1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2018. 7. 3. 원고들에 대하여 한 별지 1 ‘법인세 부과내역’ 2013 사업연도 내지 2016 사업연도 각 법인세 증액경정처분 중 ‘정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

나. 피고가 2018. 7. 3. 원고 주식회사 ㅇㅇ은행에 대하여 한 2014년 제1기 교육세 **********원(가산세 포함)의 부과처분 중 *******원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송총비용은 피고가 부담한다.

1. 청구취지

주문 제1항과 같다(이 법원에서, 원고들은 2013 내지 2015 사업연도 법인세 부과처분에 관한 취소청구 금액을 감축하였고, 2016 사업연도 법인세 부과처분에 관한 취소청구 금액은 확장하였으며, 원고 주식회사 ㅇㅇ은행은 증권거래세 부과처분의 취소를 구하는 부분의 소를 취하하였다).

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다(원고들이 이 법원에서 위와 같이 청구를 확장 및 감축함에 따라 항소취지도 위와 같이 변경된 것으로 본다).

1. 처분의 경위 및 관계 법령

 이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는, 제1심판결문의 별지 1을 이 판결 별지1로 고치고, 다음과 같이 일부 추가하거나 고쳐 쓰고 삭제하는 것 외에는 제1심판결 이유 제1항 및 제2. 나항의 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어 및 별지 2, 3을 포함하여 이를 그대로 인용한다.

 ○ 제1심판결문 2쪽 마지막 행과 3쪽 1행의 “이하 ‘교육세법’이라 한다”를 “이하 ‘구 교육세법’이라 한다”로, 3쪽 5행의 “이하 ‘법인세법’이라 한다”를 “이하 ‘구 법인세법’이라 한다”로 각 고쳐 쓴다.

 ○ 제1심판결문 3쪽 7행과 8행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

   『3) 한편, 원고 ㅇㅇ은행은 미국, 캐나다, 프랑스, 중국 등 2개 이상의 국가에 국외사업장을 두고 있다.』

 ○ 제1심판결문 3쪽 15행부터 19행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

   『2) 원고들이 2018. *. **. 조세심판원에 위 과세처분에 관하여 심판청구를 하여 2019. **. **. 일부 청구가 인용되었고, 그 이후에도 경정청구 등의 사유로 원고들의 법인세가 수차례 경정되어 그 세액이 최종적으로 별지 1 ‘법인세 부과내역’ 2013 사업연도 내지 2016 사업연도 각 증액경정세액(가산세 포함)란 기재와 같이 되었다(이하 피고의 2018. *. *.자 법인세 등 부과처분 중 위와 같은 경정 후의 법인세 등 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).』

 ○ 제1심판결문 3쪽 20행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

   『3) 원고들이 조세심판원에서부터 제1심법원에 이르기까지 다투었던 이 사건 처분의 처분사유를 요약하면 아래와 같다.』

 ○ 제1심판결문 7쪽 19행을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

   『4) 한편, 원고들은 쟁점1에 관하여 이 법원 제4회 변론기일에 진술한 2025. *. *. 자 준비서면 등을 통해 피고가 이 사건 화해금을 2018 사업연도에 손금 산입하였음을 이유로 이를 더 이상 다투지 않겠다는 의사를 분명히 하였고, 원고 ㅇㅇ은행은 쟁점5에 관하여 피고가 2013* **분 증권거래세 ***********원의 처분을 직권 취소하였음을 이유로 그 취소를 구하는 부분을 이 법원에서 취하하였다(이후 원고들은 이를 반영하여 청구취지를 변경하였다). 이 사건 처분과 관련하여 원고들이 다투는 쟁점별 과세표준은 아래와 같다(쟁점 1, 5는 더 이상 다투지 아니하므로 제외한다).』

 ○ 제1심판결문 8쪽 표 제6항의 “***,***,***”을 “***,***,***”로 고쳐 쓴다.

 ○ 제1심판결문 8쪽 표 아래 1, 2행의 인정근거에 거시된 증거에 “을 제12, 16, 18, 22, 36호증”을 추가한다.

 ○ 제1심판결문 55쪽 2행과 3행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

    『국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것)

    제4조(정상가격에 의한 과세조정)

     ① 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 다만, 제5조에 따른 정상가격 산출방법 중 동일한 정상가격 산출방법을 적용하여 둘 이상의 과세연도에 대하여 정상가격을 산출하고 그 정상가격을 기준으로 일부 과세연도에 대한 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하는 경우에는 나머지 과세연도에 대하여도 그 정상가격을 기준으로 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정하여야 한다.』

 ○ 제1심판결문 56쪽 13행과 14행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

   『제57조(외국 납부 세액공제 등)

     ① 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액(이하 이 조에서 "외국법인세액"이라 한다)을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 제21조제1호에도 불구하고 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다.

      1. 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액과 제56조에 따른 미환류소득에 대한 법인세액은 제외한다)에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율(「조세특례제한법」이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받는 경우에는 대통령령으로 정하는 비율)을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 이 조에서 "공제한도"라 한다)로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법

      2. 국외원천소득에 대하여 납부하였거나 납부할 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법

     ② 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다.

     ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따른 국외원천소득의 계산방법, 세액공제 또는 손금산입에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.』

 ○ 제1심판결문 57쪽 28행 아래에 다음의 내용을 추가한다.

     『제94조(외국납부세액의 공제)

     ① 법 제57조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 외국법인세액"이란 외국정부(지방자치단체를 포함한다. 이하 같다)에 의하여 과세된 다음 각 호의 세액(가산세 및 가산금은 제외한다)을 말한다. 다만, 「국제조세조정에 관한 법률」 제10조제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액조정된 금액중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액을 제외한다.

      1. 초과이윤세 및 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세액

      2. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세의 부가세액

      3. 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세와 동일한 세목에 해당하는 것으로서 소득외의 수익금액 기타 이에 준하는 것을 과세표준으로 하여 과세된 세액

     ② 법 제57조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 비율"이란 다음의 비율을 말한다.

     ⑦ 법 제57조제1항제1호의 규정에 의한 공제한도를 계산함에 있어서 국외사업장이 2 이상의 국가에 있는 경우에는 국가별로 구분하여 이를 계산한다.

