이 유

1. 사실관계 및 통지내용

가. 주식회사 AAA(이하 ‘청구법인’이라 한다.)는 2022.3.24. 경기도 〇〇〇(이하 ‘쟁점1사업장’이라 한다.)에서 개업하여 통신판매업을 영위하는 사업자로 인터넷쇼핑몰 BB마켓을 운영하고 있다.

  1) 청구법인은 2024.8.6.경기도 〇〇〇〇으로 사업장 이전하고, 2024.8.19.경기도 〇〇〇 〇〇〇(이하 ‘쟁점2사업장’이라 한다.)로 이전하였다.

  2) 청구법인은 2022년 사업연도부터 2024년 사업연도까지 법인세 신고 시 「조세특례제한법」상 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 중소기업에 해당하는 것으로 보아 각 사업연도소득금액에 대하여 창업중소기업 세액감면총 1,132백만원(’22년 331백만원, ’23년 450백만원, ’24년 351백만원)을 적용하여 법인세를 신고하였다.

나. CC지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다.)은 청구법인이 실제 사업을 본점 소재지로 등록한 경기도 〇〇에 소재한 사무실이 아닌 서울 소재 사무실에서 사업을 영위하는 것으로 보아 창업중소기업세액감면 적용을 부인하여 2022년 사업연도 법인세 434백만원, 2023년 사업연도 법인세 552백만원, 2024년 사업연도 법인세 404백만원, 총합계 1,390백만원의 법인세를 부과하는 내용의 과세예고통지를 2025.10.16.하였다.

다. 청구법인은 수도권 과밀억제권역 외의 지역에 실질적인 사업장이 존재하지 않은 것으로 보아 창업중소기업세액감면을 부인하는 것은 부당하고, 2022년 사업연도는 DD지방국세청의 세무조사를 받았고, 2023년 사업연도에 대하여는 감면율 적용이 잘못된다는 조사청의 해명자료 안내를 받아 수정신고 하였기에 2022년 사업연도부터 2023년 사업연도에 대해서는 중복조사 금지에 해당하여 위법하다는 취지의 과세전적부심사 청구를 2025. 11. 18. 제기하였다.

2. 청구법인 주장

가. 사업구조

청구법인은 대주주인 인플루언서 ‘ㄱㄱ’의 영향력을 활용하여 인터넷쇼핑몰 ‘ㄱㄱ네 마켓’을 통해 공동구매(구매) 사업을 영위하고 있다.

즉, 회사의 ① 대주주인 ‘ㄱㄱ’가 본인의 SNS 채널(유튜브, 인스타그램 등)을 통해 특정 제품을 구독자(고객)에게 공동 구매할 수 있음을 소개 또는 권유하고 이를 수락한 ② 고객이 청구법인의 쇼핑몰 홈페이지에서 구매를 신청하면, ③ 청구법인이 상품을 판매하는 과정에서 주된 수익(상품 도소매 판매 마진)을 창출하고 있다.

이러한 청구법인의 사업 FF세스는 1) 제품선정 및 제조업체 협상, 2) 콘텐츠 제작 및 웹 활동, 3) 물류 및 고객 서비스(CS)의 과정으로 이루어진다(첨부: 청구법인 사업의 핵심 구조표 참조).

위의 사업 FF세스에서 확인할 수 있듯이 사업과 관련하여 연결되는 물리적 위치는 본점 사무실, 제품 납품처 사무실, 다수의 외부회의실, 외부 스튜디오, 인플루언서 자택 등 다수의 장소이다.

여기에 물류 및 고객관리는 100% 외주업무와 재택근무업무까지 포함된 전형적인 드롭쉬핑¹⁾업무로 다중거점을 통하여 유연하게 업무공간을 활용하는 인플루언서 중심의 디지털 산업이다.

이러한 사업구조는 과거 전통적인 제조, 유통, 서비스업과 달리 재화의 이동이나 근무 인원의 집단적 소재를 전제로 하지 않으며, 정보통신기술을 최대한 활용하여 유연한 사업 활동을 추구하므로 과거 전통적인 사무실 운영과는 운용방식이 확연히 다르다.

나. 구체적 주장

 1) 청구법인의 쟁점 사업장들은 그 실체가 분명히 존재하고, 일반적인 상관행 및 세법 규정에 위반되지 않음에도 그 사실을 부인하여 수도권 외곽지역(〇〇)에 사업장이 소재하지 않는다는 사유로 과세예고 한 통지는 부당하다.

  가) 청구법인은 개업 이후 본점 소재지를 3회 변경한 사실이 있다.

최초 사업 개시 장소인 쟁점1사업장은 창업자인 ‘ㄱㄱ’의 주소지로, 이는 청구법인의 업종 특정상 특별한 시공간적 제약을 받지 않기 때문에 창업 초기에는 여느 인플루언서처럼 주소지를 법인의 소재지로 정한 것이다.

이후 청구법인의 사업 규모가 성장함에 따라 대외적인 사업장이 필요하여 현재의 쟁점2사업장으로 이전하였고, 쟁점2사업장은 물리적 실체가 존재한다.

  나) 조사청은 ‘청구법인이 고의로 창업중소기업 세액감면을 받기 위해 수도권 과밀억제권역 밖 〇〇군 소재 사무실을 임차 하였다’라고 간주하는 것처럼 추정된다.

