이 유
1. 사실관계 및 처분내용
가. A(이하“청구인”이라 한다)은 ㈜B(이하“B”이라 한다)의 비상장주식 12,000주를 2020.12.29. 양도하고, 주식회사 C(이하 개인사업체 C과 구별할 필요가 있을 때 외에 “C”이라 한다)의 비상장주식 450주를 2021.1.22. 양도한 것으로 신고한 자이다.
나. D세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 2025.4.2.부터 2025.5.11.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 후, ① 청구인이 B과 C의 비상장주식을 E, F, G, H, I에게 명의신탁하여 조세를 회피하였다고 판단하여 증여세 2,538,727,278원(2019.6.20. 증여분 196,728,478원, 2020.12.22. 증여분 1,204,663,200원, 2021.1.22. 증여분 1,137,335,600원)을 2025.5.28. 세무조사결과통지 하였고,
② B과 C의 자산총액 중 부동산가액이 차지하는 비율이 50％이상이고, 청구인의 보유지분이 50％초과하여 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 의한 기타자산에 해당하는 것으로 보아, 당초 신고한 주식 양도세율 25％를 누진세율로 변경하여 양도소득세 3,611,769,696원(2020년 과세연도 2,788,755,540원, 2021년 과세연도 823,014,156원)을 2025.5.28. 세무조사결과통지 하였다.
다. 청구인은 이에 불복하여 2025.6.30. 과세전적부심사청구를 하였고, 2025.8.19.「불채택」결정되었으며, 처분청은 그 결과에 따라 2025.9.1. 청구인에게 증여세 2,546,031,500원(2019.6.20. 증여분 199,122,300원, 2020.12.22. 증여분 1,209,573,600원, 2021.1.22. 증여분 1,137,335,600원)을 고지하였고, 양도소득세 3,611,769,696원(2020년 과세연도 2,788,755,540원, 2021년 과세연도 823,014,156원)을 고지하였다.
라. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.28. 이 건 이의신청을 제기하였다.
2. 청구인 주장
가. 사실관계
1) B 주식 관련
가) 주식 취득 배경 및 경과
(1) 2006년경부터 폐기물처리사업을 운영하여 온 청구인은 2018년경 같은 사업을 운영하는 인연으로 오랜 시간 가깝게 지내오던 B의 대표이사이자 최대주주인 J로부터 B을 인수하여 운영해 볼 것을 제안받고, 이를 인수한 바 있다.
(2) Q시에 소재한 폐기물처리업체인 B는 당시 Q시를 상대로 진행해 오던 소송에서 패소하고, 뒤이어 이어진 여러 차례의 영업정지 처분 등에 따라 사업상 큰 어려움을 겪고 있었으나, 청구인의 도움으로 위기를 넘길 수 있게 되었고, 이를 계기로 J가 청구인에게 인수를 제안하였다.
(3) 하지만 당시 청구인은 신용상의 문제로 직접 인수하기가 어려웠던 터라 청구인의 배우자인 E에게 인수를 제안하였고, E은 법인 주식을 50퍼센트 넘게 보유하는 것은 위험할 수 있다는 주변 지인들의 조언에 따라 40퍼센트에 해당하는 16,000주만을 인수하기로 하였고, 이에 따라 청구인은 F과 G 등 타인 명의로 나머지 주식을 취득‧보유하게 되었다.
(4) 구체적으로, 청구인은 2018.7.31. B 주식의 양수자 대표로서 양도자 대표 J과 B 주식 40,000주 전량을 100백만 원에 양도‧양수하기로 하는 계약을 체결하였고, 관련 양수도 대금 100백만은 지인 K로부터 차입하여 같은 날 전액 지급하였다.
(5) 청구인과 E이 취득한 B 주식 가운데 L 소유 12,400주는 2018년 중 E이 양수한 것으로 하여 2019년 3월 주식등변동상황명세서를 제출하였고, 나머지 주식 중 19,600주는 2019. 6. 17. E이 3,600주, F이 12,000주, G이 4,000주를 양수한 것으로 하여 2020년 3월 주식등변동상황명세서를 제출하였으며, 이 중 G 명의 4,000주는 2020.11.6. 청구인이 양수한 것으로 하여 사실상 실명 전환되었다.
(6) 잔여 주식 8,000주(40,000주–12,400주–19,600주)는 청구인이 2019.6.17. M에게 양도하였다가 2020.11.6. 다시 양수하였다.
(7) 이를 정리하면 아래와 같으며, 이러한 과정에서 B의 주주명부 등이 작성된 사실은 없다.
(8) 청구인은 B 주식 취득 시 K로부터 차입한 100백만원 중 70백만원을 2019.2.27. 상환하였고, E 역시 2019.11.5. 본인이 취득한 B 주식에 상당하는 30백만원을 변제하였다.
(9) 한편, F은 자신 명의의 B 주식 12,000주에 대하여 본인의 소유임을 주장하며 소(訴)를 제기하였는데, 법원은 2025.10.22. 해당 주식이 청구인의 명의신탁 주식임을 증명할 문서 등의 증거는 없으며, 해당 주식의 매매계약의 내용과 일치하는 금융거래내역 등을 근거로 하여 실제 소유자를 F으로 판단한 바 있다.
나) 부동산 취득 및 주식의 양도
(1) 청구인 등이 소유하고 있던 B를 인수한 N포트리스 유한회사(당초 양수자인 주식회사 N매니지먼트로부터 양수자의 지위 및 권리‧의무를 양수한 것이며, 이하 “N포트리스”라 한다)는 폐기물처리사업체를 인수한 후 시설투자 등을 통하여 외형을 확대하고, 영업이익 등의 개선을 통하여 기업가치를 증대하는 것을 계획‧목표로 하고 있어, B 인수에 앞서 2020년 8월경 B 인근에 위치한 ㈜O산업개발의 폐기물 소각장을 인수하였다.
(2) 이는 해당 소각장에서 나오는 스팀을 이용하는 건조기를 설치하여 음식물류 폐기물 처리시 활용하면 영업이익 개선에 큰 도움이 되리라 판단한 것에 따른 것이었다.
(3) 이에 따라 N포트리스는 건조기 등의 신규 설비의 설치를 위한 공장의 확장과 이를 위한 관련 부지의 확보가 필요한 상황이었으며, 관련 부지는 신규 시설‧설비의 설치 등 그 투자 규모 등을 고려할 때 임차하여 사용하기 보다는 직접 매입하는 것이 사업의 안정성 측면에서 유리하다고 판단하여 직접 매입하기로 하였다.
(4) 폐기물처리 사업에서의 시설‧공장 등의 확장은 단순히 관련 시설‧설비 등의 설치만으로 끝나는 것이 아니라 유관기관 등으로부터의 허가 등이 수반되어야 하는 것으로, 관련 절차 등에 따라 신규 시설‧설비 등이 실제 가동되는 데까지는 통상 상당한 시간이 소요된다.
(5) N포트리스는 이러한 시간을 단축하고자 청구인에게 신규 시설‧설비 등의 설치를 위한 부지 매수를 우선적으로 요청해 왔으며, 이에 청구인은 B이 임차하여 사용 중에 있던 경기도 Q시 소재 토지(이하 “본건 부동산”이라 한다)의 소유주와 협상하여 N포트리스의 B 인수가 마무리되는 대로 B이 본건 부동산 등을 매수할 수 있도록 하였다.
(6) 하지만 N포트리스는 신규 설치되는 시설‧설비 등의 빠른 가동을 위하여 본건 부동산의 취득을 앞당기기를 원하였고, 결국 B은 2020년 10월 및 11월 중 본건 부동산에 대한 매매계약을 체결하게 되었다.
(7) N포트리스는 해당 매매계약의 확정적 이행을 위하여 2020.12.4. 청구인 등과 N포트리스 간 체결된 B 주식의 매매계약에 본건 부동산 취득을 선결조건으로 하는 ‘거래종결 전 확약’ 조항을 두었고, 그에 따라 B은 본건 부동산에 대한 소유권을 이전받아 오게 되었다.
(8) 위와 같은 B 주식의 매매계약 상 선결조건 등을 모두 이행‧완료한 청구인 등은 2020.12.29. 소유하고 있던 B 주식 전량을 N포트리스에 매도하였다.
2) C 주식 관련
가) F 명의 70,000주 취득 경과
(1) B 주식이 N포트리스에 전량 매도되는 과정에서, F 명의 B 주식 12,000주는 그 명의인 F을 양도자로 하여 계약 후 매도되었고, 해당 주식의 매도대금 역시 명의인인 F 명의 은행계좌로 2020.12.29. 전액 입금되었다.
(2) 한편, 청구인은 청구인이 경영하고 있던 폐기물처리업체인 C(개인)을 N포트리스에 추가로 매각하는 과정에서 C(개인)을 주식회사로 법인 전환하는 작업을 진행하였는데, 청구인은 이 과정에서도 H, F, I 등 다른 사람의 명의를 주주명으로 하여 주식회사 C의 설립 자본금 및 유상증자 대금을 납입하였다.
(3) 이 가운데 F 명의의 C 주식 70,000주 중 설립시 취득한 350주를 제외하고, 2021.1.28. 유상증자를 통하여 취득한 69,650주(697백만원)는 F 명의의 B 주식 12,000주를 매도하고 받은 3,600백만원을 그 재원으로 하여 취득하게 되었다.
(4) F은 C 주식 70,000주에 대하여서도 앞서 언급한 소송의 제기를 통하여 자신의 소유임을 주장하고 있는데, 법원은 이에 대해서도 F 명의의 B 주식 12,000주와 같은 이유로 그 실제 소유자를 F으로 판단하였다.
나) 개인사업체 C으로부터 사업양수
(1) C(개인)의 법인 전환을 목적으로 2020.12.18. 자본금 10백만원으로 설립된 주식회사 C은 2020.12.24. C(개인)과 ‘영업양수도계약’을 체결하였으며, 해당 계약의 주요 내용은 C(개인)의 부동산 중 일부와 기계장치 등 설비 및 차량과 기타 계약 및 인‧허가 등 일체를 20억원(조정사유 발생 시 조정)에 주식회사 C이 이전받는 것이었다.
