주        문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2024. 11. 27. 원고에 대하여 한 2024년 귀속 종합부동산세 -,---,---원, 농어촌특별세 ---,---원의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 12. 10. 의류판매 도소매업 등의 업종으로 법인세법상 사업자등록을 하고, 2017. 11. 30. 업종에 부동산업(주택임대)을 추가하는 정정 신고를 마친 법인으로서, 2024년 귀속 종합부동산세의 과세기준일인 2024. 6. 1. 기준으로 서울 —구 ---로(이하 주소 생략) 오피스텔(이하 ‘이 사건 오피스텔’)을 소유하고 있다.

나. 원고는 —광역시 서구청장(이하 ‘서구청장’)에게 이 사건 오피스텔에 관하여 구 민간임대주택에 관한 특별법(2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호 소정의 단기민간임대주택으로 임대사업자 등록을 신청하여 2017. 10. 25. 그 등록을 마쳤다.

다. 2020. 8. 18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택에 관한 특별법이 시행됨으로써 ‘단기민간임대주택’이 삭제되었고(제2조 제6호), 기존 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 것으로 간주되었다(제6조 제5항). 이에 서구청장은 위 개정 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 2021. 12. 3. 이 사건 오피스텔에 관하여 임대의무기간 만료를 이유로 원고의 임대사업자 등록을 말소하였다.

라. 원고는 2021. 12. 9.경 서구청장에게 이 사건 오피스텔에 관하여 구 민간임대주택에 관한 특별법(2022. 1. 11. 법률 제18750호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘민간임대주택법’) 제5조 제3호 소정의 ‘장기일반민간임대주택’(임대의무기간 10년)으로 다시 임대사업자 등록을 신청하여 같은 날 그 등록을 마쳤다.

마. 피고는 이 사건 오피스텔이 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 구 종합부동산세법 시행령(2024. 11. 12. 대통령령 제34994호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 종합부동산세법 시행령’) 제3조 제1항 제8호 (나)목 2)에 따른 ‘법인이 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020. 6. 17.)이 지난 후에 사업자등록등을 신청한 조정대상지역에 있는 장기밀간임대주택’에 해당하여 과세표준 합산의 대상에서 배제되는 주택(이하 ‘합산배제 임대주택’)에서 제외된다고 보아, 2024. 11. 27. 원고에게 이 사건 오피스텔에 관하여 2024년 귀속 주택분 종합부동산세 3,187,700원, 농어촌특별세 637,540원을 결정·고지(이하 ‘이 사건 처분’)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 12. 11. 이의신청을 거쳐 2025. 3. 24. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2025. 7. 2. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 처분사유 부존재

구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 (나)목의 2)[이하, ‘이 사건 쟁점조항’]에서 ‘조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020. 6. 17.)이 지난 후 사업자등록등을 신청한 장기일반민간임대주택’에서 “사업자등록등”이란, 위 시행령 제3조 안에서 “임대사업자 등록과 사업자등록” 모두를 뜻하므로(위 시행령 제3조 제1항 제1호), 조세법규 엄격해석의 원칙상 ‘위 기준일이 지난 후 사업자등록등을 신청한’의 의미는 법인세법 제111조에 따른 사업자등록과 민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자 등록 모두를 위 기준일이 지난 후에 신청한 경우를 의미한다. 이 사건 오피스텔이 있는 서울 —구는 2017. 8. 3. 조정대상지역으로 지정되었으므로, 이 지역에 관하여 위 기준일은 2020. 6. 17.이다. 원고가 이 사건 오피스텔에 관하여 장기일반민간임대주택으로 임대사업자 등록을 신청한 것은 2020. 6. 17. 이후인 2021. 12.월 경이지만, 원고가 법인세법상 사업자등록의 업종에 부동산업(주택임대)의 추가를 신고한 것은 2020. 6. 17. 이전인 2017. 11. 30.이므로, 이 사건 오피스텔은 이 사건 쟁점조항에 따라 합산배제 임대주택에서 제외되는 장기일반민간임대주택에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 법률불소급 원칙 위반