그러나, 청구법인의 대주주인 ‘ㄱㄱ’의 주소는 청구법인이 2022년 개업하기 훨씬 전인 2020년에 〇〇군으로 전입하였으며, 창업 초기에는 여느 인플루언서들과 마찬가지로 별도의 고정된 사업장이 필요하지 않았던 점, 이후 사업이 확장되어 주소지 근처에 고정된 사업장을 얻는 것은 해당 업종 관행상 지극히 자연스러운 사실(일반적인 상관행)로 이해될 수 있다.

「법인세법」 제9조에서 내국법인의 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지로 정하고 있으며, 「부가가치세법」제6조 제2항에서는 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 「부가가치세법」제6조 제3항에서는 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소를 사업장으로 규정하고 있어,

전술한 사실 및 관계 법령을 보면 청구법인의 업종과 같이 특별한 고정사업장이 필요하지 않은 사업자의 경우 핵심 역할을 하는 대주주의 주소 및 인근에 사업장을 설치하는 것이 각 세법의 규정에 어긋난 것으로 보이지 않는다.

위와 같이 청구법인의 쟁점사업장들은 일반적인 상관행 및 세법에 따라 적법하게 신고되었음에도, 실질적인 사업장이 소재하지 않는 것으로 본 과세예고 통지는 부당하다.

 2) 조사청은 청구법인이 영위하는 업종의 특성에 대한 충분한 이해 없이 쟁점사업장의 실체를 부정하고, 실제 사업장을 특정하지도 않고 막연하게 수도권 외곽지역(〇〇)에 사업장이 소재하지 않는 것으로 보고 있다.

  가) 청구법인의 제일 핵심적인 역할은 단연코 인플루언서 ㄱㄱ의 영향력이며, 사업구조 상 기업활동의 핵심은 제품선정 및 협상 과정이라 볼 수 있다.

통상적인 본점 기능이라 할 수 있는 기획 관리업무는 장소를 가리지 않고 유연하게 운영되며, 불가피하게 대면 회의가 필요한 경우에는 임신과 출산으로 친정집이기도 한 〇〇에 자주 있는 대주주의 편의에 맞춰 〇〇 본사사무실에서 수행하였다.

기획과 관리업무는 특정한 장소에 의존하지 않고 유동적 구조로 정보기술에 의존하여 처리되는 경향이 크기 때문에 기획 및 관리업무는 결국 대주주이자 인플루언서인 ㄱㄱ와 대표 및 실장의 협의 및 소통으로 이루어지며, 대면보다는 정보통신 기술을 통해 비대면으로 처리되는 경우가 많은 편이다.

불가피한 대면 회의는 핵심 인물인 ‘ㄱㄱ’의 이동의 편의성에 맞추는 편이며, 24년에 임신과 출산을 하게 된 ㄱㄱ는 더욱 친정의 보살핌이 중요한 터라 〇〇에 머무는 시간이 많아 쟁점사업장들을 계속해서 〇〇에 두고 필요한 경우 발생한 핵심적인 대면 의사결정은 쟁점사업장들에서 하였다.

  나) 실제의 사정이 이러함에도 처분청은 청구법인이 속한 업종의 특성에 대한 충분한 이해 없이 쟁점사업장의 실체를 부정하고 있으며, 조사청 또한 청구법인의 사업장을 특정 장소로 지정하지 못하는 상황에서 막연하게 〇〇이 아니라는 포괄적인 이유로 창업중소기업세액 감면을 배제하는 통지는 청구법인의 입장에서는 자의적인 해석에 불과하다.

 3) 청구법인은 창업중소기업 세액감면 사업연도인 2022년 사업연도에 대하여는 DD청 세무조사를 수감 하였고, 2023년 사업연도는 조사청의【질문조사권】에 수긍하여 창업중소기업 세액감면율을 50%로 변경하여 수정신고 하였으므로, 위 사업연도에 대한 과세예고통지는 중복조사에 해당한다.

  가) 청구법인을 포함한 관계법인 5개 회사는 2025년 4월부터 2025년 5월까지 DD청으로부터 비정기통합조사를 받은 사실이 있다.

해당 조사에서는 다른 관계법인들의 경우 모두 조사 기간이 2021년 사업연도부터 2023년 사업연도였으나, 특이하게도 청구법인의 경우 조사 기간은 2022년 사업연도 단일 사업연도였다(청구법인은 2022년도에 창업함).

이에 대하여 청구법인의 관계자가 DD청 조사공무원에게 문의한바, “2023년사업연도에 대한 처분청의 사후관리(2024.7월경 조사청의 감면 검토를 의미함)의 영향 때문”이라고 설명한 사실이 있다.

비단 이 사실뿐만 아니라 여러 제반 사항을 보면 DD청은 청구법인의 2023년 사업연도에 대한 조사에 대해 중복조사를 우려하여 해당 과세기간에 대한 조사를 시행하지 않은 것으로 추정된다.

청구법인은 ① 2023년 사업연도 창업중소기업 감면에 대한 과세자료 해명 안내, ② 2022년 사업연도에 대한 DD청의 통합조사, ③ 2024년 사업연도에 대한 창업중소기업 감면에 대한 과세자료 해명 안내가 각 사업연도를 달리하므로 조사 및 소명의 경위는 응당 이해되나,

이 건 과세예고통지와 같이 처분청이 애초 소명 요구하였던 사업연도인 2024년 사업연도를 벗어나 기존 세무조사 및 소명이 이루어진 2022년 및 2023년 사업연도를 통틀어 과세예고통지 하는 것은 쉽게 이해되지 않는다.

