주 문

이 건 심사청구는 기각결정합니다.

이 유

1.처분개요

가.청구인은 배우자 B과 공동(지분율 50:50)으로, 주소지인 경기도 C동 D호를 사업장으로 하여, 다단계 판매회사로부터 후원수당을 받는 ‘☆☆☆☆ 센타’(이하 “조사사업장”이라 한다)를 운영하였다.

나. 처분청은 청구인의 배우자인 B(이하 “피조사자”라 한다)에 대하여 2025.4.29.부터 2025.7.7.까지 개인통합조사를 실시하였다.

다. 처분청은 세무조사 결과 청구인과 피조사자가 사업과 관련 없는 인건비 1,503,144,040원(이하 “쟁점인건비”라 한다)과 사업무관 지급수수료 16,000,000원(이하 “쟁점수수료”라 한다)을 종합소득세 필요경비에 산입하였다고 판단하였다.

라. 이에 처분청은 2025.7.11. 피조사자에게 종합소득세 521,850,214원 및 부가가치세 2,185,644원을 과세한다는 세무조사 결과 통지서를 발송하였다.

마. 또한, 처분청은 청구인이 조사사업장의 공동사업자로 확인됨에 따라 공동사업자별 분배명세서를 경정하여 과세자료로 파생하였고, 청구인의 관할세무서인 F세무서 소득세과에서는 과세자료를 근거로 청구인에게 2021년∼2023년 귀속 종합소득세 259,140,350원을 과세하겠다는 과세예고를 통지하였고, 2025.10.10. 경정·고지하였다.

바. 청구인은 2025.7.21. 과세예고 통지서를 수령한 후 이에 불복하여 2025.8.20. 과세전적부심사를 청구하였으나 2025.9.24. 불채택 결정됨에 따라, 2026.1.7. 이의신청을 제기하였으며 이의신청도 2026.3.12. 기각 결정되자, 2026.3.24. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

가. 세무조사에 절차상 위법이 있다.

 1)세무조사의 부당한 중지 및 재개가 있었다.

  가)처분청은 2025.4.30. 조사개시 통지서를 교부하는 자리에서 아래와 같은 명세의 ‘장부 및 서류 등 자료 제출 요구서’를 피조사자에게 교부하면서 2025.5.7.까지 아래 명세의 자료를 제출할 것을 요구하였다가, 2025.5.8. ‘납세자가 장부․서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우’라는 사유를 들어 피조사자에 대한 세무조사를 2025.5.9.∼2025.8.16. 100일 간 중지하겠다는 세무조사 중지 통지서를 교부하였다. 그러나 위와 같은 처분청의 세무조사 중지결정은 다음 나), 다), 라) 마)항과 같은 이유로 부당하다.

<처분청의 자료 제출 요구 명세>

  나)장부 등을 세무서로 제출하도록 요구한 것은 법의 취지에 반하는 행위이다.

   (1)「국세기본법」제81조의10 제1항에 의하여 세무공무원은 세무조사의 목적으로 납세자의 장부 등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다.

   (2)그러나 처분청이 제출요구한 자료 중 자료①, ②는 이 사건 세무조사 사유와 직접 관련이 있는 핵심 자료로서 세무대리인의 사무실에 현장확인으로 충분히 해당 자료를 열람 가능함에도 불구하고, 특별한 사유 없이 세무관서로 일괄 제출하도록 요구한 것은 이례적일 뿐 아니라 국세기본법 제81조의10의 취지에도 반하는 과도한 요구이다.

  다)자료제출 기간을 단 하루밖에 주지 않았다.

   (1)처분청은 2025.5.7.까지 자료를 제출할 것을 요구하였으나 5.1.(근로자의 날), 5.3.(토요일), 5.4.(일요일), 5.5.(어린이날), 5.6.(대체공휴일)은 모두 공휴일로 피조사자가 근무하지 않는 날이다.

   (2)「조사사무처리규정」제34조에 ‘세무조사는 그 납세자의 일과시간 내에 실시하여야 한다.’는 규정에 따라 세무조사를 진행할 수 없는 날들이기 때문에 처분청은 청구인이 자료를 준비하여 제출할 수 있는 기간을 법적으로나 실제적으로도 2025.5.2. 단 하루만 준 것이다.

   (3)피조사자에 대한 세무조사기간이 40일로 조사기간이 충분히 남아있음에도 준비기간을 단 하루만 부여하고 조사중지를 결정한 것은 부당하다.

  라)조사중지 사유에 해당하지 아니함에도 부당하게 조사중지를 한 것이다.

   (1)피조사자는 처분청에서 요구한 자료 중 자료①은 2025.4.30. 15시경 수임세무사를 통해 I 조사관의 메일로 송부하였고, 자료② 중 사업소득자 용역계약서를 제외한 나머지 자료와 자료④, ⑥, ⑦, ⑧은 방대한 분량에 대체 휴일이 있음에도 불구하고 별도의 인력까지 동원해 인쇄소에서 자료를 인쇄하여 2025.5.7. 11시경 J에게 직접 제출하였으며, 자료② 중 사업소득자 용역계약서와 자료③, ⑤는 찾는 대로 제출하겠다고 하였다. 한편, 자료를 수보한 J은 “알겠습니다. 됐습니다.”라고까지 하였다.

   (2)처분청은 제출요구한 자료 중 ②, ③, ⑤를 제외하고 제출기한까지 모두 제출받아 조사중지 사유가 없음에도, 처분청은 ‘납세자가 장부․서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우’에 해당하여 조사를 중지하겠다는 통지를 하였다.

  라) 조사중지 이후에 추가로 자료를 제출한 사실이 없는데 조사를 재개하였다.

   (1) 처분청은 피조사자가 제출기한 이후에 추가로 자료를 제출한 사실이 전혀 없음에도, 처분청의 강박에 의하여 쟁점인건비를 필요경비로 부인하는 데 어쩔 수 없이 동의하자 처분청은 2025.7.3. 확인서에 날인을 받고, 조사중지 사유가 해소되었다 하여 세무조사 재개 통지를 한 후 4일 만인 2025.7.7. 세무조사를 종결하였다.

   (2) 조사기간이 25일이나 남아있음에도 조사 재개 후 4일만에 조사를 종결한 점으로 보아, 처분청은 조사를 시작하면서부터 이미 조사중지를 의도하였고 나아가 조사중지 기간에 모든 조사를 진행하여 조사기간을 부당하게 연장하려는 목적이 있었다고 볼 수밖에 없다. 따라서 이는 명백히 위법한 조사중지이다.

 2) 모든 세무조사를 세무조사 중지기간에 진행하고 완료하였다.

  가) 조사중지 기간에 금융거래 내역을 조회하여 분석 및 검토하고 1, 2차 추적조사까지 진행하였다.

   (1) 「국세기본법」제2조 제21호는 “세무조사”란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부․서류 또는 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다고 규정하고 있고, 「조사사무처리규정」제3조 제1호에서 “세무조사”란 조사계획에 의해 세무조사 개시 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부․서류․물건 등을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말한다고 규정되어 있어 세무조사 착수 후 과세관청이 은행(거래처) 등에 피조사자 등의 금융거래 내역을 조회한 후 이를 분석․검토하고 추적조사를 하는 것은 세무조사에 해당한다.

   (2) 그런데 금융거래정보 제공 사실 통보서에 따르면 처분청은 세무조사 중지기간 중인 2025.5.14.∼2025.7.2. 동안 최소 34회 이상 금융거래정보를 조회하여 청구인과 피조사자뿐 아니라 피조사자의 인적용역자들까지 적어도 23명에 대하여 거래흐름을 조회, 분석, 검토하고 1, 2차 추적조사를 실시하였다.

   (3) 또한 조사중지 기간에 처분청은 피조사자와 세무대리인에게 ‘금융거래내역을 검토한 결과 쟁점인건비가 피조사자와 청구인의 계좌에 다시 입금된 정황이 있으니 쟁점인건비를 필요경비에서 부인하는 것에 동의하라’고 강요하는 등 실질적인 조사를 진행하였다.

