이 유

1.사실관계 및 처분내용

가.사실관계

 1)청구인은 2021.4.2. 서울 동대문 A 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 B의 경기 구리 사노동 572-1, 5, 6번지 토지 및 건물(이하 “교환부동산”이라 한다) 및 교환대금 3,130,000,000원과 교환하는 계약 (이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였다.

 2)청구인은 2021.6.29. 쟁점부동산의 양도소득세를 신고하면서 실양도가액을 기준시가 1,430,065,280원으로 하여 양도소득세 45,453,544원을 신고·납부하였다.

나.처분내용

 1)처분청은 2023.9.8.부터 2023.11.6.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과 쟁점부동산의 양도는 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 보아 교환부동산의 기준시가인 취득가액 1,070,000,000원과 현금 3,130,000,000원을 합한 4,200,000,000원을 쟁점부동산 양도가액으로 하여 2023.11.14. 청구인에게 2021년 과세연도 양도소득세 1,190,273,199원을 과세하겠다는 세무조사 결과를 통지하였다.

 2)청구인은 이에 대하여 2023.12.13. 과세전적부심사청구를 제기하였고 2024. 2.28. 재조사 결정에 따라 처분청은 ㈜C에서 평가한 감정가액 4,555,265,800원(이하 “대출감정가액”이라 한다)과 ㈜D에서 평가한 감정가액 4,688,285,800원 총 2개의 평균액인 4,621,775,800원을 쟁점부동산 양도가액으로 보아 2024.12.5. 청구인에게 2021년 과세연도 양도소득세의 결정세액 1,489,714,994원으로 하여 양도소득세 1,444,261,450원을 결정 및 고지하였다.

 3)청구인은 이에 대하여 불복하여 서울지방국세청에 2025.1.17. 이의신청을 하였고 2025.3.27. 재조사 결정에 따라 조사청은 계약서상 평가액 611,000,000원과 교환대금 3,130,000,000원 합계 3,741,000,000원을 쟁점부동산 양도가액으로 판단하여 2025.6.2. 2021년 과세연도 양도소득세 1,031,618,909원을 결정 및 고지하였다.

 4)청구인은 이에 불복하여 2025.6.9. 심사청구를 제기하였다.

2.청구인 주장

가. 쟁점부동산과 교환부동산은 상호 시가 감정없이 임의평가하여 단순 교환한 것으로서 실지거래가액이 확인되지 않는 거래임에도, 처분청이 이의신청 결정에 따라 교환부동산의 기준시가에 쟁점교환차액을 합한 가액을 쟁점부동산의 실지거래 양도가액으로 임의적으로 간주하여 쟁점부동산의 양도소득세 과세표준과 세액을 재경정한 이 건 처분은, 조세법률주의 (과세요건 법정주의, 과세요건 명확주의)와 관련법령의 규정을 위반한 위법한 처분이므로 이를 취소하여야 한다.

 1) 쟁점부동산과 교환부동산의 교환 경위 및 신고 내용

  가) 청구인은 쟁점부동산을 증여를 원인으로 2008.8.28. 취득하여 보유하면서, 쟁점부동산에서 도매업을 운영하였으며, B은 쟁점부동산에 인접한 토지인 서울특별시 동대문구 A 및 97-20번지 토지의 소유자로서 ‘E’이라는 상호의 부동산개발업을 운영하고 있었는바, B은 사업상의 필요에 의해 쟁점부동산의 매수를 희망하여 왔으나, 청구인은 쟁점부동산을 양도하는 경우 이를 대체할 사업장이 마땅치 않았기에 B의 요청에 응하지 아니하던 중, B이 교환부동산과 쟁점부동산의 교환을 제안하여 쟁점교환계약이 성사되기에 이르렀다.

  나) 교환계약 당시 쟁점부동산과 교환부동산은 별도의 시가 감정을 하지 않고 부동산개발업을 영위하는 B이 부동산의 가치나 시세에 정통한 관계로 B이 제시한 교환차액인 쟁점교환차액을 B이 청구인에게 교환의 대가로 지급하기로 약정하였으며, B은 본인이 제시한 쟁점교환차액의 지급대금 마련을 위해 B이 교환으로 취득하는 쟁점부동산을 담보로 금융기관으로부터 대출을 받고자 하였기에 금융기관의 쟁점부동산 담보물 평가를 위한 요청에 응하여 주었다.

  다) 이와 같이 청구인과 B은 쟁점부동산과 교환부동산을 쟁점계약에 의해 교환하면서, 각 부동산의 감정가액이나 시장가격 등 객관적 금전가치에 의하여 교환대상 목적물의 가액이나 가치를 정하고 이를 기준으로 그 차액에 대한 정산을 한 것이 아니며, 부동산개발업자인 B이 임의평가하여 제시한 교환차액인 쟁점교환차액을 청구인이 수락하여 쟁점부동산과 교환부동산의 교환이 이루어진 것이다.

  라) 그리고 쟁점교환계약이 이행된 후, 청구인과 B은 세무사에게 쟁점교환계약에 따른 양도소득세 신고를 의뢰하였는바, 각 교환대상 목적물에 대한 별도의 시가평가가 없이 당사자 간의 임의평가한 것을 토대로 B이 청구인에게 쟁점교환차액을 교환의 대가로 지급하기로 하였다는 내용을 확인한 세무대리인은 양도소득세 신고시 양도가액은 실지거래가액으로 신고하여야 할 것이나 교환대상인 각 부동산을 평가하여 각 부동산의 가액을 정한 사실이 없으므로 실지거래가액이 확인되지 않는 경우이고, 매매사례가액이나 감정가액 등이 없으므로 기준시가로 신고할 수 밖에 없다는 의견을 제시함에 따라, 청구인과 B은 교환대상 부동산 각각의 취득가액과 양도가액을 기준시가로 하여 양도소득세를 신고하게 되었다.

