이 유

1.사실관계 및 처분 내용

가.청구인은 2005.9.5. 경기 김포시 A 토지(이하 “관련 토지”라 한다)를 매수하여 소유한 자로, 2025.11월 관련토지 지상 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 소유권보존등기를 한 자이다.

    청구인은 2023.9.27. W회사에게 관련토지 및 쟁점건물을 1,500,000,000원에 매도하고, 양도소득세 신고 시 쟁점건물의 취득가액을 370,000,000원으로 신고하였다.

나.인천지방국세청 감사관실(이하 “감사관실”이라 한다)이 2025.4.8.부터 2025.4.25. 까지 김포세무서에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구인이 양도소득세 신고 시 신고한 370,000,000원이 아닌 종합소득세 신고 시 대차대조표에 계상한 쟁점건물의 장부가액 245,022,450원을 실지취득가액으로 보고 감가상각비 누계액을 차감하여 양도소득세 처분할 것을 요구하였다.

다.감사관의 지시에 따라 김포세무서장은 2025.12.12. 2023년 과세연도 양도소득세 99,945,390원을 고지(이하 “이 사건 처분”이라 함)하였다.

라.청구인은 감가상각비를 취득가액에서 차감하는 것에 대해서는 이의가 없으나, 쟁점건물 취득가액 124,977,550원 불인정에 대해 불복하여 2026.3.12. 이 건 심사 청구를 제기하였다.

2.청구인 주장

가.기초적 사실관계

   청구인은 2005년에 쟁점토지의 전전 소유주인 B의 주선으로 관련토지를 취득하게 되었고 당시 관련토지 위 신축하는 쟁점건물 관련 공사 업무도 T이 실질적으로 진행하였으므로 B에게 현금으로 공사대금을 지급하였다.

    2025년 9월 쟁점건물이 준공이 된 후 추가적인 건물공사 관련 부분은 청구인이 직접 세금계산서를 수령하고 대가를 지급하여 후공정을 마무리하였고 해당 자본적 지출 내역은 적정 세금계산서를 수취한 것으로 사업자 장부에 정확히 반영되어 있는 상태이다.

    한편 처분청의 과세근거로 삼은 회사장부상 기록된 쟁점건물 취득가와 현금인출 내역 및 관련 입금메모로 확인되는 금액을 비교하면 130,252,000원(표준 재무제표상 취득가액으로 계상된 239,748,000원과 통장인출내역으로 확인되는 370,000,000원의 차액) 차이가 발생하고 있다.

나.표준재무제표로 기록된 토지 및 건물의 취득가액과 실제 취득가액과의 차액

 1) 표준재무제표에 따른 토지 및 건물의 취득가액의 세부내역은 다음과 같다.

    ㈜C, ㈜D, E 3개사에 총 81,477,200원에 해당하는 금액이 세금계산서를 수취한 후 건물로 계정대체된 사실을 확인할 수 있는데, 이는 공사대금 및 컨테이너 가공과 레미콘 대가로 모두 건물의 신설과 관련하여 발생된 지출로 이는 세금계산서 수취가 확인되는 거래이며 이후 사업소득 계산 시 감가상각비 계산에도 반영된 금액이므로 양도소득세 계산 시 취득가액에 포함되어야 한다.

 2) 상기 장부에서 누락된 취등록세

   지방세 세목별 과세증명서를 통해 확인된 상기 장부에서 누락된 취등록세 내역은 다음과 같다.

 3) 금융증빙과 차이나는 쟁점건물 취득가액

    관련토지의 취득가액 243,000,000원은 매매계약서에 따른 금액으로 확인이 가능하나 건물의 경우 확인할 수 있는 별도 계약서가 없는데 이는 해당 건물의 건축물대장에서 확인할 수 있듯이 청구인이 건축주로 직접 건축한 건물이기 때문이다.

    청구인은 최초 양도세 신고 시 이와 관련하여 설명한 바와 같이 당시 실질적으로 거의 다 지어진 구축물을 인수하였으며 그와 관련된 증빙으로 입금증과 통장 현금인출내역을 제출한 바 있다.

     결국 위 현금인출내역 및 관련 입금메모, 더존 회계기록 Viewer 프로그램을 통해 확인되는 금액과 회사장부상 기록된 쟁점건물 취득가를 비교하면 130,252,000원 (세금계산서 및 취등록세 제외한 금액 기준, 표준재무제표상 취득가액으로 계상된 239,748,000원과 통장인출내역으로 확인되는 370,000,000원의 차액)만큼 차이가 발생 하고 이를 요약하면 아래와 같다.

3.처분청(감사관실) 의견

가.청구인이 제출한 영수증과 현금인출내역만으로는 쟁점건물 취득비용을 인정할 수 없다.

 1)청구인은 쟁점토지를 2005.9.7. 전소유자 F으로부터 취득한 것으로, B은 쟁점토지 일부 지분을 단기간 소유한 것에 불과하고, 청구인이 제출한 영수증 4매 중 구체적인 지급 목적이 기재된 것은 2005.6.28.에 작성된 1매뿐이다.

 2) 370백만원의 고액을 공부상으로 확인되지 않는 소유자에게 4번에 나누어 지급하면서 매매계약을 별도로 체결하지 않고 현금을 지급하였다는 것은 사회통념상 이해하기 어렵다.

나.쟁점건물의 장부가액은 아래와 같은 이유로 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정이 증명되었다고 판단된다.

