1. 피고가 2021. 3. 18. 원고에게 한 별지 1 기재 각 법인세 부과처분의 취소를 구하는 소의 ‘2015 사업연도’ 중 8,724,974,834원을 초과하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

 피고가 2021. 3. 18. 원고에게 한 별지 1 기재 각 법인세 부과처분(가산세 포함) 및 별지 2 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 1981. ○. ○○. 설립되어 ○○에 있는 ○○ 호텔 사업을 영위하다가 아래에서 보는 것과 같이 2016. ○. ○○. 해산등기를 마친 법인으로, ○○그룹의 계열회사이다.

 나. 원고의 청산 과정

   1) ○○그룹은 2015년경 재정상황의 악화로 원고가 운영하던 ○○ 호텔 사업을 정리하고 원고의 청산절차를 진행하기로 결정하였다.

   2) 원고는 2015. 12. 2. 특수관계인인 주식회사 ○○(이하 ‘○○’이라 한다)에게 원고가 소유하고 있던 주식회사 ○○ 주식 756,000주(이하 ‘이 사건 ○○주식’이라 한다)를 0원에 양도하였다(이하 ‘이 사건 제1거래’라 한다).

   3) 원고는 2015. ○○. ○○. 주식회사 ○○(이하 ‘○○’라 한다)에게 ○○그룹 계열회사인 ○○ 주식회사(이하 ‘○○’라 한다)에 대한 대여금 채권 21,119,256,628원 및 주식회사 ○○(이하 ‘○○’이라 한다)에 대한 대여금채권 274,000,000원(이하 통틀어 ‘이 사건 대여금채권’이라 한다)을 5,800,000원에, ○○ 주식 148,800주 및 ○○ 주식 178,000주(이하 통틀어 ‘이 사건 ○○ 및 ○○ 주식’이라 한다)를 62,000,000원에 각 양도하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 제2거래’라 한다).

   4) 원고는 이 사건 대여금채권 및 ○○ 등 주식 거래와 관련하여 처분손실 22,376,471,601원(= 이 사건 대여금채권 처분손실 21,387,456,628원 + 이 사건 ○○ 및 ○○ 주식 처분손실 989,014,973원, 이하 ‘이 사건 처분손실’이라 한다)을 2015 사업연도 손금으로 산입하였다.

   5) 원고는 2016. ○. ○○. 주주총회에서 해산결의를 하고, 2016. ○. ○○. 해산등기를 마쳤다.

 다. 이 사건 처분 등

   1) ○○지방국세청장은 2020. ○○. ○○.부터 2021. ○. ○○.까지 원고에 대하여 법인통합조사를 실시하였고, 그 무렵 피고에게 아래와 같은 조사결과를 통보하는 한편, 원고 대표이사 등을 조세범처벌법 제3조 제1항 위반을 이유로 형사고발하였다.

<조사결과 내용 생략>

   2) 피고는 위 세무조사 결과에 따라 2021. 3. 18. 원고에게 ① 이 사건 제1거래를 특수관계자 간 부당행위계산으로 보고 상속세 및 증여세법 시행령의 보충적 평가방법(1주당 7,146원)을 적용하여 계산한 저가양도액 5,402,376,000원(=756,000주 × 7,146원)을 2015사업연도 익금산입하고, ② 이 사건 제2거래와 관련하여, 이 사건 처분손실 22,376,471,601원을 2015 사업연도 손금불산입하고, 이 사건 대여금채권에 대한 인정이자 4,057,226,560원을 2015 내지 2019 사업연도 동안 익금산입하며, 과다계상된 경비 17,427,321원을 2015 사업연도 손금불산입(상여)하여 별지 1 기재와 같은 법인세 부과처분 및 별지 2 기재와 같은 소득금액변동통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

   3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 6. ○○. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2024. ○. ○○. 조세심판원은 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 3 기재와 같다.

3. 이 사건 소 중 직권 취소된 세액에 대한 취소청구 부분의 적법 여부(이 사건 제1거래 부분)

 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2012두18202 판결 등 참조).

 을 제2 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 2026. 6. 24. 이 법원의 조정권고에 따라 ‘2015 사업연도 10,875,195,200원의 부과처분 중 8,724,974,834원을 초과하는 부분(이 사건 제1거래에 관한 부분)’을 취소하는 내용의 경정결정을 하였고, 이는 피고가 상속세 및 증여세법 시행령의 보충적 평가방법(1주당 7,146원)을 적용하여 계산한 저가양도액 5,4092,376,000원(=756,000주 × 7,146원)을 2015 사업연도 익금에서 제외한 후 계산한 세액으로, 이 사건 소 중 위와 같이 취소된 부분에 대한 취소청구는 이미 그 효력이 소멸하여 존재하지 않는 처분의 취소를 구하는 것으로서 소의 이익이 없어 부적법하다.