  마)그런데 양도소득세 조사를 진행한 처분청은 위와 같은 청구인의 양도소득세 신고내용을 부인하고, B이 2019년 취득한 교환부동산 취득가액 1,070,000,000원 과 교환의 대가로 청구인에게 지급한 쟁점교환차액 3,130,000천원을 합한 금액인 4,200,000천원을 쟁점부동산의 실지양도가액으로 하여 양도가액을 경정하고 이 건 2021년 귀속 양도소득세 1,190,000,000원을 과세예고통지하였기에 청구인은 2023.12.13. 국세청에 과세전적부심사청구를 제기하였는바, 이에 국세청은 처분청이 쟁점부동산의 실지양도가액을 재조사하는 것으로 결정하여 2024.2.28. 과세전적부심사 결정통지를 하였다.

 2) 과세전적부심사 및 이의신청 결정에 따른 양도소득세 경정 과정

  가) 국세청의 과세전적부심사 결정에 따라 처분청은 2024.4.29.부터 2024. 10.15.까지 쟁점부동산의 실지거래가액을 재조사하였으나, 최종적으로 쟁점부동산의 양도에 대해 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보아, ｢소득세법｣ 제114조 제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제3항의 규정을 적용하여 쟁점부동산의 양도가액을 2개 감정평가기관의 감정가액의 평균액인 4,622백만원으로 추계경정 하고, 2024.12.12 청구인에게 당초 과세예고통지한 세액보다 254백만원이 많은 2021년 귀속 양도소득세 1,444,261,450원을 부과처분하였다.

  나) 그런데 처분청이 쟁점부동산의 양도가액으로 추계결정한 2개 감정평가 기관의 감정가액 4,622백만원의 추계조사내용을 살펴보면, 2개의 감정평가기간의 감정가액 중 대출감정가액은 금융기관에서 담보대출을 목적으로 쟁점부동산과 교환부동산의 교환일인 2021.4.29.보다 1개월 13일이 앞선 2021.3.16.을 평가기준일로 하여 2021.3.17.에 작성된 ㈜C의 감정가액 4,555백만원이며, 나머지 1개 감정평가기관의 감정가액인 쟁점감정가액은 처분청이 과세전적부심사 결정에 따른 재조사 기간인 2024.4.29.∼2024.10.15. 중 이 건 쟁점부동산의 양도가액을 추계경정하기 위해 ㈜D에 평가의뢰하여 쟁점부동산의 교환일인 2021.4.29.을 평가기준일로 하여 쟁점부동산 교환일로부터 3년 3개월 이상 경과한 2024.8.6.에 작성된 소급감정가액 4,688백만원으로서, 위 2개 감정가액의 평균액인 4,622백만원을 쟁점부동산의 양도가액으로 결정한 것이었다.

  다) 이에 청구인은 처분청이 한 쟁점부동산의 양도가액 추계방법이 ｢소득세법｣ 제114조제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제3항의 규정을 위배하여 이 건 양도소득세 부과처분이 위법하므로 그 취소를 구하는 이의신청을 서울지방국세청장 에게 2025.1.17. 제기하였는바, 서울지방국세청장은 청구인의 이의신청 접수일 로부터 60일이상 경과된 후인 2025.4.1.에 위 사실관계에서 나타나는 이의신청 결정서 주문의 내용과 같이 “쟁점부동산의 실지거래가액을 파악하기 위하여 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.”는 결정을 하였다.

  라) 처분청은 서울지방국세청장의 이의신청 결정에 따른 쟁점부동산의 실지양도가액을 재조사하면서, 쟁점부동산이나 교환부동산의 평가내역, 교환대금 산정에 대한 근거 등 쟁점부동산의 교환과 관련하여 실지거래가액을 확인할 수 있는 증빙이 없어 실지양도가액을 확인하기 어려움에 따라 교환당시 교환부동산의 기준시가인 611,000천원에 쟁점교환차액 3,130,000천원을 합한 3,741,000천원을 쟁점부동산의 실지양도가액으로 결정하고, 2025.5.27. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세를 1,077,072,446원으로 재경정하는 내용의 이의신청 결정에 따른 처리결과를 통지하였다.

 3)처분청은 서울지방국세청장의 이의신청 재조사 결정에 따라 교환부동산의 기준시가에 쟁점교환차액을 합한 금액을 쟁점부동산의 실지거래 양도가액 으로 결정하고 일부 감액된 재조사 결과를 통지하였는바, 이는 소득세법령상의 관련규정을 위반한 위법한 처분이며, 조세법상의 근거를 찾기 어려운 처분청의 자의적이고 추정에 의한 실지거래가액 결정방법으로서 심히 부당한 처분이므로 전체 세액을 취소하여야 한다.

  가) 양도소득세의 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 말하므로, 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지거래가액을 확인할 수 없다고 할 것이며(대법원 2015.10.15. 선고 2015두43148 판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2009두19465 판결 등 참조), 부동산을 교환한 경우 양도 및 취득가액은 교환계약서에 표시된 실지거래가액에 따르는 것이나, 동 교환계약서상의 가액을 실지거래가액으로 인정할 수 없거나 확인할 수 없는 경우에는 ｢소득세법｣ 제114조 제7항에 따른 매매사례가액, 감정가액, 환산가액, 기준시가를 순차적으로 적용하는 것이다(같은 뜻 : 대법원 2015.01.29. 선고 2014두43547 판결 및 국세청 예규 부동산납세-46, 2013.09.16. 등 참조).