DD청의 세무조사는 물론이고, 조사청의 법인세 신고 관련 해명자료 제출 안내는 조사청에서 명시한 바와 같이「법인세법」제122조【질문ㆍ조사】규정에 근거하여 시행되었는데 이는 세법에서 금지하는「국세기본법」제81조의4【세무조사권 남용금지】에 해당한다.

아울러 조사청의 법인세 신고자료 해명자료 제출안내문의 문제점이「국세기본법 시행령」제63조의2【세무조사를 다시 할 수 있는 경우】에도 해당하지 않는다.

위와 같이 조사청의 2022년 및 2023년 사업연도에 대한 과세예고통지는 사실관계를 다투어 보기 이전에 중복조사에 해당하므로 해당 사업연도에 대한 과세예고통지는 그 자체로서 부당하다.

다. 결론

    이 건 과세예고통지는 ① 청구법인의 쟁점사업장들이 그 실체가 분명히 존재하고, 일반적인 상관행 및 세법 규정에 위반되지 않는 점, ② 조사청이 별도의 특정 사업장을 지정하지 않고 막연하게 수도권 외곽에 사업장이 소재하지 않는다고 간주한 점, ③ 2022년 및 2023년 사업연도의 경우 기 세무조사 수감 및 수정신고 이행으로 세법에서 금지하는 중복조사에 해당하는 점 등을 이유로 부당하므로 청구법인의 창업중소기업 세액감면에 대하여 부인한 과세예고통지는 취소되어야 한다.

3. 조사청 의견

가. ’22.3.24.부터 ’24.8.6.까지 청구법인의 본점으로 등록한 쟁점1사업장은 전 대표이자 대주주인 ‘ㄱㄱ’의 친정집으로 본점으로 볼 수 없다.

 1) 청구법인은 업종 특성상 특별한 시공간적 제약을 받지 않기 때문에 창업 초기에는 여느 인플루언서들처럼 ‘ㄱㄱ’의 주소지를 법인 소재지로 정하였다고 주장하나,

청구법인 설립 시 본점 소재지인 경기도 〇〇군 〇〇〇는 ‘ㄱㄱ’ 소유의 2층짜리 단독주택으로 ‘ㄱㄱ의 친정 부모님이 거주하고 있음이 청구법인의 소명서 및’ㄱㄱ‘의 인스타그램에서 확인되며, ‘ㄱㄱ’의 친정집은 편의시설이 없는 산으로 둘러싸인 한적한 시골 마을로 서울 강남역과 50㎢ 이상 떨어져 있다.

 2) 청구법인은 2024년 임신과 출산^*을 하게 된 ‘ㄱㄱ’가 친정의 보살핌이 필요한 때라 〇〇에 머무는 시간이 많았기 때문에 대주주인 ‘ㄱㄱ’의 편의에 맞춰 〇〇에서 본사 업무를 수행하였다고 주장하면서, 인스타그램의 제품홍보 영상이나 사진의 배경이 아파트나 주상복합 건물인 이유에 대해서는 관계사인 ㈜EE컴퍼니가 사무실로 임차한 장소를 촬영장으로 사용하였다고 조사청에 소명서를 제출하였다.

㈜EE컴퍼니는 ‘ㄱㄱ’이 설립한 특수관계법인으로 2021.2월부터 2024.12월까지 서울시 광진구 〇〇〇〇 1307호(보증금 5억원, 월세 3.7백만 원) 주상복합건물을 사무실로 임차하였다.

㈜EE컴퍼니는 2025년에 실시한 DD지방국세청 세무조사에서 2021년부터 2023년 사업연도의 임차료, 관리비 등이 대표이사(ㄱㄱ)의 거주지로 사용하여 손금 부인되었는데, 세무조사 내용과 같이 ‘ㄱㄱ’는 ㈜EE컴퍼니 사무실을 본인 사택으로 사적 사용하면서 2021년 2월경부터 출산 후까지 제품 홍보 영상을 매일 찍어 인스타그램에 게시하였다.

이에 대해 청구법인은 ‘ㄱㄱ’가 주상복합건물과 〇〇 친정집을 오가며 활동을 하였다고 주장하나, 출산 전후에도 매일같이 주상복합건물과 서울 등지에서 촬영한 영상을 올리고 본인이 거주하는 서울과 〇〇 친정집을 매일 왕복하는 것은 불가능하며,

〇〇을 사무실로 사용하였는지 검토를 위해 법인 신용카드 이용 명세와 직원 출퇴근 증빙(하이패스 명세 등)을 요청하였는데, 제출한 신용카드 이용 명세 중 경기도 〇〇에서 사용한 건수는 ‘〇〇면옥’에서 발행한 신용카드 영수증 2건에 불과하고 대부분의 사용처는 서울 지역으로 확인되었고, 국도를 이용하였다는 이유를 들어 하이패스 이용 명세는 제출하지 않았다.

청구법인은 조사청이 본점 소재지를 〇〇이 아니라고 막연하게 부인하고 있다고 하나, 위의 조사내용과 같이 청구법인이 〇〇이 본점 소재지라는 입증 근거를 제출하지 못하였기 때문에 〇〇을 청구법인의 본점 소재지로 볼 수 없는 것이다.

