주 문

이 건 이의신청은 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 청구법인은 2017.10.19. 설립되어 경기도 OO시에서 전자부품 임가공업을 주업으로 사업자등록 되어 있으나, 실제로는 경기도 **시에서 원청인 전자부품 제조업체 ㈜A(B)코리아에 인력을 공급하는 사업을 영위 중인법인이다.

나. 청구법인은 2022년 제1기부터 2025년 제1기 과세기간(이하 ‘쟁점과세기간’이라 한다) 중 C㈜ 및 D㈜(이하 ‘쟁점매입처’라 한다)를 포함하여 12개 업체(이하 ‘하위업체’라 한다)로부터 인력공급 관련 총 13,199,020,260원의 세금계산서 등(이하 ‘쟁점매입세금계산서’라 한다)을 수취하고 부가가치세 및 법인세를 신고납부하였다.

다. OO지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2025.9.1.부터 2025.11.30.까지 청구법인에 대한 조세범칙조사를 실시한 결과 쟁점매입세금계산서를 실제 용역의 공급없이 수취한 사실과 다른 거짓 세금계산서로 확인하고, 부가가치세 매입세액불공제 및 법인세 지급명세서제출불성실가산세를 적용하여 2026.2.5. 청구법인에게 2022년 제1기 부가가치세 247,731,370원, 2022년 제2기 부가가치세 293,514,680원, 2023년 제1기 부가가치세 366,031,060원, 2023년 제2기 부가가치세 360,594,070원, 2024년 제1기 부가가치세 388,040,230원, 2024년 제2기 부가가치세 416,168,550원, 2025년 제1기 부가가치세 119,582,910원 총 2,191,662,870원의 부가가치세 및 2022년 법인세 27,607,300원, 2023년 법인세 38,573,060원, 2024년 법인세 44,649,540원 총 110,829,900원의 법인세를 경정‧고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2026.3.12. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 세액의 산출근거 누락(절차적 하자)

 1) 관련 법리

 「국세징수법」제6조제1항은 “관할 세무서장은 납세자로부터 국세를 징수하려는 경우 국세의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한 및 납부장소를 적은 납세고지서를 납세자에게 발급하여야 한다”고 규정하고 있고, 「법인세법 시행령」제109조제1항은 납세지 관할세무서장이 「법인세법」제70조에 따라 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하도록 규정하고 있다.

  위 규정들은 조세법률주의의 원칙에 따라 과세관청으로 하여금 신중하고 합리적인 처분을 하게 함으로써 조세 행정의 공정성을 기함과 동시에 납세의무자에게 과세처분의 내용을 상세하게 알려 불복 여부의 결정 및 불복신청에 편의를 주려는데 그 입법 취지가 있는 만큼, 납세고지서에는 원칙적으로 납세의무자가 부과처분의 내용을 상세하게 알 수 있도록 과세 대상 재산을 특정하고 그에 대한 과세표준액, 적용할 세율 등 세액의 산출 근거를 구체적으로 기재하여야 하고, 위 규정은 강행규정으로서 위 규정에서 요구하는 사항 중 일부를 누락시킨 하자가 있는 경우 그 과세처분은 위법하다(대법원 2010. 11. 11. 선고 2008두5773 판결, 대법원 1993. 4. 13. 선고 92누10623 판결 등 참조).

  특히 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출 근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또한 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법하다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조).

 2) 과세표준 등의 산출근거 누락

  이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분 납세고지서를 살펴보면 과세표준 및 세율과 가산세 대상 금액 및 세율 등이 기재되어 있기는 하나, 그 구체적인 산출 근거가 전혀 기재되어 있지 않아 청구인으로서는 납세고지서만으로 과세처분의 구체적 내용을 전혀 알 수 없는 상태이다.

 3) 청구법인의 방어권 침해

청구법인은 허위 세금계산서 발급 등에 관하여 조사받을 당시 일부 사실(C㈜, D㈜와의 가공 거래 등)에 대해서는 부인하고 적극 소명한 바 있다.

  그러나 이 사건 납세고지서에 기재된 내용만으로는 처분청이 구체적으로 어떤 부분에 대해서 부당과소신고, 세금계산서 가공발급 또는 미발급이라고 판단하여 가산세를 산정하였는지, 어느 범위에서 매입세액 공제를 부인하였는지를 전혀 알 수 없다. 이로 인해 청구인은 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분의 적법성에 대한 불복 여부를 제대로 판단할 수 없고, 구체적인 불복사유를 주장하는데 어려움이 있어 효과적인 방어권 행사가 불가능하다.

  이는 조세법률주의와 적법절차의 원칙에 정면으로 반하는 것으로서, 납세의무자의 방어권을 본질적으로 침해하는 중대한 절차적 하자에 해당한다고 할 것이다.