  나) ｢소득세법｣제88조 제5호에서 "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다고 규정하고 있고, ｢소득세법｣제114조 제4항은 “납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조에 따른 가액에 따라야 한다”고 규정하면서, 그 제96조 제1항에서는 ‘토지의 양도가액은 그 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실지거래가액에 따른다고 규정하고 있으며, ｢소득세법｣제114조 제7항은“제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.”고 규정하고 있다.

  다) 이 건의 경우를 살펴보면, 앞서 기술한 사실관계와 같이 청구인과 B은 쟁점부동산과 교환부동산을 쟁점계약에 의해 교환하면서, 각 부동산의 감정가액이나 시장가격 등 객관적 금전가치에 의하여 교환대상 목적물의 가액이나 가치를 정하고 이를 기준으로 그 차액에 대한 정산을 한 것이 아니며, 부동산개발업자인 B이 임의평가하여 제시한 교환차액인 쟁점교환차액을 청구인이 수락하여 쟁점부동산과 교환부동산의 교환이 이루어진 것이다. 즉, 교환계약 당시 시가감정 등의 방법으로 교환대상 각 부동산들의 객관적인 가액을 평가하여 그 차액에 대한 정산절차를 거치는 가치적 교환을 한 것이 아니라 각 부동산의 가액을 임의로 평가하여 조정하는 단순 교환을 한 것이기에 그 실지거래가액을 확인할 수 없는 거래임이 분명한 것이다.

  라) 그렇다면 쟁점부동산의 양도차익을 산정함에 있어 쟁점부동산의 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시의 급부의 대가로 실지 약정된 금액인 실지양도가액을 확인할 수 없는 경우로서, 응당 「소득세법」의 규정에 따라 그 양도가액은 매매사례가액, 감정가액, 기준시가를 순차적으로 적용하여야 할 것이며, 쟁점부동산과 교환부동산은 교환당시 매매사례가액이나 2개 이상의 감정가액이 존재하지 않으므로 기준시가를 양도가액으로 하여 양도소득을 계산하는 것이 적법·타당한 것이다.

  마) 그럼에도 불구하고, 서울지방국세청장의 이의신청 재조사 결정에 따라 처분청이 이 건 양도소득세를 재경정하면서, 교환부동산의 기준시가에 쟁점교환 차액을 합한 가액을 쟁점부동산의 실지거래 양도가액으로 간주하여 과세표준과 세액을 경정하는 것은 조세법에서 정한 양도가액의 산정 원칙을 위배하는 것으로서 법적 근거가 없을 뿐 아니라, 현재까지 사례를 찾아볼 수 없는 과세관청의 자의적인 과세방법으로서 조세법률주의에 위반된다고 할 것이다.

  바) 더욱이 기준시가는 부동산을 비롯한 자산을 양도할 때 양도차익을 계산하기 위해 사용하는 자산의 평가금액으로 국세청장이 고시한 공시가격이며, 이는 토지나 건물 등의 자산의 시가를 대신하여 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우 보충적으로 사용하는 것이므로 당해 부동산의 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에는 당해 부동산의 기준시가로 대체될 수는 있으나, 교환부동산의 기준시가가 쟁점부동산의 실지거래가액 일부를 구성하거나 그 일부로 대체할 수 있는 가액이 될 수 없음(같은 뜻 : 대법94누4127, 1994.06.10. 참조)에도 교환부동산의 기준시가와 쟁점교환차액을 합한 가액을 쟁점부동산의 실지양도가액으로 간주하여 과세하는 것은 소득세법령 에서 전혀 근거가 없는 과세방법으로서 법령에 규정된 방식이 아닌 임의적이고 자의적인 방법이므로 위법·부당하다.

  사) 과세관청이 조세를 부과하고자 할 때에는 해당 조세법규가 규정하는 조사방법에 따라 얻은 정확한 근거에 바탕을 두어 과세표준을 결정하고 세액을 산출하여야 하며, 이러한 조사방법 등을 무시하고 아무런 근거도 없이 막연한 방법으로 과세표준과 세액을 결정, 부과하였다면 이는 하자가 중대하고도 명백하여 당연무효라 할 것이고, 그와 같은 조사결정절차에 단순한 과세대상의 오인, 조사방법의 잘못된 선택, 세액산출의 잘못 등의 위법이 있는 경우에는 취소사유가 된다고 할 것이다(같은 뜻 ; 대법원 2024. 3. 12. 선고 2021다224408 판결, 대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결 등 다수 참조).

  아) 더욱이 세법은 문언 그대로 엄격하게 해석하여야 하며, 이를 확장하거나 유추하여 해석하는 것을 금하고 있는바, 이는 국민의 기본권인 재산권을 침해할 수 있기 때문인데 그럼에도 불구하고, 처분청은 이 건 양도소득세를 경정고지하면서 소득세법령상의 규정과 달리 임의적이고 자의적인 방식으로 쟁점부동산의 실지거래 양도가액을 산정하여 양도소득세를 경정하고 있으므로 이는 지극히 과세편의적인 처분으로서 납세자의 권익을 심각하게 침해하고 있는 것이다.

  자) 그렇다면, 처분청의 이 건 양도소득세 재경정 처분은 쟁점부동산의 실지양도가액의 결정의 방법이 위법하여 그 내용상 중대하고 명백한 하자가 있다고 할 것이므로 이를 취소하여야 할 것이다.

