주 문

OO지방국세청장이 OOOO.OO.OO. 청구법인에게 한 2020년부터 2024년 5개 사업연도의 법인세 550,058,700원의 세무조사결과통지 중 1. 2020 사업연도에 대한 과세전적부심사청구는 『심사제외』결정하고, 2. 2020 사업연도 채무의 출자전환 주식평가 시 퇴직급여 추계액 부채 해당 여부를 『재조사』하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 산정하여 다시 통지하며, 3. 나머지 청구는 이를 『불채택』결정합니다.

이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. 청구법인은 1974.2.2. 설립되어 OO도 OO시에서 옥석과 활석 등 광석의 채광 및 판매를 주요 사업으로 영위하는 법인으로, 통지관서는 2026.1.22.부터 2026.3.12.까지 청구법인의 2020년부터 2024년까지 사업연도에 대한 법인통합조사를 실시하였다.

나. 통지관서는 조사 결과 청구법인이 2020 사업연도 법인세 신고 당시 전기말 재고 과대계상에 따른 전기오류 수정손실 765,603,000원을 영업외비용으로 계상한 사실을 확인하고 이를 손금불산입하고 기타로 처분하였다.

다. 또한 통지관서는 청구법인이 2020년 법인세 신고시 채무의 출자전환 과정에서 발생한 채무면제이익 1,764,443,079원을 신고 누락한 사실을 확인하고, 이를 익금산입하고 기타로 처분하였다.

라. 이에 따라 통지관서는 2020년 사업연도 과세표준을 2,530,046,079원 증액한 후 이월결손금 감소에 따라 2021년부터 2022년 사업연도 과세표준 경정 및 2023년 사업연도 법인세 21,285,440원, 2024년 사업연도 법인세 528,773,260원을 과세할 예정이라는 내용으로 2026.3.18. 세무조사결과통지를 하였고, 2020년 사업연도의 경우 국세부과 제척기간 만료가 임박함에 따라 2026.3.25. 법인세 과세표준 등 결정(경정) 통지를 하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2026.4.24. 이 건 과세전적부심사청구를 제기하였다.

2. 청구주장

가. 전기오류수정손실 765,603,000원 손금불산입(기타)

 1) 해당 전기오류수정손실은 청구법인이 2020년 결산시에 영업이익을 달성하기 위해 매출원가를 차감시키고 동일한 금액을 전기오류수정손실(감사보고서상 잡손실로 표시)로 영업외비용을 증가시킨 것에 불과하며, 전기오류수정손실을 입력한 전표는 해당연도의 과세소득에 영향이 없는 사안이다.

 청구법인이 입력한 회계전표는 다음과 같다.

상기와 같이 차변은 비용의 발생이며, 대변은 비용의 차감으로 기초 재고를 수정하는 행위는 당해연도 손익계산서에 아무런 영향을 미치지 않으며, 상기 전표를 삭제시킨다고 해도 청구법인의 당기순이익은 변하지 않는다.

 2) 청구법인이 적요에 “전기말 등외품 재고 과대 계상에 따른 전기오류수정손실”로 기재한 이유는 당시 회계감사인인 회계법인 OO(이하 ‘회계감사인’이라 한다)에 회계감사를 수검받기 위해 매출원가 중 일부를 영업외비용으로 분류하는 것이 적절하다는 것을 어필하기 위해서였는데, 회계감사인은 전기에 재고자산에 대해 전량 현장 재고실사를 통해 확인하였고, 전기말 재고 수량과 금액에 이상이 없었는데 ‘전기오류수정손실’과목을 사용하는 것은 전기말 회계감사를 부인하는 것으로 절대 용납되지 않는다는 의견을 표시하였다.

 3) 그러나 청구법인은 회계감사인에게 전기오류가 안된다면 잡손실로라도 매출원가에서 빼서 영업외비용으로 옮겨달라고 부탁했으며, 회계감사인은 당시 회사에 영업이익 표시가 절대적으로 필요한 시기라는 데에 공감하고 이를 승인해주어 최종적으로 감사보고서에는 765백만원을 잡손실에 포함하여 공시하였다.

 4) 만약 청구법인의 재고자산이 무려 765백만원이나 전기에 과대평가 되었다면 전기에 재고자산을 과대평가할 실익이 있었어야 하나, 전기의 당기순이익은 무려 23억원에 달해 굳이 765백만원의 재고자산을 과대평가할 이유가 없었다. 또한, 그러한 오류가 있었더라면 청구법인이 전기 재무제표를 정정공시하고 감사인으로부터 감사보고서를 재발행받은 후에 2019년에 납부한 417백만원의 법인세 중 일부를 환급받는 편이 적절한 대응책이나 그렇게 하지 않은 것은 전기의 오류는 없었다는 것을 보여주는 방증이 될 수 있다.

 5) 한편, 청구법인은 조사 기간 중 2020년 재고자산(원석)수불부를 제출하였으며, 이를 보면 기초 원석은 전기말 재무상태표에 계상된 4,836,761,151원임을 확인할 수 있었다. 그럼에도 불구하고 전기말 재고자산이 과대평가되었다는 것은 정확한 사실관계 확인이 되지 않았다고 볼 수 있다.

 6) 결론적으로, 청구법인의 재고자산이 전기말에 과대평가되었다는 방증이 없는 상태에서 매출원가에서 비용을 차감하여 영업외비용으로 손익의 재구성하는 전표임에도 불구하고 그 전표 중 한쪽의 전기오류수정손실만을 손금불산입하여 과세소득에 추가하는 것은 부당하므로 이를 시정하여야 한다.

나. 채무면제이익 1,764,443,079원 손금불산입(기타)

 1) 통지관서는 2020.8.31.을 기일로 하는 출자전환에 대해 출자전환된 채무의 가액이 발행되는 주식의 시가를 초과한다고 판단하여 그 초과된 금액을 채무면제이익으로 보고 「법인세법」제17조에 의거하여 익금으로 산입하였다.

 2) 본 항목의 쟁점은 청구법인의 2020.8.31. 현재의 주식의 1주당 시가 980,529원과 통지관서에서 판단한 1주당 시가 857,150원이 다르다는 것이며, 청구법인이 판단한 시가가 옳음을 주장하는 바이다. 청구법인이 주장하는 요지는 다음 표와 같다.

 3) 청구법인의 2020.8.31.의 출자전환 내용은 다음과 같다.

 4) 통지관서는 출자전환 당시 1주당 발행가액이 980,529원이나 통지관서가 판단한 시가 857,150원에 비해 123,379원만큼 고가로 발행하였다고 판단하여 「법인세법」제17조 및 「법인세법 시행령」제11조제6호에 의하여 그 차액에 발행한 주식수를 곱한 1,764,443,079원을 과다하게 면제받은 채무면제이익으로 판단하여 익금에 산입하였다.

 5) 조사 당시 통지관서에 제출한 2020.6.30.을 평가기준일로 하는 회계법인 OO이 발행한 「상속세 및 증여세법 시행령」제54조에 의한 비상장주식평가보고서와 통지관서가 동 기준일로 평가한 주식가치의 차이 내역은 다음과 같다.

