이 유

1. 처분개요

가. ㈜A(대표 B, 이하“청구법인”이라 한다)는 2012.3.16. 개업하여 인천 연수구 소재에서 부동산개발, 컨설팅을 주된 업종으로 사업을 영위하는 법인이다.

나. 청구법인은 C건설㈜(이하 “C건설”이라 한다)과 2019.9.4. 인천시 D공원 개발사업의 공동시행계약(이하 “D공원사업”이라 한다)을 체결하고, 2020.4.2. E구역 오피스텔 건축 및 분양사업(이하 “E구역 분양사업”이라 한다)을 위한 공동사업계약을 체결(이하 “공동사업계약”이라 한다)하여 사업을 진행하다가 2021년 2월에 D공원사업과 E구역 분양사업의 계약을 해지(이하 “쟁점거래”라 한다)하였다.

다. 청구법인이 쟁점거래의 대가로 지급받는 공급대가 10,513,000,000원(이하 “쟁점금액”이라 한다) 중 2,870,000,000원은 C건설이 투자금으로 청구법인에 기 지급한 금액을 “D공원개발 특례사업 용역계약서”에 근거하여 용역계약일 2021.2.10.에 지급하는 것으로 하고,

이를 차감한 7,643,000,000원은 F개발㈜(이하 “청구외법인”이라 한다)와 “E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서”에 근거하여 2021.2.10.과 2021.4.30. 각 10억원씩 지급받고, 잔금 5,643,000,000원은 분양을 통해 정산완료일(미도래)에 받는 것으로 합의하였다.

라. 청구법인은 2,870,000,000원은 C건설로, 2,000,000,000원은 청구외법인으로 세금계산서를 발행하고 수입금액에 반영하여 법인세 및 부가가치세를 신고하였으며, 잔금 5,643,000,000원에 대해서는 공급시기가 미도래하였다고 주장하며 세금계산서 발행 및 수익에 이를 반영하지 않았다.

라. G지방국세청(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.11.26.부터 2025.4.7.까지 청구법인에 대해 법인통합 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 C건설에 무형자산인 사업시행권(재화)을 양도한 것으로 보아 공동사업계약 해지합의일인 2021년 2월을 재화의 공급시기로 보고 사업권 양도대가인 쟁점금액 총액 10,513,000,000원 중 수익 인식 누락한 5,643,000,000원에 대해 법인세 및 부가가치세 과세표준에 가산하고, F개발㈜로 발급한 세금계산서 총 20억원은 사실과 다른 세금계산서 발급에 대한 가산세를 적용하였으며, 실제 근무하지 않은 사실이 확인된 H*의 인건비 총 77,500,000원를 손금불산입하고 배당 소득처분하는 내용으로 2025.4.17. 세무조사 결과통지를 하였다.

 * 청구법인 대표 B의 자녀이자 청구법인의 주주(20% 보유)

마. 청구법인이 과세전적부심사 청구을 하지 않음에 따라 청구법인의 관할 세무서인 I세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2025.6.2. 2021 사업연도 법인세 1,396,810,893원, 2022 사업연도 법인세 324,000원, 2023 사업연도 법인세 208,000원, 2021년 제1기 과세기간 부가가치세 876,867,966원을 고지하고 H에게 2021∼2023년 귀속 총 77,500,000의 소득금액변동 통지를 하였다.

바. 이에 청구법인은 2025.8.12. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

 가. 사실관계

 1) 공동사업계약

  가) 2020.4.2. 청구법인과 C건설은 「인천시 E구역 도시개발사업지구 25블럭 1롯트의 오피스텔 건축 및 분양사업」을 공동으로 추진하기로 계약을 체결하였으며 계약내용은 다음과 같다.

  나) 청구법인은 분양사업을 해 본 경험과 노하우가 축적되어 있었고, 분양사업에 전혀 경험이 없었던 C건설 측으로부터 공동사업 제안을 받고, C건설이 필요한 자금을 투입하기로 하는 약정을 하게 되었다.

  다) E구역분양사업을 위한 토지를 청구외법인이 소유하고 있었기 때문에 C건설이 청구외법인 소유의 토지를 매입하고, 청구외법인의 주식을 인수하는 역할을 담당한 것이다. C건설이 E구역분양사업을 위한 토지매입을 완료하면 C건설과 청구법인은 특수목적법인(SPC)을 5:5의 지분으로 설립하여 진행하기로 약정하였다.

 2) C건설의 E구역분양사업 계약 위반

  가) C건설은 청구법인과의 공동사업계약에 근거하여 청구외법인의 주식을 인수한 후 특수목적법인 설립 절차를 진행해야 함에도 이를 계속 미루었다. 나아가 특수목적법인 설립 없이 청구외법인을 위탁자로 하는 토지신탁계약을 체결함으로써 공동사업계약을 위반하고 2020.9.1. 청구외법인의 임원진을 C건설이 정한 임원진(대표이사 AA, 사내이사 BB, CC, DD)으로 교체하여 청구법인을 E구역분양사업에서 배제하려 하였다.

 3) 공동사업계약 위반에 대한 법적 책임 통보

  가) C건설이 청구법인을 배제하려는 상황을 우려하여 청구법인은 공동사업계약서에 근거하여 사업의 50% 지분을 확보하기 위해 C건설에게 청구외법인의 주식 50%를 청구법인에게 이전하고, 청구외법인 등기이사 2명의 등재를 요청하는 공문을 2020.6.23., 2020.8.11. 2회에 걸쳐 발송하였다.

  나) 또한, 청구법인은 C건설이 공동사업계약을 준수하지 않고 단독으로 E구역분양사업을 수행할 목적이라면 청구법인의 지분 50%를 포기하는 조건으로 C건설 측이 10,513,000,000원을 합의금으로 지급해야 한다는 추가 합의에 대한 의견을 담은 합의서(안)을 2020.9.4. 발송하였고, 추가합의에 대한 의사가 없을 경우 공동사업계약서에 근거하여 계약위반에 따른 민·형사상 법적책임을 물을 것을 통보하였다.

 4) 쟁점거래 합의

  가) 2021년 2월 C건설과 청구법인은 2019.9.4. 체결한 D공원사업 계약서와 2020.4.2. 체결한 E구역분양사업 계약을 무효화하는 계약해지 합의서를 작성하였다. 청구법인이 공동사업 지분 50%를 포기하는 대가로 지급하는 합의금은 총 10,513,000,000원으로 합의하였다.

