주 문
1. 주위적 쟁점에 대하여
이 건 이의신청은 「기각」합니다.
2. 예비적 쟁점에 대하여
이 건 이의신청은 「각하」합니다.
이 유
1. 사실관계 및 처분내용
가. ㈜A(이하 “청구법인”이라 한다)은 B가 2006.1.25. 설립한 법인사업자로 2020.4.9. C 대표이사가 취임한 이후 결제대행업을 영위하였으며 2020.2기 부가가치세 신고시 매출액 368,780천원, 매입액 357,619천원, 납부세액 1,441천원으로 신고·납부하였다.
나. 2024.11.1. 남양주세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 과세자료 검토결과 청구법인이 2020.2기 신고 누락한 신용카드매출액에 대하여 공급가액 3,089,211천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 부가가치세 436,829천원 및 법인세 888,582천원을결정·고지하였다.
다. 2025.9.8. 청구법인은 쟁점금액에 대하여 “결제대행업의 거래구조상 가맹점에 지급되어야 할 금액을 포함하여 상위 PG사로부터 수취한 전체 금액”으로 청구법인의 결재대행수수료를 제외한 금액을 가맹점에 지급하였고, 결제대행수수료 금액을 과세표준으로 하여 부가세 및 법인세를 기신고·납부하였으므로 쟁점금액을 과세표준에서 제외해 달라는 경정청구를 하였다.
라. 처분청은 청구법인이 제출한 증빙만으로는 쟁점금액이 부가가치세 매출과세표준에서 제외된다고 보기는 어렵다고 보아 경정청구를 거부하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2026.1.27. 이 건 이의신청을 제기하였다.
2. 청구주장
가. 사실관계
청구법인은 2020년도 제2기 부가가치세 예정 신고시 차가감 납부할세액 637,950원으로 신고·납부 하였으며, 같은 세목·과세기간의 확정신고 납부할세액 803,170원을 신고·납부한 사실이 있고 2020 사업연도 법인세 136,540원을 신고·납부하였다. 그러나 처분청에서는 쟁점금액을 2020년 매출누락으로 보아 부가가치세 436,829천원 및 법인세 888,582천원을 고지하였다.
나. 청구주장
1) 고지된 세액은 가맹점에게 지급될 정산금액이 모두 포함된 금액을 기준으로 결정되었으므로 청구법인의 수수료 수입을 기준으로 경정하거나 결정취소 되어야 한다.
가) 청구법인은 통신단말기 임대 및 판매업을 영위하며, 소위 2,3차 결제대행사의 지위에서 소매 가맹점에게 신용카드 통신단말기를 보급하고 해당 단말기로 발생하는 소매 가맹점의 매출액 중 일부(1%)를 수수료매출로 인식하는 사업자이다.
나) 결제대행사(PG사, Payment Gateway 사업자) 사업 기본 구조는 가맹점과 금융기관(카드사, 은행등) 사이에서 결제를 안전하고 원활하게 처리해주는 중간자 역할을 하며 결제수수료를 수취하는 구조이다.
다) 결제대행사는 소위 1차 PG사라고 하여(○○페이먼츠, □□이니시스 등)금융기관과 직접 계약해 결제망을 보유한 회사들이며, 하위 2차 PG사(운영사)는 1차 PG사와 계약을 맺고, 그 결제망을 다시 자신의 가맹점에 재판매하는 구조로 되어 있다. 3차 PG(총판 혹은 대리점)사는 2차 PG사와 계약하고, 다시 하위 가맹점(단말기 사용 최종사업자) 모집을 하는 일종의 ‘총판대리점소매점’ 구조와 유사한 형태이다. 청구법인은 PG사 및 총판대리점 계약관계에 따라 2,3차 지위에서 영업활동을 하였다.
라) 기본적인 지위별 평균 수수료 요율은 아래와 같다. 가맹점 입장에서 카드승인금액에서 실제 정산 시 제외되는 총괄 수수료는 8.8%(공급대가)로 대부분 유사하다. 다만, 가맹점 모집에 대리점과 딜러의 계약당사자의 지위 포함여부에 따라 총괄수수료 내에서 지위별 수수료율이 달라진다.
