1. 사실관계

○질의법인은 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣(이하 “민간임대주택법”)에 따른 장기일반민간임대주택 임대사업자로, 6개 임대주택을 건설하여 주택 임대업을 영위하고 있음

 * 해당 임대주택 관련하여 민간임대주택법 상 임대사업자 등록과 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 이행함

○질의법인은 임대주택에 대해 최초 임대차개시일부터 의무임대기간(8년)이 만료하였으나,

 - 지금까지 계속하여 임대사업자 지위를 유지하면서 임대기간 동안 임대료 5% 증액 제한 요건 등을 준수하여 임대업을 영위하고 있음

2. 질의요지

[질의1]

○장기일반민간임대주택의 의무임대기간이 경과한 후 민간임대주택법상 임대사업자 등록을 자진말소하고, 말소 직전 임대차계약 대비 임대료를 5%를 초과하여 증액한 후 동일한 유형의 장기일반민간임대주택으로 재등록하는 경우

 - 토지등 양도소득 과세특례 적용 주택에서 제외하는 법령§92의2②1의13에 따른 주택 여부를 판단함에 있어, 재등록 이후 임대료 5% 증액 제한요건의 기준이 되는 임대차계약은 무엇인지

    ※ 민간임대주택법에 따라 장기일반민간임대주택으로 재등록하고, 재등록 이후 의무임대기간 등 법령§92의2②1의13 각 목의 요건을 충족할 것을 전제로 함

   (1안) 재등록 전의 임대차계약서

   (2안) 재등록 이후 최초로 작성하는 표준임대차계약서

[질의2]

○법령§92의2②1의2에서 규정한 요건을 모두 충족한 민간건설임대주택에 대해 민간임대주택법상 임대사업자 등록을 자진말소하고,

 - 말소 직전의 임대차계약 대비 임대료를 5%를 초과하여 증액한 후 매각하더라도 토지등 양도소득 과세특례 제외 대상 주택에 해당하는 지 여부

3. 관련법령 및 예규 등

□법인세법 제55조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지, 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다), 주택을 취득하기 위한 권리로서 「소득세법」제88조제9호에 따른 조합원입주권 및 같은 조 제10호에 따른 분양권(이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 해당 각 호에 따라 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조에 따른 과세표준에 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 둘 이상에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다.

 2. 대통령령으로 정하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다) 및 주거용 건축물로서 상시 주거용으로 사용하지 아니하고 휴양･피서･위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 조에서 "별장"이라 한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 20(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액. 다만, ｢지방자치법｣제3조제3항 및 제4항에 따른 읍 또는 면에 있으면서 대통령령으로 정하는 범위 및 기준에 해당하는 농어촌주택(그 부속토지를 포함한다)은 제외한다.

□법인세법 시행령 제92조의2【토지등 양도소득에 대한 과세특례】

② 법 제55조의2제1항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 국내에 소재하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다. 다만,제1호,제1호의2,제1호의4 및 제1호의12에 해당하는 임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날에 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날에 제1호, 제1호의2, 제1호의4 및 제1호의12에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

 1의2. 해당 법인이 임대하는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 또는 ｢공공주택 특별법｣제2조제1호의2에 따른 공공건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제2조제7호에 따른 임대사업자의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

 가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(｢소득세법 시행령｣제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

 나. 5년 이상 임대하는 것일 것

 다. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하거나 ｢공공주택 특별법｣제2조제1호가목에 따른 공공임대주택으로 건설 또는 매입되어 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 6억원 이하일 것

 1의13. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 종전의 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따라 등록을 한 같은 법 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택을 같은 법 제5조제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택은 제외한다.

 가. 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(「소득세법 시행령」제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

 나. 10년 이상 임대하는 것일 것

 다. ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 해당 주택의 임대를 개시한 날의 해당 주택 및 이에 딸린 토지의 기준시가의 합계액이 9억원 이하일 것

 라. 직전 임대차계약 대비 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 "임대료등"이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하는 임대차계약을 체결하지 않았을 것. 이 경우 임대료등을 증액하는 임대차계약을 체결하면서 임대보증금과 월임대료를 서로 전환하는 경우에는 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣제44조제4항에서 정하는 기준에 따라 임대료등의 증가율을 계산한다.

 마. 임대차계약을 체결한 후 또는 약정에 따라 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에 임대료등을 증액하는 임대차계약을 체결하지 않았을 것

□민간임대주택에 관한 특별법 제2조 【정의】

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

 2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

 나. ｢주택법｣제4조에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

 5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.

□민간임대주택에 관한 특별법 제5조 【임대사업자의 등록】

① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장･군수･구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 다만, 외국인은 국내에 체류하는 자로서 「출입국관리법」제10조의 체류자격에 따른 활동범위를 고려하여 대통령령으로 정하는 체류자격에 해당하는 경우에 한정하여 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

 1. 삭제 <2018.1.16>

 2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

 3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택

□민간임대주택에 관한 특별법 제6조 【임대사업자의 등록의 말소】

①시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

3. 제5조제1항에 따라 등록한 날부터 3개월이 지나기 전(임대주택으로 등록한 이후 체결한 임대차계약이 있는 경우에는 그 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다) 또는 제43조의 임대의무기간이 지난 후 등록 말소를 신청하는 경우

11. 제43조에도 불구하고 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑤ 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(「주택법」제2조제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다.

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다.