나. 서울지방국세청장의 이의신청 결정은 납세자의 조세불복청구에 대한 심리대상과 그 한계를 벗어난 결정이며, 국세기본법 제65조의3 제1항의 불고불리원칙, 제2항의 불이익변경금지원칙 및 행정심판법 제47조 제1항의 재결의 범위를 벗어난 결정이므로 위법·부당하다.

 1) ｢국세기본법｣ 제65조의3 제1항은 “국세청장은 제65조에 따른 결정을 할 때 심사청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.”고 규정하고, 그 제2항은 “국세청장은 제65조에 따른 결정을 할 때 심사청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.”고 규정하고 있으며, 같은 법 제66조 제6항은 “이의신청에 관하여는 제61조 제1항ㆍ제3항 및 제4항, 제62조 제2항, 제63조, 제63조의2, 제64조 제1항 단서 및 같은 조 제3항, 제65조 제1항 및 제3항부터 제7항까지, 제65조의2 및 제65조의3을 준용한다.”고 규정하고 있고, 행정심판법 제47조 제1항(재결의 범위)은 “위원회는 심판청구의 대상이 되는 처분 또는 부작위 외의 사항에 대하여는 재결하지 못한다.”고 규정하고 있다.

 2) 그러나 이 건의 경우를 보면, 청구인이 쟁점부동산을 교환에 따라 양도하고 기준시가를 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고·납부하자, 처분청이 교환부동산의 취득가액에 쟁점교환차액을 합한 가액으로 쟁점부동산의 양도가액을 결정하여 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 과세예고통지를 하였고, 이에 청구인은 국세청장에게 과세전적부심사청구를 제기하였는바, 국세청장은 “동대문 세무서장이 2023.11.13. 청구인에게 통지한 2021년 과세연도 양도소득세 1,190,273,199원의 과세예고통지는 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실지거래가액을 파악하기 위하여 교환부동산 가액에 대한 객관적인 근거, 거래상대방의 쟁점부동산 관련 신고내역 등의 사실관계를 구체적으로 면밀히 재조사하여 과세표준과 세액을 다시 통지한다.”고 과세전적부심사 결정을 하였다.

 3) 이에 따라 처분청은 쟁점부동산의 실지거래가액을 재조사하였으나, 그 실지거래가액을 확인하지 못하여 결국, 소득세법령상의 규정에 따른 추계방법으로 쟁점부동산의 양도가액을 경정하면서 소득세법령에서 인정되지 않은 소급감정가액을 적용하여 2021년 과세연도 양도소득세를 경정고지하였기에, 청구인은 ‘처분청이 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우로 보아 추계조사에 의해 감정가액으로 쟁점부동산의 양도가액을 결정하였으나, 처분청이 쟁점부동산의 양도가액으로 추계한 감정가액은 소득세법령에서 인정되지 않은 소급감정가액을 적용한 것으로서 이에 따른 양도소득세 경정고지 처분은 위법하므로 이를 취소하여야 한다’는 취지의 이의신청을 2025.1.9. 서울지방국세청장에게 제기하였다.

 4)그런데 이에 대한 서울지방국세청장의 이의신청 결정내용은 “동대문세무서장이 2024.12.12. 청구인에게 통지한 2021년 과세연도 양도소득세 1,444,261,450원의 부과처분은, 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실지거래가액을 파악하기 위하여 교환부동산 가액, 교환대금 산정에 대한 객관적 근거, 거래상대방의 쟁점부동산 관련 신고내역 등의 사실관계를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정한다.”는 내용으로서, 청구인이 이의신청으로 제기하였던 처분청의 추계조사 결정의 위법성에 대한 심리나 판단이 없이 앞서 국세청장이 결정하였던 과세전적부심사 결정과 중복되는 결정을 하였다.

 5) 결국 처분청은 이의신청 결정에 따라 쟁점부동산의 실지거래가액을 다시금 재조사하였음에도 과세전적부심사 결정에 따른 재조사 결과와 같이 쟁점부동산의 실지거래가액을 객관적으로 확인하지 못함에 따라 소득세법상 근거가 없는 방법인 교환부동산의 기준시가에 쟁점교환차액을 합한 가액을 쟁점부동산의 실지 양도가액으로 결정하여 양도소득세를 재경정한 것이다.

 6) 그렇다면 서울지방국세청장의 이의신청 결정은 납세자인 청구인이 제기한 추계경정처분의 위법성에 대한 심리나 판단이 없이 직권심리의 한계를 벗어난 결정으로서, 청구인이 제기한 추계경정 처분의 위법성에 대한 정당한 결정이 있었을 경우 청구인이 받게 될 이 건 양도소득세 과세처분의 취소 이익을 해하고 있는 것이므로 불고불리 및 불이익변경 금지의 원칙을 위배한 결정이라 할 것이다.

 7) 따라서 당초 처분청의 추계경정 처분이 명백히 소득세법령에 위배되는 처분임이 분명한 것이라면 이 건 양도소득세 재경정처분은 이를 전부 취소하여야 할 것이다.

3.처분청 의견

가.청구인과 B은 쟁점부동산 및 교환부동산의 평가에 따른 정산을 하였다.

 1) 청구인은 실지거래가액이 확인되지 않는 단순교환에 해당하여 양도가액은 쟁점부동산의 기준시가로 보아야 한다고 주장하나, 쟁점계약서상 쟁점부동산 평가액은 1,430,065,280원, 교환부동산의 평가액은 611,911,500원으로 기재되어 있고 교환대금 3,130,000,000원을 B이 청구인에게 지급한다는 내용이 기재되어 있다.

