주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 4. 7. 원고에 대하여 한 2013년 귀속 종합소득세 1,458,263,560원, 2014

년 귀속 종합소득세 1,823,042,480원, 2015년 귀속 종합소득세 1,953,961,030원에 관한

경정 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. ㅇㅇ 주식회사 ㅇㅇ(이하 ‘ㅇㅇ’)ㅇㅇ 주식회사 ㅇㅇ산업(이하 ‘ㅇㅇ산업’)의 실질적 운영자이었다.

 나. ㅇㅇ지방국세청장은 2016. 1. 22.부터 2016. 4. 30.까지 ㅇㅇ에 대하여

조세범칙조사를 실시한 결과, 원고가 해외에 페이퍼컴퍼니를 설립한 후 동일한 재화를 가지고 수출과 수입을 반복하는 이른바 ‘뺑뺑이 무역’을 통해 외화를 유출하는 과정에 조세를 포탈하고 허위 또는 가공의 세금계산서를 발급함으로써 조세범처벌법 제3조, 제10조 등을 위반한 것으로 보고 원고, ㅇㅇ, ㅇㅇ산업을 검찰에 고발하는 한편, ㅇㅇ이 2013년 1기부터 2015년 1기까지의 부가가치세 과세기간 동안, ㅇㅇ산업이 2014년 2기 부가가치세 과세기간 동안 각 실물거래 없이 세금계산서를 발급ㆍ수취하였다고 보아 위 세금계산서들을 가공세금계산서로 확정하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.

 다. 이에 피고는 그 자료를 기초로 아래 표 기재와 같이 ㅇㅇ과 ㅇㅇ산업의 가공매입금액 또는 페이퍼컴퍼니를 통한 외화유출 금액이 모두 사외유출된 것으로 보고, 2016. 5. 10. 위 회사들에 대하여 해당 금액을 대표자인 원고에게 상여로 귀속하는 소득금액변동 통지를 하였으나 위 회사들이 이에 관한 원천징수의무를 이행하지 아니하자, 2016. 10. 1. 원고에게 2013년 귀속 종합소득세 1,458,263,560원, 2014년 귀속 종합소득세 1,823,042,480원, 2015년 귀속 종합소득세 1,953,961,030원을 결정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 각 부과처분’).

 라. 한편, 원고는 2019. 7. 19. 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄 및 조세범처벌법위반죄로 징역 6월 및 벌금 180,000,000원의 유죄판결을 선고받았다(ㅇㅇ 2018고합12). 그 판결에 대한 원고와 검사의 쌍방 항소로 계속된 항소심의 법원은 2021. 9. 30. 일부 무죄의 취지로 제1심 판결을 파기하고, 원고에 대하여 징역 4월 및 집행유예 1년을 선고하였고(ㅇㅇ고등법원 2019노314, 이하 ‘관련 형사판결’), 위 판결은 2021. 10. 8. 그대로 확정되었다.

 마. 원고는 2022. 1. 4. 피고에게 ‘ㅇㅇ이 2014. 6. 9. ㅇㅇ과 ㅇㅇ산업의 사무실에서 장부 및 각종 증거서류를 압수하였는데, 2021. 10. 28. 위 압수와 관련한 형사 판결이 확정되어 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’) 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제3호의 후발적 경정사유가 발생하였다‘고 주장하며 이 사건 각 부과처분을 취소하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’)를 하였다. 이에 대하여 피고는 2022. 4. 7. ‘원고의 주장은 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다’는 이유로 위 경정청구를 각하하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’).

 바. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2022. 7. 7. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 1. 원고의 청구를 기각하였다.

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 8, 9, 18호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함), 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 규정 및 법리

 가. 관련 규정

   1) 국세기본법 제45조의2 제1항이, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내(다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 법정신고기한이 지난 후 5년 범위 안에서 해당 처분이 있음을 안 날로부터 3개월 이내)의 제한된 기간 안에 최초신고, 수정신고, 기한 후 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있는 경정청구 제도를 규정한 것과 달리, 같은 조 제2항은 법정신고기한을 기준으로 한 기간의 제한 없이 ‘각 호 규정의 후발적 사유’가 발생한 경우 그 사유 발생을 안 날부터 3개월 이내 결정 또는 경정을 청구할 수 있는, 소위 ‘후발적 사유에 기한 경정청구’ 제도를 규정하고 있다. 위 제2항 각 호는 그 후발적 경정사유로 ① 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때(제1호), ② 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때(제2호), ③ 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때(제3호), ④ 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때(제4호), ⑤ 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때(제5호)를 들고 있다. 그 위임에 따른 국세기본법 시행령 제25조의2는 국세기본법 제45조의2 제2항 제

5호에서 ‘대통령령으로 정하는 사유’로 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우’(제3호), ‘제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우’(제4호) 등을 들고 있다.