 6) 상기 【표3】에서 보는 바와 같이 1주당 손익가치에 대해서는 청구법인과 통지관서 간 이견이 없고, 1주당 순자산가치에 대해서만 이견이 있는데 1주당 순자산가치가 발생하는 원인은 다음과 같다.

 7) 상기 【표4】에서 회계법인 OO의 평가액과 통지관서의 차이내역 중 광업권 평가차이 (-)723,874,583원과 영업권 제거 (-)498,519,886원은 통지관서가 2020년의 전기오류수정손실 765,603,000원을 부인한 후 2019년의 과세소득에서 동 금액을 차감하여 광업권과 영업권을 평가함으로 인해 발생한 것으로, 전기오류수정손실에 대한 청구법인의 주장이 모두 인용된다면 발생하지 않을 차이이다. 광업권과 영업권에 대해 당초 회계법인 OO이 평가한 내용과 통지관서가 본 조사 시 평가한 내용의 차이는 다음과 같다.

 8) 한편, 【표4】에서 회계법인 OO의 평가액과 통지관서의 차이내역 중 퇴직금 추가 (-)199,990,704원은 통지관서가 2020.6.30. 현재로 지급해야할 퇴직금을 부채로 계상한 것이나 청구법인은 이미 2020.6.30. 현재의 재무상태표에 208,904,544원을 미지급비용으로 하여 부채로 계상하고 있어 반영할 필요가 없는 조정이다. 청구법인은 확정기여형 퇴직연금제도(DC)를 도입하였으며 결산일 현재 불입하지 않은 퇴직연금에 대해서는 미지급비용으로 계상하고 있다. 청구법인의 2020년 6월 중 미지급비용 계정별원장에 의하면 다음과 같이 2020년 상반기 퇴직연금 미불입액을 부채로 계상하고 있음이 확인된다.

 9) 또한, 【표4】에서 통지관서가 출자전환된 선수금 14,625,977,406원을 부채에서 차감하여 순자산가치를 증가시킨 것은 출자전환가액을 확정하기 위해 주식가치를 평가하는 단계에서는 여전히 부채에 포함해야 하며, 1주당 순자산가치의 산출을 위해서는 마찬가지로 출자전환하기 직전의 발행주식수 13,740주를 적용해야 하고 출자전환으로 발행된 주식 14,301주를 더한 28,041주를 적용해서는 안된다. 통지관서가 적용한 「법인세법」제17조제1항제1호는 채무의 출자전환으로 인해 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식등이 제52조 제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액을 익금불산입에서 제외하고 있다. 그러므로 주식의 시가는 발행하기 직전의 회사의 재무상태로 평가해야 하며, 아직 발생하지 않은 출자전환을 주식평가에 고려할 수는 없을 것이다. 또한, 국세청에서는 출자전환하는 회사의 비상장주식가치 평가시 출자전환되는 채무는 부채에 가산하고 발행주식수는 출자전환하기 전의 발행주식수를 적용하여 순자산가치를 평가하는 것이 타당하다고 유권해석(서면-2015-법령해석재산-2404)하고 있다. 청구법인은 이러한 규정에 따라 평가하였고 이와 다른 방법으로 평가한 통지관서의 평가방법은 위법하다. 통지관서의 평가방법은 불공정자본거래에 따른 증여이익 계산시 증자후 주가를 계산하는 방법으로 관련 규정을 오인하여 계산한 것으로 추정된다.

 10) 종합적으로, 통지관서가 주장하는 채무의 출자전환 과정에서 발생한 채무면제이익의 익금산입 1,764,443,079원은 그 시가를 평가함에 있어 청구법인이 평가한 금액과 달리 볼 근거가 없으므로 전액 이를 시정하여야 한다.

다. 추가의견

 1) 청구인의 2019년과 2020년 재고자산수불부를 보면 2019년말과 2020년 기초재고자산이 재무제표와 일치하는 것을 알 수 있다. (청구인이 회계감사 받는 과정에서 수정해야하는 것을 반영하지 못해서 발생한 오류 일부 있으나 2020년 기말 재고자산에 미치는 영향은 미미함.)

한편, 2020년 전기오류수정손실 인식 전표에는 ‘전기말 등외품 재고 과대계상에 따른 전기오류수정손실’로 기재되어 있는바, 해당 문구는 재고자산의 수량이 과다하게 계상된 것이 아니라 과대평가되었다는 의미이다. 청구법인은 영업이익의 달성을 위해 전기말 등외품 평가 시 당기(2020년) 중 판매가격에 못미친다는 점에 착안하여 전기말 재고자산평가충당금을 765,603,000원을 더 계상했었어야 한다는 의미이나, 청구인이 법인세법상 신고한 재고자산평가방법은 「법인세법시행령」제74조제1항제2호에 따른 “저가법”이 아니기 때문에 2019년과 2020년의 재고자산평가충당금은 전액 손금불산입되어 있다. 즉, 재고자산의 평가와 관련한 비용은 법인세법상 손금산입 대상이 아니므로 2019년에 재고자산평가충당금을 과소 계상하였다고 해서 2019년의 과세소득이 과소 신고된 것이 아니며, 2020년 소득에서도 조정될 사항이 아닌 것이다.

 2) 통지관서는 청구법인이 계상한 미지급비용(DC퇴직연금)과 통지관서가 조사 시에 수령한 퇴직금추계액이 별도임을 주장하나, 미지급비용에 포함된 인원은 77명이며 퇴직금추계액에 포함된 인원은 71명으로 산출시점 차이(퇴직금 추계액은 8월말)를 고려하면 두 자료가 동일한 직원을 대상으로 하며 산출 방식도 똑같음을 알 수 있다(2019년말 11월까지 미지급비용 계상 후 결산시점까지 추가로 발생한 DC미불입액을 계산하였음). 청구법인의 2019년과 2020년 전 직원 급여대장으로 대사하여 보면 회사의 미지급비용 계상이 완전하다는 것을 알 수 있다.

 3) 청구법인의 주주인 중국인 OOOO는 본인의 채권인 청구인의 선수금을 출자전환하며 청구법인 발행 주식수의 51%를 기존 주주에게 요청하였으며, 이를 위해 발행해야 하는 주식수는 양자간에 이견없이 「상속세 및 증여세법」제63조와 「상속세 및 증여세법 시행령」제54조에 따른 “비상장주식가치평가”에 의해 산출되는 금액에 따르기로 합의하였다.

 또한, 주식회사가 신주를 발행하기 위해서는 「상법」 제416조와 418조에 의해 발행할 신주의 1주당 발행가액과 수를 결정하여 납입기일 2주 전까지 주주에게 통지하거나 공고하여야 한다.

