이 유

1. 사실관계 및 처분내용

가. 조사관서는 청구법인에 대한 법인세 통합조사를 실시하여

 1) 청구법인의 2019사업연도에 대해 다음과 같은 쟁점관련 사항과 그 외 사항등을 적출하고, 2025.3.31. 청구법인에게 9,906백만원에 대한 소득금액변동통지서를 통보하였다.

 2) 용인세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 청구법인이 상기 소득금액변동통지에 대한 원천세를 무신고하자, 청구인 F 23백만원에 대해 2025.5.1. 2019년 과세연도 종합소득세 8백만원을 경정고지하였다.

2. 쟁점①에 대한 사항

가. 사실관계

 1) 청구법인은 1998.5.15. ‘㈜L’ 상호로 개업한 셋톱박스 등 통신장비 제조업체였으며, 현재 상호는 ㈜D로 변경하였고, 2003년 코스닥 시장에 상장하였으나, 2023년, 2024년 회계법인 감사의견 거절로 인해 현재는 주권매매 거래가 정지된 것으로 확인된다.

 2) 청구법인은 2019.7.부터 2019.9.20. ㈜J 주식 7,021,000주를 주당 4,300원, 5,000원으로 총 32,242백만원에 취득(이하 “쟁점주식거래”라 한다)하고 관계기업투자주식으로 자산 계상하였다.

 3) 조사관서는 ㈜J 주식의 시가를 특수관계 없는 자들간의 거래금액 2,000원을 시가로 보아, 부당행위계산 부인규정을 적용하여 17,576백만원을 익금산입하였고, 청구법인의 P(弟,) Q의 쟁점주식 고가매입금액 9,805백만원을 K을 소득자로 하여 기타소득으로 청구법인에 소득금액변동 통지하였다.

나. 청구법인 주장내용

 1) ㈜J 주식 매입거래의 배경

 가) 청구법인은 2016.8.3. 임시주주총회를 열어 사업목적을 바이오 분야로의 사업확장을 추진하였고, ㈜J는 혈당측정기, 혈당측정 스트립 등 바이오 센서의 특허와 기술을 보유한 기업이고, ㈜J는 지속적인 연구개발 및 기업가치 제고를 위해 자금조달이 필요하여 청구법인은 J와 협력을 통한 사업상 시너지와 바이오사업에서의 경쟁력 강화를 기대하며 ㈜J의 지분을 매입하여 경영권을 확보하기로 결정하였다.

 나) 청구법인은 2019년 총 3차례에 걸쳐 10개 법인․개인(이하 “매도인들”)으로부터 J 지분 7,021,000주(21.99%)를 확보하여 최대주주가 되었다.

 다) 조사관서는 청구법인이 2019년 ㈜J 주식 7,021,000주를 322억원에 매입한 주식거래에 있어 시가보다 높은 가격에 매수하여 이익을 분여한 것으로 보고 P, Q으로부터 취득한 거래의 경우 법인세법 제52조를 적용하여 9,805백만원을 K에게 기타소득 처분하였고, 그 외의 자들에게는 법인세법 제24조에 따라 7,771백만원을 기타사외유출 처분하였다.

 2) 쟁점 주식거래 가액은 법인세법상 시가에 해당함

 가) 법인세법상 부당행위계산부인 규정 적용시 법인세법 시행령 제89조 제1항은 “① 해당거래와 유사한 상황에서, 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 ② 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우 그 가격에 따른다”로 규정하고 있다.

 나) J 주식은 2019.7.15.～2019.9.20. 비특수관계인과의 거래가 존재하고 특수관계인과의 거래는 위 비특수관계인과의 거래와 거래목적, 거래규모, 가액산정, 예약형태 등 모든 측면이 유사하며 시기 또한 근접한다.

 다) 1차 취득과 2차 취득에는 특수관계인 거래와 비특수관계 거래가 같은 날에 이루어져 그 유사성이 더욱 높다 할 것이고, 쟁점 주식거래(@5,000원, @4,300원)와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격(@4,300원)이 있으므로 그 가격이 시가에 해당한다.

 3) 쟁점주식 거래 주당 4,300원은 판례가 제시하는 시가의 기준에 부합함

 가) 대법원 판례(대법원 2007.11.11. 선고 2006두17055 판결 등)는 특수관계자 간의 주식거래라 하더라도 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래로 판단되면 그 거래가격을 시가로 인정하고 있다.

 나) (거래배경) 청구법인은 경영상 판단을 통해 ㈜J 경영권 확보를 추진하였고, 매도인들에게 쟁점주식 매입 의사를 타진하여 매도인들이 청구 법인의 제안을 자발적으로 수용하여 주식매입이 진행되었다.

 다) (가격산출) 청구법인은 주식가격을 객관적으로 산정하기 위해 두 회계법인을 통해 주식가치 평가를 실시하여 산출된 금액의 범위는 쟁점주식 거래가액 내인 주당 4,233원과 5,875원이었다.

 라) (평가방법) 청구법인이 주식가치 평가방법으로 사용한 DCF(현금흐름할인법)방법은 대법원에서도 타당성을 인정(대법원 2005.6.9.선고 2004두 7153 판결)한 방법이며 ㈜J와 같이 지속성장하는 기업의 가치평가에 적합하다.