나. 실제 거래의 존재

 1) 관련 법리

 「부가가치세법」제11조제1항은 “용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.”고 규정하면서, 같은 항 제1호에서 “역무를 제공하는 것”을, 제2호에서 “시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것”을 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 어느 일련의 거래 과정 가운데 특정 거래가 구 「부가가치세법」상 용역의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래 별로 거래당사자의 거래 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속 주체, 대가의 지급 관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 「부가가치세법」제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결, 대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결의 각 취지 등 참조).

 2) 쟁점매입처의 실질적인 인력공급

처분청은 쟁점매입처인 D㈜(이하 ‘D’이라 한다)와 C㈜(이하 ‘C’이라 한다)가 실제 영업활동을 하지 않으면서 서류상으로만 존재하는 가공회사로 보고 청구법인이 인력을 공급받지 않았음에도 허위로 매입세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 받았다고 판단하였으나, 쟁점매입처는 가공회사가 아니라 실제 영업을 하는 회사이며, 청구법인은 이들로부터 실제로 인력을 공급받았다.

 「산업안전보건법」제18조제1항에 따라 사업주는 사업장에 보건관리를 두어야 하고, 「산업안전보건법 시행령」제20조제1항 및 별표 5에 따라 상시근로자 수 50명 이상의 사업장은 1명 이상의 보건관리자를 두어야 하며, 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률」 제15조 제2항에 따르면 산재보험료율의 100분의 50 범위에서 사업규모를 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 인상하거나 인하한 개별실적요율을 적용할 수 있다고 규정하고 있고, 이에 따라 「고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률 시행령」 제15조제1항제2호는 건설업 및 벌목업을 제외한 사업으로 상시근로자 수가 30명 이상인 사업을 개별실적요율을 적용할 수 있는 사업의 대상으로 규정하고 있다.

인력공급 및 관리를 주된 업무로 하는 청구법인의 경우 위와 같이 상시근로자 수가 일정 범위를 넘어가면 법률의 적용으로 인해 보험료 증가 및 보건관리자 채용 의무 등 법적 책임을 부담하게 되므로 상시근로자수를 적정 범위 내로 관리하기 위해 쟁점매입처를 설립하여 인력공급 및 관리 업무를 하게 된 것이다. 따라서 쟁점매입처는 가공회사가 아니고 실제 인력관리 업무를 하는 법인이며, 실제로 청구법인에 인력을 공급하고 세금계산서를 발급한 것이다. 이러한 사정을 감안하지 않고 실제 인력을 공급하지 않고 허위 세금계산서를 발급하였다고 본 처분청의 주장은 잘못된 것이며 이에 기초하여 매입세액 공제를 부인 한 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 위법하다.

다. 결 론

 위에서 살펴본 바와 같이 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분은 과세표준 및 가산세 등의 산출 근거를 기재하지 않은 중대한 절차적 하자가 있고, 실제 거래가 존재함에도 허위 세금계산서 발급이라고 보아 매입세액 공제를 부인한 잘못이 있어 위법하므로 취소되어야 한다.

라. 처분청 의견에 대한 항변

 조사청은 쟁점매입처가 청구법인에 완전히 종속되어 있다고 하면서 독립적인 거래당사자가 아니라 청구법인의 도관 역할에 불과하였다고 주장하나, 쟁점매입처는 청구법인과 별도로 실제 인력관리를 하는 법인이며 독자적으로 영업을 하여 도급계약을 맺고 있고 알바몬 등 구직사이트에 직접 채용공고를 내고 근로자를 모집하는 독립된 영업을 하는 사업자이므로 이 사건 부과처분을 취소하여야 한다.

3. 처분청 의견

가. 가산세 산출근거 기재에 있어 절차적 하자 여부

1) 「국세징수법」제6조 및 관련 규정에 따르면 납세고지서에는 과세기간, 세목, 세액, 산출근거, 납부기한, 납부장소 등이 기재되어야 하고, 가산세가 포함된 경우에는 가산세의 종류 및 산출근거가 표시되어야 한다.

2) 납세고지서 서식은 기획재정부 고시 및 예규에 따라 정해진 표준서식에 따라 작성되며 국세청은 이에 따른 서식으로 고지서를 발부하고 있다. 대법원 2012.10.18. 선고 2010두12347 판례에서 지적된 사항을 반영하여 고지서 서식이 개정되었고 가산세 산출근거를 별도 표 형식으로 기재하도록 보완되어 있다.

3) 이 사건 납세고지서는 이러한 개정된 표준서식에 따라 가산세 구분, 대상금액, 세율, 세액을 기재하여 발부된 것으로 형식적으로도 현행 납세고지서 서식에 부합한다.

4) 대법원 2012.10.18. 선고 2010두12347 판례는 납세고지서에 가산세가 포함된 경우 납세자가 가산세의 부과 근거와 계산 과정을 이해할 수 있도록 가산세의 종류와 산출 내역을 표시할 필요가 있다고 판시하고 있다.

