이 유

1.사실관계 및 처분내용

가.청구인은 2023.5.31. 조종선에게 경기도 안성시 C, 54, 55 (이하 “쟁점토지”라 한다)를 225,360,000원에 양도하고, 2023.7.27. 쟁점토지 양도소득세 신고시 8년 자경 감면을 적용하여 양도소득세 0원으로 신고하였다.

나.중부지방국세청 감사관실은 처분청에 대한 정기종합감사를 하여 청구인이 양도한 쟁점토지가 8년 자경 감면요건에 충족하지 않고 비사업용토지에 해당하므로 청구인에게 8년 자경 감면 배제 및 비사업용토지 세율 적용하여 과세하는 처분지시를 하였고, 처분청은 동 처분지시를 근거로 청구인에게 2023년 양도소득세 52,219,350원을 결정·고지하였다.

다.청구인은 이에 불복하여 2024.10.17. 이의신청을 거쳐, 2025.1.20. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2.청구인 주장

가.쟁점토지는 농지로 경작한 토지이다.

쟁점토지는 청구인과 그 남편(2020.5.20. 사망)이 각자 대표이사로 재직했던 주식회사 D(이하 “D”이라 한다)의 본사 및 공장의 소재지 바로 옆에 있던 토지로 청구인 남편이 사망하여 청구인이 상속받았는데, 공장 부속토지로 용도변경을 시도하였으나 변경허가가 이루어지지 않아 배를 심어 과수원을 경작해왔고 재배한 배는 직원들과 거래처 등에 나누어 주었다.

    이처럼 쟁점토지가 농업에 공하던 토지라는 점은 쟁점토지가 위치한 공도면 양기리 이장과 D에 재작한 직원들의 진술로 입중할 수 있고, 농지대장에 2023.3.13. 농업경영 경작확인을 받은 것으로도 확인이 되는 사실이다.

나.청구인은 쟁점토지 인근에 거주하였으므로, 재촌요건을 충족한다.

    청구인의 주민등록상 주소지는 경기 용인시 수지구 E으로 쟁점토지 거리가 30㎞를 초과하기는 하나, 청구인은 쟁점토지 바로 옆인 D 건물 내 숙소에 거주한 사실이 있다.

    청구인은 D 2층에 위치한 사장실 내 별도로 존재하는 침실과 거실에서 1주일에 이틀 가량을 숙식하면서 쟁점토지에서 배를 경작하였고, 쟁점토지 취득일 이후 양도 시점까지 이런 생활을 유지하였다.

다.소득요건을 소급 적용하여 세액감면을 판단하는 것은 위법하다.

처분청은 8년 자경농지 세액감면 요건인 소득요건(즉, 근로소득 연 3,700만원 이상 있을 경우 감면 배제)를 충족시키지 못한다고 해석하여 세액감면을 배제하였으나 이는 세법 적용시기를 잘못 해석한 것이다.

｢조세특례제한법 시행령｣제66조 제14항은 2020.2.11. 개정되었고, 동 시행령의 부칙 경과조치에 따르면 2020년도 이후 과세분에 대해서만 적용된다고 기재되어 있는바, 농지소득 외의 사업소득과 근로소득 합계액이 3,700만원 이상인 경우 세액감면을 배제하는 규정은 2020년도 이후에 발생하는 사업소득과 근로소득을 대상으로 하여야 하고 2019년 이전의 기간에 대해 소득요건으로 판단하는 것은 법률의 소급적용에 해당하므로 위법하다.

    따라서 자경기간에서 제외되는 기간은 2020.1.1.부터 2023.5.31.까지로 3년 5개월에 불과하고, 2001.1.1.부터 2019.12.31.까지는 자경을 한 것이므로 8년 이상 자경농지에 해당한다고 보아야 한다.

