이 유

1. 처분내용

가. 청구인은 2018.6.18. A으로부터 함양군 B 토지 및 건물(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 매매로 취득하고 매매가액 8억원의 매매계약서를 기준으로 취득세 신고를 하였고, 취득한 쟁점부동산 중 무허가 증축되어 있던 축사 건물을 2021.2.25. 양성화하면서 무허가 증축된 축사 면적(1,166.95㎡) 취득 및 일부 면적(114.29㎡)을 증축 취득하였다.

나. 청구인은 2025.2.6. 쟁점부동산을 포함한 함양 C 토지(10,336㎡)·건물(4,766.99㎡) 및 거창 D 토지(14,890㎡)·건물(2,253.92㎡)을 주식회사 E농업회사법인에 4,288백만원에 양도하였고, 2025.4.11. 이에 대한 양도소득세 신고시 양도가액을 4,288백만원, 취득가액을 4,120백만원으로 하여 양도소득세 38백만원을 신고·납부하였다.

다. 처분청은 청구인의 양도소득세 신고서 검토 결과 청구인이 쟁점부동산 매매대금으로 산정한 25억원은 A의 양도소득세 신고자료 및 실거래신고자료인 8억원과 차이가 있음을 확인하였고 해당 차이금액(이하 “쟁점비용”이라 한다)은 쟁점부동산 취득과 관련없는 비용으로서 공제대상 필요경비에 해당하지 않는다고 판단하여 이를 경정금액에 반영하여 청구인에게 2025년 과세연도 양도소득세를 과세예고통지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.12.1. 처분청에 과세전적부심사청구를 하였으나 과세전적부심사청구에 대한 심의결과 처분청은 2025.12.23. 불채택 결정하였다.

마. 처분청은 해당 결정에 따라 2026.1.2. 청구인에게 2025년 과세연도 양도소득세 824,255,290원을 경정 고지하였다.

바. 청구인은 이에 불복하여 2026.4.1. 이 건 이의신청을 제기하였다.

2. 청구주장

가. 사실관계

1) 청구인은 양돈농장의 부동산과 허가권 등 농장 전체를 일괄하여 매도인 A으로부터 매수하였다.

  가) 매도인 A과 청구인은 매매대금 25억원의 부동산 매매계약서를 작성하였고 본 계약서는 특약사항에「위 부동산 내 존재하는 일체의 장비 시설물(사료배합 시설 장비 제외), 돼지(약 1,500두) 등 모든 것을 매매목적물에 포함한다.」라고 명기한 바와 같이 양돈농장이 소재하는 부동산을 포함하여 농장 전체를 매매한『농장매매계약서』(증빙 참조)이다.

  나) 2018.6.18.자 작성한 매매금액 8억원의 매매계약서는 부동산 등기를 목적으로 작성한 『부동산매매계약서』(증빙 참조)이다.

2) 농장운영에 필수적인 허가권 등을 부동산과 함께 취득하였다.

  가)「가축사육업 허가권」(증빙 참조)과 「가축분뇨배출시설 설치허가증」(증빙 참조)은 특정 지번의 토지와 그 위의 건축물에 귀속되어 부여된 배타적 권리로서 해당 허가권이 없으면 농장운영 및 사업 자체가 불가능하며,

   농장의 종물 또는 부합물로서 분리하여 매매될 수 없는 것으로 당연히 매매부동산과 함께 매매되었으며 양돈농장 취득금액 25억원 중 부동산을 제외한 금액은 허가권 등에 대한 대가를 지급한 것이다(국심 2007중5254 참조).

  나) 쟁점 농장의 사육 허가증상 면적은 1,757㎡이며 돼지농장의 매매가격은 부동산의 크기나 입지 조건과 상태보다는 사육 허가 규모에 따라 매매가격이 정해지며 통상적으로 허가증의 사육머릿수에 따라 1두당 1백만원에 거래가 이루어지고 있다.

  다) 양돈농장의 허가권 등은 배타적권리와 희소성으로 인하여 농장 매매 대금의 대부분을 차지하며 소득세법 제94조제1항제4호의 영업권에 해당하여 양도소득세 결정시 취득가액 또는 양도가액에 해당된다.

  라) 청구인은 부동산 등기일인 2018.6.18.까지 지급한 매매대금은 15억 5천만원으로 부동산 매매대금 8억원을 초과하여 지급하였고,

   특히 2018.6.18.에는 쟁점 농장을 담보로 하여 금융기관 등으로부터 11억원을 차입하여 A 그리고 F에게 13억원을 지급하는 등 부동산과 영업권에 대한 대금을 함께 지급하였다.

  마) 쟁점농장을 취득한 이후 농장의 경영난 등으로 인하여 청구인과 A의 배우자 F은 쟁점 농장 전체를 다시 청구인에게서 F에게로 매매하는 계약을 2019.8.27.하고 해제하면서도 부동산과 허가권을 구분하지 않고 농장전체를 26억5천만원에 계약한 사실이 있다(증빙 참조).

  바) 청구인은 쟁점농장을 양도하면서 농장의 부동산과 허가권 등을 구분하지 않고 농장전체를 29억4천만원에 양도하였다(증빙 참조).

 3) 청구인은 농장 매매대금 25억원을 A과 A의 배우자 F 그리고 F이 대표로 재직중인 G영농조합법인에게 지급하였다.

  가) 청구인은 A의 배우자 F에게 변제할 채무가 없었으며 청구인이 F에게 지급한 금액은 A과의 매매계약에 따른 매매대금이다.

  나) 농장 매매대금은 아래「매매대금 지급 내역」(증빙 참조)과 같으며 객관적인 금융거래로 지급하였다.

<그림 생략>

  다) 위의 매매대금 지급 내역을 살펴보면,

   (1) 부동산 매매계약서상의 날짜 2018.6.18. 현재에 부동산 매매대금 8억원을 초과한 15억5천만원이 지급되었음을 알 수 있으며,

   (2) 청구인은 쟁점 농장의 부동산을 담보로 제공하고 ㈜H로부터 10억원을, I축협으로부터 1억3천만원을 차입하여 2018.6.18.에 13억원의 대금을 A과 A의 요청에 따라 G영농조합법인(입출금내역 8)에 지급하였으며,

   (3) J과 I축협(입출금내역 9~11)에 지급한 금액은 A의 배우자 F의 채무를 각각 대위변제하였다.

   (4) 입출금내역 18은 F의 K에 대한 채무를 변제한 것이다.

   (5) 입출금내역 28은 F이 ㈜H에 지급할 사료비를 대위변제한 것이다.

   (6) 입출금내역 30~34는 F의 압류(증빙 참조)와 관련하여 지급한 대금이다.

   (7) 입출금내역 40~41은 F이 건축사 L에 지급할 금액을 대위변제(증빙 참조)한 것이다.

