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부존재확인의 소송 판결이 확정되었기에...
과세적부불채택
부존재확인의 소송 판결이 확정되었기에 불균등증자에 따른 증여세 과세예고통지는 부당하다는 청구주장의 당부
적부-중부청-2026-0008생산일자 2026.03.12.
AI 요약
요지
쟁점법인의 법인세 신고내역 및 주주서면 결의서 등을 통해 쟁점법인의 유상증자 행위가 있었던 것으로 확인되는 점, 주주인 청구인의 배우자는 조사청의 쟁점법인에 대한 세무조사 기간 중에 신주발행 부존재 확인의 소를 제기한 점, 판례에서도 부존재확인 소송의 승소판결이 확정되고 그로 인하여 법인등기부에 발행주식 등이 증자 이전의 상태로 회복되었다고 하더라도, 그 판결이 당사자 사이에 담합하여 실제로 주주총회결의나 이사회결의가 부존재하는 것이 아님에도 부존재하는 것처럼 제소하여 받은 것이라면 증여세 부과처분에 아무런 영향을 미칠 수 없다고 판시한 점 등에 비추어, 조사청에서 청구인에게 불균등증자에 따른 증여이익에 대한 증여세를 과세하겠다는 통지를 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
상세내용

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. ㈜A(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 20XX.X.X. 개업하여 경기도 OO시 OO번길 OO에서 식품제조가공업을 영위하고 있으며, 20XX.X.X. 유상증자를 통해 추가발행주식 XX주를 대표자인 청구인 B에게 배정하였고 증여세 신고는 하지 않았으며, 쟁점법인의 주식변동내역은 아래와 같다.

나. C지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 20XX.X.X.부터 20XX.X.X.까지 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시하여, 20XX.X.X. 청구인에게 「상속세 및 증여세법」제39조의 규정을 적용하여 계산한 불균등증자에 따른 증여이익에 대해 증여세 XX원의 세무조사결과통지를 하였으며, 그 산정내역은 아래와 같다.

     

     * 증자 후 1주당 평가액

다. 청구인은 이에 불복하여 20XX.X.X. 본 건 과세전적부심사를 청구하였다.

2. 청구주장

가. 사실관계

 1) 청구인은 쟁점법인의 대표이사로, 쟁점법인은 식품제조업 등을 영위하는 중소기업이고, 주주는 청구인 B(1/3), 청구인의 배우자 D(1/3), 청구인의 자녀 E(1/3)이 동일한 지분율로 지분을 갖고 있다.

 2) 쟁점법인은 성실하게 사업을 영위하던 중, 당 회사의 회계담당자의 주도로 20XX.X.X.에 액면금 X원의 신주 X주를 청구인에게 배정하는 내용의 유상증자를 단행하였다.

 3) 회계담당자는 쟁점법인의 자본금 X백만원은 매출에 비해 너무 작다는 조언을 듣고 위와 같은 이유로 유상증자를 진행하였으나, 당시 회사의 상황은 증자를 통한 자금 조달 등 증자 필요성이 전혀 없는 상황이었다.

 4) 그런데, 위 유상증자는 「상법」제416조 강행규정에 반하여 이사회 결의 없이 이루어졌고, 증자된 신주는 순자산가치의 1/40도 안 되는 현저히 불공정한 가격으로 발행된바, 뒤늦게 위와 같은 사실을 안 주주 D은 20XX.X.X. 쟁점법인을 상대로 신주발행부존재 확인의 소를 제기하였고, 20XX.X.X. 해당 증자는 부존재한다라는 부존재 확인 판결을 받았다.

나. 과세처분의 부당성

 1) 민법상 증여는 당사자 일방이 무상으로 재산을 상대방에 수여하는 의사를 표시하고 상대방이 이를 승낙함으로써 그 효력이 생긴다고 규정하고 있다.

 2) 본 건은 청구인(수증자) C과 증여자인 E, F은 유상증자 당시 불균등 증자에 따른 이익의 증여에 대해서 전혀 인지한 바가 없으며, 증여자와 수증자 사이에 증여를 할 이유가 없고, 증여의사가 전혀 없었다.

 3) 보통의 증여는 직계존속이 직계비속에게 하는 것이 일반적이며, 직계비속이 직계존속에게 증여하는 형태인바, E의 증여의사가 없다는 것은 경험칙에도 부합한다.