 5) 그러나 판례는 가산세 계산의 모든 세부 산출과정까지 상세히 기재할 것을 요구하는 것이 아닌 납세자가 가산세 종류, 가산세 적용 대상 금액, 적용세율, 산출된 세액을 통해 계산 구조를 인식할 수 있으면 된다는 것이다.

 6) 납세고지서는 본질적으로 납부 의무를 통지하는 행정처분 문서로서 과세표준 및 세액 계산의 모든 세무 산정 과정을 상세히 설명하는 문서가 아니며 특히, 대상 금액의 세부 산정 과정은 세무조사 과정을 통하여 납세자가 이미 인지할 수 있는 사항이기에 고지서에는 가산세 계산에 필요한 핵심요소만 표시하면 된다고 보는 것이 타당하다.

7) 이 사건 납세고지서에는 가산세의 종류(부당과소신고 가산세, 세금계산서 미발급 가산세, 납부지연 가산세), 가산세 대상금액, 적용세율, 산출된 가산세 세액이 명확히 기재되어 있어 어떤 가산세가 부과되고 어떤 금액을 기준으로 어떤 세율이 적용되었는지 얼마의 가산세가 산출되었는지 충분히 인식할 수 있다.

8) 따라서 이 사건 납세고지서는 기획재정부 표준서식에 따라 작성된 것이고가산세의 종류, 대상금액, 세율 및 세액이 명확히 기재되어 있으며 이는 가산세 산출 근거 표시를 요구한 판례의 취지를 충족하는 것으로 가산세 산출 근거 기재에 있어 위법이 있다고 보기 어렵다.

나.쟁점매입처와의 거래를 가공거래로 본 부과처분의 위법 여부

 1) 청구법인과 쟁점매입처는 사업자등록상 소재지는 상이하나 경기 **시 E을로 5번길 3-2, 202호의 동일한 소재지에서 물리적 독립성 없이 청구법인 사업장을 중심으로 운영되고 있다.

 2) 청구법인 대표 F는 D의 대표를 겸임하고 있으며 C의 대표 또한 청구법인 소속 근로자로 F과 고용 관계에 있고, 쟁점매입처의 행정, 재무, 주요 계약 업무를 청구법인 소속 근로자 2명이 전담하여 처리하고 있는 사실 등으로 보아 위 법인들은 인적·물적, 조직적으로 청구법인에 완전히 종속되어 있다.

 3) 인력공급업의 핵심 기능인 인력모집, 배치, 급여 관리 등은 쟁점매입처의 독립적인 시스템이 아닌, 청구법인의 인력 및 관리 체계를 통해 이루어지고 있다.

 4) 조사과정에서 청구법인 대표 F는 쟁점매입처의 주요 업무가 청구법인에서 이루어지고 있음을 인정하였다. 이는 쟁점매입처가 독립적으로 경영 의사, 위험부담, 이윤 추구 활동을 하지 않고 청구법인의 지시와 통제 아래 종속되어 있음을 의미한다.

 5)청구법인 디지털 포렌식 결과 쟁점매입처 C의 세금계산서 발행 시기 및 금액이 청구법인의 지시에 의해 결정된 사실이 확인되었고 모든 주요 업무 및 회계 처리는 F 대표의 직접적인 지시에 따른 것으로 이는 쟁점매입처가 독립적인 거래의 당사자가 아닌 청구법인의 도관 역할에 불과했음을 입증한다.

 6) 또한, 청구법인 소속 근로자의 확인서에 따르면 실질적인 인력 수급이나 독자적인 영업활동은 없었던 것으로 확인되었다.

 7) 청구법인은 업종특성 및 사업상 필요에 의해 사업자등록을 분산했다고 주장하며 상시 근로자 수가 일정 규모를 초과할 경우 발생하는 보건관리자 선임 의무, 정규직 전환 문제 등 노동관계 법령상의 부담을 고려하여 법인을 분리하여 설립 운영하였다고 주장하고 있다.

8) 그러나 이는 실질적으로 동일한 사업을 하나의 조직 아래에서 운영하면서도 외형상으로만 별도의 법인을 설립하여 법적 의무를 회피하려는 의도로 판단된다. 실제 근로자를 쟁점매입처에 분리 등재함으로써 조사법인의 상시 근로자 수를 인위적으로 축소하였으며, 이를 통해 고용보험 및 산재보험료의 부담을 경감함은 물론 국민연금과 건강보험료의 법적 사용자 부담분까지 우회적으로 회피하였다.

 9) 즉, 실질적인 인력관리 및 사업 운영은 청구법인 중심으로 이루어지면서 형식적으로만 법인을 분리하여 서류상 구조만 달리하는 방식은 정상적인 독립 사업자로 보기 어렵다.

 10) 또한 법인의 설립 및 운영은 단순히 형식적 요건을 갖추었다는 사정만으로 그 실질이 인정되는 것은 아니며, 실제 사업 운영 구조와 거래 실질을 종합적으로 고려하여 판단되어야 한다. 특히, 조세법상 과세 여부는 거래의 형식이나 외관보다는 그 실질적인 경제적 내용에 따라 판단하여야 한다는 실질과세의 원칙에 따라 판단하여야 한다.