  라) F이 2019.4.8. 청구인에게 송달한 내용증명(증빙 참조)으로 농장 매각대금의 잔금 4억5천만원과 정화조공사비 4천만원의 지급을 청구한 사실과 같이,

   F이 독촉한 잔금 4억5천만원과 내용증명일 이전까지 매도인에게 지급한 금액 2,067,517,900원(입출금내역 1~24)을 합하면 청구인이 매도인에게 지급한 총 금액은 2,517,517,900원으로 농장매매가액 25억원과 일치한다.

4) 처분청이 과세 근거로 제시한 「F의 진술」

  가) F은 계약서 작성 사실을 기억하지 못한다고 진술하면서, 매매대금을 20억원으로 기억하고 있고 매매대금은 부동산 8억원, 돼지 5억원, 공사대 3억원, 시설장치 4억원으로 진술하고 있으나,

   F의 진술은 계약서 및 대금지급 금액과 다르며 돼지가액, 시설장치금액, 공사비 금액을 근거없이 임의로 정하여 진술하고 있다.

   특히 공사비의 경우는 농장의 매매금액에 포함되지 않고 F이 별도로 지급받은 금액임에도 농장 매매금액에 포함하여 진술하고 있다.

  나) F의 진술을 근거로 하더라도, 매매대금 20억원에서 부동산 매매대금 8억원을 차감하면 기타금액은 12억원으로 농장매매대금 17억원과 다르다.

  다) 청구인은 농장매매와 관련 없는 하수정화조 공사비 110,860,212원을 금융거래(증빙 참조)로 아래와 같이 지급하였다.

<그림 생략>

 5) 매매계약서상의 특약사항

  가) 위 부동산 내 존재하는 일체의 장비 시설물

   매매목적물에서 사료배합 시설장비를 제외하고 나면 농장운영에 필요한 장비나 시설물이 없었으나 건물과 구분이 불명확한 시설 등으로 인한 논란과 분쟁을 사전에 방지하고자 농장 전체를 매수한다는 의미로 작성한 것으로 사실상 영업권으로 지급한 것으로,

   장비 또는 시설물의 존재 여부와 금액은 F 또는 G영농조합 법인의 재무제표로 확인할 수 있다.

  나) 돼지(약 1,500두)와 가공(허위)계산서 발행

   (1) G영농조합법인은 돼지를 판매한 것으로 하여 2018.6.30. 계산서(증빙 참조)를 발행하였으나 청구인이 지급한 매매금액은 돼지의 매입 대가가 아니며 A의 농장매수와 관련하여 영업권의 대가로 지급한 것이다.

   (2) 해당 G영농조합법인의 양돈농장은 경남 함양군 M에 소재하고 있었으며 2015.7.14.에 농업회사법인 N주식회사에게 양도되어(증빙 참조) 존재하지 않는 농장으로 돼지를 사육·판매할 수 없었다.

   (3) 모든 돼지사육 농가는 돼지를 생산, 판매하거나 다른 농장으로 이동하고자 하는 때에는 농림축산식품부가 주관하는 이력관리시스템의 “축산물 이력제”에 반드시 신고 등록하도록 의무하하고 있는 바, G영농조합법인의 축산물 이력을 확인하면 돼지의 존재 여부와 금액을 명확히 알 수 있다.

나. 처분청 처분의견에 대한 청구인 의견

 1) 농장 전체를 F의 소유로 판단함

  가) 농장의 소유자와 허가권자 그리고 특약사항이 명기된 매매계약서의 계약자가 A이 명백하고 농장을 이루는 필수 조건으로는 토지 건물과 가축사육허가권과 뿐만 아니라 가축분뇨배출시설 설치허가권 등이 없이는 농장이 존재할 수 없음에도 불구하고,

   처분청은 A 소유의 토지 건물을 제외한 나머지 전부를 F의 농장이라 임의로 정의하고 구분하였다.

  나) 농장의 소유자가 누구인지에 대한 명확한 근거와 구체적인 확인없이 농장전체의 소유자가 F이라 단정 짓고 이를 전제로 청구인이 A의 농장 매수와 관련하여 지급한 금액을 청구인이 F의 농장 매매 대가로 지불하였다 함은 근거가 없는 추측에 불과하며 부당하다.

2) A에게 지급한 8억원 외 제3자에게 지급한 17억원은 F 소유의 농장 취득대금 인정하고 필요경비 부인하였다.

  가) 처분청은 농장 전체 매매금액을 부동산 등기를 위한 계약서의 등기일인 2018.6.18.을 기준으로 부동산 대금 8억원으로 산정하고,

   나머지 금액 17억원은 농장 매매대금으로 구분하여 부동산대금 8억원과 농장매매대금 17억원은 별개의 거래로 판단하고 필요경비를 부인하고 있으나,

   농장 매매대금이 부동산 등기일 당일 2018.6.18.에도 13억원의 대금이 지급되는 등 농장 매매대금이 여러번에 걸쳐 이루어졌으며 매매계약서에 따라 A에게 지급할 매매대금을 A과 G영농조합법인 그리고 F의 채무변제에 지급되었다.

  나) 부동산 취득 금액을 제3자(배우자)의 채무를 상환하여도 취득가액은 취득자가 지급한 금액이 부동산을 취득하기 위한 대가를 의미하는 것으로 금융자료로 지급이 확인되는 바 누구에게 지급했느냐에 따라 달라지지 않는다.

 3) 계약서에 매매작성일이 없고 매매계약서에서 정한 대금지급시기가 다르며 소유권이전일까지 9억원 미지급 상태로 등기이전하였으므로 계약서 내용과 취득가액을 부인하였다.

  가) 매매계약서는 특약사항이 명기되었으며 매매대금이 금융거래를 통하여 지급되었음이 확인되며 부동산 등기를 위한 부동산 매매계약서 외 전체 농장매매에 대한 계약서를 A과 작성하였음이 확인된다.

  나) 취득가액 결정과 대금결제 시기는 별개의 사항으로 계약서 작성과 금융거래 증빙은 사실임이 확인되며 계약서의 대금지급시기와 실질 지급 시기가 다르다고 하여 계약의 효력이 없는 것은 아니다.

  다) 매매 가액의 잔금이 지급되지 않은 상태에서 등기이전은 대금지급은 거래 당사자의 합의에 의거 결정되며 대금의 지급지연과 등기이전 또한 당사자의 합의에 의거 결정할 사항으로 취득금액을 부인할 사유에 해당되지 않는다.

4) 재무제표에 계상되지 않았다는 사유로 취득가액 부인

  처분청은 재무제표에 계상되지 않은 금액임을 사유로 취득가액을 부인하였으나 이는 양도금액과 관련하여 취득가액을 결정하는 기준이라고 할 수 없다.