 마) (거래가격 공시) 청구법인은 2019.7.15. P 등과의 1차계약 체결 당일 거래내용을 자본시장법에 따라 공시하였고, 이를 열람한 2차, 3차 거래상대방들도 동일한 조건을 희망하였기 때문에 거래가격이 주당 4,300원으로 형성된 것은 당연한 결과이다.

 바) (유불리 여부) 청구법인은 주식거래 과정에서 적법한 절차를 거쳐 이사회 승인을 받았으며, 쟁점거래가 청구법인의 이익과 무관하거나 특정인에게 일방적으로 유리하게 이루어진 사정 또한 없다.(대법원2023두54006 판결참조)

 4) 조사관서가 제시하는 주당 2,000원은 시가에 해당하지 않음

 가) 쟁점주식과 같은 비상장주식은 거래의 형태나 거래주체의 상황에 따라 개별성이 매우 강하므로, 당해 거래의 규모, 인접한 시기의 다른 거래사례 등을 바탕으로 거래의 유사성 및 일반저 거래여부를 판단하며 쟁점주식거래 전후 이루어진 비특수관계자 간의 J 주식양수도 내역은 다음과 같다.

 나) 조사관서는 위 주식거래중 2019.9.16. 사설장외거래 시장에서 거래된 가격인 2,000원을 시가로 보았으나, 해당거래는 쟁점주식거래와 거래목적, 거래규모, 가액산정 등 모든측면에서 차이가 있다.

 다) 설령 사설장외거래 가액을 시가로 본다고 하더라도 상증세법 시행령 제49조제2항은 둘 이상의 시가가 존재하는 경우, 평가기준일 전후 가장 가까운 거래가액을 시가로 보고 있고, 입법취지상 법인세법의 시가 판단시에도 동일한 기준을 적용(조심2010서0901) 하여 쟁점주식거래일과 가장 가까운 거래의 가격 주당 4,000원을 시가로 보아야 한다.

 5) 매매사례가액 적용에 대한 입증책임

 가) 조사관서가 쟁점거래의 시가를 주당 2,000원으로 주장하기 위해서는 ① 비특수관계인간의 거래인 2019.7.29. 매매사례(@4,000원)가 일반적이고 정상적인 거래에 해당하지 않는다는 점과 ② 2019.9.16. 거래가격(@2,000원)이 가장 객관적인 교환가치를 반영한 가격이라는 점을 모두 입증해야 한다.(대법원2006두17055 판결)

 6) 조사관서는 청구법인과 K의 특수관계 여부에 대한 입증을 한 사실이 없어 법인세법 제52조를 적용할 수 없음

 가) 조사관서는 법인세법 시행령 제87조제1항제1호에 따라 K이 ‘임원의 임면권 행사, 사업방침의 결정 등 청구법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사’한다고 보아 청구법인의 특수관계인으로 보았으나, 법인세법 제52조를 적용하기 위한 과세요건인 특수관계 성립에 대한 입증책임은 조사관서에 있고(대법원 2012두12006 판결) 조세법률주의 원칙상 엄격하게 해석하여야 하므로 조사관서는 이에 대해 객관적이고 명확하게 입증하여야 한다.

 7) 법률 간의 충돌

 가) (자본시장법 준수의무, 형법상 배임죄) 청구법인은 상장법인으로 자본시장법에 따라 비상장주식 양수도 시 반드시 외부기관 평가를 받아야 하며, 이를 준수하지 않을 경우 임원 해임권고, 증권발행 제한 등의 제재들 받게 되며 비상장주식 거래시 적정한 거래가액이 아닌 경우 임원에게 형법상 배임죄가 성립될 수 있다.

 나) 본 사안은 자본시장법을 준수하면 법인세법 상 시가규정과 충돌하게 되는 상황으로서 회계법인의 평가가액으로 거래한 것은 자본시장법과 형법을 준수하기 위한 정당한 선택이며 이를 부당행위계산 부인 또는 의제기부금으로 과세하는 것은 납세자에게 법령 간 충돌의 책임을 전가하는 것으로 부당한 처분이다.

 8) 외부기관 평가금액의 부인

 가) 쟁점주식거래 가격의 시가성을 부인하기 위해서 조사관서는 외부평가기관이 평가한 거래가액이 객관적인 교환가치를 반영하고 있지 않다고 볼 객관적인 근거를 제시해야 하며, 외부전문가인 회계법인의 평가를 거쳐 결정한 거래가격을 부인하기 위해서는 청구법인이 그 평가에 부당하게 개입하여 의도적으로 회계법인들로 하여금 주식가격을 고가로 평가하도록 지시하였다는 등의 사정을 처분청이 증명해야 할 것이다.

다. 조사관서 의견

 1) 사실관계

 가) ㈜D는 1998.5.6. 섬유, 의복, 신발 소매업을 목적으로 설립되어, 2003.12.29. 코스닥시장에 상장된후 사업목적을 의료, 정밀과학기기 도매업으로 확장하였다.

 나) 2019.5. K(J 그룹 실사주)은 ㈜AM을 통해 청구법인을 무자본으로 인수하였으며, 청구법인은 2019.7월～9월 혈당기 제조업체인 ㈜J 주식 7백만주 상당을 322억원에 매입하여 ㈜J 최대주주가 되었다.

 다) K은 2003년 상장사(대백쇼핑) 인수 관련으로 사법처벌된 이력이 있는 자로 당시 횡령배임 사건 관련 채무로 인해 본인 명의로는 경제활동을 하고 있지 않고, 처 P를 포함한 AO(집사, 금고지기), AP(J 그룹 CFO), AQ(AO의 妻), 이상은(동생) 등의 명의로 수 개의 차명계좌와 차명법인을 이용하여 청구법인을 비롯한 계열사 등 그룹 경영권을 장악하였다.

