이 유

1. 처분내용

가. 창원시 A 소재 토지는 2023.3.30. 매매를 원인으로 B에서 D으로 소유권이전등기 되었고, 창원시 E 소재 토지는 2023.3.30. 매매를 원인으로 B, C에서 D으로 소유권이전등기 되었으며(이하 창원시 A, B 소재 토지를 통칭하여 “쟁점토지1”이라 한다), 동일자에 쟁점토지1에 ‘채무자 F, 근저당권자 G새마을금고, 채권최고액 6억원’을 내용으로 하는 근저당권이 설정되었다.

나. 창원시 H 소재 토지(이하 “쟁점토지2”라 한다)는 2023.3.30. 매매를 원인으로 B, I에서 D으로 소유권이전등기되었다가 2023.4.7. 증여를 원인으로 D에서 J로 소유권이전등기 되었으며, 동일자에 쟁점토지2에 ‘채무자 K, 근저당권자 G새마을금고, 채권최고액 6억원’을 내용으로 하는 근저당권이 설정되었다.

다. 경남 밀양시 L소재 토지(이하 “쟁점토지3”이라 한다)는 2023.5.8. 매매를 원인으로 M에서 D으로 소유권이전등기되었다가 2023.5.11. 증여를 원인으로 D에서 N으로 소유권이전등기되었으며, 동일자에 쟁점토지3에 ‘채무자 P, 근저당권자 G새마을금고, 채권최고액 6억원’을 내용으로 하는 근저당권이 설정되었다.

라. R지방국세청장(조사2국 조사3과, 이하 “조사청”이라 한다)은 2025.3.6.~2025.7.6. 기간 동안 D에 대한 자금출처조사를 실시하였고 조사 기간 중 청구인을 동시조사 관련인으로 선정하여 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하였다.

마. 조사 결과 조사청은 쟁점토지1, 쟁점토지2, 쟁점토지3(이하 쟁점토지 1,2,3을 통칭할때는 “쟁점토지들”이라 한다)의 등기사항증명서 상 소유권이전등기 현황에 불구하고 실질적으로 청구인이 2023년 과세연도에 쟁점토지들을 취득하고 양도한 것으로 보아 2025.9.2. 청구인에게 2023년 과세연도 양도소득세 695,316,795원을 결정·고지하였고 2025.12.2 청구인에게 납부고지서가 송달되었다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2026.2.12. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 불복사유

 청구인은 경남 밀양시 T소재에 본점을 둔 농업회사 법인 Q 주식회사의 주주로서 법인의 모든 업무를 집행, 보조하는 자이다.

 상기법인은 법인 명의로 전답을 취득할 수 없어 사내이사 D 개인명의로 아래의 전답을 회사의 목적사업(버섯공장)에 공하기 위하여 매매계약을 체결하고 사실관계 확인 내용으로 대출받아 매매대금을 지급하였다.

  ① 창원시 마산합포구 A, 629-2, 629-3 전답(쟁점토지1)

  ② 창원시 마산합포구 H 전답(쟁점토지2)

  ③ 경남 밀양시 L번지 전답(쟁점토지3)

나. 사실관계 확인 및 주장

1) 쟁점토지1은 B, I로부터 취득하여 D은 담보제공하고 F에게 5억원 대출받아 매매대금 결제를 하였다.

 2) 쟁점토지2는 D이 J에게 증여하여 수증자 J는 K에게 담보제공하고 5억원 대출받아 매매대금을 지급하였다.

 3) 쟁점토지3은 M으로부터 D과 매매계약을 체결하고 N에게 증여하여 수증자 N은 담보제공하고 P으로 대출 5억원을 받아 매매대금을 지급하였다.

 4) 그런데 처분청에서는 청구인을 양도자로 판단하여 ① 쟁점토지1에 양도소득세 214,872,150원, ② 쟁점토지2에 양도소득세 243,180,980원, ③ 쟁점토지3에 양도소득세 237,263,650원 합계 695,316,780원을 2025.12.13. 납기로 2025.12.3. 납부고지서 및 영수증을 처분청으로부터 수취하였다.

 5) 현재 농업회사법인 Q 주식회사는 부동산(전답)을 취득할 수 있는 요건이 갖추어졌으므로 농업회사법인 Q로 소유권 이전 준비중에 있으며 적법절차에 의하여 금융권으로부터 대출받아 D 사내이사 명의로 소유권을 이전한 것은 사실이다.