5) F이 계약서 작성 사실을 기억하지 못한다고 진술하면서 매매대금을 20억원으로 세부내역 진술

  F의 진술은 계약서 금액부터 사실과 다르며 돼지가액, 기계장치금액, 공사비 금액을 근거 없이 임의로 정하여 진술한 것이며 F의 진술을 근거로 하더라도 진술내용 자체가 맞지 않다.

  특히 공사비의 경우는 농장의 매매금액에 포함되지 않고 F이 별도로 지급받은 금액임에도 농장 매매금액에 포함하고 있다.

  F은 거래당사자가 아니며 F의 진술이 계약금액을 비롯하여 계약의 세부내용이 허위임이 명백함에도 처분청은 진술의 진위 여부를 확인하지 않고 기억을 근거로 한 F의 허위 진술을 과세근거로 하고 있다.

다. 청구주장

 1) 자의적인 해석과 근거없는 과세

  청구인은 쟁점 농장전체에 대하여 A과 계약서를 작성하고 매수하였음에도 처분청은 매매계약서의 특약사항 중 시설장치는 A의 배우자 F 소유로 그리고 돼지는 G영농조합법인 소유로 자의적으로 해석·선택 적용하여 과세처분하면서 이에 대한 명확한 근거를 제시하지 않고 있다.

  처분청은 농장매매의 계약당사자 A에 대하여는 사실 확인을 하지 않고 배우자 F의 진술만을 근거로 과세하였다.

  처분청은 현실적으로 농장운영에 필수적이며 엄연히 존재하는 농장 허가권 등에 대한 검토와 사실 확인을 명확히 하지 않고

  청구인이 지급한 대가의 성격과 지급받은 매도인에 대한 과세 여부를 판단하지 않은 상태에서 매수인만을 과세대상으로 하여 과세처분하였다.

 2) 실질에 의한 과세

 국세기본법 제14조제2항은 “과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”라고 규정하고 있는 바,

  청구인이 A으로부터 양돈농장의 부동산과 허가권을 포함한 양돈 농장 전체를 일괄 매매하는 계약금액이 계약서에 의해 확인되고 매매대금 25억원이 금융거래로 지급이 확인되므로 25억원은 필요경비로 인정되어야 한다.

  청구인은 양돈농장을 25억원에 취득하여 6년 6개월 동안 양돈농장을 운영하다 29억4천만원에 양도하여 4억4천만원(기타필요경비 제외)의 양도차익이 발생하였음에도 불구하고,

  처분청이 양도차익 4억4천만원보다 3억9천만원을 초과한 8억3천만원을 과세처분함은 발생하지도 않은 소득에 대한 처분이며,

  실질과세 “과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다”의 규정에 맞지 않는 과세처분이다.

 3) 양도소득의 범위

  가) 청구인은 ‘부동산 내 존재하는 매매목적물에 포함한다’ 특약사항을 명기한 매매계약서를 작성하고 부동산과 허가권 등의 영업권을 포함하여 농장 전체를 함께 취득하고 매매대금을 금융거래로 지급하였다.

  나) 처분청은 의견서에서 ‘농장은 부동산뿐만 아니라 가축, 시설물도 매매목적물에 포함되어 거래 된다’는 것을 인정하면서도,

  소득세법 제94조제1항제4호 규정 ‘사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권은 양도소득에 해당한다’의 영업권을 인정하지 않음은 양도소득세법이 규정하고 있는 ‘양도소득의 범위’를 잘못 판단하고 적용한 것이다.

 4) 결론

  따라서 처분청은 청구인이 농장 매수대금으로 지급한 농장매매금액 25억원을 필요경비로 인정하여 과세처분을 취소하여야 한다.

라. 처분청 의견에 대한 청구인 항변

 1) 양도가액과 취득가액 산정 기준을 다르게 적용함

  청구인은 양돈농장을 운영하기 위하여 부동산과 허가권 등을 포함한 양돈농장 전체를 25억원에 함께 취득하여 6년6개월 동안 양돈농장을 운영한 이후 부동산과 허가권을 포함한 양돈농장 전체를 29억4천만원에 양도하였음에도

  처분청은 농장의 양도가액은 농장전체 매매금액으로 결정하고 취득가액은 A의 농장전체를 부동산과 농장으로 분리하여 부동산 가액만을 취득가액으로 인정하고 나머지 금액은 배우자의 농장 대가로 하여 청구인의 취득가액을 부인하고,

  부동산 등기부등본에 기재된 금액을 부동산의 양도가액과 취득가액만으로 농장의 양도소득세를 과세처분하였다.

  양돈업은 부동산과 환경권 그리고 허가권이 분리될 수 없으며 허가권과 환경권 없이는 양돈업을 운영할 수 없음에도 처분청은 양돈농장 운영에 있어 반드시 필요한 환경권 및 허가권에 대하여는 어떠한 의견도 밝히지 않고 있다.

 2) 농장 전체를 함께 취득한 사실에 대한 법률 및 판단의 부작위

  청구인은 농장운영을 위하여 부동산과 환경권, 허가권 등의 영업권을 포함하여 농장을 전체를 함께 취득하고 매매대금을 금융거래로 함께 지급하였다.

  처분청은 소득세법 제94조제1항제4호는 양도소득의 범위를 “사업에 사용하는 토지 및 건물과 함께 양도하는 영업권의 양도로 인하여 발생하는 소득”으로 규정하고 있음에도 법률 및 사실 판단에 대한 명확한 근거를 밝히지 않고 있다.

 3) 명확한 근거없이 농장과 매매목적물을 F의 소유로 인정함

  처분청은 농장에 대한 사실 확인없이 농장의 소유자를 F으로 인정하였다.

  처분청은 농장의 소유자를 F으로 인정하면서 돼지 소유자를 F 소유로 인정하고 돼지의 존재 여부에 대한 의견에서는 돼지 소유자를 G영농조합법인으로 인정하는 등 상반된 주장을 하고 있다.

  처분청은 농장 소유자와 돼지의 존재 및 소유자에 대하여 근거를 제시하지 않고 있다.

4) 양돈농장의 양성화와 영업권 대가

  처분청은 청구인의 취득가액을 한국부동산원의 통합진단가액과 감정가액을 근거로 하여 부동산 가액을 538백만원으로 부동산 취득가액을 추정하고 부동산에 무허가 축사가 일부 존재하여 농장 가치가 높지 않았을 것으로 추정하고 영업권을 부인하였으나

  처분청의 부동산가액과 영업권의 존재는 추정에 의한 주장이며,

  청구인은 부동산과 가축분뇨배출시설 설치허가권 그리고 가축사육 허가권을 함께 취득한 이후 일부 무허가 건물을 보완하여 허가건물로 인정받은 것으로 새로운 건물을 신축한 것이 아니며 농장의 허가권 전체를 신규로 취득한 것도 아니다.