 4) 지분비율 변동에 따른 손해를 뒤늦게 안 D이 소제기를 통해해당 유상증자는 부존재함이 판결로 확인되고, 위 판결은 확정되었기에, 해당 증여로 볼 수 있는 증자 행위가 부존재한바, 해당 증여 역시 부존재한다.

 5) 불균등증자와 관련한 상증세법상 취지는 자본시장을 보호하고, 주주의 이익을 침해하거나 편법을 동원한 증여행위를 방지하고자 하는 것에 의의를 가질 것이다.

 6) 그러나 쟁점법인은 지분율 100% 가족회사로, 상호간 지분비율을 변동할 이유가 전혀 없었고, 만약 불균등증자로 증여를 한다면 자녀에게 증여하는 것이 일반적이라고 사료된다.

 7) 국세기본법상 실질과세의 원칙과 세법해석의 기준에 의거하여도, 해당 과세를 할 수 있는 어떠한 행위도 존재하지 않으며, 실제 이익이 부존재함에도 과세로 인하여 납세자의 재산권을 부당하게 침해할 우려가 있다.

 8) 따라서 해당 증여는 당사자간 증여의사가 전혀 없었고, 당시 유상증자도 부존재 판결이 확정된바 해당 증여행위도 존재하지 않으므로, 과세예고된 증여세는 취소되어야 마땅하다고 사료된다. 부디 세법이 규정하는 조세의 정의와 형평, 과세의 실익에 대해 심리하시어 선처를 부탁드린다.

3. 조사청 의견

가. 사실관계 등

 1) 쟁점법인의 등기사항증명서 및 20XX년 귀속 법인세 신고 시 제출한 주식등변동상황명세서에 의하면, 이 사건 증자로 인한 자본금 증액, 주식수 증가, 청구인의 주식인수 사실이 확인되는 등 증자는 외관상 정상적으로 이루어졌다.

 2) 증여인인 배우자 D 및 자녀 E은 청구인의 가족이자 주주로서, 각자가 날인한 주주서면결의와 유상증자 이후 20XX년 귀속 법인세 신고 시 주식변동상황명세서 및 재무제표 등을 통해 유상증자 사실을 충분히 인지할 수 있었음에도 세무조사 전까지 절차상 신주발행 무효 또는 부존재와 관련한 이의제기가 없었다.

  - 쟁점법인을 상대로 OO지방법원 OO지원에 신주발행부존재 확인 소송을 제기한 시기는 조사청에서 실시한 주식변동조사 중인 20XX.X.X.이었던 점,

  - 이해관계가 상충되는 자간의 소송이 아닌 특수관계자간의 소송으로서 무변론 판결1)을 받은 점 등을 감안할 때, 세무조사에 따른 증여세를 회피하기 위한 사후조치인 것으로 판단된다.

나. 결론

 1) 법원에서도 “증여세부과처분이 있은 후에 증자에 관한 주주총회결의나 이사회결의의 부존재확인 소송의 판결이 확정되고 증자 이전의 상태로 회복되었다고 하더라도, 그 판결이 당사자 사이에 담합하여 부존재하는 것처럼 제소하여 받은 것이라면 증여세부과처분에 영향을 미칠 수 없는 것”(서울고등법원2006누30753, 2007.3.16. 판결 참조)이라고 판시하고 있는 점,

 2) 이 사건 증자는 외관상 정상적으로 이루어진 것으로서, 이 사건 증여세부과처분 조사결정 시까지 약 2년 반 동안 원고 C은 물론 다른 주주로부터도 아무런 이의제기가 없었던 점,

 3) 쟁점법인의 사내이사인 배우자 C과 주주이자 자녀인 D은 이 사건 증자 이후 20XX 및 20XX 사업연도 법인세 신고 시 주식등변동상황명세서와 재무제표 등을 통하여 이 사건 증자 사실을 충분히 인식할 수 있었을 것으로 보이는 점,

 4) 주식변동세무조사 사전통지서를 받았음에도 별다른 조치를 취하지 않다가 세무조사 시작 이후 신주발행 부존재 확인소송을 제기한 점,

 5) 위 소송 과정에서 피고인 측인 청구인은 적극적으로 다투지 아니하여 무변론종결난 상태로 원고승소 판결이 선고되어 확정된 점 등에 비추어 보면,

 6) 세무조사 시작 후 제기된 신주발행 부존재 확인소송은 이 사건 증자가 유효함에도 증여세 부담을 회피하고자 원고와 청구인이 담합하여 제기한 것으로 봄이 상당하다.