  나) 다만, 합의금 10,513,000,000원의 지급방법과 관련하여 C건설이 이 사건 공동사업이 아닌 다른 사업과 관련하여 청구법인에 기지급한 2,870,000,000원은 “D공원개발 특례사업 용역계약서”에 근거하여 지급하는 것으로 하고, 이를 차감한 7,643,000,000은 “E구역 오피스텔 신축 분양사업 용역계약서”에 근거하여 지급하는 것으로 합의한 내용으로 2020.4.2. 체결한 E구역분양사업계약을 무효화하고 받기로 한 합의금은 실질적으로 7,643,000,000원이다.

  다) “E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서”에 의하면 대가지급과 관련하여 J개발과 용역계약 체결 시 10억원을 지급하고, 2021.4.30. 10억원을 지급하고, 정산완료일에 5,643,000,000원을 지급하기로 하였다. 청구법인은 20억원에 관하여는 청구외법인으로 세금계산서를 발행하였고, 정산완료일에 지급받기로 한 금액은 아직 공급시기가 도래하지 않아 세금계산서 미발행한 상태이다.

  라) 쟁점거래에 따라 청구법인이 발행한 세금계산서 내역을 정리하면 다음과 같다.

나. 합의금의 부가가치세 과세대상 여부에 관한 대법원의 판단기준

 1) 대법원 판례는 이 사건처럼“양 당사자가 공동사업에 관한 협약을 체결하고 공동사업체를 운영하여 이익이 발생한 경우로서 그 협약에 따라 공동 사업에서 발생한 이익을 분배하는 경우” 그 이익분배금에 대한 부가가치세 과세대상 여부에 관한 판단기준을 다음과 같이 제시하고 있다.

 2) 공동사업체의 사업운영 형태가 양 당사자의 공동사업인 경우에는 공동사업 계약에 따른 이익금 또는 정산금의 지급은 부가가치세 과세대상에 해당하지 않지만, 공동사업체의 사업운영 형태가 양 당사자 중 1인의 단독사업인 경우에는 그 이익금 또는 정산금은 재화 또는 용역의 대가로서 부가가치세 과세대상에 해당한다(대법원 2016.6.23. 선고 2016두33483 판결, 대전고등법원 2016.1.15. 선고 2015누12227 판결, 대전지방법원 2015.7.9. 선고 2014구합100985 판결 참조).

 3) 이러한 법리를 이 사건에 적용할 경우 양 당사자는 C건설과 청구법인이고 공동사업체는 F개발㈜인 청구외법인이다. 따라서 공동사업체인 청구외법인의 운영형태가 C건설과 청구법인의 「공동사업」인 경우에는 이 사건 합의금은 부가가치세 과세대상에 해당하지 않지만, 「C건설의 단독사업」인 경우에는 이 사건 합의금은 E구역분양사업과 관련된 용역의 대가로서 부가가치세 과세대상에 해당하고, 그 용역을 공급받는 자는 C건설이 아닌 분양사업의 사업주체인 청구외법인이 되는 것이다.

 4) 한편, 청구외법인이 「청구법인의 단독사업」인 경우에는 사업권(재화)의 양도가 될 것이나, 청구외법인이 청구법인의 단독사업이 아니라는 점은 자명한 사실이므로 이러한 측면에서 조사청의 이 사건 부과처분 근거는 성립할 수 없다.

다. (쟁점1) 공동사업의 포기대가로 지급받은 정산금은 부가가치세 과세대상이 아니다.

 1) E구역분양사업은 C건설과 청구법인의 공동사업으로 청구법인이 지분 포기 대가로 수령한 현금은 공동사업의 지분 양도 또는 공동사업 탈퇴 대가이므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다(서면인터넷방문상담3팀-603, 2008.3.21. 참조).

 2) 청구법인과 C건설이 2020.4.2. 체결한 공동사업계약서에 의하면 분양사업의 사업형태는 청구법인과 C건설의 공동사업이다.

 3) C건설은 분양사업에 전혀 경험이 없었기 때문에 자금을 투입하여 분양사업을 위한 토지를 확보하기로 하였고, 그 토지를 소유한 청구외법인의 주식을 매수하여 최대주주가 되었다. 토지가 확보되면 특수목적법인(SPC)을 5:5의 지분으로 설립하여 분양사업을 진행하기로 약정하였으나 C건설이 공동사업계약을 위반하고, 특수목적법인 설립 없이 청구외법인을 위탁자로 하는 토지신탁계약을 체결하였다.

 4) 이에 청구법인은 C건설에게 공동사업 계약에 근거하여 특수목적법인을 설립하지 않을 경우, 청구외법인의 지분 50%의 이전을 요구하였고, 이를 지키지 않을 경우 민·형사상의 법적 책임을 지울 것을 지속적으로 통보하였다.

 5) 2020.4.2. 공동사업계약이 유효하기 때문에 E구역분양사업은 청구 법인과 C건설의 공동사업에 해당하고, 공동사업체는 특수목적법인을 대신한 청구외법인 F개발㈜인 것이다.

 6) 따라서 쟁점거래 합의에 따른 대가 즉, 청구법인의 공동사업 지분 50%를 포기하고 받는 합의금은 공동사업의 지분권을 C건설에 넘기거나 공동사업을 탈퇴하고 그 대가를 현금으로 수령한 경우로서 부가가치세 과세대상에 해당 하지 않는다.

라. (쟁점1) E구역분양사업을 C건설의 단독사업으로 볼 경우라도 쟁점거래는 용역의 공급에 해당한다.

 1) E구역분양사업을 C건설의 단독사업으로 볼 경우에는 청구법인이 소유하는 무형재산 즉, 사업권은 존재할 수 없다. 따라서 사업권(재화)의 양도라는 사실 자체도 성립할 수 없다.

 2) 2020.4.2. 공동사업계약시 C건설은 자금을 투입하여 E구역분양 사업을 위한 토지를 확보하는 역할이었고, 청구법인은 E구역분양사업을 위한 공사단계부터 분양단계까지의 모든 분양업무를 담당하는 것이었다. 따라서 쟁점거래로 인하여 청구법인이 지분 포기의 대가로 받은 현금은 2020.4.2. 체결된 E구역분양사업의 공동사업계약에서 청구법인이 수행하기로 한 용역의 대가에 해당한다고 볼 수 있다.

 3) 또한, 공동사업계약의 주체는 C건설이지만 E구역분양사업의 사업주체는 C건설이 아니라 C건설이 최대주주로 있는 청구외법인이다.