 3) 청구법인이 1인 기업이라면 주소지에서 업무를 수행할 수도 있겠으나, 청구법인이 신고한 연도별 직원 수는 ’22년 6명, ’23년 9명, ’24년 8명으로 직원들이 재택근무를 한다고 하더라도 가정집을 본점 소재지로 하여 사업을 수행한다는 청구법인의 주장은 도저히 이해할 수 없으며, ‘ㄱㄱ’가 100% 지분을 보유한 주주라 하더라도 대표자도 아닌 직원(‘ㄱㄱ’)의 주소지를 사업장으로 사용하였다는 것은 더욱더 이해하기 어렵다.

청구법인은 ‘ㄱㄱ’의 임신･출산으로 부모님의 보살핌이 필요하여 경기도 〇〇 친정집에 사업자등록을 하였다고 주장하지만, ‘ㄱㄱ’의 출산은 ‘24년 5월경으로 법인 설립 당시인 ’22.3월부터 임신･출산을 예상하고 본점 소재지로 택한 것인지 의문이다.

‘ㄱㄱ’는 현재 주소지인 서울시 용산구 소재 고급주택 단지인 ‘〇〇하우스 〇〇’을 분양받아 2024년 8월경 전입하였으며, ‘ㄱㄱ’는 몇 개월에 걸쳐 실내장식 영상, 집들이 사진, 새로운 주소지에서 촬영한 제품홍보 영상을 인스타그램에 게시하였다.

그러나 청구법인은 ‘ㄱㄱ’가 출산 이후 서울 소재 고급주택에 이사하여 남편과 태어난 아이와 살고 있음에도 50㎢ 이상 떨어진 경기도 〇〇에 지금까지 본점을 등록한 이유에 대하여는 언급조차 하지 않고 있다.

나. ‘23.5월부터는 청구법인이 임차한 서울시 〇〇구 〇〇〇〇, FF빌딩 4층이 청구법인의 본점 소재지이다.

 1) 청구법인은 2023년 5월경부터 2025년 10월경까지 서울시 서초구 FF빌딩 4층을 월세 5,600,000원에 임차하여 2025년 DD지방국세청 세무조사에서 위 사무실을 관계사에 무상 임대하여 임차료가 비용 부인되었다.

 2) 청구법인은 DD지방국세청 세무조사에서 만약 FF빌딩 4층을 청구법인이 사업장으로 사용하였다면 사용 면적만큼은 비용 인정되었어야 한다고 주장하나,

청구법인을 조사한 DD지방국세청 조사담당자의 전언에 따르면, “청구법인은 주조사 대상자의 관련인으로 청구법인 외에도 4개의 관계법인을 상대로 비정기조사에 착수하였고, 조사 착수 당일 경기도 〇〇 본점은 잠겨있어 대표자 김정우에게 조사 대상임을 GG고 직원이 도착한 후에야 예치를 시작할 수 있었다.”라고 한다.

“그러나 사무실은 청구법인이 청구이유서에 첨부한 사진과 같이 사무실 형태(책상･컴퓨터 각 2개)는 갖추었으나, 보관 중인 서류는 없었고, 관련인이자 조사대상자인 주식회사 GG컴퍼니(이하 ‘GG컴퍼니’라고 한다.)가 소재한 서울시 서초구 ○○ FF빌딩 4층에서 청구법인의 대표자와 직원이 근무하고 있었고, 청구법인의 사업 관련 서류 등이 보관되어 있었다.”라고 진술하였다.

‘ㄱㄱ’는 GG컴퍼니 설립(’17. 6. 1.)당시에는 대주주이자 대표로 재직하였으나, 현재의 대표자는 청구법인의 대표자인 김〇〇이고, 청구법인과 같은 업종인 전자상거래를 통해 의류, 건강보조제 등을 판매하고 있으며, 그 외에도 전자세금계산서 수수 시 이메일 주소를 함께 사용하고, 전자세금계산서 발행 시 IP^*주소와 랜카드 고유번호 등을 공유하고 있다.

* IP 위치는 서울시 길동, 삼성2동, 신사동으로 확인됨

청구법인은 매월 18만원의 임차료를 지급하고 복합기, 프린터 등을 임차하고 있으나, 청구이유서에 첨부한 사무실 촬영 사진에는 복합기, 프린터는 보이지 않았고, 복합기, 프린터 등을 임차한 시기가 FF빌딩 임차를 개시한 2023년 5월과 같은 시기인 점으로 볼 때 임차한 사무기기는 FF빌딩에서 사용되었을 것으로 추정된다.

그 외에도 ㄱㄱ’가 2023.5.15. 인스타그램에 사무실 이사 완료 사진과 글을 게시하고, 이후에도 라이브 방송을 위해 사무실에 출근하였다는 글과 사진 게시물을 보더라도 서울시 서초구 소재 ‘FF빌딩’에서 청구법인의 업무가 이루어졌다고 보아야 한다.

다. 이 사건 과세예고통지는 중복조사에 해당하지 않는다.

 1) 2024. 7월 실시한 2023년 사업연도에 대한 해명자료 제출 안내는 청년창업과 관련된 내용으로 대표자를 변경한 2023사업연도에 청년창업중소기업 세액감면(50%)을 적용받을 수 없다는 내용이고,

 2) 2025.7월 실시한 2024년 사업연도에 대한 창업중소기업세액감면에 대한 해명자료 제출 안내는 청구법인의 실제 본점이 수도권 과밀억제권역 외에 소재하고 있지 않으므로 창업중소기업세액감면(50%)을 적용받을 수 없다는 내용으로 두 항목은 다른 항목에 해당하여 중복조사에 해당하지 않는다.