 청구인은 2005.10.1. 쟁점부동산을 사업장소재지로 하는 대창AL(제조업)을 사업자등록하였으며 양도(2023.9.27.) 후 2023.10.31. 폐업하였다.

 청구인은 쟁점부동산을 취득한 해인 2005년 귀속 과세연도 종합소득세 신고부터 쟁점부동산의 장부가액을 계상하였으며, 쟁점토지의 최초장부가액은 248,346,000원 으로 취득계약서로 확인되는 쟁점토지 매입가액과 일치하고 2010년 귀속 과세연도부터는 감가상각비를 필요경비로 공제한바, 청구인 스스로 종합소득세 신고 당시 스스로 작성하였음을 전제로 작성·제출한 장부가액은 원칙적으로 실지 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있다.

<쟁점부동산 장부가액 관련 종합소득세 신고내용>

   상기 검토한 바와 같이 청구인이 주장하는 쟁점건물의 취득가액은 입증할 만한 증빙서류를 제출하지 못한 점 등을 볼 때 장부가액을 실지취득가액으로 본 이 건 처분은 정당하다.

4.심리 및 판단

가.쟁점

청구인이 신고한 쟁점건물 취득가액을 부인하고 장부가액만 인정한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나.관련 법령

가)  1)소득세법 제94조【양도소득의 범위】

나) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부 (地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

다)  2)소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비 계산】

  ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

 1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

    가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

    나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

다. 사실관계

1)양도소득세 신고 내용

  청구인은 2023.11.23. 양도소득세 신고서를 제출하며 2023.9.27. 관련토지 및 쟁점건물에 관하여 취득가액(실지거래가액) 625,013,220원, 양도가액 1,500,000,000원으로 양도세 326,156,685을 신고한 것이 확인된다.

2)관련토지 등기사항전부증명서 및 쟁점건물대장 중 주요 내용에 따르면 청구인은 쟁점토지를 2005.8.25. 매수하였고, 쟁점건물대장의 건축주는 확인되지 않으나 등기사항전부증명서에 따르면 2005.11.9. 소유자가 청구인으로 소유권 보존등기가 된 사실이 확인된다.

3)청구인 증빙 제출

  청구인은 쟁점건물을 신축하여 소유하게 되었다는 취지로 건물 소유권보존 등기신청서를 제출하면서 쟁점건물은 신축으로 소유한 것이라 매매계약서는 없고 다만 자본적 지출 관련하여 영수증과 현금지급 관련 증빙이 있다고 제출하였다.

라.판단

1)관련 법리

과세요건의 존부 및 과세표준에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명할 책임을 부담하므로 양도차익을 계산하기 위한 취득가액 등 필요경비에 관하여도 원칙적으로 과세관청이 그 증명책임을 부담한다. 그렇지만 필요경비에 관한 사항은 일반적으로 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청으로서는 그 증명이 곤란한 경우가 있으므로, 그 증명의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 증명하게 하는 것이 합리적인 경우에는 증명의 필요를 납세의무자에게 돌릴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결 등 참조).

2)청구인이 신고한 쟁점건물 취득가액을 부인하고 장부가액만 인정한 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

가)위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음 내용으로 볼 때, 쟁점건물 장부 가액을 실질취득가액에 해당한다고 본 처분이 부당하다 보기 어렵다.

   (1)청구인이 2005년 종합소득세 신고 과정에서 제출한 표준대차대조표에 쟁점건물의 가액은 245,022,450원으로 기재되어 있는데, 위와 같은 금액이 기재된 표준대차대조표를 제출하였다고 하여 쟁점건물의 실지취득가액이 해당 금액으로 확정된다 할 것은 아니지만, 복식부기는 사업의 재산상태와 그 손익거래내용의 변동을 빠짐없이 이중으로 기록하여 계산하는 부기형식의 장부를 의미하는바 (소득세법 시행령 제208조 제1항), 청구인이 스스로 장부에 기재하였고 종합소득세 신고 과정에서 제출한 관련토지와 쟁점건물의 가액에 대하여 단지 사후적으로 그 내용을 부인한다고 하여 쉽게 그 신뢰성을 배척하여서는 아니된다 할 것이다.

   (2)청구인 주장에 따르더라도 청구인은 관련토지와 쟁점건물을 직접 매수한 자이고, 대금지급 등도 직접 처리하였을 것이므로 관련토지와 쟁점건물의 실제 매수가액, 대금 지급의 시기와 방식, 대금의 조달경위 등을 잘 알고 있거나 알 수 있는 상황에 있었다고 보이며 그렇다면 이와 관련된 계약서나 서류, 장부, 금융거래자료 등도 직접 소지하거나 이를 확보할 수 있는 위치에 있다고 봄이 상당하다.

       이처럼 청구인에게 쟁점건물 매매 관련 정보를 알지 못하거나 이와 관련된 자료를 제출할 수 없는 특별한 사정이 인정되지도 않은데, 청구인은 수기로 기재된 영수증과 현금출금 내역을 제출할 뿐 청구주장을 객관적으로 뒷받침할 계약서나 대금지급 관련 자료를 제출하지 못하고 있어 장부상 가액이 이 사건 토지와 공장건물의 실지취득가액이 아니라는 사정이 충분히 제시되었다고 보기 어렵다.

나)이처럼 청구인이 쟁점건물의 장부상 기재가 실지취득가액과 다르다는 사실을 인정할 자료가 부족하므로 장부상 가액을 취득가액으로 본 이 사건 처분은 정당하다.

5. 결론

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제65조제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.