 4) 따라서 청구법인이 제공하는 분양 관련 용역은 C건설에 제공하는 것이 아니라 청구외법인에게 제공하는 것이고, 그 대가도 청구외법인에서 지급받는 것이 타당하다.

마. 결어

 1) 공동사업 약정을 하고 공동사업체를 운영하는 경우 그 공동사업체에서 발생한 이익을 약정에 따라 지급하거나, 그 공동사업에서 탈퇴하여 그 정산금을 지급받는 경우 판례는 공동사업체의 운영 형태가 공동사업인지 단독사업인지에 따라 부가가치세 과세대상 여부를 달리 판단하였다.

 2) 청구법인이 C건설에 무형자산인 사업권(재화)를 양도한 것으로 보기 위해서는 E구역분양사업이 청구법인의 단독사업이어야 한다. 공동사업체인 청구외법인을 단독으로 운영함으로써 실질적인 사업권을 보유하고 있어야 한다는 점에서 청구법인의 단독사업이 아니라는 사실은 자명하므로 조사청의 처분근거는 성립할 수 없다. 따라서 이 사건 부과처분을 취소하여 주시기 바란다.

바. (쟁점2) 법인세 수입금액의 귀속시기는 미도래 하였다.

 1) 조사청은 정산완료일에 지급받기로 한 5,130,000,000원(공급가액)의 귀속시기를 정산완료일이 아닌 계약해지 합의를 한 2021년으로 판단하였다.

 2) 쟁점거래는 공동사업 탈퇴에 따른 정산금으로 공동사업체인 청구외법인의 장래 분양을 통해 얻을 이익을 정산완료일에 지급받기로 한 것이므로 이는 배당의 성격으로 볼 수 있다. 또한 “계약해지합의서”및“E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서”에 의하면 여러 조건들이 성취되고 난 후, 정산완료일에 지급받기로 한 것이므로 그 귀속시기는 정산완료일로 보아야 한다.

 3) C건설의 단독사업으로 볼 경우라도 청구법인이 제공할 용역은 정산완료일에 용역제공이 완료되므로 정산완료일에 발행할 공급가액 5,130,000,000원은 공급시기가 아직 도래하지 않았다. 따라서 지분포기의 대가를 용역의 대가로 볼 경우 법인세법상 수입시기는 정산완료일이 될 것이다.

  따라서 이 사건 법인세 부과처분은 그 귀속시기를 달리 판단한 잘못이 있으므로 취소하여 주시기 바란다.

사. (쟁점3) H의 소득금액변동통지는 부당하다.

 1) 조사청은 2021년, 2022년, 2023년 귀속 H 급여를 손금부인하고 귀속자 H에 대한 배당으로 소득처분을 하였다.

 2) 2020년부터 여의도 구리 한강변 도시개발사업과 관련하여 여의도에 청구법인을 포함한 15개 업체의 합사 사무실이 차려져 있었고, H은 2021.4.1. 입사하여 여의도 현장 사무실로 출근하였다. 관련 사업진행을 위한 회의 및 프리젠테이션 자료들을 작성하는 등의 업무를 진행하였다.

 3) H은 청구법인에서 실제 근무를 했었기 때문에 이 사건 소득금액 변동통지를 취소하여 주시기 바란다.

3. 조사청 의견

가. (쟁점1,2) 청구법인은 C건설㈜에 재화(사업권)를 양도하였다.

 1) 청구법인은 부동산개발 업무를 청구법인의 사업을 위해 수행하였다.

  가) 청구법인은 C건설과 2020.4.2. E구역분양사업 공동사업계약을 체결하면서 C건설은 개발대상 토지의 소유주인 청구외법인의 경영권 또는 토지를 확보하되, 인수 주체는 C건설로 특정하였다. C건설이 토지나 경영권을 확보하면, 공동사업 당사자인 두 법인이 특수목적법인(SPC)을 설립하여 특수목적법인을 공동사업체로 운영하는 내용의 약정을 하였다.

이후, 2020년 9월 청구외법인의 주식을 단독으로 전액 인수한 C건설이 계약을 이행하지 않으면서 공동사업체는 운영되지 않았다.

  나) 청구법인은 E구역분양사업을 주도적으로 진행하던 중 자금조달의 어려움이 있어 C건설과 공동사업계약을 맺었고, C건설이 계약내용대로 청구외법인의 주식을 전체 인수한 2020년 9월까지 청구법인은 사업시행자로서 청구법인의 이익을 위해 사업을 진행하고 있었으며, 이는 C건설이나 청구외법인을 위하여 용역을 공급한 것이 아니다.

 2) 청구법인은 C건설에 사업시행권을 양도하였다.

  가) 공동사업계약 내용에 따라 C건설이 단독으로 청구외법인의 주식을 양수한 후, 계약서에 약정했던 SPC를 설립하지 않고 C건설이 단독으로 사업을 진행하려 하면서, 계약 당사자 간 공동사업계약의 효력 여부에 다툼이 발생하였으며, 청구법인은 C건설로 계약 이행을 촉구하는 공문을 2021년 9월까지 발송 하였다.

  나) 청구법인은 2020년 10월 공동사업자로서의 권리를 포기하는 조건으로100억원을 받기로 하는 합의서를 제시하고, C건설이 합의 내용을 수용하면서 사업시행권은 2021.2.10.을 기점으로 단독으로 행사하게 되었다.

  다)‘사업권’은 사업 주체의 법적 지위만을 지칭하는 것이 아니라, 그 전 단계까지 청구법인이 진행한 시행사업의 물적·절차적 상태와 그에 부수하는 권리를 통틀어 하나의 거래대상으로 삼아 지칭하는 것으로서, 100억원은 사업권의 양도 대가에 해당한다(대법원 2025.1.9. 선고, 2024두55341 판결 참조).

  라) 합의조건으로 공동사업계약서 상 청구법인의 지분율 50%를 포기하는 조건으로 합의금 100억원을 지급하도록 되어있으나, 청구법인은 지분투자가 전무하였다.

  마) 따라서, 100억원은 출자지분의 양도대가가 아니라, 수주심의·수익성검토·PF대출·신탁심의 등 부동산개발에 필요한 핵심사항들이 이미 완성된 상태에서 그 권리를 양도하는 대가로서 보는 것이 타당하다.

 3) 청구법인은 허위로 용역계약서를 작성하였다.

  가) 청구법인과 C건설은 사업권포기 대가로 100억원을 지급받기로 합의하면서, 2021년 2월 기존에 두 법인 간 체결한 D공원사업 계약과 E구역분양사업 공동계약을 해지하는 합의서를 작성하였다.