   2) 위 규정을 포함한 관련 법령은 [별지] 기재와 같다.

 나. 관련 법리

   후발적인 사유에 기한 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정이 있은 후 납세의무자가 자신의 임의적 의사와는 관계없이 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경사유가 발생한 경우 납세자의 보호와 권리구제를 확대하기 위하여 예외적으로 허용한 특별규정으로서, 일반적인 경정청구와 달리 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자에게도 허용되고, 일반적인 경정청구기간의 제한을 받지 않으므로, 국세기본법 제45조의2 제2항 및 같은 법 시행령 제25조의2 각 호의 후발적 경정사유에 해당하는지를 판단함에 있어서는 후발적 경정청구 제도의 취지와 특성을 고려할 필요가 있다. 그리고 납세의무자가 납세의무 성립 후 후발적 사유가 발생하여 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생겼다는 이유로 부과된 세액을 감액 경정하여 줄 것을 과세관청에게 청구하는 경우, 당초 과세표준 결정 등의 근거를

이루는 사실관계 등이 다른 것으로 변동되었다는 점, 즉 후발적 경정청구 사유가 일응 존재한다는 점에 대해서는 조문의 구조나 증거의 편재 등에 비추어 볼 때 납세의무자가 이를 주장하고 증명하여야 한다고 보는 것이 타당하다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결, 대법원 2017. 9. 7. 선고 2017두41740 판결 등 참조).

3. 원고의 주장과 이에 관한 판단

 가. 주위적 주장에 관하여

   1) 주장의 요지

     원고는 이 사건 각 부과처분 관련 종합소득세의 법정신고기한 전에 매입매출장 등 장부를 비롯한 각종 회계 서류들이 압수되어 원고의 종합소득세 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었다. 이후 관련 형사판결에서 압수한 서류 및 물품에 대한 몰수가 선고되지 아니하여 형사소송법 제332조에 따라 위 압수된 각종 회계 서류들에 대한 위 압수가 해제된 것으로 간주되어 ‘압수로 인한 과세표준 및 세액 산정의 법적 불능상태’가 소멸되었고, 관련 형사판결에서 인정된 사실관계와 현출된 소송자료 등에 의하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었던 사유가 해소되었다. 따라서 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제3호의 후발적 경정청구사유가 발생하였음에도 이 사건 경정청구를 각하한 이 사건 거부처분은 위법하다.

   2) 판단

     앞서 든 증거, 갑 제1, 2, 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음의 사정들을 종합하면, 이 사건 경정청구에 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제3호에서 정한 후발적 경정청구사유가 있다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

     가) 앞서 본 국세기본법령의 내용 및 관련 법리에 비추어 보면, 과세처분에 대한 후발적 경정청구는 과세표준의 신고 또는 과세표준 및 세액의 결정이 있은 후 납세의무자의 의사와 관계없이 국세의 과세표준 및 세액의 기초가 된 사실에 중대한 변경이 있어 기존 과세처분이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우 납세자의 구제를 위하여 마련된 제도로서, 기존 과세처분의 근거가 된 과세표준 및 세액의 산정이 잘못되었음이 증명되어야 하고, 나아가 이러한 후발적 사유에 기초하여 정당한 과세표준 및 세액을 다시 산정할 수 있어야 한다. 따라서 국세기본법 시행령 제25조의2 제3호의 ‘최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우’는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자가

최초신고 등이 이루어질 당시에 장부 등이 압수되거나 압수 등의 사유로 과세표준이나 세액을 산출할 수 없어서 개별 조세실체법에 따른 납세의무가 일단 성립하였으나, 이후 그 해당 사유가 소멸함에 따라 과세표준 및 세액을 계산할 수 있게 되었고, 그 계산결과 당초의 과세처분이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 뜻한다고 해석함이 타당하다. 즉, 위 규정에서 ‘소멸’이란 압수물의 환부, 압수의 해제 등 위 조항에 규정된 사유가 없어지는 것만으로는 부족하고, 그 결과 정당한 과세표준 및 세액을 계산할 수 있는 상태가 될 것까지 요구된다.

     나) ㅇㅇ이 2014. 6. 9. ㅇㅇ 사무실에서 원고 등에 대한 관세법위반 등 피의사건에 관하여 ㅇㅇ의 매입ㆍ매출장, 거래명세서, 세금계산서 등의 서류를 압수하였고, 원고는 현재까지 압수된 위 서류들을 환부 받지 못하였다. 따라서 원고는 여전히 원고의 2013년 내지 2015년 종합소득세의 과세표준이나 세액을 산정할 수 없는 상태이다. 이는 관련 형사재판에서 압수물에 대한 몰수의 선고가 없어 형사소송법 제332조에 따라 위 ㅇㅇ의 압수가 해제된 것으로 간주되더라도 마찬가지이다.