3. 처분청(조사청) 의견

가. 과세처분 내용

 1) 조사청은 2025.3.6.～2025.7.6. 청구외 D에 대한 증여세(자금출처) 조사를 실시한 결과, D 명의로 2023.3.30. 등 취득한 쟁점토지들의 실제 취득자는 청구인이며, F, K, P은 2023.3.30. 외 부동산 매매 및 토지개발 등 목적으로 쟁점토지를 담보로 금융기관으로부터 대출을 받아 해당 대출금을 청구인에게 지급하고, 청구인은 F 등으로부터 수령한 해당 금액으로 전소유자에게 부동산 매매대금을 지급한 후 남은 잔액은 청구인이 임의로 사용한 사실을 확인하여,

 2) 청구인을 양도소득세 조사 대상으로 추가 선정한 후, 2025.5.8.～2025.7.6. 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여 청구인이 쟁점토지를 F 등에게 유상으로 이전하였으나 양도소득세 신고 누락한 것으로 보아 양도가액 합계 1,500,000,000원, 취득가액 합계 485,505,328원으로 청구인의 양도소득세를 결정해 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2025.9.2. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 합계 695,316,795원을 고지하였다.

<표 생략>

나. 조사청 의견

1) 쟁점토지들의 실제 취득자는 청구인이다.

  쟁점토지들의 등기부등본상 취득자는 D으로 나타나지만 쟁점토지를 물색하여 취득하고, 쟁점토지를 담보로 한 대출명의자들을 섭외하여 실제 대출을 실행한 후 수령한 대출금으로 쟁점토지 취득대금을 지급하고, 남은 잔액은 청구인이 임의대로 사용하는 등 쟁점토지 취득 등과 관련된 제반 과정을 청구인이 주도적으로 관리하고 수행하였으므로 쟁점토지의 실제 취득자는 청구인으로 확인된다.

 2) 청구인은 쟁점토지를 F 등에게 유상 이전하였으므로 양도소득세 과세 대상에 해당한다.

   청구외 F, K, P은 부동산 매매 및 토지개발 등 목적으로 쟁점토지들을 담보로 금융기관으로부터 각 5억원을 대출받아 해당 대출금을 청구인에게 지급하였으며, 청구인은 F 등으로부터 수령한 해당 금액으로 전소유자에게 부동산 매매대금을 지급한 후 남은 잔액은 청구인이 임의로 사용하였다.

   등기부등본상 소유권 이전이 되어 있지 않을 뿐, 위와 같은 거래 형태는 그 실질이 부동산 유상 이전과 동일하여 소득세법 제88조【정의】 “양도”의 개념에 부합하므로 국세기본법 제14조【실질과세】 원칙에 의거 청구인이 쟁점토지들을 F 등에게 유상 이전한 것으로 보아 청구인에게 쟁점토지 양도에 따른 양도소득세를 부과함이 타당하다.

 3) 위와 같이 이 건 부과처분은 정당하므로 청구인의 이의신청을 기각하여 주시기 바란다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점토지들을 실질적으로 청구인이 취득 및 양도한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

  ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

 2) 소득세법 제88조【정의】

  이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다. 이 경우 대통령령으로 정하는 부담부증여 시 수증자가 부담하는 채무액에 해당하는 부분은 양도로 보며, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 양도로 보지 아니한다.

    가. 「도시개발법」이나 그 밖의 법률에 따른 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 보류지(保留地)로 충당되는 경우

    나. 토지의 경계를 변경하기 위하여 「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」 제79조에 따른 토지의 분할 등 대통령령으로 정하는 방법과 절차로 하는 토지 교환의 경우

    다. 위탁자와 수탁자 간 신임관계에 기하여 위탁자의 자산에 신탁이 설정되고 그 신탁재산의 소유권이 수탁자에게 이전된 경우로서 위탁자가 신탁 설정을 해지하거나 신탁의 수익자를 변경할 수 있는 등 신탁재산을 실질적으로 지배하고 소유하는 것으로 볼 수 있는 경우

다. 사실관계

국세통합전산망, 청구인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

 1) 쟁점토지1 등기사항증명서 갑구 및 을구 내역은 아래와 같이 나타나며, 쟁점토지1에 해당하는 토지들은 모두 2023.3.30. 매매를 원인으로 D 명의로 소유권이전등기 되었고, 동일자(2023.3.30.)로 F를 채무자로 하여 근저당권이 설정된 것으로 나타난다.

<표 및 그림 생략>

 2) 쟁점토지2 등기사항증명서 갑구 및 을구 내역은 아래와 같이 나타나며, 해당 내역에 따르면 쟁점토지2는 2023.3.30. 매매를 원인으로 D 명의로 소유권이전등기 되었다가 2023.4.7. 증여를 원인으로 J에게 소유권이전등기 되었고, 동일자(2023.4.7.)로 K을 채무자로 하여 근저당권이 설정된 것으로 나타난다.

<표 및 그림 생략>

 3) 쟁점토지3 등기사항증명서 갑구 및 을구 내역은 아래와 같이 나타나며, 해당 내역에 따르면 쟁점토지3은 2023.5.8. 매매를 원인으로 D 명의로 소유권이전등기 되었다가 2023.5.11. 증여를 원인으로 N에게 소유권이전등기 되었고, 동일자(2023.5.11.)로 P을 채무자로 하여 근저당권이 설정된 것으로 나타난다.