 11) 이 사건의 경우 쟁점매입처의 주요 업무 수행, 세금계산서 발행, 인력 관리 등이 모두 청구법인의 지시와 통제 아래 이루어진 점에 비추어 볼 때 이들 법인은 독립적인 사업자로서 기능하였다기보다는 청구법인의 사업수행을 위한 형식적 구조에 불과한 것으로 판단된다.

12) 더 나아가 동일 업종의 다른 사업자들은 관련 법령에 따른 인력 운영 및 법적 의무를 부담하면서 정상적으로 법인을 운영하고 있음에도 불구하고 청구법인만이 이러한 의무를 회피하기 위하여 형식적으로 법인을 분리하여 운영하는 것을 인정할 경우 조세 형평성과 공정한 경쟁 질서를 저해할 우려가 있다.

 13) 쟁점매입처가 최종 거래처에 인력을 공급하는 구조가 가장 직접적이고 효율적임에도 불구하고 중간단계인 청구법인을 거치도록 설계한 것은 경제적 합리성이 결여된 거래 구조이다. 청구법인을 경유함으로써 불필요한 거래 단계가 추가되어 비용만 상승할 뿐, 사업상의 효율성 증대나 부가가치 창출에는 아무런 기여를 하지 못하고 있다.

 14) 청구법인은 쟁점매입처로부터 인력 용역을 매입함으로써 실제로는 발생하지 않은 비용을 창출하여 부가가치세와 법인세를 부당하게 낮추는 이익을 얻었다.

15)결론적으로 쟁점매입처가 최종 거래처에 인력을 직접 공급하는 것이 사업적으로 가장 합리적이고 효율적임에도 불구하고 청구법인을 경유하도록 한 거래 구조는 정상적인 상거래 목적에 따른 것으로 보기 어려우므로 이는 청구법인의 조세 부담을 감소시키기 위한 조직적인 거래 구조로 판단된다. 따라서 이를 가공거래로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 정당하다.

다. 항변에 대한 의견

 청구법인은 쟁점매입처가 독립된 사업자라고 주장하고 있으나, 도급계약이 성립하기 위해서는 수급인이 자기 책임하에 인력과 시설을 갖추고 독자적인 업무를 수행해야 함에도 조사결과 쟁점매입처는 독립된 사업장이 존재하지 않고 소속된 관리 인력 또한 전무하였다.

 반면, 모든 현장관리와 근로자 배치, 출퇴근 관리, 작업 지시 등의 일상적인 노무 관리 업무 전반을 청구법인 소속 근로자가 전담하여 수행하였음을 관련자 진술과 현장 확인을 통해 확인하였고, 알바몬 등 구직사이트에 게시된 공고를 보고 연락한 지원자들에 대한 상담 및 면접, 최종 채용 여부 결정까지 모두 청구법인의 판단에 따라 이루어졌다.

청구법인과 쟁점매입처는 소속 직원에 의해 작성된 노무비 대장에 기초하여 세금계산서만을 형식적으로 발행했을 뿐으로, 청구법인이 주장하는 구직 사이트에 ID를 생성하고 공고를 올리는 행위는 누구나 가능하며, 이는 외형상 요건을 갖추기 위한 형식적 행위에 불과하다. 따라서 제출된 도급계약서는 계약서라는 형식만 빌렸을 뿐 실질적으로는 청구법인이 직접 인력을 운영하며 발생한 비용을 가공의 외주비로 외형화 시킨 서류상 거래이다.

 디지털 포렌식 결과 청구법인과 쟁점매입처의 핵심 경영 자료와 업무 수행 기록이 전산상으로 엄격히 분리되지 않고 청구법인에 의해 통합 관리된 사실이 확인되었다.

 세 법인의 업무용으로 등록한 이메일 주소가 동일하며 국세 신고를 위한 홈택스 접속 IP와 맥어드레스 또한 동일한 것으로 확인되었다. 즉, 서로 다른 사업자의 업무를 물리적으로 동일한 컴퓨터에서 수행한 것이다.

이는 쟁점매입처가 독립된 사업자로서의 실체가 없음을 입증하며 청구법인이 주장하는 도급 거래는 실재하지 않는 가공거래에 불과하다.

 청구법인과 쟁점매입처 세 법인은 모두 인력공급을 영위하는 업체들이므로 서로 인력을 공급하고 공급받아야 할 합리적인 이유를 찾기 어려운데도 서로 도급계약이 체결된 것처럼 인력공급에 관한 매출 매입 세금계산서를 발급·수취하였다.

공급대상 인력의 노무 제공은 실제로는 거래처(최종 제조업체)와 매입처(인력공급업체) 사이에서 매출과 매입이 이루어지는 것인데도 중간에 여러 단계의 계약관계를 거치면서 1회의 노무 제공에 대한 인건비가 순차적으로 수차례 지급되도록 거래 외관을 만들어 동일한 인건비에 대한 수개의 세금계산서가 중첩적으로 발행되도록 하였다.