이에 청구법인은 납입기일인 2020.9.1.의 최소한 2주 전까지 1주당 발행가액을 결정하여야 하는데 「상속세 및 증여세법 시행령」제54조와 제55조에 따른 평가기준일을 납입기일의 다음날인 2020.9.2.로 본다면 2020년 8월 중에 2020.9.2.의 순자산가치를 평가해야 하는 아이러니가 발생한다. 따라서, 실무적으로 유상증자 혹은 매매일 경우 그 전에 가장 가까운 시점을 정하여 가결산 재무제표를 작성하고 실제 유상증자일 혹은 매매일의 중대한 차이가 발생하였을 경우에만 이를 고려하는 것이 현실이다.(부산지방법원 2013.02.08. 선고 2012-구합-1182 참조). 청구인은 가장 가까운 분기결산일인 2020.6.30. 현재의 가결산 재무제표를 활용하여 순자산가치를 평가하였으며, 처분청에서도 이에 대해서는 이의를 제기하지 아니하였다.

 한편, 출자전환 전 채권자인 OOOO는 청구인에게 채무면제이익을 제공할 목적이 전혀 없었기 때문에 만약 채무면제이익이 발생하지 않기 위해 노력했었다면 1주당 발행가액을 산출하기 위해서는 채무에서 제외되어야 하는 선수금을 산출해야 하는데 그러기 위해서는 1주당 주식가치가 평가되어야 하는 순환논리에 빠지게 된다.

 대법원 판례 2026.4.30. 선고 2025두34763의 판결요지 또한 「법인세법」 제17조제1항제1호 단서는 이러한 점을 고려하여 시가초과발행액의 경제적 실질을 채무면제액으로 포착하여, 통상의 다른 채무면제익과의 과세상 형평을 기하려는 데에 그 목적 및 취지가 있다는 것이다. 그렇다면 채권자인 OOOO가 청구인의 채무를 면제시키려는 의도가 분명히 있어야 할 것인데 주식 발행전 시가를 「법인세법」과 「상속세 및 증여세법」준용하여 평가한 것이 이러한 의도가 없음을 입증한다.

 이에 청구인은 「법인세법」 제52조제2항에 따른 시가를 준용하여 시가를 평가하였으며 발행가액도 이와 동일함을 주장하는 바이다.

3. 통지관서 의견

가. 세무조사결과통지일로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하에 해당되어 과세전적부심사 청구가 불가함.

청구주장에 대한 본격적인 반론에 앞서, 이 건 과세전적부심사청구가 적법한 청구인지에 관하여 먼저 살펴볼 필요가 있다.

 「국세기본법」은 원칙적으로 납세자가 과세예고통지(또는 세무조사결과통지)를 받은 날로부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있으나, 예외적으로 과세예고통지일로부터 국세부과제척기간 만료일까지의 기간이 3개월 미만인 경우에는 그렇지 아니하다라고 규정하고 있으며(「국세기본법」제81조의15 제2항, 제3항 제3호), 과세전적부심사청구가 적법하지 아니한 경우에는 심사하지 아니하는 결정을 내리도록 규정하고 있다(「국세기본법」제81조의15 제5항).

그리고 「과세전적부심사 사무처리규정」에 따르면, 세무조사결과 등 통지를 한 날로부터 국세부과제척기간의 만료일까지 기간이 3개월 이하인 경우에는 보정요구 없이 심사제외하는 결정을 내리도록 규정하고 있다(「과세전적부심사 사무처리규정」 제52조제4항, 제45조제3항, 제5조제3호).

  이 사건에서 청구법인이 다투는 내용은 청구법인의 2020년 귀속 법인세에 관한 세무조사결과통지 내용으로, 통지관서는 2026.3.18. 청구인에게 2020년 귀속 법인세 과세표준 2,530,046,079원을 증액하는 내용의 세무조사결과통지를 하였고, 청구법인의 2020년 귀속 법인세 부과제척기간은 5년이 적용되어 그 만료일이 2026.3.31.인바, 통지관서가 청구법인에 이 사건 세무조사결과통지를 한 날부터 국세부과 제척기간 만료일까지 기간은 3개월 이하이다.

이 사건과 유사하게 적법한 과세예고통지 또는 세무조사결과 통지가 있었고 그로부터 국세부과 제척기간 만료일까지 3개월 이내의 기간만이 남은 상태에서 납세자가 과세전적부심사청구를 제기한 사안에 관하여, 심사제외 결정이 내려진 경우가 다수 있다(적부-국세청-2025-0016, 적부-국세청-2025-0042 등 참조).

즉, 이 사건은 관계 법령상 청구법인에 대한 보정요구 없이 심사제외 결정을 내려야 하는 사안에 해당하는바, 달리 청구법인의 주장을 더 나아가 살필 필요가 없으므로 심사제외 결정을 내려야 한다.

나. 2019년 기말 재고자산이 과다계상된 것으로 보아 전기오류 수정손실 765,603,000원을 손금불산입한 처분은 정당함.

 1) 처분내용

  청구법인은 2020.12.31. 다음과 같이 ‘전기말(2019년말) 등외품 재고 과대 계상에 따른 오류’로 전기오류수정손실 765,603,000원을 계상하였고, 해당 전기오류수정손실은 2019년 손금산입(△유보), 2020년 손금불산입(유보)로 처분하여야 함에도 이를 2020년 귀속 손금으로 처리하였다.

  처분청은 전기오류수정손실이 2020년 귀속 손금이 아닌 것으로 판단하여 2020년 전기오류수정손실 765,603,000원을 손금불산입하고 기타로 처분하였다.

 2) 청구주장에 대한 반박

청구법인이 전기오류수정손실을 계상한 것은 영업이익 표시가 절대적으로 필요한 시기이기에 매출원가를 영업외비용으로 대체하기 위한 분개일 뿐, 실제 2019년 기말 재고자산 과대계상은 없었다고 주장하나, 청구법인은 회계감사를 받는 법인으로 매출원가를 영업외비용으로 대체하는 것은 비정상적인 감모손실이 발생하는 등 특정한 경우에만 가능한 것임에도 이제와서 전기 기말재고는 실사를 해서 틀린 것이 없다는 주장만 할 뿐 그를 입증하는 서류를 전혀 제출하지 않았으며,

  특별한 사유가 없다면 이는 분식회계에 해당되는 바, 청구대리인인 ‘회계법인 OO’은 청구법인의 회계감사인으로 그러한 분식회계를 방지하여야 할 의무가 있음에도, 회계감사인 본인이 단순히 청구법인의 요청에 따라 분식회계를 행하였다는 등의 잘못된 회계감사를 진행하였다는 주장은 신뢰할 수 없다.

또한, 청구법인의 주장대로 실제 2019년 기말 재고자산이 과대계상된 사실이 없다면 적요에 ‘전기말 등외품 재고 과대계상에 따른 오류 전기오류수정손실’이라는 구체적 사항을 적을 이유가 전혀 없고,

  청구법인은 조사 기간 중 상기와 같은 사유에 대해 전혀 이야기한 적이 없으며, 전기오류수정손실 계상분에 대한 소명 요구에도 2019년 기말 재고자산이 과대계상 되었음을 시인하고 조사를 마무리하였다.

조사 진행 당시만 하더라도 2019년 기말 재고자산 과대계상 사실에 대하여 인정하고 있던 청구법인이 조사 종결 이후 돌연 위 인정 사실을 번복하는 것은, 추정컨대 기말 재고자산 과대계상에 따른 2019년 귀속 전기오류수정손실에 있어 법인세의 부과제척기간이 경과함으로 인하여 손금으로 인정받을 수 없게 되자 상기와 같이 종전 인정 사실과 배치되는 주장을 하는 것으로 보인다.