(2) 주식회사 C은 C(개인)의 사업양수를 위하여 2021.1.28. 자본금을 20억원으로 하는 유상증자를 실시하였고, 2021.2.17.부터 2021.2.22.까지 양수대금을 지급함으로써 C(개인)의 사업을 양수하였다.
(3) 2021.4.12. 청구인은 소유하고 있던 C 주식 전량을 N포트리스에 양도하였고, 해당 양도일 기준 C의 자산현황은 아래와 같다.
나. 쟁점처분
1) 쟁점1처분
2020.12.29. 양도된 B 주식 40,000주 중 32,000주는 청구인 소유의 것으로서, 그 가운데 19,600주는 청구인이 E(3,600주), F(12,000주), G(4,000주)에게 2019.6.20. 명의신탁한 것으로 보았고, 그에 따라 2019.6.20. 증여분 증여세 199,122,300원(E分 28,932,300원, F分 136,152,000원, G分 34,038,000원)을 2025.9.8. 청구인에게 고지(이하 “쟁점1처분”이라 한다)하였다.
2) 쟁점2처분
2021.4.12. 양도된 C 주식 200,000주 전체는 청구인 소유의 것으로서, 그 가운데 청구인이 F(70,000주) 및 I(40,000주)에게 2020.12.22. 명의신탁한 것으로 보았고, 그에 따라 2020.12.22. 증여분 증여세 1,209,573,600원(F分 833,997,600원, I分 375,576,000원)을 2025.9.8. 청구인에게 고지(이하 “쟁점2처분”이라 한다)하였다.
3) 쟁점3처분
2020.12.29. 양도된 B 주식과 2021.4.12. 양도된 C 주식을 “특정주식”으로 보아, “주식 등에 대한 세율”이 아닌“기본세율”을 적용하여 2020년 과세연도 양도소득세 2,788,755,530원, 2021년 과세연도 양도소득세 823,014,150원을 2025.9.8. 청구인에게 고지(이하 “쟁점3처분”이라 한다)하였다.
다. 청구주장
쟁점1) 쟁점1처분 관련한 주식의 이동은 그 증여일을 특정할 수 없으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
1) 처분청은 쟁점1처분에 있어서 그 증여일을 2019.6.20.로 본 바 있는데, 앞서 사실관계에서 살펴본 바와 같이 쟁점1처분과 관련한 주식의 이동은 2019.6.17. E이 3,600주, F이 12,000주, G이 4,000주를 J으로부터 양수한 것으로 하여 이루어졌으며, 이러한 내용은 주주명부 등의 작성없이 2020년 3월 중 B이 주식등변동상황명세서를 제출하면서 비로소 외부에 표시되었다.
2) 「구 상속세 및 증여세법」(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것으로 이하 “구 상증세법”이라 한다) 제45조의2 제1항은 ‘권리의 이전이나 그 행사에 등기 등이 필요한 재산의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 그 명의자로 등기 등을 한 날에 그 재산의 가액을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 보도록’ 규정하고 있고,
제4항은‘주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는「법인세법」소정의 주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정하도록’하고 있는데,
이 경우 ‘증여의제일은 실제소유자와 명의자가 다른 주식의 변동사실이 외부에 분명하게 표시되었다고 볼 수 있는 주식등변동상황명세서 등의 제출일’로 보아야 한다(대법원2017두32395, 2017. 5. 11. 참조).
3) 이러한 내용은 현행 상속세 및 증여세법(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정된 것으로 이하 “개정 상증세법”이라 한다)에 이르러 ‘주식등변동상황명세서에 기재된 거래일 등으로 하도록’개정되었으며, 개정 내용은 부칙 제16846호 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 증여를 받는 분부터 적용된다.
4) 쟁점1처분은 일차적으로 증여일을 잘못 적용하였고, 나아가 쟁점1처분 관련 주식의 이동 등은 과세요건인 과세표준의 산정 및 그에 따른 세율 적용이 불가능한 경우에 해당하므로 전부 취소되어야 하며, 그 이유는 다음과 같다.
가) 쟁점1처분과 관련한 주식의 이동은 2019.6.17. E이 3,600주, F이 12,000주, G이 4,000주를 J으로부터 양수한 것으로 하여 이루어졌고, B은 해당 주식의 이동에 대하여 2019.6.17.을 거래일로 기재하여 주식등변동상황명세서 등을 2020년 3월 중에 제출한 바 있다.
나) 먼저 쟁점1처분과 관련한 주식의 이동에 대하여 구 상증세법이 적용되는 것이라면 증여일은 주식등변동상황명세서 등의 제출일인 2020년 3월 중이 되는데, 증여일 2020년 3월은 2020.1.1. 이후로서 개정 상증세법의 적용대상이라는 모순에 직면하게 된다.
다) 반대로, 쟁점1처분과 관련한 주식의 이동에 대하여 개정 상증세법이 적용되는 것이라면 증여일은 제출된 주식등변동상황명세서 상 기재된 거래일인 2019.6.17.이 되나, 증여일 2019.6.17.은 개정 상증세법이 시행되는 2020.1.1. 이전으로서 구 상증세법의 적용대상이 되므로, 이 역시 모순되게 된다.
라) 결국 쟁점1처분과 관련한 주식의 이동은 그 증여일을 특정할 수 없으며, 그에 따라 증여재산가액인 “그 날의 재산의 가액”을 확정할 수 없어 과세표준의 산정 및 그에 따른 세율 적용이 불가능한 경우에 해당하므로, 쟁점1처분은 전부 취소되어야 한다.
예비1-1) E 명의의 ㈜B 주식 3,600주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1) 청구인은 2018년경 B의 대표이사이자 최대주주인 J으로부터 B을 인수하여 운영해 볼 것을 제안받은 후 이를 인수하는 과정에서 당시 신용상의 문제로 인하여 16,000주는 청구인의 배우자인 E에게 인수하도록 하고, 나머지는 F 및 G 등 타인 명의로 취득‧보유한 바 있다.
2) 2018.7.31. 청구인은 양수자 대표로서 양도자 대표 J과 B 주식 40,000주 전량을 100백만원에 양도‧양수하기로 하는 계약을 체결하였으며, 관련 양수도 대금 100백만원을 지인 K로부터 차입하여 같은 날 전액 지급하였다.
3) 이후 청구인은 해당 차입금 중 70백만원을 2019.2.27. 상환하였으며, 나머지 차입금 잔액 30백만 원은 2019.11.5. E이 본인 자금으로 변제하였다.
4) 이와 같이 B 주식 40,000주 가운데 E이 본인 명의로 취득한 16,000주는 E 본인의 자금으로 취득한 것임이 금융거래내역을 통하여 확인되므로, 쟁점1처분 가운데 E 명의의 B 주식 3,600주(16,000주–12,400주)의 그 실제 소유자를 청구인으로 보아 고지한 증여세 28,932,300원(2019.6.20. 증여분)은 위법‧부당한 것으로서 전액 취소되어야 한다.
예비1-2) F 명의의 ㈜B 주식 12,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1) 청구인은 2018년경 B의 대표이사이자 최대주주인 J으로부터 B을 인수하여 운영해 볼 것을 제안받은 후 이를 인수하는 과정에서 16,000주는 청구인의 배우자인 E에게 인수하도록 하고, 나머지는 F, G 등 타인 명의로 취득‧보유하고자 하였다.
2) 이후 B 주식 12,000주의 명의자 F은 자신 명의의 B 주식이 자신의 소유임을 주장하며 소(訴)를 제기하였다.
3) 이에 대하여 법원은 해당 주식이 청구인의 명의신탁 주식임을 명시적으로 나타내는 문서 등의 증거가 존재하지 아니하고, 그 취득 및 양도 대금의 거래내역과 매도대금의 사용내역 등을 근거로 해당 주식의 실제 소유자를 F으로 판단한 바 있다.
4) 이와 같이 B 주식 40,000주 가운데 F 명의의 12,000주는 소송을 통하여 그 명의인의 것으로 확정되었으므로, 이를 청구인의 명의신탁 주식으로 본 데 따라 고지한 증여세 136,152,000원(2019.6.20. 증여분)은 전액 취소되어야 한다.
쟁점2) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1) 청구인은 2018년경 B을 인수하는 과정에서 16,000주는 청구인의 배우자인 E에게 인수하도록 하고 나머지는 F 및 G 등 타인 명의로 취득‧보유하고자 하였다.
2) 이후 B 주식 12,000주의 명의자 F이 자신 명의의 B 주식은 자신의 소유임을 주장하며 소(訴)를 제기하였고, 이에 대하여 법원은 해당 주식의 실제 소유자를 F으로 판단하였으며, 이에 따라 F 명의의 B 주식 12,000주의 매도대금 등을 재원으로 한 F 명의의 C 주식 70,000주 역시 그 실제 소유자가 F으로 확정되었다.
3) 이와 같이 F 명의의 C 주식 70,000주는 소송을 통하여 그 명의인의 것으로 확정되었으므로, 이를 청구인의 명의신탁 주식으로 본 데 따라 고지한 증여세 833,997,600원(2020.12.22. 증여분)은 전액 취소되어야 한다.
예비2-1) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주 가운데 유상증자로 취득한 69,650주는 ㈜B 주식 12,000주의 매도대금으로 취득하였으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
1) 청구인이 F 명의로 취득한 C 주식 70,000주 가운데 유상증자로 취득한 69,650주는, 앞서 증여의제 대상이 되어 과세된 청구인이 F에게 명의신탁한 B 주식 12,000주의 매도대금으로 취득하였으므로,
당초 증여의제 대상이 되어 과세된 B 주식의 매도대금으로 취득하여 다시 동일인 F 명의로 명의개서된 C 주식에 대해서는「상속세 및 증여세법」제45조의2 규정을 적용하여 증여세를 과세할 수 없다.
2) 청구인은 B을 인수하는 과정에서 F의 명의로 12,000주(30%)를 취득‧보유하던 중 2020.12.29. 이를 N포트리스에 매도하였는데, 당시 해당 주식의 명의상 주주가 F인 데 따라 주식매매계약 역시 F으로 체결되었으며, 그에 따른 매도대금 3,600백만원 또한 명의인 F의 은행계좌로 입금되었다.