 3) 또한 DD지방국세청에서 실시한 세무조사 당시 조사청은 청구법인에 창업중소기업세액감면과 관련된 내용에 대하여 소명 요청하지 않았음을 당시 조사담당자로부터 확인하였다.

 4) 청구법인은 법인통합조사 시 모든 항목을 다 조사하였다고 주장할 수 있으나, 조사청은 청구법인 외에도 4개의 법인을 동시 조사하여 조사 여력이 충분하지 않았고, 비정기조사 사유가 청구법인이 아닌 ‘ㄱㄱ’의 배우자 강〇〇이 설립한 법인에 주된 혐의가 있어 관련자인 청구법인에 조사의 초점이 맞춰져 있지 않았다는 것을 누구보다 잘 알 것이다.

 5)「국세기본법」 제81조의4 제2항은 제①호부터 ⑦호까지 재조사할 수 있는 예외 사유를 두었는데, 청구법인은 제①호 조세 탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 제③호 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 상황에 해당한다.

청구법인은 실제로 경기도 〇〇에서 주된 사업을 수행하지 않았다는 내용이 조사청이 주장한 내용과 입증자료에서 명백히 나타나므로 조세 탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하며, 그 탈루 혐의가 법인 설립 이후부터 이루어졌기 때문에 2개 이상의 과세기간과 관련되었으므로 조사청의 과세예고통지는 중복조사 예외 사유에 해당한다.

라. 결론

 위에서 살펴본 바와 같이 청구법인은 수도권 과밀억제권역 외의 지역인 경기도 〇〇을 본점 소재지로 등록하였으나, 본점 소재지에서 사업과 관련된 업무를 수행하지 않았으며, 조사청의 2022년～2023년 사업연도에 대한 과세예고 통지는 중복조사 예외 사유에 해당하므로 이 건 과세예고통지는 정당하다.

4. 관련 법령 등

가. 쟁점

 (주위적)창업중소기업세액감면을 배제하여 과세예고통지한 처분의 당부

 (예비적)’22년과 ’23년 사업연도에 대한 과세예고통지는 중복조사에 해당한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

 1) 조세특례제한법 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】【시행 2022.1.1.】【제18634호, 2021.12.28.】일부개정

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2024년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」제6조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2021.12.28.>

   1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율

    가. 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100

    나. 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업 및 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50

2) 법인세법 제9조【납세지】【시행 2022.1.1.】【제18590호, 2021.12.21.】일부개정

  ① 내국법인의 법인세 납세지는 그 법인의 등기부에 따른 본점이나 주사무소의 소재지(국내에 본점 또는 주사무소가 있지 아니하는 경우에는 사업을 실질적으로 관리하는 장소의 소재지)로 한다. 다만, 법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령으로 정하는 장소로 한다.

2-1) 법인세법 제109조【법인의 설립 또는 설치신고】

① 내국법인은 그 설립등기일(사업의 실질적 관리장소를 두게 되는 경우에는 그 실질적 관리장소를 두게 된 날을 말하며, 법인과세 신탁재산의 경우에는 설립일을 말한다)부터 2개월 이내에 다음 각 호의 사항을 적은 법인 설립신고서에 대통령령으로 정하는 주주등의 명세서와 사업자등록 서류 등을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제111조에 따른 사업자등록을 한 때에는 법인 설립신고를 한 것으로 본다. <개정 2020.12.22>

   2. 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지(법인과세 신탁재산의 경우 법인과세 수탁자의 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소의 소재지를 말한다)

2-2) 법인세법 제60조【과세표준 등의 신고】

⑥ 납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다.

2-3) 법인세법 제122조【질문․조사】

  법인세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무수행에 필요한 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에 대하여 질문하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다. 이 경우 직무상 필요한 범위 외에 다른 목적 등을 위하여 그 권한을 남용해서는 아니 된다.

     1. 납세의무자 또는 납세의무가 있다고 인정되는 자

 3) 부가가치세법 제6조【납세지】

  ① 사업자의 부가가치세 납세지는 각 사업장의 소재지로 한다.

  ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

  ③ 사업자가 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소(居所)를 사업장으로 한다

 4) 국세기본법 제81조의4【세무조사권 남용 금지】

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. <개정 2018.12.31, >

   1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

   2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

   3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

   4. 제65조제1항제3호 단서(제66조제6항과 제80조의2에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15제5항제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

   5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

   6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우

   7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

다. 사실관계

1) 청구법인의 사업자 기본사항 및 세적 변경 이력은 다음과 같다.

  나) 세적 변경 이력

  다) 청구법인은 ‘ㄱㄱ’의 친정 주소지에서 2022.3.24.개업 후 두 차례에 걸쳐 사업장을 이전하였다. 2024.8.6.자 사업자등록 정정신고서에 의하면,

경기도 〇〇군 〇〇읍 〇〇로 177, 402-63호 전대차 계약을 체결하였으며, 면적은 10㎡, 보증금 및 월세는 없는 것으로 나타난다.

  라) 2024.8.19.자 사업자등록 정정신고서에 의하면, 〇〇읍 〇〇로 177, 202호로 사업장 이전 신고하고, 사업장 면적은 33㎡, 보증금 10,000천원, 월세는 480천원으로 신고하였다.

 2) 조사청은 청구법인의 2024년 사업연도 법인세 신고내용 해명자료 검토 결과 본점 소재지를 〇〇으로 볼 수 없는 것으로 보고 2022년부터 2024년 사업연도에 감면받은 창업중소기업세액감면을 배제하여 법인세 1,390백만원을 과세예고통지 하였다.

