1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 2. 7. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 622,xxx,xxx원(가산세 포함, 이하 같다), 2018 사업연도 법인세 622,xxx,xxx원, 2019 사업연도 법인세 622,xxx,xxx원, 2020 사업연도 법인세 224,xxx,xxx원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고는 편의점 프랜차이즈업 등을 영위하는 회사로, 2021. 7. 1. 주식회사 ㅇㅇㅇㅇㅇ(이하 ‘이 사건 피합병법인’이라 한다)을 적격합병함에 따라 이 사건 피합병법인의 미환류소득에 대한 법인세 납세의무를 승계하였다.

나. 이 사건 피합병법인은 2011. 12. 7. 통신판매업 ㅇㅇ 주식회사 ㅇㅇ(이하 ‘ㅇㅇ’이라 한다)을 적격합병함에 따라 ㅇㅇ의 이월결손금 합계 20,766,649,902원(이하 ‘이 사건 이월결손금’이라 한다)을 승계하였으나, 법인세법 제45조(합병 시 이월결손금 등 공제 제한) 제2항에 따른 공제 제한, 구 법인세법(2018.12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1호가 정한 10년의 공제기간 경과 등의 이유로 원고에게 합병될 때까지 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 계산함에 있어 이 사건 이월결손금이 공제되지 않았다.

다. 구 조세특례제한법(2022. 12. 31. 법률 제19199호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조의32 제2항 제1호, 구 조세특례제한법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조의32 제4항 제2호 라목(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)은 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산 할 때 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’을 차감하도록 규정하고 있다.

이 사건 규정의 의미와 관련하여 기획재정부는 2016. 3. 30. ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’은 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 않은 금액’을 말한다는 유권해석(기획재정부 법인세제과-312, 2016. 3. 30.)을 하였고 국세청 역시 2020.12. 7. 동일한 취지의 유권해석(사전-2020-법령해석법인-1059, 2020. 12. 7.)을 한 바 있다. 이하 통틀어 ‘제1차 유권해석’이라 한다 , 2021. 8. 19. ‘합병법인의 경우에는 법인세법 제45조에 따라 계산한 금액’은 ‘합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금(각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 것)으로 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 않은 금액’을 의미하는 것으로 법인세법 제45조 제2항이 정한 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위 내’라는 공제 제한이 적용되지 않는다는 취지의 유권해석(기획재정부 법인세제과-374, 2021. 8. 19.)을 하였다(이하 ‘제2차 유권해석’이라 한다).

라. 원고는 2021. 10. 29. 제2차 유권해석을 문언 그대로 적용하여 이 사건 이월결손금이 각사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 않은 이상 다음 사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 산정할 때 재차 차감되어야 한다고 주장하면서, 아래와 같은 산식에 따라 계산된 기업소득을 기초로 2017 내지 2020 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 피고는 2022. 2. 9. 원고의 경정청구를 모두 받아들여 원고에게 법인세 합계 2,093,759,850원을 환급하여 주었다.

마. 기획재정부는 2022. 8. 24. 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금을 차감한 이상 (각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 않았더라도) 다음 사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 산정할 때 재차 차감할 수 없다는 취지의 유권해석(기획재정부 법인세제과-333, 2022. 8. 24.)을 하였다(이하 ‘제3차 유권해석’이라 한다).

바. 피고는 제3차 유권해석에 따라 2023. 2. 7. 원고에게 아래와 같은 산식에 따라 계산된 기업소득을 기초로 2017 내지 2020 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 합계 2,xxx,xxx,xxx원(= 2017 사업연도 622,xxx,xxx원 + 2018 사업연도 622,xxx,xxx원 + 2019 사업연도 622,xxx,xxx원 + 2020 사업연도 224,xxx,xxx원)을 경정ㆍ고지하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 규정에서 말하는 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’은 제1, 2차 유권해석과 같이 법인세법 제13조 제1항 제1호가 정한금액, 즉 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않은 금액’을 의미한다고 보아야 하므로, 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않은 이상 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 차감된 적 있다고 하여 재차 차감이 허용되지 않는다고 볼 수 없다.

2) 이월결손금은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 경우 공제되지 않은 금액이 저량(stock)으로 관리되는 반면, 미환류소득에 대한 법인세의 경우 차감 내역이 별도로 관리되지 않아 유량(flow)으로 취급되므로, 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않은 결손금이 있다면 환류여력이 없다고 보아야 할 것이다. 이러한 측면을 고려하더라도 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 이월결손금의 재차 차감이 허용되어야 한다고 보아야 하고, 이를 확인하는 의미에서 2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목(이 사건 규정의 개정 규정)은 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금’이라고 규정하고 있다.

3) 피고는 이 사건 규정에서 말하는 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’이 문언해석상 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 실제로 공제한 이월결손금을 의미한다고 주장하나, 합목적적 해석상 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않은 금액’을 의미한다고 보아야 할 것이고, 적어도 제3차 유권해석이 있기 전까지는 그러한 내용의 비과세관행이 있었다고 할 것이다.