3) 청구인은 C(개인)의 매각을 위하여 주식회사로의 법인 전환을 진행하면서 신설법인 주식회사 C의 지분 가운데 35%를 F에게 명의신탁하였고, 이 과정에서 소요된 유상증자 대금 697백만원은 모두 청구인이 F에게 명의신탁한 B 주식의 매도대금 3,600백만원에서 지급되었다.
4) 처분청은 청구인에 대한 세무조사 과정에서 이러한 사실관계를 확인한 바 있으며, 앞선 청구인의 과세전적부심사청구 건에 대한 국세심사위원회에 참석하여서도 이를 재차 확인하였다.
5) 대법원은 “최초로 증여의제 대상이 되어 과세되었거나 과세될 수 있는 명의신탁 주식의 매도대금으로 취득하여 다시 동일인 명의로 명의개서된 주식은 그것이 최초의 명의신탁 주식과 시기상 또는 성질상 단절되어 별개의 새로운 명의신탁 주식으로 인정되는 등의 특별한 사정이 없는 한 다시 이 사건 법률조항(상속세 및 증여세법 제45조의2)이 적용되어 증여세가 과세될 수는 없다(대법원 2017. 2. 21. 선고 2011두10232 및 대법원 2017. 4. 13. 선고 2012두5848 판결 외)”고 판결한 바 있으며, 과세관청 또한 동일한 입장인 것으로 확인된다.
6) 앞서 본 바와 같이 ① 청구인이 F 명의로 취득한 C 주식 69,650주는 청구인이 F 명의로 최초 명의신탁한 B 주식 12,000주의 매도대금 3,600백만원으로 취득하여 재차 동일인 명의로 명의신탁한 것이며, ② 해당 매도대금은 명의인 F의 은행계좌에 입금되어 1개월 이내의 기간 내에 시기상 단절 없이, 다른 자금 등과 혼화된 바 없는 등 성질상 단절 없이 C의 유상증자 대금으로 사용되었다.
7) C 주식 69,650주는 최초의 명의신탁(B) 주식과 시기상 및 성질상 별개의 새로운 명의신탁 주식으로 볼 수 없으므로,「상속세 및 증여세법」제45조의2 명의신탁재산의 증여 의제 규정을 재차 적용하여 증여세를 과세할 수 없다.
쟁점3) I 명의의 주식회사 C 주식 40,000주 가운데 유상증자로 취득한 39,800주의 증여일은 2021.1.28.로 보아야 한다는 청구주장의 당부
1) 처분청은 쟁점2처분에 있어서 그 증여일을 2020.12.22.로 보았으나, 앞서 사실관계에서 살펴본 바와 같이 청구인은 C(개인)을 주식회사로 법인 전환하는 과정에서 I 등 다른 사람의 명의를 주주명으로 하여, 2020.12.17. C의 설립 자본금을, 2021.1.28. 유상증자 대금을 납입하였고, 주식회사 C은 각 해당 사업연도의 다음 해 3월 중 이러한 주식 이동의 내용을 기재한 주식등변동상황명세서를 제출한 바 있다.
2) 따라서 청구인이 2021.1.28. 유상증자를 통하여 I 명의로 취득한 C 주식의 증여일은 처분청이 판단한 2020.12.22.이 아닌 C이 제출한 주식등변동상황명세서 상 기재된 거래일인 2021.1.28.로 보아야 한다.
쟁점4) 청구인이 2020.12.29. 양도한 ㈜B 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
쟁점5) 청구인이 2021.4.12. 양도한 주식회사 C 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1) B 주식의 “특정주식” 해당 여부
가) 청구인 등이 B 주식을 양도하기 전에, B이 본건 부동산을 취득한 이유는 ① B 주식의 양수자인 N포트리스의 필요와 요구에 의한 것이었으며, ② 당시 B 주식 매매거래에 있어서 협상의 열위에 있던 청구인 등으로서는 양수자의 이러한 요구를 받아드릴 수밖에 없는 부득이한 사정이 있었고, 이는 다음과 같은 사실관계를 통하여 확인할 수 있다.
(1) 본건 부동산은 이미 B이 임차하여 사용하고 있던 것으로, 청구인 등과 B 입장에서는 굳이 주식의 매매를 앞두고 취득하여야 할 이유가 전혀 존재하지 아니하였다.
(2) 또한 B은 N포트리스에게 인수된 직후, 실제 본건 부동산 지상에 음식물류 폐기물 처리 등을 위한 전처리시설 및 건조기 등 100억원대가 넘는 설비투자를 즉시 진행할 수 있었고, 그에 따라 해당 설비의 운용을 위한 유관기관의 인‧허가 등 역시 일반적인 경우 대비 신속하게 이루어져 실제 이의 가동 또한 빠르게 이루어진 바 있으며,
(3) 그리고 무엇보다 본건 부동산 취득자금의 대부분은 차입금이었는데, 해당 차입금의 규모 및 차입 시점상 양수자 N포트리스의 의사와 무관하게 이루어질 수 없는 것이며, 그 원리금 등의 상환 시기 또한 전적으로 주식 매매계약 종결 이후라는 점 등에서 그러하다.
나) 특정주식에 대한 “기본세율” 적용의 취지는 부동산을 과다하게 보유한 법인의 주식 양도의 경우 그 실질이 부동산의 양도와 동일하거나 유사하므로 “주식 등에 대한 세율”을 적용한다면 개인이 법인을 통하여 부동산을 보유하여 양도할 때 부동산에 대한 양도세율의 적용을 회피할 수 있기 때문에 조세부담의 공평을 기하기 위하여 그 형식이 비록 주식의 양도라 하더라도“기본세율”을 적용하는 것이라고 할 수 있다.
다) 이러한 취지를 고려할 때, 주식 양도차익을 부동산의 양도차익으로 보고 “기본세율”을 적용하기 위해서는 부동산의 보유 비율에 더하여 보유하고 있는 부동산에서 평가차익 등이 있는지 여부 등을 고려하는 것이 과세형평과 당해 규정의 취지에 부합하는 처분이 될 것이다.
라) 예를 들어, 단순히 부동산 보유 비율만을 기준으로 모든 주식의 양도차익을 부동산 양도(평가)차익으로 보아 과세하는 경우 부동산 양도(평가)차익이 전혀 없는 경우 순전한 주식 양도차익에 대하여 “기본세율”이 적용되게 되는데, 이는 당해 규정의 취지에 어긋난다고 할 수 있다.
마) 처분청은 청구인의 B 주식의 양도에 대하여 단순 부동산 보유 비율만을 기계적으로 고려하여 “기본세율”을 적용하였는데, 이는 앞서 언급한 협상의 열위에서 부득이하게 취득하게 된 사정 등이 고려되지 아니한 것이며, B이 사업활동을 통하여 이룩한 기업가치 상승과 거기에서 비롯된 주식의 양도차익 전부를 부동산의 양도(평가)차익으로 보아 “기본세율”을 적용하는 것은 “특정주식”에 대한 “기본세율” 적용 취지에 부합하지 아니한 것으로,
「국세기본법」제18조 제1항의 ‘세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’는 세법 해석의 기준에도 어긋나는 것이다
바) 따라서 단순히 본건 부동산 매매계약의 체결 및 소유권 이전이 B 주식 양도일 이전에 이루어졌다는 사정만으로 B 주식을 기타자산인 “특정주식”으로 보아 기본세율을 적용한 것은 과도하고 불합리하다고 할 수 있다.
2) C 주식의 “특정주식” 해당 여부
가) C(개인)의 법인 전환으로 설립된 주식회사 C은 C(개인)으로부터 부동산 중 일부와 기계장치 등 설비 및 차량 등 일체를 20억원에 양수하는 계약을 체결하였다.
나) 각 자산별 양수 금액은 당초 20억원에서 일부 감액 조정을 거친 최종 양수도대금을 각 자산별 감정평가법인의 감정평가액을 기준으로 안분하여 정하였으며, 구체적으로 아래와 같다.
다) 이후 C은 양수한 자산의 양수 금액에 취득 부대비용 등을 가산한 금액을 양수 자산의 취득가액으로 하여 장부에 반영하였고, 해당 장부가액은 청구인이 C 주식을 N포트리스에 양도한 2021.4.12.까지 특별한 변동 없이 유지되었다.
라) 청구인의 C 주식 양도일인 2021.4.12. 기준 C의 자산총액은 2,641백만원이며, 그 가운데 토지 및 건물(이하 “부동산 등”이라 한다)의 가액의 합계액은 738백만원으로, 자산총액에서 부동산 등의 가액의 합계액이 차지하는 비율은 27.94％에 불과하며, 구축물(157백만원)을 건물에 부속된 것으로 보아 부동산 등에 포함하는 경우에도 그 비율은 33.88％로서 50％ 이상에 한참 미치지 못하다는 것을 알 수 있다.
마) 따라서 처분청이 ① C을 양도일 기준 법인의 자산총액 중 부동산 등 가액의 합계액이 차지하는 비율이 50％ 이상인 법인으로 본 후, ② 청구인의 C 주식의 양도를 그와 같은 법인의 과점주주가 주식의 50％ 이상을 과점주주 외의 자에게 양도하는 기타자산인 “특정주식”의 양도로 판단하여, ③ 청구인에게 “주식 등에 대한 세율”이 아닌 “기본세율”을 적용하여 양도소득세를 고지한 처분은 부당하다.
3. 처분청 의견
가. 사실관계
1) B과 C 주식의 매매
가) 청구인과 친분이 있던 H이 ㈜R환경을 N포트리스에 매각하는 과정에서 B과 C(개인)을 동시에 매각하자고 최초로 권유하여 B과 주식회사 C 주식을 매매하게 되었고, 이러한 사실은 ‘H의 사실확인서’에서 확인된다.
나) 청구인은 2020년 8월부터 N포트리스와 주식매매 양해각서 및 비밀유지협약서 등 각종 주식매매 절차를 진행하였다.
2) B 명의신탁 사실관계
청구인은 B을 2018년 11월에 인수시 신용불량인 상황이었기 때문에 E, F, G에게 명의신탁 하였고, 이후 청구인의 신용이 회복되고 2020년 8월부터 진행한 주식 매매시기가 임박해지자 M과 G의 지분을 청구인 명의로 변경한 사실이 여러 명의 사실확인서와 소송관련 서류에서 확인된다.