 라) K, F(쟁점② 청구인, 청구법인 대표이사), AR(청구법인 부사장), AP(청구법인 CFO) 등 임직원 다수가 관계사 ㈜J가 코로나 19 진단키트를 국내 최초로 미국 식품의약국(FDA) 허가를 받아 수출하는 것처럼 허위정보를 유포하여 주가 조작, 허위공시, 횡령․배임등의 혐의로 서울납부지검의 수사를 받았으며 현재 재판 진행(서울남부지방법원 2022고합 476)중에 있다.

 마) J 주식 고가 매입

 (1) 청구법인은 2019.7.부터 2019.9. 기간 P(K의 妻)등으로부터 ㈜J 주식 7,021,000주를 322억원에 취득하였다.

 (2) 청구법인은 ㈜J 주식매입을 위해 회계법인에 주식가치 평가를 의뢰하였고 2개 회계법인의 평가결과에 따라 1주당 4,300원, 5,000원의 가격으로 매수한 것으로 소명하였다.

 (3) ㈜J 주식은 비상장주식임에도 비상장주식 거래소 등에서 활발하게 거래된 주식으로, 2019년 증권거래세 결정내역 기준 주식신고 결정된 주식수는 4,366,813주이며 총매매가액 6,966백만원으로 주당 양도가액은 1,595원이며, 2019.7.16. 기준 ㈜J 비상장주식 간이평가시 주당 평가액은 1,558원, 2019.8. AO(K의 집사)의 지시로 Q이 AT에서 ㈜J주식 42,250주를 주당 @1,780원～1,850원으로 매수하였고, 2019.9.16. AO의 지시로 Q은 본인이 대표인 ㈜AU 명의로 AD 등으로부터 ㈜J 주식 500,000주를 주당 @2,000원에 매수하였다.

 (4) 한편 청구법인은 쟁점 고가매입 주식거래가 종료된지 불과 3개월만에 쟁점주식에 대해서 12,480백만원의 손상차손을 인식하였다.

 (5) 조사관서는 쟁점주식의 시가를 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 중 청구법인에 가장 유리한 가격인 @2,000원으로 시가를 판단하였고, P, Q이 청구법인에 매도한 J 주식은 K이 명의신탁한 주식으로 명의신탁 증여의제로 과세예고 통지하였고, P, Q의 고가매입주식은 소득자를 K으로 하여 익금산입, 기타소득 처분하였다.

 2) 청구법인의 ㈜J 주식 고가매입에 대한 익금산입액 9,805백만원과 관련하여 거래가액 4,300원, 5,000원은 법인세법상 시가에 해당하지 않음

 가) K은 2016.2.4.부터 2017.10.16.까지 ㈜J 대표이사를 역임하였고 이후에도 사실상 ㈜J를 계속하여 지배, 경영한 자이며 ① K은 초록뱀그룹등의 재무적 투자자들로부터 인수자금을 조달한 후 ㈜AM의 가수금 형식으로 대여하여 2019.5.23. 청구법인의 경영권을 취득하고, ② 청구법인은 2019.7.～9월 전환사채 발행 및 유상증자 등을 통해 440억원의 자금을 조달 ③ 해당자금으로 김소희등으로부터 J 주식을 고가에 매입 ④ K은 P의 주식매각대금을 ㈜AM에 가수금 형식으로 대여 ⑤ 2019.7.19. ㈜AM은 K 대여금으로 청구법인의 유상증자에 단독 참여하여 청구법인의 최대주주가 되었다.

 나) 검찰 수사내용에 따르면 청구법인은 계획된 쟁점주식 가격범위를 미리 회계법인에 통지하고, 회계법인은 이진용측이 제시한 자료를 기반으로 하여 청구법인이 제시한 가격 범위내에서 주식가액을 결정한 사실이 확인된다.

 다) 2개 회계법인의 당시 주식가치평가는 현금흐름할인법으로 평가한 바, 검찰수수자료에 따르면 J에 대한 실사과정 없이 이진용측이 제시한 값에 의해 평가되었으며, J의 예상매출 규모가 지나치게 과대평가되어 구체적인 산정과정에 위법이 있었던 것으로 확인되었다.

 라) 쟁점주식 거래는 주식매매과정이 매우 이례적이고 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래에 해당한다.

 (1) 청구법인이 J 주식을 취득할 때 J 2대주주였던 ㈜BA 등 제3자들에 대한 매수자 물색이나 가격협상 내역이 없고, 유독 소수의 비율을 가진 재무적투자자들에게만 거래를 일방적으로 유리하게 제안하여 매매사례가액을 조작한 사실이 확인된다.

 (2) 검찰수사자료에 따르면 쟁점주식 고가매입자 중 강민구는 2018년 K이 돈을 벌 수 있으니 좀 사두라는 제안을 받고 배우자 X 명의로 J 구주를 취득하였고, 2019.8.1. 별도 협의과정 없이 K이 시세보다 높은 가격인 @4,300주에 사주겠다고 제안하여 바로 매도한 것으로 진술, BB는 J 그룹의 회계법인 담당으로 배우자 Y 명의로 주식을 취득하고 2019.8.1. @4,300원에 청구법인에 양도하고 매매차익이 발생하였으나 AO이 재투자를 요청하여 4억원을 돌려주고 현재까지 받지 못하고 있는 것으로 진술한 점을 볼 때 청구법인은 매수인을 특정하여 고액매수한 것으로 확인되므로 경제적 합리성이 결여된 비정상적인 거래이다.