(1) 예를 들어 고객이 가맹점에 1,000,000원을 결제하면 가맹점은 거래금액의 8.8%인 88,000원 제외하고 보통 승인 일의 다음 날 912,000원을 정산받는다. 제외된 총수수료 88,000원 중 33,000원이 PG사의 수익이며, 11,000원은 운영사(청구법인)의 수익이 되고, 나머지 44,000원이 총판의 수익이다. 결국 고객의 결재금액 1,000,000원 중 청구법인이 인식할 수수료수입은 평균 11,000원(1.1%)이다.
(2) 청구법인의 2020년 법인통장내역에 입금된 입금처를 기준으로 분류하면 아래와 같다.
2020.1.1 기초 잔액 83,515원, 입금총액 9,659,571,040원, 출금총액 9,657,129,813원 기말잔액은 2,524,742원이다.
(3) 출금처를 살펴보면 총괄적으로 아래와 같다.
정산되어 출금된 금액 6,387,132,417원은 청구법인이 가맹점과 직접 계약하여 모집한 가맹점에게 정산 지급된 금액이다. 해당 정산내역에 관련하여 지급한 가맹점명, 매일 정산 지급된 금액, 계좌번호, 계좌주, 거래건에 대한 가맹점 입장에서의 총괄수수료(8.8%)의 세부내역을 2020정산내역에서 확인 할 수 있다.
기타분류로 출금된 3,228,786,504원은 청구법인이 가맹점과 직접 계약되지 않는 가맹점에게 정산되어 지급 예정인 금액을 계약당사자(운영사,총판 등)에 출금된 금액이다. 청구법인에서 출금처 D으로 지급된 금액을 D의 계좌에서 확인해보면 청구법인의 정산출금과 동일한 패턴의 출금 거래가 확인된다.
(4) 이처럼 청구법인의 입금 및 출금 관계를 살펴보면 모든 거래가 결제대행사로서 수수료(약1%)수익을 영위하는 법인임이 확인된다.
즉, 1년간의 입금거래액의 9,659,571,040원 중 약1.1%인 96,595,710원이 청구법인의 2020년도의 대략적인 총공급가액인 것이다. 이렇게 청구법인의 사업구조 및 개략적인 수입금액을 산정 할 수 있음에도, 국세청에서 확인되는 2020년 2기분 부가가치세 신고도움자료 결제대행 신용카드매출액 3,398,133,032원을 단순히 수입금액 누락액으로 보아 부가가치세 및 법인세를 추가 고지한 것이다. 통상적인 업계 수익률로 추정하면 33억 수입을 올리기 위해서는 약 3,300억원의 결제승인금액이 필요하며 청구법인의 입출금 내역 등을 간략히 살펴보아도, 청구법인이 적절한 처분을 받지 못했단 사실을 확인할 수 있다.
국세청 홈택스 신고도움자료상의 신용카드매출액 33억원가량은 가맹점으로 정산될 금액이 모두 포함된 금액으로 금액의 99%는 청구법인의 수입과는 전혀 관련이 없는 가맹점들의 매출이므로, 청구법인의 부가가치세 및 법인세 수입으로 결정될 수 없다.
따라서 입금액의 1% 내외 수준에서 부가가치세 과세표준이 결정되어야 하며, 해당 공급가액을 법인세법상의 총수입금액으로 보아야 하므로, 법인세 고지세액은 취소되어야 하며 불가피한 경우 재조사 결정을 통하여 경정되어야 한다.
2) 제2차 납세자로 지정된 B는 실질적 과점주주 요건에 해당하지 아니하므로 제2차 납세의무가 없다.
가) 과점주주에 해당하는지 여부에 관하여는 소유하고 있는 주식에 관하여 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하나, 명의신탁에 따라 일견 주주로 보이는 경우에도 실질 소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 1996. 12. 6. 선고 95누14770 판결, 대법원 2004.7.9. 선고 2003두1615 판결 등 참조)라 하였다.