3) C 명의신탁 사실관계
가) 청구인은 C(개인)이 사촌형인 P의 명의로 사업자등록이 되어 있음에도 본인의 사업장이라고 주장하고 있으며, 이는 청구인이 신용불량 등의 사유로 C(개인)의 부동산을 사촌형 P에게 명의신탁했다는 주장으로 볼 수 있다.
나) 청구인은 N포트리스와의 매매과정에서 개인사업체로는 매매를 진행할 수 없어 부득이 법인 전환을 하여 신설법인 C을 설립하였고,
C의 매매가 특정주식에 해당되면 고율의 누진세율 적용을 받기 때문에 ① 비상장주식 매매시의 세율 20(25)%를 적용받기 위하여 청구인 45%, F 35%, I 20%로 지분을 확정하여 자본금 10백만원으로 법인을 설립하였고, ② 청구인과 C(개인)의 대표자 P이 특수관계에 해당되어 부동산의 매매과정에서 부당행위 계산이 적용될 수 있으므로, 최초에 N포트리스와의 매매를 권유한 H의 명의로 청구인의 지분을 양도하였다.
다) 또한 C(개인)의 부동산을 매수하는 과정에서 부동산을 20억원 상당으로 평가하여 유상증자를 실시하였으며, ① H은 청구인이 계좌 이체한 금액으로, ② F은 B의 매매대금으로, ③ I는 청구인의 사실혼 배우자인 E의 B 매매대금으로 유상증자를 진행하였다.
라) 이후 F은 ① 청구인이 본인에게 일정한 대가를 지급하기로 한 약속을 이행하지 않자, ② 청구인에게 약정금 지급과 관련된 소를 제기하였다.
나. 처분청 의견
쟁점1) 쟁점1처분 관련한 주식의 이동은 그 증여일을 특정할 수 없으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
1) 청구인은 B 주식 관련 명의신탁 증여의제의 증여일을 ① 구 상속세 및 증여세법과 대법원 판례를 적용하면 증여일이 2020년 3월 중이 되고, ② 현행 상속세 및 증여세법을 적용하면 2019.6.17.이 되는 모순에 직면하게 되므로, ③ 쟁점1처분과 관련한 주식의 이동은 그 증여일을 특정할 수 없고, 그에 따라 증여재산가액인 “그 날의 재산의 가액”을 확정할 수 없으므로 과세표준의 산정 및 그에 따른 세율 적용이 불가능한 경우에 해당하여, 쟁점1처분은 전부 취소되어야 한다고 주장하고 있다.
2)「구 상증세법」제45조의2 제1항은 ‘그 명의자로 등기등을 한 날에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 본다’고 규정하고 있으며, 대법원에서는 구 상속세 및 증여세법을 기준으로 증여의제일을 주식의 변동사실이 외부에 분명하게 표시되었다고 볼 수 있는 주식등변동상황명세서 등의 제출일을 증여의제일로 판단한 바 있다(대법원2017두32395, 2017.5.11. 참조).
3) 하지만 ① 구 상속세 및 증여세법에서도 ‘소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 증여한 것으로 본다’라고 되어 있어 소유권취득일을 증여의제일로 보고 있었고, ② 개정 법령 제16846호 2019.12.31.의 개정이유를 보면 ‘주주명부 등이 작성되지 아니한 경우에는 주식 등 명의신탁에 대한 증여의제 시 주식 등의 과세표준신고서 상 소유권이전일 등을 증여일로 하여 법 집행의 혼란을 방지함’이라고 기재되어 있는 등, ③ 과세관청은 명의신탁 증여의제 법령과 관련하여 개정 이전과 이후 모두 소유권취득일을 증여의제일로 보아 그날을 기준으로 평가한 가액을 증여재산가액으로 하고 있다.
4) 따라서 처분청이 주식등변동상황명세서 제출일이 아닌 소유권취득일을 증여일로 하여 증여재산가액을 산정하여 과세처분 한 것은 적법하다.
예비1-1) E 명의의 ㈜B 주식 3,600주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1) 청구인은 ① 배우자 E이 12,400주를 2018.11.20. 양수하고, 3,600주를 2019.6.17. 양수한 것으로 하여 주식등변동상황명세서가 제출되었고, ② E은 본인이 취득한 주식에 상당하는 30백만원을 2019.11.5. K에게 변제하였으므로, ③ E 명의의 B 주식 3,600주를 청구인의 명의신탁 주식으로 판단하는 것은 위법·부당하다고 주장하고 있으나,
2) ① E이 청구인의 사실혼 배우자인 점, ② 청구인이 제출한 금융거래내역의 적요란에 “기계값ㆍK”로 기재되어 있는 점, ③ 주식의 취득일이 2018.11.20., 2019.6.17.인데 변제일은 2019.11.5.이라는 주장은 신빙성이 떨어지는 점, ④ 2019.6.20. 명의 이전시 타인인 M은 8,000주(20%) 취득가액이 300백만원인데 E은 1차 12,400주(31%)와 2차 3,600주(9%) 총 16,000주(40%)의 취득가액으로 30백만원을 지급하였다는 점, ⑤ 서울고등법원에 청구인이 제출한 준비서면(항소이유서)에서 “당시 청구인이 신용불량 문제로 인하여 청구인 명의로 B 주식을 매수하기 어려운 상황이어서 차명주주를 내세우기로 하였고, F과 피고의 배우자 E 등에게 주주 명의를 신탁하기로 하였다”고 진술한 점 등으로 보아, E이 B의 실제 주주라는 주장은 신뢰할 수 없다.
예비1-2) F 명의의 ㈜B 주식 12,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1) 청구인은 B을 2018년 11월에 인수시 신용불량인 상황이었기 때문에 E, F과 G에게 명의신탁 하였고, 이후 청구인의 신용이 회복되고 2020년 8월부터 진행한 주식 매매시기가 임박해지자 M과 G의 지분을 청구인 명의로 변경한 사실이 여러 명의 사실확인서와 소송관련 서류에서 확인되어, 처분청은 청구인이 F에게 명의신탁한 것으로 판단하였다.
2) 법원은 해당 주식의 실제 소유자를 F으로 판단하였으나, 이에 대하여 청구인이 2025.11.6. 대법원에 상고하여 현재 재판 진행 중인 것으로 확인되므로, 최종 법원 판결 결과에 따라 판단하여야 할 것으로 보인다.
쟁점2) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
F 명의의 C 주식 70,000주는 법원에서 해당 주식의 실제 소유자를 F으로 판단하였으나, 이에 대하여 청구인이 2025.11.6. 대법원에 상고하여 현재 재판 진행 중으로 확인되므로, 최종 법원 판결 결과에 따라 판단하여야 할 것으로 보인다.
예비2-1) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주 가운데 유상증자로 취득한 69,650주는 ㈜B 주식 12,000주의 매도대금으로 취득하였으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
1) 청구인은 과세전적부심사청구 당시와 동일하게‘C 명의신탁 주식은 B 명의신탁 주식과 시기상 및 성질상 별개의 새로운 명의신탁 주식으로 불 수 없으므로 명의신탁 증여의제 규정을 적용하여 과세할 수 없다’고 주장하고 있으나,
2) 과세전적부심사청구 당시 위원회는 ‘① 청구인이 1차 명의신탁(B) 주식을 인수하는 시점은 사실혼 배우자 E에게 최초 명의신탁 주식을 취득하게 하는 2018년11월이고 그 외의 자에 대한 명의신탁은 2019년 6월로 확인되나, 2차 명의신탁(C) 주식을 F으로 하여금 취득하게 하는 시점은 2020년12월로 확인되어 1차 명의신탁 행위일과 2차 명의신탁 행위일이 상당 기간 떨어져 있어 1차 명의신탁 행위와 2차 명의신탁 행위가 상당 기간 단절되어 있었던 것으로 보이는 점, ② 1차 명의신탁 행위는 청구인의 사실상 배우자 명의로 B 주식을 인수하지 못하는 사정과 특정주식 적용을 회피하기 위하여 제3자 명의로 주식을 취득하게 되었고, 2차 명의신탁 주식은 개인사업자의 토지 및 건물을 취득하게 되면서 부당행위계산 적용 및 기타자산 적용을 회피하기 위한 목적이 다른 점을 종합한 바, 청구인의 주장은 부적정한 것으로 판단된다’고 기각 결정하였고, 처분청도 위와 같은 사유로 과세처분이 적법하다고 판단하고 있다.
쟁점3) I 명의의 주식회사 C 주식 40,000주 가운데 유상증자로 취득한 39,800주의 증여일은 2021.1.28.로 보아야 한다는 청구주장의 당부
1) 처분청은 I 등의 명의신탁 증여의제에 대한 증여일을 2020.12.22.로 판단하였다.
2) 청구인은 2020.12.17. 설립 자본금을, 2021.1.28. 유상증자 대금을 납입한 것으로 다음해 3월 중 주식등변동상황명세서를 제출하였으므로, 유상증자에 해당하는 주식 지분 상당은 주식등변동상황명세서 상 기재된 거래일인 2021.1.28.을 증여일로 보아야 한다고 주장하고 있으나,
① F, I는 설립시 부당행위계산 부인 및 특정주식 등에 대한 조세회피 목적으로 명의신탁을 한 이후, 동일한 목적으로 유상증자를 통하여 명의신탁을 한 사실에서 동일성이 유지되며, ② F, I의 증여재산가액은 N포트리스와 2020.12.24. 5,000백만원에 계약한 금액을 기준으로 과세하였으므로, 설립일과 유상증자일에 따른 증여의제일 차이로 인한 증여재산가액의 변동은 없다.
3) 서울고법 판결(서울고등법원2016누42687, 2016.12.21.)에 따르면 ‘과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이고 그 전부를 취소할 것이 아니라고 할 것’이라고 판단한 바 있다.
4) 따라서 I와 F의 증여재산가액이 변동이 없는 한 처분청의 과세처분은 적법하다.
쟁점4) 청구인이 2020.12.29. 양도한 ㈜B 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
쟁점5) 청구인이 2021.4.12. 양도한 주식회사 C 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
1) 특정주식 관련 법령
특정주식의 부동산등 소유비율은 법인의 자산총액 중 「소득세법」제94조 제1항 1호 및 제2호에 따른 자산(이하 “부동산등”이라 한다)이며 「소득세법」제94조 제1항 1호는 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득으로 규정하고 있으며,
「소득세법 시행령」제158조 제4항에서 “자산총액은 해당 법인의 장부가액(기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다”라고 규정하고 있다.