 7) 따라서, 유상증자로 인한 신주발행이 부존재한 것으로 판결이 선고되어 확정되었다고 하더라도, 세무조사 결과에는 아무런 영향을 미칠 수 없으므로 세무조사 결과통지에 따른 종합소득세 과세는 적법하기에 본 건 과세전적부심을 불채택 결정하여 주시기 바란다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

부존재확인의 소송 판결이 확정되었기에 불균등증자에 따른 증여세 과세예고통지는 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 2) 국세기본법 제18조【세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지】

  ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

 3) 상속세 및 증여세법 제39조【증자에 따른 이익의 증여】[제19195호, 2022.12.31.]

  ① 법인이 자본금(출자액을 포함한다. 이하 같다)을 증가시키기 위하여 새로운 주식 또는 지분[이하 이 조에서 "신주"(新株)라 한다]을 발행함으로써 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이익을 얻은 경우에는 주식대금 납입일 등 대통령령으로 정하는 날을 증여일로 하여 그 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다.

   1. 신주를 시가(제60조와 제63조에 따라 평가한 가액을 말한다. 이하 이 조, 제39조의2, 제39조의3 및 제40조에서 같다)보다 낮은 가액으로 발행하는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 이익

    가. 해당 법인의 주주등이 신주를 배정받을 수 있는 권리(이하 이 조에서 "신주인수권"이라 한다)의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 그 포기한 신주[이하 이 항에서 "실권주"(失權株)라 한다]를 배정(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인이 같은 법 제9조제7항에 따른 유가증권의 모집방법(대통령령으로 정하는 경우를 제외한다)으로 배정하는 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우에는 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익

    나. 해당 법인의 주주등이 신주인수권의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 실권주를 배정하지 아니한 경우에는 그 신주 인수를 포기한 자의 특수관계인이 신주를 인수함으로써 얻은 이익

    다. 해당 법인의 주주등이 아닌 자가 해당 법인으로부터 신주를 직접 배정(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조제12항에 따른 인수인으로부터 인수ㆍ취득하는 경우와 그 밖에 대통령령으로 정하는 방법으로 인수ㆍ취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)받음으로써 얻은 이익

    라. 해당 법인의 주주등이 소유한 주식등의 수에 비례하여 균등한 조건으로 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 직접 배정받음으로써 얻은 이익

 4) 상속세 및 증여세법 시행령 제29조【증자에 따른 이익의 계산방법 등】[제33278호, 2023.2.28.]

  ② 법 제39조제1항에 따른 이익은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다. 다만, 증자 전ㆍ후의 주식 1주당 가액이 모두 영 이하인 경우에는 이익이 없는 것으로 본다.

   1. 법 제39조제1항제1호 가목, 다목 및 라목에 따른 이익 : 가목의 규정에 따라 계산한 가액에서 나목에 따른 가액을 차감한 가액에 다목에 따른 실권주수 또는 신주수를 곱하여 계산한 금액

    가. 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액. 다만, 주권상장법인등의 경우로서 증자후의 1주당 평가가액이 다음 산식에 의하여 계산한 1주당 가액보다 적은 경우에는 당해 가액

부존재확인의 소송 판결이 확정되었기에 불균등증자에 따른 증여세 과세예고통지는 부당하다는 청구주장의 당부

    나. 신주 1주당 인수가액

    다. 배정받은 실권주수 또는 신주수(균등한 조건에 의하여 배정받을 신주수를 초과하여 배정받은 자의 경우에는 그 초과부분의 신주수)

 6) 민법 제555조【서면에 의하지 아니한 증여와 해제】

증여의 의사가 서면으로 표시되지 아니한 경우에는 각 당사자는 이를 해제할 수 있다.