나. 판단

1) 이 사건 규정의 의미

가) 이 사건 규정은 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 각 사업연도의 소득에서 차감되는 결손금을 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’으로 정하고 있다. 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장ㆍ축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다는 점(대법원 2026. 1. 15. 선고 2025두34823 판결 참조)을 중시하면 이 사건 규정에서 말하는 ‘해당 사업연도에 공제한 결손금’은 ‘해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 실제로 공제한 이월결손금’을 의미한다고 해석될 여지가 크다.

나) 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용되고(위 대법원 2025두34823 판결 참조), 결손금의 공제 여부는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준에 영향을 미칠 뿐 법인세법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서가 정한 공제 한도가 적용되거나 법인세법 제45조 제2항에 따른 공제 제한이 적용되어 이월결손금이 실제로 공제되지 않았다고 하여 환류여력이 늘어난다고 볼 수는 없으므로, 이 사건 규정에서 말하는 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’은 ‘위와 같은 공제 한도 내지 공제 제한이 적용되지 않을 경우 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금’을 의미한다고 합목적적 해석을 할 필요가 있다.

다) 특히 이 사건 규정은 2014. 12. 23. 미환류소득에 대한 법인세 과세 제도가 도입될 당시부터 그 문언이 ‘구 법인세법 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조ㆍ제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’으로 동일하였는데, 당시 시행 중이던 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제13조는 이월결손금에 대한 공제 한도를 규정하고 있지 않아 위와 같은 문제가 발생할 여지가 없었고, 법인세법 제45조 제2항은 ‘합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다’고 규정하고 있어 이 사건 규정에서 말하는 ‘법인세법 제45조에 따라 계산한 금액’이 공제 제한이 적용되기 전의 ‘합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금’을 의미한다고 해석하는 것이 문언의 가능한 의미를 벗어난다고 보기 어려운 측면이 있다.

2) 제1 내지 3차 유권해석 및 이 사건 규정의 개정 규정의 의미

가) 법인세법이 2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되면서 제13조 단서에서 이월결손금의 공제 한도 규정이 신설됨에 따라, 앞서 본 합목적적 해석의 필요성이 대두되었다. 2016. 3. 30. 이루어진 제1차 유권해석은 앞서 본 합목적적 해석의 일환으로, 법인세법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서가 정한 공제 한도가 적용되어 실제로 공제되지 않은 부분에 관하여도 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 차감할 수 있다고 해석한 것으로 이해된다.

나) 원고는 제1차 유권해석에서 ‘그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않은 금액’이라는 표현을 사용하였다는 점을 들어 재차 차감을 허용한 것이라고 주장하나, 위 표현은 구 법인세법 제13조 제1호의 문언을 그대로 이기한 것으로 보일 뿐이고, 이월결손금이 실제로 공제될 때까지 재차 차감을 허용한다는 취지로 보이지는 않는다. 이 사건 피합병법인 역시 위와 같은 전제 아래 2017 내지 2020 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 신고ㆍ납부 당시 이 사건 이월결손금을 재차 차감하지 않은 것으로 보인다.

다) 2021. 8. 19. 이루어진 제2차 유권해석 역시 앞서 본 합목적적 해석의 일환으로, 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대하여 법인세법 제45조 제2항에 따른 공제 제한이 적용되어 실제로 공제되지 않은 부분에 관하여도 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 차감할 수 있다고 해석한 것으로 이해되고, 제2차 유권해석에서 ‘그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않은 금액’이라는 표현을 사용한 것은 이월결손금의 정의에 관한 법인세법 제14조 제3항의 문언을 그대로 이기한 것으로 보일 뿐이다. 다만 법인세법 제45조 제2항에 따른 공제 제한의 경우 피합병법인(결손법인)으로부터 승계받은 사업에서 소득금액이 발생하지 않아 각 사업연도의 과세표준을 계산 할 때 공제되지 않는 상황이 장기간 계속될 수 있으므로, 공제되지 않은 이월결손금의 재차 차감 허용 여부를 둘러싼 다수의 분쟁이 발생한 것으로 보인다.

라) 한편 2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정된 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제4항 제2호 라목(이 사건 규정의 개정 규정)은 ‘법인세법 제13조 제1항 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다’고 규정하고 있다. 이는 앞서 본 이 사건 규정에 관한 합목적적 해석을 그대로 반영한 것이자 제1,2차 유권해석의 내용과 일치하는 것으로 이해되고, 이월결손금이 실제로 공제될 때까지 재차 차감을 허용한다는 취지로 보이지는 않는다.