  나) 청구법인과 C건설이 쟁점거래 합의서를 작성하면서, 동시에 해지된 2건의 개발사업 사업권 양도대가인 쟁점금액과 동일한 금액의 용역을 청구 법인이 C건설과 청구외법인에게 제공하는 용역계약서를 작성한 것이다. 체결된 2건의 용역계약서 내용은 다음과 같다.

  ①「E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서」 청구법인이 청구외법인에게 토지매입·시장조사·사업타당성 검토 용역을 제공하고 관련 용역보고서를 작성하여 청구외법인로부터 총 7,130,000,000원을 지급받는 계약이지만, 해당 용역은 이전 과세기간인 2020년도에 사업시행자의 지위에서 청구법인이 이미 추진한 내용이며, 청구외법인을 거래상대방으로하여 제공한 용역도 아닐뿐더러, 계약체결 이후 실제로 수행한 용역은 없는 것으로 확인되었다.

  ②「D공원개발 특례사업 용역계약서」 청구법인과 C건설은 D공원개발조합의 시행업무를 공동으로 대행하는 공동시행대행계약을 20219.9.4. 체결하였으나, 2020년 2월 인천시가 공원개발사업 제안수용처분을 취소하면서 사업이 중단된 바 있다.

청구법인은 C건설로부터 D공원 개발사업과 관련하여 총 40억원을 투자받고 개발사업이 완료되면 이익의 일부를 C건설로 배분하기로 하되, 개발 중단 시 투자금을 반환하기로 하는 약정을 체결하였으며, C건설로부터 총 2,870,000,000원을 투자금으로 수취하였다.

  청구법인과 C건설은 이미 취소된 D공원 개발사업에 대하여 용역계약서를 작성하면서, 반환의무가 있는 2,870,000,000원을 용역 대가로 산정하였다.

  계약서에 기재된 용역업무는 청구법인이 검단공원개발조합을 위하여 수행하였던 업무로서, E구역분양사업 사업권 양도 시 C건설로부터 지급받을 양도대가 100억원 중 일부를 상계하기 위한 계약서에 불과하다.

 4) 청구법인은 허위로 세금계산서를 발행하고 수익에서 누락하였다.

  가) 청구법인은 용역계약서에 따라 2021.2.10. D공원사업 관련하여 C건설이 기지급한 투자금과 상계하기로 한 2,870,000,000원을 공급대가로 C건설에 세금계산서를 발행하였다.

  나) 또한, 청구법인은 C건설의 관계회사인 청구외법인과 E구역분양사업과 관련한 용역계약서(공급대가 7,643,000,000원)을 허위 작성하고 이를 근거로 2021.2.10. 각 공급대가 1,000,000,000원 상당 매출세금계산서 2매를 발행하였다.

  다) 청구법인의 대표자 B은 2건의 용역계약서 작성 후, 용역을 공급한 적은 없고, 이전에 수행한 업무라고 반복적으로 진술하면서 양도대금을 지급할 명분으로 만든 용역계약서라고 조사 당시 진술하였다.

  라) 재화의 양도시, 법인세법상 수입시기는 대금의 지급여부와 무관하게 인도일·대금청산일·사용수익일 중 빠른날이며, 사업권 양도거래의 사용수익일은 쟁점계약의 해지일인 2021년 2월이므로, 청구법인은 양도대가 중 대금을 미수취한 5,643,000,000원의 수입시기를 임의로 이연한 것이다.

나. (쟁점3) 청구법인은 실제 근무하지 않은 H에게 급여를 지급하였다.

 1) 청구법인은 H의 업무 관련 기록을 보유하고 있지 않다.

  가) 청구법인의 대표자 B의 딸인 H은 본인의 유학비 및 체류비 전액을 지원받으면서, 학위 취득 시 10년간 청구법인 소속으로 근무하기로 하는 약정을 체결하였다.

  나) 세무조사 당시 학위 취득 후 2021.4.13. 입국한 H의 근로 관련 기록을 청구법인에 요청하였으나, 청구법인은 H의 실제 유학 여부를 확인할 수 있는 학위 관련 서류만 제출하였을 뿐, 귀국 이후의 근로 관련 증빙을 제출하지 않았다.

  다) H은 2020년 9월부터 ㈜K로부터 급여를 지급받고 있는 것으로 확인되었으며, 청구법인의 사무실은 폐쇄한 상태로 사실상 같은 임직원들이 ㈜K의 사업장 소재지에서 청구법인의 업무와 ㈜K의 업무를 모두 수행하고 있는 것으로 확인되었다.

* 청구법인 대표자 B이 실질 운영 중인 법인

  라) H은 청구법인과의 약정내용과 다르게 ㈜K 소속으로 급여를 지급받고 있으나, 조사청이 세무조사를 위해 ㈜K의 사무실로 방문한 2024.11.26.에도 H의 업무용 책상 및 업무 관련 서류가 존재하지 않음을 확인하였다.

  마) 또한, 급여를 지급 중인 ㈜K과 관련한 업무 증빙도 전혀 제출되지 않았다.

다. 결론

이상과 같이, 청구법인은 사업권 양도대가로 공급대가 10,513,000,000원을 받기로 하고 양도대가 금액에 맞추어 용역계약서를 허위로 작성하고, 대금을 지급받은 공급대가 4,870,000,000원에 대해서만 과세표준에 반영하고, 미수취한 공급대가 5,643,000,000원은 법인세 및 부가가치세 과세표준에서 누락한 사실이 명백하다. 또한 실제 근무하지 않은 자에 대하여 비용을 계상하였음이 확인되는 바 이를 반영한 이 건 법인세 및 부가가치세 등을 부과함이 타당하니 현명한 판단을 내려주시기를 부탁드린다.

4. 조사청 의견에 대한 항변

가. 조사청이 제시한 심판례 및 판례 사안

 1) 조사청이 이 사건 부과처분의 근거로 제시한 조심2020중8259 결정 사안은, 호텔신축 분양사업을 단독으로 진행하던 중 “사업양수도 계약서”를 작성하고 사업을 양도한 사안이다. 즉, 매매거래의 대상이 “사업권의 양수도”임이 계약서를 통해 확인된 사안이다.