 이와 같은 거래방식은 상위업체는 매입세액을 매출세액에서 공제함으로써 그만큼의 부가가치세를 납부하지 않고 하위업체는 단기간에 거액의 세금계산서를 발행한 다음 부가가치세를 체납한 채 폐업함으로써 세금을 납부하지 않으려는 수단으로 보일 뿐이다.

 따라서 인력 관리의 실질적 주체가 청구법인임이 명백함에도 도급 거래의 형식을 빌려 인건비를 외주비로 왜곡 처리한 것은 매입세액 부당 공제에 해당하므로 당초 처분은 적법하다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ○ (쟁점1) 납세고지서에 구체적인 산출근거가 기재되지 않아 절차적 하자에 해당한다는 청구주장의 당부

 ○ (쟁점2) 쟁점매입처로부터 실제 인력을 공급받은 것으로 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세징수법 제6조 【납세자에 대한 납부고지 등】

  ① 관할 세무서장은 납세자로부터 국세를 징수하려는 경우 국세의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한(납부고지를 하는 날부터 30일 이내의 범위로 정한다) 및 납부장소를 적은 납세고지서를 납세자에게 발급하여야 한다. 다만, 「국세기본법」 제47조의4에 따른 납부지연가산세 및 같은 법 제47조의5에 따른 원천징수 등 납부지연가산세 중 지정납부기한이 지난 후의 가산세를 징수하는 경우에는 납세고지서를 발급하지 아니할 수 있다.

2) 국세징수법 시행규칙 제3조 【납세고지서】

  법 제6조제1항에 따른 납세고지서는 별지 제2호서식에 따른다. 다만, 종합부동산세 납세고지서는 별지 제3호서식에 따른다.

 3) 법인세법 제70조 【과세표준과 세액의 통지】

납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에 알려야 한다.

 4) 법인세법 시행령 제109조 【과세표준과 세액의 통지】

  ① 납세지 관할세무서장이 법 제70조에 따라 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지해야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지해야 한다. 이 경우 제103조제1항 단서에 따라 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사ㆍ결정하였다는 뜻을 덧붙여 적어야 한다. <개정 2021.2.17>

 5) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 6) 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

  ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

   1. 역무를 제공하는 것

 7)부가가치세법 제32조【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

   1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

   2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

   3. 공급가액과 부가가치세액

   4. 작성 연월일

   5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 8)부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

  ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

 2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계

1) 이 사건 부가가치세 및 법인세 경정내역은 【표2】,【표3】과 같다.

2) 청구법인의 사업자등록 현황은 【표4】와 같다.

 3) 청구법인의 법인세 및 부가가치세 신고내용은 【표5】와 같다.

4) 청구법인이 증빙으로 제출한 부가가치세 납세고지서 내용을 살펴보면 과세기간, 세목, 세액 산출근거, 가산세 산출근거, 납부기한 및 납부장소가 기재되어 있으며 자료상 조사 결정에 따른 고지로 기재된 내용이 확인된다.

 5) 청구법인이 증빙으로 제출한 법인세 납세고지서 내용을 살펴보면 과세기간, 세목, 세액 산출근거, 가산세 산출근거, 납부기한 및 납부장소가 기재되어 있으며, 법인통합조사 결과에 따라 경정한다고 기재된 내용이 확인된다.

 6) 청구법인이 증빙으로 제출한 세무조사 결과통지서를 보면 조사대상 세목, 연도, 기분, 조사내용, 예정고지일 및 예정 납부기한, 결정 또는 경정할 내용, 과세표준‧세액의 결정 또는 경정 사유 및 산출근거, 가산세 종류 및 산출근거, 조사항목별 조사결과 기재 내용이 확인된다. 부가가치세 세무조사 결과통지 내용은 다음과 같다.

 7) 청구법인이 증빙으로 제출한 법인세 세무조사 결과통지서의 내용을 보면 조사대상 세목, 연도, 기분, 조사내용, 예정고지일 및 예정 납부기한, 결정 또는 경정할 내용, 과세표준‧세액의 결정 또는 경정 사유 및 산출근거, 가산세 종류 및 산출근거, 조사항목별 조사결과 기재 내용이 확인된다.

 8) 조사청이 증빙으로 제출한 부가가치세 조사종결 보고서 내용에 따르면 2022년 제1기 과세기간부터 2025년 제1기 과세기간까지 총 13,199백만원의 매입액에 대하여 거짓 세금계산서로 적출한 것으로 나타난다. 조사청은 이에 따라 관련 부가가치세 매입세액 불공제하여 부가가치세 경정‧고지하고, 법인세 지급명세서제출불성실 가산세를 적용하여 법인세를 경정‧고지하였다.