나) B(2025.11.21. 일시이사 선임 결정, 제2차 납세의무자)는 2006.1.25일 자본금 오천만원으로 설립된 청구법인의 전액 출자자이다. 청구법인은 사업의 지속된 결손으로 당초 주업종인 신문및정기간행물 발행업을 사실상 중단하고 있었다. 그 후 C이 결제대행사업을 영위하고 싶으나 신용불량자로 사업 개시가 어려워 청구법인을 이용하고 싶다는 요청을 하였고 B는 2020년에 C을 대표이사로 변경하였다. 이후 C이 청구법인을 운영하는 동안 B는 청구법인의 어떠한 업무에도 관여하지 않았고 주주로서 어떠한 권리행사를 하지 않았으며, 모든 운영과 세무업무는 C과 세무대리인이 처리하였다.
다) 청구법인은 C 대표가 1인 사내이사로 운영하였고 B는 회계, 신고, 지출, 세무 관련 의사결정에 전혀 참여하지 않았다. B가 경영에 참여하지 않는 사실은 통장 거래 흐름과 C 대표와 B의 통화 내용으로 확인된다. 따라서 B를 청구법인의 제2차납세의무자로 지정한 처분은 취소되어야 한다.
3) 기타 청구
B는 2025년 3월경 갑작스럽게 제2차 납세의무자 지정 통보를 받고 청구법인의 2020년 부가가치세 및 법인세가 잘못 처리된 사실을 처음 알게 되었고, C 대표에게 사실 확인을 요청한 결과
약 2년 전부터 처분청에서(담당 진○○ 조사관 0315503408) 부가가치세 수정신고를 수차례 요청하였으나, C 대표의 건강상의 문제로 조치할 여력이 없어 세무대리인(신△우 세무사 010****3930)에게 업무대리를 요청하였다. 그러나 세무대리인이 수임업무를 해태하여 청구법인이 2024.9.9. 부과처분을 받게 되었고 제2차 납세의무자 지정통보까지 이루어졌다.
청구법인이 결제대행사업을 중단한 지 오랜 시간이 지나 데이터베이스를 관리하는 시스템에 접근이 불가능했고, 또한 C 대표가 건강상의 문제로 인하여 현실적으로 과거 자료를 확보할 수 있는 방법은 매우 제한적이었다. 경정청구와 불복접수시 제출된 자료는 故C 대표의 PC에 보관되어 있던 것을 최대한 복원한 자료들이다.
B는 제2차납세납세의무자 납부고지서를 받은 후 C 대표와 남양주 세무서(담당 박○○ 0315503408)를 방문해 수차례 대면상담을 하였다. 국세청 자료의 대부분의 수입금액은 청구법인의 수입이 아니라는 점, 거래형태로 보아결재대행사로 보이는 점, 업종의 통상적인 수준보다 과다수입이 보인다는 점에 관하여는 의견이 일치되었으나 청구법인 및 B가 제출한 자료에는 정산 지급된 가맹점을 특정 할 수 있는 사업자등록번호가 없어 자료파생을 할 수 없다는 이유로 경정청구를 기각하였다.
B는 경기도 성남시 거주하면서 자영업을 영위하고 있는 납세자이며, 사업 실패로 배우자 명의인 전셋집에 거주 중이다. 본인이 영위하지 않은 사업에 대하여 제2차납세자라는 사실만으로 약 14억원 이상의 감당할 수 없는 세금이 고지되면서 가정생활이 유지되기 어려운 상태가 되었다.
C 대표는 사망하였고, 당시 세무대리인은 현재 징계처분 되어 14억원의 감당할 수 없는 과세처분에 대해 어디에 호소할 수도 없는 억울하고 절망적인 상황이다. 부디 세법의 법리에 의해 억울한 담세자가 나오지 않도록 사실관계를 바로잡아 주길 바란다.