  또한, 청구법인은 2019년 당기순이익이 23억원에 달해 2019년 기말재고가 과다되었다면 재무제표를 정정공시하고 2019년 법인세를 환급받는 것이 적절한 대응임에도 그렇게 하지 않은 것은 전기의 오류는 없었다는 것을 보여주는 방증이라고 주장하나,

청구법인은 「광업법」제83조에 따라 당월의 생산량, 판매량, 월말재고 등을 기재하는 광물생산보고서를 산업통상자원부장관에게 제출하여야 하는 법인으로, 광물생산보고서의 내용이 사실과 다를 경우 「광업법」제104조에 따라 500만원 이하의 과태료를 부과받는 등의 문제가 발생하므로 전기말 재고를 수정하기 보다는 당해연도의 손금으로 계상한 것으로 보인다.

다. 출자전환 당시 청구법인의 1주당 순자산가치 평가는 적정함.

 1) 처분내용

  청구법인은 2020.9.1. 채무의 출자전환시 2020.6.30.자로 「상속세 및 증여세법」상 보충적평가방법에 따라 평가한 가액인 1주당 980,529원에 신주 14,301주를 발행하였고, 액면가액 초과분 전액을 주식발행액면초과금으로 계상하였다.

  처분청은 다음과 같은 항목을 반영하여 청구법인의 비상장주식을 1주당 857,150원으로 평가하고 시가와 발행가액의 차액에 발행주식수를 곱하여 1,764,443,079원을 채무면제익으로 보아 익금산입하였다.

  2) 청구법인의 2019년 과다계상된 당기순이익을 차감하여 광업권을 평가한 것은 적정함.

   광업권의 평가방법은 평가기준일 전 3년간 각사업연도소득금액의 평균에 채굴가능연수를 곱한 것으로, 청구법인의 2019년 기말 재고자산 과다계상에 따라 2019년 당기순이익 또한 과다계상되어 있으므로, 통지관서는 광업권 평가시 2019년 사업소득금액에서 기말 재고자산 과다계상액 765,603,000원을 차감하고 광업권을 평가하여 1주당 순자산가치를 산정하였다.

   전기오류정손실 회계처리 내용에 따라 실제로 2019년 기말 재고자산이 과다계상되어 있다면 광업권 평가 시 2019년 사업소득금액에서 기말 재고자산 과다계상액을 차감하여 1주당 순자산가치를 평가한 처분은 정당하다.

   그 외, 청구법인은 영업권 평가차이 498,519,886원이 광업권과 동일한 사안이라 주장하나, 영업권 평가차이가 발생한 사유는 다음과 같이 평가기준일인 2020.9.2. 현재의 자기자본 차이도 있으므로 2019년 재고자산이 과다계상된게 아니라고 하더라도 초과이익금액이 △1,238,702,921원이 되어 영업권 평가차이는 여전히 발생한다.

 3) 청구법인은 퇴직금 제도도 함께 운영한 것으로 판단되므로 정확한 퇴직급여추계액 계산하여 부채에 가산하여야 함.

통지관서는 청구법인의 1주당 순자산가치 산정 시 청구법인이 퇴직급여추계액을 제출하며 이를 주식평가에 반영함이 타당하다고 주장하여 퇴직급여추계액 199,990,704원을 부채에 가산하고 1주당 순자산가치를 산정하였다.

  청구법인은 확정기여형 퇴직연금제도(DC형)를 도입하여 퇴직급여추계액이 발생하지 않는다고 주장하나,

평가기준일 이후에도 A 등 근로자에게 퇴직금을 지급하고 퇴직급여로 손금처리한 사실이 확인되는 등 청구법인은 DB형 등 퇴직금 제도도 함께 운영하는 것으로 보이므로 퇴직급여추계액을 계산하여 부채에 가산하는 것이 타당하며, 이에 통지관서는 청구법인이 제출한 퇴직급여추계액 199,990,704원을 반영하여 1주당 순자산가치를 산정한 것이다.

  또한, 청구법인은 2020.9.1. 퇴직한 김음분에 대한 퇴직금 71,442,170원을 2020.9.25.에 지급하였으나 퇴직일에 미지급비용(부채) 계상을 누락하였고, 이는 부채에 가산함이 타당하나 청구법인은 이러한 사실을 무시하고 부채에 가산할 퇴직급여추계액이 발생하지 않는다고 주장하는 것이다.

 따라서, 청구법인은 단순히 확정기여형 퇴직연금제도를 도입하여 퇴직급여추계액이 존재하지 않는다는 주장만 할 것이 아니라 모든 근로자의 DC형 퇴직연금 관련 계약서 및 근로자별 퇴직연금불입액 등을 첨부하여 퇴직금 제도와 DC형 퇴직연금 제도를 적용받는 근로자를 분리한 후 정확한 퇴직급여추계액을 계산하여 제시하여야 할 것으로 판단된다.

 4) 채무의 출자전환시 1주당 순자산가치 산정은 신주발행 효과를 반영하여 산정하는 것이 적정함

 통지관서는 청구법인의 1주당 순자산가치 산정 시 발행주식총수는 출자전환으로 발행된 14,301주를 더한 28,041주로 계산하고, 출자전환된 선수금 14,625,977,406원을 부채에서 차감하여 계산하였다.

 청구법인은 ‘서면-2015-법령해석재산-2404’을 근거로 출자전환하는 회사의 비상장주식 평가 시 출자전환되는 채무는 부채에 반영하고 발행주식수는 출자전환하기 전의 발행주식수를 적용하여 순자산가치를 평가함이 타당하다고 주장하나,

   해당 유권해석은 ‘약 10년 후에 출자전환 예정’인 것으로 이는 부채에 해당한다는 내용으로 평가기준일 현재 이미 출자전환이 완료된 청구법인의 사례와는 무관한 유권해석이며,

   1주당 순자산가치 산정 시 순자산가액은 「상속세 및 증여세법 시행령」제55조제1항에 따라 평가기준일 현재의 순자산가액으로, 발행주식총수는 「상속세 및 증여세법 시행령」 제54조제2항 및 제5항에 따라 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따르는 것이다.

국세청은 채무의 출자전환시 채무면제이익 계산을 위한 시가산정 기준일은 출자전환 신주의 효력발생일인 납입기일의 다음날로 유권해석(사전-2016-법령해석법인-0662)하고 있으며, 청구법인의 출자전환시 납입기일은 2020.9.1.로 평가기준일은 그 다음날인 2020.9.2.이다.

  또한, 출자전환이 이루어질 경우 채무자 법인의 재무구조가 개선됨으로써 담세력도 증가하게 되는바, 「법인세법」제17조제1항제1호 단서는 이러한 경제적 실질을 채무면제액으로 포착하고자 하는 규정이라 할 것이며(대법원 2026.4.30. 선고 2025두34763 판결 참조), 따라서 출자전환으로 인한 채무면제익을 산정하기 위해서는 주식수 환산 및 순자산조정 등을 통해 유상증자 효과를 반영함이 관련 법리상 타당하다.