라.결어

    처분청은 8년 자경농지 세액감면 요건인 소득요건을 충족하지 못한다고 하여 쟁점토지의 양도에 대해 세액감면을 배제하였으나, 쟁점토지는 실제 8년 이상 농업에 사용되었고, 청구인이 쟁점토지 인근 주소지에 실지로 거주한 사실이 확인되며, 세액감면 요건 중 소득요건은 세법 시행일 이후의 기간에만 적용되어야 하므로 소득요건에 의한 세액감면이 배제된다고 할 수 없으므로 쟁점토지에 대한 세액감면 배제 처분은 취소되어야 한다.

3.처분청(감사관) 의견

가.청구인이 양도한 쟁점토지는 ｢조세특례제한법｣ 제69조에 따른 자경농지에 대한 양도소득세 감면 대상에 해당하지 않는다.

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며， 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조)고 판시하고 있고, 자경농지에 대한 양도소득세 감면을 받기 위해서는 거주자가 농지소재지에 거주(재촌)하면서 8년 이상 직접 경작(자경)한 농지를 양도일 현재 농지인 상태로 양도하여야 한다.

  이 때 농지소재지 거주(재촌)요건은 ① 농지가 소재하는 시·군·구 안의 지역, ② ①의 지역과 연접한 시·군·구 안의 지역, ③ 해당 농지로부터 직선거리 30㎢ 이내의 지역이라고 규정되어 있고, 자경요건은 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 직접 경작하는 것으로 경작기간을 계산할 때 사업소득금액과 총급여액의 합계액이 3,700만원 이상인 과세기간은 경작기간에서 제외하여야 한다.

청구인의 쟁점토지에 관하여 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건을 검토한 바, 재촌·자경 요건이 미충족하여 감면 대상에 해당하지 않는다.

나.쟁점토지는 비사업용토지이다.

 1)｢소득세법｣ 제104조의3 제1항(비사업용토지의 범위)에서는 토지의 사실상 지목이 농지인 경우 그 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지는 비사업용토지라고 규정하고 같은법 시행령 제168조의6 (비사업용토지의 기간기준)에서는 농지소유자가 토지의 보유 기간에 일정 기간 사업용으로 사용하여야만 비사업용토지에서 제외된다고 규정하고 있다.

 2)또한 제168조의8(농지의 범위) 제2항에서는 재촌·자경의 의미를 규정하면서 농지소유자가 일정 소득 초과(총급여액 및 사업소득금액 합계 3,700만원 이상) 시에는 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제14항을 준용하여 자경 기간에서 제외하도록 규정하고 있으므로 법령에 비추어 청구인의 쟁점토지에 대한 비사업용토지를 판정하면 다음과 같이 재촌·자경 요건에 해당하지 않아 사업용토지로 볼 수 없다.

다.소득요건을 적용한 것은 소급과세가 아니고, 청구인이 자경한 사실을 인정하기 어려우므로 청구인의 주장은 이유 없다.

 1)청구인은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제14항이 2020.2.11. 개정되었기 때문에 소득요건(총급여액 및 사업소득금액 합계 3,700만원 이상)은 2020년도 이후부터 적용되어야 한다고 주장하나 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항의 주요 연혁을 살펴보면 소득요건은 2014.2.21. ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조 제14항을 신설(대통령령 제25211호)되어 2014년 7월 1일 이후 양도하는 분부터 적용하고 있고, 2017.2.7. 시행령을 개정(대통령령 제27972호)하여 시행일(2017.2.7.) 이후 양도하는 분부터는 사업소득금액이 음수인 경우에는 사업소득금액을“0”으로 보아 계산하며, 2020.2.11. 시행령을 개정(대통령령 30390호)하여 시행일 (2020.2.11.)이 속한 과세기간부터 총수입금액 기준을 적용하고 있다.

따라서 청구인은 소득요건 법령에 대하여 2014.2.21. 신설된 것을 2020.2.11. 개정된 것으로 오인한 것으로 보인다.

 더구나 이미 다수의 판례(대법원 2018.5.11. 선고 2018두36103)에서 소급과세에 해당하지 않는 것으로 판시하고 있어 청구인의 주장 자체로 이유가 없고, 처분에 중대한 오류가 있다는 청구인 주장은 타당하지 않다.