2) 부동산 등 보유비율 등(표준대차대조표)
가) B의 2020 사업연도의 자산총액(9,377백만원) 대비 부동산등(5,645백만원) 비율은 50% 이상이다.
나) C은 N포트리스와의 매매과정에서 개인사업체로는 매매를 진행할 수 없어 부득이 법인 전환을 하며 자본금 10백만원으로 신설법인을 설립하였고, C(개인)의 부동산등과 기계장치 및 차량만을 20억원 상당으로 매수하는 영업양수도계약서를 2020.12.24.에 작성하였다.
다) C(개인)의 토지 장부가액은 2017년 과세연도 표준재무상태표상 290백만원이었으며, 2018.1.1. 대체전표에 따르면 토지감정으로 549백만원을 증액하였고, 주식회사 C에 양도되기 전까지 표준재무상태표(2020.12.31.)상 839백만원으로 변동이 없었다.
라) C이 인수한 자산 중 토지(839백만원, OO리 소재 토지의 장부가액은 불분명함) 및 건물 및 구축물 등(839백만원)의 부동산등 비율은 50％ 이상이다.
3) B 특정주식에 대하여
가) 청구인은 B 주식 매매거래 당시 협상의 열위에 있어 양수자의 요구에 따라 이미 임차하여 사용하고 있던 부동산을 취득할 수 밖에 없었고, 처분청은 B의 단순 부동산 보유 비율만을 기계적으로 고려하여 “기본세율”을 적용하였다고 주장하고 있으나,
나) 특정주식의 부동산등 소유비율은 법인의 자산총액 중 「소득세법」제94조 제1항 1호 및 제2호에 따른 자산(이하 “부동산등”이라 한다)이며 「소득세법」제94조 제1항 1호는 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득으로 규정하고 있으며,「소득세법 시행령」제158조 제4항에서 “자산총액은 해당 법인의 장부가액(기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다”라고 규정하고 있으므로,
B은 자산총액(9,377백만원) 대비 부동산등(5,645백만원) 비율이 50%이상이므로 누진세율을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다.
4) C 특정주식에 대하여
가) C은 개인사업체 C의 법인 전환의 일환으로 설립되었으며, 개인사업체 C의 부동산 중 일부와 기계장치 등 설비 및 차량 등 일체를 20억원에 양수하는 계약을 통하여 그 사업을 양수하였다.
나) 청구인은 C의 자산총액은 2,641백만원인데 토지 및 건물 가액의 합계액은 738백만원으로 자산총액 대비 27,94%에 불과하여 특정주식 요건 50% 이상에 한참 미치지 못하므로 “기본세율”을 적용한 양도소득세 부과는 부당하다고 주장하고 있으나,
① 청구인은 특정주식에 대한 누진세율과 특수관계인과의 양도에 따른 부당행위계산 부인 등 조세회피를 목적으로 H 등에게 주식 명의신탁 행위를 하였고, ② 청구인은 서울고등법원에 제출한 준비서면(항소이유서)에서‘사촌형인 P 명의로 운영되던 개인사업체 C은 청구인의 소유’라고 진술하였고, C(개인)의 자산 양수에 따른 양도가액 20억원 상당을 P에게 지급한 사실이 없는 점, ③ 개인사업체 C의 2020.12.31. 장부가액에 따르면 건물은 595백만원인데 감정가액을 190백만원으로 평가하고 구축물 장부가액은 130백만원인데 감정평가액은 0원이며, 기계장치는 장부와 감정평가서상 기계장치 명세가 일치하지 않고 장부가액은 기초가액 780백만원에서 미상각잔액 226백만원인데 그 감정가액을 일괄금액으로 오히려 933백만원으로 평가하여 감정가액을 기준으로 C의 자산 장부가액을 기장했다는 사실은 신빙성이 없는 점, ④ C은 부동산등과 기계장치 및 차량을 인수하였으나, 인수한 자산 중 토지(1필지)를 제외한 장부가액만 보아도 건물 등 839백만원과 기계장치 등 389백만원의 비율만으로도 부동산등 비율이 50% 이상인 점 등을 종합하여 보면,
청구인은 특정주식에 대한 조세회피를 위한 적극적인 가장행위가 존재하고 특정주식 양도에 따른 누진세율을 회피할 목적 외에 다른 합리적인 이유를 찾을 수 없어 보이므로 누진세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없다.
4. 청구인 항변
쟁점1) 쟁점1처분 관련한 주식의 이동은 그 증여일을 특정할 수 없으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
가. 처분청은 주식 명의신탁에 대한 증여일은, 구 상증세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것)이나 이후 개정 상증세법(2019. 12. 31. 법률 제16846호로 개정된 것) 모두 “소유권취득일”로 하고 있다면서,
「상증세법」제45조의2 제1항 본문(구 상증세법 및 개정 상증세법 모두 동일한 내용) 중 ‘권리의 이전이나 그 행사에 등기등이 필요한 재산의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 … 중략 … 그 명의자로 등기등을 한 날( … 괄호 내용 생략 … )에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 본다’는 일부 내용을 그 근거로 제시하고 있다.
나. 정리하면 처분청은 구 상증세법이나 개정 상증세법 모두 주식과 같이 ‘그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 보고’ 있으므로, “소유권취득일”을 증여일로 한 쟁점1처분이 적법하다는 주장이다.
다. 하지만 이는 명백히 잘못된 주장으로, 구 상증세법은 제45조의2 제1항을 통하여 명의신탁재산의 증여일은 ‘등기등을 한 날’을 원칙으로 하고 있으며, 이때 명의신탁재산이 주식인 경우 ‘등기등을 한 날’은 “명의개서일” 즉,「상법」에 의하여 취득자의 주소와 성명을 주주명부에 기재한 때가 되는 것이다.
라. 다만, 주식을 취득한 후 취득자의 명의로 명의개서하지 아니하는 경우에는 그 증여일을 특정할 수 없는 데에 따라, ‘그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해의 말일의 다음 날’을 증여일로 하도록 하는 예외를 두었고, 이러한 명의개서하지 아니한 주식 등의 평가는 그 예외적인 증여일이 아닌 소유권취득일을 기준으로 평가하도록 규정하고 있다.
마. 결국 처분청의 주장은 주식을 취득한 후 취득자의 명의로 명의개서하지 아니한 주식 등과 관련한 예외적인 규정을, 그것도 증여일에 관한 규정이 아닌 평가기준일에 관한 규정을 근거로 한 것으로서 명백히 잘못된 주장이다.
바. 본건은 구 상증세법 제45조의2 제1항을 적용할 때 ‘주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우’의 명의개서 여부 판정과 관련한 같은 조 제4항에 따라 ‘「법인세법」 소정의 주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정’하는 것이며, 이때 ‘증여의제일은 실제소유자와 명의자가 다른 주식의 변동사실이 외부에 분명하게 표시되었다고 볼 수 있는 주식등변동상황명세서 등의 제출일로 보아야(대법원2017두32395, 2017.5.11. 참조)’한다.
사. 이러한 내용은 개정 상증세법에 이르러 ‘주식등변동상황명세서에 기재된 거래일 등으로 하도록’개정되었으며, 개정 내용은 부칙 제16846호 제2조에 따라 2020.1.1. 이후 증여를 받는 분부터 적용된다.
아. 따라서 쟁점1처분은 일차적으로 증여일을 잘못 적용하였고, 나아가 쟁점1처분 관련 주식의 이동 등은 과세요건인 과세표준의 산정 및 그에 따른 세율 적용이 불가능한 경우에 해당하므로 전부 취소되어야 한다.
예비1-1) E 명의의 ㈜B 주식 3,600주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
가. 청구인은 2018.7.31. E과 함께 B 주식 전량을 청구인 24,000주, E 16,000주로 하여 취득하면서 K로부터 차입한 100백만 원으로 관련 주식양수대금을 지급한 바 있다.
나. 이후 청구인은 해당 차입금 중 70백만 원을 2019.2.27. 상환하였으며, 나머지 차입금 잔액 30백만 원은 2019.11.5. E이 본인 자금으로 변제하였다.
다. E이 차입금 변제에 사용한 자금은 당초 2019년 6월 초 청구인의 요청에 따라 B의 장비 등 구입 자금용으로 2019.6.4. B에 대여하였던 30백만원으로, E은 2019.11.5. 이를 B으로부터 회수하여 K로부터의 차입금 변제에 사용하였다.
라. 해당 금융거래내역의 적요란에 “기계값‧K”로 기재된 것은 E이 당초 B에 대여한 “기계값”을 회수하여 이를 K에게 이체하는 과정에서 비롯된 것일 뿐 특별한 의미가 있는 것이 아니며, 무엇보다 E이나 청구인 또는 B 등이 K에게 지급하여야 하는“기계값”등이 전혀 존재하지 아니한다는 점에서도 그러하다.
마. 한편, 앞서 언급한 바와 같이 2019년 6월 초 B은 노후 설비 교체 등에 따라 상당한 자금이 필요한 상황에 있었는데, 관련 자금조달에 어려움을 겪던 청구인은 B의 음폐수를 활용한 유수분리사업에 관심을 보여 온 M에게 투자를 제안하게 된다.
바. 구체적으로는 M이 B의 지분 20％를 300백만 원에 인수하고, 유수분리사업에서 발생하는 수익 일부를 매달 지급받기로 하는 것으로, 그 실질은 주식양도담보를 통한 금전소비대차 거래에 해당하는 것으로 볼 수도 있을 것이다.
사. 실제 M은 이후 유수분리사업에서 발생하는 수익 일부를 정산받은 바 있으며, 2020.11.6.에 앞서 인수한 B 지분 20％를 300백만원 그대로 청구인에게 양도하는 방식으로 반환한 바 있다.
아. 따라서 E의 B 주식의 취득가액과 위와 같은 청구인과 M 간 거래에서의 B 주식의 거래가액을 단순 비교할 수는 없으며, 무엇보다 각 거래의 제반 사정의 차이에 따른 거래가액의 차이가 E 명의의 B 주식이 E 소유의 것이 아닌 청구인의 명의신탁 주식에 해당하는 것으로 볼 수 있는 근거가 될 수는 없다.
