1. 사실관계

<A주택 소유현황>

○ ’86.06. 甲은 본인 명의 토지에 배우자 乙명의로 A주택을 신축

 - 부수토지 부분은 甲, 건물부분은 乙소유로 신축 후 ’97.10.까지 11년 간 甲, 乙 함께 거주

○ ’02.10. A주택을 甲에게 증여하여 甲 단독명의로 전환

○ ’25.01. A주택 및 부수토지 양도

 * 甲, 乙이 속한 세대는 양도당시 A주택외 소유주택 없음

2. 질의내용

○ 동일 세대원이 주택의 건물부분과 부수토지를 각각 소유하다가 주택의 건물을 토지소유자에게 증여하여 단독명의로 전환한 경우로서

 - 부수토지에 대하여 「소득세법」 제95조제2항의 [표2]에 따른 공제율을 적용할 때 주택을 증여받기 전 동일세대원으로서 함께 거주한 기간에 대하여 거주기간별 공제율을 적용할 수 있는지 여부

3. 관련법령 및 관련사례

□ 소득세법 제95조 【양도소득금액과 장기보유특별공제액】

① 양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다. <개정 2023.12.31>

② 제1항에서 "장기보유 특별공제액”이란 제94조제1항제1호에 따른 자산(제104조제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조제1항제2호가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

⑤ 제2항 단서에도 불구하고 주택이 아닌 건물을 사실상 주거용으로 사용하거나 공부상의 용도를 주택으로 변경하는 경우로서 그 자산이 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산인 경우 장기보유 특별공제액은 그 자산의 양도차익에 제1호에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 제2호에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.

1. 보유기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율. 다만, 다음 계산식에 따라 계산한 공제율이 100분의 40보다 큰 경우에는 100분의 40으로 한다.

2. 거주기간별 공제율: 다음 계산식에 따라 계산한 공제율

□ 소득세법 시행령 제159조의4 【장기보유특별공제】

법 제95조제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.

□ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 경우를 말한다.

5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날

□ 양도소득세 집행기준 95-0-1 【장기보유특별공제를 위한 보유기간 계산 기준일】