 마) 법인세법 시행령 제89조제1항에 따른 규정을 적용하여 정당한 시가를 산출하였다.

 (1) 청구법인은 특수관계인 외 불특정다수인(X, Y 등)과 거래한 가격 @4,300원 혹은 특수관계인이 아닌 제3자간(AC→Q)에 거래된 가격 @4,000원이 시가에 해당하는 것으로 주장하나, AC(청구법인 감사 BC의 처)와 Q(K의 차명) 사이의 거래는 집사인 AO을 통해 가격이 결정된 것으로, 불특정다수인 간의 가격협상을 통해 정해진 가액이 아니므로 시가로 볼 수 없다.

 바) 조사관서는 J 주식거래에 대한 다양한 가격산정방법을 검토하였고 청구법인에 가장 유리한 매매사례가액 @2,000원을 시가로 산정하였다.

 (1) J 주식은 비상장주식임에도 바이오사업에 대한 열기가 높아 장외사이트 등에서 거래가 활발하게 이루어진 종목이며, 2019년 증권거래세 신고결정된 ㈜J 주식의 평균거래가액은 @1,595원으로 확인된다.

 (2) 검찰 압수수색 시 확보한 주식매입내역(AP PC, 이메일)을 보면 청구법인은 쟁점주식 취득시기 2019.8.경 AO의 지시로 Q이 AT에서 J 주식 4,250주를 주당 @1,780～@1,850원에 취득한 사실이 확인되고, ㈜AU는 BD 등 제3자로부터 총 500,000주를 주당 @2,000원에 취득한 사실 등으로 볼 때, 청구법인의 주장과 같이 쟁점주식 시가를 4,300원, 5,000원으로 볼 수는 없다.

  (3) 한편 ㈜J 주식의 보충적평가방법에 따른 주당 가액은 @1,558원이며, 검찰은 쟁점주식의 적정시가를 비상장주식 거래사이트 거래시세가액 @2,000원으로 보고 배임혐의를 적용하였다.

 사) 법원은 비상장주식 거래사이트에서 이루어진 소액거래도 당시 시세에서 크게 벗어난다는 등 특별한 사정이 없는 한 시가에 해당한다고 판단하였다.

 (1) 대법원(대법원 2003두4447 판결등)은 비상장주식 시가와 관련하여 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 관한 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 일반적이고 정상적인 거래사례가 있는 경우 매매사례가액을 시가로 삼아야 한다고 판단하고 있다.

 (2) 서울행정법원(서울행정법원 2022구합79091 판결)은 시가 인정기준 금액미만의 소액거래라는 이유만으로 그 거래가액을 시가에서 배제할 것이 아니라 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액에 해당하는 이상 소액의 거래가액이라도 시가로 인정할 수 있고, 비상장주식 거래사이트를 통해 거래된 비상장주식 소액거래에 대해 특수관계 등 친분관계가 없는 거래당사자들이 각자의 경제적 이해관계에 따라 비상장주식을 매매한 것이라면 특별한 사정이 없는 한 통상적으로 성립되는 가액에 해당한다고 판시하였다.

 (3) 위 판례에 비추어 당해 사안에서 제3자 간 소액거래에서의 매매사례가액이 당시의 시세에서 벗어난 금액이라고 볼 수 없다면 이를 시가로 봄이 타당하고, @2,000원은 납세자에게 가장 유리한 가격을 적용한 것이다.

 3) 쟁점주식 취득 후 3개월만에 청구법인은 ㈜J 주식가치를 평가 감액하여 고가 매입을 스스로 인정하였다.

 가) 2021.8.17. 청구인의 2019귀속 사업보고서 정정내역에 따르면 김소희등으로부터 주당 4,300～5,000원에 취득한 ㈜J 주식을 재평가하여 12,480백만원의 손상차손을 인식하였으며, 청구법인 스스로 당초 ㈜J 주식을 고가로 매입하였음을 인정한 공인된 회계감사인의 판단이다.

 4) K은 청구법인의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자로 특수관계자에 해당한다.

 가) 법인세법 제2조 제12호는 “특수관계인이랑 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다.”고 규정하고 있고 같은법 시행령 제2조제5항제1호는 “임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족”을 특수관계인으로 규정하고 있다.

 나) ① 검찰 수사자료 공소내용 ② 청구법인 내 K이 사업적 의사결정등을 위해 단독으로 사용하는 물리적 장소(부회장실)가 존재 ③ 청구법인 카드를 K이 ‘부회장’으로 사용 ④ K이 사내, 대외적으로 부회장으로 칭하는 점 ⑤ 청구법인 회원권 사용자에 K이 존재하는 점 등을 볼 때 K이 청구법인에 실질적인 영향력을 행사한 자에 해당한다.

 다) 그 외 AY(청구법인 전 사주), BF(K이 청구법인 인수시 자급 차입한 재무적투자자), BG(K의 제안에 따라 J 그룹 입사), BH(청구법인 전 CFO), BI(J 직원), BJ(재무적투자자) 등의 진술과 서울남부지검에서 확인한 조직도, 법인자금 관련현황, 청구법인 압부수색시 K의 증거인멸 정황, 녹취록 등의 자료를 통해 K이 청구법인을 실질적으로 지배한 사실이 확인된다.

