주 문

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2015. ◯. ◯◯. 정보통신판매업(전자상거래) 등을 목적으로 설립된 회사이다.

 나. 이 사건 파트너계약 및 서비스계약

 1) 원고는 2021. ◯.경 주식회사 B(이하 'B'이라 한다)과 사이에, B은 원고를 위하여 '원고의 전자결제대행서비스를 이용할 가맹점 모집 및 유지를 위한 업무'를 대행하고, 원고는 B에게 그 대가로 전자지불 대행금액의 0.4%를 중개수수료(이하 '이 사건 중개수수료'라 한다)로 지급하는 내용의 'C 전자결제서비스 파트너계약(이하 '이 사건 파트너계약'이라 하고, 이 사건 서비스계약과 통틀어 '이 사건 각 계약'이라 한다)'을 체결하였다.

 2) 원고는 2021. ◯. ◯. B의 중개를 통해 주식회사 D(이하 'D'라 한다)와 사이에 원고가 D 인터넷쇼핑몰의 가맹점(이하 'D 가맹점'이라 한다)에 전자지불 대행서비스를 제공하고, D로부터 전자지불 대행금액의 0.5%를 수수료(이하 '이 사건 서비스수수료'라 한다)로 지급받는 내용의 'E 전자지불대행 표준 계약'(이하 '이 사건 서비스계약'이라 한다)을 체결하였다.

 다. 이 사건 매출세금계산서 및 매입세금계산서

 원고는 2021년 제2기 과세기간 중 D 가맹점에 전자지불 대행서비스를 제공하고, 전자지불 대행금액 1,035,740,788,203원에 대하여 ① D에게 이 사건 서비스수수료 5,17,703,941원(=1,035,740,788,203원×0.5%)에 대한 매출세금계산서(이하 '이 사건 매출세금계산서'라 한다)를 발행하고, ② B으로부터 이 사건 중개수수료2,797,556,503원(전자지불 대행금액의 0.4%)¹⁾에 대한 매입세금계산서(이하 '이 사건 매입세금계산서'라 한다)를 수취하였다.

 라. 이 사건 처분 등

   1) ◯◯◯세무서장은 B의 2022년 제2기 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 이 사건 매입세금계산서를 거짓세금계산서로 보고 2022. 10.경 B의 2021년 제2기 부가가치세를 경정하였다.

   2) 피고는 2024. ◯. ◯◯.부터 2024. ◯. ◯.까지 원고에 대하여 2021년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 원고가 B으로부터 수취한 이 사건 매입세금계산서를 '실제 용역의 거래 없이 수취한 것으로, 사실과 다른 세금계산서'로 보아 매입세액을 불공제하고 부당과소신고가산세를 적용하여 2024. ◯◯. ◯. 2021년 제2기 부가가치세 534,086,090원[= 본세 279,751,848원 + 부당과소신고가산세(본세의 40%)111,902,260원, 납부지연가산세 58,505,299원, 사실과 다른 세금계산서 수취가산세(공급가액의 3%) 83,926,695원]을 경정 · 고지하였다.

   3) 원고는 이에 불복하여 2024. ◯◯. ◯. ◯◯지방국세청에 이의신청을 하였고, ◯◯지방국세청장은 2025. ◯. ◯. 원고의 이의신청에 관하여 ① 이 사건 매입세금계산서가 허위가 아니라는 원고의 주장은 받아들이지 않았고, ② 다만, 이 사건 매입세금계산서 기재 중개수수료는 D가 B에 자금을 지원하기 위하여 설계된 것이고, 위 돈은 원고의 D에 대한 매출액으로 보기도 어려우므로, 위 금액 상당액은 원고의 매출에서 감액하여야 한다는 이유로, '2021년 제2기 과세기간중 원고의 D에 대한 매출을 재조사한 후 이 사건 매입세금계산서의 공급가액을 과세표준에서 차감하여 경정하라.'는 취지의 재조사결정을 하였다.

   4) 이에 피고는 위 후속절차로 2025. ◯. ◯◯.부터 2025. ◯. ◯◯.까지 원고에 대하여 2021년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 세목별 재조사를 실시한 후 결정일을 2025. ◯. ◯.로 하여 원고가 B으로부터 수취한 이 사건 매입세금계산서에 상당하는 원고의 D에 대한 매출 2,797,556,503원(공급가액)을 과세표준에서 제외하여 2021년 제2기 부가가치세 139,877,825원[= 사실과 다른 매입세금계산서 수취 가산세 83,926,695원(공급가액의 3%) + 매출세금계산서 과다발급 가산세 55,951,130원(공급가액의 2%)]을 경정 ·고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

   5) 한편, 원고는 ◯◯지방국세청장의 위 이의신청결정에 불복하여 2025. ◯. ◯◯. 국세청에 심사청구를 제기하였으나 국세청장은 2025. ◯. ◯◯. 이를 기각하였다.