〈표 삽입을 위한 공란〉

＜ 표 삽입을 위한 공란 ＞

 3) 조사청의 해명 안내에 따라 3차에 걸쳐 제출한 청구법인의 소명 내용에 의하면, “SNS마켓을 운영하는 사업의 특성상 〇〇 본점 사무실에 고정적으로 근무하는 직원 없이 대면 회의가 필요한 경우에만 본점에서 업무를 수행하였고,

서울 강남에 있는 사무실은 DD지방국세청 조사에서 관계사에 무상 제공한 것으로 인정되어 손금 부인된 바 있으므로, 조사청이 청구법인의 본점을 강남사무실로 본다면 세무조사 내용과 상충하며,

본점의 의미가 ‘ㄱㄱ’의 SNS의 촬영장소를 의미하는 것은 아닐 것이므로 실제 기획과 회의가 이뤄진 〇〇의 사무실이 본점이라고 보는 것이 타당하다.”라는 취지의 해명자료를 제출하였다.

  가) 청구법인이 제출한 소명서 요약내용은 다음과 같다.

  나) 3차 소명서에 첨부한 쟁점2사업장 촬영 사진은 다음과 같다.

 4) 청구법인이 과세전적부심사 청구에서 제출한 자료에 대해 살펴본다.

  가) 청구법인의 사업 운영 구조를 설명한 자료는 다음과 같다.

  나) 청구법인은 2024.7월 2023사업연도 법인세 신고와 관련하여 「법인세법」 제122조【질문ㆍ조사】 규정에 근거하여 조사청으로부터 창업중소기업세액 감면율 적용 오류(50% 적용 대상이나 100% 적용)에 대한 법인세 신고 관련 해명자료 제출을 안내받고, 2024.8월 감면율을 50%로 적용하여 법인세 수정신고 하였다.

  다) DD지방국세청은 청구법인과 4개의 관계법인에 대해 2025.4월부터 2025.5월까지 통합조사를 시행하였으며, 조사 대상 기간은 다음과 같다.

 5) 조사청이 제출한 자료에 대해 살펴본다.

  가) 청구법인이 2회에 걸쳐 제출한 신용카드 사용명세 검토 결과, 〇〇에서 사용한 영수증은 ‘〇〇면옥’2건으로 확인되며, 그 외 대부분의 사용처는 서울 지역으로 확인되어 사업자등록증상의 사업장 소재지를 본점으로 볼만한 근거가 부족하다는 의견이다.

  나) 청구법인과 GG컴퍼니는 전자세금계산서 수수 이메일 주소가 같고, IP주소와 랜카드 고유번호 등을 공유하고 있으며, IP 위치 조회 결과 서울시 길동, 삼성2동, 신사동 등으로 나타나는 근거를 다음과 같이 제출하였다.

  다) ‘ㄱㄱ’의 인스타그램에 ‘사무실 이사 완료’라고 2023.5.15. 올린 게시물을 다음과 같이 제출하였다.

 6) 국세통합전산망에 의하면, 청구법인은2023년～2024년 사업연도에 지급한 서울시 00 소재 FF빌딩 임차료 중 일부 금액을 손금불산입하여 2025.6.4.수정신고 하였다.

  가) 수정신고와 관련하여 DD지방국세청 조사담당자가 청구법인의 〇〇 본점과 서울 FF빌딩 사용현황에 대해 심리담당자에게 답변한 내용은 다음과 같다.

  나) FF빌딩 임대차계약서상 ‘임대할 부분은 4,5층 전체’로 기재되어 있다.

  다) GG컴퍼니는 2017.6월 설립한 전자상거래/의류업을 영위하는 법인이며, 2023. 7. 10.서울 강남구 역삼동 〇〇빌딩 3층에서 서울 서초구 FF빌딩으로 이전하였다.

 7) 청구법인이 GG컴퍼니에서 받은 세금계산서 거래내용에 대해 살펴본다.

  가) 청구법인이 2022년에 회계, 인사 등 운영관리 지원 수수료를 지급하고 수취한 세금계산서 금액은 다음과 같다.

  나) 2023년 GG컴퍼니로부터 수취한 세금계산서 거래내용은 ‘판매분 정산’, ‘마케팅비’로 나타나며, 세부 명세는 다음과 같다.

  다) 2024년 GG컴퍼니로부터 수취한 세금계산서 거래내용은 ‘물류비 정산’, ‘판매분 정산’으로 나타나며, 세부 명세는 다음과 같다.

 8) DD지방국세청은 주식회사 EE컴퍼니의 2021년부터 2023년 사업연도 법인세 경정 시 사업장 소재지인 서울시 광진구 아차산로 262 더샵스타시티 1307호가 당시 대표이사였던 ‘ㄱㄱ’가 거주지로 확인되어 임차료 관련 비용을 손금 부인하였다.

 9) 청구법인은 심리자료 사전열람 후 추가의견을 다음과 같이 제출하였다.

 1) 대주주 운영 사업의 업종 분류 및 청구법인과 ㈜GG컴퍼니의 관계

 가) 사업분류 : 청구법인의 대주주인 ‘ㄱㄱ’는 3종류의 사업을 운영하였다.