 2) 청구인은 단순교환으로 계약서에 지재된 가액은 임의평가액이라고 주장하나양도 당시 거래상대방인 B은 쟁점부동산을 담보로 수산업협동조합 길동사거리시점에 대출을 신청하였고, 수산업협동조합은 ㈜C에 감정평가 의뢰하였는데 ㈜C의 감정평가서에 의하면 감정평가서 평가기준시점 및 조사기간은 2021.3.16.이며 부동산교환계약서상 계약일이 2021.4.2.로 되어 있다는 것은 당초 감정평가금액 4,555,265,380원을 인지한 상태에서 부동산교환이 이루어진 것으로 보아야 할 것이다.

    그렇다면 교환대금 3,130,000,000원으로 현금 정산하게 된 근거는 당초 감정가액인 것이고 이 금액을 실질교환가액으로 보는 것이 합리적이다.

 3)청구인은 교환계약서에 지재된 가액은 임의평가액이고 단순교환이라고 주장하나, 양도 당시 교환계약서상 쟁점부동산에 대한 평가액은 1,430,065,280원 이고, 교환부동산에 대한 평가액이 611,911,500원이며 그 차액은 818,153,780원으로 청구인이 기준시가로 기재하였다고 주장하는 것과 달리 교환대금 3,130,000,000원을 지급받았다는 것은 정산절차를 거친 것으로 볼 수 밖에 없을 것이다.

  한편 청구인은 조사과정에서 청구인은 실질교환가액이 기억이 나지 않는다고 주장하였으나 이는 처분청을 기망하고 있는 것이고 청구인이 단순교환이라 주장하고 있는 이유는 양도소득세를 탈루하기 위한 것일 뿐이다.

이와 같은 사정을 고려하면 당초 감정가액은 단순히 담보목적으로 대출받기 위한 감정가액이 아닌 실질 교환가액을 산정하기 위한 중요한 금액인 것이다.

 4) 교환대상 목적물에 대한 시가 감정이 없더라도 실제로 당사자들이 평가한 가액을 진정한 가액으로 인정할 수 있는 경우에는 그 금액을 부동산의 실지 거래가액으로 인정할 수 있다는 것이 조세심판원의 입장인바(조심 2020서8297, 2021.6.3. 참조), 이 사건 거래당사자들이 교환계약서에 교환대상 목적물에 대한 평가액을 기재하고 교환차액을 현금으로 지불하였으므로 그 평가액이 기준시가 라고 하더라도 진정한 거래가액으로 보는 것이 합리적일 것이다.

나.청구인의 예비적 주장은 그 자체로 이유 없다.

청구인은 예비적 청구로서 서울지방국세청장의 이의신청 결정이 납세자의 조세불복청구에 대한 심리대상과 그 한계를 벗어난 결정으로 위법·부당하다고 주장하고 있으나, 이는 이 건 처분청의 과세처분과 직접적인 관계가 없고 소관사항이 아닌 내용으로 다루지 않는다.

다.결론

    청구인은 양도소득세를 성실신고할 의무가 있으나 쟁점부동산과 현금정산 금액 3,130백만원은 청구인이 신고한 양도가액 1,430백만원을 현저히 초과함에도 당초 신고한 양도가액의 적정성을 주장하는 것은 실질거래가액을 은닉하고 양도소득세를 회피하려는 목적 외에 다른 합리적인 이유가 있을 수 없다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

 ➀쟁점부동산의 실지거래가액이 불분명하므로 양도가액은 기준시가로 보아야 한다는 청구주장의 당부

➁이의신청 결정이 납세자의 조세불복청구의 심리대상과 그 한계를 벗어나 위법한 처분이라는 청구주장의 당부

나.관련 법령

가)  1)소득세법 제88조【정의】

  이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

   5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다.

나)  2)소득세법 제94조【양도소득의 범위】

  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

 3) 소득세법 제96조【양도가액】

  ① 제94조제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다.

  ② 삭제

  ③ 제1항을 적용할 때 거주자가 제94조제1항 각 호의 자산을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 가액을 해당 자산의 양도 당시의 실지거래가액으로 본다.

    1. ｢법인세법｣제2조제12호에 따른 특수관계인에 해당하는 법인(외국법인을 포함하며, 이하 이 항에서 "특수관계법인"이라 한다)에 양도한 경우로서 같은 법 제67조에 따라 해당 거주자의 상여·배당 등으로 처분된 금액이 있는 경우에는 같은 법 제52조에 따른 시가

    2. 특수관계법인 외의 자에게 자산을 시가보다 높은 가격으로 양도한 경우로서 ｢상속세 및 증여세법｣ 제35조에 따라 해당 거주자의 증여재산가액으로 하는 금액이 있는 경우에는 그 양도가액에서 증여재산가액을 뺀 금액

 4) 소득세법 제100조【양도차익의 산정】

  ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조제3항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액 ·감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액 (제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조제7항에 따라 매매사례가액·감정가액· 환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액·감정가액·환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.

  ② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

  ③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다.

④ 양도차익을 산정하는 데에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 5-1) 소득세법 제114조【양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지】

  ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 경우에는 해당 거주자의 양도소득과세표준과 세액을 결정한다.

  ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

  ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 다시 경정한다.

  ④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

  ⑤ 제94조제1항제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 "신고의무자"라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 「부동산등기법」 제68조에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 "등기부 기재가액"이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.

  ⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.

  ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

 5-2) 소득세법 시행령 제176조의2【추계결정 및 경정】

  ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

    1.양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

    2.장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, ｢감정평가 및 감정평가사에 관한 법률｣제2조 제4호에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 "감정평가업자"라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

(...중략...)