다. 처분청 의견에 대한 항변
가맹점에게 지급될 정산금액이 모두 포함된 금액을 청구법인의 수입금액으로 보아 고지한 처분은 동종업계 유사업체와 비교하여도 국세부과의 조세평등주의의 수평적 공평원칙에 위배되는 과세처분이므로 경정되어야 한다.
청구법인의 모든 영업행위가 결제대행사의 지위에서 용역수수료를 수취할 목적이라는 것은 금융조회거래내역, 정산내역, Dlim Market 출력자료로 확인된다.
아래와 같이 2024년 4분기 정산내역에서 확인되는 결제대행 운영사의 결제대행 수수료는 평균 약 1.1% 내외이다. 이는 청구법인의 주장일 뿐만이 아니라 동종업계의 유사 사업장을 간략히 살펴보더라도 알 수 있는 요율이다.
구체적으로 부가가치세 및 법인세 과세표준을 산정하기 전에 총괄적인 사업장 외형만을 살펴보더라도 결제대행 신용카드매출액 3,398백만원을 수입금액 누락금액으로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 부당하다.
따라서 통장입출금 내역을 토대로 구체적인 부가가치세 과세표준 및 법인세 과세표준을 산정하여야 하며, 기존 부과처분은 취소되거나 재조사 결정을 통해 경정되어야 한다.
3. 처분청 의견
가. 사실관계 및 처분내용
1) 처분청은 청구법인의 2020년 1기 신용카드매출 등 과소신고자료와 2020년 2기 E 통신판매업자 매출과소신고 과세자료를 근거로 과소신고된 법인세 892백만원과 부가가치세 452백만원 합계 1,344백만원을 2024년 11월말 납기로 결정·고지하였다.
2) 청구법인은 과세사항에 대해서는 불복기간 내 불복한 사실이 없고 제2차 납세의무자 지정 이후 2025.9.8. 당초 신고내용대로 결정해 달라고 경정청구하였으나
처분청은 경정청구 시 제출된 금융조회자료와 전산화면 출력자료만으로는 구매자로부터 구매대행 수수료를 구분하여 수령하지 아니하고 신용카드매출 수입금액이 매출 과세표준에서 제외되는 금액인지 여부를 확인할 수 없어 경정청구 거부통지 하였다.
3) 이에 불복하여 청구법인은 2026.1.27. 본 건 이의신청을 제기하였다.
나. 처분청 의견
1) 청구법인은 신용카드결제대금 중 하위가맹점에 재입금한 금액은 부가가치세 매출 과세표준에서 제외되는 금액이라고 주장하지만 경정청구 시 전산화면 출력만으로는 이를 입증하는 자료로 그 신빙성이 부족하여 경정청구를 거부한 당초 처분은 타당하다.
가) 청구법인 명의 금융계좌 내역 중 2020년 2기 입금내역
법인 금융계좌를 살펴보면 2020.2기 총입금액 9,634백만원 중 상위 결제대행사 코리아페이먼트가 입금한 금액은 3,291백만원에 불과하고, 청구법인 대표 C의 동생 D 명의 입금액 4,299백만원, 유한회사 F 등 결제대행사로 판단되는 업체로부터 입금액 1,981백만원이 확인되는 것으로 보아 해당 계좌는 청구법인의 영업목적 이외에 다른 목적으로 함께 사용되었던 계좌로 보이며, 이중 청구법인의 수입금액을 구분하기 어려운 것으로 확인되며 청구법인 또한 이를 구분하여 소명하지 못하였다.
나) 청구법인 명의 금융계좌 내역 중 2020년 2기 출금내역
(1) 금융계좌에서 하위 가맹점에게 이체되었다고 추정되는 금액은 최소6,449백만원으로 2020년 2기 E 통신판매업자 매출자료금액인 쟁점금액 3,089백만원과는 2배이상 차이가 있는 금액이다.