  나)처분청이 중지기간에 한 금융거래 현장확인은 세무조사에 해당한다.

   (1)금융거래 현장확인은 명칭이나 형식이 아니라 그 행위의 실질에 따라 판단할 때, 금융기관에 거래내역을 단순 조회한 것이 아니라 이를 분석․검토 후, 추적 조사까지 진행하여 과세요건을 판단하는 행위로 이는 법에서 규정한 ‘세무조사’의 개념에 완전하게 부합한다.

   (2)더구나 피조사자가 조사대상자로 선정된 경위가 ‘가공 인건비 계상 혐의’인 점으로 보아 이는 필수적으로 ‘금융거래 현장확인’이라는 과정을 거쳐 가공 인건비 여부를 판단할 수 있는 것으로 이 건 조사의 핵심은 ‘금융거래 현장확인’에 있으며, 처분청도 전적으로 금융거래 현장확인 결과에 근거하여 피조사자가 필요경비로 계상한 인건비가 가공 인건비에 해당한다고 주장하고 있다.

   (3)또한, 이 건 금융거래 현장확인은 조사계획에 따라 세무조사를 개시한 후에 실시하였으며, 처분청이 중부지방국세청장으로부터 금융거래정보 조회 승인을 받을 때 ‘조사목적’으로 승인을 받았고, 사용목적을 ‘조사’로 표시한 것으로 보아 이 건 금융거래 현장확인은 ‘조사계획’에 따라 실시한 것으로 세무조사에 해당함이 명백하다.

   (4)금융거래 현장확인이 세무조사가 아니라는 내용의 대법원 2017.10.26. 선고 2017두42255 판결은, 세무조사 중지기간 중에 납세자에 대하여 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부등의 검사·조사 또는 그 제출을 요구할 수 없도록 규정한 「국세기본법」제81조의8 제5항이 2017.12.19. 신설되기 전의 판례이다. 그리고 해당 판례는 ‘금융거래정보의 제공요구’가 세무조사인지를 판단한 것으로, 이 건의 금융거래 현장확인처럼 ‘금융거래정보의 제공요구’를 하고 그 정보를 수집한 후 분석 검토하고, 1, 2차 추적조사까지 한 행위 전반에 대한 세무조사 여부를 판단한 것이 아니다. 또한 해당 판례의 쟁점은 세무조사 사전통지․조사기간 최소화 원칙․세무조사 범위확대 제한의 적용대상이 되는 세무조사인지였고, 이 건의 쟁점은 조사중지기간의 적용대상이 되는 세무조사인지이다. 따라서 해당 판례는 이 건에 적용하기 부적합하다.

   (5)한편 조사중지 기간 중 세무조사를 법으로 금지한 「국세기본법」제81조의8 제5항은 2017.12.19. 신설된 조항으로 개정법률안 검토보고서 및 심사보고서에 해당 규정을 신설한 이유는 ‘조사중지가 조사기간 연장보다 그 승인요건 등의 절차가 쉽다는 점을 악용해, 과세관청이 정당한 사유 없이 조사를 중지한 상태에서 자료 등의 제출을 요구하고 검토하는 방식으로 세무조사 기간을 편법적으로 연장할 수 있는 가능성을 원천적으로 차단하려는 것’이라고 기재되어 있다.

   (6)위와 같은 「국세기본법」제81조의8 제5항의 신설 취지에 비추어 보아, 처분청에서 조사중지 기간에 행한 ‘금융거래 현장확인’은 명백히 세무조사에 해당한다. 따라서 이 사건 금융거래 현장확인은 위 법규정을 중대·명백하게 위반하였으므로 취소사유에 해당하는 절차적 위법이 있다.

  다)만약 금융거래 현장확인이 세무조사가 아니라 단순한 현장확인이라면 처분청이 권한 없이 실시한 위법한 공권력 행사에 해당한다.

   (1)국세청장의 조사관할 조정에 의하여 처분청은 이 사건 조사에 한하여 조사권한이 부여된다. 이 사건 이외의 관할권은 통영세무서장에게 있다(소득세법 제170조). 따라서 세무조사가 아니라면 권한이 없는 관서에서 한 위법한 행위로 취소되어야 한다.

   (2)현장확인이라면 반드시 ‘현장확인 계획’에 따라 해야 하는데 ‘현장확인 계획’이 없다.

  라)세무조사 재개 이전에 확인서를 받고 조사재개 통지서를 교부하였다.

   (1) 처분청은 청구인과 피조사자에게 세무조사 재개 통지서를 교부하기 전에 확인서를 미리 작성해놓고 날인하도록 하였다.

   (2) 확인서를 받은 행위 또한 명백히 세무조사에 해당하는 것이며, 「국세기본법」 제12조에서 ‘세법에서 규정하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생’하는 것으로 규정하고 있다. 그렇다면 피조사자에게 세무조사 재개 통지서가 도달(교부)하기 전이면 엄연히 조사중지 기간에 해당하는데 처분청은 조사중지 기간 중에 미리 작성한 확인서를 제시하여 날인을 받은 조사행위를 하였다.

 3) 세무조사 과정에서 협박, 강요, 회유가 있었다.

  가)처분청은 쟁점인건비를 업무무관 비용으로 인정하지 않을 경우, 조사기간 연장 및 조사 대상 기간을 10년으로 확대하며, 조세범으로 고발․처벌하고 신고불성실가산세도 40%로 부과할 것이며, 피조사자가 사용한 사용인 모두를 조사할 것이라고 피조사자를 협박, 강요하였으며, 확인서를 작성할 경우 신고불성실 가산세도 10%만 부과하고 세무조사를 조기에 종결해주겠다고 회유하였다.

  나) 이에 피조사자는 부득이 확인서에 날인하였고, 2024년 귀속 종합소득세 신고 시에도 쟁점인건비를 제외하고 신고하였다.

  다)이를 입증할 수 있는 증빙으로 처분청과의 녹취록을 제출하며, 정보공개청구를 하여 조사실의 CCTV 녹화자료 제출을 요구하였으나 이를 거절당한 바 있다.

 4)처분청은 세무조사 사전통지를 하지 않았다.

  가)「국세기본법」에서 세무조사 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 하지 않을 수 있다고 예외적인 경우를 언급하고 있다.

  나)그러나 이 건 조사의 경우, 조사를 착수하자마자 아무 증빙도 확보하지 않은 상태에서 100일 간의 조사중지를 결정한 점, 조사의 핵심인 금융거래 내역이나 이미 처분청에 제출된 원천징수이행상황신고서에 대한 자료에 대하여 증거인멸 등을 할 수도 없는 점 등에 비추어, 피조사자가 증거인멸 등을 하여 조사 목적을 달성할 수 없는 경우에 해당하지 않는다.

  다)처분청은 피조사자의 자료 폐기 요청 진정을 들어 증거인멸 우려가 있었다고 주장하나, 위 진정은 사전통지 생략 시점이 아닌 세무조사 종료 시로부터 4개월 후의 시점에 제기된 것인 점, 위 진정은 증거인멸을 위한 것이 아니라 개인정보와 영업기밀 유출 방지를 위한 것인 점, 처분청은 세무조사 개시 당시에 구두로나 세무조사 통지서로 사전통지 생략 사유에 관한 어떠한 설명도 한 적이 없는 점에 비추어, 사전통지 생략사유는 인정될 수 없다.

 5)처분청은 조사기간을 부당하게 40일로 결정하였다. 「국세기본법」에서 예외적으로 세무조사 기간의 제한을 받지 않는 경우를 열거하고 있지만 이 사건 조사는 예외적인 경우에 해당하지 않으며, 만약 예외적인 경우에 해당한다면 처분청을 이를 밝혀야 한다.

 6)처분청은 피조사자와 관련인의 금융거래 내역을 승인권자의 승인 없이 불법적으로 조회한 것으로 추정되며, 승인을 받았다면 관련 문서를 제출하여야 한다.

나. 근거과세 원칙을 위반하여 과세하였다.