     ⑮ 법 제57조제1항의 규정이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한 금액으로 한다. 이 경우 법 제57조제1항제1호에 따라 외국법인세액의 공제가 적용되는 경우의 국외원천소득은 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액이 있는 경우에는 이를 차감한 금액으로 하며, 그 차감된 금액에 대해서는 법 제57조제2항을 적용하지 아니한다.』

 ○ 제1심판결문 57쪽 29행부터 58쪽 13행까지 부분, 60쪽 18행부터 61쪽 18행까지 부분을 각 삭제한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 쟁점2에 관한 판단

   1) 원고들의 주장 요지

     법인세법상 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로, 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이어야 한다. 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 일반적으로 인정되는 통상적인 비용에서 제외되는데, 그 판단 기준은 비용 지출 자체가 사회질서에 위반되는지 여부에 따르고, 지출 원인에 위법행위가 있다고 하여 그 비용이 사회질서에 위반하여 지출되었다고 볼 수 없다. 이 사건 중재금은 국제중재재판소의 중재결정에 따라 ㅇㅇㅇㅇ이 입은 손해를 배상할 목적으로 지출한 비용에 해당하므로 비용 지출 자체가 사회질서에 위반한 것이라고 볼 수 없는바, 이를 법인세법상 손금으로 산입하여야 한다.

     이 사건 중재금의 지출 원인을 살피더라도, 사회질서 위반 여부가 문제되는 ‘ㅇㅇㅇㅇ에 ㅇㅇ 주식을 매각하지 않으면 ㅇㅇ의 파산을 방치하겠다고 한 행위’는 ㅇㅇ 및 그 직원들이 주도한 것이고, 원고 ㅇㅇ은행은 이를 부수적으로 방조하였을 뿐이어서 원고 ㅇㅇ은행의 행위가 사회질서에 위반되었다고 볼 수 없다. 나아가 위 ㅇㅇ의 행위로 인하여 ㅇㅇㅇㅇ이 극심한 강박 상태에 빠져 의사결정의 자유가 완전히 박탈되었다고 보기도 어려우므로 이를 사회질서에 위반한 행위로 볼 수도 없다.

   2) 인정사실

     이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 일부 고쳐 쓰는 외에 제1심판결 이유 제2. 라. 1)항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

     ○ 제1심판결문 17쪽 아래에서 2번째 행의 “ㅇㅇ은행”을 “원고 ㅇㅇ은행(구 ㅇㅇ은행, 이하 원고 ㅇㅇ은행이라고만 한다)”으로, 아래에서 1번째 행의 “원고 ㅇㅇ은행(구 ㅇㅇ은행)”을 “원고 ㅇㅇ은행”으로, 18쪽 19번째 행의 “ㅇㅇ은행”과 19쪽 18번째 행의 “ㅇㅇ은행”을 “원고 ㅇㅇ은행”으로 각 고쳐 쓴다.

     ○ 제1심판결문 19쪽 17행의 “(이하 ‘2차 중재판정’이라 한다)” 부분을 “(이하 ‘2차 중재판정’이라 하고, 위 1차 및 2차 중재판정들을 합하여 ‘이 사건 중재판정’이라 한다)”로 고쳐 쓴다.

   3) 구체적 판단

     가) 구 법인세법 제19조 제1항은 “손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.”라고 규정한다. 제2항은 “제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.”라고 규정한다.

        여기에서 말하는 ‘일반적으로 인정되는 통상적인 비용’이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 뜻하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 할 것인데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서에 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외된다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결, 대법원 2024. 9. 12. 선고 2021두35308 판결 등 참조).

     나) 앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 위 관련 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 중재금은 원고 ㅇㅇ은행의 사업과 관련하여 지출된 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이므로 법인세법상 손금에 해당한다고 보아야 한다. 이를 지적하는 원고들의 이 부분 주장은 이유 있고, 이 사건 처분 중 쟁점2 부분과 관련된 피고의 과세처분은 위법하다.1)

     ① 이 사건 중재금은 이 사건 중재판정에 따라 ㅇㅇㅇㅇ에게 실제 발생한 손해를 배상하기 위하여 지급된 것으로서, 그 지출 자체가 사회질서에 위반한다고 볼 수 없고, 액수 또한 실손해의 범위를 벗어나는 과도한 금액이라고 단정하기 어렵다. 원고 ㅇㅇ은행과 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 원고 ㅇㅇ은행과 마찬가지로 이 사건 중재금을 지출하였을 것으로 보인다.

     ② 어떠한 비용을 손금불산입 대상으로 규정할 것인지는 입법정책의 문제이다. 구 법인세법은 제19조에서 손금의 범위에 대하여 규정하는 한편, 이와 별도로 제19조의2 내지 제38조 등의 특례규정에서 손금불산입 항목과 손금산입 항목을 열거하고 있는데, 손해배상금은 손금불산입 항목으로 규정하고 있지 않다. 나아가 법인세법은 2017. 12. 19. 제21조의2를 신설하여 손해배상금 중 실제 발생한 손해를 초과하여 지급하는 금액 가운데 손금불산입 대상 손해배상금을 정하여 이를 손금에 산입하지 않도록 정하고 있는데, 위 규정의 문언 및 취지에 비추어 실제 발생한 손해를 전보하는 범위의 손해배상금은 손금에 산입하여야 한다고 봄이 타당하다.

     ③ 종래 법인세법 기본통칙 19-19…14는 “법인이 임원 또는 사용인의 행위 등으로 인하여 타인에게 손해를 끼침으로써 법인이 손해배상금을 지출한 경우에는 그 손해배상의 대상이 된 행위 등이 법인의 업무수행과 관련된 것이고 또한 고의나 중과실로 인한 것이 아닌 경우에는 그 지출한 손해배상금은 각 사업연도의 소득금액 계산상 손금에 산입한다.”고 정하고 있었다. 그러나 법인세법 기본통칙은 행정청 내부에 있어서의 사무처리상의 지시에 불과한 것으로서 구속력이 없고(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누450 판결 참조), 위 규정은 2024. 3. 15. 삭제되었는바, 위 종래 기본통칙 규정만을 이유로 이 사건 중재금을 법인세법상 손금에 산입할 수 없다고 볼 것은 아니다.