 2) 또한 조사청이 제시한 서울고등법원2024누34810 판결도 매도인이 부동산과 사업권(매도인이 단독으로 추진하던 도시환경정비사업과 관련하여 토지소유자들과 체결한 부동산매수계약으로 인한 권리 등)을 양도하기로 하고,“부동산 매매 및 사업부지(사업권 포함)등 양도양수 약정”을 체결하여 부동산 및 사업권을 양도한 사안이다. 매도인이 사업시행인가를 받고 “사업권의 가액”을 감정평가하여 매매가액으로 산정하는 등 매매거래의 대상이 “사업권의 양수도”임이 계약서를 통해 확인된 사안이다.

나. 조사청 과세근거의 부당성

 1) 조사청은 청구법인이 “수주심의, 수익성검토, PF대출, 신탁심의 등 부동산개발에 필요한 핵심사항들이 이미 완성된 상태에서 그 권리”를 C건설에 “양도(매매)”한 것으로 판단하였다. 즉, 이 사건 합의금을 사업권(재화)의 양도대가라고 주장하나, 2020.4.2.부터 E구역분양사업은 청구법인과 C건설의 공동사업으로 변경되었다.

2020.4.2. 작성된 공동사업계약서에서는 E구역분양사업을 공동사업으로 영위하기 위해 C건설에게 토지 확보 의무를 부여하였다. C건설은 청구외법인의 주식을 인수하였고, 이러한 C건설의 주식 인수 행위는 공동사업계약에 근거한 것이다. 따라서 2020.4.2.부터 이 사건 분양사업은 청구법인의 단독사업이 아닌 청구법인과 C건설의 공동사업으로 전환되었다고 할 것이다.

 2) C건설이 주식 인수 후 공동사업계약을 위반하였다.

C건설이 청구외법의 주식을 인수한 후, 공동사업계약서에 근거하여 청구법인과 C건설이 지분 50%씩 소유하는 “특수목적법인(SPC)”을 설립하고, ㈜한국토지신탁과 특수목적법인을 위탁자로 하는 분양형 토지신탁계약을 체결하여 E구역분양사업을 진행하였다면 아무런 문제가 발생하지 않았을 것이다.

  그러나 C건설은 특수목적법인 설립없이 일방적으로 청구외법인을 위탁자로 하는 토지신탁계약을 체결함으로써 공동사업 계약을 명백히 위반하였다.

 3) 이 사건 합의금은 C건설의 공동사업 계약 위반으로 인하여 청구법인이 수령한 대가로서 그 실질적인 성격은 “손해배상금 또는 공동사업 탈퇴에 따른 정산금”이다. 따라서 재화나 용역의 공급을 수반한 것이 아니므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다.

  가) C건설이 공동사업 계약을 위반하고 청구법인을 공동사업에서 배제함으로써 E구역분양사업을 단독으로 시행하려고 한 시도에 관하여 청구법인이 할 수 있는 조치는 소송밖에 없었다. 다만, C건설이 공동사업계약을 이행할 의도가 없는 상태에서 청구법인이 정상적으로 공동사업에 참여할 수 있는 방법이 없었기 때문에 소송에 앞서 합의를 시도하는 과정은 당연한 절차이다.

  나) 청구법인의 합의 제안을 C건설이 수용하였다는 사실은 C건설이 공동사업계약 위반 사실을 인지하고 있었기 때문이다.

 4) 이 사건 합의금 10,513,000,000원은 청구법인이 공동사업을 통해 장래에 얻을 이익금 50%를 포기하는 대가로서 수령한 것이다. C건설의 공동사업계약 위반으로 청구법인이 입게 될 손해액은 공동사업계약서에 기재된 장래의 분양이익금 50%이고, 이 사건 합의금은 청구법인 입장에서 현재의 상황에서 산정한 최소의 금액이다.

쟁점거래 합의서는 손해배상금으로 지급될 총액에 대한 합의서 성격이었고, 동일자에 작성된 2건의 용역계약서는 손해배상금에 대한 구체적인 지급방법, 지급시기, 지급조건에 대한 계약이다. 청구법인 입장에서는 이 사건 합의금을 C건설이 지급하든 청구외법인이 지급하든 상관이 없는 사안으로 이 사건 합의금을 어느 법인에서 지급할 것인지는 C건설이 결정할 문제였기 때문에 C건설의 요청을 받아들여 2건의 용역계약서를 작성한 것이었다.

 5) 조사청은 공동사업계약 이전까지 청구법인이 단독으로 사업을 진행했던 노력을 “사업권(재화)”으로 명명하고, 그 사업권을 합의금의 대가로 C건설에 “양도(매매)”한 것으로 판단하였다.

그러나 이 사건 합의금은 C건설의 공동사업계약 위반으로 청구법인이 공동사업을 통해 장래에 얻을 이익금 50%를 포기하는 대가로 수령한 것이라는 점에서 쟁점거래는 매매거래가 아닐 뿐만 아니라 사업권의 양도도 아니므로 조사청의 부과처분 근거는 잘못된 것이다.

 6) 조사청은 이 사건 합의금을 “사업권의 양도 대가”로 판단하였기 때문에 2021년 2월에 작성된 용역계약서 또한 허위라고 판단하였고, 그 용역계약서에 근거하여 발행한 세금계산서도 허위라고 결론지었다. 그러나 이 사건 합의금이 사업권의 양도 대가가 아닐 뿐만 아니라 재화 또는 용역을 수반한 것도 아니라는 점에서 조사청의 결론은 부당할 수 밖에 없다.

  가) 2건의 용역계약서는“손해배상금 또는 공동사업 탈퇴에 따른 정산금”의 구체적인 지급방법, 지급시기, 지급조건에 관하여 작성된 계약서로 봄이 타당할 것이다. 그 중 “E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서”의 경우, 총 지급액 7,643,000,000원 중 2021년에 2,000,000,000원을 지급하고 정산완료일에 잔금 5,643,000,000원(잔금 비율 73%)을 지급하기로 용역계약서 상에 명시되어 있다. 정산완료일은 분양완료일 이후의 어느 시점일 것이고, 2021년 이후 상당한 시간이 경과된 시점일 것이므로 현재까지도 정산완료일은 도래하지 않았다.

  나) 따라서 이 사건 합의금에 대한 법인세 산정시 잔금의 익금 귀속시기는 2021년이 아니라 정산완료일이 되어야 할 것이다.

다. 결론

조사청의 부과처분 근거에 명백한 잘못이 있으므로 이 사건 부가가치세 및 법인세 부과처분을 취소하여 주시기 바란다.