 7) 상법 제363조【소집의 통지】

  ① 주주총회를 소집할 때에는 주주총회일의 2주 전에 각 주주에게 서면으로 통지를 발송하거나 각 주주의 동의를 받아 전자문서로 통지를 발송하여야 한다. 다만, 그 통지가 주주명부상 주주의 주소에 계속 3년간 도달하지 아니한 경우에는 회사는 해당 주주에게 총회의 소집을 통지하지 아니할 수 있다.

  ② 제1항의 통지서에는 회의의 목적사항을 적어야 한다.

  ③ 제1항에도 불구하고 자본금 총액이 10억원 미만인 회사가 주주총회를 소집하는 경우에는 주주총회일의 10일 전에 각 주주에게 서면으로 통지를 발송하거나 각 주주의 동의를 받아 전자문서로 통지를 발송할 수 있다.

  ④ 자본금 총액이 10억원 미만인 회사는 주주 전원의 동의가 있을 경우에는 소집절차 없이 주주총회를 개최할 수 있고, 서면에 의한 결의로써 주주총회의 결의를 갈음할 수 있다. 결의의 목적사항에 대하여 주주 전원이 서면으로 동의를 한 때에는 서면에 의한 결의가 있는 것으로 본다.

  ⑤ 제4항의 서면에 의한 결의는 주주총회의 결의와 같은 효력이 있다.

  ⑥ 서면에 의한 결의에 대하여는 주주총회에 관한 규정을 준용한다.

 8) 상법 제376조【결의취소의 소】

  ① 총회의 소집절차 또는 결의방법이 법령 또는 정관에 위반하거나 현저하게 불공정한 때 또는 그 결의의 내용이 정관에 위반한 때에는 주주ㆍ이사 또는 감사는 결의의 날로부터 2월내에 결의취소의 소를 제기할 수 있다.

 9) 상법 제380조【결의무효 및 부존재확인의 소】

제186조 내지 제188조, 제190조 본문, 제191조, 제377조와 제378조의 규정은 총회의 결의의 내용이 법령에 위반한 것을 이유로 하여 결의무효의 확인을 청구하는 소와 총회의 소집절차 또는 결의방법에 총회결의가 존재한다고 볼 수 없을 정도의 중대한 하자가 있는 것을 이유로 하여 결의부존재의 확인을 청구하는 소에 이를 준용한다.

 10) 상법 제416조【발행사항의 결정】

회사가 그 성립 후에 주식을 발행하는 경우에는 다음의 사항으로서 정관에 규정이 없는 것은 이사회가 결정한다. 다만, 이 법에 다른 규정이 있거나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다.

  2. 신주의 발행가액과 납입기일

  2의2. 무액면주식의 경우에는 신주의 발행가액 중 자본금으로 계상하는 금액

  3. 신주의 인수방법

 11) 민사소송법 제256조【답변서의 제출의무】

  ① 피고가 원고의 청구를 다투는 경우에는 소장의 부본을 송달받은 날부터 30일 이내에 답변서를 제출하여야 한다. 다만, 피고가 공시송달의 방법에 따라 소장의 부본을 송달받은 경우에는 그러하지 아니하다.

  ② 법원은 소장의 부본을 송달할 때에 제1항의 취지를 피고에게 알려야 한다.

  ③ 법원은 답변서의 부본을 원고에게 송달하여야 한다.

  ④ 답변서에는 준비서면에 관한 규정을 준용한다.

 11) 민사소송법 제257조【변론 없이 하는 판결】

  ① 법원은 피고가 제256조제1항의 답변서를 제출하지 아니한 때에는 청구의 원인이 된 사실을 자백한 것으로 보고 변론 없이 판결할 수 있다. 다만, 직권으로 조사할 사항이 있거나 판결이 선고되기까지 피고가 원고의 청구를 다투는 취지의 답변서를 제출한 경우에는 그러하지 아니하다.

  ② 피고가 청구의 원인이 된 사실을 모두 자백하는 취지의 답변서를 제출하고 따로 항변을 하지 아니한 때에는 제1항의 규정을 준용한다.

  ③ 법원은 피고에게 소장의 부본을 송달할 때에 제1항 및 제2항의 규정에 따라 변론 없이 판결을 선고할 기일을 함께 통지할 수 있다.

다. 사실관계

 1) 조사청의 증여세 과세예고내역은 다음과 같다

 2) 국세청 전산망상 쟁점법인의 사업자등록 사항은 다음과 같다.