     ④ 피고는, 사회적 비난 정도가 중대한 위법행위로 인하여 지출된 이 사건 중재금을 손금으로 인정할 경우 국가가 세재를 통하여 그 경제적 부담을 분담하거나 경감시켜주는 것이 되므로 반사회적 위법행위를 조장하게 되고, 판결 등의 외형과 전보적인 성격만 갖출 경우 그 원인행위가 아무리 반사회적이라도 이를 언제나 손금으로 산입한다고 보면 반사회적 원인행위에 비롯된 지출을 형식적인 소송 절차를 거쳐 손쉽게 손금으로 처리할 수 있게 되어 부당하다고 주장한다.

       그러나 앞서 본 바와 같이 어떠한 비용을 손금불산입 대상으로 규정할지는 입법정책의 문제이고, 국제중재법원의 이 사건 중재판정에 따라 실제 발생한 손해를 한도로 이를 전보하는 내용으로 지출한 이 사건 중재금을 손금으로 산입하는 것이 반사회적 위법행위를 조장한다고 보이지는 않을 뿐만 아니라, 반사회적 원인행위에 비롯된 지출을 손금으로 처리하기 위해 형식적인 소송 절차를 통해 이 사건 중재판정이 이루어진 것으로 볼 수도 없다. 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

 나. 쟁점3에 관한 판단

   이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 일부 추가하거나 고쳐 쓰는 외에 제1심판결 이유 제2. 마.항의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

   ○ 제1심판결문 제23쪽 13행부터 14행의 “원고 ㅇㅇ은행(구 ㅇㅇ은행)”을 “원고 ㅇㅇ은행”으로 고쳐 쓴다.

   ○ 제1심판결문 27쪽 5행의 “지우고 있다.”와 “또한” 사이에 아래와 같은 내용을 추가한다.

     『나아가 위 규정 제17조는 기관에 대한 제재를, 제18조는 임원에 대한 제재를 각 포함하고 있는바, 원고 ㅇㅇ은행이 이 사건 조치요구의 존재 내지 조치 미이행을 이유로 불이익을 입을 가능성이 배제되지 않는다.』

   ○ 제1심판결문 27쪽 18행의 “관련 민사소송은”부터 19행의 “것이고,”까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

     『관련 민사소송은 이 사건 환급금의 환급이 완료된 이후인 2016. *. **. 제기된 것이고, 그 다툼의 대상도 이 사건 환급금과 별개의 가산금리 인상에 따른 대출이자 상당액이며,』

 다. 쟁점4에 관한 판단

   1) 원고들의 주장 요지

     이 사건 계열회사들은 이 사건 상표에 관한 그룹공동광고비를 매출액 비율에 따라 분담하여 지출하거나 개별 광고선전비를 지출함으로써 이 사건 상표의 경제적 가치 창출·유지에 직접 기여하고 있으므로, 원고 ㅇㅇ은행이 이 사건 계열회사들로부터 이 사건 상표 사용료를 수취하지 않은 것은 경제적 합리성이 인정되어 부당행위계산부인 및 이전가격 과세대상에 해당하지 않는다.

     또한 원고 ㅇㅇ는 원고 ㅇㅇ은행을 비롯하여 ㅇㅇ그룹의 국내 계열회사 전체의 지분을 보유하며 각 계열회사들을 연결자법인으로 하여 연결납세에 따른 법인세를 신고·납부하고 있으므로, 이 사건 상표 사용료 미수취로 인하여 법인세법상 부당행위계산 부인의 전제인 조세부담의 감소가 발생하였다고 볼 수 없다.

     나아가 법인세법에 따라 부당행위계산을 부인하거나 구 국제조세조정에 관한 법률(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다)에 따른 정상가격 과세조정을 할 경우 법인세법상 시가 및 구 국제조세조정법에 따른 정상가격에 관한 증명책임은 과세관청인 피고에게 있다. 그런데 피고는 어떠한 법적인 근거도 없이 자의적으로 산정한 요율(0.2%)에 기초하여 과세를 하였는바, 이를 이 사건 상표 사용료의 시가 또는 정상가격으로 볼 수 없다.

   2) 인정사실

     이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 이유 제2. 바. 1)항의 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

     ○ 제1심판결문 29쪽 4행의 “국내 주요기업”부터 6행까지 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

       『이 사건 계열회사들의 직전 사업연도 순매출액(= 영업수익 – 내부거래수익 – 광고선전비)의 0.2% 상당액을 원고 ㅇㅇ은행이 이 사건 계열회사들로부터 수취하였어야 할 상표 사용료의 시가 또는 정상가격으로 산정한 후』

  3) 구체적 판단

     가) 부당행위계산부인 및 정상가격과세조정 요건 충족 여부

     이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 추가하는 외에는 제1심판결 이유 제2. 바. 2)항의 각 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

     ○ 제1심판결문 제33쪽 마지막 행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

       『(5) 원고들은 또한, 원고들이 연결납세제도의 적용을 받는 법인이므로, 이 사건 상표 사용료 미수취가 있다고 하더라도 원고들에 대한 조세부담의 감소가 발생하였다고 볼 수 없어 법인세법에 따른 부당행위계산부인이 적용될 수 없다는 취지로 주장한다. 그러나 연결납세제도의 적용을 받는 회사들이라 할지라도 법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용이 배제되지 않는바, 관계 법령 및 법리에 따라 원고 ㅇㅇ은행의 상표권 사용료 미수취 행위가 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 판단되는 경우 이러한 거래행위는 곧 원고 ㅇㅇ은행의 소득에 대한 조세부담을 부당하게 감소시킨 것으로서 부당행위계산부인 규정의 적용 대상이 되는 것이라 봄이 타당하다. 원고들은 법인세법 시행령이 2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되면서 부당행위계산의 유형 등에 관한 제88조 제1항 제6호3) 단서 다목 규정을 명시적으로 신설한 점을 보더라도 위와 같은 원고들의 주장이 타당하다는 취지로 주장하나, 위 단서 다목은 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖추어 “용역”을 제공하는 경우에 한하여 본문의 적용이 배제되도록 규정하고 있음을 알 수 있으므로, 신설된 단서 다목 규정이 ‘재화’의 제공에 해당하는 이 사건 상표의 무상사용 허락 행위가 문제된 이 사건에 참고가 될 수 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 주장은 이유 없다.』

     나) 사용료 시가 및 정상가격 산정의 적법 여부

       (1) 구 법인세법 제52조 제2항은 ‘부당행위계산부인을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(이하 ’시가‘라 한다)을 기준으로 한다’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조 제1항은 ‘시가’를 ‘해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격’이라고 정의하고 있고, 제2항에서는 ‘시가가 불분명한 경우 감정평가액 또는 상속세 및 증여세법에서 규정한 보충적 평가방법에 의한 가격을 시가로 한다’고 규정하고 있으며, 제4항 제1호에서는 ‘제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 유형 또는 무형의 자산(금전을 제외한다)을 제공하거나 제공받는 경우에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액을 시가로 한다’고 규정하고 있다.