                  - ‘ㄱㄱ’의 사업내역 요약 -

※ 1) 속옷 및 의류를 자체 제작․판매하는 브랜드 사업, 2) 유튜브 조회/ 광고가 주 수입원인 사업, 3) 인스타그램 상품 홍보 → 구매 링크 제공 및 결제 중개 → 정산 구조로 된 공동구매・위탁판매 플랫폼사업(상품중개업)

 나) GG컴퍼니와의 관계 : 수많은 거래처 중 1개 업체

  (1) 청구법인의 매입처인 GG컴퍼니의 경우 ① 사업분류의 내용과 같이 전혀 다른 업종을 영위하고 있으며, 양사는 상품중개업자와 재고를 가진 거래처의 관계로 청구법인의 수많은 거래처 중 1개 업체에 불과하다.

  (2) GG컴퍼니의 매출 감소는 의류 사업이 사실상 폐업단계에 이르렀기 때문으로 청구법인의 매출 증가와 전혀 상관관계가 없으며, 양사는 각각의 전문경영인 체제를 유지하다 GG컴퍼니가 사업 정리(사업부진)를 결정함에 따라 회사 정리 목적으로 2024년 8월경 청구법인의 대표자가 GG컴퍼니 대표를 겸직하게 된 것이다.

2) 세무조사 관련 : FF빌딩 4층(이하 ‘FF빌딩’이라 한다.)을 청구법인의 본점으로 볼 만한 사항은 없음

 가) 세무조사 착수(현장 예치)와 관련하여 처분청이 FF빌딩을 청구법인의 본점으로 볼 만한 사항은 전혀 없다.

  (1) 조사청이 세무조사를 착수하여 예치한 자료는 청구법인 대표의 노트북 파일 복사가 전부이며, 쟁점 소재지에도 별도의 실물 자료는 전혀 없었다.

  (2) 세무조사 착수 시에는 전술한 바와 같이 청구법인의 대표가 GG컴퍼니 대표였기에 동 장소에 있었을 뿐이며, FF빌딩은 2개층으로 회의실 공간 2개의 오픈형 사무공간으로 구성되어 청구법인의 본점 소재지와 특별하게 다른 차이도 없다.

 나) 조사청이 FF빌딩 임차료를 부인(관계사에 무상임대)한 사실로만 봐도 청구법인이 FF빌딩을 사업장으로 사용하지 않았음이 명백하다.

3) 본점 소재지 관련 사항

 가) 청구법인은 본점 소재지에서 사업을 영위하였음을 증명하는 증빙으로 〇〇마당 공인중개사 〇〇〇가 작성한 사실확인서(대표 등이 주 2～3회 본점 소재지 방문, 사업관련 내용 설명)를 추가 제출하고자 한다.

 나) 청구법인 설립 시 본점 소재지는 대주주의 주소지이다.

     대주주인 ‘ㄱㄱ’가 운영하는 법인의 모태인 개인사업장들은 모두 개업당시 대주주의 주소지를 소재지로 정한 것으로 창업중소기업세액감면을 받기위해 고의적으로 〇〇을 사업장으로 선택한 사실이 없다.

 다) EE컴퍼니의 주상복합건물 및 FF빌딩은 ‘모두 각본에 따라 촬영한 장소(수많은 스튜디오 중 1곳)에 불과’하다.

     ‘ㄱㄱ’와 같은 유명인의 경우 인스타그램에 올라온 내용의 실상은 사실에 기반하여 구독자들이 선호할만한 내용을 게시한 것이며, 이는 모두 작가의 각본에 의해 구성된 것이어서 게시물의 배경을 근거로 하여 청구법인의 본점으로 볼 수 없다.

 라) 관계사와 동일 IP․랜카드 및 복합기, 프린터 사용은 다수의 관계사를 운영하는 중소기업 운영상 불가피하게 발생하는 일반적인 현상으로, 해당 사항만으로 FF빌딩을 청구법인 본점으로 보는 것은 지나친 억측이다.

4) [중복조사] 처분청의 2022～2023년 사업연도분 과세예고통지는 중복조사에 해당하며, 재조사 예외사유에 해당하지 않음이 명백하다.

 가) 조사청은 2022년 사업연도 창업중소기업세액감면에 대하여 검토한 사실이 명백히 존재한다.

 나) 2023년 사업연도 또한 후술하는 이유를 근거로 질문․조사권을 행사한 사실이 있다.

  (1) 조사청의 실무적인 관행을 볼 때 매년 또는 일정한 시기를 기준으로 신고내용 확인(사후검증)을 정기적으로 이루어지고 있는 것으로 이해되며, 2023년 사업연도 또한 2024년 사업년도와 같은 처리기준에 따라 검토가 이루어져 질문․조사권을 행사하였을 것으로 추정³⁾된다.

  (2) 나아가 연구인력개발비 세액공제라든지 통합투자 세액공제, 고용증대 세액공제 등 성격이 다른 별도의 세액공제가 아닌 동일한 세액감면 사항 내 세부 내용을 두고 각기 다른 항목에 해당하므로 중복조사에 해당하지 않는다고 주장하는 것은 상식적인 선에서도 이해하기 어렵다.

 다) 2022～2023년 사업연도에 대한 과세예고통지는「국세기본법」상의 재조사 예외 사유에 해당하지 않는다.

  (1) ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’ 관련 여부 : 해당없음

        대법원은 ‘종전 세무조사에서 이미 조사된 자료’를 ‘조세탈루의 혐의를 인정할만한 명백한 자료’에서 제외하는 것으로 판시한 사실이 있고 (대법원 2010두6083, 2011.1.27.선고), 기존 법원 판례 및 심판례 등에서 확인되는 ‘명백한 자료’에 해당하는 유형은 다음과 같다.

