1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2024. 4. 1. 원고에게 한 2021년 제1기분 부가가치세 ×××,×××,×××원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차 도소매업 등을 영위하는 법인이다. 원고는 2021년 제1기 및 제2기에 중국으로부터 수입한 전기버스 각 50대, 합계 100대를 여객자동차 운송사업자 등에게 공급하고, 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제9호의2(이하 ‘이 사건 특례규정)의 부가가치세가 면제되는 재화의 공급에 해당한다고 보아 2021년 제1기 공급가액 17,160,000,000원, 2021년 제2기 공급가액 156,580,000,000원의 세금계산서를 발급하였다.

나. 피고는 원고에 대한 법인 통합조사를 실시한 결과, 위 전기버스 100대 중 76대(＝ 2021년 제1기 47대 + 2021년 제2기 29대)가 이 사건 특례규정 가목의 요건을 갖추지 못하여 부가가치세가 과세되는 재화의 공급에 해당한다고 보고, 2024. 4. 1. 원고에게 2021년 제1기분 부가가치세 646,542,000원(세금계산서미발급가산세 292,908,946원 등 가산세 포함), 2021년 제2기분 부가가치세 123,824,060원(세금계산서미발급가산세 181,418,181원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).

다. 원고는 불복하여 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2025. 10. 2. 당초 처분 중 세금계산서미발급가산세를 제외하여 경정한다는 결정을 받았다. 이에 따라 피고는 당초 처분 중 세금계산서미발급가산세 부분을 환급하였다(이하 당초 2021년 제1기분 부가가치세 646,542,000원 부과처분 중 세금계산서미발급가산세 292,908,946원 부분을 제외한 나머지를 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 특례규정 가목은 ‘구 환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률(2025. 10. 1. 법률 제21065호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 친환경자동차법‘이라 한다) 제2조 제2호 각 목의 요건을 갖춘 자동차’라는 요건을 규정하고 있다. 이는 ‘구 친환경자동차법 제2조 제2호 각 목의 요건을 하나라도 갖춘 자동차’라고 해석된다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 규정 및 법리

1) 구 조세특례제한법 제106조 제1항은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다’고 규정하면서, 제9호의2(이 사건 규정)에서 ‘다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 버스’를 규정하고, 각 목에서 ‘구 친환경자동차법 제2조 제3호에 따른 전기자동차 또는 같은 조 제6호에 따른 수소전기자동차로서 같은 조 제2호 각 목의 요건을 갖춘 자동차(가목)’, ‘여객자동차 운수사업법 및 같은 법 시행령에 따른 시내버스 및 마을버스 운송사업용으로 공급하는 버스(나목)’를 들고 있다. 구 친환경자동차법 제2조 제2호는 ‘환경친화적 자동차란 제3호부터 제8호까지의 규정에 따른 전기자동차, 태양광자동차, 하이브리드자동차, 수소전기자동차 또는 대기환경보전법 제46조 제1항에 따른 배출가스 허용기준이 적용되는 자동차 중 산업통상자원부령으로 정하는 환경기준에 부합하는 자동차로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 자동차 중 산업통상자원부장관이 환경부장관과 협의하여 고시한 자동차를 말한다’고 규정하면서, 각 목에서 ‘에너지소비효율이 산업통상자원부령으로 정하는 기준에 적합할 것 (가목)’, ’대기환경보전법 제2조 제16호에 따라 환경부령으로 정하는 저공해자동차의 기준에 적합할 것(나목)‘, ’자동차의 성능 등 기술적 세부 사항에 대하여 산업통상자원부령으로 정하는 기준에 적합할 것(다목)‘을 들고 있다.

2) 법은 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력이 있는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는, 가능한 한 법률에 규정된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다(대법원 2026. 6. 24. 선고 2025두35727 판결 등 참조).

다. 구체적 판단

다음과 같은 이유로 이 사건 특례규정 가목은 ‘구 친환경자동차법 제2조 제2호 각̇목̇의̇요̇건̇을̇모̇두̇갖̇춘̇자̇동̇차̇’를 의미한다고 해석함이 타당하고, 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

1) 사전적으로 ‘각(各)’은 ‘낱낱의’를 의미하고, ‘낱낱’은 ‘여럿 가운데의 하나하나’를 의미한다(국립국어원 표준국어대사전 참조). 이러한 사전적 의미 및 문언에 의하면, 여러 목에서 정하는 요건을 모두 갖추어야 ‘각 목의 요건을 갖춘 자동차’에 해당할 수 있다.

2) 이 사건 특례규정 가목에서 인용하는 구 친환경자동차법 제2조 제2호는 ‘환경친화적 자동차’의 정의 규정으로서, 각 목은 자동차에서 사용하는 단위 연료에 대한 주행거리를 의미하는 에너지소비효율1)(가목), 저공해자동차의 일산화탄소, 질소산화물, 탄화수소 등의 배출허용기준2)(나목), 전기자동차의 1회 충전 주행거리 등 기술적 세부사항3)(다목)에 관하여 규정하고 있다. 위와 같이 각 목에서 정하는 요건은 ‘환경친화적자동차’라는 표지의 필수적 요소이다.

3) 이 사건 특례규정은 전기 또는 수소를 이용하는 시내버스 및 마을버스(이하 ‘전기버스’라 한다)의 보급을 촉진함으로써 국민 생활환경의 향상을 도모하고 국가경제에 이바지함에 그 목적이 있다. 그런데 이 사건 특례규정 가목을 ‘구 친환경자동차법 제2조 제2호 각 목의 요건을 하나라도 갖춘 자동차’라고 해석할 경우, 예를 들어 같은 호 다목에 따른 기술적 요건만 갖추었을 뿐 에너지소비효율이 떨어지고 저공해자동차 배출허용 기준에 부적합하여 결과적으로 에너지 소비구조 개선을 통한 국가경제 발전 및 대기질 개선과 탄소중립을 통한 국민 생활환경의 향상에 아무런 보탬이 되지 않는 전기버스도 부가가치세 면세 대상이 되어 이 사건 특례규정의 입법 취지에 반한다.

4) 구 친환경자동차법 제2조는 제1호에서 ‘자동차’를 ‘다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자동차 또는 건설기계로서 대통령령으로 정하는 것’이라고 정의하고, 제10호에서 ‘환경친화적 자동차 관련기업’을 ‘환경친화적 자동차와 관련된 사업을 영위하는 기업으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업’이라고 정의하고 있는 반면, 제2호에서는 ‘환경친화적 자동차’를 정의하면서 ‘다음 각 목의 요건을 갖춘 자동차’라고 규정하고 있다. 관련 규정의 체계적 구조와 문언에 비추어 보더라도, 구 친환경자동차법 제2조 제2호 및 이를 인용하는 이 사건 특례규정 가목의 ‘각 목의 요건을 갖춘 자동차’는 ‘각 목의 요건을 모두 갖춘 자동차’라고 해석함이 상당하다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.