           그런데 ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있으나, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

           한편 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국제조세조정법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을 거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 참조).

       (2) 앞서 본 바와 같이 피고는 ‘이 사건 계열회사들의 직전 사업연도 순매출액(= 영업수익 – 내부거래수익 – 광고선전비)의 0.2% 상당액’을 원고 ㅇㅇ은행이 이 사건 계열회사들로부터 수취하였어야 할 상표 사용료의 시가 또는 정상가격으로 산정한 후 이를 기초로 이 사건 처분을 하였다. 그러나 위에서 본 관련 법리 및 규정에 비추어 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하면, 피고가 제출한 증거들만으로는 피고가 산정한 이 사건 상표 사용료가 구 법인세법상 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가 또는 구 국제조세조정법상 과세조정의 기준이 되는 정상가격에 해당한다고 보기 어렵다. 이를 지적하는 원고들의 이 부분 주장은 이유 있고, 이 사건 처분 중 쟁점4 부분과 관련된 피고의 과세처분은 위법하다.

           ① 피고는 이 사건 상표 사용료 계산 방법으로 무형자산 평가방법론 중 시장접근법을 차용하기로 임의로 결정한 후 국내 다른 기업들의 상표 사용료 관련 자료를 수집하는 방법으로 이 사건 상표 사용료의 시가를 산정하였다. 그런데 위와 같은 산정 방법이 전문성과 객관성을 겸비한 제3자가 이 사건 상표와 관련한 원고 ㅇㅇ은행 및 이 사건 계열회사들의 개별적·구체적인 사정에 관해 조사와 검토를 거쳐 도출된 것이라고 할 수 없고, 달리 이러한 방법이 상표 사용료를 산정하는 데 있어 일반적으로 받아들여질 수 있는 객관적이고 합리적인 방법임을 인정할 근거가 없다.

           ② 피고가 이 사건 상표 사용료의 시가를 산정하면서 조사한 다른 기업들 중에는 원고와 업종, 매출규모 등이 전혀 다른 기업들이 다수 포함되어 있기 때문에 해당 기업들의 상표 사용료를 이 사건 상표 사용료와 동일 선상에서 비교하기 어렵다.

           ③ 피고가 이 사건 상표 사용료율을 결정함에 있어서 동종업종으로 자산규모가 근접한다는 이유만으로 ㅇㅇ의 상표 사용료율을 적용한 것은 객관적·합리적이라고 보기 어렵다. 자산규모와 상표 사용료율은 그 자체로 구체적인 연관관계가 있다고 할 수 없을 뿐만 아니라, ㅇㅇ의 경우 금융업종 중 유일하게 지주사 출범과 동시에 새로운 그룹공통브랜드를 개발하였고, 그룹공통브랜드뿐만 아니라 계열회사들의 상호상표 등 그룹 내 모든 상표 자산을 지주사가 총괄 소유 및 관리하는 방식이고, 매 2년마다 브랜드가치를 재산정하여 각 계열사별 자본 규모, 직전 사업연도 영업이익, 브랜드 노출 빈도 등을 토대로 사용료를 산정해 차등부과하고 있는 등 원고가 속한 ㅇㅇ그룹과 ㅇㅇ의 상표 사용에 관한 구체적 사정이 상이하다(ㅇㅇ의 상표 사용료율 중 최젓값을 적용했다는 이유만으로 위와 같은 불합리성이 해소될 수는 없다).

          ④ 또한 피고가 조사한 ◆◆◆와 ◇◇◇의 경우 각 ◈◈◈가 계열사로부터 지급받는 명칭사용료는 000 지원 및 지도 사업에 필요한 재원을 조달하기 위해 구 농업협동조합법(2016. 12. 27. 법률 제14481호로 개정되기 전의 것) 제159조의2 제1항, 수산업협동조합법 제162조의2 제1항에 따라 각각 지급받는 것으로 일반적인 상표 사용료와는 그 성격을 달리한다.

 라. 쟁점6에 관한 판단

   1) 원고들의 주장 요지

    국세기본법 제20조 등에 비추어 구 교육세법에 이 사건 합병과 같은 경우의 합병신주를 평가하는 방법에 관한 특별한 규정이 없는 이상 위 합병으로 인하여 원고 ㅇㅇ은행의 순자산이 증가하였는지 여부는 기업회계의 기준 또는 관행에 따라야 한다. 그런데 기업회계의 기준 또는 관행에 의하면 이 사건 신주의 취득가액은 이 사건 구주의 장부가액과 같으므로 이 사건 합병으로 인하여 원고 ㅇㅇ은행 순자산의 증가가 발생하였다고 볼 수 없고, 따라서 이 사건 의제배당금을 교육세 과세표준인 수익금액에 해당한다고 볼 수 없다.