 따라서 평가기준일 전일에 출자전환이 완료되었으므로 발행주식총수는 출자전환으로 발행된 주식 14,301주를 더한 28,041주를 적용함이 타당하며, 출자전환된 선수금 14,625,977,406원은 부채에서 차감함이 타당하다.

라. 청구법인 추가의견에 대한 반박

 1) 쟁점1 관련한 청구법인의 주장은 이 사건에 객관적으로 현출된 증거자료에 부합하지 않는다.

  청구법인이 주장하는 것과 같이 재고자산 평가방법으로 저가법을 따르지 아니하여 2019년 및 2020년에 손금산입할 대상이 없다 할 것이면 애당초 청구법인의 재고자산 평가에 아무런 오류가 없던 것과 마찬가지이므로, 청구법인의 재무제표상 전기오류수정손실에 관한 내용이 기재되어 있을 이유가 없음에도, 실제로는 “전기말 등외품 재고 과대 계상에 따른 오류 전기오류수정손실”이라는 내용이 기재되어 있다.

  또한, 청구법인의 대표자인 B 역시 확인서에서 “19년 귀속 결산서 상 오류 계상한 내용(기말 재고자산 765백만원 과대계상)을 수정하기 위해 20년 수정분개(상품 및 전기오류수정손실 765백만원) 하였으나, 해당 수정사항에 대한 세무조정을 누락한 사실이 있습니다”라고 진술하였던바, 이는 위 재무제표상 전기오류수정손실과 관련된 내용이 진실에 부합함을 뒷받침하는 것이다.

  청구법인은 추가로 “재고자산수불부_19&20” 엑셀파일을 제출하였으나, 누구에 의하여, 언제 작성되었는지 모를 해당 엑셀파일이 재무제표 및 대표자의 진술서보다 신빙성이 있을 것으로 보기는 어렵다.

 2) 청구법인이 DC형 퇴직연금 제도를 일괄적으로 운영하고 있다는 사실은 입증되지 않았다.

처분청은 청구법인이 실제로 근로자에게 퇴직금을 지급하여 퇴직급여를 손금처리한 사실을 확인하였기 때문에 퇴직급여추계액을 부채에 가산해야 하는 것으로 판단하였다.

  퇴직급여추계액이 실제로는 존재하지 않는다는 점은 청구법인에게 유리한 사정일 뿐만 아니라 이와 관련된 사실관계 대부분이 청구법인의 지배영역 안에 있는 것으로서 처분청으로서는 그 입증이 곤란한바, 이에 관한 입증책임은 청구법인에게 있다 할 것인데(대법원 1992. 1. 2. 91누10909 판결 등 참조), ‘청구법인이 DC형 퇴직연금제도를 일괄적으로 운영하고 있다’는 주장에 대한 입증은 퇴직연금 가입자의 범위를 확인할 수 있는 ‘퇴직연금 규약’, 퇴직연금사업자와 운용관리계약 등을 체결한 내용을 확인할 수 있는 ‘계약서’, 근로자별로 DC형 퇴직연금 가입 여부를 확인할 수 있는 ‘가입확인서’ 등 자료가 필요하다 할 것이다.

  그러나 청구법인이 제출한 자료는 “2020년 급여대장”, “20200630 퇴직연금미지급비용명세서” 등 누구에 의하여, 언제 작성되었는지 모를 엑셀파일 뿐인바, 해당 자료만으로 퇴직급여추계액이 존재하지 않는다는 주장이 충분히 입증되었다고 보기 어렵다.

 3) 출자전환 관련한 청구법인의 설명은 법리에 부합하지 않는다.

청구법인은 대법원 2025두34763 판결이 “「법인세법」제17조제1항제1호 단서는 ... 시가초과발행의 경제적 실질을 채무면제액으로 포착하여, 통상의 다른 채무면제익과의 과세상 형평을 기하려는 데에 그 목적 및 취지가 있다”고 판시한 것의 의미가 ‘채권자에게 채무를 면제시키려는 의도가 분명히 있었어야 한다’는 것이라는 전제에서 ‘OOOO에게 청구법인의 채무를 면제시키려는 의도가 없었으므로 시가 산정 시점을 출자전환 이전으로 두고 보아야 한다고 주장하나, 이는 위 대법원 판결 법리를 오인한 주장이다.

  대법원 2026.4.30. 선고 2025두34763 판결은 “채무면제는 통상 적극재산 취득과 달리 납세의무자에게 가시적인 소득 창출은 없으나, 채무면제액만큼 순자산이 증가하여 소득이 발생”하는 것으로, “채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우 시가를 초과하여 그 주식 등을 발행한다면 시가초과발행액 상당의 채무가 소멸함으로써 채무자 법인의 재무구조가 개선되고 담세력이 증가하게” 되는바, “「법인세법」제17조제1항제1호 단서는 이러한 점을 고려하여 시가초과발행액의 경제적 실질을 채무면제액으로 포착하여, 통상의 다른 채무면제익과의 과세상 형평을 기하려는 데에 그 목적 및 취지가 있다”고 판시하였다.

다시 말해, 출자전환 과정에서 발행된 주식 시가 상당액을 초과하는 부분에 있어서는 자동적으로 사실상 채무면제의 효과가 발생하는 것이고, 이러한 채무면제 효과는 (청구법인의 주장과 정반대로) 채권자에게 채무를 면제시키려는 의도가 있었는지 여부와 무관한 것이다.

한편, 청구법인은 ‘OOOO가 채무면제이익을 발생하지 않도록 하기 위해서는 1주당 주식가치를 알아야 한다는 순환논리가 발생한다’고도 주장하나, 실제로 「법인세법」제17조제1항제1호 단서는 납세의무자와 채권자가 출자전환 조건(출자전환 비율 및 신주 수)를 확정한 경우에는 그에 따른 경제적 가치 평가를 하여, 채무면제이익이 발생하였다면 과세하고, 발생하지 않았다면 과세하지 않는 단순한 구조로 이루어져 있는 것으로서 순환논리 오류와 아무런 관계가 없다.

즉 청구법인의 위 주장은 ‘사후적 가치평가 기준’에 관한 「법인세법」제17조 제1항제1호 단서, 제52조제2항의 내용을 일종의 ‘사전적 의사결정 요소’로 환원시켜 설명하는 것이다.