  ③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.

    1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액

    2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식 등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.

    3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액

    4. 기준시가

 6) 국세기본법 제65조의3【불고불리ㆍ불이익변경 금지】

  ① 국세청장은 제65조에 따른 결정을 할 때 심사청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다.

  ② 국세청장은 제65조에 따른 결정을 할 때 심사청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다.

다. 사실관계

2.  1)쟁점부동산과 교환부동산 기본사항

3.   가)등기사항전부증명서에 의하면 쟁점부동산토지는 2021.4.2. 교환을 원인으로 B에게 소유권 이전되었으며, 2021.4.29. B을 채무자로 하여 냉동냉장수산업 협동조합에서 채권채고액 4,589백만원의 근저당권이 설정된 사실이 확인된다.

❙쟁점부동산 토지 등기사항전부증명서 일부 발췌❙

❙쟁점부동산 건물 등기사항전부증명서 일부 발췌❙

4.   나) 등기사항전부증명서에 의하면 교환부동산은 2019.8.1. 매매를 원인으로 2019.11.11. B에게 소유권이 이전되었으며 당시 매입가액은 1,070백만원으로 나타나며 2021.4.2. 청구인에게 교환된 것으로 나타난다.

(이면 이 하 여백)

5.

❙교환부동산 중 토지 일부 등기사항전부증명서 일부 발췌❙

❙교환부동산 중 건물 등기사항전부증명서 일부 발췌❙

6. 2)쟁점부동산과 교환부동산의 교환계약

7.   가)2021.4.2. 작성된 것으로 보이는 부동산교환계약서 기재에 따르면 쟁점부동산 평가액은 1,430,065,280원이고 교환부동산 평가액은 611,911,500원이며 B은 청구인에게 3,130,000,000원을 차액으로 지급하기로 한다는 내용이 기재되어 있다.

8.   나)국세청 전산자료에 따르면 청구인은 2021.6.21. 2021년 과세연도 양도소득세에 관하여 양도소득금액 173,167,233원, 납부세액 45,453,544원으로 신고하였다.

9.  3)쟁점부동산과 교환부동산 관련 증빙 및 검토

10.   가) 쟁점부동산 대출을 위하여 2021.3.17. 작성된 것으로 보이는 감정평가표에 따르면 2021.3.16. 기준시점으로 평가금액은 4,555백만원이다.

11.   나)쟁점부동산에 대한 쟁점(소급)감정평가표는 2024.8.6. 작성되었고, 기준시점 2021.4.30. 평가금액은 4,688백만원이다.

12.   다)쟁점부동산과 교환부동산 중 토지의 개별공시지가는 아래와 같다.

❙쟁점부동산 중 토지 공시지가❙

❙교환부동산 중 토지 공시지가❙

13.   라)국세청 전산자료에 따르면 쟁점부동산인 서울특별시 동대문구 A는 B이 대표인 E의 사업장으로 기재되어 있고, E은 주거용 건물 개발 및 공급업을 목적으로 2021.2.18. 개업한 업체로 2021 사업연도 표준합계잔액시산표 중 재고자산, 비유동자산, 유형자산 부분을 발췌하면 아래와 같다.

❙E 2021 사업연도 표준합계잔액시산표❙

(단위:원)

14.   마)국세청 전산자료 중 부동산취득양도내역에 따르면, 청구인과 B은 쟁점부동산을 1,430백만원, 교환부동산을 681백만원으로 서로 동일한 가액으로 신고하였다.

❙부동산취득양도내역❙

15.  4)양도가액 산정에 대한 불복 진행 경과

16.   가)청구인은 2021.6.29. 쟁점부동산의 양도소득세를 신고하면서 실지거래 가액이 불분명하다고 보아 양도가액을 기준시가인 1,430,065,280원로 하여 양도소득세 45,453,544원을 신고·납부하였다.

    이에 조사청은 2023.9.8.부터 2023.11.6.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사 결과 쟁점부동산의 양도는 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에 해당한다고 보아 교환부동산 가액 1,070,000,000원과 현금 3,130,000,000원을 합한 4,200,000,000원을 쟁점부동산 양도가액으로 하여 2023.11.14. 청구인에게 2021년 과세연도 양도소득세 1,190,273,199원을 과세하겠다는 세무조사결과통지를 하였다.

    당시 조사종결보고서에 따르면 ‘교환부동산은 2019.11.11. B이 이충환 으로부터 구입한 사실이 등기사항전부증명서에 의해 열람되고 교환계약 체결일인 2021.4.2.로부터 불과 1년 5개월 전의 실지거래가액으로 교환가액 협상 시 기준금액이 형성된 것으로 보이며 ... 중략... 교환부동산은 양도 시 취득가액과 동일한 금액인 10억7천만원으로 평가되어 교환되었을 것으로 판단됨’이라고 기재되어 있다.

17.   나)청구인은 과세전적부심사를 청구하였고, 재조사 결정에 따라 조사청은 대출감정가액과 별도의 감정가액 평균인 4,621,775,800원을 쟁점부동산 양도가액 으로 판단하여 결정세액 1,489,714,994원으로 경정·고지하였다.

18. 다)청구인은 이의신청을 하였고, 재조사 결정에 따라 조사청은 계약서상 평가액 611,000,000원과 교환대금 3,130,000,000원 합계 3,741,000,000원을 쟁점부동산 양도가액으로 판단하여 결정세액 1,077,072,448원으로 경정·고지 하였다.

19.   라)청구인의 신고 내역과 불복에 따른 양도가액 산정 내역을 정리하면 아래와 같다.