 5) 부동산매매대금 8억원을 제외한 17억원의 성격을 제시하지 않음

  처분청은 ‘A은 영업권이 존재하지 않았으며 청구인이 지급한 17억원은 F의 농장의 댓가로 지급하였다’고 하고 있으나 F에게 지급한 17억원이 농장 운영에 대한 영업권 또는 기타 다른 자산의 댓가에 해당하는지에 대한 근거를 제시하지 않고 있으며 또한 소득 구분 및 처분에 대하여도 밝히지 않고 있다.

 6) 허가권과 운영권의 개념 및 구분

  A이 부동산(토지 및 건물)과 농장 허가권을 소유하고 G영농조합이 A과의 임대차계약에 의하여 농장 운영권을 가지고 있다고 하여도,

  허가권(가축사육허가, 배출시설 설치 허가 등)은 행정청으로부터 A에게 부여된 권리이므로 G영농조합이 운영권을 가졌다고 해서 A의 허가권이 상실되거나 무효가 되는 것이 아니며 허가권은 A이 소유자이며 허가권에 대한 책임과 권한의 주체이다.

  G영농조합은 계약에 따라 농장을 운영할 ‘채권적 권리’를 가질 뿐이므로 만약 A과 계약이 해지되거나 종료되면 G영농조합의 운영 권한은 사라지지만 A의 허가권은 그대로 남는다.

  허가권은 법적 권한을 보유하고 있으며 운영권보다 우선하는 기초적인 권리이며 법인은 허가권자의 허락에 의하여 점유하여 수익을 낼 뿐 허가권 자체를 잠식할 수는 없다.

  청구인은 A으로부터 부동산과 허가권 등을 계약하고 매수하였으며, 영농조합법인 또는 F으로부터는 영업권 등을 계약 및 매수한 사실이 없다.

마. 처분청 추가의견에 대한 청구인 추가의견

 1) 축사 양성화 등으로 취득 이후 쟁점부동산 가치가 크게 상승하였다는 처분청 주장에 대하여

  처분청이 구체적인 근거 없이 양돈장의 취득 이후 양돈장 일부의 양성화로 인하여 농장의 가격이 상승하였다는 주장은 추정에 불과하며 양돈장 취득 이후 상승 요인을 구체적으로 분석하면 취득가액 8억원은 양돈장 가격이 왜곡된 비정상적인 가액이며, 금융지급금액 25억원이 경제적 실체에 부합하는 취득가액에 해당된다.

  사실상 양성화 및 부동산 거래 내역은 아래와 같다.

<표 생략>

 2) A 외의 자에게 지급된 금액이 쟁점부동산 취득가액이 아닌 청구인 사업소득 관련 경비라는 처분청 주장에 대하여

  청구인은 양돈농장 인수라는 단일한 목적을 가지고 매매대금으로 25억원을 지급하였고 양도소득세 신고시부터 ‘부동산 내 존재하는 매매목적물에 포함한다’라는 특약사항이 기재된 농장매매계약서와 매매대금 지급내역을 제출하였음에도 처분청은 이를 부인하고 과세처분하였다.

  양도인 A 외에 제3자(배우자 포함)에게 17억원이라는 거액을 아무 이유 없이 송금할 사람 없으며 이는 양도인 A이 지정한 곳에 대금을 지급하였으며,

  자금흐름을 보면 양도인 A의 채무변제 등에 쓰였거나 양도인 A의 이익으로 귀속되었으므로 청구인의 입장에서는 취득대금에 해당된다.

  청구인은 금융거래로 매매대금을 양도인 A에게 지급하였으며 매매대금을 지급받은 양도인 A의 대금사용처와 내역은 과세처분의 근거나 사유가 될 수 없는 바 처분청이 과세처분 근거로 주장함은 부당하다.

 3) A에게 지급된 금액 외의 금액은 증빙자료가 없고 사실관계가 불분명하여 쟁점부동산 관련 비용으로 보기에 입증이 부족하다는 처분청 주장에 대하여

  가) 처분청은 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 농장매매계약서와 금융거래 내역을 부인하면서, 양돈장의 전소유자(A)는 청구인으로부터 매매대금 25억원을 지급받고 17억원의 소득을 신고누락한 불성실 신고를 하였음에도,

   처분청은 전소유자의 양도소득세 신고 내역과 다르다는 사유로 전소유자의 불성실 신고내역을 근거로 청구인의 취득금액만을 부인하고 과세처분함은 부당하다.

  나) 부동산 거래신고 등에 관한 법률 제3조는 부동산의 매매계약을 체결한 경우 실제 거래가격 등을 거래계약의 체결일부터 30일 이내에 신고하도록 규정하고 있고 동법 제2조는 ‘부동산’을 토지 또는 건축물로 정의하고 있는 바,

   처분청은 양도소득세를 과세처분하면서 소득세법 제94조제1항제4호 및 제97조제1항 가목의 법률 규정을 적용하지 않고,

   청구인의 취득가액을 ‘부동산 거래신고 등에 관한 법률’을 적용하여 지방자치단체장에게 제출한 부동산 실거래가액만을 인정하여 과세처분하였으나, 부동산만(토지 또는 건축물)을 취득가액의 범위로 한정하여 과세처분함은 부당하다.

  다) 청구인은 부동산 거래 신고를 위한 부동산 매매계약서(8억원)와 농장매매계약서를 작성하였으며 농장매매계약서(25억원)에는 ‘부동산 내 존재하는 모든 것을 매매 목적물에 포함한다’라는 특약사항을 명기하여 부동산과 허가권 등 양돈장 전체를 함께 취득하였다.

  라) 처분청은 청구인이 제출한 농장매매계약서(25억원)를 작성일자가 없고 대금지급일자가 일치하지 않아 불인정하면서 특약사항은 사실관계 판단에 인용하는 이중적 잣대를 적용하여 매우 모순적인 과세처분을 하였다.

   (1) 청구인이 제출한 농장매매계약서(25억원)는 전체 금융흐름(실체), 인감날인 및 신분증 사본이 첨부된 계약서(합의)로 실질 거래금액을 인정하는 계약서이자 법률적 행위를 증명하는 문서로서 충분한 것이다.

   (2) 오히려 부동산매매계약서(8억원)는 대금일자가 없고 대금을 2018.3.8. 선입금 후 2018.6.18. 작성된 계약서로 실제 거래를 반영하지 않은 것으로서 부동산 등기와 실거래가 신고를 위한 문서이다.

 4) 처분청은 사실확인과 근거없이 과세처분하였다.

  처분청은 청구인의 양도소득세 신고내용에 대한 구체적인 사실확인 없이 과세처분하였다.

  처분청은 추정과 특정 사실을 선택적 채택하여 과세처분하였다.