(2) 청구법인은 상기 이체금액을 거래처 정산금으로 주장하지만 이를 입증할 수 있는 거래처를 제시하지 못하였으며, 출금처 중 동생 D에게 1,154백만원, G에게 1,234백만원이 이체되어 청구법인의 수입금액을 구분하기 어려운 상태이다.
(3) 청구법인이 제출한 정산자료에서 청구법인 계좌 출금액 9,633백만원 중 세금계산서 매입처 178백만원, 지출 용도가 불분명 동생 D 1,154백만원, G 1,234백만원, 카드비용 등 41백만원 합계 2,608백만을 제외하면 가맹점에 출금했다고 추정가능한 금액은 7,025백만원으로 확인되는데, 청구법인이 제출한 정산자료에서 가맹점에 출금한 금액은 수수료를 제외한 정산금액 6,630백만원으로 395백만원의 차이가 발생한다.
(4) 더욱이 동생 D, G, H, 드림페이, 랑데부 등에게 출금한 금액 2,964백만원의 출금 사유를 결제대행업 관련으로 진술한 내용을 고려하면청구법인이 가맹점에 출금한 금액은 6,449백만원부터 9,414백만원까지 추정할 수 있어 청구법인의 가맹점에 대한 정확한 정산금액은 확인할 수 없다.
(5) 2020년 2기 정산자료 매출총액은 7,207백만원이나, 청구법인 계좌에는 코리아페이먼트 입금액 3,291백만원 이외 D 입금액 4,299백만원 등 총9,634백만원이 입금되어 다른 목적과 혼용되어 사용된 금융계좌로 보이며 거래처별 구분없이 정산자료를 작성한 것으로 나타나 정산자료를 신뢰하기 어렵다.
(6) 또한 판매 또는 결제를 대행하거나 중개하는 경우 「부가가치세법」 제75조에서 규정한 관련 명세의 자료를 제출하여야 하지만 청구법인은 이를 이행하지 않아 2차 결제대행사로서 상위 결제대행사와의 결제대행계약서 등 이를 입증하는 자료를 확인할 수 없다.
(7) 청구법인이 경정청구하면서 제출한 전산화면출력자료는 Dlim Market 프로그램으로 영업형태별 제공수수료, 가맹점 기본사항, PG사 정산수수료와 가맹점(터미널=카드단말기)정산 수수료가 기재되는 프로그램이다.
- 화면출력자료상 지사는 12개로 작성되어 있으나 청구법인의 매입세금계산서 중 수수료 관련 매입처는 4개이며, 24개 총판 중 청구법인 관련 총판은 2개로 확인된다.
- 화면출력자료는 다른 사용자와 함께 사업자 구분없이 사용한 것으로 청구법인도 가맹점별 매출금액에서 법인 귀속분에 대한 수입금액(수수료)을 정확하게 구분할 수 없으므로 부가가치세 매출 과세표준에서 제외하는 수입금액의 입증자료로 신빙성이 부족하다.
(8) 따라서 제출된 금융조회자료 및 전산화면 출력자료 등으로는 청구법인의 신용카드 결제금액 중 수수료를 제외한 정산금액을 부가가치세 매출 과세표준에서 제외하여야 한다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.
2) B는 청구법인의 폐업일까지 지분 100%를 보유해왔으므로 제2차납세의무지정 이후 청구법인의 의사결정에 관여하지 않았다고 주장하는 것은 조세를 회피하기 위한 청구인의 일방적 주장이다.
가) 2025.9.8. 청구법인의 경정청구 접수시 청구법인은 B가 과점주주에 해당하지 않는다는 주장을 하지 않았다.
나) B는 2006.1.25. 청구법인을 설립하였고, 2011년부터 폐업일까지 총 발행주식 10,000주(지분 100%)를 그대로 보유해왔다.
다) 청구법인은 2020.4.28. B에서 C으로 대표이사 변경 시 법인등기부등본, 법인인감, 임대차계약서, 주민등록증(C, B, 세무대리인)이 첨부된 사업자등록정정신고서를 제출하여 정상적으로 처리되었음이 국세청 전산으로 확인된다.