5. 청구법인의 항변에 대한 추가 의견

가. 이 사건의 쟁점은 청구법인이 C건설과 개발이익의 50%를 받기로 하는 공동사업계약을 체결하고 청구법인이 부동산개발에 필요한 핵심적인 사항을 완료한 상태에서, 그 권리(사업권)를 C건설로 양도하면서 양도거래와 무관한 용역계약서를 작성하고 현금 수취시기에 맞추어 세금계산서를 발급한 경우, 쟁점거래를 재화의 공급으로 보아 공급시기와 수입시기를 적용하여 과세할 수 있는지에 대한 판단이다.

나. 부가가치세 면세 주장 관련 답변

 1) 청구법인은 쟁점금액 10,513,000,000원이 C건설이 공동으로 특수목적법인(SPC)을 설립하기로 한 계약을 위반함에 따라 지급받은 손해배상금이며, 재화와 용역의 공급없이 제공받은 금전이므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다고 주장하고 있다.

 2) 그러나, C건설이 청구법인을 배제하고 일방적으로 사업을 진행했다는 청구법인의 주장과 달리, 청구법인은 C건설로 채무 2,870,000,000원을 상환하지 못할 정도로 자금력이 없었으므로, SPC설립 및 지분투자가 불가능한 상황이었고 C건설이 청구외법인 주식을 단독으로 인수한 2020년 9월부터 공동사업계약을 해지한 2021년 2월까지 SPC설립이 지연되었을 뿐이다.

 3) 청구법인은 공동사업계약으로 E구역분양사업이 공동사업으로 전환되었고, 출자지분의 양도이므로 부가가치세 과세대상이 아니라고 주장한 바 있으나, 부가가치세가 과세되지 않는 출자지분의 양도는 공동사업 약정을 하면서 공동사업자 등록을 하고 공동사업 구성원이 출자지분을 양도하는 경우에나 적용하는 것으로, 청구법인은 E구역분양사업과 관련하여 공동 사업자 등록이나 출자금을 납입하지 않았으므로 부가가치세가 과세되지 않는 출자지분의 양도거래에 해당하지 않는다.

 4) 청구법인이 출자금을 납입하지 않음으로서 발생한 지연기간 동안 공동사업계약 당사자 간 계약의 효력여부에 이견이 발생하였으며, 2021년 2월에 공동사업계약을 해지하는데 합의함과 동시에 계약해지 내용과 무관하게 용역계약서 2건을 작성하고 세금계산서를 수수하였다.

 5) 청구법인은 쟁점거래가 부가가치세 면세대상에 해당한다고 주장하면서도, C건설로 공급대가 2,870,000,000원의 매출세금계산서를 발급하고, 거래상대방이 아닌 청구외법인으로 공급대가 2,000,000,000원의 매출세금계산서를 발급하였는데, 이는 청구법인의 주장과는 완전히 배치되는 행위이며, 이에 조사청은 세금 계산서 가공발급 혐의로 청구법인을 고발하였다.

 6) 사업자가 자기소유의 재산적 가치 있는 권리를 양도하는 경우에는 「부가가치세법」 제1조 및 「부가가치세 시행령」 제1조 제2항의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것으로, 쟁점금액은 청구법인이 사업권 양도대가를 수취한 것이며, 거래상대방의 귀책 또는 위법행위에 기인하여 지급 받은 손해배상금이 아니다.

다. 수입시기 미도래 주장 관련 답변

 1) 청구법인은 미수취한 대금 5,643,000,000원의 수입시기는 정산완료일이며, 이는 분양완료일 이후의 어느 시점이기 때문에 법인세법상 수입시기는 아직 도래하지 않았다고 주장한다.

 2) 그러나, 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산을 양도하는 경우 그 대금을 청산한날을 수입시기로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로한다고 규정하고 있다.

 3) 공동사업계약 해지일인 2021년 2월 C건설이 사업권을 확정적으로 사용·수익했으므로, 사업권 양도대금 5,643,000,000원의 수입시기는 2021 사업연도로 판단하는 것이 타당하며, 분양 완료 후 정산하기로 했다는 규정을 두었다는 사정만으로 수입시기를 달리 볼 여지는 없다.

 4) 청구법인의 주장대로 대금 수령 시에 수입을 인식하려면 공동사업계약이 장기할부조건 거래에 해당하여야 하지만, 장기할부조건 거래는 월부·연부 등의 방법으로 양도 대가를 분할 지급할 각각의 시점이나 주기를 정하고, 그 각 분할 지급시기에 나누어 지급할 구체적 금액을 명확하게 특정한 경우에나 적용가능한 것으로, 양도대가 일부의 지급에 불확정 기한을 둔 공동사업계약의 경우, 정산완료일을 계약 당사자 간 자의로 정할수 있고, 그에 따라 수입시기 및 공급시기가 달라지는 불합리한 결과가 발생하게 되어 장기할부조건 거래로 볼 수 없음이 명백하므로, 사업권의 양도의 수입시기 및 공급시기는 2021년 2월로 보는 것이 타당하다.

라. 결론

따라서, 청구법인은 재화(사업권)을 양도하고 수입시기 및 공급시기를 임의로 이연하였으므로 조사청의 처분은 적법하다.

5-1. 조사청의 보충 의견

가. 사업진행내역 사실관계 요약

 청구법인과 C건설은 공동으로 진행하던 사업 2건을 2021년 2월 계약을 해지하면서 추가로 용역계약서 2건을 허위로 작성하고, 사실과 다른 세금계산서를 수수하였으며 진행했던 사업별 거래의 세부내역은 다음과 같다.

나. D공원사업

청구법인은 C건설과 공동으로 시행대행용역계약을 D공원개발 조합과 체결하면서 개발조합을 대신하여 소송업무를 전담하여 처리하였으며, 2020년 2월 인천시의 수용취소처분 이후 소송업무를 대행하고 비용을 처리하였음에도,

소송대리업무 용역을 제공받는 자인 D공원개발조합을 대신하여 C건설을 용역을 제공받는자로 위장하여 계약서를 작성하고 세금계산서를 수수 하였다.

다. E구역 오피스텔분양사업

청구법인은 공동사업이 진행됨을 전제로 시장조사, 사업타당성 검토, 신탁사 수주심의 통과, 시공사 협의 등의 업무를 수행하였으나, 사업권 포기대가 수취 시 공동사업계약 해지 이전에 청구법인 스스로를 위해 수행한 업무를 청구외법인인 F개발㈜로 제공한 용역으로 위장하여 계약서를 작성하고 세금계산서를 수수하였다.