라. 관련법령 등

 1) 관련법령

 가) 법인세법 제2조【정의】

[시행 2019.1.1.] [법률 제16008호, 2019.12.31. 개정 이전의 것 이하같다.]

  이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

  12. "특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

 가-1) 법인세법 시행령 제2조【정의】

  ⑤ 법 제2조제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. <신설 2019.2.12.>

   1. 임원(제40조제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(「상법」제401조의2제1항에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(「국세기본법 시행령」제1조의2제1항에 따른 자를 말한다. 이하 같다)

   2. 제50조제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족

   3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족

   가. 법인의 임원ㆍ직원 또는 비소액주주등의 직원(비소액주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)

   나. 법인 또는 비소액주주등의 금전이나 그 밖의 자산에 의해 생계를 유지하는 자

   4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

   5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 「국세기본법 시행령」제1조의2제4항에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

   6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인

 나) 법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

  ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

  ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 나-1) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】

  ① 법 제52조제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

   1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우

  ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항제8호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다.

  ③ 제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다

 다) 법인세법 제89조【시가의 범위】

  ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

  ⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다.

 라) 법인세법 제68조【소득처분】

  다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보(社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

  2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

 라-1) 법인세법 시행령 제106조【소득처분】

  ① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다.

   1. 익금에 산입한 금액(법 제27조의2제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

   나. 귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

   라. 귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득

마. 조사내용

 1) 청구법인이 2019.7.16.부터 2019.9.20.까지 ㈜J 주식 7,021,000주를 P 등으로부터 주당 5,000원 내지 4,300원을 적용하여 32,242백만원에 취득한 사실에 대해, 조사관서는 ㈜J 주식의 시가는 2,000원이며, 고가에 매입한 것으로 보아 17,576백만원을 익금산입 및 P, Q으로부터 취득한 주식의 고가매입 9,805백만원에 대해서는 K에게 기타소득 처분하고 청구법인에 소득금액 변동통지서를 송부하였다.

 가) 청구법인 2019년 J 주식 취득내역

 나) 조사관서 주식 고가매입 익금산입 내역

 2) 쟁점주식 고가매입에 대한 조사관서의 조사종결보고서 내용은 다음과 같다.

 3) 청구법인은 쟁점거래 중 특수관계 없는 X 등의 거래가액 4,300원과 쟁점거래 외의 비특수관계자 간 거래인 AC의 주식양도가액 4,000원을 쟁점주식 거래의 시가로 보아야 하는 것으로 주장하고 있고,

   조사관서는 X, Y 등의 거래는 K이 지정해준 가격으로 결정되었고, 일부는 재투자 명목으로 받아 간 이후 현재까지 반환하지 않았으며, AC 거래가액도 K의 집사역할을 하는 AO이 거래가격을 지정해준 것으로 불특정다수인 간의 이루어지는 통상적인 가격으로 볼 수 없는 것으로 주장하고 있다.

 4) 조사관서는 P, Q이 청구법인에 양도한 ㈜J 주식 3,371,000주는 청구법인의 실사주인 K이 명의신탁한 주식으로 보아 K에게 기타소득 처분하였고, K의 주식명의신탁 사실에 대해 P 등에게 청구외 증여세 부과처분한 내용은 다음과 같다.

 가) P 증여세 조사종결보고서

3. 쟁점②에 대한 사항

가. 사실관계

 1) 청구법인은 2019.1.1.부터 2019.12.31.까지 하나카드 등 77개 법인 신용 카드를 운용하여 총 6,590건, 389백만원을 사용하고 복리후생비, 여비교통비 등의 계정과목으로 손금산입하였다.

 2) 조사관서는 청구법인의 신용카드 사용내역에 대해 공휴일 사용액 등 업무무관 사용금액 102백만원을 손금불산입하고 실제 사용자 및 대표자(병합 청구인 F 포함)에게 상여처분하였고 관련 내용은 다음과 같다.

나. 청구인들 주장

 【청구법인 ㈜D】

 1) 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 처분청이 그 입증책임을 부담하여야 한다.

 가) (근거과세의 원칙) 국세기본법 제16조【근거과세】제3항은 처분청이 국세를 조사․결정할 때 장부의 기록내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 과세관청이 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 규정하고 있다.

 나) 처분청이 납세의무자가 갖추고 있는 장부의 내용을 부인하려면 그 장부 또는 그에 관한 증거자료보다 더 신빙성이 있는 증거자료를 제시하여야 하며(대법원 1996.12.10.선고 96누11105 판결), 증명의 난이도 및 당사자의 형평 등을 고려하여 납세의무자에게 그 증명의 필요를 돌리는 경우가 있으나, 그와 같은 경우란 처분청에 의하여 납세의무자가 신고한 어느 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우를 가리키는 것으로서, 그러한 증명이 전혀 없는 경우에까지 납세의무자에게 곧바로 필요경비에 대한 증명의 필요를 돌릴 수는 없으므로(대법원 97누15463, 1999.1.15.) 처분청이 그러한 증명을 하지 못한 경우에는 납세자가 신고한 비용을 함부로 부인할 수는 없다고 판시(대법원 2012두7776, 2015.6.23.)한 바 있다.