   2) 인정사실

     이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는 제1심판결문 45쪽 13행의 "구 ㅇㅇ은행의"를 "구 ㅇㅇ은행이"로 고쳐 쓰는 외에 제1심판결 이유 제2. 아. 1)항의 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

   3) 구체적 판단

     가) 구 교육세법은 ‘금융·보험업자의 수익금액’을 교육세의 과세표준으로 정하면서(제5조 제1항 제1호) 위 수익금액을 ‘금융·보험업자가 수입한 이자, 배당금, 수수료, 보증료, 유가증권의 매각익·상환익(유가증권의 매각 또는 상환에 따라 지급받은 금액에서 법인세법 제41조에 따라 계산한 취득가액을 차감한 금액을 말한다), 보험료(책임준비금 및 비상위험준비금으로 적립되는 금액과 재보험료를 공제한다), 그 밖에 대통령령으로 정하는 금액’으로 규정하고 있다(제5조 제3항). 구 교육세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26076호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 교육세법 시행령’이라 한다)은 위와 같은 위임에 따라 제4조 제1항에서 교육세 과세표준에 포함되는 금융·보험업자의 수익금액을 열거하면서 ‘기타영업수익 및 영업외수익(제8호)’ 등을 수익금액에 포함시키고 있고, 같은 조 제2항에서는 금융·보험업자의 교육세 과세표준에 산입하지 아니하는 수익금액을 열거하면서 자산·부채의 평가 또는 수익·비용의 귀속시기 차이 등에 따라 발생하는 수익으로서 법인세법 제42조에 따라 익금으로 보지 아니하는 자산 및 부채의 평가익(제2호 가목) 등을 규정하고 있다.

        한편, 구 교육세법 제2조는 ‘이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 이 법에서 정하는 것을 제외하고는 국세기본법 등에서 정하는 바에 따른다.’고 규정하고 있고, 국세기본법 제20조는 ‘세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다’고 규정하고 있다. 또한, 구 교육세법 제7조는 ‘금융·보험업자의 수익금액의 귀속시기에 관하여는 법인세법 제40조 및 제43조를 준용한다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 제43조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다‘고 규정하고 있다.

     나) 앞서 본 처분의 경위 및 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 위에서 본 관련 법리 및 규정들에 비추어 살펴보면, 이 사건 의제배당금이 구 교육세법상 과세대상인 수익금액에 해당한다고 보기 어렵다. 이를 지적하는 원고들의 이 부분 주장은 이유 있고, 이 사건 처분 중 쟁점6 부분과 관련된 피고의 과세처분은 위법하다.

     ① 구 교육세법 및 구 교육세법 시행령은 금융·보험업자의 교육세 과세표준인 수익금액에 해당하는 항목과 해당하지 않는 항목을 열거하는 외에 ’수익금액‘의 정의 내지 계산방법에 관한 규정을 두고 있지 않고, 특히 합병으로 인한 자산의 양도차익에 관한 아무런 규정을 두고 있지 않다. 따라서 이 사건 합병에 따른 교육세법상 ’수익금액‘은 기업회계기준에 따라 평가하여야 한다고 봄이 상당하다.

     ② 한국채택국제회계기준(K-IFRS)은 제1103호에서 ’사업결합의 정의를 충족하는 거래나 그 밖의 사건‘에 적용되는 회계처리방법 기준을 제시하면서도 '동일 지배하에 있는 기업이나 사업 간의 결합'의 경우 해당 기준의 적용을 배제하고 있는데, 이에 따라 해당 기준이 적용되지 않는 경우 어떤 회계기준을 적용하여야 하는지에 관하여는 명확히 언급하고 있지 않는다. 다만 제1008호 문단 10에서 '구체적으로 적용할 수 있는 한국채택국제회계기준이 없는 경우, 경영진은 판단에 따라 회계정책을 개발 및 적용하여 회계정보를 작성할 수 있다'고 정하고 있고, 같은 호 문단 12는 '문단 10의 판단을 하는 경우, 경영진은 유사한 개념체계를 사용하여 회계기준을 개발하는 회계기준제정기구가 가장 최근에 발표한 회계기준, 기타의 회계문헌과 인정된 산업관행을 고려할 수 있다'고도 정하고 있다. 한편 한국회계기준원은 일반회계기준 제32장에서 동일지배하에 있는 기업 간의 거래의 예로 합병을 들고 있고, 동일지배하에 있는 기업 간 합병의 회계처리를 연결장부가액으로 인식하고 있다(일반기업회계기준 제32장 문단 32.6, 32.9, 32.10).

       원고 ㅇㅇ은행은 위와 같은 기업회계 기준에 따라 이 사건 신주의 취득가액을 이 사건 구주에 해당하는 장부가액 그대로 계상하여 회계상 아무런 손익을 인식하지 않았다. 이러한 회계처리는 외부감사인의 적정의견을 받아 적법하게 공시되었고, 이는 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준에 따른 것으로 구 교육세법 제7조, 구 법인세법 제43조에도 부합한다고 할 것이다. 따라서 이 사건 의제배당금을 구 교육세법상 과세표준에 산입하는 것은 위와 같은 적법한 회계처리에 반하는 것이다.

     ③ 피고는 이 사건 의제배당금이 구 법인세법상 익금 항목으로 순자산의 증가에 해당하므로 구 교육세법상 수익금액으로서 배당금(구 교육세법 제5조 제3항) 또는 기타영업수익 및 영업외수익(구 교육세법 시행령 제4조 제1항 제8호)에 해당한다고 다투면서 이와 같이 보지 않을 경우 과세 공백이 발생한다고 주장한다.

       그러나 조세법률주의 원칙에 비추어 과세의 공백 내지 필요성만을 이유로 법문에서 정하는 과세요건 등을 확장해석하거나 유추적용할 수는 없다. 더욱이 구 법인세법 제16조 제1항이 규정하는 의제배당은 기업경영의 성과인 잉여금 중 사외에 유출되지 않고 법정적립금, 이익준비금 기타 임의적립금 등의 형식으로 사내에 유보된 이익이 위 법조 각호 소정의 사유로 주주나 출자자에게 환원되어 귀속되는 경우의 이익은 실질적으로 현금배당과 유사한 경제적 이익이므로 과세형평의 원칙에 비추어 배당으로 의제하여 과세하는 것일 뿐인 점(대법원 1993. 6. 11. 선고 92누16126 판결 참조), 구 교육세법이 준용하고 있는 구 법인세법 제40조, 제43조의 구체적 내용은 교육세 과세표준이 되는 수익금액의 귀속시기를 결정하는 기준과 수익금액을 계산하는 기준에 관한 것이지 구 법인세법에 따라 산정한 익금의 존부나 그 액수 자체가 아니므로 구 법인세법의 규정에 따라 인식한 익금이 구 교육세법령에 따른 과세표준이 되는 수익금액과 반드시 일치되어야 한다고 볼 수 없는 점, 법인세와 교육세는 별도의 법률에 따른 별도의 세목으로 각각의 과세표준, 과세목적 및 체계 등이 다른 이상 세목별로 과세표준 내지 과세 여부가 달라지는 것이 비합리적이라고 볼 것은 아닌 점 등을 더하여 보면, 구 교육세법에서 명시적인 과세근거가 없는 이 사건 의제배당금을 구 법인세법을 근거로 구 교육세법령에서 정한 수익금액에 해당한다고 보기는 어렵다.