3. 처분청 의견

가. 처분청 의견

 1) 청구인은 부동산과 영업권을 양수하면서 농장 전체에 대한 매매대금 2,500백만원을 지급하였으나, 처분청은 농장 전체 매매대금 중 부동산을 제외한 영업권 대가를 취득가액으로 인정하지 않았다고 주장하나,

  청구인이 제출한 쟁점 부동산의 매매계약서(매매대금 2,500백만원)에는 작성일자가 없고, 매매계약서에서 정한 계약금, 중도금, 잔금지급일이 실제 지급일과 일치하지 않으며, 양도인 A을 대신하여 계약한 F이 해당 계약서 작성 사실을 기억하지 못하는 등 그 사실 여부가 불분명하나, 매매계약서 특약사항에서 쟁점 부동산 외 장비, 시설물(사료배합시설 장비 제외), 돼지(약 1,500두) 등이 매매목적물에 포함된 것으로 확인되고, F은 쟁점 부동산뿐만 아니라 돼지, 시설물도 매매목적물에 포함하여 매매대금 2,000백만원(쟁점 부동산 800백만원, 돼지 약 1,500두 500백만원, 정화조 공사비 300백만원, 기계장치 및 장비 등 400백만원)에 이 건 농장을 양도하였다고 진술한 바 있으며,

<그림 생략>

  청구인이 입증자료로 제출한 ‘농장매매 관련대금 지급내역서’에서 쟁점 부동산의 소유권이전등기 이전에 양도인 A에게 지급한 금액은 800백만원이고, 소유권이전등기 이후 F 등에게 지급한 금액은 1,700백만원으로 확인되며,

<그림 생략>

  농장은 부동산뿐만 아니라 가축, 시설물도 매매목적물에 포함되어 거래된다는 점, 농장 매매대금 2,500백만원 중 900백만원 정도가 미지급되었으나 쟁점 부동산의 소유권이전등기가 경료된 점, 농장 매매대금을 소유권이전등기 이전까지 A에게, 소유권이전등기 이후 F에게 별도로 지급한 점 등으로 보아, 청구인이 지급한 농장 매매대금 2,500백만원에는 양도인 A 소유의 쟁점 부동산뿐만 아니라 F 소유의 가축, 시설물 매매대금도 포함된 것으로, 쟁점 부동산의 매매대금은 2,500백만원이라 할 수 없으며,

  청구인이 운영하는 G(’00.0.0. 개업, 축산업)의 2019년 재무상태표와 부동산실거래신고자료, 부동산등기사항증명서, 부동산 취득세 신고자료에서도 쟁점부동산의 매매대금은 모두 800백만원인 것으로 확인된다.

<그림 생략>

 2) 쟁점부동산의 실거래 신고가액 800백만원에 대한 한국부동산원의 통합진단가액은 562백만원으로 확인되고, 청구인이 쟁점 부동산을 담보로 대출받은 300백만원(근저당 설정일 2018.06.18., 근저당권자 I축협)에 대한 I축협의 감정가액(가격시점 2018.06.08.)은 430백만원(토지 9,946㎡, 311백만원, 건물 1,801.78㎡, 119백만원)으로, 감정평가 대상에서 제외된 토지 462㎡, 건물 1,696.14㎡를 포함할 경우 538백만원으로 추정되어 해당 매매대금 800백만원은 쟁점 부동산 취득 당시의 통합진단가액 및 감정가액 보다 높은 가액인 점, 쟁점 부동산의 축사 8개 동 중 3개 동이 거래 당시 무허가였고, 양성화가 불확실했던 점을 고려한다면 농장 거래 자체가 어려울 뿐만 아니라 농장 가치도 높지 않았을 것으로 보여 1,700백만원의 영업권 대가가 존재했다고 볼 수 없다.

<그림 생략>

 3) A은 쟁점 부동산을 양도하기 전까지 쟁점 부동산에서 임대사업을 영위하였고, A이 양도한 것은 양돈사업이 아닌 쟁점 부동산 그 자체로, 청구인이 양돈사업과 관련하여 제3자에게 지급한 쟁점 비용은 A의 영업권 양도 대가라 할 수 없으며, 청구인 또한 영업권을 회계장부에 계상한 사실이 없다.

<그림 생략>

 4) 청구인은 이 건 이의신청 전까지 매매계약서 특약사항의 시설물 등은 존재하지 않고, 쟁점 비용은 부동산 소유권 이전(매수인의 지위 이전)을 위한 근저당 말소 및 채권자 대위변제 비용이라고 일관되게 주장해 왔으며, 쟁점 비용 중 2018.06.18. G영농조합법인에게 지급한 580백만원(G 매입처별계산서합계표와 G영농조합법인 전자계산서에서 양돈 거래대금으로 확인됨)은 청구인이 2018년 귀속 종합소득세 신고 시 사업소득 필요경비(재료비 매입액 계상 후 매출원가로 비용처리)로 처리한 사실이 있다.

<그림 생략>

  따라서 농장 매매 관련 대금 중 쟁점 부동산의 매매대금은 800백만원인 것으로 확인되고, 쟁점 비용은 영업권 대가라고 할 수 없다.

 5) 청구인이 매매대금이라고 주장하는 아래 표의 쟁점 비용에 대하여 살펴보면,

<표 생략>

  가) ① F, G영농조합법인(대표이사 F, 양돈업, ’00.00.00. 개업, ’00.00.00. 폐업)에게 매매대금으로 지급한 1,167백만원은 쟁점 부동산 외 매매목적물(F 소유 돼지, 기계장치 등)의 매매대금으로 보여지고,

  나) ② J에게 지급한 미지급 사료비 123백만원과 ④ K(G영농조합법인 이사)에게 지급한 80백만원은 F(G영농조합법인)의 양돈사업 관련 채무를 대위변제한 것이고,

  다) ⑤ ㈜H(사료 제조업, ’00.00.00. 개업)에 경매 취하대금으로 지급한 100백만원은 청구인이 이 건 농장 매매대금을 지급하기 위해 2018.06.18. 차입한 사료 여신에 대한 지급액이며, ⑥ 공탁금으로 지급한 130백만원은 쟁점 부동산의 경매 취하대금으로 F이 대납한 금액을 지급한 것이므로, 해당 비용 모두 쟁점 부동산의 취득과 관련 없는 비용이라 할 것이다.

  라) ③ I축협의 대출금을 대위변제한 47백만원은 쟁점 부동산의 근저당 채무액으로 확인되지 않고, 매매계약서상 채무인수에 대한 특별 약정이 없는 등 객관적인 증빙자료가 없어 쟁점 부동산의 취득대금이라 할 수 없다(대법원 2002두1588 판결 참조).

  마) ⑦ L에게 지급한 축사 적법화 설계비(쟁점 부동산 취득 전 발생한 F 부담분) 59백만원은 「소득세법」 제97조제1항제2호 및 같은 법 시행령 제163조제3항에서 규정하고 있는 자본적 지출액 등에 해당하지 않고, 쟁점 부동산 취득 시 법적인 지급의무 없이 대신 지급한 비용으로 청구인이 대위변제하였다 하더라도 필요경비에 해당하지 않는다(사전-2024-법규재산-0556, 부동산거래과-174 참조).