조사청은 “부동산등기증명서, 로드뷰, ‘ㄱㄱ’의 인스타그램, 신용카드 사용명세, NTIS 전산자료(총사업내역, 신고내역, 전자세금계산서 등)을 바탕으로 분석한 내용을 주장의 기본근거로 삼고 있는 것으로 보이나,

조사청이 과세의 근거로 삼고 있는 그 어떤 자료도 원천적으로 세무조사 당시 확보가 불가능했거나, 세무조사 이후 새롭게 생성되었거나, 외부에서 별도로 확인된 자료에 해당하는 것은 전혀 존재하지 않는다.

결국 조사청이 제시하는 자료는 세법에서 규정하고 있는 명백한 자료에 해당하지 않음이 분명하다.

  (2) 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’ 관련 : 해당없음

     대법원은 ‘2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우’에 대해 “다른 사업연도에 발견된 것과 같은 종류의 잘못이 해당 사업연도에 단순히 되풀이되는 때에는 이러한 재조사의 예외적인 허용사유에 해당한다고 볼 수 없다. (중략) 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 할 것이므로, 과세관청이 하나의 원인으로 인하여 2개 이상의 사업연도에 걸쳐 과세표준 및 세액의 산정에 관한 오류 또는 누락이 발생한 경우임을 뒷받침할 만한 구체적인 자료에 의하여 재조사를 개시한 경우에 비로서...(중략) 적법한 재조사에 해당한다고 할 것이다.”라고 판시하였다.(대법원 2014두6562, 2017.4.27.)

위 대법원 판례에서와 같이 재조사의 예외적인 허용 사유는 재조사 개시 당시에 이미 구체적인 자료에 의하여 구비되어 있어야 하나 전술한 ‘조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’ 항에서 설명한 바와 같이 조사선정 시점(검토 대상은 2024사업연도에 해당) 이전의 사업연도에 대한 구체적인 자료는 존재하지 않았으므로 재조사 대상이 아님이 명백하다.

라. 판단

청구법인은 주위적 청구로 실제 사업장을 특정하지도 않고 수도권 과밀억제권역 외 지역인 〇〇에 사업장이 소재하지 않은 것으로 보아 2022년부터 2024년 사업연도에 대한 창업중소기업세액감면을 배제한 조사청의 과세예고통지 처분이 부당하다고 주장하고 있어 이에 대해 살펴본다.

 청구법인은 대주주 ‘ㄱㄱ’의 주소지인 쟁점1사업장에서 사업을 총괄하다가 사업을 확장하면서 쟁점사업장2로 이전하여 사업을 영위하였으므로 쟁점1사업장과 쟁점2사업장은 존재하지 않은 것으로 보고 창업중소기업세액감면을 부인한 처분은 부당하다고 주장하나,

청구법인이 이 건 청구이유에서 사업에 핵심적인 역할을 담당하고 있다고 주장하는 ‘ㄱㄱ’는 주민등록상 주소와 달리 서울시 ○○구 ○○ ○○○호에 거주하였음이 DD지방국세청의 주식회사 EE컴퍼니에 대한 조사에서 확인되었고 ‘ㄱㄱ’의 SNS 영상에서도 배경 장소로 확인되는 점, 조사청의 해명자료 제출 안내를 받고 쟁점1사업장과 관련하여 어떠한 증빙도 제출하지 못한 점으로 볼 때 주소지가 〇〇인 ‘ㄱㄱ’의 편의를 위해 쟁점1사업장에서 중요 업무를 수행하였다는 청구주장을 받아들이기는 어려워 보인다.

그리고 2023년 5월부터는 청구법인이 임차한 서울시 서초구 ○○ FF빌딩 4층에는 특수관계법인 주식회사 GG컴퍼니 소속 직원들이 근무하고 5층에는 청구법인 소속 직원들이 근무하고 있었음이 DD지방국세청 조사에서 확인되었고, 청구법인과 주식회사 GG컴퍼니의 전자세금계산서 수수 시에 사용된 이메일 주소 및 세금계산서를 발행한 컴퓨터의 IP주소, 랜카드 고유번호가 같은 점도 청구법인의 업무를 총괄하는 장소가 서울 서초구 소재 FF빌딩에 존재하였다는 조사청의 주장을 뒷받침하고 있어 2022년부터 2024년 사업연도에 대하여 청구법인의 사업장이 서울 지역에 소재하는 것으로 보고 창업중소기업세액감면을 배제하여 과세예고통지 한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

 다음 예비적청구로 청구법인은 ’22사업연도는 DD청 비정기조사를 받았고, ’23사업연도 신고내용에 대하여 ’24.7월 감면율 적용 오류에 따른 해명 안내를 받고 감면율을 50%로 수정신고 하였으므로, ‘22년～’23년 사업연도는 중복조사라는 주장에 대해 살펴본다.

이 건 해명자료 제출 안내는 조사청이 내부자료를 서면 검토한 결과 청구법인이 2022년부터 2024년 사업연도에 감면받은 창업중소기업세액감면과 관련한 법인세 신고내용의 적정 여부를 확인하기 위하여 사업장으로 등록한 수도권 과밀억제권역 외에서 실제 사업 여부에 대한 해명자료의 제출을 요구한 것으로 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하고, 포괄적인 질문검사권을 행사한 것이 아니라서 이를 세무조사로 보기 어려운 점 등에 비추어, 중복조사에 해당한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

5. 결론

 이 건 과세전적부심사 청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로「국세기본법」제81조의15 제5항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.