 2)청구인은 D의 건물 내 숙소에서 일주일에 이틀 가량 거주를 하며 자경하였다는 취지의 증빙으로 침실 사진과 자경 사실확인서(사택 거주 포함)를 제출하였고, 자경사실확인서는 총 3매(G, 정이진, H)로 확인서상1983년 7월경부터 양도일(2023.5.30.) 현재까지 I와 그 남편(J 2020.5.20. 사망)이 주식회사 D의 사택에 거주하면서 회사 바로 옆에 있는 대상 농지에서 배를 직접 경작하였음을 확인한다는 내용이 기재되어 있다.

    그러나 청구인이 D의 건물 내 숙소에서 거주한 사실의 증빙이라고 제출한 사진에 찍힌 해당 건물의 사용승인일은 2000.12.20.(허가일 및 착공일 2000.6.21.)인 것으로 건축물대장에서 확인되고, 위 확인자들은 청구인이 대표로 있는 D 직원들인 G(2001년), K(2003년), H(1995년)으로 확인된다.

  즉, 위 자경사실확인서에 따르면 1983년 7월경에 존재하지 않는 건물에서 청구인과 그 배우자가 1983년 7월경부터 D 사택에 거주하며 쟁점토지를 자경하였다는 것으로 이는 사실과 반하는 내용으로 확인서의 내용은 신뢰하기 어렵고, 확인자들이 청구인이 대표로 있는 D 직원들이라는 점에서 청구인의 재촌·자경을 증명할만한 객관적인 증빙으로 인정할 수 없다.

라.결론

  청구인의 쟁점토지는 자경농지에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하지 않는 등 자경 감면 대상에 해당하지 않으므로 자경 감면을 부인한 당초 처분은 정당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

     청구인은 쟁점토지를 자경하였고, 소득요건은 2020년 이후 소득에만 적용되어야 하므로 양도소득세 감면 배제가 위법하다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

 1)소득세법제104조의3【비사업용 토지의 범위】

  ① 제104조제1항제8호에서 "비사업용 토지"란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.

1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

가. 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지. 다만, 「농지법」이나 그 밖의 법률에 따라 소유할 수 있는 농지로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다.

나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치시(특별자치시에 있는 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ특별자치도(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역(「지방자치법」 제3조제4항에 따른 도농 복합형태인 시의 읍ㆍ면지역은 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 도시지역(대통령령으로 정하는 지역은 제외한다. 이하 이 호에서 같다)에 있는 농지. 다만, 대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지로서 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ특별자치도 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령으로 정하는 기간이 지나지 아니한 농지는 제외한다.

1-1) 소득세법 시행령 제168의6【비사업용 토지의 기간기준】

① 법 제104조의3제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간

나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간

다. 토지의 소유기간의 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간

1-2) 소득세법 시행령 제168조의8【농지의 범위 등】

②법 제104조의3제1항제1호가목 본문에서 "소유자가 농지소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지"란 제153조제3항에 따른 농지소재지에 사실상 거주(이하 "재촌"이라 한다)하는 자가 「조세특례제한법 시행령」 제66조제13항에 따른 직접 경작(이하 "자경"이라 한다)을 하는 농지를 제외한 농지를 말한다. 이 경우 자경한 기간의 판정에 관하여는 「조세특례제한법 시행령」 제66조제14항을 준용한다.

2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

⑬법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것

2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것.

⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

1. 「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

 2. 「소득세법」 제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조제5항제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

다. 사실관계

1.  1)청구인 및 D 기본사항

2.   가) 청구인은 1983.7월부터 쟁점토지를 소유한 자로 이에 대한 다툼은 없고, 주민등록등본 기재에 따르면 2015.3월부터 경기 용인시에 거주하였다.

3.   나) 국세청 전산자료에 따르면 청구인의 급여액은 2001년부터 총 37백만원 이상이었던 것으로 확인되고 이에 다툼은 없다.

4.

5.   다) 국세청 전산자료에 따르면, 청구인과 배우자 J은 2019.4.16.까지 D의 공동대표였다가 이후 I 단독 대표가 된 것으로 확인된다.