 3) 쟁점법인의 2023년 유상증자 후 주식변동 내역은 다음과 같다.

4) 쟁점법인의 법인세 신고내역은 다음과 같다.

 5) 다음은 쟁점법인의 20XX∼20XX 사업연도 재무상태표로, 유상증자 후 자본금이 XX백만원에서 XX백만원으로 증가한 사실이 확인된다.

[2022∼2023 사업연도 쟁점법인 재무상태표]

 6) 다음은 청구인의 배우자 C이 20XX.X.X. 쟁점법인을 상대로 법원에 제출한 소장으로, 쟁점법인이 이사회 결의 없이 현저히 불공정한 가액으로 이루어진 유상증자는 부존재하는 행위라고 주장한 사실이 확인된다.

[청구인의 배우자 제출 소장(1/3)]

[청구인의 배우자 제출 소장(2/3)]

[청구인의 배우자 제출 소장(3/3)]

 7) 다음은 20XX.X.X.자 의정부지방법원 남양주지원의 판결문으로, 쟁점법인의 유상증자 주식 X천주에 대해 부존재 확인 판결을 한 사실이 확인된다.

[신주발행 부존재 확인의 소 판결문]

 8) 다음은 쟁점법인의 등기부등본으로, 20XX.X.X. 총발행주식수를 X천주에서 X천주로 유상증자 하였다가, 20XX.X.X. 다시 X천주로 환원한 사실이 확인된다.

[쟁점법인 등기부등본]

 9) 다음은 쟁점법인의 유상증자 전·후의 주주명부이다.

[쟁점법인 주주명부(유상증자 전)]

[쟁점법인 주주명부(유상증자 후)]

 10) 다음은 20XX.X.X.자 주주서면 결의서로, 청구인을 포함한 주주 3인이 유상증자를 결의한 사실이 확인된다.

[주주 서면 결의서(1/2)]

[주주 서면 결의서(2/2)]

 11) 다음은 쟁점법인의 정관으로, 청구인의 주장과 같이 이사회 결의에 대한 내용이 없는 것으로 확인된다.

[쟁점법인 정관(1/5)]

[쟁점법인 정관(2/5)]

[쟁점법인 정관(3/5)]

[쟁점법인 정관(4/5)]

[쟁점법인 정관(5/5)]

라. 판단

 청구인은 신주발행 부존재 확인의 소를 통해 유상증자 행위가 부존재하여 증여세 과세예고통지는 부당하다고 주장하기에 이에 대해 살펴본다.

「상속세 및 증여세법」제39조에서는, 법인이 자본금을 증가시키기 위하여 새로운 주식을 발행함으로써 해당 법인의 주주등이 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기한 경우로서 해당 법인이 그 포기한 신주를 배정하는 경우, 그 실권주를 배정받은 자가 실권주를 배정받음으로써 얻은 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다고 규정하고 있다.

 살피건대, 쟁점법인의 법인세 신고내역 및 주주서면 결의서 등을 통해 쟁점법인의 유상증자 행위가 있었던 것으로 확인되는 점, 주주인 청구인의 배우자는 조사청의 쟁점법인에 대한 세무조사 기간 중에 신주발행 부존재 확인의 소를 제기한 점,

판례에서도 부존재확인 소송의 승소판결이 확정되고 그로 인하여 법인등기부에 발행주식 등이 증자 이전의 상태로 회복되었다고 하더라도, 그 판결이 당사자 사이에 담합하여 실제로 주주총회결의나 이사회결의가 부존재하는 것이 아님에도 부존재하는 것처럼 제소하여 받은 것이라면 증여세 부과처분에 아무런 영향을 미칠 수 없다고 판시한 점 등에 비추어,

 조사청에서 청구인에게 불균등증자에 따른 증여이익에 대한 증여세를 과세하겠다는 통지를 한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결 론

이 건 과세전적부심사청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유가 없다고 인정되므로「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.


1) 「민사소송법」제256조에 따라 피고가 원고의 청구를 다투는 경우에는 소장의 부분을 송달받은 날부터 30일 이내에 답변서를 제출하여야 하며, 피고가 답변서를 제출하지 아니한 때에는 동법 제257조에 따라 청구의 원인이 된 사실을 자백한 것으로 보고 변론 없이 판결