 9) 「국세징수법」제6조제1항에 따르면 관할 세무서장은 납세자로부터 국세를 징수하려는 경우 국세의 과세기간, 세목, 세액, 산출 근거, 납부하여야 할 기한 및 납부장소를 적은 납세고지서를 납세자에게 발급하도록 규정하고 있고, 「국세징수법 시행규칙」제3조에서는 법 제6조제1항에 따른 납세고지서는 별지 제2호서식에 따른다고 규정하고 있다. 「국세징수법 시행규칙」별지 제2호 서식은 다음과 같고, 청구법인이 수령한 납세고지서는 해당 서식에 따라 작성되었다.

 10) 청구법인의 매출처는 전자부품 제조업을 영위하는 ㈜A(B)코리아로, 청구법인은 ㈜A(B)코리아에 2022년 제1기부터 2025년 제1기까지 품목명에 임가공비로 기재하여 총 공급가액 18,403,767,350원의 세금계산서를 발행하였으나 조사청의 조세범칙조사 결과 실제로는 매출처에 인력을 파견한 것으로 확인되었다.

 11) 일반적으로 인력도급업체의 경우 근로자 파견사업 허가를 받아 직접 모집한 인력을 제조업체 등에 공급하여 본인 책임하에 급여 및 4대 보험을 지급하고 수수료를 합한 금액을 세금계산서 발급하여 부가가치세 등 관련 제세를 납부하는 형태로 운영되는 것으로 확인된다.

 12) 조사청은 청구법인과 하위업체 12곳에 대한 동시조사를 실시하였고, 조사 결과 청구법인이 부가가치세 및 4대 보험 납부 의무 회피를 목적으로 하위업체를 설립한 후, 실제 인력모집‧ 채용‧인력공급 등 업무를 청구법인이 실시하면서 하위업체에서 인력을 모집하여 청구법인에게 공급하는 것으로 가장하여 거짓세금계산서를 발급한 것으로 확인하고 청구법인 및 하위업체를 조세범처벌법 위반 혐의로 고발하였다.

 13) 쟁점매입처인 C과 D을 제외한 ㈜G, ㈜H, ㈜I, ㈜J씨, ㈜K이, ㈜L, ㈜M, ㈜N, ㈜O, ㈜P 10개 업체(이하 ‘쟁점외매입처’라고 한다)로부터 수취한 매입세금계산서 6,979백만원이 실거래 없는 거짓 세금계산서로 확정된 것에 대하여는 처분청과 청구법인 간 다툼이 없다. 쟁점외매입처에 대한 조사내용은 다음과 같다.

  가) 쟁점외매입처의 실행위자는 Q으로, Q은 해당 법인들의 자금관리, 인력모집‧관리, 세금계산서 발급‧운영 등 업무를 총괄한 자로서 타인 명의로 쟁점외매입처들을 설립하고 실제 운영한 실행위자이다.

  나) Q은 청구법인의 대표 F의 소개로 인력공급업을 시작하였고, 인력공급업의 경우 법적으로 6개월 이상 인력을 파견하면 제한이 있으며 세금 등 각종 비용을 부담 후 적자가 발생함에 따라 ㈜G ⇨ ㈜O ⇨ ㈜N ⇨ ㈜I ⇨ ㈜M ⇨ ㈜J씨 ⇨ ㈜L ⇨ ㈜H ⇨ ㈜K이 ⇨ ㈜R 순서대로 법인을 설립하여 운영하였다고 진술하였다.

  다) 쟁점외매입처들은 단기간에 폐업하고 고액의 체납을 납부하지 않았으며, 인력을 모집·관리·공급하기 위한 광고비, 차량비용 등 인력 파견과 관련된 비용 및 일용근로자들과의 근로계약서 등 실사업 관련 증빙서류가 확인되지 않았고, 매출처와의 청구내역서에 일용근로자들의 인적사항이 기재되지 않거나 단순 인원수만 기재되어 있는 등 인력 관리를 하였다고 보기 어려우며, 청구법인 등 매출처로부터 지급받은 도급비를 즉시 일용근로자에게 급여 이체 후 남은 금원을 현금출금하는 등 변칙적인 금융거래내역이 확인되어 100% 가공거래로 확정되었다.

  라) 쟁점외매입처들이 제공한 인력 대부분은 실제로는 청구법인이 모집한 인력으로, 청구법인의 대표 F는 해당 매입처들의 허가 과정에서 노동부 관련인에게 근로자파견사업 허가 건당 1백만원씩 지급하며 원활한 허가를 받을 수 있도록 하였고, Q과 공모하여 청구법인의 일용근로자들을 쟁점외매입처에서 파견한 것처럼 가장하여 거짓 세금계산서를 발급한 혐의로 해당 업체 고발 당시 관련인으로 함께 고발되었다.

 14) 쟁점매입처 D과 C의 사업자등록 현황은 【표8】과 같다.

