자가공급분 매출세액 감액에도 분양매출 가산으로 환급금이 발생하지 않는다고 본 사례

예규·판례

자가공급분 매출세액 감액에도 분양매출...

판례국승

의정부지방법원-2025-구합-10874

생산일자 2026.09.01.

AI 요약

요지

실질과세원칙에 따라 시행사업의 귀속이 시공사로 변경되어 시공사, 시행사 간 공사도급 거래가 자가공급이 된 경우, 그 매출세액을 감액하더라도 분양수입금액에 대한 매출세액이 함께 가산되므로 환급금은 발생하지 않는다. 처분청이 시행사의 공제매입세액을 고려하여 원고의 매입세액을 산정한 방법에 일부 잘못이 있더라도, 이를 고려하지 않고 산정한 세액이 경정세액을 초과하므로 결론에 영향이 없다.

상세내용

사 건 2025구합10874 부당이득반환 청구 등

원 고 주식회사 ●●●

피 고 1. AAA 2. BBB세무서장

변 론 종 결 2026. 7. 7.

판 결 선 고 2026. 9. 1.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 약정에 따라 쟁점 거래는 용역의 자가공급에 해당하고 이는 부가가치세 과세대상이 아니므로, 피고 AAA은 원고에게 쟁점 거래에 관한 2017년 제2기 부가가치세 CCC원을 환급할 의무가 있다. 그러나 피고 BBB세무서장은 이 사건 감액경정 당시 매출세액에서 쟁점세금계산서분을 감액하면서도, 법률상 근거 없이 DDD에게 추징하여야 할 매입세액을 원고에 대한 부가가치세 환급금과 상쇄하였고, 그 결과 원고에게 환급할 세액이 없다는 취지의 이 사건 통지를 하였다.

따라서 원고는, 주위적으로 피고 AAA에게 부가가치세 환급금 및 국세환급가산금의 지급을 구하고, 예비적으로 피고 BBB세무서장이 한 이 사건 거부처분의 취소를 구한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 인정 사실

피고 BBB세무서장은 이 사건 감액경정 당시 이 사건 사업의 실질귀속자를 원고로 변경하면서 원고에 대한 20○○년 제○기 부가가치세를 다음과 같이 산정하였다.

1) 매출세액은, 아래와 같이 쟁점세금계산서분 348,749,999원을 감액하는 한편 원고가 시행사로서 귀속 받은 분양수입금액 702,492,564원을 가산하였다. 이에 매출세액은 당초 624,262,523원에서 978,005,087원으로 353,742,565원 증가하였다.

2) 매입세액은, 아래와 같이 원고의 공제매입계 증감액을 40,081,322원(= 쟁점거래에 관하여 DDD이 시행사로서 부가가가치세 신고·납부시 공제한 매입세액 388,831,322원 - 쟁점세금계산서분 CCC원)으로 산정하였다. 이에 차감매입계는 당초 472,274,643원에서 508,816,238원으로 36,541,595원 증가하였다.

3) 원고의 납부세액은 317,200,970원이 되나, DDD이 쟁점 거래에 관하여 납부한 부가가치세 317,200,970원을 원고의 기납부세액으로 공제하였고, 그 결과 차감고지(환급)세액은 0원이다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 을 제1호증의 기재, 변론 전체의 취지

나. 구체적 판단

1) 살피건대, 이 사건 약정에 따라 쟁점 거래가 용역의 자가공급에 해당하므로 부가가치세 과세대상에 해당하지 않는다는 것은 당사자들 사이에 다툼이 없는바, 이에 따라 피고 BBB세무서장은 매출세액에서 쟁점세금계산서분 348,749,999원을 감액하여 원고에 대한 2017년 제2기 부가가치세를 산정하여야 한다(매입세액 또한 경정할 사정은 별도로 확인되지 않는다).

그럼에도 불구하고 피고 BBB세무서장은 이 사건 감액경정시 쟁점 거래에 관하여 DDD이 시행사로서 부가가가치세 신고·납부시 공제한 매입세액을 고려하여 원고에 대한 공제매입세액을 산정하였는바, 조세채무는 납세의무자별로 개별적이고 독립적으로 성립하는 것이므로 그 산정 방법에 일부 잘못이 있는 것으로 보이기는 한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 감액경정시 차감매입세액은 당초 472,274,643원에서 508,816,238원으로 36,541,595원이 오히려 증가하였는바, DDD에 대한 차감매입세액을 고려하지 않는다 하더라도, 원고의 부가가치세 과세표준은 이 사건 감액경정의 과세표준보다 오히려 증가할 수밖에 없어 결국 원고가 부담해야 할 부가가치세는 이 사건 감액경정의 세액을 초과하게 될 것으로 보인다.

2) 이 사건 통지서의 ‘매입세금계산서 수취(고정)의 증감’란에 ‘△3,487,500,000원’이라고 기재되어 있으나, 앞서 본 이 사건 감액경정 내역에 의하면 이는 오기인 것으로 보이고, 원고에 대한 부가가치세 환급금이 0원이 된 것은 원고의 주장과 같이 피고 BBB세무서장이 DDD에게 추징하여야 할 매입세액을 원고에 대한 환급세액과 상쇄하였기 때문이 아니라, 원고가 시행사로서 귀속 받은 분양수입금액 702,492,564원을 매출세액에 가산한 것을 주된 원인으로 보아야 한다.

3) 따라서 피고 AAA이 원고에게 부가가치세 환급금을 지급할 의무가 있음을전제로 한 원고의 주장은 받아들일 수 없다(위와 같이 판단한 이상 원고의 예비적 주장 또한 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다).

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.