<표 및 그림 생략>

 4) 처분청(조사청)은 실질적으로 청구인이 쟁점토지들을 취득하여 양도한 것으로 보아 청구인에게 2023년 과세연도 양도소득세를 결정 및 고지한 것으로 나타나며, 처분청(조사청)의 해당 양도소득세 결정 주요내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 5) 조사청은 D에 대한 자금출처 조사기간 중이던 2025.5.9. 청구인으로부터 문답형 진술서를 작성받았던 것으로 나타나며, 쟁점과 관련한 진술서 주요내용은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 6) 농업회사법인 Q 주식회사의 법인 등기사항증명서 내용은 아래와 같이 나타나며, 등기사항증명서에 따르면 처분청이 부과한 쟁점 양도소득세의 귀속시기인 2023년에는 D이 대표이사로 등재되었던 것으로 나타난다.

<그림 생략>

 7) 0000년 이후 국세통합전산망에 등록된 청구인의 사업 영위이력은 없는 것으로 나타난다.

 8) 조사청에서 조사당시 확보한 F, K, P의 ‘근저당 설정 및 대출사실 확인서’ 내용은 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 9) 조사청이 조사당시 확보한 F, K의 ‘부동산 매매 및 투자, 개발 위임장’ 내용은 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 10) 조사청이 조사당시 확보한 F, K이 작성한 것으로 나타나는 확인서(요청서) 자료 내용은 아래와 같다.

<그림 생략>

라. 판단

1) 소득세법 제88조제1호에서는 “양도”에 대하여 “자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것”으로 규정하고 있고, 국세기본법 제14조제1항에서는 “과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.”라고 규정하고 있다.

 2) 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다. 이는 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적 안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 그 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것이다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 등 참조).

  소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 당해 과세대상을 지배․관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 할 것이다. 그리고 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리․처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두9935판결 등 참조).

 한편 과세요건 사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실이 밝혀지면 상대방이 경험칙 적용의 대상이 되지 아니하는 사정을 증명하지 않는 한 그 과세처분을 위법하다고 할 수는 없다. 따라서 과세관청인 피고는 과세요건 사실의 존재를 증명하거나 적어도 과세요건 사실을 추정할 수 있는 사실을 증명하여야 한다(대법원 2009.9.24. 선고 2009두7103 판결 참조).

 3) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 조사청은 쟁점토지들의 등기사항증명서에 기재된 소유권이전등기 내용의 형식에 불구하고 실질은 청구인이 쟁점토지들을 취득하여 근저당 채무자들에게 양도한 것이므로 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다고 주장하고 있으나,

 4) 조사청이 양수인으로 특정한 F, K, P의 경우 등기사항증명서 상 근저당 채무자로만 등재되어 있는 바, 청구인의 문답서 내용 및 ‘부동산 매매 및 투자, 개발 위임장’ 등 서류만으로 쟁점토지들에 대한 실질적 소유권한이 해당 채무자들에게 이전된 것으로 보기 어려운 점,

  F, K, P이 작성한 ‘근저당 설정 및 대출사실 확인서’ 내용을 살펴보면 ‘청구인에게 개발자금으로 사용하도록 대출금을 주었다’는 취지의 내용과 ‘청구인이 대출금을 상환할 것이라 하였다’는 취지의 내용 및 ‘법인 설립하여 법인에서 이익을 볼려고’, ‘좋은 투자처라고 해서 투자 하였다’는 취지의 내용이 기재된 것으로 나타나는바 이를 통하여 볼 때 해당 채무자들의 대출 목적이 대출 받을 당시 즉시 쟁점토지들을 취득하기 보다는 투자금으로서 이후에 이익을 볼 목적으로 봄이 합리적이라 여겨지는 점,

  조사청이 작성한 청구인 등의 문답서 내용 및 조사청이 쟁점토지들의 근저당 채무자인 F, K, P으로부터 작성받은 확인서 내용 등에 따르면 청구인이 쟁점토지 취득 등 일련의 과정을 주도하고 근저당 채무자들의 대출금을 실질적으로 지배·관리한 것으로 나타나기는 하나, 이는 청구인이 실질적으로 쟁점토지들을 취득하였다고 볼 근거가 될 수 있을 뿐 해당 사실만으로 청구인이 근저당 채무자들에게 쟁점토지들을 양도한 것으로까지 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때,

 5) F, K, P이 쟁점토지들을 담보로 대출 받은 후 청구인이 해당 대금을 사용할 수 있도록 한 것은 투자금의 성격에 가까운 것으로 보여지고, 청구인이 해당 근저당 채무자들에게 실질적으로 쟁점토지들을 양도하였다고 보기에는 조사청의 입증이 부족하다고 판단된다.

 6) 따라서 청구인이 쟁점토지들을 F, K, P에게 양도한 것으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분청(조사청)의 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제66조제6항 및 제65조제1항제3호(취소·경정)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.