 6) 상기와 같이 농장 매매 관련 지급대금 2,500백만원은 쟁점 부동산 외 매매목적물(돼지, 기계장치 등)의 거래대금이 포함된 금액이고, 쟁점 비용은 영업권 대가라 할 수 없을 뿐만 아니라 쟁점 부동산 취득과도 직접 관련 없는 비용에 해당하며,

  청구인이 운영하는 G( ’00.0.0. 개업, 축산업)의 2019년 재무상태표와 부동산실거래신고자료, 부동산등기사항증명서, 부동산 취득세 신고자료에서도 쟁점 부동산의 매매대금은 모두 800백만원인 것으로 확인되므로, 소유권 이전 등기일까지 A 계좌로 지급된 800백만원이 쟁점 부동산의 매매대금(실지거래가액)으로 보는 것이 타당하다.

  따라서 처분청이 양도가액에서 쟁점 비용을 공제 부인한 과세처분은 정당하다 할 것이다.

나. 청구인 항변에 대한 처분청 추가의견

 1) 청구인과 F은 쟁점 부동산에는 무단 증축된 축사 3동이 양성화된 축사와 연결되어 해당 축사가 양성화되지 않으면 기존 축사 또한 그 사용이 제한적이고, 거래 자체도 어려웠다고 진술한 바 있다. 농장 축사의 양성화 여부에 따라 농장 가치가 결정되고, 그 거래가액 또한 큰 차이가 나며, 청구인은 쟁점 부동산을 취득한 후 무단 증축된 축사의 양성화, 노후화된 축사의 리모델링 및 증축을 거쳐 ’25.2.6. ㈜E농업회사법인에 양도한 것으로 확인되며, 양도 당시 쟁점 부동산의 개별공시지가도 상당 부분 상승한 것으로 확인되므로, 쟁점 부동산은 취득 이후 그 가치가 크게 상승하여 거래된 것으로 봄이 타당하다.

 2) 청구인은 쟁점 비용에 대하여 소유권 이전을 위한 근저당 말소(채권최고액 16억원, 채무자 G영농조합법인, 근저당권자 P) 및 채권자 대위변제 비용이라고 일관되게 주장해 왔으나, 과세전적부심사 시 해당 근저당 채무액은 쟁점 부동산 취득 전에 채무자 G영농조합법인이 이미 상환하여 쟁점 부동산 취득과는 관련이 없고, 채권자 대위변제 비용 또한 쟁점 취득과 관련 없는 비용으로 청구인의 주장이 받아들여지지 않자, 쟁점 비용을 영업권 대가라고 주장하고 있다.

  청구인은 A으로부터 지위 승계한 가축사육업 허가 및 가축분뇨 배출시설 설치 허가 등을 근거로 쟁점 비용을 영업권 대가라고 주장하나,

  청구인의 회계장부에는 영업권으로 계상된 금액이 없고, 청구인은 영업권에 관한 계약서 등 구체적인 증거자료를 제시하지 못하고 있으며, 쟁점 비용 중 580백만원은 G영농조합법인에게 지급한 양돈 거래대금으로, 청구인의 사업소득 경비로 처리된 사실이 확인되며, 그 외 비용 또한 A이 아닌 F 등 제3자에게 지급되었고, 비용 대부분이 쟁점 부동산 취득 후 지급된 것으로 보아, 쟁점 비용은 사업용 고정자산과 함께 양도하는 영업권의 대가라기보다는 청구인의 사업소득 관련 경비로 보는 것이 타당할 것이다.

  또한 쟁점 부동산의 실거래가액은 한국부동산원의 통합진단가액과 I축협의 감정가액을 근거로 추산한 가액보다 2억원 이상 높고, 쟁점 부동산에는 양성화되지 않은 축사가 존재하여 거래 가격이 높지 않았을 것으로 보이는 점 등을 고려한다면 청구인이 주장하는 가축사육업 허가권 등은 쟁점 부동산의 실거래가액에 반영된 것으로 보인다.

 3) 청구인이 주장하는 쟁점 비용은 약정서 등 증빙자료가 없고 사실관계가 대부분 불분명하며, 청구인이 제출한 통장 거래내역으로는 그 지출금액이 쟁점 부동산과 관련하여 지출된 비용인지 확인되지 않으며, 쟁점 비용이 재무상태표에 토지, 건물 또는 영업권 가액으로 계상되어 있지도 않다.

  쟁점 부동산 취득 시 부동산 실거래가 신고제도에 따라 지방자치단체장에게 신고된 쟁점 부동산의 실거래가액이 나타나고, 그 가액은 쟁점 부동산의 전소유자가 양도소득세 신고서상 양도가액과 동일한 반면, 청구인이 제시한 통장 거래내역 등 증빙만으로는 쟁점 부동산의 실지거래가액이 사실과 다르다는 점을 입증하기에 부족해 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점 부동산의 실지취득가액을 취득 당시 지방자치단체장에게 신고된 쟁점 부동산 실거래가액에 취득세 등을 가산한 금액으로 하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점부동산 취득 당시 매매대금은 25억원이므로 매매대금을 8억원으로 보아 양도소득세 필요경비를 산정한 처분청의 처분은 부당하다는 청구주장의 당부

나. 관련법령

1) 국세기본법 제14조【실질과세】

  ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

  ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

 2) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】

  ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

   1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

   4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

    가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

 3) 소득세법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

  ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

   1. 취득가액(「지적재조사에 관한 특별법」제18조에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

    가. 제94조제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

    나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

   2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

   3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

다. 사실관계

국세통합전산망, 청구인 및 처분청에서 제시한 심리자료 등에 따르면 아래와 같은 사실이 나타난다.

 1) 청구인은 2025.2.6. 주식회사 E농업회사법인에 경남 함양군 토지 총 25,226㎡ 및 건물 총 7,020.91㎡를 4,288백만원에 양도하고 2025.4.11. 양도소득세 신고하였으며, 청구인의 양도소득세 신고 주요내역은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 2) 청구인이 2025년 양도소득세 신고시 첨부한 ‘함양 C 토지·건물’에 대한 매매계약서 자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 3) 청구인은 2025년 과세연도 양도소득세 신고시 양도물건 중 2018.6.18. A으로부터 취득한 쟁점부동산의 매입가액을 2,500백만원으로 산정하여 2,488백만원 및 취득세 34백만원을 필요경비로 반영한 것으로 나타나고, 처분청은 쟁점부동산의 매입가액을 8억원으로 보아 관련 필요경비를 감액하여 양도소득세를 증액경정한 것으로 나타난다.

4) 청구인이 2025년 과세연도 양도소득세 신고시 첨부한 쟁점부동산 취득 매매계약서는 아래와 같다.

<그림 생략>

 5) 청구인에게 2018.6.18. 쟁점부동산 양도 후 A이 양도소득세 신고시 첨부한 쟁점부동산 매매계약서는 아래와 같다.