4. 이 사건 처분 중 이 사건 제2거래 부분의 적법 여부

 가. 원고 주장의 요지

   원고는 2015년 말에 ○○에게 이 사건 대여금 채권과 이 사건 ○○ 및 ○○ 주식을 양도하기로 합의하였고, 이후 2016. 2.경 위와 같이 합의된 내용에 따라 이 사건 제2거래에 관한 계약서를 작성하면서 계약서의 날짜를 실제 합의된 날짜인 2015. 12. 29.로 소급하여 작성하였다. 따라서 이 사건 제2거래와 관련한 처분손실은 원고의 2015 사업연도 손금에 반영시키는 것이 적절한 조치이다. 그럼에도 피고는 이와 다른 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로, 피고의 처분은 위법하다.

 나. 판단

   1) 인정사실

     앞서 든 증거, 갑 제10, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

     가) 원고는 이 사건 제2거래 전인 2015. 12. 22. ○○에 ○○의 주식 148,800주를 양도하기로 하는 주식양수도계약(이하 ‘원고와 ○○의 주식양수도계약’이라 한다)을 체결하면서, ○○이 2016. 1. 25.까지 ○○의 금융권부채에 해당하는 금액을 대환하고 대환을 통하여 원고의 지급보증 및 연대보증을 해지하도록 정하고[주식양수도계약서(갑 제10호증) 제3조 제1항], 위 의무를 이행하지 않을 경우 원고는 서면에 의한 최고나 서면통지 없이 계약을 해제 또는 해지할 수 있다고 정하였다[주식양수도계약서(갑 제10호증) 제8조 제3항].

     나) ○○이 2016. ○. ○○.까지 위 계약에서 정한 대환의무를 이행하지 않자, 원고는 2016. ○. ○. ○○에 위 계약이 ○○의 계약 위반을 이유로 2016. ○. ○○.자로 해지되었음을 통보하였다.

     다) 원고와 ○○는 2016. 2.경 이 사건 제2거래에 관한 주식양수도계약서를 작성하면서 위 계약서에 ‘본 계약은 2015. ○○. ○○. 체결되었다.’라고 기재하였다.

     라) 원고가 이 사건 제2거래에 따라 이 사건 처분손실을 2015 사업연도 손금으로 산입한 회계처리 전표 작업일자가 2016. ○. ○○.로 되어있다.

     마) 원고 소속 직원이 작성한 ‘주식 및 채권 매각 관련’ 자료에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

<매각 관련 자료 내용 생략>

     바) 원고의 ‘2015사업연도 법인세 신고 요약’ 자료에는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

<신고 요약 내용 생략>

     사) 원고 내부 문건인 ‘주식회사 ○○ 공문 관련 대응방안에 대한 보고’에

는 아래와 같은 내용이 기재되어 있다.

<보고 내용 생략>

     아) 원고의 전 대표이사인 한○○은 2021. ○. ○○. 피고가 실시한 조사과정에서 아래와 같은 진술을 하였다.

<진술 내용 생략>

   2) 구체적 판단

     가) 법인세법 제40조 제1항은 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”라고 규정하여 손익의 귀속시기에 관하여 권리의무확정주의를 채택하고 있고, 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호에 의하면 ‘상품 등외의 자산의 양도’의 경우 관련 익금과 손금이 확정된 날은 ‘그 대금을 청산한 날’이고, ‘대금을 청산하기 전에 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 사용수익일’이다.

     나) 앞서 본 인정사실 및 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 위 규정에 비추어 보면, 원고와 ○○ 사이의 이 사건 제2거래의 익금과 손금이 확정된 날은 2016. 2.경 이후로 봄이 타당하므로, 이 사건 처분손실을 2015 사업연도 손금불산입하고, 이 사건 대여금채권에 대한 인정이자를 2015 내지 2019 사업연도 동안 익금산입하며 법인세를 부과한 피고의 이 사건 처분은 정당하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

       ① 원고와 ○○ 사이에 이 사건 제2거래의 계약서 작성시기가 2016. 2.경이고, 이 사건 제2거래는 수백억 원대의 주식․채권을 양도하는 계약인데 단순히 구두합의만으로 계약의 세부적인 내용까지 합의한다는 것은 경험칙에 반하며, 그 외 원고와 ○○ 사이에 2015년 말경 이 사건 제2거래의 기초가 되는 어떠한 자료도 주고받은 사실이 없는바, 이 사건 제2거래는 2016. 2.경 성립한 것이라고 봄이 상당하다.

