1. 처분개요

가. 청구인은 2002.1.16.부터 2024.1.7.까지 서울 성동구 OOO에서 “A”라는 상호로 식육 도매업을 영위한 개인 면세사업자이다.

나. 청구인은 2016년 중 B로부터 공급가액 OOO원의 계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 수취하여 이를 필요경비에 산입하는 등으로 2016년 귀속 종합소득세를 신고하였다.

다. 중랑세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 B에 대하여 조세범칙조사(자료상 조사)를 실시한 결과 쟁점계산서를 실물거래 없이 발급된 거짓계산서로 보아 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점계산서 상당액을 필요경비에서 부인하여 2025.8.7. 청구인에게 2016년 귀속 종합소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2025.11.5. 이의신청을 제기하였으나 서울지방국세청장은 2026.1.23. 이를 기각하였고, 청구인은 2026.4.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

 청구인이 2016년 중 ㈜C, D, E(이하 “쟁점거래처들”이라 한다)에 발급한 계산서의 공급가액 중 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)은 실제 재화의 공급 없이 장부상으로만 과다하게 계상된 것이므로, 이를 2016년 귀속 종합소득세 과세표준의 기초가 되는 수입금액에서 제외하여 소득금액 및 결정세액을 다시 산정하여야 한다.

 (1) 계산서는 재화 또는 용역의 공급을 전제로 발급 의무가 있는 것이므로(｢소득세법｣ 제163조 제1항), 면세사업자인 청구인의 경우에도 계산서 발급의 대상이 되는 거래는 실제 재화의 공급이 있었는지를 전제로 판단하여야 하고, 실질적인 공급 없이 장부상으로만 계상된 매출액이 수입금액에 당연히 포함된다고 단정하기 어렵다.

 법원도 재화나 용역의 공급 없이 매출세금계산서만을 작성·교부한 가공거래의 매출액은 과세표준에서 제외되어야 한다고 판시하고 있고(대법원 2013.5.9. 선고 2010두24449 판결 참조), 조세심판원도 가공거래의 경우 수입금액이나 소득을 얻은 바가 없어 종합소득세 납세의무가 존재하지 아니한다고 판단한 바 있다(조심 2016전2662, 2016.10.20. 참조).

 (2) 청구인이 제출한 자료는 과다계상 여부를 판단하기 위한 기초자료로서 검토될 필요가 있다. 청구인이 제출한 거래처별 금융거래내역과 내부 관리자료는 실제 입금액과 장부상 매출액 사이의 차이를 보여주는 자료이고, 그 자체만으로 모든 사실관계가 확정되지 않더라도 거래처별 차이금액의 발생 경위와 대응관계를 다시 살펴보는 것이 합리적인 심리이다. 다만, 이 건은 이미 상당한 기간이 경과한 2016년 귀속 거래를 대상으로 하는 사안이어서 현재 시점에서 매출처별 확인서 등 추가 자료를 확보하는 데 현실적인 한계가 있으므로, 확인서가 제출되지 아니하였다는 사정만으로 청구주장을 배척할 것은 아니다.

 (3) 2016년 당시 도매 및 소매업(산업용 농축산물 및 산동물 도매업)의 단순경비율은 95.8%인 반면 이 건 경정에 따른 경비율은 87.86%로서 이를 소득률로 환산하면 12.14%에 이르는바, 일반적인 도소매업의 소득률에 비하여 지나치게 높은 수치라는 점도 매출액이 과다계상되어 있다는 방증이 될 수 있다.

 (4) 따라서, 쟁점금액은 실제 재화의 공급 없이 과다하게 계상된 매출액에 해당하므로 수입금액에서 제외되어야 한다.

나. 처분청 의견

 (1) 청구인은 자신의 주장을 입증할 수 있는 구체적인 내역과 확인서 등을 제출한 사실이 없고, 실제 수입금액이라고 주장하는 금액은 금융거래내역 및 자체 관리프로그램을 단순 편집한 것이어서 그 진위 여부를 판단하기 어렵다.

 (2) 또한, 단순히 수입금액 대비 경비율이 높다는 이유만으로 수입금액이 과다계상되었다고 보는 것은 개별 업체의 사정이 다를 수 있음을 간과한 주장으로 이유 없다. 조세심판원도 가공매입액을 제외한 나머지 부분의 장부 및 증빙서류가 허위이거나 소득금액의 산정이 불가능한 것이 아닌 경우에는 단순히 수입금액 대비 소득률이 높다는 이유만으로 소득금액을 추계조사방법에 의하여 결정하기는 어렵다고 판단한 바 있다(조심2012중2502, 2012.8.13. 참조).