라) 또한 B는 다음과 같이 청구법인과 유사한 상호의 법인 대표로 연임하고 있음이 국세청 전산으로 확인된다.
다. 항변에 대한 의견 : 없음
4. 심리 및 판단
가. 쟁점
1) 주위적 쟁점
’24.11월 고지된 세액은 가맹점에 지급될 정산금액이 포함된 금액을 기준으로 결정되었으므로 청구법인의 결재대행수수료 수입을 기준으로 경정되어야 한다는 청구주장의 당부
2) 예비적 쟁점
B는 실질적 과점주주 요건에 해당하지 아니하므로 제2차납세의무지정이 취소되어야 한다는 청구주장의 당부
나. 관련법령
1) 부가가치세법 제29조【과세표준】
[2021.12.8. 법률 제18577호로 일부 개정되기 전의 것]
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.
③ 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.
2) 부가가치세법 제75조【자료제출】
[2020.12.29. 법률 제17758호로 타법 개정되기 전의 것]
다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 재화 또는 용역의 공급과 관련하여 국내에서 판매 또는 결제를 대행하거나 중개하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 관련 명세를 매 분기 말일의 다음 달 말일까지 국세청장에게 제출하여야 한다.
1. 「전기통신사업법」 제5조에 따른 부가통신사업자로서 「전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률」 제2조제3호에 따른 통신판매업자의 판매를 대행 또는 중개하는 자
2. 「여신전문금융업법」 제2조 제5호 나목에 따른 결제대행업체
3. 「전자금융거래법」 제2조 제4호에 따른 전자금융업자
4. 「외국환거래법」 제8조 제4항에 따른 전문외국환업무취급업자
5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지의 사업자와 유사한 사업을 수행하는 자로서 대통령령으로 정하는 자
3) 국세기본법 제14조【실질과세】
[2021.11.23. 법률 제18521호로 타법 개정되기 전의 것]
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
4) 국세기본법 제39조【출자자의 제2차 납세의무】
[2024.12.31. 법률 제20611호로 일부 개정되기 전의 것]
법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다)
5) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】
① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.
6) 국세기본법 제55조【불복】
① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.(이하 생략)
7) 국세기본법 기본통칙 65-0···1【각하결정사유】
① 법 제65조 제1항 제1호에 규정하는 각하결정을 하여야 하는 때에는 다음의 경우를 포함한다.
2. 불복청구의 대상이 된 처분에 의하여 권리 또는 이익의 침해를 당하지 않은 자의 불복(당사자 부적격)
다. 사실관계
1) 청구법인의 2020년 2기 부가가치세 신고내역 및 처분청의 경정내용
2) 청구법인의 2020 사업연도 법인세 신고내역 및 처분청의 경정내용
3) 청구법인의 사업자등록 기본사항
4) 2020년～2025년 청구법인 부가가치세 신고이력
라. 청구법인 제출자료 확인
청구법인은 ㈜I에서 입금된 금액 전부가 청구법인의 수입금액이 아니라고 주장하며 다음과 같은 자료를 제출하였다.
1) 2020.7.1.∼2020.12.31. 기간 정산내역(일부발췌)
상기 자료는 B 대표가 故C 대표 자녀에게 부탁하여 故C 대표 PC에서 수집한 자료이며, 가맹점주의 은행명과 계좌번호, 예금주, 정산금액 및 입금액이 표기되어 있다.
2) 2020.7.10.∼2020.12.31. 기간 청구법인 신한계좌 입출금내역정리(일부발췌)
3) D(故C 대표 弟) 사업용계좌 일부발췌
청구법인은 D의 사업용계좌에 에이닐에프앤피(변경후 상호 코리아페이먼트)에서 입금된 금액이 A으로 입금되는 거래형태가 반복되는데, 이는 청구법인의 정산출금과 동일한 패턴이라고 주장하며 D의 계좌일부를 제출하였다.