 다) 청구법인은 해당 비용을 재무팀장의 내부통제 및 승인하에 복리후생비 등 적절한 계정과목으로 회계처리하였고, 세법에서 정하는 규정에 따라 성실하게 신고하였음에도 조사관서가 청구법인의 신고내용을 부정하고 업무관련성이 없다고 주장하려면 구체적인 증거자료를 제시해야 한다.

 라) (법인카드 사적사용에 대한 입증책임) 법인카드는 원칙적으로 업무에 사용된 것으로 추정되며, 이를 소지한 임직원이 사적으로 사용하였다고 보아 소득처분을 하기 위해서는 이를 주장하는 처분청이 입증해야 하며, 입증책임을 다하지 않은 상태에서 사적사용으로 보아 소득처분을 한 것은 근거과세 원칙에 반하는 처분이다.

 마) 처분청은 사용목적이나 업무 연관성에 대한 충분한 조사 없이 단지 가맹점 업종, 사용시간대(평일 저녁,새벽, 공휴일 등) 등 외형적인 정보만을 근거로 사적사용한 것으로 과세하였으나, 해당 업종에서의 지출은 복리후생비, 기업업무추진비로 사용되었을 가능성이 있어 이를 사적사용으로 단정할 수 없고 처분청이 구체적인 입장자료를 통해 업무무관성을 밝혀야 한다.

 - 또한 실제 업무현장에서는 야근, 주말근무, 거래처 접대 등으로 인하여 평일 저녁, 새벽, 공휴일 등 시간대에 법인카드 사용이 발생할 수 있음에도 단순히 시간대를 기준으로 사적사용으로 추정하여 과세하였다.

 2) 처분청은 법인세법상 추정 규정이 없음에도 청구법인에게 입증책임을 전가하였다.

 가) ‘세법상 추정’이란 세법에 일정한 요건을 충족하면 특정사실이 성립된 것으로 규정함으로써, 처분청이 명확한 직접 증거 없이도 과세할 수 있도록 허용하는 법률상의 개념이며, 이는 처분청이 과세자료 확보가 곤란한 경우, 간접적이고 외형적인 사실에 기초하여 과세의 정당성을 확보하기 위한 제도적 장치로 가능하며 납세자가 반대되는 증거를 제시하면 그 추정은 번복된다.

 나) 따라서 세법상 추정규정은 일반적인 입증책임에 대한 예외적 규정으로, 이를 적용하기 위해서는 반드시 법령에 명시적으로 규정되어 있어야 합니다. 이에 대하여 헌법재판소는 “추정 조항은 과세요건에 배치되는 사실의 입증책임을 과세관청이 아닌 납세자에게 부담시킨다는 점에서 예외적인 규정이다(헌법재판소2002헌바9916, 2003.12.18.)”라고 판시하였다.

 라) 법인카드에 대한 세법상 추정규정이 없음에도, 처분청은 손금에 대한 입증책임을 청구법인으로 전환하여 과세하였는데, 법인세법상 법인카드에 대한 추정 규정은 존재하지 않으며, 이에 따라 손금에 대한 1차적인 입증책임은 원칙적으로 처분청에 있다.

 마) 이에 대해 대법원은 “법인세의 과세표준인 소득액 확정의 기초가 되는 손금에 산입할 비용액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다(대법원94누3407, 1995.07.14.)”라고 판시하였으나, 처분청은 일정한 객관적 사실(업무무관업종, 업무외시간에 사용)만을 근거로 법인카드 사용내역을 사적사용으로 추정하여 청구법인에게 소명을 요청하였고 이에 대해 청구법인이 소명하지 못하자, 해당 사용내역을 모두 사적사용으로 간주하여 소득처분하였다.

 바) 이는 처분청이 사실상 세법에 존재하지 않는 추정규정을 창설하는 입법행위와 다름없습니다. 이러한 과세방식을 허용하는 것은 처분청이 특정 업종과 시간대의 사용내역에 대하여 일률적으로 과세가 가능하게 하는 위법·부당한 결과를 초래합니다.

 사) 따라서 처분청이 객관적 사실관계를 근거로 법인카드 사용내역을 사적 사용으로 추정하고, 그에 대한 입증책임을 청구법인에 전가하여 과세한 것은 세법상 추정규정을 남용한 것으로 위법·부당한 처분입니다.

 【청구인 F 】

 1) 청구법인 카드사용내역 중 상당부분이 업무관련 지출임에도 명확한 사전통지 없이 일괄적으로 사적사용으로 간주되어 상여처분하였다.

 2) 대표이사 사적사용으로 보기 어려운 지출(거래처 접대비, 출장 관련 지출 등)에 대해서도 일괄적으로 상여처분이 이루어졌으며 이는 사실관계에 대한 정밀한 검토없이 행해진 처분으로 부당하다.

 3) 청구인은 사적사용에 대해 어떠한 자료도 제시받지 못했고, 당시 모든 비용을 업무목적으로 사용하였으나, 세무조사 당시 충분한 소명기회를 부여받지 못한 상태에서 부과된 세금은 부당하며 재조사를 통해 업무관련성 여부를 명확히 확인하여 업무목적 사용여부를 판정해야 한다.

다. 조사관서 의견

 1) 청구법인의 쟁점 신용카드 사용금액은 업무무관 비용에 해당한다.