       이에 대하여 피고는 대법원 1989. 8. 8. 선고 88누3680 판결을 근거로 구 교육세법 제5조 제3항의 배당금에 구 법인세법에서 정한 의제배당금이 포함된다고도 주장하나, 위 대법원 판결은 구 법인세법(1985. 12. 23. 법률 제3794호로 개정되기 전의 것) 제19조 제2호에 따라 법인의 잉여금이 자본에 전입함으로써 취득하는 주식 등을 배당으로 의제하는 경우에 관한 것일 뿐으로, 이 사건 의제배당금과 그 성격을 달리하여 이를 이 사건에 그대로 적용할 수 없다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

     ④ 또한 피고는 ’순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익금액으로서 구 교육세법 제5조 제3항, 구 교육세법 시행령 제4조 제1항 각호에 해당하는 금융·보험업자의 수익금액은 같은 시행령 제4조 제2항 각 호에서 교육세 과세표준에 산입하지 아니하도록 규정한 수익금액에 해당하지 않는 이상 원칙적으로 교육세 과세표준에 산입되어야 한다(대법원 2015. 2. 12. 선고 2014두13140 판결)‘는 법리를 근거로 이 사건 의제배당금이 교육세 과세표준에 산입되어야 한다고도 주장한다. 다만 피고가 들고 있는 법리에 의하더라도 이 사건 의제배당금이 구 교육세법상 과세대상인 수익금액에 해당됨이 전제되어야 하는데, 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준에 따라 이 사건 의제배당금을 구 교육세법상 과세표준에 산입할 수 없고, 구 법인세법을 근거로도 이를 구 교육세법상 수익금액으로 볼 수 없다는 점은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 취소의 범위(이 사건 처분의 정당세액)

 가. 이 사건 처분 중 쟁점2, 3, 4, 6(이하 '이 사건 각 쟁점'이라 한다) 부분과 관련된 피고의 과세처분이 위법하다는 점은 앞서 살펴본 바와 같다. 과세처분취소소송에 있어 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이므로(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조), 이 사건 처분 중 이 사건 각 쟁점 부분에서 위법한다고 판단된 부분을 제외한, 정당한 원고들의 2013 사업연도 내지 2016 사업연도 법인세액 및 정당한 원고 ㅇㅇ은행의 2014년 제1기 교육세액을 산정하여야 할 것이다.

    이 사건 처분의 정당세액에 관하여 보건대, 앞서 본 사실과 더불어 앞서 든 증거들, 을 제12, 13, 15, 16, 19, 22호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, ㉮ 이 사건 각 쟁점들이 원고들의 2013 사업연도 내지 2016 사업연도의 각 법인세 과세표준 및 원고 ㅇㅇ은행의 2014년 교육세 과세표준과 관련된 사실, ㉯ 이 사건 각 쟁점들에 관한 원고들의 주장이 받아들여져 피고의 과세처분에서 위 각 쟁점 부분을 제외할 경우 원고들의 2013 사업연도 내지 2015 사업연도 각 법인세의 정당세액 및 취소세액(환급세액)은 별지 1 법인세 부과내역 2013 사업연도 내지 2015 사업연도 각 법인세 증액경정처분 중 '정당세액'란 및 '취소를 구하는 세액'란 기재와 같고, 원고 ㅇㅇ은행에 대한 2014년 제1기 교육세 *************원(가산세 포함) 부과처분의 정당세액은 *********원(가산세 포함)인 사실, ㉰ 아울러 이 경우 원고 ㅇㅇ은행의 2015 사업연도 국내 소득금액에서 **************원의 결손이 발생하는 등으로 해당 사업연도 법인세 과세표준이 감소하고, 이에 따라 위 사업연도 법인세 산출세액이 **************원으로 감소하는 사실, ㉱ 한편, 원고 ㅇㅇ가 2019. *. **. 원고 ㅇㅇ은행의 외국납부세액공제액을 기존 **************원에서 공제한도 상당액인 **************원으로 상향조정하면서 연결법인세 **************원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 피고가 이를 인용하여 법인세 **************원을 환급한 사실이 인정되거나, 당사자 사이에 다툼이 없다.

    다만 이 경우 산정되는 원고들의 2016 사업연도 법인세의 정당세액 및 취소세액에 관하여는 원고들과 피고 사이에 다툼이 있는데, 이는 이 사건 처분 중 이 사건 각 쟁점 부분에서 위법한다고 판단된 부분을 제외함으로써 발생하는 2015 사업연도 외국납부세액 미공제액의 이월 공제 여부 내지 공제 한도에 따른 것이다. 원고들은, 2015 사업연도 법인세 산출세액이 감소하더라도 해당 사업연도의 공제한도는 그대로 유지되고, 공제한도 내에서 감소한 법인세액 상당액을 초과하여 해당 사업연도에 공제되지 못하는 부분인 *************원(= 공제한도 **************원 – 감소한 법인세액 **************원)은 2016 사업연도로 이월되어 그 전액이 공제되어야 한다고 주장한다. 반면 피고는, 2015 사업연도 법인세액이 감소함에 따라 외국납부세액 미공제액이 *************원 발생하게 되는데, 그중 약 *** 원은 해당 사업연도의 공제한도가 줄어들면서 한도 초과 외국납부세액이 증가함에 따라 이월 공제에서 제외되고, 다음 사업연도로 이월되는 나머지 약 *** 원 중 약 *** 원만이 2016 사업연도의 공제한도 제약에 따라 2016 사업연도에 공제되고, 약 *** 원은 2017년 이후에 공제된다고 주장한다. 그러므로 이하에서는 ① 이 사건 각 쟁점 부분에서 위법한다고 판단된 부분을 제외함에 따라 국내 결손금이 발생하고 법인세액이 감소할 경우, 이에 대응하여 공제한도가 줄어들게 되어 공제한도 초과 외국납부세액 미공제액이 발생하는지 여부와, ② 공제한도 내에서 법인세액 상당액을 초과하여 공제되지 못하는 부분이 다음 사업연도로 이월되는 경우, 다음 사업연도에서의 공제한도에 대한 제한이 있는지 여부에 관하여 살펴본다.