라. 추가 사실관계(범칙처분 진행상황)

조사청은 범칙조사 결과 청구법인을 가공세금계산서 수수행위로 통고처분하였으며 청구법인의 미이행으로 고발 조치하였고, 현재 인천 연수경찰서에서 기소 의견으로 검찰 송치중인 것으로 확인하였다.

6. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점거래를 사업권의 양도로 보고 공급시기를 2021년으로 한 처분의 당부 및 H의 배당소득처분이 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

 1) 국세기본법 기본통칙 25-0…2 【 공동사업 】

“공동사업”이라 함은 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업을 말한다.

 2) 국세기본법 집행기준 25-0-1 공유물 등의 연대납세의무

  ① 공유물, 공동사업 또는 그 공동사업에 속하는 재산에 관계되는 국세·강제징수비는 공유자 또는 공동사업자가 연대하여 납부할 의무를 진다.

  ③ 제1항에서 “공동사업”이란 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업을 말한다.

  ④ 공동사업을 탈퇴한 경우에도 해당 공동사업에 관련된 국세 등은 납세의무성립일 현재 공동사업자 전원에게 연대납세의무가 있다.(서면1팀-989, 2005.8.18.)

 3) 소득세법 제43조 【공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례】

  ① 사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 공동사업[경영에 참여하지 아니하고 출자만 하는 대통령령으로 정하는 출자공동사업자(이하 "출자공동사업자"라 한다)가 있는 공동사업을 포함한다]의 경우에는 해당 사업을 경영하는 장소(이하 "공동사업장"이라 한다)를 1거주자로 보아 공동사업장별로 그 소득금액을 계산한다.

  ② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

  ③ 거주자 1인과 그의 대통령령으로 정하는 특수관계인이 공동사업자에 포함되어 있는 경우로서 손익분배비율을 거짓으로 정하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 경우에는 제2항에도 불구하고 그 특수관계인의 소득금액은 그 손익분배비율이 큰 공동사업자(손익분배비율이 같은 경우에는 대통령령으로 정하는 자로 한다. 이하 "주된 공동사업자"라 한다)의 소득금액으로 본다.

 4) 부가가치세법 제32조 【세금계산서 등】

  ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서 (이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

    1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

    2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급 받는 자의 주민등록번호

    3. 공급가액과 부가가치세액

    4. 작성 연월일

    5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

 5) 부가가치세법 시행령 제28조 【구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기】

  ① 법 제15조제1항 후단에 따른 구체적인 거래 형태별 재화의 공급시기는 다음 표에 따른다.

  ② 반환조건부 판매, 동의조건부 판매, 그 밖의 조건부 판매 및 기한부 판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 지나 판매가 확정되는 때를 공급시기로 본다.

  ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.

   1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우

   2. 완성도기준지급조건부로 재화를 공급하는 경우

   3. 기획재정부령으로 정하는 중간지급조건부로 재화를 공급하는 경우

   4. 전력이나 그 밖에 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우

  6) 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】

   ① 법 제40조제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.

    1. 상품(부동산을 제외한다)ㆍ제품 또는 기타의 생산품(이하 이 조에서 "상품 등"이라 한다)의 판매：그 상품 등을 인도한 날

    2. 상품 등의 시용판매：상대방이 그 상품 등에 대한 구입의 의사를 표시한 날. 다만, 일정기간내에 반송하거나 거절의 의사를 표시하지 아니하면 특약 등에 의하여 그 판매가 확정되는 경우에는 그 기간의 만료일로 한다.

    3. 상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날로 한다.

다. 사실관계

1) 국세청 대내포털시스템에 다음과 같은 내용이 확인된다.

  가) 청구법인과 C건설의 사업자등록 기본사항은 다음과 같다.

  나) 청구법인이 공동사업체라고 주장하는 청구외법인의 사업자등록 기본 사항 및 주주현황은 다음과 같다.

  다) 청구외법인 법인등기사항전부증명서의 임원에 관한 사항은 다음과 같다.

  라) 청구법인이 쟁점거래와 관련해 발급한 세금계산서 내역은 다음과 같다.

  마) 조사청이 쟁점금액 중 세금계산서 미발급한 공급가액 5,130,000천원 (공급대가 5,643,000천원)을 과세표준에 반영하고, 청구외법인으로 발급한 공급대가 2,000,000천원에 대해 사실과 다른 세금계산서 가산세를 적용하여 2021년 제1기 부가가치세 경정·고지한 내역은 다음과 같다.

  바) 조사청이 쟁점거래 공급시기를 공동사업계약 해지합의일인 2021년 2월로 보고 세금계산서 미발급 공급가액 5,130,000천원(공급대가 5,643,000천원)을 익금산입하고, H의 인건비를 손금불산입하여 경정 고지한 법인세 내역은 다음과 같다.

  사) 청구법인의 쟁점거래의 주요 사건을 시계열로 요약하면 다음과 같다.

 2) 청구법인의 조사결과는 다음과 같다.

  가) 조사종결 보충조서 상에 청구법인이 공동사업계약 진행 전부터 쟁점거래까지 청구법인의 사업 내역이 다음과 같이 확인된다.

  나) 조사 당시 관련인의 인터뷰 내용은 아래와 같다.

  다) 청구법인의 대표 B의 심문조서 상 일부 발췌 내용은 아래와 같다.

 3) 청구법인이 제출한 증빙내역은 다음과 같다.

  가) 2020.4.2. 공동사업계약서는 다음과 같다.

  나) C건설의 공동사업계약 위반에 대하여 청구법인이 2020.9.7., 2020.9.18. 공문을 보냈으며 일부 내용은 다음과 같다.

  다) 공동사업 해지에 대해 2020년 10월 청구법인이 C건설에게 제안한 합의서의 내용은 다음과 같다.

  라) 청구법인과 C건설은 D공원사업과 E구역분양사업 계약에 대한 해지 합의서를 작성하였으며, 쟁점거래에 따라 작성된 계약해지합의서는 다음과 같다.

  마) C건설과 청구법인이 2021년 2월 공동사업계약 해지합의서 작성과 동시에 작성된 2건의 용역계약서인“D공원개발 특례사업 용역계약서”와“E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서”는 다음과 같다.

 4) (쟁점3) 관련 조사내용은 다음과 같다.

  가) H의 근로소득명세는 다음과 같다.

   나) 청구법인 조사종결 보충조서 상 사업장과 관련하여 다음과 같은 내용이 확인된다.

 다) H과 청구법인은 H의 유학비와 체류비를 전액 지원하는 약정서를 2021.4.13. 작성하였으며, 약정 내용은 다음과 같다.