청구법인의 대표 F는 청구법인과 D의 대표자이며, C 대표 S는 청구법인의 과장으로 9년간 근무한 자로, 조사청이 조사 당시 확인한 바에 따르면 사업자등록 상 소재지는 모두 상이하나 청구법인과 쟁점매입처는 모두 실질적으로 C이 소재산 경기도 **시 T의 사업장에서 사업을 영위하고 있는 것으로 확인하였다.

 15) 청구법인이 쟁점매입처와의 거래가 실제 인력을 공급하고 수취한 것이라는 주장에 대한 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.

  가) 청구법인은 쟁점매입처가 독자적으로 영업을 하여 도급계약을 맺고 있으며, 알바몬 등 구직사이트에 직접 채용공고를 내고 근로자를 모집하는 등 청구법인과 별도로 실제 인력관리 업무를 하는 법인이라고 주장하며 청구법인 대표 F의 심문조서 내용을 제출하였다.

  나) 청구법인은 D가 OOOO테크와 작성한 도급계약서와 전자계산서를 증빙으로 제출하였다. 내용을 살펴보면 계약서 작성일은 2025.5.15.이나 계약기간은 2025.10.15.부터 2026.9.14.까지이고, 전자세금계산서는 2025.11.14. 발급된 것으로 쟁점과세기간 외의 거래로서 쟁점매입세금계산서와는 관련이 없는 것으로 확인된다.

  다) 청구법인은 D가 OO이노텍㈜와 2024.9.26 작성한 도급계약서를 증빙으로 제출하였다. 계약기간은 2024.9.26.부터 2025.3.25.까지로 기재된 내용이 확인된다.

 라) 청구법인은 D가 OO이노텍㈜에 2024.11.25. 및 2024.12.25. 발행한 매출세금계산서 및 2023.7.28. 자동차 매매 관련 매출세금계산서, 2023.2.10. 및 2023.3.13., 자동차부품업체 ㈜U에 발행한 매출세금계산서를 증빙으로 제출하였다.

  마) 청구법인은 증빙으로 D의 인원현황(11월) 및 2025.10.15.부터 2025.11.14.까지 작업내역서, 청구내역서, 근로자 계좌내역을 증빙으로 제출하였으나, 제출된 증빙은 쟁점과세기간 외의 거래로 확인된다.

  바) 청구법인은 D가 알바몬 사이트에 게시한 구인광고를 증빙으로 제출하였으나, 2025.8.14. 및 2025.9.12. 게시되어 쟁점과세기간 외의 자료로 확인된다.

  사) 청구법인은 입사지원서 7매를 증빙으로 제출하였으나 제출 일자나 지원 회사 정보는 확인되지 않는다.

16) 조사청에서 증빙으로 제출한 자료는 다음과 같다.

  가) 조사청은 조사종결보고서, 조세포탈범칙처분심의요청서를 증빙으로 제출하였다. 조사내용을 살펴보면 청구법인 대표 F는 청구법인의 근로자 수를 분산시켜 고용보험 및 산재보험 등 법적 의무와 비용 부담을 회피하기 위해 쟁점매입처를 설립하였고, 쟁점매입처의 행정, 재무, 주요 계약업무 및 인력모집, 배치, 급여 관리 등 업무는 모두 청구법인 소속 직원 2명이 전담하여 처리하였으며, 청구법인 대표 F의 단일한 지시하에 운영이 이루어진 것으로 확인한 것으로 나타난다.

  나) 조사청은 F의 심문조서를 증빙으로 제출하였다. 내용을 살펴보면 F는 4대보험 가입자 분산 등 서류상 필요에 의해 쟁점매입처를 설립하였고, 실질은 신흥테크에서 업무를 주로 하고 명단만 나눠서 관리하였으며, C과 D의 인력은 청구법인이 모집한 것으로 진술하였다.

  다) 조사청은 쟁점매입처 C의 대표인 S의 확인서를 증빙으로 제출하였다. S는 청구법인 대표 F이 운영하던 V㈜를 거쳐 청구법인의 직원으로 근무하다가 C 설립 시 대표로 근무한 자로, 확인서에서 타 인력업체에서 파견 직원을 수급하는 일은 없었다고 확인하였다.

  라) 조사청은 조사 당시 청구법인의 대표 F의 휴대폰 포렌식을 실시한 내용을 증빙으로 제출하였다.

 17) C 조사 당시 청구법인 대표 F의 심문조서 내용에 따르면 C은 실질적으로 F이 설립한 법인으로, 조사청은 조사 결과 C과 청구법인 간 거래를 가공거래로 확정하여 대표자 S 및 실행위자 F을 조세범처벌법 위반 혐의로 고발한 것으로 확인된다.

 18) C에 대한 조사 내용에 따르면 청구법인을 포함한 하위업체들의 일용근로지급명세서 제출 내역을 확인한 결과 일용근로자들이 관련 업체에서 순환 근무한 것으로 나타난다.