<그림 생략>

 6) 부동산 등기사항증명서 상 매매목록에 따르면 청구인이 A으로부터 취득한 쟁점부동산의 거래가액이 8억원으로 등재된 것으로 나타난다.

<그림 생략>

 7) 국세통합전산망 등에 따르면 청구인은 A으로부터 쟁점부동산 취득에 대한 취득세 신고시 과세표준을 8억원으로 하여 신고한 것으로 나타난다.

 8) 청구인이 당초 처분청에 제출하였던 쟁점부동산 매매 관련 대금 지급내역 정리표 및 이의신청시 제출한 대금 지급내역 정리표 내용은 아래와 같이 나타나며, 청구인은 이의신청시 대금 지급내역 정리표와 함께 입출금내역 41매(별지 첨부)를 제출하였다. 해당 대금 지급내역 정리표 자료에 따르면 A에게 지급한 금액은 8억원이고 A 외의 자에게 지급한 금액은 17억여원인 것으로 나타난다.

<그림 생략>

 9) 청구인의 면세사업자인 ‘G’사업자등록 주요사항은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

 10) 청구인이 2019년 과세연도 종합소득세 신고시 제출한 G 재무상태표 내용에 따르면 유형자산은 851백만원(토지 623백만원, 건물 211백만원, 구축물 3백만원)으로 계상되어 있고 영업권 등 무형자산은 0원으로 계상되어 있는 것으로 확인된다.

<그림 생략>

 11) 청구인이 이의신청시 제출한 자료 및 G 사업자등록 당시 제출한 자료에 따르면 2018.7.6.자 청구인의 축산업(가축사육업) 허가증 및 2021.12월자 가축사육업(돼지)·가축사육업(한우·육우) 허가증의 내용은 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 12) 청구인이 이의신청시 제출한 자료 및 G 사업자등록 당시 제출한 자료에 따르면 2018.7월 가축분뇨배출시설 설치허가증, 2021년 가축분뇨배출시설 설치허가증 자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 13) A의 배우자인 F은 함양 G 영농조합법인의 대표자였던 것으로 확인되는데, 청구인은 2018.6.18. 함양 G 영농조합법인에 580백만원을 지급하였던 것으로 나타나고 함양 G 영농조합법인은 2018.6.30.을 작성일자로 하여 청구인의 사업자인 G에 품목명을 양돈으로 하여 580백만원의 전자계산서를 발급한 것으로 나타난다.

  가) 청구인의 2018년 과세연도 종합소득세 신고서 상 총수입금액 및 필요경비명세서 상 재료비 당기 매입액이 886,909,000원으로 기재된 것으로 나타나는데 처분청은 이를 근거로 청구인이 함양 G 영농조합법인에 지급한 580백만원은 돼지 매입에 대한 대가이며, 이를 청구인의 매입액에 반영함으로써 사업소득 필요경비에 반영한 것으로 보는 입장인 것으로 나타난다.

  나) 청구인은 함양 G 영농조합법인이 보유하던 양돈농장인 이은리 578 토지를 2015.7월 농업회사법인N주식회사에 양도하였다는 점과 농림축산식품부 관할 이력관리시스템인 축산물 이력제 기록상 함양 G 영농조합법인으로부터 양수받은 기록이 없다는 점을 근거로 함양 G 영농조합법인은 돼지를 판매할 수 있는 상황이 아니었고 양돈 항목으로 발급한 580백만원의 전자계산서는 허위 계산서이며 청구인이 함양 G 영농조합법인에 지급한 580백만원은 돼지 매입 대가가 아닌 쟁점부동산의 영업권 관련 대가로 보아야 한다는 입장인 것으로 나타난다.

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  다) 2018년 과세연도 G가 수취한 전자계산서 목록은 아래와 같이 나타난다.

<표 생략>

  라) 처분청이 제시한 A의 부동산임대공급가액 명세서 신고내역 등에 따르면 A은 쟁점부동산 양도시까지 함양 G 영농조합법인에 쟁점부동산을 임대하여 온 것으로 나타나고, 국세통합전산망에 따르면 A은 쟁점부동산 양도 당시 부동산 임대업 외 다른 사업을 영위하지는 않았던 것으로 나타난다.

 14) 국세통합전산망에서 확인되는 함양 G 영농조합법인의 2018사업연도 합계표준대차대조표 내용에 따르면 유형자산 차변합계가 653백만원, 대변합계가 651백만원인 것으로 나타나고, 이 중 토지는 차변합계 546백만원, 대변합계 546백만원이고 기계장치는 차변합계 12백만원, 대변합계 10백만원(감가상각누계액), 비품 외 자산은 차변합계 24백만원, 대변합계 23백만원(감가상각누계액)인 것으로 나타난다.

 15) 처분청이 F으로부터 받은 진술서 내용은 아래와 같다.

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 16) 청구인은 쟁점부동산 매매대금과 별개로 F에게 지급한 정화조 공사비 등도 F 진술서에서 매매대금에 포함되어 있는 등 진술서 내용에 신빙성이 없다는 취지로 아래와 같이 입출금 거래내역을 제출하였다.

<그림 생략>

 17) 쟁점부동산 등기사항증명서에 따르면 2018.6.27. 쟁점부동산을 담보물건으로 하여 채무자 청구인, 근저당권자 주식회사H, 채권최고액 1,820백만원으로 하여 근저당이 설정되었고, 2019.10.10. 주식회사H를 채권자로 하여 쟁점부동산에 대해 임의경매개시결정이 되었다가 2019.12.10. 경매가 취하된 것으로 나타난다.

 18) 청구인이 제출한 F과의 쟁점부동산 매매계약서 및 합의서 자료는 아래와 같다.

<그림 생략>

 19) 청구인이 제출한 입출금내역 증빙 중 2019.9.2. 이체내역과 2020.8.5. 공탁금 이체내역, 부동산 가압류 결정서 및 금전 공탁서 서류는 아래와 같이 나타난다. 해당 대금내역에 대하여 청구인은 쟁점부동산 매매대금과 상계되는 금액이라는 입장이며, 처분청은 청구인이 농장 매매대금을 지급하기 위해 차입한 사료 여신에 대한 지급액 및 쟁점부동산 경매 취하대금을 F이 대납함에 따라 지급한 금액으로서 쟁점부동산 취득과 관련 없는 비용이라는 입장인 것으로 나타난다.

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 20) 청구인이 제출한 2021.5월 자 건축사 L·F 확인서 자료는 아래와 같이 나타난다.

<그림 생략>

 21) 청구인이 제출한 2019.4.8.자 F의 내용증명 자료는 아래와 같이 나타난다.

