성을 위한 사업 등 「교통·에너지·환경세법」의 입법목적에 맞는 납세의무자와 과세대상을 정한 것이 아니라 이와는 무관하게 유통과정 정상화 및 부가가치세 관련 거래질서 확립을 위한 과태료 부과대상과 물품을 과세요건으로 규정하고 있어 세법의 기본원칙에 반한다고 주장하고 있으나

개정법의 취지를 살펴보건대, 쟁점규정은 교통시설 확충 사업, 에너지·자원 사업 및 환경 보전·개선 사업 등에 필요한 재원을 안정적으로 확보한다는 「교통·에너지·환경세법」의 입법취지에 맞게 면세유 부정유통을 방지하기 위해 세금계산서 등을 발급받지 않고 공급받은 유류를 판매하거나 판매하기 위하여 보관하는 자에게도 교통세 등을 부과·징수할 수 있는 근거를 마련하기 위한 것에 그 취지가 있다고 밝히고 있는바, 청구주장과 같이 쟁점규정의 납세의무자와 과세요건이 입법목적과 무관하다고 단정하기는 어려운 점, 국세심판청구의 대상에 관하여 「국세기본법」제55조제1항에서 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자”로 규정하고 있어 구체적인 처분이 세법에 위반되는지 여부가 아닌 처분의 근거 법령이 헌법에 위반되는지 여부는 심사청구의 불복사유에 해당되지 아니한 점(국심-2007-서-0845, 2007.12.26. 참조), 헌법 제107조 제1항과 제2항은 법률과 명령ㆍ규칙의 위헌ㆍ위법 여부에 관하여 각 헌법재판소와 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다고 규정하고 있는바, 청구법인에게 이 건 과세예고에 적용된 「교통·에너지·환경세법」의 쟁점규정에 대해 헌법재판소가 위헌이라고 판결한 사실이 없는 점(조심2021인5199, 2022.2.15. 등 참조) 등에 비추어 볼 때, 통지관서가 심리일 현재 유효한 쟁점규정에 근거하여 한 이 건 과세예고통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 과세전적부심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조의15제5항제1호(불채택)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

무자료 매입 유류에 대해 교통세 등을 과세하는 것이 이중과세인지 여부