자. 또한, 처분청은 2020.12.29. 양도된 B 주식 전량을 청구인의 것으로 보아 양도소득세를 경정하면서 청구인이 B 주식 전량을 100백만원에 취득한 것으로 보아 취득가액에 산입하였는데, 이는 E의 B 주식의 1주당 취득가액과 동일한 금액이었다.
차. 결론적으로 처분청은 청구인의 1주당 취득가액으로 인정한 금액을 E에게는 금액이 너무 낮아 인정할 수 없다는 주장이므로 이는 명백히 부당하다 할 것이다.
카. 청구인은 C의 실질적 주주라고 주장하는 F이 제기한 소송 과정에서 ‘C의 F 명의 주식은 청구인 소유로서 청구인이 F에게 명의를 신탁하여 둔 것’이라는 주장을 하였는데, 청구인의 법률대리인은 이를 입증하기 위한 방안으로 F 명의로 된 B 주식 또한 청구인 소유라는 것의 입증에 주력하면서, 청구인의 처인 E 명의의 주식에 대하여서는 사실상 관심 밖에 두게 되었다.
타. 이에 따라 청구인의 법률대리인은 소송 전략상 F 명의 C 및 B 주식의 실질 소유자는 청구인이 맞는다는 점을 뒷받침하기 위하여, B의 명의자였던 F이나 E 모두 청구인의 명의수탁자라고 주장하는 것이 재판부의 이해나 주장면에서도 일관성이 있을 것으로 판단하여 그와 같은 주장을 한 것이다.
파. 이후 청구인의 법률대리인은 처분청의 청구인에 대한 세무조사 과정에서 E 명의의 B 주식이 청구인의 명의신탁 주식에 해당하는지 여부에 대하여서도 조사가 이루어지고 있다는 것을 알게 되었고, 이에 따라 진행 중에 있던 소송에서도 정확한 실체 관계, 즉 E 명의의 B 주식은 청구인의 명의신탁 주식이 아닌 E 본인 소유의 것이라고 주장을 수정하여 재판부에 제출한 바 있다.
예비2-1) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주 가운데 유상증자로 취득한 69,650주는 ㈜B 주식 12,000주의 매도대금으로 취득하였으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
가. 시기상 단절되어 있지 않다.
1) 청구인은 F 명의로 취득‧보유하고 있던 B 주식 12,000주를 N포트리스에 매도하여 매도대금 3,600백만원을 2020.12.29. 명의인 F의 은행계좌로 입금받았으며, 1개월 이후에 이를 C의 유상증자 대금 등으로 납입하여 C 주식 70,000주를 재차 F 명의로 취득한 바 있다.
2) 처분청은 청구인에 대한 세무조사 과정에서 이러한 사실관계를 확인한 바 있으며, 앞선 청구인의 과세전적부심사청구 건에 대한 국세심사위원회에 참석하여서도 이를 재차 확인하였다.
3) 따라서 청구인이 F에게 명의신탁한 B 주식과 이의 매도대금으로 취득하여 다시 F 명의로 명의신탁한 C 주식은 시기상 단절되어 있지 아니하다.
4) 처분청은 청구인이 B 주식을 명의신탁한 시점(2018년 11월 등)과 C 주식을 명의신탁한 시점(2020년 12월)을 비교하면서 시기상 단절되어 있는 것으로 보았으나, 이는 잘못된 시점 비교에 따른 것으로 타당하지 않은 주장이다.
나. 성질상 단절되어 있지 않다.
1) 처분청은 청구인이 B 주식을 명의신탁한 이유와 C 주식을 명의신탁한 이유 등이 상이하므로, 성질상 별개의 명의신탁으로 보아야 한다고 주장하고 있다.
2) 하지만 대법원 판례에서 판시하고 있는 “성질상 단절”의 의미는, 각 명의신탁의 목적 등이 다른 것을 의미하는 것이 아닌 명의신탁 주식을 구성하고 있는 질적 측면에서의 단절, 일례로 후속 명의신탁 주식의 취득자금 가운데 앞선 명의신탁 주식의 매도대금이 아닌 다른 자금이 섞여 있는지 등을 의미하는 것으로, 이는 다음의 선결정례 등을 통하여서도 확인할 수 있다.
3) 청구인은 F 명의로 취득‧보유하고 있던 B 주식 12,000주의 매도대금 3,600백만원을 F 명의의 은행계좌로 입금받아 보관하던 중 해당 매도대금만으로 C의 유상증자 대금 등을 납입하여 C 주식을 재차 F 명의로 취득한 것이므로, 청구인이 앞서 명의신탁한 B 주식과 그 다음 명의신탁한 C 주식은 성질상 단절 없이 연결되어 있는 명의신탁에 해당한다.
4) 한편, 처분청이 제시하고 있는 선결정례 등은 청구인이 제시하는 위의 대법원 판례 이전의 것들(대법원2014두13010, 2015.1.15. 참조, 조심2016구4148, 2017.1.9. 참조)이거나, 주식 명의수탁자의 인적 동일성이 유지되지 아니하는 사건에 대한 것(의정부지방법원2018구합16982, 2020.10.20. 참조)으로서, 청구인의 건과 사실관계 등에 있어서 전혀 다른 건이다.
쟁점3) I 명의의 주식회사 C 주식 40,000주 가운데 유상증자로 취득한 39,800주의 증여일은 2021.1.28.로 보아야 한다는 청구주장의 당부
가. 처분청은 청구인이 I 명의로 취득한 C 주식의 시가는 최초 설립 시점(2020.12.17.이나 처분청은 2020.12.22.로 봄)이나 유상증자일(2021.1.28.)이나 모두 동일하여 증여재산가액의 변동이 없어 당초 과세처분이 적법하다고 주장하고 있으나,
청구인은 두 시점에서의 C 주식의 시가가 다르다고 주장하는 것이 아니라 처분청이 잘못 판단한 증여일을 정정한 후 그에 따른 당초 신고‧납부기한 등 역시 정정‧적용하여 세액을 경정하여야 한다는 것이다.
나. 청구인은 C(개인)을 주식회사로 법인 전환하는 과정에서 I 등 다른 사람의 명의를 주주명으로 하여 2020.12.17. C의 설립 자본금을, 2021.1.28. 유상증자 대금을 납입하였으며, C은 각 해당 사업연도의 다음 해 3월중 이러한 주식 이동의 내용을 기재한 주식등변동상황명세서를 제출한 바 있다.
다. 따라서 청구인이 2021.1.28. 유상증자를 통하여 I 명의로 취득한 C 주식의 증여일은 처분청이 판단한 2020.12.22.이 아닌 C이 제출한 주식등변동상황명세서 상 기재된 거래일인 2021.1.28.로 보아야 한다.
쟁점5) 청구인이 2021.4.12. 양도한 주식회사 C 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
가. 처분청은 주식회사 C이 C(개인)으로부터 부동산 중 일부와 기계장치 및 차량을 약 20억 원에 양수하면서 각 자산별 양수 금액을 감정평가법인의 감정평가액을 기준으로 안분하여 정하였다는 청구인의 주장에 대하여,
① C(개인)의 2020.12.31. 기준 건물 및 구축물의 장부가액은 각각 595백만원 및 130백만원이나, 감정평가액은 각각 190백만원 및 영(0)원인 점, ② 기계장치의 경우 장부상 명세와 감정평가서상 명세가 일치하지 아니하고, 장부가액은 227백만원인데 감정평가액은 933백만원인 점, ③ 주식회사 C이 C(개인)으로부터 인수한 자산 중 토지를 제외한 건물 등과 기계장치 등만의 장부가액 비율만으로도 부동산 등 비율이 50퍼센트 이상인 점 등을 고려할 때, ④ 처분청이 청구인의 주식회사 C 주식의 양도를 기타자산인 “특정주식”의 양도로 보아 “기본세율”을 적용한 쟁점3처분에는 잘못이 없다는 의견이다.
나. 먼저 ①, ②의 장부가액과 감정평가액의 차이와 관련하여, C(개인)의 건물 장부가액에는 당초 ‘건설중인자산’ 계정에서 건물 계정으로 대체되는 과정에서 건물 계정이 아닌 기계장치 등 다른 계정으로 대체되었어야 하는 금액이 상당 부분 포함되어 있었고, 이에 따라 건물의 장부가액이 과다하게 나타나게 되었다.
다. C(개인)은 2014년 중 폐기물처리 용량의 증량(시간당 5톤에서 시간당 20톤으로 증량)을 위하여 폐기물처리시설을 증설한 바 있다.
라. C(개인)은 폐기물처리시설 증설과 함께 이의 수용을 위하여 공장 건물 역시 증축하였는데, 그와 관련한 회계처리를 보면 폐기물처리시설 등의 증설 및 공장 증축 과정 중에는 관련 금액을 모두 ‘건설중인자산’으로 처리하다가 이후 이를 구분 없이 일괄적으로 건물 계정으로 대체하였고, 이렇게 건물 계정으로 대체된 금액 가운데 기계장치 등 다른 계정으로 대체되었어야 하는 금액은 적게 보아도 약 389백만원 이상으로 확인된다.
마. 또한, C(개인)은 증설되는 폐기물처리시설에 들어가는 기계장치 및 부품 등 가운데 일부를 중고로 매입하였는데, 이와 관련한 적격 증빙 등을 수취할 수 없었던 데 따라 폐기물처리시설 중 해당 부분만큼이 과소계상되기도 하였다.
바. 결국 건물의 감정평가액은 위와 같이 실제 건물에 해당하지 아니하는 부분을 제외한 실제 건물에 대하여 이루어진 것이고, 반대로 기계장치의 감정평가액은 장부상 반영되어 있지 아니하나 실제 존재하는 기계장치에 대하여 이루어진 데 따라 장부가액과 차이가 발생한 것이다.
사. 한편 구축물의 경우, 감정평가 대상에 포함되지 아니하여 감정평가서에 나타나지 아니한 것일 뿐 영(0)원으로 감정평가한 바 없다.