 1)확인서와 금융거래 내역은 효력을 인정할 수 없다.

  가)「국세기본법」제16조 제1항은 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

  나)확인서는 피조사자의 자발적 의사가 아닌 처분청의 강요에 의해 조사공무원이 미리 작성해둔 확인서에 날인만 해준 것이며, 그 내용도 조사사실(가공인건비)와 다른 허위 내용(업무무관경비)이다. 처분청이 취득한 금융거래 내역 역시 조사중지기간 중에 중대한 절차적 하자를 통해 불법적으로 취득한 자료이다.

  다)확인서와 금융거래 내역은 「국세기본법」에서 말하는 ‘장부 또는 증빙서류에 갈음하는 다른 자료’로 인정될 수 없으므로 처분청의 과세는 근거과세원칙을 명백히 위반하였다.

 2)과세사유를 임의로 변경하여 피조사자의 방어권을 침해하였다.

  가)처분청은 가공경비 혐의로 조사에 착수하였으나, ‘피조사자가 쟁점인건비를 모두 돌려받은 것으로 추정되기 때문에 쟁점인건비는 업무무관경비로서 필요경비로 인정될 수 없다’는 사유로 처분에 이르렀다. 그러나 피조사자는 쟁점인건비를 돌려받은 사실이 없을 뿐 아니라, 추정만으로 쟁점인건비를 부인할 수는 없는 것이다.

  나) 그리고 피조사자가 쟁점인건비를 돌려받았다고 하더라도 그 인건비는 가공비용에 해당하는 것이지 처분청이 경정 결정한 업무무관 비용이 될 수 없다. 그럼에도 처분청은 조사중지 기간 중 실시한 금융거래 현장확인으로 인해 추후 과세가 취소될 것을 우려하여 이를 피하기 위해 과세사유를 임의로 변경한 것으로 이 또한 명백히 위법한 처분이다.

  다)피조사자가 계상한 인건비가 가공 비용이라고 하면 피조사자는 인건비가 지급되었다는 사실과 그 인건비가 환급되지 않았다는 사실만 항변하면 되는데, ‘업무무관 비용’이라고 하면 피조사자는 본인이 지급한 인건비가 사업과 관련성이 있다는 것을 항변하여야 하기 때문에 피조사자의 방어 논점 자체가 근본적으로 변경된다.

  라)과세사유를 부당하게 변경하여 피조사자의 방어권을 중대하게 침해하였고, 조사재개 시점에 쟁점확인서에 날인을 받음으로써 쟁점인건비에 대하여 ‘가공비용’ 또는 ‘업무무관 비용’ 어느 것으로도 항변할 시간적 기회를 주지 않았다.

  바) 설령 청구인과 피조사자에게 유리한 가산세율이 적용되는 결과가 되었다 하더라도 조사한 내용과 무관한 처분사유로 처분하였다면 위법한 처분이다.

 3)쟁점인건비는 법에서 정하고 있는 증빙을 갖추어 신고하였다.

  가)피조사자는 쟁점인건비에 대하여 인적용역비 수령자 명의로 인적용역비를 송금하고 그들에게 사업소득세 등 3.3%를 원천징수하여 2020년∼2023년 귀속 원천세를 신고하고 41,976,000원을 납부하였다.

  나)원천징수영수증은 필요경비에 대해 법으로 규정된 증명서류이기 때문에 처분청이 이를 필요경비에서 부인하기 위해서는 명확한 근거를 통해 부인하여야 한다.

  다)피조사자는 조사 당시 실제 인적용역자 중 한 사람인 O을 대동하여 ‘사정이 있어 이 사람 앞으로 인건비를 처리하지 못했다’고 진술하였다.

  라) 처분청이 쟁점인건비가 업무무관비용이라는 입증을 해야 할 것임에도, 처분청은 단지 ‘금융거래 현장확인 결과 청구인과 피조사자가 2020년∼2023년 현금 1,497,105,470원을 입금한 사실이 확인되기 때문에 쟁점인건비를 모두 돌려받은 것으로 추정되므로 이를 업무무관비용으로 추정하였다’는 것일 뿐이다. 그런데 청구인과 피조사자가 입금한 현금은, 같은 기간에 피조사자의 사업용계좌에서 피조사자의 다른 계좌 및 그 배우자인 청구인에게로 출금된 총 1,622백만 원 중 일부와 청구인이 금전거래를 해서 받은 현금을 피조사자의 사업용계좌에서 신용카드 사용료 등을 결제해야 할 금액이 부족할 때 이를 보충하기 위해서 그 때마다 입금한 것으로 쟁점인건비 지출액과는 전혀 무관하다.

  마)만약 쟁점인건비를 모두 회수하여 피조사자의 사업용계좌에 입금한 것이라면 피조사자의 사업용계좌의 잔액은 적어도 15억 원 이상이 있어야 할 것인데 늘 거의 없는 상태였다. 만약 피조사자가 쟁점 인건비를 전액 회수하였다면 굳이 이를 세무서에서 언제든 확인 가능한 사업용계좌에 다시 입금할 이유가 없다.

  마)그럼에도 처분청은 쟁점인건비 전액을 필요경비에서 제외하였으며 이는 근거과세 원칙과 납세자 성실 추정의 원칙을 위반한 부당한 처분이다.

 4)P과의 카카오톡 대화내용과 Q에 대한 소득세 대납 여부는 과세근거가 될 수 없다.

  가) 처분청은 2020.5.29. P이 피조사자에게 보낸 카카오톡 내용 중 ‘저 급여 받는 걸로 되어 있어서 매달 넣어 주시잖아요? 이거 이달로 퇴사한 걸로 부탁드릴게요.’라고 한 사실이 있어 쟁점인건비가 가공이라고 주장한다.

  나) 그러나 피조사자가 P에게 인건비를 지급한 이유는 인적용역자 O이 타 소득이 있어 소득세 부담이 크니 P에게 대신 급여를 지급한 것으로 처리해 줄 수 없겠냐고 부탁해서 어쩔 수 없이 그렇게 한 것이며, 이러한 사실은 조사 당시 O을 대동하여 처분청에 직접 진술하였다.

  다) 그렇다면 이는 가공비용이 아니라 위장비용이므로 필요경비로 인정되어야 하며 업무무관 비용은 더욱 아닌 것이다.

  라) 처분청의 주장대로 쟁점인건비가 가공이라 소득세를 대납해 주었다면 인적용역자 모두의 소득세를 대납해주었을 것인데, 피조사자는 이 건 이외에는 그 누구의 소득세도 대납해 준 사실이 전혀 없다.

 5) 청구인의 권리행사에 필요한 정보를 제공하지 않음으로써 청구인의 권리를 부당하게 침해하였다.

  가)「국세기본법」 제58조에서 이의신청인은 그 신청 또는 청구에 관계되는 서류를 열람할 수 있도록 규정되어 있으며, 같은 법 제81조의14 제1항에서 납세자 본인의 권리 행사에 필요한 정보를 납세자가 요구하는 경우 세무공무원은 신속하게 정보를 제공하여야 한다고 규정하고 있다.

  나)피조사자는 권리 행사에 필요한 정보로서 금융거래정보 조회 승인 관련 정보(승인 요청일, 승인일, 승인 공문), F세무서 조사과 조사실의 CCTV 녹화 내역, 조사종결복명서 사본을 처분청에 요청하였으나 모두 거부당하였다.

  다)의사결정 과정 또는 내부검토 과정을 이유로 비공개할 경우, 통지를 할 때 의사결정 과정 또는 내부검토 과정의 단계 및 종료 예정일을 함께 안내하여야 하며, 의사결정 과정 및 내부검토 과정이 종료되면 청구인에게 이를 통지하여야 함에도 처분청은 이에 대한 통지가 없었다.

3. 처분청 의견

가.세무조사에 절차적 위법이 없다.

 1)세무조사를 부당하게 중지하거나 재개한 것이 아니다.