     다) 원고는 ‘관련 형사판결에서 인정된 사실관계와 현출된 소송자료 등에 의하여 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었던 사유가 해소되었다’는 취지를 주장하나, 관련 형사판결은 범죄사실의 인정에 요구되는 엄격한 증거 법칙과 합리적인 의심이 없는 정도의 증명을 고려하여 검사가 제출한 증거들만으로는 원고가 운영하는 ㅇㅇ 및 ㅇㅇ산업이 실제 재화나 용역을 공급하지 아니한 채 허위의 세금계산서를 발급하였다거나, 실제 재화나 용역을 공급받지 아니한 채 허위 세금계산서를 수취하였다는 점에 관한 증명이 부족하다는 이유로 원고에 대한 허위 세금계산서 발급ㆍ수취의 점 중 일부에 관하여 무죄로 판단하였을 뿐 이 사건 각 부과처분 관련 납세의무의 존부나 범위에 관한 구체적인 사실이 인정되었거나 그에 대한 판단은 이루어지지 아니하였다. 따라서 관련 형사판결에서 인정된 사실관계와 확보된 소송자료만으로는 원고의 2013년 1기부터 2015년 1기까지의 종합소득세의 과세표준이나 세액을 산정할 수 있다고 보기 어려우므로, 관련 형사판결로써 원고가 이 사건 각 부과처분의 과세표준 및 세액 계산을 할 수 없었던 사유가 소멸하였다는 점이 증명되었다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

 나. 예비적 주장에 관하여

   1) 주장의 요지

     피고는 수사기관으로부터 과세자료를 교부받아 과세표준 및 세액 계산에 장애가 없는 상태에서 이 사건 부과처분을 한 반면, 원고만이 수사기관의 압수로 이러한 자료를 확보하지 못하여 과세표준 및 세액을 제대로 계산할 수 없거나 소명자료를 제출할 수 없었던 부득이한 사유가 존재하였다. 이후 관련 형사소송 계속 중 객관적인 과세자료를 확보하고, 원고 주장이 일부 사실로 인정됨으로써 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었던 사유가 해소되었다. 따라서 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2 제4호의 후발적 경정청구사유가 발생하였음에도 이 사건 경정청구를 각하한 이 사건 거부처분은 위법하다.

   2) 판단

     앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고 주장과 같이 과세표준 및 세액을 제대로 계산할 수 없거나 소명자료를 제출할 수 없었던 부득이한 사유가 해소되었다는 사정이 국세기본법 시행령 제25조의2 제3호에 유사한 사유에 해당하기 위하여는 정당한 과세표준 및 세액을 다시 산정할 수 있게 되어야 한다.

     살피건대, 관련 형사판결에서 인정된 사실관계와 확보된 소송자료만으로 원고의 2013년 1기부터 2015년 1기까지의 종합소득세의 과세표준이나 세액을 산정할 수 있다고 보기 어렵다는 점은 위 가. 2)의 다)에서 본 바와 같으므로, 설령 원고가 주장하는 사정이 압수에 준하는 ‘부득이한 사유’에 해당하더라도 관련 형사판결로써 위 부득이한 사유가 해소되었다는 점이 증명되었다고 볼 수 없다.

     따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

 다. 소결론

   이 사건 경정청구에 후발적 경정청구사유가 존재하지 않으므로, 피고의 이 사건 거부처분은 적법하다(후발적 경정청구사유가 인정되지 아니한 이상 이 사건 각 부과처분의 근거과세 및 실질과세 원칙 위반에 관한 원고의 주장은 더 나아가 판단하지 아니한다).

4. 결론

 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지]

관계 법령

■ 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것)

제45조의2(경정 등의 청구)

① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준

신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

 1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)

이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

 2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등

이 그에 관한 제7장에 따른 심사청구, 심판청구, 「감사원법」에 따른 심사청구에 대한 결정이나 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

 2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

 3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 된 과세표준 및 세액과 연동된 다른 세목(같은 과세기간으로 한정한다)이나 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정한다)의 과세표준 또는 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 또는 세액을 초과할 때

 5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때

■ 국세기본법 시행령

제25조의2(후발적 사유)

법 제45조의2 제2항 제5호에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 제1호부터 제3호까지의 규정과 유사한 사유에 해당하는 경우