 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 관한 종합부동산세법 시행령 및 민간임대주택법은 2018년부터 2020년까지 단기일반임대주택을 줄이고 장기일반임대주택을 장려함으로써 임대주택시장의 안정화를 도모하고, 임대사업자가 기준일 이후 조정대상지역에서 임대하는 주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상에서 제외하는 방법으로 조정대상지역 주택시장 과열을 방지하는 방향으로 수차례 개정되어 왔다. 이러한 개정 취지 및 내용에 비추어 보면 위와 같은 개정 이전 2017년부터 이 사건 오피스텔에 관하여 임대사업자 등록과 사업자등록을 마치고 주택임대사업을 유지해온 원고가 소유하는 이 사건 오피스텔을 종합부동산세 과세표준 합산배제에서 제외할 합리적인 이유가 없다. 그럼에도 이 사건 오피스텔이 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 법률불소급 원칙에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

[별지] 기재와 같다.

4. 판단

가. 처분사유 부존재 주장에 관하여

 1) 관련 규정 및 법리

  가) 종합부동산세법 제8조는 제1항에서 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준을 규정하고, 제2항에서 ‘민간임대주택법에 따른 민간임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호는 (가)목에서 ‘과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 민간임대주택’(합산배제 임대주택)에 해당하는 요건을 규정하는 한편, (나)목에서 (가)목의 합산배제 임대주택의 요건을 갖춘 경우라도 여기에서 제외되는 주택으로서, ‘2) 법인이 조정대상지역의 공고가 있은 날(이미 공고된 조정대상지역의 경우 2020. 6. 17.을 말한다. 이하 공고일 또는 2020. 6. 17.을 ’이 사건 기준일‘이라 한다)이 지난 후에 사업자등록등을 신청(임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함하며, 제7항 제7호에 따라 임대기간이 합산되는 경우는 멸실된 주택에 대한 신청을 말한다)한 조정대상지역에 있는 민간임대주택법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택’을 규정하고 있다.

  나) 한편, 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호의 위임에 따라 구 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 전문은 「소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다.」고 규정하고 있고, 같은 항 제1호는 「민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록을 이하 이 조에서 “사업자등록등”이라 한다.」고 규정하고 있다.

  다) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해서갛여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다고 할 것이다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

 2) 구체적 판단

  가) 이 사건 쟁점조항은 괄호 안에서 합산배제 임대주택에서 제외되는 대상으로 이 사건 기준일 이후 “임대할 주택을 추가하기 위한 등록사항의 변경신고를 포함”한다고 규정하고 있다. 이에 따르면, 법인 또는 법인으로 보는 단체가 이 사건 기준일 이전에 ‘사업자등록등’, 즉 소득세법이나 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록과 특정주택에 관하여 민간임대주택법상 임대사업자 등록을 모두 마쳤더라도 이 사건 기준일 이후 조정대상지역에 있는 주택을 임대할 주택으로 추가하기 위한 임대사업자 등록사항의 변경신고를 한 경우에 그 추가된 주택은 합산배제 임대주택에서 제외된다.

  나) 위 괄호 안 규정의 취지는 이 사건 기준일 이후에 조정대상지역에 있는 주택을 임대할 주택으로 추가하는 경우 그 주택을 합산배제 임대주택에서 제외하려는 것이다. 따라서 이 사건 기준일 이전 기존 민간임대주택법상 임대사업자 등록을 한 법인등이 이 사건 기준일 이후에 조정대상지역에 있는 주택을 임대할 주택으로 추가하기 위하여 임대사업자 등록사항의 변경신고를 한 경우의 그 변경신고 주택뿐만 아니라, 법인 등이 이 사건 기준일 이후에 조정대상지역에 있는 주택을 임대할 주택으로 하여 민간임대주택법상 임대사업자 등록을 신청한 경우의 그 신규 등록 주택도 당연히 합산배제 임대주택에서 제외된다고 해석함이 타당하다.