□민간임대주택에 관한 특별법 제43조 【임대의무기간 및 양도 등】

①임대사업자는 임대사업자 등록일 등 대통령령으로 정하는 시점부터 제2조제4호ㆍ제5호 또는 제6호의2에 따른 기간(이하 "임대의무기간"이라 한다) 동안 민간임대주택을 계속 임대하여야 하며, 그 기간이 지나지 아니하면 이를 양도할 수 없다.

□민간임대주택에 관한 특별법 제44조 【임대료】

①임대사업자가 민간임대주택을 임대하는 경우에 최초 임대료(임대보증금과 월임대료를 포함한다. 이하 같다)는 다음 각 호의 임대료와 같다.

 1. 공공지원민간임대주택의 경우: 주거지원대상자 등의 주거안정을 위하여 국토교통부령으로 정하는 기준에 따라 임대사업자가 정하는 임대료

 2. 장기일반민간임대주택 및 단기민간임대주택의 경우 : 임대사업자가 정하는 임대료. 다만, 제5조에 따른 민간임대주택 등록 당시 존속 중인 임대차계약(이하 "종전임대차계약"이라 한다)이 있는 경우에는 그 종전임대차계약에 따른 임대료

② 임대사업자는 임대기간 동안 임대료의 증액을 청구하는 경우에는 임대료의 5퍼센트의 범위에서 주거비 물가지수, 인근 지역의 임대료 변동률, 임대주택 세대 수 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 증액 비율을 초과하여 청구해서는 아니 된다.

③ 제2항에 따른 임대료 증액 청구는 임대차계약 또는 약정한 임대료의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못한다.

□민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제34조의2 【임대료】

법 제44조제2항에서 "대통령령으로 정하는 증액 비율"이란 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 말한다.

 2. 제1호를 제외한 민간임대주택 : 임대료의 5퍼센트. 다만, 주거비 물가지수 및 인근 지역의 임대료 변동률 등을 고려해야 한다.

○ 서면2021부동산-2749, 2023.04.18. 외 다수(종부령§3)

귀 질의의 경우 ’20.8.18. 이후 단기민간임대주택이 자동말소되고 장기일반민간임대주택으로 재등록하는 경우 ｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조제1항제8호에 따른 합산배제 임대주택 규정 적용 시 같은 호 가목3)에 따른 임대료 5% 증액 상한의 기준은 재등록 이후 작성한 표준 임대차계약임

○ 기획재정부 재산세제과-1302, 2022.10.19. 외 다수(소득령§155)

민간임대주택에 관한 특별법§6(11)에 의하여 자진 말소하는 단기임대주택을 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우 소득령§155⑳(2)의 장기임대주택의 임대료 증액 상한의 기준은 재등록 이후 작성한 표준임대차 계약임

○ 사전2021-법령해석재산-0680, 2021.12.21.(조특법§97조의4, 소득령§167조의3)

｢조세특례제한법 시행령｣제97조의4제1항(장기임대주택에 대한 양도소득세 과세특례) 및 ｢소득세법 시행령(2019.2.12.대통령령제29523호)｣제167조의3제1항제2호가목(1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택)에서 장기임대주택 임대보증금 또는 임대료 상한 규정의 기준이 되는 최초의 계약(갱신 포함)은 ｢소득세법 시행령(2019.2.12.대통령령 제29523호)｣ 시행일 이후 최초로 체결한 표준임대차계약이 되는 것임

○ 사전-2019-법령해석재산-0305[법령해석과-2866], 2019.10.31.

거주자가 소유주택을 ｢(구)임대주택법｣에 따른 매입임대주택으로 등록하여 임대차계약에 따라 임대하다 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣에 따른 단기민간임대주택으로 변경 등록하고 다시 장기일반민간임대주택으로 변경 등록한 후 기존임대차계약이 만료되어 재계약하거나 새로운 임차인과 계약을 체결하는 경우 ｢조세특례제한법｣ 제97조의3제1항제2호에 따른 임대료증액 제한 기준이 되는 임대차계약은 장기일반민간임대주택으로 등록 당시 존속 중인 표준임대차계약이 되는 것임

○ 기획재정부 재산세제과-536, 2023.4.10.

소득령§167의3(2) 장기임대주택에서 규정한 임대의무기간을 충족한 이후 양도일 현재 임대주택 외의 용도로 사용하거나 임대사업자등록을 말소한 상태에서 양도하는 경우에도 중과세율 적용배제됨

○ 서면-2020-법규재산-3672, 2023.2.14.

｢조세특례제한법｣ 제97조의2(이하 “쟁점특례”라 함) 제1항에 따른 신축임대주택을 5년 이상 임대한 경우로서 해당 신축임대주택의 임대등록이 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제6조제5항에 따라 자동말소된 상태로 양도하는 경우에도 쟁점특례를 적용받을 수 있는 것임

○ 서면-2021-법규재산-8062, 2022.3.16.

｢조세특례제한법｣ 제97조의3(이하 “쟁점특례”라 함) 제1항에 따른 장기일반민간임대주택등(이하 “쟁점주택”이라 함)을 같은 법 시행령 제97조의3제3항 각 호의 요건을 모두 충족하면서 의무임대기간동안 계속하여 임대한 후 양도하는 경우, 양도일 현재까지 쟁점주택을 ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 제2조제4호 또는 제5호에 따른 임대주택으로 등록하여 임대하고 있지 않은 경우에도 쟁점특례를 적용받을 수 있는 것임

○ 기획재정부 조세법령운용과-493, 2019.4.9.

준공공임대주택으로서 의무임대기간 10년 이상의 요건은 충족하였으나 양도 시 준공공임대주택으로서 요건을 충족하지 못한 경우 조세특례제한법 제97조의5에 따른 감면 적용 대상에 해당함