   6) 원고는 2025. ◯. ◯◯. 이 사건 처분에 관하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2025. ◯◯. ◯◯. 원고가 동일한 처분에 대하여 심사청구를 제기한 후 심판청구를 중복하여 제기하였다는 이유로, 심판청구를 각하하였다(국세기본법 제55조 제1항, 제9항).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제7 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 당사자들의 주장

   1) 원고 주장의 요지

   원고는 이 사건 각 계약을 정상적으로 체결하였고, 위 계약에 따른 실제 매출및 매입에 따라 이 사건 매출 · 매입세금계산서를 발행하거나 수취하였다. 그럼에도 피고는 아무런 근거 없이 원고와 D, B 사이의 거래가 가공거래라는 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

   2) 피고 주장의 요지

   ① 이 사건 각 계약은 B과 D의 대표이사인 F의 폰지사기 행위를 위하여 이루어진 것인 점, ② B이 원고에게 용역을 제공한 내용이 확인되지 않는 점, ③ 원고는 D로부터 매출액의 0.5%의 수수료를 지급받는 반면, 원고가 단순히 소개비 명목으로 B에게 매출액의 0.4%나 되는 금액을 지급한다는 것은 이례적이고 상식에 반하는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 계약은 D가 원고를 통하여 B에게 자금을 지원하기 위하여 형식적으로 체결된 계약이므로, 이 사건 처분은 적법하다.

 나. 관련 법리

 과세처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에게 있다(대법원 2015. 11. 27. 선고 2014두2270 판결 등 참조). 다만 납세의무자가 발급하거나 수취한 세금계산서가 용역의 공급 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 용역의 공급 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

 다. 인정사실

   1) 원고의 대표이사 G은 금융업 등을 목적으로 설립된 주식회사 H(이하 'H'라 한다)의 대표이사로서 원고뿐만 아니라 H도 운영하고 있다. D는 2015. ◯◯. ◯. 포인트마일리지 사업을 목적으로, B은 2015. ◯. ◯. 전자지급결재대행업을 목적으로 각 설립된 회사로, F가위 회사들의 대표이사였다(D는 2022. ◯. ◯◯., B은 2024. ◯. ◯◯. 각 직권폐업되었다).

   2) F는 '주식회사 I, B, D를 운영하면서 "J 앱을 통해 공과금을 가상화폐로 납부시 납부일로부터 4일 후 투자원금 및 투자원금의 9%의 수익금을 돌려준다고 기망"하여 피해자들(D 가맹점)로부터 금원을 편취하였다.'는 등의 범죄사실로 사기죄 및 유사수신행위의처벌에관한법률위반죄로, ◯◯◯◯지방법원에 공소제기되어 2023. ◯◯. ◯. 유죄판결이 선고되고(◯◯◯◯지방법원 2022고단◯◯◯◯), F가 양형부당을 이유로 항소를 제기하였으나, 항소심법원(◯◯◯◯지방법원 2023노◯◯◯◯)은 2024. ◯. ◯◯. 직권파기사유를 이유로 제1심판결을 직권파기하고, 다시 유죄판결을 선고하였고, 이에 F가 상고를 제기하였으나, 기각되어(대법원 2024도◯◯◯◯) 2024. ◯. ◯◯. 유죄판결이 확정되었다(이하 ' 관련 형사판결'이라 한다). 관련 형사판결에서 인정된 F의 영업방식은 아래와 같다.

   3) 원고는 이 사건 각 계약에 따라 D로부터 지급받는 0.5%의 서비스수수료 중 0.4%를 중개수수료로 B에 지급하여야 했는데, B은 이 사건 중개수수료 채권을 H에게 양도²⁾하였고, 이에 따라 원고는 B에게 지급하여야 할 이 사건 중개수수료를 H에게 지급하였다. 이 사건 각 계약에 따른 구체적인 거래도는 아래 그림과 같다.