❙2021년 과세연도 양도소득세 신고 및 경정 내역❙

(단위:백만원)

20.  5)조사청이 제출한 문답서 등 검토

21. 가)조사청은 2023.9.11. 청구인에게 2021년 과세연도 양도소득세 조사와 관련 소명 자료를 요청하였고, 이에 따라 청구인은 부동산교환계약서와 교환대금 수령 내역, 계좌별 거래명세표 등을 제출한 것으로 확인된다.

22. 나)2023.10.10. 청구인의 진술서에 따르면 ‘교환대금 3,130백만원은 두 부동산의 시가 감정을 통하여 산정한 것이 아니라 교환당사자들이 생각하는 보유 부동산의 호가를 제시하여 상호 협상을 통해 산정한 것’이라고 기재되어 있고 그 외 협상 당시 제시한 호가는 기억나지 않는다고 기재되어 있다.

  2023.10.10. B 문답서에 따르면 협상 당시 ① 두 부동산에 대하여 서로 제시한 평가액 또는 호가, ② 협상의 횟수, ③ 교환대금 산정 기준은 전부 기억나지 않는다고 기재되어 있으며, 제출된 근거 서류는 없다.

  청구인과 B의 진술 당시 세무대리인으로 이 사건 심사청구 대리인인 세무법인 소속 세무사 J이 동석한 것으로 서명 날인되어 있다.

23. 다)청구인의 대리인 세무사 J은 2023.10.16. 동대문세무서에서 수령한 ‘과세쟁점사실에 대한 납세자 의견 제출요청’에 대하여 ‘B, F 양도소득세 판단 관련’ 의견서로 제출한다는 내용의 확인서와 함께 의견서를 제출한 것으로 확인된다.

    의견서 내용은 ‘양도 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 양도가액을 매매 사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정하여야 합니다. B의 경우, 사노동 토지의 매매사례가액, 감정가액 등이 확인되지 않으므로 양도가액을 기준시가에 의해 양도소득세를 계산하여야 합니다. F의 경우, 양도일 전 3개월 이내에 A에 대하여 감정평가한 가액이 있으나 ｢소득세법 시행령｣제176조의2 제3항 제2호에 따라 둘 이상의 감정 평가법인 등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액이 있는 경우에 그 감정가액의 평균액을 양도가액으로 추계결정 할 수 있는 것이므로 당시 한 건의 감정평가액만으로 추계결정할 수 없어 기준시가에 의해 양도소득세를 계산하여야 합니다(조심2009광122, 2010.3.17., 조심 2017서120, 2017.6.19. 외 다수)’라로 기재되어 있다.

라.판단

 1) 쟁점➀관련

가)관련 법리

  ｢소득세법｣ 제96조는 양도가액을 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 의한다고 규정하고 있고, 같은 법 제88조는 실지거래가액이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다고 규정하고, 대법원은 양도소득의 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지거래가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이라 판시하고 있다 (대법원 1999.11.26. 선고 98두19841 판결 등 참조).

나) 쟁점부동산의 실지거래가액이 불분명하므로 양도가액은 기준시가로 보아야 하는지에 대한 판단

(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 쟁점부동산의 실지거래가액이 확인되므로 처분청의 당초 처분은 정당하다.

(가)청구인은 2021.4.2. 본인 소유 서울 동대문구 소재 부동산과 B 소유 경기 구리시 소재 교환부동산을 교환하는 계약을 체결하였고, 이에 따라 B은 청구인에게 3,131,000,000원 및 교환부동산 지급하였으므로 이 때 실제거래가액은 ｢소득세법｣ 제88조에 따라 쟁점부동산의 양도와 대가관계에 있는 금전 3,131,000,000원과 그 밖의 재산인 교환부동산의 가액 합계라 할 것이다.

        이 중 금전 3,131,000,000원은 쟁점토지에 대한 대가의 대부분을 이루고 있고 그 가치가 명확히 확인되는 것이며, 그 밖의 재산인 교환부동산의 가치는 아래와 같은 점을 고려 시 최소한 교환 계약서상 평가액인 611,911,500원이라 보아야 할 것이고, 그렇다면 쟁점부동산의 실지거래가액은 최소 3,742,911,500원 이라는 사실이 확인된다 할 것이다.

     ① 교환계약서에 따르면 교환부동산 평가액은 611,911,500원인 점,

   ②B이 2019년 교환부동산을 매수한 금액은 1,070,000,000원이라는 점,

     ➂교환부동산 중 토지의 개별공시지가가 2019년 이후로 지속적으로 상승한 사실이 확인되므로 교환 당시인 2021년에 교환부동산 가치는 최소 1,070,000,000원 이상이었을 것이라 보이는 점

(나)나아가 쟁점부동산에 대하여 시가 감정을 한 사실이 확인되는데 감정평가표에 따르면 기준시점 2021.3.16. 쟁점부동산의 평가금액은 4,555,265,800원 이고, 쟁점부동산 등기사항전부증명서 기재에 따르면 B은 2021.4.29. 쟁점부동산 에 대하여 채무자 B, 근저당권자 냉동냉장수산협동조합, 채권최고액 4,589,000,000원 으로 근저당권 설정계약을 체결하고 등기한 사실이 확인되며, 조사청 제출한 2024.8.6. 작성 감정평가서상 기준시점 2021.4.30. 당시 쟁점부동산 평가금액은 4,688,285,800원 이므로 이러한 사정들을 고려하면 쟁점부동산의 가치는 최소 4,555,265,800원이며 이는 쟁점부동산의 거래대가 즉 실지거래가액이 최소 3,742,911,500원이라는 사실을 뒷받침한다 할 것이다.