마. 결론

 청구법인의 주장은 사실관계와 달리하거나, 충분한 입증책임을 다하지 아니하였거나, 법리에 부합하지 않는 등의 잘못이 있으므로, 청구법인의 청구를 불채택하여야 한다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 ○ (쟁점1) 전기오류수정손실 전표에 따라 청구법인의 ’19년 기말재고자산이 과다계상된 것으로 보아 ’20년 전기오류수정손실 손금불산입 및 영업권 등을 수정된 손익으로 평가한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

○ (쟁점2) 퇴직연금제도 운영 중이므로 주식평가시 퇴직급여추계액을 부채에서 제외해야 한다는 청구주장의 당부

○ (쟁점3) 주식평가시 재무상태 및 발행주식 총수를 출자전환 전 기준으로 평가해야한다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제81조의15 【과세전적부심사】

  ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사[이하 이 조에서 "과세전적부심사"(課稅前適否審査)라 한다]를 청구할 수 있다. 다만, 법령과 관련하여 국세청장의 유권해석을 변경하여야 하거나 새로운 해석이 필요한 경우 등 대통령령으로 정하는 사항에 대해서는 국세청장에게 청구할 수 있다. <개정 2018.12.31>

   1. 제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지

  ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제2항을 적용하지 아니한다. <개정 2010.12.27, 2018.12.31, 2020.12.29, 2023.12.31>

   3. 세무조사 결과 통지 및 과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

  ⑤ 과세전적부심사 청구에 대한 결정은 다음 각 호의 구분에 따른다. <개정 2014.12.23, 2016.12.20, 2018.12.31, 2023.12.31>

   3. 청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우: 심사하지 아니한다는 결정

    다. 그 밖에 청구가 적법하지 아니한 경우

 2) 과세전적부심사 사무처리규정 제5조【과세전적부심사청구 대상이 아닌 경우】

  3. 세무조사결과 등 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우

 3) 법인세법 제40조【손익의 귀속 사업연도】

  ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

  ② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

4) 법인세법 제17조【자본거래로 인한 수익의 익금불산입】

  ① 다음 각 호의 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입(算入)하지 아니한다. <개정 2011.12.31, 2013.1.1, 2015.12.15, 2018.12.24>

   1. 주식발행액면초과액: 액면금액 이상으로 주식을 발행한 경우 그 액면금액을 초과한 금액(무액면주식의 경우에는 발행가액 중 자본금으로 계상한 금액을 초과하는 금액을 말한다). 다만, 채무의 출자전환으로 주식등을 발행하는 경우에는 그 주식등의 제52조제2항에 따른 시가를 초과하여 발행된 금액은 제외한다.

 5) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. <개정 2011.12.31, 2018.12.24>

  ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. <개정 2011.12.31., 2018.12.24>

  ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2018.12.24>

 6)법인세법 시행령 제89조【시가의 범위 등】

  ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다.(이하 생략)

  ② 법 제52조제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다. <개정 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.2.19, 2010.12.30, 2013.2.15, 2014.2.21, 2016.2.12, 2016.8.31, 2017.2.3, 2018.2.13, 2019.2.12, 2021.2.17>

   2. 「상속세 및 증여세법」제38조ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액.(이하 생략)

7) 상속세및증여세법 제63조【유가증권 등의 평가】

  ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. <개정 2013.5.28, 2016.12.20>

   1. 주식등의 평가

    나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다.

8) 상속세및증여세법 시행령 제54조【비상장주식등의 평가】

  ① 법 제63조제1항제1호나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 "비상장주식등"이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 "순손익가치"라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[괄호생략]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다. <개정 1999.12.31, 2002.12.30, 2003.12.30, 2005.8.5, 2008.2.22, 2010.2.18, 2015.2.3, 2016.2.5., 2017.2.7>

  ② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. <개정 1999.12.31, 2003.12.30>

 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 "순자산가치"라 한다)

 ⑤ 제2항을 적용할 때 "발행주식총수"는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따른다. <개정 2000.12.29., 2015.2.3.>

 9) 상속세및증여세법 시행령 제55조【순자산가액의 계산방법】

  ① 제54조제2항의 규정에 의한 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다. 이 경우 당해 법인의 자산을 법 제60조제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액을 말한다. 이하 이 항에서 같다)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되, 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 1998.12.31, 2000.12.29, 2003.12.30., 2009.2.4.>

 10) 상속세및증여세법 시행령 제59조 【무체재산권의 평가】

  ② 영업권의 평가는 다음 산식에 의하여 계산한 초과이익금액을 평가기준일 이후의 영업권지속연수(원칙적으로 5년으로 한다)를 고려하여 재정경제부령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액에 의한다.(단서 생략)

  [최근 3년간(3년에 미달하는 경우에는 해당 연수로 하고, 제55조제3항제2호 각 목에 모두 해당하는 경우에는 개인사업자로 사업을 영위한 기간을 포함한다)의 순손익액 가중평균액의 100분의 50에 상당하는 가액-(평가기준일 현재의 자기자본×1년만기정기예금이자율을 고려하여 재정경제부령으로 정하는 율)]

  ⑥ 광업권 및 채석권등은 평가기준일이후의 채굴가능연수에 대하여 평가기준일전 3년간 평균소득(실적이 없는 경우에는 예상순소득으로 한다)을 각 연도마다 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 금액의 합계액을 그 가액으로 한다. 다만, 조업할 가치가 없는 경우에는 설비등에 의하여만 평가한 가액으로 한다. <개정 1998.12.31, 2008.2.29, 2025.12.30>

 11) 상법 제416조【발행사항의 결정】

회사가 그 성립 후에 주식을 발행하는 경우에는 다음의 사항으로서 정관에 규정이 없는 것은 이사회가 결정한다. 다만, 이 법에 다른 규정이 있거나 정관으로 주주총회에서 결정하기로 정한 경우에는 그러하지 아니하다. (2011.4.14. 개정)

  1. 신주의 종류와 수

  2. 신주의 발행가액과 납입기일

 12) 상법 제418조【신주인수권의 내용 및 배정일의 지정ㆍ공고】

  ① 주주는 그가 가진 주식 수에 따라서 신주의 배정을 받을 권리가 있다. (2001.7.24. 개정)

  ② 회사는 제1항의 규정에 불구하고 정관에 정하는 바에 따라 주주 외의 자에게 신주를 배정할 수 있다. 다만, 이 경우에는 신기술의 도입, 재무구조의 개선 등 회사의 경영상 목적을 달성하기 위하여 필요한 경우에 한한다. (2001.7.24. 신설)

  ③ 회사는 일정한 날을 정하여 그 날에 주주명부에 기재된 주주가 제1항의 권리를 가진다는 뜻과 신주인수권을 양도할 수 있을 경우에는 그 뜻을, 그 날의 2주간 전에 공고하여야 한다. 그러나 그 날이 제354조 제1항의 기간중인 때에는 그 기간의 초일의 2주간 전에 이를 공고하여야 한다. (2001.7.24. 개정)

  ④ 제2항에 따라 주주 외의 자에게 신주를 배정하는 경우 회사는 제416조 제1호, 제2호, 제2호의 2, 제3호 및 제4호에서 정하는 사항을 그 납입기일의 2주 전까지 주주에게 통지하거나 공고하여야 한다. (2011.4.14. 신설)

다. 사실관계

 1) 이 사건 세무조사결과통지 내용은【표10】과 같고, 내용을 보면 2020년 사업연도 사업연도의 기말재고자산과대계상 관련 전기오류수정손실 손금불산입과 채무의 출자전환과정에서 발생한 채무면제익 익금산입으로 인한 과세표준 경정에 따른 이월결손금 변동으로 2023년 법인세 21,285,440원, 2024년 법인세 528,773,260원이 과세될 예정으로 통지된 것으로 확인된다.