<그림 생략>

   4) 한편, D는 이 사건 매출세금계산서 기재 금액 5,696,574,335원(공급가액 5,178,703,941원 + 부가가치세 517,870,394원) 중 원고에게 실제로 지급한 금액은 2,500,168,299원(공급가액 2,272,880,271원 + 부가가치세 227,288,028원)으로 나머지 잔액 3,196,406,036원을 미지급하였다. 원고도 B(H)에게 이 사건 중개수수료 중 2,153,572,477원만을 지급하였고, 나머지 금액은 미지급하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제8, 17, 19호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 라. 판단

 살피건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 따라 인정할 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 이 사건 각 계약에 따른 용역의 공급이 실재하지 않는다는 사실이 상당한 정도로 증명되었다고 보기 어렵고, 달리 피고가 이에 대한 증명을 하고 있지 않다. 따라서 이 사건 매출세금계산서 및 매입세금계산서를 허위라고 보기 어렵다.

   ① 이 사건 서비스계약은 원고가 PG(결제대행사, Payment Gateway)사로서 D에게 결제대행서비스를 제공하고, 그 전자지불 대행금액의 0.5%의 수수료를 지급받는 것을 그 내용으로 한다. 그리고 실제로 이 사건 서비스계약에 따라 D의 고객들이 D에게 결제를 요청하는 경우 PG사인 원고의 계좌를 거쳐 위 고객들이 지정하는 D 관련 계좌로 결제금액이 입금되고, 원고는 그 금액 중 0.5%의 수수료를 D로부터 지급받는 방식으로 이 사건 서비스계약이 이행되었다. 이와 같은 이 사건 서비스계약은 일반적인 PG사를 활용한 거래방식과 특별히 다를게 없고, 원고와 D 사이의 실제 거래관계에 비추어 볼 때 이 사건 서비스계약서의 내용과 다른 방식으로 거래가 이루어졌다고 보기 어려우며, 피고가 제출한 증거만으로 이 사건 서비스계약이 형식적으로 체결된 것에 불과하다고 인정하기 어렵다. 따라서 이 사건 서비스계약에 따라 발행된 이 사건 매출세금계산서도 허위의 세금계산서라고 볼 수 없다.

   ② 이 사건 파트너계약은 B이 원고에게 원고의 결제대행서비스를 이용할 가맹점을 제공하고, B은 원고로부터 그 가맹점의 매출액의 0.4%를 중개수수료로 지급받는 것을 그 내용으로 한다. 그리고 실제로 B은 원고에게 D를 원고의 결제대행서비스를 이용할 가맹점으로 제공하였고, 원고는 D를 통한 매출액의 0.4%에 해당하는 수수료를 B(B의 채권을 양도받은 H)에게 지급하였다. 그런데 피고는 원고와 B은 이 사건 파트너계약을 형식적으로 체결한 다음, 실제로 원고가 B으로부터 용역 등을 제공받은 사실이 없음에도 마치 이 사건 파트너계약에 따른 용역을 제공받은 것처럼 가장하여 허위의 매입세금계산서를 수취하였다는 취지로 주장한다. 그러나 아래와 같은 사정들을 종합하여 볼 때 이 사건 파트너계약이 형식적으로 체결되었다고 볼 수 없고, 그에 따른 이 사건 매입세금계산서도 허위의 세금계산서라고 볼 수는 없다.

     ㉠ 원고의 대표이사 G은 이 사건과 관련한 조세범칙사건 조사 과정에서 'B은 H에 채무가 있었다. B과 D 대표인 F가 저에게 A은 대량전자지급결제시스템을 가지고 있으니 D에서 발생된 자금을 A의 대량전자지급결제시스템을 이용하여 대량 송금해 주면 송금액의 0.5%를 수수료로 준다고 하였고, 이에 대해 D로부터 0.5%의 수수료를 받으면 B에 0.4%의 수수료를 내려주라고 하였다. 이에 저는 실제 0.1%의 수수료만 받아도 수익이 좋다고 생각을 했고, B이 D에 원고를 소개한 것이므로, 이에 대한 수수료로 0.4%를 주는 것이라고 F가 얘기하여 제 입장에서는 0.1%의 수수료도 상당한 수익이었기에 이를 마다할 이유가 없었다.'고 진술하였다. 이와 같은 G에 진술에 의하더라도 B 및 D의 대표인 F와 구체적인 협의를 거쳐 'B이 D와 원고 사이의 거래를 중개하였으므로, 그 수수료 명목으로 0.4%를 B에게 지급하는 계약을 체결한 것이라는 것일 뿐, 그 외 G의 진술에서 이 사건 파트너계약이 형식적으로 체결되었다거나 허위의 계약이라고 해석할 만한 내용은 찾아볼 수 없다. 따라서 G의 위와 같은 답변을 근거로 B이 원고에게 이 사건 파트너계약에 따른 용역을 제공하지 않았다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 보기 어렵다.