  가)처분청은 2025.4.30. 피조사자에게 ‘장부 및 서류 등 자료 제출 요구’를 하였고 자료제출 기한은 2025.5.7.까지로 자료 제출 기간이 7일이었음을 알 수 있으며, ‘제출기한까지 자료를 제출하지 않으면 세무조사를 중지하거나 조사기간을 연장할 수 있습니다’라는 문구도 기재하였다.

  나)피조사자는 제출기한까지 ‘근로소득자 일부 및 사업소득자에 대한 용역계약서, 급여대장, 대금 지급내역’과 ‘합동법률사무소 CCCC에 대한 용역계약서 및 소송판결문 등’을 제출하지 않았다.

  다) 인건비 부분은 조사 선정의 주요한 사유로서 피조사자가 인건비 관련 증빙을 제출하지 않음에 따라 세무조사 진행에 중대한 차질이 발생하였으므로 처분청은 적법하게 세무조사 중지를 하였다.

 2) 세무조사 중지기간에 세무조사를 실시하지 않았다.

  가)처분청은 세무조사 중지기간에 피조사자에게 직접 전화 연락이나 자료 제출을 요구한 사실이 없다.

   (1)다만, 금융거래 현장확인 과정에서 확인된 내용에 대하여 세무조사 중지기간 중 세무대리인에게 전화로 연락하여 피조사자가 ‘총 인건비 15억 원을 출금하여 본인 계좌에 8억 원을 회수 받고 청구인 계좌로 6억 9천만 원 정도 회수 받은 혐의가 확인된다.’고 알려주었을 뿐이다.

   (2)청구인은 ‘금융거래 현장확인도 세무조사에 해당한다’고 주장하나, 금융거래 현장확인은 조사대상자를 상대로 직접 조사하는 세무조사가 아니어서 세무조사 중지기간에도 가능하다. 또한 처분청은 이 건 세무조사 관련하여 통영세무서¹⁾장과의 관할조정에 관해 승인을 받았으므로 세무조사 여부를 불문하고 이 건 세무조사 관련한 일체의 행위에 관해 포괄적 위임을 받은 것이다.

   (3)피조사자는 조사중지 기간에 처분청에 여러 차례 방문하였다고 하나 이는 피조사자와 세무대리인이 조사중지 기간 중 임의로 방문한 것이다.

  나)또한 피조사자와 세무대리인은 조사중지 기간 중 어떠한 해명자료나 확인서도 제출한 사실이 없다. 청구인은 확인서 제출 이후 세무조사 재개 통지서를 수령하였다고 하나, 처분청은 세무조사 재개 통지서 송달 이후 확인서를 징취하였다.

 3)세무조사 과정에서 협박, 강요, 회유는 없었다.

  가)처분청은 금융거래 현장확인 결과, 피조사자가 인건비로 출금한 금액에 대하여 인건비로 지급받은 자들 모두 입금받은 당일 전액 현금 출금한 사실과 피조사자 및 청구인이 현금 입금한 사실로 볼 때, 피조사자가 가공인건비 계상 혐의가 있는 것으로 판단하였다.

  나)이에 처분청은 세무대리인에게 가공급여 계상이 확인될 경우 조사대상기간 10년 적용, 신고불성실가산세 40% 적용, 피조사자 및 조세포탈에 협조한 자 70여명이 모두 조세범으로 조세범칙 적용 가능성 등 각종 세무상 불이익이 있을 수 있음을 사실대로 알려주었을 뿐, 피조사자를 협박, 강요, 회유한 사실이 없다.

  다)피조사자는 이러한 불이익을 피하기 위해 가공인건비 계상 사실을 확인하는 확인서가 아니라 업무와 무관한 지출임을 확인하는 확인서를 작성하여 제출한 것이다.

  라)한편 처분청의 CCTV 녹화자료는 영상정보 보관기간 경과로 파기되어 열람이 거절된 것으로 처분청이 의도적으로 거절한 것이 아니다.

 4) 처분청이 사전통지를 하지 않은 것이 위법사유라는 청구인 주장은 이유 없다.

  가)피조사자의 사업장은 가공 인건비 계상 혐의로 세무조사 대상자로 선정된바, 세무조사 사전통지할 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되어 「국세기본법」제81조의7 제1항 단서 규정에 따라 세무조사 사전통지를 생략한 것으로 청구인의 주장은 이유 없다.

  나)청구인과 피조사자는 세무조사 이후 2025.10.24. 국세청에 ‘탈세신고 관련, 불법 취득된 자료 유출에 대한 진정 및 조치 요청’을 제출하면서 피조사자의 사업과 관련된 기밀정보인 개인인적사항, 급여장부, 세금관계철, 회사회의록, 개인 및 사업체에 대한 영업기밀 등 일체의 자료 등이 해킹 등 불법적인 방법으로 유출되었다며 국세청과 처분청에서 보관 중인 자료를 즉각 폐기하여 줄 것과 이에 근거한 처분을 즉각 중단하여 줄 것을 요구한바, 청구인의 이러한 언행은 증거인멸 등의 염려가 없다는 청구인의 주장과 모순된다.

 5) 조사기간을 부당하게 40일로 결정하였다는 청구인 주장은 이유 없다.

  가) 이 건 세무조사는 가공 인건비 계상을 통한 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우에 해당하여 「국세기본법」제81조의8제3항 단서 규정에 따라 조사기간의 제한을 받지 않는 조사에 해당하는 것으로 청구인의 주장은 이유 없다.

  나) 또한, 피조사자와 청구인이 2025.10.23. 국세청에 제출한 ‘탈세신고 관련 불법 취득된 자료 유출에 대한 진정 및 조치 요청’ 내용을 보면 조사대상 사업장에 대한 관련 각종 급여 장부, 세금관계철, 회사회의록, O의 이메일 내용, 문자메시지 내용 등이 유출된 사실이 있다며 처분청에서 보관하고 있는 서류를 파기하여 달라고 요구하는 내용으로 볼 때, 오히려 피조사자와 청구인의 가공 인건비 계상 혐의가 있었음이 반증된다.

나. 근거과세 원칙을 위반하여 과세한 것이 아니다.

 1)‘확인서와 금융거래 내역은 효력을 인정할 수 없다’는 청구인 주장은 이유 없다.

  가)「국세기본법」제16조 제2항은 제1항에 따라 (납세자가 갖추고 있는 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의해) 국세를 조사·결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 규정하고 있다.

  나)위와 같이 처분청이 협박, 강요, 회유로 확인서를 취득하였다거나, 조사중지기간 중에 세무조사로써 금융거래 내역을 취득한 것이 아니므로, 확인서와 금융거래내역을 위법한 조사결과 얻은 자료라고 볼 수 없다.

  다)피조사자와 가공 인건비를 지급받은 자와의 문자 수발신내용, 금융거래 현장확인 결과 가공 인건비임이 명백히 드러난 상태이고 이를 피조사자와 청구인이 인정하여 확인서를 작성하였으므로 이에 근거하여 과세한 처분은 정당하다.

 2)쟁점인건비를 업무무관비용으로 본 과세근거는 충분하다.

  가)P이 2020.5.29. 피조사자에게 보낸 카카오톡 내용 중 ‘저 급여 받는 걸로 되어 있어서 매달 넣어 주시잖아요? 이거 이달로 퇴사한 걸로 부탁드릴께요?’라는 내용이 있으므로, 피조사자가 직원 P을 이용하여 가공인건비를 계상한 혐의가 확인된다. 또한, 인건비를 지급한 자 중 Q에 대하여는 종합소득세도 대신 납부한 사실이 확인된다.

  나)이에 처분청은 가공 인건비 계상 혐의를 확인하기 위해 피조사자와 청구인 및 관련인에 대하여 중부지방국세청장의 승인을 받아 금융거래 현장확인을 실시한 결과, 피조사자와 청구인이 2020년부터 2023년까지 자금 원천을 알 수 없는 현금 1,497,105,470원을 입금한 사실을 확인하였고, 피조사자가 인건비로 지급한 자들은 모두 입금받은 금액을 전액 현금 출금한 사실을 확인하여, 청구인과 피조사자가 인건비로 계상한 1,503,144,040원에 대해 전액 가공 인건비로 추정하였다.