6. 2)쟁점 법률 연혁 및 취지

7.   가) 조사청은 세액감면 소득요건은 2014.2.21.부터 신설된 것이라고 주장하는데 2014.2.21.에 신설된 ｢조세특례제한법 시행령(대통령령 제25211호)｣ 제66조제14항 조문 및 개정 이유는 다음과 같다.

8.

9.   나) 청구인은 세액감면의 소득요건은 2020.2.11. 개정되었고, 부칙 경과조치에 따르면 2020년도 이후의 과세분에 대해서만 적용된다고 주장하는데, 2020.2.11. 개정된 ｢조세특례제한법 시행령(대통령령 제30390호)｣ 제66조제14항 조문 및 개정 이유는 다음과 같다.

10.

11.

12.

13.  3)청구인 제출 서류 등

14.   가) 청구인은 자경사실을 입증하는 자료로 G, K, H 작성 확인서를 제출하였다.

15.   나) 청구인은 재촌 및 자경을 주장하며 사진을 제출하였다.

16.  4)통지관서 제출 서류 등

  통지관서는 확인서 내용과 청구인이 제출한 사진에 관하여, 청구인이 ㈜D의 건물 내 숙소에서 거주한다며 제출한 사진 속 건물의 사용승인일은 2000.12.20.(허가일 및 착공일 2000.6.21.)인 것으로 건축물대장상 확인된다며 건축물대장을 제출하였다.

   건축물대장상 기재 내용에 따르면 경기도 안성시 C 외 1필지 A동은 사용일자가 1995.9.6.로 기재되어 있고, B동은 허가일자 2000.6.21., 착공일자 2000.6.21., 사용승인일자 2000.12.20.로 기재되어 있다.

라.판단

 1) 관련 법리

가)｢소득세법｣ 제104조의3 제1항 제1호는 대통령령으로 정하는 기간 동안 농지 소유자가 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 않은 농지를 비사업용 토지라고 규정하고 있고, 이에 관하여 ｢소득세법 시행령｣ 제168조의8은 자기가 경작하지 않은 농지란 재촌하는 자가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제13항에 따른 직접 경작 하는 농지를 제외한 농지를 말한다고 규정하면서 이 때 자경 기간 판정은 같은 법 제66조 제14항을 준용한다고 규정하고 있으며, 이러한 법령에 따라 총급여액의 합계액이 3700만원 이상인 과세기간은 자경 기간에서 제외된다.

나)대법원은 ‘조세감면의 우대조치는 조세평등주의에 반하고 국가나 지방자치단체의 재원의 포기이기도 하여 가급적 억제되어야 하고 그 범위를 확대하는 것은 결코 바람직하지 못하므로 특히 정책목표 달성이 필요한 경우에 그 면제혜택을 받는 자의 요건을 엄격히 하여 극히 한정된 범위 내에서 예외적으로 허용하여야 한다’고 판시하면서(서울고등법원 2018.1.24. 선고 2017누73213, 대법원 심리불속행 기각),

   ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제14항에 따라 자경 여부의 조사 없이 특정 기준에 따른 과세기간을 경작기간에서 제외한 뒤 인정된 경작 기간이 8년에 미치지 못할 경우 양도소득세 감면 혜택을 부여하지 않음으로써, 실제로 8년 이상 자경하였으나 그 중 일부 기간의 총급여액과 사업소득금액의 합계가 3,700만 원 이상인 사람의 재산권을 제한하게 되더라도 과잉금지원칙에 반하여 헌법상 보장된 재산권의 본질적 내용을 침해한다고 볼 수 없다고 판시하였다(춘천지방법원 2018.4.17. 선고 2017구합51059).