마) 2022. 8. 24. 이루어진 제3차 유권해석은 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대하여 법인세법 제45조 제2항에 따른 공제 제한이 적용되는 경우 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 이 사건 규정의 개정 규정 및 제2차 유권해석에 따라 전액 차감할 수는 있지만 다음 사업연도에 재차 차감할 수는 없다는 입장을 명확히 한 것으로 이해되고, 제3차 유권해석이 제1, 2차 유권해석을 폐기하거나 변경한 것이라고 보이지는 않는다.

3) 이 사건 이월결손금을 2016 사업연도에 전액 차감한 이후에도 2017 내지 2020 사업연도에 재차 차감할 수 있는지

가) 앞서 든 증거에 의하면, 이 사건 이월결손금은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 계산할 때 실제로 공제된 적이 없음에도 이 사건 피합병법인의 2016 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 신고 당시 전액 차감된 사실, 그 결과 초과환류액 14,332백만 원이 발생하여 2017 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 신고 당시 미환류소득에서 전액 공제된 사실을 인정할 수 있다.

나) 이 사건 이월결손금을 2016 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 전액 차감한 것은 앞서 본 이 사건 규정에 관한 합목적적 해석 내지 제2차 유권해석과 부합하는 것으로 피고 역시 위 쟁점에 관하여는 명시적으로 다투고 있지 않다. 이에 더하여 원고는 이 사건 이월결손금이 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 계산할 때 실제로 공제되지 않은 이상 2017 내지 2020 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 재차 차감하여야 한다고 주장하나, 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는 재차 차감이 허용된다고 볼 수 없다.

① 이 사건 피합병법인의 2016 내지 2020 사업연도의 소득이 각각 159,676백만원, 185,735백만 원, 133,757백만 원, 163,313백만 원, 154,422백만 원에 달하였고, 이 사건 이월결손금을 제외하고 이월결손금이 없었다는 점을 고려할 때, 이 사건 이월결손금이 10년의 공제기간이 지날 때까지 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 계산할 때 공제되지 않았던 것은, 피합병법인(결손법인)인 ㅇㅇ으로부터 승계받은 사업에서 소득이 발생하지 않았기 때문으로 보일 뿐이고, 이 사건 피합병법인의 환류여력이 부족하였기 때문이라고 보이지는 않는다.

② 즉, 법인세법 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서가 정한 공제 한도 또는 법인세법 제45조 제2항에 따른 공제 제한이 적용될 경우 각 사업연도의 소득이 충분히 많은 경우에도 공제되지 않는 이월결손금이 남아있을 수 있고, 특히 법인세법 제45조 제2항에 따른 공제 제한의 경우 그러한 상황이 장기간 계속될 수 있다. 원고가 주장하는 재차 차감이 허용된다고 볼 경우 환류여력이 충분한 법인이 결손법인과 적격합병한 다음 결손법인으로부터 승계받은 사업에서 소득이 발생하지 않도록 하여 공제기간이 끝날 때까지 재차 차감되는 이월결손금의 잔액을 유지하는 방식으로 미환류소득에 대한 법인세를 손쉽게 회피할 수 있게 된다.

③ 원고는 2025. 3. 21. 조세특례제한법 시행규칙이 개정되기 전까지 미환류소득 법인세 신고서에 이월결손금 기차감액 기재 부분이 없었다는 점을 들어, 미환류소득에 대한 법인세의 경우 이월결손금 차감 내역이 별도로 관리되지 않으므로 저량(stock)이 아닌 유량(flow)으로 보아야 한다고 주장하나, 미환류소득 법인세 신고서에 이월결손금 기차감액 기재 부분이 없다고 하더라도 과세관청이 이를 파악하는 데 별다른 어려움이 있다고 보이지는 않고, 납세자가 미환류소득에 대한 법인세 산정의 기초가 되는 기업소득을 계산할 때 이월결손금의 차감시기를 임의로 선택하여 과세시기를 조정할 수 있다고 볼 수도 없으므로, 그러한 사정만으로 미환류소득에 대한 법인세에 있어 이월결손금이 저량(stock)이 아닌 유량(flow)으로 취급되어 재차 차감이 허용된다고 볼 수는 없다.

다) 원고는 제3차 유권해석이 있기 전까지는 원고가 주장하는 재차 차감이 허용된다는 내용의 비과세관행이 있었다고 주장하나, 위 2)항에서 살펴본 바와 같이 제1, 2차 유권해석이 원고가 주장하는 재차 차감이 허용된다는 내용으로 보이지는 않고, 이사건 피합병법인 역시 원고가 주장하는 재차 차감이 허용되지 않는다는 전제 아래 2017 내지 2020 사업연도 귀속 미환류소득에 대한 법인세 신고ㆍ납부를 한 것으로 보이며, 원고가 주장하는 재차 차감이 종국적으로 인정된 사례도 확인되지 않는 것으로 보이므로, 원고가 주장하는 사정이나 제출한 증거만으로는 원고가 주장하는 재차 차감이 허용된다는 내용의 비과세관행이 있었다고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.