4) 국세청 부가가치세 신고자료 도움서비스 중 수입금액 조회
7) B 진술서
마. 처분청 제출자료 확인
1) 전산화면자료(Dlim Market)
처분청은 경정청구 당시 청구법인에서 증빙으로 제출했던 전산화면자료를 제출하였는데 화면 출력물에는 지사 12건, 총판 24건, 대리점 40건, 가맹점 477건, 터미널(신용카드단말기) 906건 목록이 기재되어 있으나 해당 자료의 해상도가 낮아 정확한 내용을 식별하기 어렵다.
심리담당자는 Dlim Market을 인터넷조회하였으나 상기 전산자료와 관련있는 내용은 확인되지 않았다.
2) 청구법인 경정청구 검토보고서 일부발췌(2025.11. 처분청 작성)
바. 심리담당자 확인
1) 국세청 고시 제2018-14호(2018.6.1.)
2) 심리담당자는 청구법인에게 상위 PG사와 작성한 계약서를 제출요청하였으나 제출하지 못하였고, 5쪽 [표3]에 기재된 기타출금 32억원에 대하여 “청구법인이 가맹점과 직접 계약되지 않는 가맹점에게 정산되어 지급 예정인 금액을 계약당사자(운영사,총판 등)에 출금된 금액”이라는 주장에 대한 증빙(계약서 등)을 요청하였으나 이에 관련된 증빙도 제출하지 못하였다.
3) 故C이 B에게 청구법인 사용을 요청하여 청구법인 대표자를 변경할 때 법인양수도 및 주주변경 등을 약속한 바 있는지 확인 요청한바, 청구법인은 그런 사실이 없었다고 회신하였다.
4) 청구법인 계좌내역에서 D(43억 입금, 11억 출금)과 G(12억 출금)의 거래금액(10쪽 참조)에 대한 사유를 확인요청하자
청구법인은 상기 거래금액에 대하여 상위PG사로부터 수수한 결제대행수수료 및 가맹점에게 지급될 금원을 이체한 것으로 파악했으나 C 대표 사망으로 명확한 사실관계 확인이 어려우며 추가로 제출할 수 있는 서류가 없다고 답변하였다.
5) 결제대행업체 거래관련 국세청 홈페이지 안내자료
6) 쟁점금액에 대한 결정고지 요약
사. 판단
1) 주위적 쟁점에 대하여
「국세기본법」제45조의2 제1항 단서 규정은 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있는데,
청구법인은 쟁점금액에 대한 부가가치세 및 법인세 과세예고통지서(“납세고지서를 받은 날부터 90일 이내에 국세기본법에 따른 불복청구 등을 할 수 있다.”라는 권리구제 절차가 안내되어 있음)를 2024.9.26.에 수령하였고, 과세전적부심사청구 없이 이 건에 대한 고지서를 2024.11.19. 수령하였으며, 2025.9.8. 해당 고지 건에 대하여 경정청구서를 제출하였다.
이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 고려하면, 청구법인은 이 건 부가가치세 및 법인세 결정‧고지를 안 날부터 293일이 되는 날에 경정청구를 제기하여 불복청구기간이 경과되었으므로, 처분청이 경정청구를 거절하는 취지에서 거부통지를 하였더라도 이미 불복기간이 도과하여 확정된 결정에 대하여 다시 다투어 그 결정을 변경할 수 없으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.
2) 예비적 쟁점에 대하여
청구법인은 “B는 실질적 과점주주 요건에 해당하지 아니하므로 제2차납세의무지정이 취소되어야 한다”고 주장하고 있으나,
「국세기본법」 제55조 제1항은 “이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.”고 규정하고 있다.
B가 2025.3.12. 제2차납세의무지정통지서를 수령한 후 불복청구기간 90일이 경과된 사실은 변론으로 하더라도,
B의 제2차납세의무지정으로 권리 또는 이익의 침해를 당한 사실이 없는 청구법인이 제기한 이 건 이의신청은 당사자 적격이 없는 부적법한 불복청구로 판단된다.
5. 결 론
이 건 이의신청은 심리결과 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제66조 제6항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.