 나. 구 법인세법 제57조 제1항은 ’내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다‘고 규정하면서, 외국납부세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법(제1호)과 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법(제2호)을 각각 들고 있다.

    그중 외국납부세액을 공제하는 경우에는(제1호), 같은 법 제55조에 따라 산출한 해당 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도(이하 ’공제한도‘라 한다)로 하여 이를 해당 사업연도의 법인세액에서 공제하도록 규정하고 있고, 이를 산식으로 표시하면 아래와 같다.

외국납부세액 공제한도 = 해당 사업연도의 산출 법인세액 × (해당 사업연도의 국외원천소득금액 / 해당 사업연도의 과세표준금액)

    구 법인세법 시행령 제94조는 구 법인세법 제57조 제7항의 위임에 따라 국외원천소득의 계산방법 등을 규정하고 있는데, 공제한도를 계산함에 있어 국외사업장이 2 이상의 국가에 있는 경우에는 국가별로 구분하여 이를 계산하도록 정하고 있다(제7항). 구 법인세법 시행규칙(2017. 3. 10. 기획재정부령 제597호로 개정되기 전의 것)은 [별지 제8호서식부표 5의2]6)에서 ’국가별 외국납부세액공제 명세서‘ 서식(이하 ’이 사건 서식‘이라 한다)을 제시하고 있고, 작성방법에 결손이 발생한 국가가 있는 경우 기재할 ’기준 국외원천소득‘ 계산방법을 예시하면서 결손이 발생한 국가가 있는 경우 이를 참고하여 기재하도록 하였는데, 위 서식에 기재된 예시는 2001. 11. 1. 개정되어 유지되어 온 법인세법 기본통칙에서 들고 있는 ’2개 이상의 국가에 국외사업장이 있는 경우 외국납부세액공제한도액계산‘의 예시 내용과 같다(법인세법 기본통칙 57-94···17), 이하 ’이 사건 기본통칙‘이라 한다). 위 시행규칙 서식과 이 사건 기본통칙은 국외사업장이 2 이상의 국가에 있는 경우에는 어느 국가의 소득금액이 결손인 경우의 기준국외원천소득금액 계산은 각국별 소득금액에서 그 결손금액을 총소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율로 안분계산하여 차감한 금액으로 한다’고 정하면서, 별지 4, 5와 같이 법인세 과세표준을 400, 이에 대한 산출세액을 120으로 가정한 국별 외국납부세액공제 한도액 계산방법 등을 예시하고 있다.

    한편, 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 해당 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 사업연도에 이월하여 그 이월된 사업연도의 공제한도 범위에서 공제받을 수 있다(구 법인세법 제57조 제2항). 그러나 해당 사업연도의 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액은 외국법인세액의 공제가 적용되는 경우의 국외원천소득에서 제외되고, 다음 사업연도로 이월되지도 아니한다(구 법인세법 시행령 제94조 제15항).

 다. 먼저, ① 이 사건 각 쟁점 부분에서 위법한다고 판단된 부분을 제외함에 따라 국내 결손금이 발생하여 법인세액이 감소할 경우, 이에 대응하여 공제한도가 줄어들게 되어 공제한도 초과 외국납부세액 미공제액이 발생하는지 여부를 살펴본다. 위에서 본 관련 규정 등을 종합하여 보면, 공제한도는 국가별로 계산하여야 하는데, 국가별 공제한도액은 해당 사업연도의 법인세 산출세액에 해당 사업연도의 기준 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한다. 이 사건 처분 중 이 사건 각 쟁점 부분에서 위법한다고 판단된 부분을 제외하는 경우 위 산식에서 법인세 산출세액과 과세표준이 각 감소하게 되지만, 위 요인들은 유사한 비율로 감소하게 되므로 그로 인하여 공제한도의 변동을 유발하기 어렵다. 위와 같은 경우 공제한도가 감소하기 위해서는 이 사건 처분 중 이 사건 각 쟁점 부분에서 위법한다고 판단된 부분을 제외하여 발생한 국내 결손금이 산출세액 및 과세표준 뿐만 아니라 기준 국외원천소득에도 반영되어야 할 것인데, 위 국내 결손 부분이 기준 국외원천소득에 반영된다고 볼 수 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

   1) 구 법인세법 제57조 제1항 제1호는, 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 국외원천소득이 위 과세표준에서 차지하는 비율과 법인세액을 곱한 금액으로 공제한도를 계산하도록 정하고 있을 뿐, 국내 소득금액이 결손일 때에 위 비율 산정에 적용되는 국외원천소득에 이를 반영할지 여부를 따로 정하고 있지 아니하다. 구 법인세법 시행령 제94조 제7항 역시 국가별로 외국납부세액 공제한도를 계산하도록 정하면서, 국내 결손금을 국가별 국외원천소득의 계산 과정에서 어떻게 취급하여야 할지에 대해 별도의 내용을 두지 않고 있다. 따라서 2개 이상의 국외사업장을 가진 내국법인의 외국납부세액 공제한도를 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따라 정할 때 국내 소득금액이 결손인 경우의 국외원천소득은 외국납부세액 공제제도 및 공제한도가 마련된 목적 및 취지를 토대로 체계적으로 조화롭게 그 결론을 도출함이 타당하다.