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 22) 처분청은 청구인이 쟁점부동산을 취득할 무렵의 쟁점부동산 감정가액이 8억원에 미달하여 쟁점부동산에 대한 취득가액을 8억원으로 보는 것이 적정하다는 의견에 대한 근거로 아래와 같이 쟁점부동산에 대한 한국부동산원 통합진단가액(562백만원) 및 I축협에서 쟁점부동산 중 일부에 대하여 가격시점 2018.6.8.로 감정의뢰하여 받은 감정가액 자료를 제시하였다. I축협의 감정가액에 대하여 처분청은 쟁점부동산 중 감정평가 대상에서 제외된 토지, 건물을 포함할 경우 평가액이 538백만원으로 추정된다는 의견을 제시하였다.

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 23) 청구인은 양돈장 거래시 허가권의 가치가 크다는 주장에 대한 증빙으로 아래와 같이 양돈장 신규허가 관련 글 자료·신문기사 및 2025.8월 양돈장 매물 관련 블로그 자료를 제출하였다.

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 24) 청구인은 아래와 같이 감정가액에 대한 설명과 함께 쟁점부동산에 대하여 2024.12.31. 및 2018.6.18.을 기준시점으로 하여 감정평가법인으로부터 소급감정받은 자료를 증빙으로 제출하였다.

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라. 판단

 1) 매매당사자들이 작성하여 시장, 군수 등의 검인을 받은 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되고, 그 계약서가 실제와 달리 작성되었다는 점은 주장자가 입증하여야 할 것이며, 실지거래가액에 관한 증빙서류로서 검인 매매계약서와 계약상대방의 인감증명서 등을 제출하였다면 취득과 양도 사이의 거래가액 상승률이 실제의 시가상승률보다 현저히 낮다거나 세무서가 계약상대방으로부터 매매가액에 관한 확인을 받을 수 없었다는 사유만으로 증빙서류에 의하여 취득 및 양도 당시의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우가 아니라고 단정할 수는 없다 할 것이다(대법원 1993.4.9. 선고 93누2353판결 등 참조).

 2) 위 법리 및 사실관계 등에 비추어 살펴보건대 청구인은 2018.6월 쟁점부동산 취득시 가축사육허가권 등을 함께 취득한 것으로서 총 매매가액이 8억원이 아닌 25억원이라고 주장하고 있으나,

 3) 이 건 사실관계에 의하면 A은 쟁점부동산을 청구인에게 매매 후 양도소득세 신고시에 매매가액 8억원의 계약서를 제출하여 신고를 하였고 쟁점부동산 등기사항증명서에도 8억원으로 등재되어 있으며 2018.6.18.까지 A에게 직접 지급된 대금이 8억원인 것으로 나타나는 점,

  청구인은 2018.6월 쟁점부동산을 취득한 후 취득세 신고시 과세표준을 8억원으로 하여 신고한 것으로 확인되고, 재무상태표 상에도 유형자산 가액을 851백만원으로 계상하였을 뿐 달리 무형자산 계상내역은 없는 것으로 확인되는 점,

  청구인에게 쟁점부동산 소유권이 이전된 시점은 2018.6월이고 허가증 상 지위가 A에서 청구인에게로 승계된 시점 역시 2018.7월초 경인 것으로 나타나는바, 매매가액을 25억원으로 볼 경우 소유권이전 및 허가증 지위승계 시점에 매매대금이 청산된 것이 아니어서 이는 경험칙상 극히 이례적인 경우로 보여지고, A 외에 F 등에게 직접 금원을 지급하거나 대위변제하는 것과 관련하여 그 지급방법이 매매계약서 등에 기재된 것이 확인되지 않아 매매가액이 25억원이라는 점에 대하여 쉽사리 수긍하기 어려운 점,

  A에게 지급된 8억원 이외에 17억여원에 대한 대금지급내역, F의 청구인에 대한 가압류 결정서, 공탁서, F의 내용증명 자료 등을 살펴보면 F 이외에 H주식회사에 경매취하대금으로 지급된 금원, 공탁으로 지급한 금원 등이 있고 가압류 및 내용증명에서 그 신청·발송 주체가 A이 아닌 F인 것으로 나타나는 바, 청구인이 제시하는 증빙자료 만으로 17억여원이 온전히 쟁점부동산 취득 매매 관련한 대가로 보기는 어렵다고 여겨지는 점,

  청구인은 매매가액이 25억원으로 기재된 매매계약서가 실제 거래내용을 반영한 계약서임을 주장하면서도 해당 매매계약서에 기재된 ‘돼지 1,500두’에 대한 내용은 허위의 내용이라고 주장하는 것으로 나타나는바, 청구인의 주장과 같이 ‘돼지 1,500두’에 대한 내용이 허위였다고 한다면 매매가액 25억원 계약서 작성시 또는 함양 G 영농조합법인으로부터 돼지에 대한 매입계산서를 수취할 당시에 거래당사자에게 이의를 제기하여 관련 내용을 수정하는 것이 경험칙상 일반적일 것으로 여겨지나 청구인은 그러하지 않았던 것으로 보이는 점,

  청구인은 2018.6.18. 및 2024.12.31.을 기준시점으로 하여 2026.5.21.에 작성된 쟁점부동산에 대한 소급감정가액을 제시하였으나 청구인이 제시한 2018.6.18. 소급감정가액은 883백만원인 반면 처분청이 제시한 2018.6.18. 당시 한국부동산원 통합진단가액은 562백만원이어서 가액이 다소 차이가 있는 것으로 나타나고, 처분청이 제시한 통합진단가액 562백만원에 의할 경우 8억원에 미달하여 매매가액 8억원에 허가권 등의 가치가 반영되지 않은 것으로 단정하기 어려우며, 청구인이 쟁점부동산 취득 당시에는 축사 양성화가 이루어지지 아니하였으나 쟁점부동산 양도당시에는 축사 양성화가 완료된 사정이 나타나는바, 청구인이 제시한 2024.12.31. 시점 감정가액 16억여원과 양도시 매매가액 29억여원 간 차이금액이 크다는 점만으로 2018.6월 취득 당시 청구인의 쟁점부동산 매매거래가액이 25억원으로 단정하기는 어려운 점,

  청구인은 F과의 쟁점부동산 매매계약서에 매매가액이 26억5천만원으로 기재된 것을 근거로 쟁점부동산 취득당시 매매가액이 25억원이라고 주장하기도 하나 위에서 살펴본 제반사정 등을 고려할 때 해당 매매계약서만으로 취득 당시 매매가액을 25억원으로 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인이 쟁점부동산 취득 당시 허가권을 포함한 쟁점부동산의 매매가액이 25억원이라는 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

 4) 따라서 청구인이 A으로부터 2018.6월 취득한 쟁점부동산의 취득가액을 8억원으로 보아 양도소득금액을 산정하여 청구인에게 양도소득세를 경정고지한 처분청의 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

이 건 이의신청은 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제66조 제6항 및 제65조 제1항 제2호(기각)의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.