 가) 청구법인은 법인 신용카드를 공휴일에 사용하거나 유흥주점 및 골프장 등에 사용하고 이를 복리후생비 등 손비로 계상하였고, 조사관서는 검찰 수사자료등을 토대로 사적으로 사용한 혐의금액을 특정하여 업무관련성 여부 및 실제 카드사용자를 소명 요청하으나, 청구법인은 실제 카드사용자, 업무와 관련성 여부를 입증할 수 있는 객관적인 자료를 전혀 제시하지 못하였다.

 나) 조사관서에서 청구법인 조사착수시 예치한 청구법인 서류에도 신용카드 사용금액 총액만 기재되어 있고, 업무관련성 여부(예: [접대비] 계상의 경우 거래상대방, 동행자, 접대목적, [여비교통비의 경우 출장목적, 출장지, 출장자 등]에 대한 자료는 확인되지 않았다.

 다) 청구법인은 신용카드 사용금액의 사적사용에 대한 입증책임이 조사관서에 있는 것으로 주장하나, 청구법인은 2019.5. J를 인수하였으나 이를 위한 영업부서는 확인되지 않으며, 청구법인이 신규거래처 확대를 위해 노력한 사실도 없고, 검찰 수사내용에 따르면 J 직원들이 해왔던 업무를 그대로 유지하며 중간에 청구법인이 유통으로 끼어드는 구조로 변경된 사실만이 확인된다.

 라) 2022.5. 서울남부지방검찰청은 청구법인을 포함한 관계사 및 다수 임직원에 대해 압수수색을 실시하였고, 조사관서에서 서울남부지검이 확보한 청구법인 신용카드 사용자 및 관련 문답내용은 다음과 같다.

 마) 상기 검찰 수사와 같이 청구인을 포함한 임직원 다수가 청구법인의 신용카드를 업무와 관련없이 무분별하게 사용한 사실이 확인되고, 청구법인의 법인카드를 국내 공휴일에 사용하거나 골프장 및 유흥주점 등에서 사용한 점, 세무조사 당시 업무관련성 여부 및 카드사용에 대하여 소명하지 못한 점 등에 따라 귀속자가 불분명한 사외유출금액에 대하여 대표자 상여로 소득처분한 것은 타당하다.

 2) 법인카드는 원칙적으로 업무에 사용된 것으로 추정되며 이를 사적 사용한 것으로 보아 소득처분을 하기 위해서는 이를 주장하는 처분청이 입증해야 한다는 주장에 대하여

 가) 법인세는 납세의무자의 신고납부에 의해 확정되는 신고납세방식이며 과세표준과 필요경비의 입증책임이 과세관청에 있다는 기준을 예외없이 관철할 경우 공평과세의 측면에서 심각한 문제가 발생할 수 있어, 입증책임의 분배는 납세의무자의 협력의무도 감안하여 정하는 것이 타당하며,

 나) 대법원(대법원 2002두1588, 2024.9.23.)은 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입금액에서 필요경비를 공제한 것이므로 수입금액 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다 할 것이다.

 3) 결어.

 위와 같이 청구법인 및 청구인의 주장이 이유 없으므로 이 사건 기각하여야 한다.

라. 관련법령 등

 1) 관련법령

 가) 법인세법 제19조【손금의 범위】

  ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

  ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 나) 법인세법 제27조【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】

  내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 나-1) 법인세법 시행령 제50조【업무와 관련없는 지출】

  ① 법 제27조제2호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지출금액을 말한다.

   1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 직원은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. 다만, 법인이 「대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률」 제35조에 따른 사업을 중소기업(제조업을 영위하는 자에 한한다)에 이양하기 위하여 무상으로 해당 중소기업에 대여하는 생산설비와 관련된 지출금 등은 제외한다.

마. 조사내용

 1) (청구법인 처분내용) 조사관서는 청구법인의 법인카드 사용액 중 102백만원을 청구법인 업무와 관련없는 비용으로 보아 손금불산입 및 상여, 기타소득으로 소득처분하였으며 관련 세무조정 및 소득처분 내용은 다음과 같다.

 가) 청구법인 법인세 경정결의서 소득금액 조정명세 (손금불산입 102,161,285원)

 나) 업무무관 법인카드 사용액 소득금액변동통지

 2) (청구인 F 처분내용) 용인세무서장은 청구인 F의 상여처분금액 23백만원에 대해 2019년 과세연도 종합소득세 8백만원을 경정고지하였으며 관련 경정결의 내용은 다음과 같다.

 3) 쟁점②와 관련된 조사관서의 조사종결보고서 내용은 다음과 같다.

 4) 조사관서 제출자료에 따르면 청구법인은 2019년 기간 기업비씨 4140-0304-****-**** 등 법인카드 382백만원을 사용하고 복리후생비 등 계정과목으로 전액 손금산입한 것으로 확인된다.

 5) 조사관서는 검찰 수사자료 등을 토대로 법인카드 실제 사용자를 확인하고, 업무관련 여부에 대한 소명요구 미회신금액, 국내공휴일 사용금액 등에 대해 업무와 관련없는 비용으로 보아 102백만원을 손금불산입하고 실제 사용자에게 상여․기타소득 처분하였고, 사용자가 확인되지 않는 금액은 당시 대표이사에게 상여처분하였으며 관련 내용은 다음과 같다. 