  다)청구인은 현금 1,497,105,470원을 입금한 사유에 대하여 피조사자와 청구인의 계좌에서 출금된 금액과 피조사자와 청구인이 금전거래를 해서 받은 돈으로 신용카드 사용료 등을 결제해야 할 금액이 부족할 때 이를 보충하기 위해 그때마다 사업용계좌에 입금한 것이라고 주장하나, 피조사자의 금융거래내역을 보면 피조사자는 매월 15일 이전에 R로부터 다단계판매수당으로 매월 5천만 원 이상 입금받아 가공인건비와 각종 카드대금을 지급하였던 것으로 확인되고 피조사자와 청구인이 금전거래를 현금으로 하였다는 주장은 신뢰할 수 없다.

 3)피조사자의 방어권을 침해하였다는 청구인 주장은 이유 없다.

  가)처분청은 금융거래 현장확인 결과 피조사자의 가공 인건비 계상 혐의가 분명해짐에 따라 쟁점인건비에 대한 해명자료 요구 없이 세무조사가 가능하여 2025.7.3. 세무조사를 재개하였다.

  나)처분청은 2025.7.3. 피조사자와 세무대리인이 방문함에 따라 금융거래 현장확인 결과를 설명하고, 피조사자에게 진술서를 작성하여 제출하거나 확인서를 작성하여 제출하도록 안내하였다.

  다)피조사자는 인건비를 계좌 이체하였으므로 피조사자가 다시 현금으로 돌려받았다 하더라도 본인은 세무상 잘못한 것이 없으며, 본인이 납부할 수 있는 세금은 예상 세액의 절반 정도이므로 이에 맞춰 고지하면 납부할 것이라고 주장하였으나, 처분청은 피조사자가 가공 인건비를 계상한 것이므로 전액 부인대상이며 예상세액은 피조사자의 요구에 따라 변경될 수 있는 것이 아니라고 설명하였다.

  라)피조사자는 진술서를 작성할 경우 가공 인건비임이 드러나 피조사자 본인에게 불리할 것을 우려하여 업무무관 인건비임을 인정하는 확인서를 작성하여 제출한 것이다.

  마)또한, 처분청은 쟁점인건비에 대하여 신고불성실 가산세 40%를 적용하여야 함에도 10%만을 적용하여 오히려 피조사자에게 유리한 처분을 하였음에도 방어권을 침해하였다는 청구인의 주장은 이유 없다.

 4) 청구인의 권리를 부당하게 침해하지 않았다.

  가)피조사자와 청구인은 세무조사 전 과정에서 세무조사와 관련한 서류 열람을 요구한 사실이 전혀 없다.

  다)피조사자는 세무조사 종결 후 처분청에 행정정보 공개청구로 세무조사 관할조정 여부, 금융계좌 거래내역 조회 승인 관련 사항, F세무서 조사과 조사실 CCTV 녹화내역 등을 요구하였다.

  다)이에 처분청은 세무조사 관할조정을 받은 사실을 통지하였고 나머지 사항은 「공공기관의 정보공개에 관한 법률」 제9조 제1항 제5호의 비공개 대상정보에 해당하여 열람 및 등사할 수 없다는 사실과 CCTV 녹화내역은 개인영상정보 청구서를 통해 별도로 신청하여 줄 것을 요구하는 공문을 회신하였다.

  라)처분청은 관련 규정에 따라 열람 가능한 서류는 정보공개를 하였고 공개할 수 없는 서류는 비공개로 회신하였을 뿐으로 처분청의 비공개 결정에 대하여 이의가 있는 경우 청구인은 별도 이의신청을 제기할 수 있음에도 별도의 불복 청구를 제기한 사실도 없는바, 청구인의 주장은 이유 없다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 1) 세무조사에 절차상 위법이 있다는 청구주장의 당부

 2) 근거과세원칙을 위반하였다는 청구주장의 당부

나.관련법령

 1) 국세기본법 제2조【정의】

  21. "세무조사"란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건(이하 "장부등"이라 한다)을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동을 말한다.

 2) 국세기본법 제12조【송달의 효력 발생】

  ① 제8조에 따라 송달하는 서류는 송달받아야 할 자에게 도달한 때부터 효력이 발생한다. 다만, 전자송달의 경우에는 송달받을 자가 지정한 전자우편주소에 입력된 때(국세정보통신망에 저장하는 경우에는 저장된 때)에 그 송달을 받아야 할 자에게 도달한 것으로 본다.

 3) 국세기본법 제16조【근거과세】

  ① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.

  ② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

 4) 국세기본법 제58조【관계 서류의 열람 및 의견진술권】

  이의신청인, 심사청구인, 심판청구인 또는 처분청(처분청의 경우 심판청구에 한정한다)은 그 신청 또는 청구에 관계되는 서류를 열람할 수 있으며 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 재결청에 의견을 진술할 수 있다.

 5) 국세기본법 제81조의3【납세자의 성실성 추정】

 세무공무원은 납세자가 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 납세자가 성실하며 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정하여야 한다.

 6) 국세기본법 제81조의6【세무조사 관할 및 대상자 선정】

  ①세무조사는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 수행한다. 다만, 납세자의 주된 사업장 등이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 세무조사를 수행하는 것이 부적절한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우에는 국세청장(같은 지방국세청 소관 세무서 관할 조정의 경우에는 지방국세청장)이 그 관할을 조정할 수 있다. (중략)

  ③ 세무공무원은 제2항에 따른 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.

   1. 납세자가 세법에서 정하는 신고, 성실신고확인서의 제출, 세금계산서 또는 계산서의 작성ㆍ교부ㆍ제출, 지급명세서의 작성ㆍ제출 등의 납세협력의무를 이행하지 아니한 경우

   2. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우

   3. 납세자에 대한 구체적인 탈세 제보가 있는 경우

   4. 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

   5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

 7) 국세기본법 제81조의7【세무조사의 통지와 연기신청 등】

  ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 20일[제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정으로 재조사를 하는 경우에는 7일] 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 "사전통지"라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

 8) 국세기본법 제81조의8【세무조사 기간】

  ② 세무공무원은 제1항에 따라 세무조사 기간을 정할 경우 조사대상 과세기간 중 연간 수입금액 또는 양도가액이 가장 큰 과세기간의 연간 수입금액 또는 양도가액이 100억원 미만인 납세자에 대한 세무조사 기간은 20일 이내로 한다.

  ③ 제2항에 따라 기간을 정한 세무조사를 제1항 단서에 따라 연장하는 경우로서 최초로 연장하는 경우에는 관할 세무관서의 장의 승인을 받아야 하고, 2회 이후 연장의 경우에는 관할 상급 세무관서의 장의 승인을 받아 각각 20일 이내에서 연장할 수 있다. 다만, 다음 각 호에 해당하는 경우에는 제2항의 세무조사 기간의 제한 및 이 항 본문의 세무조사 연장기간의 제한을 받지 아니한다.

   1. 무자료거래, 위장ㆍ가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있어 실제 거래 내용에 대한 조사가 필요한 경우

   2. 역외거래를 이용하여 세금을 탈루(脫漏)하거나 국내 탈루소득을 해외로 변칙유출한 혐의로 조사하는 경우

   3. 명의위장, 이중장부의 작성, 차명계좌의 이용, 현금거래의 누락 등의 방법을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우

   4. 거짓계약서 작성, 미등기양도 등을 이용한 부동산 투기 등을 통하여 세금을 탈루한 혐의로 조사하는 경우

   5. 상속세ㆍ증여세 조사, 주식변동 조사, 범칙사건 조사 및 출자ㆍ거래관계에 있는 관련자에 대하여 동시조사를 하는 경우

  ④ 세무공무원은 납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유로 세무조사를 진행하기 어려운 경우에는 세무조사를 중지할 수 있다. 이 경우 그 중지기간은 제1항부터 제3항까지의 세무조사 기간 및 세무조사 연장기간에 산입하지 아니한다.