아. 다음으로, 기계장치의 장부상 명세와 감정평가서상 명세의 차이는, 장부에는 개별 부품 및 개별 기계장치가 계상되어 있으나, 감정평가는 개별 부품 및 개별 기계장치가 모여 설치된 공정별 시설을 기준으로 이루어진 데 따른 것이다.
자. 처분청의 주장대로 주식회사 C이 C(개인)으로부터 양수한 자산의 금액을 감정평가액이 아닌 C(개인)의 2020.12.31. 기준 장부가액을 기준으로 보는 경우에도, 청구인이 주식회사 C의 주식을 양도한 2021.4.12. 기준 주식회사 C의 자산총액에서 부동산 등의 가액의 합계액이 차지하는 비율은 33.98퍼센트(=897백만원÷2,641백만원)에 불과하다.
차. 처분청은 C(개인)의 구축물과 기타자산을 건물에 부속된 시설물과 구축물로 보아 부동산 등의 가액에 포함하였으나, C의 구축물은 ‘조경석’ 및 ‘아스콘 포장 공사’ 등이고, 기타자산은 ‘양계장’ 및 ‘펜스’ 등으로 건물에 부속된 시설물과 구축물에 해당하지 않는다.
카. 따라서 처분청이 ① C을 양도일 기준 법인의 자산총액 중 부동산 등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 50％ 이상인 법인으로 본 후, ② 청구인의 C 주식의 양도를 그와 같은 법인의 과점주주가 주식의 50％ 이상을 과점주주 외의 자에게 양도하는 기타자산인 “특정주식”의 양도로 판단하여, ③ 청구인에게 “주식 등에 대한 세율”이 아닌 “기본세율”을 적용하여 양도소득세를 고지한 처분은 부당하다.
5. 심리 및 판단
가. 쟁점
(쟁점1) 쟁점1처분 관련한 주식의 이동은 그 증여일을 특정할 수 없으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
(예비1-1) E 명의의 ㈜B 주식 3,600주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
(예비1-2) F 명의의 ㈜B 주식 12,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
(쟁점2) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
(예비2-1) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주 가운데 유상증자로 취득한 69,650주는 ㈜B 주식 12,000주의 매도대금으로 취득하였으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
(쟁점3) I 명의의 주식회사 C 주식 40,000주 가운데 유상증자로 취득한 39,800주의 증여일은 2021.1.28.로 보아야 한다는 청구주장의 당부
(쟁점4) 청구인이 2020.12.29. 양도한 ㈜B 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
(쟁점5) 청구인이 2021.4.12. 양도한 주식회사 C 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
나. 관련법령
1) 상속세 및 증여세법 제4조의2【증여세 납부의무】
① 수증자는 다음 각 호의 구분에 따른 증여재산에 대하여 증여세를 납부할 의무가 있다.
1. 수증자가 거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 경우: 제4조에 따라 증여세 과세대상이 되는 모든 증여재산
2. 수증자가 비거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 외국에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 제6항과 제6조 제2항 및 제3항에서 같다)인 경우: 제4조에 따라 증여세 과세대상이 되는 국내에 있는 모든 증여재산
② 제1항에도 불구하고 제45조의2에 따라 재산을 증여한 것으로 보는 경우(명의자가 영리법인인 경우를 포함한다)에는 실제소유자가 해당 재산에 대하여 증여세를 납부할 의무가 있다.
2-1) 상속세 및 증여세법(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것) 제45조의2【명의신탁재산의 증여 의제】
① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등이 필요한 재산(토지와 건물은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」제14조에도 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 조세 회피의 목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기등을 하거나 소유권을 취득한 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우
3.「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁재산인 사실의 등기등을 한 경우
4. 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기등을 한 경우
③ 타인의 명의로 재산의 등기등을 한 경우 및 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우에는 조세 회피 목적이 있는 것으로 추정한다. 다만, 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조세 회피 목적이 있는 것으로 추정하지 아니한다.
1. 매매로 소유권을 취득한 경우로서 종전 소유자가 「소득세법」제105조 및 제110조에 따른 양도소득 과세표준신고 또는 「증권거래세법」제10조에 따른 신고와 함께 소유권 변경 내용을 신고하는 경우
2. 상속으로 소유권을 취득한 경우로서 상속인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 신고와 함께 해당 재산을 상속세 과세가액에 포함하여 신고한 경우. 다만, 상속세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고하거나 기한 후 신고를 하는 경우는 제외한다.
가. 제67조에 따른 상속세 과세표준신고
나.「국세기본법」제45조에 따른 수정신고
다.「국세기본법」제45조의3에 따른 기한 후 신고
④ 제1항을 적용할 때 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는「법인세법」제109조 제1항 및 제119조에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출한 주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다.
⑥ 제1항 제1호 및 제3항에서 "조세"란 「국세기본법」제2조 제1호 및 제7호에 규정된 국세 및 지방세와 「관세법」에 규정된 관세를 말한다.
2-2) 상속세 및 증여세법(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정된 것) 제45조의2【명의신탁재산의 증여 의제】
① 권리의 이전이나 그 행사에 등기등이 필요한 재산(토지와 건물은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」제14조에도 불구하고 그 명의자로 등기등을 한 날(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 조세 회피의 목적 없이 타인의 명의로 재산의 등기등을 하거나 소유권을 취득한 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우
3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁재산인 사실의 등기등을 한 경우
4. 비거주자가 법정대리인 또는 재산관리인의 명의로 등기등을 한 경우
③ 타인의 명의로 재산의 등기등을 한 경우 및 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우에는 조세 회피 목적이 있는 것으로 추정한다. 다만, 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 조세 회피 목적이 있는 것으로 추정하지 아니한다.
1. 매매로 소유권을 취득한 경우로서 종전 소유자가 「소득세법」제105조 및 제110조에 따른 양도소득 과세표준신고 또는 「증권거래세법」제10조에 따른 신고와 함께 소유권 변경 내용을 신고하는 경우
2. 상속으로 소유권을 취득한 경우로서 상속인이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 신고와 함께 해당 재산을 상속세 과세가액에 포함하여 신고한 경우. 다만, 상속세 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 것을 미리 알고 수정신고하거나 기한 후 신고를 하는 경우는 제외한다.
가. 제67조에 따른 상속세 과세표준신고
나. 「국세기본법」제45조에 따른 수정신고
다. 「국세기본법」제45조의3에 따른 기한 후 신고
④ 제1항을 적용할 때 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는「법인세법」제109조 제1항 및 제119조에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출한 주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다. 이 경우 증여일은 증여세 또는 양도소득세 등의 과세표준신고서에 기재된 소유권이전일 등 대통령령으로 정하는 날로 한다.
⑥ 제1항 제1호 및 제3항에서 "조세"란 「국세기본법」제2조 제1호 및 제7호에 규정된 국세 및 지방세와 「관세법」에 규정된 관세를 말한다.
3) 상속세 및 증여세법 시행령 제34조의2【명의신탁재산의 증여의제】
법 제45조의2 제4항 후단에서 "증여세 또는 양도소득세 등의 과세표준신고서에 기재된 소유권 이전일 등 대통령령으로 정하는 날"이란 다음 각 호의 순서에 따라 정한 날을 말한다.
1. 증여세 또는 양도소득세 등의 과세표준신고서에 기재된 소유권이전일
2. 법 제45조의2제4항 전단의 주식등변동상황명세서에 기재된 거래일
4) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】
① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.
4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득
다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 "과점주주"라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)에 해당 주식등
1) 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다)의 가액
2) 해당 법인이 직접 또는 간접으로 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다.
5) 소득세법 시행령 제158조【과점주주의 범위 등】
① 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 "소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주"란 법인의 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우 그 주주 1인 및 기타주주(이하 "과점주주"라 한다)를 말한다.
② 법 제94조 제1항 제4호 다목은 과점주주가 주식등을 과점주주 외의 자에게 여러 번에 걸쳐 양도하는 경우로서 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급해 3년 내에 과점주주가 양도한 주식등을 합산해 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 양도하는 경우에도 적용한다. 이 경우 법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는지는 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간 중 최초로 양도하는 날 현재의 해당 법인의 주식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.
③ 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 과점주주가 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 과점주주 외의 자에게 양도한 주식등 중에서 양도하는 날(여러 번에 걸쳐 양도하는 경우에는 그 양도로 양도한 주식등이 전체 주식등의 100분의 50 이상이 된 날을 말한다)부터 소급해 3년 내에 해당 법인의 과점주주 간에 해당 법인의 주식등을 양도한 경우를 말한다. 이 경우 제2항을 준용한다.
④ 법 제94조 제1항 제4호 다목ㆍ라목 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(「소득세법」제94조제1항제1호에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.
1.「법인세법 시행령」제24조 제1항 제2호 바목 및 사목에 따른 무형자산의 금액
2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금ㆍ금융재산(「상속세 및 증여세법」제22조의 규정에 의한 금융재산을 말한다) 및 대여금의 합계액
⑤ 제4항 각 호 외의 부분 전단에도 불구하고 자산총액을 계산할 때 동일인에 대한 「법인세법」제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액을 자산총액으로 한다. 다만, 동일인에 대한 가지급금 등과 가수금의 발생시에 각각 상환기간 및 이자율 등에 관한 약정이 있는 경우에는 상계하지 아니한다.
⑥ 법 제94조 제1항 제4호 다목 2) 전단에 따른 다른 법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로 한다.
1. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 "부동산등"이라 한다) 보유비율이 100분의 50 이상인 법인
2. 제8항에 따른 사업을 하는 법인으로서 제7항에 따라 계산한 부동산등 보유비율이 100분의 80 이상인 법인
⑦ 법 제94조 제1항 제4호 다목 2) 전단에 따른 다른 법인의 부동산등 보유비율은 다음 계산식에 따라 계산한 부동산등 보유비율로 한다.
⑧ 법 제94조 제1항 제4호 라목에서 "대통령령으로 정하는 사업"이란 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」에 따른 골프장업ㆍ스키장업 등 체육시설업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업 중 휴양시설관련업 및 부동산업ㆍ부동산개발업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 말한다.
6) 소득세법 제104조【양도소득세의 세율】
① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.
1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산
제55조 제1항에 따른 세율
다. 사실관계
1) 국세청 대내포털시스템 등에서 확인되는 내용은 다음과 같다.