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

 쟁점금액(OOO원)은 실제 재화의 공급 없이 과다계상한 매출이므로 2016년 귀속 수입금액에서 제외하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법률

 (1) 소득세법

제24조(총수입금액의 계산) ① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제80조(결정과 경정) ③ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 해당 과세기간의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 경우에는 즉시 그 과세표준과 세액을 다시 경정한다.

제160조(장부의 비치·기록) ① 사업자(국내사업장이 있거나 제119조제3호에 따른 소득이 있는 비거주자를 포함한다. 이하 같다)는 소득금액을 계산할 수 있도록 증명서류 등을 갖춰 놓고 그 사업에 관한 모든 거래 사실이 객관적으로 파악될 수 있도록 복식부기에 따라 장부에 기록·관리하여야 한다.

제163조(계산서의 작성·발급 등) ① 제168조에 따라 사업자등록을 한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서등”이라 한다)을 작성하여 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다. (후단 생략)

다. 사실관계 및 판단

 (1) 제출된 조세범칙조사 보충조서에 따르면, B는 2013년 제1기부터 2016년 제2기까지의 과세기간 동안 실제 재화나 용역의 공급 없이 가공 매출계산서 OOO원(1,042건)을 발행한 것으로 조사되었고, 청구인에 대하여 발행한 계산서는 2016년 제1기 OOO원, 2016년 제2기 OOO원으로서 미소명을 이유로 실물거래 없는 거짓계산서로 분류된 것으로 나타난다.

 (2) 청구인이 2016년 중 쟁점거래처들에 발급한 계산서 18건의 작성일자별 공급가액은 아래와 같다(계산서는 매월 말일을 작성일자로 하여 1매씩 발급되었다).

○○○

 (3) 제출된 심리자료에 따르면, 쟁점거래처들의 사업자등록 현황은 아래와 같이 확인된다.

○○○

 (4) 청구인은 쟁점거래처들에 대한 실제 매출액을 밝히는 자료로 ①자신 명의 예금계좌의 금융거래내역과 ②자체 관리프로그램의 매출 거래명세서 목록을 제출하였는바, 이를 청구인의 장부상 매출액(전표조회내역)과 대비하면 아래와 같다.

○○○

 (5) ㈜C에 관하여, 청구인이 제출한 금융거래내역상 2016년 중 입금액은 OOO원인데, 여기에 2017.1.4. 입금된 OOO원 및 OOO원을 더한 OOO원이 실제 매출액이라는 것이 청구인 주장이다. 한편, 청구인은 2017.1.21. 입금된 OOO원은 2017년 1월 매출분에 대한 것이라고 주장한다.

 (6) E에 관하여, 청구인은 2016.1.14. 입금액 OOO원 중 OOO원은 2015년 12월 매출분이고, 2016.5.30. 입금액 OOO원에는 2016년 6월 매출분이 포함되어 있다고 주장한다. 한편, D에 관하여는 자체 관리프로그램 출력자료가 제출되지 아니하였다.

 (7) 제출된 심리자료에 따르면, 육류 도매업(코드 512223)의 경비율은 아래와 같은 것으로 나타난다.

○○○

 (8) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점금액이 쟁점거래처들에 실제 재화의 공급 없이 과다계상한 매출이라고 주장하나, 쟁점거래처들에 대한 계산서는 청구인 스스로 작성·발급한 것으로 그 지배영역에 속하여 구체적인 사정을 알고 있었을 것임에도 청구인은 쟁점금액만큼 과다계상된 계산서를 발급하게 된 경위나 사정에 관해 납득할 만한 이유를 제시하지 못하고 있고, 청구인이 제출한 자료는 자신 명의 계좌의 입금내역과 자체 관리프로그램 출력물을 대조·정리한 것으로서 쟁점거래처들이 작성한 거래명세서·확인서 등 상대방이 관여한 증빙은 확인되지 아니하고, 특히 쟁점거래처들은 모두 동일인이 대표자로 되어 있어 실제 공급수량·공급가액에 관한 확인을 받는 것이 특별히 곤란한 사정이 있어 보이지 않는데도 그러한 자료는 제출되지 않은 점, 청구인이 쟁점금액 내지 그 상당 금액을 금융거래내역으로 확인되지 않는 외상이나 현금으로 수령했을 가능성을 배제하기 위해서는 이 부분에 대해 실제 외상매출금 잔액, 현금 수수 여부 등 대금 결제의 경위가 함께 밝혀져야 하는데 제출된 자료에서 그 부분은 확인할 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장이 구체적인 증빙에 의해 충분히 입증되었다고 보기 어려우므로 이를 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.