2) 2020 사업연도의 국세부과 제척기간 만료일은 2026.3.31.이며, 세무조사결과통지서 수령일은 2026.3.25.로 2020 사업연도의 경우 세무조사결과 통지를 하는 날부터 국세부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하로서 「국세기본법」제81조의15제3항제3호에 따라 과세전적부심사청구 대상이 아닌 경우에 해당하는 것으로 확인된다.

 3) 통지관서의 조사결과에 따라 춘천세무서장은 청구법인에 2026.3.26. 2020 사업연도에 대한 법인세 과세표준 등 결정(경정)통지를 하였고, 청구법인은 2026.3.27. 이를 수령하였다.

 4) 쟁점1 관련 사실관계

  가) 청구법인 제출 자료

   (1) 청구법인은 2020.12.31. 전기오류수정손실 관련 회계전표를 증빙으로 제출하였다. 내용을 보면 차변에 전기오류수정손실 765,603,000원, 대변에 상품 765,603,000원으로 기재되어 있고 적요란에는 ‘전기말 등외품 재고 과대 계상에 따른 오류 전기오류수정손실’이라고 기재된 내용이 확인된다.

  (2) 청구법인은 2020.12.31. 현재 재무제표에 대한 감사보고서를 증빙으로 제출하였다. 내용을 보면 잡손실로 777,070,254원을 기재한 내용이 확인된다.

   (3) 청구법인은 2019년과 2020년 재고자산수불부 엑셀파일을 증빙으로 제출하였다.

   (4) 청구법인이 제출한 자료에 따르면 청구법인은 2020년부터 원석의 등급표를 【증빙9】와 같이 변경하였고, 2019년말 재고수불부와 2020년말 재고수불부의 차이는【증빙10】과 같다.

   (5) 청구법인이 제출한 전기오류수정손실금액의 산출내역은 다음과 같다.

   (6) 청구법인은 회계법인 OO이 작성한 비상장주식평가보고서를 증빙으로 제출하였다. 주식평가기준일은 2020.6.30.이며, 1주당 980,529원으로 평가한 것으로 확인된다.

  나) 통지관서 제출 자료

   (1) 통지관서가 증빙으로 제출한 비상장주식 평가서는 다음과 같다. 통지관서는 납입기일의 다음날인 2020.9.2.을 주식평가기준일로 하여 1주당 857,150원으로 평가한 것으로 확인된다.

   (2) 통지관서는 조사 당시 청구법인이 제출한 확인서를 증빙으로 제출하였다.

   (3) 통지관서는 조사 당시 청구법인이 제출한 2019년부터 2024년까지 재고수량 엑셀파일을 증빙으로 제출하였다.

 다) 청구법인의 2020 사업연도 감사보고서에 기재된 재고자산 및 전기오류수정손실 항목에 대한 주석은 다음과 같다.

 라) 2020 사업연도 표준손익계산서를 보면 전기오류수정손실 765,603,000원이 기재된 내역이 확인된다.

  마) 순손익가치와 순자산가치를 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치의 100분의 80보다 낮은 경우에 해당하여 순손익가치 평가액에 대해서는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없고, 순자산가치 평가에 대한 청구법인과 통지관서의 차이는 다음과 같다.

  바) 통지관서는 주식의 시가를 평가하면서 쟁점1의 전기오류수정손실 금액을 2019 사업연도 소득금액에서 차감하여 광업권 평가액을 계산하였다.

 사) 통지관서는 주식의 시가를 평가하면서 쟁점1의 전기오류수정손실 금액을 2019 사업연도 소득금액에 반영하여 영업권 평가액을 계산하였다.

 아) 「상속세 및 증여세법 시행령」제59조제6항에 따르면 광업권의 평가는 평가기준일 이후의 채굴가능연수에 대하여 평가기준일전 3년간 평균소득을 각 연도마다 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 환산한 금액의 합계액을 그 가액으로 하도록 규정하고 있다.

 자) 「상속세 및 증여세법 시행령」제59조제2항에 따른 영업권의 평가방법은 다음과 같다.

 5) 쟁점2 관련 사실관계

  가) 청구법인은 2020년 미지급비용 계정별원장을 증빙으로 제출하였다. 이를 보면 2020.6.30. 현재 상반기 퇴직연금 불입액 미지급금 계상 내역이 나타난다.

  나) 청구법인은 2020.6.30. 기준 퇴직연금 미지급비용명세서 엑셀파일을 증빙으로 제출하였다. 인원은 총 77명이고 합계금액은 213,314,917원으로 【증빙16】의 2020.6.30. 상반기 퇴직연금 불입액 미지급 금액 208,904,544원과 4,410,373원의 차이가 있는 것으로 나타난다.

  다) 청구법인은 2019년 12월부터 2020년 8월까지 총 71명에 대한 퇴직금 199,990,704원의 계산내역 엑셀파일을 증빙으로 제출하였다.

  라) 청구법인은 2026.5.15. 우리은행에서 발급한 가입자별 부담금 납입현황(DC)을 추가로 제출하였다. 명단에 기재된 인원은 총 66명으로 나타난다.

  마) 통지관서는 조사 당시 청구법인이 제출한 퇴직금추계액 내역을 증빙으로 제출하였다. 조사 당시 청구법인은 퇴직급여추계액 199,990,704원을 부채에 가산하여 비상장주식 평가서를 제출하였으나 퇴직급여추계액 관련 세부 명세는 제출하지 않은 것으로 확인된다.

 바) 통지관서는 조사 당시 2020.9.1. 퇴직한 김음분에 대한 퇴직금을 2020.9.25. 지급하였으나 퇴직일에 미지급비용(부채) 계상을 누락한 내용 및 청구법인이 퇴직소득지급명세서를 제출한 것으로 확인되는 일부 직원의 명단을 증빙으로 제출하였다.

  사) 청구법인의 2020 사업연도 감사보고서에 기재된 퇴직급여 관련 사항은 다음과 같다.

  아) 청구법인의 2020 사업연도 법인세 신고서 상 표준손익계산서 및 제조원가명세서의 퇴직급여 내역은 다음과 같다.

  자) 청구법인의 2020 사업연도 법인세 신고서 상 자본금과 적립금조정명세서 내용은 다음과 같고, 퇴직급여충당금 내역은 없으며, 미지급비용 퇴직급여 기말잔액 199,812,080원이 기재되어 있고 비고란을 보면 ‘직원 DC퇴직연금 미불입분’이라고 기재된 내용이 확인된다.

  차) 국세청 NTIS에서 조회되는 청구법인의 2020년 귀속 퇴직소득지급명세서 신고 내역은 다음과 같다.

  카) 상기 퇴직소득자들에 대해 청구법인이 증빙으로 제출한 【증빙17】의2020.6.30. 기준 퇴직연금미지급비용명세서에서 기재된 내용은 다음과 같다.

 타) 국세청 NTIS에서 조회되는 청구법인의 근로소득지급명세서 2020.6.30. 기준 직원은 총 71명으로, 청구법인이 제출한 【증빙17】의 2020.6.30. 퇴직연금미지급명세서와의 차이는 다음과 같다.