   나아가 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제14항 적용이 소급과세금지 원칙에 반하는지에 관하여, ‘조세법령불소급의 원칙 또는 소급과세금지의 원칙이란 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침의 변경이 있은 경우 그 효력 발생 전에 종결한 과세요건사실에 대하여 당해 법령 등을 적용할 수 없다는 것이지, 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령 등을 적용하는 것을 제한하는 것은 아니다(대법원 1996. 10. 29. 선고 96누9423 판결 등 참조). 원고의 경우 이 사건 토지를 보유하던 와중에 이 사건 쟁점조항이 신설되었지만 위 쟁점조항의 시행 당시에는 이 사건 토지의 양도라는 과세요건이 아직 완성되지 않았던 이상, 과세요건을 강화하는 방향으로 위와 같이 개정된 위 쟁점조항을 그 시행 이후에 이 사건 토지의 양도라는 과세요건이 완성된 이 사건에 적용한다고 하여 이를 소급과세금지의 원칙에 반하는 것이라고 볼 수 없고, 여기에 행정청이 모법의 위임범위 내에서 어떠한 기준을 정할 것인지에 관하여는 행정입법상의 재량권이 있고, 모법의 입법취지 등을 고려하여 연 3,700만 원의 소득 기준을 설정한 것이 그 자체로서 불합리하거나 자의적인 기준에 불과하다고 볼 특별한 사정도 엿보이지 아니하며, 이 사건 쟁점조항의 신설로 인하여 그 시행일을 기준으로 그 자산 양도 시기의 선후에 따라 세액이 달라진다고 하더라도 이는 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용을 위해 납세자의 신뢰가 매우 제한적으로 보호되는 특수성이 있는 조세법령의 특성상 신법령의 적용에 따른 불가피한 결과일 뿐이지 이를 가지고 평등원칙에 위반되는 것이라고 할 수도 없다’고 판시하였다(수원지방법원 2017.9.20. 선고 2017구단6857, 대법원 심리불속행 기각).

2) 쟁점토지가 자경농지에 대한 양도소득세 감면 요건을 충족하는지에 대한 판단

가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 처분청의 당초 처분은 정당하다.

(1)청구인은 2001년부터 2023년까지 총급여액이 3,700만원 이상인 사실이 확인된다.

(2)청구인은 총급여액의 합계액이 3,700만 원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간을 경작기간에서 제외한다는 내용의 규정이 2020.2.11. 개정되었기 때문에 소득요건은 2020년 이후에 적용되어야 한다고 주장하나, 이는 사실과 다르고 2014.2.21. 대통령령 제25211호에 관련 규정이 있었던 것으로 확인된다.

(3)청구인은 ｢조세특례제한법 시행령｣ 제66조제14항이 신설되기 전 과세기간에 해당 규정을 적용하여 경작 기간을 제외하는 것은 소급과세에 해당한다고 주장하나,

법원은 일관되게 양도소득세 감면 요건을 강화한 위 조항은 2014.7.1. 이후 양도되는 분 즉 시행 이후 양도되는 농지에 적용될 뿐 시행 이전에 이미 양도되어 법률관계가 종결된 농지에 적용되는 것은 아니므로 이 사건 쟁점조항이 소급과세금지의 원칙에 반한다고 볼 수 없다고 판시하면서, 실제로 8년 이상 자경하였으나 그 중 일부 기간의 총급여액과 사업소득금액의 합계가 3,700만 원 이상인 사람의 재산권을 제한하게 되더라도 과잉금지원칙에 반하여 헌법상 보장된 재산권의 본질적 내용을 침해한다고 볼 수 없다고 판시하고 있으므로

위와 같은 청구인 주장은 이유 없다.

(4)2001년부터 2023년까지 청구인의 총급여액은 3,700만원 이상이므로 이 기간은 감면요건을 충족하지 못한 것이고, 따라서 해당 기간은 자경기간에서 제외되는 것으로 보아야 한다.

나) 이처럼 최소한 2001년부터 양도일까지 약 20년 이상 청구인의 소득이 3,700만원을 초과하므로 쟁점토지를 자경한 것으로 볼 수 없는데, 이는 ➀토지 소유기간 약 40년 중 40%를 초과하고, ➁양도일 직전 5년 중 2년을 초과하며 ➂양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 것이므로 청구인의 주장과 달리 양도소득세 감면 요건을 충족하였다고 볼 수 없다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.