(2) 이와 달리 청구인의 주장은 아래와 같은 내용으로 볼 때 이유 없다.

(가)청구인은 쟁점부동산과 교환부동산은 상호 시가 감정없이 임의평가하여 단순 교환한 것으로서 실지거래가액이 확인되지 않는 거래라고 주장하나, ➀청구인이 B으로부터 받은 3,131,000,000원은 쟁점부동산의 대가 중 약 83%로 거래대가의 대부분을 이루는 금액이므로 이는 교환부동산과 차액이라기보다는 주된 대가관계라고 보는 것이 타당하고 그 가치 역시 명확히 확인된다는 점, ➁앞서 본 것과 같이 쟁점부동산의 가치는 최소 4,555,265,800원이라는 사실과 쟁점부동산 실지거래가액은 최소 3,742,911,500원이라는 사실이 확인되는 점, ➂교환계약서 작성 약 한 달 전인 2021.3.17. 쟁점부동산에 대해 이루어진 시가 감정이 존재하며 이에 따르면 2021.3.16. 기준시점 쟁점부동산 감정 평가액은 4,555,265,800원이라는 점들을 종합하여 고려하면 쟁점부동산의 실지거래가액이 확인되지 않는다는 청구인 주장은 받아들이기 어렵다.

(나)한편 청구인은 ‘거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전 가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등의 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 위와 같은 과정 없이 당사자 사이의 합의에 의하여 교환대상 목적물의 가액 차이만을 결정하여 그 차액을 지급하는 방식으로 단순교환을 한 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다(대법원 2013. 9.12. 2013두10410)’는 대법원 판시를 근거로 청구인 역시 B이 쟁점부동산과 교환부동산을 임의로 평가하여 제시한 교환차액 3,131,000,000원을 수락하여 교환이 이루어졌으므로 쟁점부동산의 실지거래가액이 확인되지 않는다 주장한다.

      그러나 해당 판례의 원심에 기재된 사실관계를 살펴보면 ➀ 원고 소유 부동산 평가가액은 962,567,400원¹⁾이고 원고가 상대방 소유 토지와 교환하면서 지급받은 금액은 원고 소유 부동산 평가금액의 약 10%에 불과한 1억이므로 가액 차이 지급을 통한 부동산 교환인 것으로 보이며, 이는 쟁점부동산의 대가 중 약 83%로 거래대가의 대부분을 이루는 금액 3,131,000,000원을 지급받은 이 사안과 본질적으로 다르고, ➁ 시가감정 등 객관적인 근거 없이 당사자가 객관적인 가액을 정확하게 산출하지 않고 가액 차이를 1억원으로 임의로 평가하여 조정한 사안으로, 2021.3.17. 쟁점부동산에 대해 이루어진 시가 감정이 존재하는 이 사안과 다르다.

       따라서 이러한 점들을 고려할 때 청구인이 주장한 판례는 이 사건에 원용하기 어렵다.

(3) 소결론

   ｢소득세법｣ 제88조 및 제96조 규정에 따라 양도소득의 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지거래가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이고, 교환 계약서와 감정평가표 등 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 파악할 수 있는 쟁점부동산의 가치는 3,131,000,000원에 교환부동산 최소 평가액 611,911,500원을 합한 3,742,911,500원이라 할 것인데, 처분청은 이 최소한 금액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 과세한 것이므로 이를 위법하다 할 수 없다.

 2) 쟁점➁관련

가)관련 법리

      ｢국세기본법｣제65조제1항3호는 심사청구에 대한 재조사 결정을 규정하고 있고 이의신청 역시 같은 법 제66조제6항에서 이를 준용하므로, 처분청은 이의신청에 대하여 취소·경정 또는 필요한 처분을 하기 위하여 사실관계 확인 등 추가적으로 조사가 필요한 경우에 이를 재조사할 수 있다.

      한편 ｢국세기본법｣ 제65조의3은 심사청구를 한 처분 외의 처분에 대해서는 그 처분의 전부 또는 일부를 취소 또는 변경하거나 새로운 처분의 결정을 하지 못한다는 불고불리의 원칙과 심사청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다는 불이익변경금지 원칙을 규정하고 있다.

나) 이의신청 결정이 납세자의 조세불복청구의 심리대상과 그 한계를 벗어나 위법한 처분인지에 대한 판단

(1) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 처분청의 당초 처분은 정당하다.

 처분청의 추계방법이 위법하다는 청구인의 주장에 대한 판단 없이 쟁점부동산의 실제 양도가액을 재조사하라고 한 이의신청 결정은 조세불복 청구의 심리대상과 한계를 벗어난 불고불리 원칙에 반한 결정이라고 주장하나,

      ①재조사 결정은 ｢국세기본법｣ 제65조제5항에 규정한 심사청구에 대한 결정 중 하나라는 점, ②이의신청 심리 과정에서 사건조사서상 사실관계와 청구인 및 처분청의 주장을 검토하여 결론을 도출하였으므로 청구인의 주장에 대한 심리가 충분히 이루어진 점, ③이의신청 재조사 결정에 따라 쟁점부동산의 양도가액을 재조사하여 전보다 청구인에게 더 유리하게 양도소득세 부과처분을 한 점들을 종합하여 고려하면

      이의신청 결정은 심리대상과 한계를 벗어난 것이라 볼 수 없다.

 (2)이처럼 재조사 결정은 ｢국세기본법｣ 제65조제5항에 규정된 심사청구에 대한 결정으로 이 건 심사청구의 전심인 이의신청 결정이 위법하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.