 6) 쟁점3 관련 사실관계

가) 통지관서는 조사 당시 확인된 이 사건 채무의 출자전환 관련 서류를 증빙으로 제출하였다. 해당 서류들의 작성일은 2020.9.1.이며 신주의 발행가액은 980,529원, 납입기일은 2020.9.1.로 확인된다.

  나) 청구법인이 제출한 예규 서면-2015-법령해석재산-2404(2016.11.16.)의 내용은 다음과 같다.

  다) 통지관서가 제출한 사전-2016-법령해석법인-0662(2017.4.13.)의 내용은 다음과 같다.

  라) 국세청 예규 서면-2017-법인-0963[법인세과-2504](2017.9.18.)의 내용은 다음과 같다.

라. 판단

이 사건 세무조사결과통지 대상 중 2020 사업연도의 부과제척기간은 2026.3.31.에 만료하여 청구일 현재 「국세기본법」제81조의15제3항제3호 과세예고통지를 하는 날로부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우로서 과세전적부심사 대상이 아니므로 심사제외 결정하고, 2020 사업연도의 과세표준 및 세액의 경정에 따른 이월결손금의 변동으로 인하여 2021부터 2024 사업연도에 대한 과세표준 및 세액이 변동되어 세무조사결과통지 되었으므로 이에 대해 심리한다.

쟁점1에서 청구법인은 전기오류수정손실 전표가 2020년도의 영업이익을 늘리기 위하여 매출원가를 영업외비용으로 처리한 것일 뿐 전기 재고자산이 과대계상된 것이 아니라고 주장하고 있으나,

청구법인은 회계감사를 받는 법인으로 오류수정손실은 과거의 불가피한 회계적 과오를 바로잡을 때 사용하는 계정인바 청구법인이 이를 스스로 오류라고 주장하는 것은 전기말 재고 평가가 합리적 근거 없이 자의적으로 이루어졌음을 스스로 인정하는 것이고, 또한 영업이익을 고의로 부풀리기 위하여 비용의 성격을 왜곡하여 분식회계한 것으로 세법상 허용되지 않는 자의적인 손익 조작을 한 것으로서 장부처리의 모순이 명백한 것으로 보인다.

또한 청구법인은 조사 당시에는 재고자산이 과다계상되었음을 시인하였다가 이 사건 청구 시 이를 부인하고 있고, 증빙으로 제출한 재고자산 수불부만으로는 실제 재고 누락여부를 파악할 수 없으며, 당초 회계감사를 통해 기초재고 및 기말재고를 실사하였으므로 이를 기초로 작성된 전표 및 장부의 내용을 신뢰하는 것이 타당한 것이므로 단순히 회계전표 상으로만 재고자산의 과대계상을 기재한 것이라는 청구법인의 주장은 이유가 없는 것으로 판단된다.

 따라서 통지관서가 직전연도 재고가 과다계상된 것으로 보아 2020년도 전기오류수정손실을 손금불산입하고. 채무 출자전환 주식평가 시 광업권과 영업권을 계산함에 있어 2019년 재고자산이 과다계상된 것으로 평가한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 다음으로 쟁점2 관련하여 채무 출자전환 주식평가 시 퇴직급여추계액을 부채에 가산해야 하는지에 대해 살펴본다.

 청구법인이 제출한 증빙에 따르면 청구법인은 임직원 대상으로 확정기여형(DC형) 퇴직연금제도를 도입하여 운영하고 있는 것으로 나타나며, 퇴직연금 미지급비용의 대상 직원과 2020년 8월 말 기준 퇴직급여추계액 대상 직원이 중복되는 것으로 보인다.

또한 2020 사업연도 법인세 신고서상 자본금과 적립금 조정명세서에 퇴직급여 미지급비용이 기초잔액 408,263,203원에서 상반기 감소액 208,451,123원을 차감한 기말잔액이 199,812,080원으로서 비고란에 직원DC퇴직연금미불입분으로 기재된 내용을 볼 때 조사 당시 퇴직급여추계액으로 부채에 가산한 199,990,704원은 퇴직연금에 대한 부채와 중복으로 계상된 것이라는 청구주장이 이유가 있는 것으로 보인다.

  다만, 평가기준일 이후 임직원의 퇴직금을 청구법인이 지급하였음에도 평가일 현재 부채에서 누락된 것으로 확인되고, 청구법인이 제출한 자료와 근로소득지급명세서 등 신고자료와 은행의 퇴직연금 납입현황 자료 등에 차이가 있으므로, 실제 퇴직연금과 퇴직급여추계액 관련 증빙을 재조사한 후 그 결과에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

  다음으로 쟁점3 관련하여 채무의 출자전환 이익을 계산함에 있어 출자전환된 선수금을 부채에 가산하고 출자전환 직전의 발행주식수로 주식을 평가해야 한다는 주장에 대해서 살펴본다.

구 「법인세법」제17조제1항제1호 본문이 규정하는 바와 같이 액면금액 이상의 주식을 발행한 경우 주식발행액면초과액은 자본거래로 발생하는 수익이므로 익금에 산입하지 않음이 원칙이다. 그러나 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우 시가를 초과하여 그 주식 등을 발행한다면 시가초과발행액 상당의 채무가 소멸함으로써 채무자 법인의 재무구조가 개선되고 담세력이 증가하게 된다. 앞서 본 구 「법인세법」제17조제1항제1호 단서는 이러한 점을 고려하여 시가초과발행액의 경제적 실질을 채무면제액으로 포착하여, 통상의 다른 채무면제익과의 과세상 형평을 기하려는 데에 그 목적 및 취지가 있다(대법원 2026.4.30. 선고 2025두34763 판결 참조)

 통지관서는 「법인세법 시행령」제89조 및 「상속세 및 증여세법 시행령」제54조제2항의 규정에 따라 1주당 순자산가치를 산정하였고, 서면-2017-법인-0963(2017.9.18.)에 근거하여 채무의 출자전환시 채무면제익 계산을 위한 시가 산정 기준일을 출자전환 신주의 효력발생일인 납입기일의 다음날인 2020.9.2.을 기준으로 주식을 평가하여 채무면제이익을 계산한 것으로 확인된다.

「법인세법」제17조제1항제1호 단서는 채권자가 채무의 출자전환이라는 자본거래의 형식을 취하여 해당 법인이 시행하는 고가의 유상증자에 참여함으로써 법인에게 시가와 발행가액의 차액에 해당하는 경제적 이익을 제공하고도 법인으로 하여금 조세부담을 회피하게 하는 행위를 규제하기 위하여 주식의 시가와 발행가액의 차액만큼은 채무를 면제한 것으로 보아 과세대상으로 하는 것이므로, 1주당 순자산가치 산정은 신주발행의 효과를 반영하여 납입기일의 다음날을 시가산정 기준일로 보아 주식을 평가하는 것이 타당하다.

따라서 통지관서가 출자전환된 채무를 부채에서 차감하고 증자 후의 주식수를 적용하여 1주당 순자산가액을 계산한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

  이 건 과세전적부심사청구는 2020 사업연도에 대해서는 「국세기본법」제81조의15제5항제3호의 규정에 따라 심사제외 결정하고, 나머지 청구는 일부 이유있다고 인정되므로 「국세기본법」제81조의15제5항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.