   2) 우리나라는 국내원천소득에 대하여 전면적 과세권을 행사하면서 국외원천소득에 대하여는 보충적 과세권을 행사하는데, 법인세법령은 국제적인 이중과세 조정을 위하여 외국납부세액을 공제하면서도 그 공제로 인하여 국내원천소득에 대한 과세권이 잠식되는 것을 막기 위하여 공제한도를 정하고 있다. 그런데 내국법인의 국내사업장에서 결손금이 발생할 경우 그 결손금을 다른 외국의 국외사업장에서 생긴 소득금액에 반영하여 공제한도를 산정한다면 국내원천소득에 대한 과세권이 잠식될 여지가 없음에도 외국납부세액의 공제한도를 낮추어 외국납부세액을 이중으로 과세하는 결과를 초래하게 된다. 이와 같은 국제적 이중과세는 국가 간의 경제 교류를 심각하게 저해하고 국외투자 및 경제활동에 대한 세제의 중립성을 침해할 우려가 있다.

   3) 구 법인세법 제57조 제1항 제1호 소정의 ‘국외원천소득이 해당 사업연도 과세표준에서 차지하는 비율’에서 ‘국외원천소득’은 그 문언에 의하더라도 국내 소득금액이 반영되지 아니함은 명백하다. 아울러 국내 사업장에서 결손금이 발생하지 않는 경우에는 이를 국외원천소득에 반영할 여지가 전혀 없음에도, 국내 사업장에서 결손금이 발생한 때에만 국외원천소득에 반영하여야 한다고 확장해석하거나 유추적용하여야 할 합리적인 근거를 찾을 수 없다. 이 사건 서식과 이 사건 기본통칙의 예시 내용 또한 내국법인의 어느 ‘국외’ 사업장에 결손금이 발생할 경우에 관한 것일 뿐이다.

   4) 피고는 대법원 2026. 6. 24. 선고 2026두30552 판결 및 대법원 2026. 6. 25. 선고 2026두30340 판결에서 설시한 ‘2개 이상의 국외사업장을 가진 내국법인의 외국납부세액 공제한도를 정할 때, 어느 국가의 소득금액이 결손인 경우 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따른 ’국외원천소득‘은 그 결손금액을 총소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율에 따라 안분하여 국가별 소득금액에서 차감하는 방식으로 계산하여야 한다’는 법리를 근거로 국내 결손금을 국외원천소득에 국가별로 안분하여 차감하여야 한다고 주장한다. 다만, 위 대법원 판결들은 모두 2개 이상의 ‘국외’ 사업장을 가진 내국법인의 외국납부세액 공제한도를 정할 때, 어느 한 ‘국외’ 사업장의 소득금액이 결손인 경우의 국외원천소득 계산 방법에 관한 것이므로, 위 법리가 이 사건에 그대로 적용된다고 볼 수는 없다.

 라. 다음으로 ② 공제한도 내에서 법인세액 상당액을 초과하여 공제되지 못하는 부분이 다음 사업연도로 이월되는 경우 다음 사업연도 공제한도 범위 내에서만 이월 공제되는지 여부를 살펴본다.

    피고는 공제한도 내 금액이지만 법인세액 상당액을 초과하여 당해 사업연도에 공제되지 못하는 부분은 각 국가별로 안분하여 다음 사업연도로 이월되는데, 그 사업연도에서도 국가별 공제한도 금액 내에서만 공제될 수 있고, 한도를 초과하는 부분은 이월되어 다시 같은 방식으로 공제된다고 주장한다. 그러나 피고가 위 주장의 근거로 삼고 있는 규정은 앞서 본 구 법인세법 제57조 제2항인데, 위 규정은 외국정부에 납부하였거나 납부할 외국법인세액이 공제한도를 초과하는 경우에 관한 것일 뿐, 본 사안과 같이 애초에 외국납부세액 공제한도가 법인세액 상당액을 초과하여 해당 사업연도에 공제되지 못하는 부분이 발생하였을 때 어떻게 이월되는지에 대한 규정으로 볼 수는 없다. 이와 관련해서 법인세법 등에서는 아무런 규정을 두고 있지 않는바, 구 법인세법 제57조 제2항을 외국납부세액 공제한도가 법인세액 상당액을 초과하여 해당 사업연도에 공제되지 못하는 부분이 발생하였을 경우까지 확장해석하거나 유추적용하여야 할 합리적인 근거를 찾을 수 없고, 오히려 이 경우에는 이월되는 공제 범위에 대하여 제한을 두지 않았다고 봄이 타당하다.

   과세처분의 적법성과 정당세액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는바, 피고가 위에서 주장하는 정당세액 계산 방법의 적법성이 충분하게 입증되었다고 볼 수 없으므로, 공제한도 내에서 법인세액 상당액을 초과하여 공제되지 못하는 부분의 다음 사업연도 공제 범위의 제한에 관한 피고의 주장도 이유 없다.

 마. 위에서 살펴본 바에 의하면, 이 사건 각 쟁점 부분과 관련한 피고의 과세처분이 위법함에 따라 원고들의 2015 사업연도 법인세 산출세액은 **************원으로 감소하는데, 위 산출세액 감소에도 불구하고 공제한도는 **************원으로 유지되고, 공제한도 내에 감소한 법인세액 상당액을 초과하는 부분인 *************원(= **************원 – **************원)은 2016 사업연도로 이월되어 그 전액이 일괄하여 공제되어야 한다고 봄이 타당하다. 그렇다면 이 사건 각 쟁점 부분과 관련한 피고의 과세처분이 위법함에 따라, 정당한 원고들의 2016 사업연도 법인세액 및 취소세액은 별지 1 법인세 부과내역 2016 사업연도 법인세 증액경정처분 중 '정당세액' 및 '취소를 구하는 세액'란의 각 기재와 같다.

    결국 원고들과 피고가 이 법원 변론종결 시까지 제출한 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 토대로 산출한 이 사건 처분 중 원고들의 법인세 부분의 정당세액은 별지 1 법인세 부과내역 2013 사업연도 내지 2016 사업연도 각 법인세 증액경정처분 중 ‘정당세액’란 기재 금액과 같고, 원고 ㅇㅇ은행의 2014년 제1기 교육세 *************원(가산세 포함) 부과처분의 정당세액은 *********원(가산세 포함)이므로, 이 사건 처분은 위 정당세액 범위를 초과하는 범위에서 취소되어야 한다.

4. 결론

 그렇다면 원고들의 청구는 이유 있어 이를 인용하여야 한다. 따라서 원고들이 이 법원에서 일부 확장 및 감축한 청구를 포함하여 제1심판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.