  ⑤ 세무공무원은 제4항에 따른 세무조사의 중지기간 중에는 납세자에 대하여 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 질문을 하거나 장부등의 검사ㆍ조사 또는 그 제출을 요구할 수 없다.

  ⑥ 세무공무원은 제4항에 따라 세무조사를 중지한 경우에는 그 중지사유가 소멸하게 되면 즉시 조사를 재개하여야 한다. 다만, 조세채권의 확보 등 긴급히 조사를 재개하여야 할 필요가 있는 경우에는 세무조사를 재개할 수 있다.

  ⑦ 세무공무원은 제1항 단서에 따라 세무조사 기간을 연장하는 경우에는 그 사유와 기간을 납세자에게 문서로 통지하여야 하고, 제4항 및 제6항에 따라 세무조사를 중지 또는 재개하는 경우에는 그 사유를 문서로 통지하여야 한다.

 9) 국세기본법 제81조의10【장부등의 보관 금지】

 ① 세무공무원은 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)의 목적으로 납세자의 장부등을 세무관서에 임의로 보관할 수 없다.

 ② 제1항에도 불구하고 세무공무원은 제81조의6제3항 각 호의 어느 하나의 사유에 해당하는 경우에는 조사 목적에 필요한 최소한의 범위에서 납세자, 소지자 또는 보관자 등 정당한 권한이 있는 자가 임의로 제출한 장부등을 납세자의 동의를 받아 세무관서에 일시 보관할 수 있다.

 10) 국세기본법 제81조의13 【비밀유지】

  ① 세무공무원은 납세자가 세법에서 정한 납세의무를 이행하기 위하여 제출한 자료나 국세의 부과ㆍ징수를 위하여 업무상 취득한 자료 등(이하 "과세정보"라 한다)을 타인에게 제공 또는 누설하거나 목적 외의 용도로 사용해서는 아니 된다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사용 목적에 맞는 범위에서 납세자의 과세정보를 제공할 수 있다.

 11) 국세기본법 제81조의14【납세자의 권리 행사에 필요한 정보의 제공】

  ① 납세자 본인의 권리 행사에 필요한 정보를 납세자(세무사 등 납세자로부터 세무업무를 위임받은 자를 포함한다)가 요구하는 경우 세무공무원은 신속하게 정보를 제공하여야 한다.

 12) 공공기관의 정보공개에 관한 법률 제9조【비공개 대상 정보】

  ① 공공기관이 보유ㆍ관리하는 정보는 공개 대상이 된다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 정보는 공개하지 아니할 수 있다.

   5.감사ㆍ감독ㆍ검사ㆍ시험ㆍ규제ㆍ입찰계약ㆍ기술개발ㆍ인사관리에 관한 사항이나 의사결정 과정 또는 내부검토 과정에 있는 사항 등으로서 공개될 경우 업무의 공정한 수행이나 연구ㆍ개발에 현저한 지장을 초래한다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 정보. 다만, 의사결정 과정 또는 내부검토 과정을 이유로 비공개할 경우에는 제13조제5항에 따라 통지를 할 때 의사결정 과정 또는 내부검토 과정의 단계 및 종료 예정일을 함께 안내하여야 하며, 의사결정 과정 및 내부검토 과정이 종료되면 제10조에 따른 청구인에게 이를 통지하여야 한다.

 13) 국세기본법 시행령 제63조의9【세무조사의 중지】

  법 제81조의8제4항에서 "납세자가 자료의 제출을 지연하는 등 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하여 세무조사를 정상적으로 진행하기 어려운 경우

    다. 납세자가 장부ㆍ서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우

 14) 조사사무처리규정 제3조【정의】

  1. “세무조사”란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 근거하여 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 조사계획에 의해 세무조사 사전 통지 또는 세무조사 개시 통지를 실시한 후 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부․서류․물건 등을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 말한다.

  2. “현장확인”이란 각 세법에 규정하는 질문조사권 또는 질문검사권에 따라 세원관리, 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 세무조사에 의하지 아니하고 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인하는 행위를 말한다.

   바. 거래사실 확인 등을 위한 계좌 등 금융거래 확인업무

 15) 조사사무처리규정 제17조【조사방법】

  세무조사 방법은 조사대상자의 납세성실도수준, 사업규모, 업종, 과세자료 분석내용, 탈루혐의사항 및 탈세정보내용 등을 고려하여 다음 각 호의 방법으로 실시할 수 있다.

   1. 전부조사를 하는 때에는 그 납세자가 비치, 기장하고 있는 장부 및 그와 관련된 증빙서류(전산조직에 의해 장부와 증빙서류를 작성하였을 때에는 전자기록을 포함한다. 이하 같다) 조사와 그 장부의 진실성 여부를 검증하기 위한 실물조사, 생산수율 검토, 각종 현황조사, 거래처 조사 또는 거래처 현장확인 및 금융거래 현장확인

 16) 조사사무처리규정 제34조【조사시간】

  ① 납세자를 직접 상대로 하는 세무조사는 그 납세자의 일과시간 내에 실시하여야 한다. 다만, 납세자의 요구가 있거나 납세자의 동의를 받은 경우에는 일과시간 외에도 세무조사를 실시할 수 있다.

 17) 조사사무처리규정 제43조【금융거래 현장확인】

  ① 세무조사 목적으로 금융거래 현장확인이 필요한 경우에는 다음 각 호의 절차에 따라 실시하여야 하며, ｢금융실명거래 및 비밀보장에 관한 법률｣과 ｢상속세 및 증여세법｣ 등 관련 법령에서 정한 범위와 절차를 준수하여야 한다.

   1.금융거래 현장확인 대상자(또는 계좌)를 선정하거나, 연결계좌(또는 연결수표 입출금계좌) 중 승인받지 않은 자 명의의 계좌에 대한 금융거래정보를 조회하고자 하는 때에는 조회대상 기간 등 조회범위를 특정하여 조사관할 지방국세청장의 승인을 받아야 한다. 이 경우 조회대상 기간은 조사대상 과세기간으로 한정하되, 조사대상 과세기간 내의 탈루혐의 확인 등과 관련하여 필요한 경우에는 조사대상 과세기간 외의 기간으로 확대할 수 있다.

   2.지방국세청장의 승인을 받은 자(또는 계좌)에 대해 승인대상기간 외의 기간에 대한 금융거래정보 제공을 요구하고자 하는 때에는 조사관서장(조사국장, 세무서장)의 승인을 받아야 한다.

   3.조사기간 종료 후에는 금융기관에 대해 금융거래정보 제공을 요구할 수 없다.

다.사실관계

 1) 조사사업장의 사업자등록내역

 2) 조사사업장에 후원수당을 지급한 다단계 판매회사

<그림 삽입을 위한 여백>

 3) 이 건 조사종결 보고서

 4) 이 건 세무조사 결과통지서 중 ‘조사항목별 세부내역’ 일부

 5)처분청은 2025.3.19. 중부지방국세청장으로부터 아래 내용이 포함된 ‘개인 비정기 조사대상자 승인 및 관할 조정 검토결과 통지’ 공문을 접수하였다.

 6) 피조사자(공동사업자)도 N에 이의신청을 제기했으나 기각되었다.

 7) 쟁점① 관련

  가) 처분청은 2025.4.30. 피조사자에게 자료 제출 요구를 하였으며, 자료제출기한은 2025.5.7.로 확인된다.

  나) 처분청은 피조사자에게 2025.5.9.〜2025.8.16.까지 세무조사 중지를 통보하였으나, 조사중지사유 소멸로 2025.7.3. 세무조사 재개 통지를 한 것이 확인된다.

  다) 청구인은 아래와 같이 「국세기본법」제81조의8 제5항 규정의 신설 취지는 과세관청이 정당한 사유 없이 조사중지를 하여 세무조사 기간을 편법적으로 연장할 수 있는 가능성을 원천적으로 차단하려는 것이며, 처분청이 행한 금융거래 현장확인은 위 규정의 취지에 배치된다고 주장한다.