         이에 대하여 원고는 2015년 말에 이미 이 사건 제2거래에 관한 합의가 있었으므로, 이 사건 제2거래는 2015년 말에 성립된 것이고, 이 사건 대여금채권과 이 사건 ○○ 및 ○○ 주식은 2015년 12월에 이미 양도가 이루어져 ○○가 사용․수익하였으므로, 자산 양도 손익의 귀속시기에 관한 규정(구 법인세법 제68조 제1항 제3호 단서)에 따라 이 사건 제2거래로 인한 처분손실은 2015 사업연도에 귀속되어야 한다고 주장한다.

         그러나 원고는 2015. 12. ○○. ○○에 ○○의 주식 148,800주를 양도하는 내용의 주식양수도계약을 체결하였다가 2016. 2. ○. ○○에 위 주식양수도계약이 2016. 1. ○○.자로 해지되었음을 통보하였는데, 원고가 이 사건 제2거래가 성립하였다고 주장하는 시기에는 이미 이 사건 제2거래의 내용 중 일부인 ○○ 주식 148,800주의 양도계약은 원고와 ○○ 사이에 체결된 상황에 있었으므로, 이 사건 제2거래를 정상적으로 체결할 수 있는 상황이 아니었다. 결국 원고는 2015년 말경에는 ○○과의 거래만 있었을 뿐 ○○와의 거래관계는 없다가 2016. 1. ○○.자로 원고와 ○○ 사이의 주식양수도계약이 해제되자 그 이후 원고와 ○○ 사이에 이 사건 제2거래가 체결되었다고 봄이 상당하다. 나아가 원고가 제출한 증거만으로 ○○가 2015. 12.경 이 사건 대여금 채권과 이 사건 ○○ 및 인터불고몰 주식을 인수하여 사용․수익하였다고 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.

       ② 원고는 2015. 12.경 ○○에 이 사건 이 사건 대여금 채권과 이 사건 ○○ 및 ○○ 주식을 모두 매도한 후 ○○이 매각조건을 준수하지 못하더라도 그 양수인 지위를 ○○가 승계받도록 하는 계획을 구상하고 있었으므로, 이 사건 제2거래에 관한 계약서의 계약일자를 2015. 12. ○○.로 기재한 것이라는 취지로도 주장한다. 그러나 원고와 ○○ 사이의 주식양수도계약과 이 사건 제2거래에 관한 계약은 그 내용이 동일하지 않을 뿐만 아니라, 원고가 제출한 증거만으로 위와 같은 원고의 주장을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

       ③ 이 사건 제2거래 당시 원고의 대표이사였던 한○○의 진술 역시 ‘원고와 ○○의 주식양수도계약은 해제되었고, 그 이후 2016년 초순경 이 사건 제2거래가 이루어졌으나, 계약일자만 소급하였다.’는 취지이고, 원고의 내부 문건인 ‘주식 및 채권 매각 관련’, ‘2015사업연도 법인세 신고 요약’, ‘주식회사 ○○ 공문 관련 대응방안에 대한 보고’ 등의 자료 역시 한○○의 진술에 부합하는바, 이와 다른 취지의 원고의 주장은 그대로 믿을 수 없다. 원고는 한○○의 진술은 신빙성이 없다거나 위 내부 문건의 내용이 왜곡되었다거나 출처가 불분명하여 믿을 수 없다는 취지의 주장도 하고 있으나, 원고의 주장만으로 위 한○○의 진술이나 내부 문건의 내용이 신빙성이 없다고 할 수 없다.

5. 소득금액변동통지 처분에 관한 판단

 피고는 원고가 2015년도 사업연도의 매입비용을 과다계상하였다는 이유로 해당금액을 손금불산입하고, 별지 2와 같이 과다계상된 부분을 소득자에게 상여한 것으로 보아 소득금액변동통지를 하였다.

 원고는 이에 관하여 처분의 위법성에 관한 아무런 주장이나 증명을 하지 않고 있으므로, 원고의 이 부분 청구는 이유 없다.

6. 결론

 그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 제1거래에 관한 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 다만, 소송비용의 부담에 관하여서는 소송의 진행 경과와 피고가 이 사건 제1거래에 관한 세액(2015 사업연도 10,875,195,200원의 부과처분 중 8,724,974,834원을 초과하는 부분)을 직권취소한 경위 등 여러 사정을 고려하여, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제99조에 따라 주문 제3항과 같이 정한다.