  다) 원고는 이 사건 기준일 이후인 2021. 12. 9.경 서구청장에게 조정대상지역에 있는 이 사건 오피스텔에 관하여 민간임대주택법상 장기일반민간임대주택으로 임대사업자 등록을 신청하였으므로, 이 사건 오피스텔은 이 사건 쟁점조항 중 위 괄호 한 규정에 따라 합산배제 임대주택에서 제외된다. 따라서 이 사건 쟁점조항의 “기준일이 지난 후에 사업자등록등을 신청한”의 의미에 관한 해석 여하를 떠나 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 법률불소급 원칙 위반 주장에 관하여

 1) 관련 법리

  조세법령에 있어 소급입법금지원칙인 소급입법 과세금지원칙은 그 조세법령의 효력발생 전에 완성된 과세요건사실에 대하여 당해 법령을 적용할 수 없다는 의미이다. 이는 납세의무가 존재하지 않았던 과거에 소급하여 과세하는 입법을 금지하는 원칙을 포함하는 것이다. 이러한 소급입법 과세금지원칙은 조세법률관계에서 법적 안정성을 보장하고 납세자의 신뢰이익의 보호에 기여한다. 따라서 새로운 입법으로 과거에 소급하여 과세하거나 또는 이미 납세의무가 존재하는 경우에도 소급하여 중과세하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 위반된다. 이는 비과세·세액감면·세액공제 등과 같은 조세우대조치가 축소·폐지되는 경우에도 적용된다고 할 것이다. 국가가 잠정적·시혜적으로 부여한 세제상의 특혜라고 하더라도 이미 완결된 사실 또는 법률관계에 대하여 개정 법령을 소급 적용함으로써 기존의 혜택을 박탈 또는 제한하는 것은 소급입법 과세금지원칙에 반하여 허용되지 아니한다. 소급입법은 신법이 이미 종료된 사실관계에 작용하는지, 아니면 현재 진행 중인 사실관계에 작용하는지에 따라 ‘진정소급입법’과 ‘부진정소급입법’으로 구분되고, 전자는 헌법적으로 허용되지 않는 것이 원칙이며 특단의 사정이 있는 경우에만 예외적으로 허용될 수 있는 반면, 후자는 원칙적으로 허용되지만 소급효를 요구하는 공익상의 사유와 신뢰보호의 요청 사이의 교량과정에서 신뢰보호의 관점이 입법자의 형성권에 제한을 가하게 된다(헌법재판소 2008. 5. 29. 선고 2006헌바99 전원재판부 결정 등 참조).

 2) 구체적 판단

  아래와 같은 근거와 이유로, 이 사건 처분이 ‘소급입법 과세금지원칙에 반하는 법령에 근거한 과세로서 위법하다’고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

  가) 이 사건 처분은 2024년 귀속 종합부동산세 과세기준일인 2024. 6. 1. 기준으로 이 사건 오피스텔이 합산배제 임대주택에 해당하지 않음을 전제로 이루어진 것이고, 그 법적 근거인 이 사건 쟁점조항은 비과세요건이 이미 충족된 과거의 사실 또는 법률관계에서 소급 적용된 것이 아니라, 그 시행일 이후로서 당시 진행 중인 비과세요건의 충족 여부와 관련된 사실 또는 법률관계에 적용된 것이다. 그러므로 이 사건 처분은 진정소급입법에 의한 과세라고 할 수 없다.

  나) 원고는 이 사건 기준일 이전부터 법인세법에 따른 부동산임대업 사업자등록 및 조정대상지역 내의 이 사건 오피스텔에 관하여 임대사업자 등록을 모두 마치고 부동산임대업을 영위해왔으므로, 조정대상지역 주택시장 과열을 방지하기 위한 정책의 실현으로 기존 단기민간임대주택으로 합산배제 임대주택에 포함되었던 민간임대주택까지 종합부동산세 과세표준 합산배제에서 제외되지는 않을 것이라는 신뢰를 가질 수 있다. 그러나 복잡·다양한 경제현상에 따라 신축적인 개정이 요구되는 조세법에서 조세 우대 조치란 잠정적인 것으로서 장래에 축소 내지 폐지되는 방향으로 개정될 수 있으리라는 것을 충분히 예측할 수 있으므로, 원고에게 그 존속에 대한 신뢰가 존재한다고 하더라도 신뢰보호 가치가 크다고 볼 수는 없고, 이러한 신뢰는 단순하 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음할 정도의 것으로서 헌법상 마땅히 보호하여야 할 정도의 것으로 보기 어렵다. 반면 임대주택시장의 안정화 도모, 투기수요 차단 등을 위한 위 구 종합부동산법 시행령 규정의 입법목적은 그 공익적 필요가 충분히 인정된다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.