 19) 청구법인과 하위업체들의 조사내용에 따르면 원청으로부터 매출대금이 입금되면 세금계산서 공급대가 상당액을 하위업체 계좌로 입금한 후 일용근로자 인건비를 지급하고 남은 금액이 전액 현금 출금되었다가 수일 내 청구법인 대표 F 계좌로 현금이 입금되는 흐름이 확인되었고, 쟁점외매입처 실운영자인 Q은 심문조서에서 해당 자금이 F에게 이익을 돌려준 것이라고 진술한 것으로 확인된다.

라. 판단

청구법인은 이 사건 납세고지서가 세액의 산출근거가 누락되어 절차적 하자에 해당한다고 주당하고 있어 이에 대해 살펴본다.

청구법인은 이 사건 부가가치세 및 법인세 납세고지서에 과세표준 및 세율과 가산세 대상 금액 및 세율 등이 기재되어 있기는 하나, 그 구체적인 산출근거가 기재되어 있지 않아 과세처분의 구체적인 내용을 알 수 없으므로 청구법인의 방어권을 침해하였다고 주장하고 있으나,

 부가가치세 및 법인세 등을 부과하면서 과세연도 및 납부할 총세액과 그 산출근거인 과세표준, 세율, 공제세액 등을 기재한 법정의 납세고지서에 의하여 부과한 이상,「국세징수법」제6조제1항,「법인세법」제70조 및 같은 법 시행령 제109조에 따른 산출근거나 세액의 계산명세는 위와 같은 정도로 충분하고, 세액산출의 실질적 근거나 경로, 경위, 근거 법령 등을 기재하지 아니하였다하여 부과처분이 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2004.1.27. 선고 2001두11014 판결, 같은 뜻임).

 따라서 「국세징수법 시행규칙」별지 제2호의 납세고지서 서식은 이 법 각 조문의 제정 및 개정 절차에 의하여 적법하게 정한 것으로 이에 따라 고지한 처분에 잘못이 있다고 할 수는 없으며, 세무조사 내용, 결정 또는 경정할 과세표준 세액 및 산출근거 등이 기재된 세무조사결과통지를 통해 그 내용을 확인한 바 있고, 그 외에도 청구법인 주장과 같이 과세표준 산정방법, 각종 공제의 종류와 금액 및 그 산출근거 등을 구체적으로 알고자 한다면 「국세기본법」제58조 및 같은 법 제81조의14 등에 의하여 확인이 가능하다 할 것인 만큼, 납세고지서를 통해 과세처분의 구체적인 산출근거를 알 수 없으므로 절차적 하자가 있다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

 다음으로 쟁점매입처로부터 실제 인력을 공급받은 것으로 사실과 다른 세금계산서가 아니라는 청구주장에 대하여 살펴본다.

「부가가치세법」제39조제1항제2호 본문에서는 ‘세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제32조제1항제1호부터 제4호까지의 기재사항은 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’(제1호), ‘공급받는 자의 등록번호’(제2호 본문), ‘공급가액과 부가가치세액’(제3호), ‘작성 연월일’(제4호)이다. 여기서 ‘사실과 다르다’는 의미는, ‘과세 대상이 되는 소득, 수익, 계산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 규정한 「국세기본법」제14조제1항의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재사항 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조).

쟁점매입처가 청구법인에게 인력을 실질적으로 공급하였다고 볼 수 있으려면 그 공급이 쟁점매입처의 책임과 계산아래 이루어져야 하나, 청구법인 대표 F 등 관련인 진술 내용, 조사 당시 핸드폰 포렌식을 통해 확인된 관련인들의 대화 내용 등을 종합하면 쟁점매입처는 청구법인이 「산업안전보건법」등에 따른 보험료 징수 등 의무를 회피하기 위하여 일정 근로자 수를 넘지 않게 할 필요에 따라 설립되었고, 일용근로자에 대한 급여도 청구법인 대표 F의 검토와 지시를 거쳐 지급되었으며, 쟁점매입처는 사실상 F의 지시에 따라 세금계산서만 발급한 것으로 보는 것이 타당하다.

   이에 대해 청구법인이 제출한 증빙자료는 쟁점과세기간 외의 자료로서 이 사건과 관련이 없는 자료이거나 쟁점매입처가 청구법인에 실제 용역을 제공하였다는 것을 입증할 수 있는 구체적이고 신빙성 있는 자료라고 볼 수 없으므로, 용역의 공급에 관한 형식적인 외관이 갖추어졌다는 사정만으로는 쟁점매입처가 청구법인에 이 사건 용역을 실질적으로 공급하였다고 인정할 근거가 없는 것으로 보인다.

따라서 쟁점매입처는 설립 목적대로 일용근로자를 외형상 소속시키기 위한 사업주 명의만을 제공하였을 뿐, 자기의 책임과 계산으로 이 사건 용역의 공급내용이나 대가 등을 결정하고 실제 용역을 공급하였다고 볼 수 없으므로 청구주장은 이유가 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조제6항 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.