가) 처분청이 청구인에게 증여세 및 양도소득세를 고지한 내역은 다음과 같다.
나) B, C의 사업자등록 기본사항 및 청구인의 사업이력은 다음과 같다.
다) B과 개인사업체 C의 표준대차대조표는 다음과 같다.
라) B, C의 주식등 변동사항명세서는 다음과 같다.
마) 2020년 개정세법 해설 책자(2020년 3월) 내용 및 상속세 및 증여세법 제45조의2(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정된 것) 개정이유는 다음과 같다.
바) 처분청의 청구인에 대한 세무조사 결과 통지서는 다음과 같다.
2) 청구인이 F을 ‘특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(사기)’으로 고소한 고소장 일부는 다음과 같다.
3) 서울고등법원2024나2041367 약정금(2025.10.22. 선고) 관련한 청구인이 법원에 제출한 준비서면, 법원 판결문은 다음과 같다.
4) 청구인이 제출한 B 관련 증빙서류(B 포괄양도·양수 계약서, B 포괄양도·양수 계약 영수증, E의 차입금 상환 관련 금융증빙, B 주식매매계약서)는 다음과 같다.
5) 청구인이 제출한 C 관련 증빙서류(영업양수도계약서, 부동산 매매계약서, 시설(기계장치) 및 인허가 양도·양수 계약서, 차량 및 장비 양도·양수 계약서, 감정평가서)는 다음과 같다.
라. 판단
(쟁점1) 쟁점1처분 관련한 주식의 이동은 그 증여일을 특정할 수 없으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
「상속세 및 증여세법」(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항은 ‘권리의 이전이나 그 행사에 등기 등이 필요한 재산의 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 「국세기본법」제14조에도 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 해의 다음 해 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액(그 재산이 명의개서를 하여야 하는 재산인 경우에는 소유권취득일을 기준으로 평가한 가액을 말한다)을 실제소유자가 명의자에게 증여한 것으로 본다’고 규정하고 있고,
제4항은‘제1항을 적용할 때 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는「법인세법」제109조 제1항 및 제119조에 따라 납세지 관할세무서장에게 제출한 주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다’고 규정하고 있다.
「상속세 및 증여세법」(2019.12.31. 법률 제16846호로 개정된 것) 제45조의2 제4항은 ‘주주등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정하는 경우, 증여일은 증여세 또는 양도소득세 등의 과세표준신고서에 기재된 소유권이전일 등 대통령령으로 정하는 날로 한다’고 개정되었으며,
「상속세 및 증여세법 시행령」제34조의2는 ‘대통령령으로 정하는 날을 증여세 또는 양도소득세 등의 과세표준신고서에 기재된 소유권이전일, 법 제45조의2 제4항 전단의 주식등변동상황명세서에 기재된 거래일’로 규정하고 있다.
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① B의 2020 사업연도 주식·출자지분 양도명세서를 보면 E, F, G의 주식취득일자가 2019.6.17.로 확인되는 점, ② F의 양도소득세 신고서를 보면 B 주식의 취득일자가 2019.6.20.로 확인되는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 처분청이 청구인이 B 주식 19,600주를 E(3,600주), F(12,000주), G(4,000주)에게 명의신탁한 것으로 보아, 2019.6.20. 증여분 증여세 199,122,300원을 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
예비1-1) E 명의의 ㈜B 주식 3,600주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 서울고등법원에 청구인이 제출한 준비서면(항소이유서)에서 “당시 청구인이 신용불량 문제로 인하여 청구인 명의로 B 주식을 매수하기 어려운 상황이어서 차명주주를 내세우기로 하였고, F과 피고의 배우자 E 등에게 주주 명의를 신탁하기로 하였다”고 진술한 점, ② E의 주식 취득일이 2018.11.20. 및 2019.6.17.임에도 차입금 변제일이 2019.11.5.이라는 주장은 시기적으로 보아 신빙성이 낮은 점, ③ E이 2019.11.5. K에게 30백만원을 지급한 금융거래내역만으로는 B 주식 16,000주의 실제 소유자를 E으로 단정하기 어려운 점, ④ B 주식 40,000주(양수도금액 1억 원) 중 E 명의 주식은 16,000주(40%)에 해당하나, 금융거래내역상 E이 지급한 금액은 40백만원(40%)이 아닌 30백만원(30%)인 사실이 확인되는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 처분청이 청구인이 B 주식 3,600주를 E에게 명의신탁한 것으로 보아, 2019.6.20. 증여분 증여세 28,932,300원을 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
예비1-2) F 명의의 ㈜B 주식 12,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 청구인은 이의신청서 및 법원에 제출한 준비서면(항소이유서) 등을 통하여 F 명의의 B 주식 12,000주가 청구인이 명의신탁한 주식에 해당한다는 취지로 일관되게 주장하고 있는 점, ② 서울고법에서 해당 주식의 실제 소유자를 F으로 판단하였으나, 이에 대하여 청구인이 2025.11.6. 대법원에 상고하여 현재 재판이 진행 중인 상태이므로, 법원의 최종 판단 결과를 지켜본 후 그에 따라 판단할 필요가 있어 보이는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 처분청이 청구인이 B 주식 12,000주를 F에게 명의신탁한 것으로 보아, 2019.6.20. 증여분 증여세 136,152,000원을 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
쟁점2) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주는 명의신탁한 주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 서울고법에서 F 명의의 C 주식 70,000주의 실제 소유자를 F으로 판단하였으나, 이에 대하여 청구인이 2025.11.6. 대법원에 상고하여 현재 재판이 진행 중인 상태이므로, 법원의 최종 판단 결과를 지켜본 후 그에 따라 판단할 필요가 있어 보이는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 처분청이 청구인이 C 주식 70,000주를 F에게 명의신탁한 것으로 보아, 2020.12.22. 증여분 증여세 833,997,600원을 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
예비2-1) F 명의의 주식회사 C 주식 70,000주 가운데 유상증자로 취득한 69,650주는 ㈜B 주식 12,000주의 매도대금으로 취득하였으므로 증여세를 과세할 수 없다는 청구주장의 당부
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① F 명의 계좌로 B 주식 12,000주의 매도대금이 입금된 2020.12.29.부터 C 주식 69,650주의 취득자금이 지급된 2021.1.23.까지의 전체 기간에 대한 금융거래내역이 존재하지 아니한 상황에서, 해당 매도대금이 다른 자금과 혼화되지 아니하고 성질상 단절 없이 그대로 C 주식 69,650주의 유상증자 대금으로 사용되었다고 단정하기 어려운 점, ② 최초 명의신탁 주식과 성질상 단절되어 새로운 명의신탁으로 인정되지 않는다는 점에 대한 입증책임은 이를 주장하는 청구인에게 있는 것으로 보이는 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 처분청이 청구인이 C 주식 69,650주를 F에게 명의신탁한 것으로 보아, 2020.12.22. 증여분 증여세를 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
쟁점3) I 명의의 주식회사 C 주식 40,000주 가운데 유상증자로 취득한 39,800주의 증여일은 2021.1.28.로 보아야 한다는 청구주장의 당부
【인용안】(39,800주 증여일을 2021.1.28.로 인정)
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, 처분청은 쟁점2처분과 관련하여 그 증여일을 2020.12.22.로 보았으나, 청구인은 C(개인)을 주식회사로 법인 전환하는 과정에서 I 등 타인의 명의를 주주로 하여 2020.12.17. C의 설립 자본금을 납입하고, 2021.1.28. 유상증자 대금을 추가로 납입하였고, 또한 C이 해당 사업연도의 다음 해 3월 중 이러한 주식 이동 내역을 기재한 주식등변동상황명세서를 제출한 점 등으로 보아 청구주장은 타당하다고 판단된다.
따라서 처분청이 청구인이 유상증자를 통하여 I 명의로 취득한 C 주식 39,800주의 증여일을 2021.1.28.이 아닌 2020.12.22.로 보아 증여세를 고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
쟁점4) 청구인이 2020.12.29. 양도한 ㈜B 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① B의 2020 사업연도의 자산총액(9,377백만원) 대비 부동산등 자산(5,645백만원)의 비율이 50% 이상에 해당하는 점, ② 청구인은 B 주식 매매거래 당시 양수자의 요구에 따라 임차하여 사용하던 부동산을 취득할 수밖에 없었다고 주장하나, 그러한 사정만으로 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목의 적용을 배제하여 해당 주식을 특정주식에 해당하지 않는 것으로 보기는 어려운 점 등으로 보아 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
따라서 처분청이 청구인이 2020.12.29. 양도한 B 주식을 특정주식으로 보아 2020년 과세연도 양도소득세 2,788,755,540원을 고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
쟁점5) 청구인이 2021.4.12. 양도한 주식회사 C 주식은 특정주식에 해당하지 않는다는 청구주장의 당부
이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴보면, ① 청구인이 C 주식을 양도한 2021.4.12.을 기준으로 특정주식 해당 여부를 판단하여야 함에도, 처분청은 개인사업체 C의 2020년 과세연도 표준대차대조표를 기준으로 부동산 등 자산 비율이 50% 이상인지 여부를 판단한 것으로 보이는 점, ② 청구인과 C이 2021.2.17. 체결한 시설(기계장치) 및 인허가 양도·양수 계약서상의 기계장치 명세와 감정평가서상의 기계장치 명세가 서로 일치하지 아니하여 이에 대한 추가 확인이 필요한 점, ③ 개인사업체 C의 건물 장부가액에는 당초 ‘건설중인자산’ 계정에서 건물 계정으로 대체되는 과정에서 건물이 아닌 기계장치 등 다른 계정으로 대체되었어야 할 금액이 상당 부분 포함되어 있어, 그 결과 건물의 장부가액이 과다하게 계상되었다는 청구인의 주장 역시 확인이 필요한 점 등으로 보아 청구인이 2021.4.12. 양도한 C 주식이 특정주식에 해당하지 아니할 가능성을 배제하기 어렵다고 판단된다.
따라서 청구인이 2021.4.12. 양도한 C 주식이 특정주식에 해당하지 아니한지 여부에 대하여 재조사를 실시하고, 그 결과에 따라 양도소득세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
6. 결론
이 건 이의신청은 심의결과 청구주장이 일부 이유 있으므로「국세기본법」제66조 제6항 및 같은 법 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