  라) 청구인은 아래와 같이 처분청이 세무조사 중지 기간에 금융거래 현장확인을 실시하여 실질적으로 세무조사를 하였으므로 이를 근거로 한 과세는 부당하다고 주장한다.

  마) 처분청은 금융거래 현장확인은 조사대상자를 직접 조사하는 것이 아니므로 세무조사 중지기간에도 할 수 있으며, 중부지방국세청장의 승인을 받아 적법한 절차에 의하여 실시하였으므로 이는 절차적 하자로 볼 수 없다고 주장하면서, 이에 대한 증거자료로 아래 정보가 포함된 국세청 전산망 금융거래정보 일괄조회 화면을 제출하였다.

   바) 청구인과 피조사자는 2025.7.3. 쟁점인건비는 사업과 무관하게 개인적으로 지출한 비용으로 지출했다는 내용의 확인서를 작성한 사실이 확인된다.

  사) 청구인은 처분청의 협박, 강요, 회유 때문에 청구인의 의사에 반하여 부득이하게 확인서를 작성할 수 밖에 없었다고 주장하며 그 근거로 피조사자와 처분청 조사팀장과의 통화 녹취록 및 세무대리인이 날인을 거부한 사실확인서를 제출하였다.

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 8) 쟁점② 근거과세원칙 위반 여부 관련

  가) 피조사자는 쟁점인건비에 대하여 인적용역비 수령자 명의로 인적용역비를 송금하고 그들에게 사업소득세 등 3.3%를 원천징수하여 2020년〜2023년 귀속 원천세를 신고하고 41,976,000원을 정상적으로 납부하였음에도 처분청에서 명확한 근거 없이 추정만으로 쟁점인건비를 부인하고 있다고 주장한다.

  나) 처분청은 피조사자가 P을 이용하여 가공 인건비를 계상한 혐의가 확인되며, 그 근거로 피조사자와 P 간의 카카오톡 대화 내용을 제출하였다.

  다) 처분청은 금융거래 현장확인 결과, 2020.1.1.〜2023.12.31. 청구인 계좌에 총 252회(월 평균 5회), 합계 690,455,470원의 현금 입금이 확인된다고 주장한다.

  라) 처분청은 금융거래 현장확인 결과, 2020.1.1.〜2023.12.31. 피조사자 계좌에 총 169회(월 평균 3〜4회), 합계 806,650,000원의 현금 입금이 확인된다고 주장한다.

  마) 처분청은 청구인과 공동사업자인 피조사자가 현금을 입금한 장소가 유사한 장소로 확인된다고 주장한다.

  바) 처분청은 청구인과 피조사자가 인건비로 지급한 자들 중 약 70여명은 입금받은 금액을 즉시 현금으로 출금하였으며, 현금을 출금한 장소가 유사하다고 주장한다.

  사) 처분청은 청구인과 피조사자가 인건비로 지급한 자들 중 Q에 대하여는 Q가 부담할 종합소득세와 지방소득세로 대납한 사실이 확인된다고 주장한다.

  아) 처분청은 직원 P이 청구인으로부터 입금받은 금액을 즉시 100만원 단위로 전액 현금으로 인출한 사실이 확인된다고 주장한다.

  자) 처분청은 피조사자와 P 간의 카카오톡 대화 내용, 금융거래 현장확인 결과를 종합하면 쟁점인건비 1,503,144,040원은 전액 가공 인건비에 해당한다고 주장한다.

  차) 청구인은 아래와 같이 정보공개요청을 하고 그에 대한 통지를 받은 바 있다.

   (1)청구인은 2025.8.19. F세무서 조사실 CCTV 영상의 열람을 요청하였으나, 아래와 같은 사유로 영상이 부존재한다는 이유에서 거부되었다.

    (가)청구인이 요청한 일자의 영상 중 일부 일자의 영상은 촬영된 바 없다.

    (나)나머지 영상은「영상정보처리기기 운영‧관리 방침」 제11조에 따라 30일까지만 보관이 가능한데, 보관기간이 지나 폐기되었다.

   (2)청구인은 2025.8.26. 조사종결보고서 등의 공개를 청구하였고, 처분청은 2025.9.8. 조사종결보고서는 ‘「공공기관의 정보공개에 관한 법률」 제9조 제1항 제5호의 비공개대상정보에 해당한다’는 사유로 공개를 거부하였고 나머지 정보 중 일부는 공개하였다.

   (3)청구인은 2025년 10∼12월경 ‘관할 지방국세청장의 승인 없이 금융거래 현장확인을 한 것인지’ 확인하기 위해 관련 정보의 공개를 요청하였으나, 처분청은 조회 승인일, 조회승인대상기간 등의 정보는 공개하고 나머지 정보는 ‘「공공기관의 정보공개에 관한 법률」 제9조 제1항 제5호의 비공개대상정보에 해당한다’는 사유로 공개를 거부하였다.

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라.판단

 1)이 건 세무조사에 절차상 위법이 있는지에 대한 판단

 가) 관련 법리

   (1) 세무조사 절차에서의 납세자 권익을 보호하기 위하여 세무조사 기간과 세무조사 연장․중지를 엄격하게 제한하고 있는 위 규정들의 내용과 입법취지에다가 세무조사가 납세자의 재산권이나 영업에 미치는 막대한 영향, 과세관청이 함부로 세무조사를 하는 경우에 발생할 수 있는 각종 부작용, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제방법 등을 종합적으로 고려하여 보면, 과세관청이 세무조사 중지기간 중에 세무조사를 한 경우에는 이를 용인할 만한 사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재하는 경우에 해당하므로, 그 과세처분은 위법하다고 보아야 할 것이다(대법원 2023.6.1. 선고 2023두33870 판결 참조).

 (2) 그러나 국세기본법 등에 의한 ‘세무조사’는 질문․조사권의 행사로서 상대방이 ‘납세의무자나 관계인’인 반면, 금융실명법에 따른 ‘금용거래정보 제공요구’는 그 상대방이 납세의무자나 관계인이 아니라 ‘금융회사 등’이다. 금융회사 등에 대한 금융거래정보 제공 요구는 납세의무자나 그 관계인에게 질문을 하거나 그 보유 장부 등을 검사․조사 또는 그 제출을 명하는 것에 해당하지 아니하고, 납세의무자에게 수인의무를 부과하거나 납세의무자의 영업의 자유 등을 침해하는 것도 아니어서, 그 실질을 납세의무자 등에 대한 자료 제출 요구와 동일하게 볼 수 없다. 이러한 사정 등에 의하면, 금융실명법 제4조 제1항 제2호에 따라 소관 관서의 장이 하는 금융거래정보 제공요구가 국세기본법 등에 의한 세무조사에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두42255 판결 참조).

   (3) 한편, 조사사무처리규정은 국세청 훈령으로서 행정기관 내부의 사무처리준칙에 불과할 뿐 대외적인 구속력이 있는 법규명령으로 보기 어려우므로, 위 규정에 정한 절차등을 위반하였다고 하더라도 특별한 사정이 없는 한 그러한 사유만으로 과세처분을 위법하다고 볼 수 없다(서울고등법원 2018.6.14. 선고 2017누66338 판결 참조).

  나) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때 이 건 세무조사에 절차상 위법이 있다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

   (1) 「국세기본법」 제81조의10 제2항에 의하면, 같은 법 제81조의6 제3항 제2호의 ‘무자료거래, 위장․가공거래 등 거래 내용이 사실과 다른 혐의가 있는 경우’에는 납세자의 장부등을 세무관서에 일시보관하는 것이 허용된다.

   (2) 「조사사무처리규정」 제34조 제1항은 ‘납세자를 직접 상대로 하는 세무조사는 그 납세자의 일과시간 내에 실시하여야 한다’고 하면서도 ‘납세자의 동의를 받은 경우에는 일과시간 외에도 세무조사를 실시할 수 있다’고 규정하고 있는바, 납세자를 직접 상대로 하는 자료제출요구 자체가 납세자의 일과시간 내 이뤄진 이상, 자료제출기간이 공휴일을 제외하면 하루에 불과하였다는 점만으로는 자료제출요구에 절차적 하자가 있다고 할 수 없다.