라. 판단

(쟁점1) 쟁점거래를 사업권의 양도로 본 처분의 당부

 청구법인은 쟁점거래가 부가가치세가 과세되는 사업권의 양도가 아니라 E구역분양사업을 공동사업으로 볼 경우 공동사업 포기 대가로 받은 정산금이거나, 단독사업일 경우 용역의 공급에 해당한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

공동사업의 의미와 관련해, 「소득세법」제43조 제1항은 ‘사업소득이 발생하는 사업을 공동으로 경영하고 그 손익을 분배하는 사업’이라 규정하고, 국세기본법 기본통칙(25-0···2)은 ‘공동사업이라 함은 그 사업이 당사자 전원의 공동의 것으로서, 공동으로 경영되고 따라서 당사자 전원이 그 사업의 성공 여부에 대하여 이해관계를 가지는 사업’이라고 규정하고 있다.

 한편, 하나의 사업에 참여한 당사자들 간 공동사업에 관한 권리의무가 실질적, 경제적 공동으로 귀속하게 되는 것인지를 판단함에 있어서는 당사자들의 사업자 등록, 소득세 신고 내용 등의 형식과 출자에 이르게 된 사정과 출자 여부, 손익의 귀속관계, 경영에의 참가 여부, 당해 사업의 운영형태 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 할 것이고, 이러한 과세요건사실에 대한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이다(대법원2009. 3. 12. 선고 2009두744 판결, 서울고등법원 2008. 11. 28. 선고 2007누32039 판결 참조).

 다만, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누13894 판결 참조).

 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인과 C건설㈜이 2020.9.4. E구역분양사업을 위한 공동사업계약을 하고 2021년 2월 쟁점거래가 있기까지 공동사업자등록이나 특수목적법인(SPC)은 설립되지 않았으며, 청구법인이 공동사업체라고 주장하는 청구외법인인 F개발㈜에 청구법인의 지분이 있었다거나 경영에 참가한 내용 등을 확인할 수 없는 것으로 보아 공동사업의 영위하였다고 보기는 어려워 보인다.

 또한, 청구법인이 쟁점금액을 재화나 용역의 공급대가가 아닌 공동사업의 포기로 받은 정산금에 해당한다고 주장하면서 쟁점금액 10,513,000천원과 동일한 금액을 그 대가로 하는 2건의 용역계약서인 “D공원 특례사업 용역계약서”와 “E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서”를 작성한 점은 청구주장과 배치된다.

조사 당시 청구외법인과 청구법인의 대표 및 이사의 진술로 쟁점거래가 이루어지면서 동시에 작성된 2건의 용역계약서상의 용역의 업무범위가 공동사업 계약 전에 이미 이루어진 용역에 해당한다는 내용의 진술이 있었던 점에서 청구법인의 용역을 제공받는자를 F개발㈜로 하여 발급한 20억원의 세금계산서는 사실과 다르게 작성된 것으로 보인다.

그러므로 쟁점거래는 공동사업계약을 하였으나, 별도로 공동사업의 진행이 없이 해지된 경우로 청구법인의 이익을 위하여 진행하던 사업의 권리를 C건설㈜로 양도한 것이며, 쟁점금액을 그 대가로 지급받은 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

따라서 조사청이 쟁점거래를 사업권의 양도로 보아 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(쟁점2) 쟁점거래의 공급시기를 2021년으로 본 처분의 당부

 청구법인은 쟁점거래 잔금의 공급시기는 정산완료일 이후로 공급시기가 아직 도래하지 않았으므로 조사청이 공동사업계약 해지합의일이 속한 2021년을 공급 시기로 판단한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

「부가가치세법」제17조와「부가가치세법 시행령」제28조에는 재화 및 용역의 공급시기의 특례 및 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 대하여 규정하고 있고, 「부가가치세법 시행규칙」제17조는 장기할부판매에서는 재화를 공급하고 그 대가를 월부, 연부 또는 그 밖의 할부의 방법에 따라 받는 것이라 규정하고 있으며, 「법인세법 시행령」제68조 제1항 제3호는 상품 등 외의 자산을 양도하는 경우 그 대금을 청산한날을 수입시기로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다고 규정하고 있다.

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인은 쟁점 거래와 관련해 작성된 2건의 용역계약서 상의 용역을 제공한 것으로,“E구역 오피스텔 신축·분양사업 용역계약서” 제4조 4항에‘정산완료일 이후에 용역보고서를 제출하는 경우, 용역보고서 제출일에 잔금을 지급하기로 한다.’라고 명시되어 있으므로 잔금시기는 아직 도래하지 않은 것으로 공급시기 및 수입시기는 각 대가를 받기로 한 때가 되어야 한다고 장기할부조건 거래에 해당하는 것으로 청구법인은 주장하나, 대금 수령시마다 수입시기를 인식 하는 장기할부조건 거래는 불확정 기한을 두어 작성된 경우에는 적용되기 어려워 보이며(서울고등법원2024누34810, 2024.8.20. 참조), 공동사업계약을 해지 합의한 날이 C건설㈜이 해당 사업권을 독점적·확정적으로 사용 및 수익 개시한 날로 봄이 타당하며, 잔금지급일을 분양 후 정산완료일 이후로 한다는 규정을 두었다는 사정만으로 그 시기를 달리 보기는 어렵다고 판단된다.

따라서 조사청이 공동사업계약 해지합의일이 속한 2021년을 쟁점거래의 공급시기로 판단하고 청구법인에게 한 이 건 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(쟁점3) H의 배당 소득처분이 부당하다는 청구주장의 당부

 청구법인은 H이 실제 청구법인에서 근무하였으므로 H의 인건비에 대하여 법인세 손금불산입 배당 소득처분한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관하여 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지 비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우와 같은 특별한 사정이 있는 때에 한하여 예외적으로 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원2005두16406, 2006.4.14. 참조).

이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 청구법인의 세무조사 당시 청구법인의 사무실은 패쇄한 상태로 확인되며, H이 실제 근무하였 음을 입증할 내부서류 및 증빙자료를 요구하였으나, 청구법인은 조사 당시에나 이 건 이의신청을 제기하면서 해당 주장을 뒷받침할 만한 증빙을 전혀 제시하지 못하는 점 등으로 보아 H과 청구법인과의 약정서의 내용에 따라 청구법인에서 실제 근무하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 보인다.

따라서 조사청이 2021년∼2023년 동안 H의 인건비에 대하여 법인세 손금불산입하고 청구법인의 주주인 H에게 배당 소득처분한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.