     ㉡ F는 이 사건과 관련하여 2024. ◯. ◯. 및 2024. ◯. ◯◯. 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄로 ◯◯◯◯지방검찰청에서 조사를 받았는데, 'B과 D는 별개의 회사로서 B이 원고에게 자신의 가상계좌를 사용하는 D라는 가맹점을 중개해 주었기 때문에 B은 원고가 D로부터 받는 가상계좌 수수료 0.5% 중 0.4%를 원고로부터 중개수수료로 받고 원고는 0.1%만 순이익으로 가져가는 것이다.', 'PG사가 원고 전에는 'N'와 O로서 D 구매자금을 N나 O의 가상계좌를 사용하여 이체하고서 수수료를 주었고 B은 N나 O한테서 D라는 가맹점을 모집하는 수수료를 받고서 원고처럼 세금계산서를 발행하였다. 대구지방국세청 조사과가 O과 동일한 구조로 거래하였음에도 원고와의 거래만 허위세금계산서라고 판단한 것은 논리적으로 맞지 않다.'는 취지로 진술하였다. F의 위 진술 역시도 이 사건 각 계약에 따라 원고, D, B이 각 거래를 한 것이므로, 이 사건 각 계약은 실체가 있는 계약이라는 취지일 뿐, 이 사건 각 계약이 형식에 불과하다는 취지의 진술로는 볼 수 없다.

     ㉢ 피고는 B이 원고에 대한 이 사건 중개수수료 채권을 H에 양도하는 내용의 채권양도계약(이하 '이 사건 채권양도계약'이라 한다)을 체결한 것은, D가 원고를 통하여 B에게 자금을 지원하기 위하여 형식적으로 체결된 것일 뿐이므로, 이 사건 채권양도계약이 허위라는 취지로도 주장한다. 그러나 이 사건 채권양도계약에 따라 원고는 B이 아닌 H에게 이 사건 중개수수료를 지급하였고, 달리 이 사건 각 계약에 따른 돈이 B에게 지급된 자료는 찾아볼 수 없으므로, 이 사건 각 계약이 B에게 자금을 지원하기 위한 것이라고 볼 수는 없고, 피고가 제출한 증거만으로 이 사건 채권양도계약이 허위라고 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

     ㉣ 피고는, 원고가 이 사건 서비스계약에 따른 수수료 5,178,703,941원 중 일부를 지급받지 못하였다고 하더라도 이 사건 파트너계약은 이와 별개의 계약이므로, B에게는 전자지불대행금액(1,035,740,788,203원)의 0.4%인 4,142,963,153원을 전부 지급하고 매입세금계산서를 수취하여야 하나, 'H가 B에 가진 채권액³⁾과 유사한 금액인 2,500,168,299원만을 이 사건 중개수수료로 지급하였으므로, 이 사건 각 계약은 범죄자금을 빼돌리기 위한 가장거래로 보아야 한다는 취지로도 주장한다. 그러나 이 사건 각 계약은 별개의 계약이기는 하나, 실제 이 사건 각 계약에 따른 거래의 내용을 보면, 원고가 D로부터 전자지불대행금액의 0.5%의 수수료를 지급받은 다음, 이 사건 파트너계약에 따른 중개수수료 0.4%의 지급이 가능한 구조로 보이고, 원고가 D로부터 이 사건 서비스계약에 따른 수수료를 지급받지 못하였음에도 B에게 중개수수료를 지급하는 것을 기대하기는 어려운 상황으로 보인다. 따라서 원고는 D로부터 이 사건 서비스계약에 따른 수수료 중 일부를 지급받지 못함에 따라 B(H)에게도 일부 중개수수료를 지급하지 않은 것으로 보일 뿐, D로부터 원고가 지급받은 금액이 H의 B에 대한 채권액과 비슷하다는 이유만으로 이 사건 각 계약이 범죄자금을 빼돌리기 위한 가장계약에 해당한다고 인정하기는 어렵다.

     ㉤ 그 외 피고가 제출한 증거만으로 이 사건 파트너계약이 허위 또는 형식적인 계약에 불과하다고 보기 어렵고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 또한 원고나 B이 이 사건 각 계약에 따른 용역을 수행하지 않았다고 볼 아무런 근거가 없고, B파트너, B, 원고 사이의 실제 거래내역 등 그 실질을 보더라도 이 사건 각 계약에서 정한 내용과 다르다고 볼 수도 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.