   (3) 「국세기본법」제81조의8 제4항, 같은 법 시행령 제63조의9에 의하면, 납세자가 장부․서류 등을 은닉하거나 그 제출을 지연 또는 거부한 경우 세무조사를 중지할 수 있는 점, 이 건 세무조사의 주요 혐의 사항은 피조사자가 계상한 인건비의 적정성 여부임에도 피조사자가 자료 제출 요구서 상 자료제출기간인 7일 내에 관련 자료를 제출하지 않음에 따라 세무조사 진행에 어려움을 초래한 것으로 보이는 점 등을 종합하면 처분청의 세무조사 중지는 적법하다고 판단된다.

   (4) 청구인은 세무조사 중지 기간에 처분청이 금융거래 현장확인을 실시함으로써 세무조사를 실시하였다고 주장한다. 그러나 조사중지기간 중에 세무조사를 하지 못하도록 한 규정이 신설된 취지는, 조사중지기간 중 납세자나 그 관계인에 대한 자료제출요구 등 세무조사를 하는 것을 방지하기 위한 것인데,금융실명법에 따른 ‘금융거래정보 제공요구’는 그 상대방이 납세의무자나 관계인이 아니라 ‘금융회사 등’으로, 납세의무자나 그 관계인에게 질문․조사를 하는 등으로 납세의무자에게 수인의무를 부과하거나 납세의무자의 영업의 자유 등을 침해하는 것이 아니어서, 세무조사에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두42255 판결 참조).

   (5) 청구인은 금융거래 현장확인이 세무조사가 아니라면 피조사자 거주지 관할인 통영세무서장의 권한에 속한다고 주장하나, 국세기본법 제81조의6 제1항에 따라 세무조사는 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 수행하도록 되어 있으며, 피조사자 관련하여 처분청은 중부지방국세청에 ‘개인 비정기 조사대상자 승인 및 관할조정’ 신청을 하여 승인 통보를 받은바, 세무조사 여부를 불문하고 관련된 일체의 행위에 관하여 포괄적 위임을 받은 것이다.

   (6) 청구인은 ‘처분청이 세무조사 재개통지서 교부 전에 청구인으로 하여금 확인서에 날인하게 하여 조사중지기간에 세무조사를 실시했다’고 주장하나, 재개통지서의 수령일자와 확인서의 날인일자가 동일하며, 청구인의 주장을 증명할 만한 구체적 자료가 없으므로, 청구인의 위 주장은 타당하지 않다고 판단된다.

   (7) 처분청은 납세자 제출 자료 외에 금융거래 현장확인을 통해서도 혐의를 확인할 수 있으므로 이를 근거로 조사를 재개한 것에 하자가 있다고 할 수 없다.

   (8) 청구인은 세무조사 진행 과정에서 처분청의 협박, 강요, 회유가 있었다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다. 처분청은 금융거래 현장확인 결과 피조사자가 가공 인건비를 계상한 혐의가 있어 가공 인건비 계상이 사실로 밝혀질 경우 이에 따른 각종 세무상 불이익을 사실대로 설명한 것으로 보이는 점, 청구인과 피조사자는 그와 같은 불이익을 피하기 위해 가공 인건비임을 확인하는 확인서가 아닌 업무무관비용임을 확인하는 확인서를 작성한 점 등을 종합하면, 세무조사 진행 과정에서 처분청의 협박, 강요, 회유가 있었다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

   (9) 조사사업장은 가공 인건비 계상 혐의에 따라 세무조사 대상자로 선정되었고, 혐의금액이 적지 않음에도 불구하고 그에 대한 구체적 자료가 별로 없었던 바, 「국세기본법」 제81조의7 제1항 소정의 ‘세무조사 사전통지를 할 경우 증거인멸 등으로 조사목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우’에 해당하여 사전통지를 생략할 수 있다.

   (10) 이 건 세무조사는 세금을 탈루한 혐의로 세무조사를 하는 경우에 해당하여 「국세기본법」 제81조의8 제3항 단서 소정의 ‘세무조사 기간의 제한을 적용하지 않는 조사’에 해당한다.

 2)근거과세원칙을 위반한 위법이 있는지에 대한 판단

  다음으로 청구인은 처분청이 근거과세원칙을 위반하여 이 건 종합소득세를 과세하였다고 주장하고 있으나, 앞서 살펴본 사실관계와 다음 내용으로 볼 때 처분청이 근거과세 원칙을 위반하였다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.

   (1) 처분청은 금융거래 현장확인 결과, 청구인과 피조사자가 2020년부터 2023년까지 입금 사유․경위를 알 수 없는 현금 1,497,105,470원을 청구인과 피조사자 계좌로 입금한 사실, 청구인과 피조사자가 인건비 명목으로 지급하였다는 자들이 입금받은 금액 전액을 즉시 현금으로 출금한 사실을 확인하였는데, 이는 전형적인 가공거래 형태이다.

  (2) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 과세요건사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 서명․날인되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수는 없다(대법원 2008.9.25. 선고 2006두8068 판결 참조). 처분청은 금융거래 현장확인 결과가 드러난 상태에서 청구인과 피조사자로부터 ‘쟁점인건비는 사업과 무관하게 개인적으로 지출한 비용으로 지출했다’는 내용의 확인서에 서명받은바, 위 확인서의 증거가치를 쉽게 부인할 수 없다.

  (3) 처분청은 그 외에도 피조사자가 직원 P과 나눈 카카오톡 대화 내용, 피조사자가 직원 Q의 종합소득세를 대납한 내역 등을 실지조사로 확인하였다. 반면, 이와 같은 상황에서 쟁점인건비가 업무와 관련하여 사용한 필요경비인 사실을 청구인 측에서 증명하지 못하였다.

  (4) 처분청이 ‘실제 사업에 사용되지 않은 허위경비를 필요경비에 산입하였다’는 동일한 사실관계에 기초하여 ‘용역을 공급받지 않고 가공경비를 필요경비에 산입하였다’는 당초 처분사유에서 ‘업무와 무관한 비용을 필요경비에 산입하였다’는 처분사유로 변경하였더라도, 과세요건의 구성과 법적 평가만을 달리할 뿐 과세원인이 되는 기초사실을 달리하는 것은 아니므로, 처분의 동일성이 인정되는 점, 처분사유 변경으로 인해 가산세율이 40%에서 10%로 청구인에게 유리하게 변경된 점 등을 종합하면, 청구인의 방어권을 침해하였다고 볼 수 없다.

  (5) 마지막으로 청구인은 세무조사와 관련한 정보공개거부처분으로 부당하게 권리를 침해당했다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다. 설령 청구인 주장의 정보공개거부처분이 위법하다고 하더라도, 정보공개거부처분과 과세처분은 서로 별개의 처분이므로, 이 건 과세처분에 영향이 없다. 나아가 보더라도아래 사정들에 비추어, 청구인이 정보공개거부로 부당하게 권리를 침해받은 것으로 보이지도 않는다.

   (가) 청구인이 2025.8.19. 열람을 요청한 처분청 조사실 CCTV영상은 「국세청 개인정보 보호 지침」제67조, 「영상정보처리기기 운영‧관리 방침」 제11조에 따른 보관기간(30일) 경과로 열람요청 당시 부존재하였다.

   (나) 청구인이 조사종결 후 공개청구한 정보인, ‘관할 지방국세청장의 승인 없이 금융거래 현장확인을 한 것인지’ 확인하기 위한 정보(승인요청일, 승인일, 승인 공문) 및 조사종결보고서 사본은, 불복과정에서 국세청 전산시스템 금융거래정보 일괄조회 화면(승인요청일, 승인일 등 표시), 조사종결보고서 사본이 증거로 제출됨으로써 대부분 공개되었다.

 3)소결

  이상의 내용을 종합하면 청구인의 주장은 모두 받아들이기 어려우므로, 처분청이 이 건 종합소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유없으므로「국세기본법」제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.