 가) 업무무관비용 실제 사용자 소득처분내역(예시 : 청구인 F)

  (1) 공휴일 사용금액 총 64건, 5,681,584원

  (2) 소명요구 미회신금액 총 18건, 10,490,500원

 나) 업무무관비용 귀속 불분명 대표자 상여처분 (예시 : 청구인 F)

 5) 청구인들은 조사관서가 쟁점 법인카드 사용금액에 대해 업무와 무관하다는 사실을 조사․확인한 사실이 없는 것으로 주장하고 있고, 조사관서는 청구법인에게 법인카드 사용금액에 대해 업무관련성 여부를 소명요구하였으나 이에 대한 소명자료를 제출한 사실이 없는 것으로 주장하고 있고 관련내용은 다음과 같다.

 가) 조사관서 법인카드 사용금액 소명요구 내역(2025.2.5.)

 나) 청구법인 법인카드 소명자료 제출내역(사용자 및 업무관련여부 미소명)

 6) 조사관서는 쟁점 청구기간 외 2020년～2023년 기간의 법인카드 사용액에 대해서도 업무무관 비용으로 보아 388백만원을 손금불산입하고 청구법인에 세무조사결과 통지하였고, 청구법인은 국세청에 과세전적부심사청구를 제기하여, 불채택 결정되었으며 관련 내용은 다음과 같다.

 가) 2020년～2023년 법인카드 업무무관 관련 손금불산입 및 소득처분 내역

 나) 국세청 과세전적부심사청구 결정내용 (불채택)

4. 판단

 가. 쟁점①애 대하여

청구법인은 쟁점주식 거래가액 4,300원 등은 회계법인이 평가한 금액내에서 비특수관계자 간 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 시가에 해당하는 것으로 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제40조 제1항 제2호 소정의 ‘시가’라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하는 것으로, 증권거래소에 상장되지 않은 비상장주식이라도 위와 같은 객관적인 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래의 실례가 있으면 그 거래가격을 시가로 봄이 상당하다고 할 것이다(대법원 1994.12.22. 선고 93누22333 판결, 1997. 9. 26. 선고 97누8502 판결 등 참조).

  조사관서 제출자료에 따르면, 청구법인이 쟁점주식의 대부분을 매입한 P, Q은 청구법인의 실사주 K의 주식을 명의신탁 받은 자로 확인되었고, ㈜S로 역시 K이 실제 지배하고 있는 법인으로 청구법인과 특수관계자에 해당하며 서로 간에 가격협상 없이 K 측에서 나름의 목적으로 결정한 가격으로 거래가 이루어진 것으로 보인다.

쟁점거래 매도인 Q은 쟁점주식 거래당시 ㈜J 주식을 @1,850원 등에 매수한 사실이 확인되고, 청구외 ㈜AU는 ㈜J 주식을 @2,000원에 매수한 사실과 서울남부지방검찰청 공소장 내용에서 ㈜J 주식의 당시 시세를 2,000원으로 보고 K이 부정한 이득을 취한 것으로 기소한 사실이 확인된다.

청구법인은 2019.7.29. AC가 Q에게 양도한 주식 200,000주의 1주당 가액 4,000원이 쟁점주식 거래일과 거래시기가 근접하여 이를 시가로 보아야 하는 것으로도 주장하나, 조사관서가 제출한 서울남부지검 수사자료에 따르면 해당 거래는 Q이 매수한 이후 청구법인에 양도하기 위한 거래를 구성하는 단계에서 별도의 가격협상 없이 결정된 가액으로 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 것으로 볼 수는 없다.

한편 청구법인은 쟁점주식을 1주당 4,300원 등에 취득하여 관계기업투자주식 계정과목으로 계상하였으나, 청구법인의 2019년 사업보고서 정정내역을 보면 손상차손 129억원을 차감한 사실 등을 볼 때 청구법인이 김소희등으로부터 매입한 쟁점주식의 1주당 가격 4,300원과 5,000원은 적정한 시가로 보기 어렵다.

  따라서 조사관서가 특수관계 없는 제3자간 거래가격인 2,000원을 시가로 적용하고 쟁점주식 고가매입에 대해 P, Q 양도주식의 실제 소유자인 K을 소득자로 한 소득금액변동통지는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 나. 쟁점②애 대하여

청구인들은 쟁점카드 비용이 업무목적으로 사용되었을 가능성을 배제할 수 없고, 조사관서가 업무목적외에 사용하였다는 과세요건 사실에 대해 입증한 사실이 없어 쟁점카드비용을 손금불산입한 당초 처분은 부당한 것으로 주장하여 이에 대해 살펴본다.

  법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합된다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결 참조).

  조사관서는 청구법인의 카드 사용내역 중 사용일, 사용시간, 사용처 등을 조사하여 사적사용이라고 의심할만한 객관적인 기준을 통해 일부 카드 사용내역을 선정하여 청구법인에 소명을 요구한 사실을 볼 때, 조사관서가 사적 사용에 대해 입증이 전혀 없는 것으로 볼 수는 없다.

  쟁점 카드비용에 대하여 사적사용이 아님을 입증할 수 있는 자는 관련 사실관계의 대부분을 지배하고 있는 청구법인이며, 청구법인은 조사관서의 소명요구에 대해 과세요건사실의 입증책임이 원칙적으로 과세관청에 있다는 점만 주장할 뿐 관련 증빙을 제출하지 않았으며, 쟁점카드비용이 사적 사용금액이 아님을 입증할만한 객관적인 자료도 확인되지 않는다.

따라서, 조사관서가 쟁점카드비용을 업무무관비용으로 보아 손금불산입하고 귀속자에 따라 소득처분한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조제6항 및 제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.