1. 사실관계

○질의법인은 비상장 중소기업으로 ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣(이하 “벤처기업법”)에 따라 벤처기업으로 등록된 회사임

○질의법인은 벤처기업법에 따라 2023.3.29.에 임직원에게 회사의 발행주식 총수의 13.4%를 주식매수선택권으로 부여함

○벤처기업법 제16조의3 제2항에 따라 벤처기업은 주식매수선택권을 법인의 발행주식총수의 50% 이내에서 발행가능함

○｢법인세법 시행령｣ 제19조 제19호의2에서는 법인의 발행주식총수의 10% 이내에 부여한 경우의 주식매수선택권 행사차액을 한정하여 손금산입 대상으로 규정함

2. 질의요지

○ 벤처기업이 벤처기업법 제16조의3에 따라 주식매수선택권을 부여하면서 발행주식총수의 10%를 초과하게 된 경우동 주식매수선택권 행사차액의 손금산입 적용 방법

3. 관련 법령

○ 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】

법 제19조제1항에 따른 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호의 것을 포함한다.

19.임직원이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권 또는 주식이나 주식가치에 상당하는 금전으로 지급받는 상여금으로서 기획재정부령으로 정하는 것(이하 "주식기준보상"이라 한다)을 행사하거나 지급받는 경우 해당 주식매수선택권 또는 주식기준보상(이하 "주식매수선택권등"이라 한다)을 부여하거나 지급한 법인에 그 행사 또는 지급비용으로서 보전하는 금액

  가. ｢금융지주회사법｣에 따른 금융지주회사로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등(주식매수선택권은 ｢상법｣ 제542조의3에 따라 부여받은 경우만 해당한다)

  나. 기획재정부령으로 정하는 해외모법인으로부터 부여받거나 지급받은 주식매수선택권등으로서 기획재정부령으로 정하는 것

19의2. ｢상법｣ 제340조의2, ｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제16조의3 또는 ｢소재ㆍ부품ㆍ장비산업 경쟁력강화를 위한 특별조치법｣ 제56조에 따른 주식매수선택권(이하 이 호에서 "주식매수선택권"이라 한다), ｢근로복지기본법｣ 제39조에 따른 우리사주매수선택권(이하 이 호에서 "우리사주매수선택권"이라 한다)이나 금전을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액. 다만, 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10 범위에서 부여하거나 지급한 경우로 한정한다.

  가. 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권을 부여받은 경우로서 다음의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 금액

1) 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우의 해당 금액

2) 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 또는 우리사주매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

  나. 주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

○ 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제20조【자본거래 등으로 인한 손비의 손금불산입】

다음 각 호의 손비는 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

 1. 잉여금의 처분을 손비로 계상[결산을 확정할 때 손비로 계상(計上)하는 것을 말한다. 이하 같다]한 금액. 다만, 대통령령으로 정하는 성과급은 제외한다.

○ 법인세법 시행령(2018.2.13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제20조【성과급 등의 범위】

①법 제20조제1호 단서에서 "대통령령으로 정하는 성과급"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 2. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제165조의3에 따라 취득한 자기주식으로 지급하는 성과급으로서 우리사주조합을 통하여 지급하는 것. 이 경우 ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣에 따른 유가증권시장에서 해당 법인의 주식을 취득하여 조합원에게 분배한 우리사주조합에 해당 법인이 성과급으로 그 대금을 지급하는 것을 포함한다.

 3. 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 등(해당 법인의 발행주식총수의 100분의 10의 범위에서 부여하거나 지급한 경우만 해당한다)을 부여받거나 지급받은 자에 대한 다음 각 목의 금액

  가.주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 약정된 주식의 매수가액과 시가의 차액을 금전 또는 해당 법인의 주식으로 지급하는 경우 해당 금액

  나.주식매수선택권을 부여받은 경우 약정된 주식매수시기에 주식매수선택권 행사에 따라 주식을 시가보다 낮게 발행하는 경우 그 주식의 실제 매수가액과 시가의 차액

  다.주식기준보상으로 금전을 지급하는 경우 해당 금액

④제1항의 규정에 의한 성과급의 손금산입은 그 잉여금처분금액을 당해 사업연도의 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고서에 손금으로 산입하는 방법에 의한다.

○ 법인세법 시행규칙(2018.3.21. 기획재정부령 제671호로 개정되기 전의 것) 제10조의4【주식매수선택권등의 범위】

영 제20조제1항제3호에서 "기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권 등"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

 2.｢벤처기업육성에 관한 특별조치법｣ 제2조제1항에 따른 벤처기업이 부여하거나 지급한 주식매수선택권 등(주식매수선택권은 같은 법 제16조의3에 따라 부여한 경우만 해당한다)

○ 법인세법 시행령(2009.02.04. 시행령 제21302호로 개정되기 전의 것) 제20조【성과급 등의 범위】

① 법 제20조제1호에서 "대통령령이 정하는 성과급"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

 1. ~2. (생략)

 3. 「조세특례제한법」 제15조제4항의 규정에 의하여 지급하는 금액

④ 제1항의 규정에 의한 성과급의 손금산입은 그 잉여금처분금액을 당해 사업연도의 세무조정계산서에 계상하고 이를 법인세 과세표준신고서에 손금으로 산입하는 방법에 의한다.

○조세특례제한법(2008.9.26. 법률 제9131호로 개정되기 전의 것) 제15조【주식매수선택권에 대한 과세특례】

① 창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 「부품・소재전문기업 등의 육성에 관한 특별조치법」 제2조제2호의 규정에 의한 부품・소재전문기업(이하 "부품・소재전문기업"이라 한다)으로서 대통령령이 정하는 내국법인과 「증권거래법」에 의한 주권상장법인 또는 코스닥상장법인으로서 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 "창업법인등"이라 한다)이 해당법인의 종업원(벤처기업 및 부품・소재전문기업의 경우 대통령령이 정하는 자를 포함한다. 이하 이 조에서 "종업원등"이라 한다)에게 주식매수선택권을 부여하고 이를 행사하게 함에 따라 그 주식을 시가보다 낮은 가액으로 양도하는 경우에는 「법인세법」 제52조의 규정에 불구하고 해당법인에 대하여는 부당행위계산의 부인을 적용하지 아니한다.

② 제1항의 규정에 의한 주식매수선택권은 다음 각호의 요건을 갖춘 것에 한한다.

 1. ~4. (생략)

 5.창업법인등이 발행주식총수의 100분의 10(벤처기업의 경우에는 100분의 20의 범위안에서 대통령령이 정하는 율)의 범위 안에서 동일 종업원등에게 주식매수선택권을 부여할 것

④제1항 및 제2항의 규정은 종업원등이 주식매수선택권을 부여받아 약정된 주식매수시기에 주식을 실제로 매수하지 아니하고 약정된 주식의 매수가액과 시가와의 차액(약정된 주식의 매수가액이 시가보다 낮은 경우의 차액을 말한다)을 현금 또는 창업법인등이 발행한 주식으로 지급받는 경우에도 이를 적용한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 【벤처기업의 주식매수선택권】

① 주식회사인 벤처기업은 정관으로 정하는 바에 따라 주주총회의 결의로 해당 기업의 설립 또는 기술ㆍ경영의 혁신 등에 기여하였거나 기여할 능력을 갖춘 다음 각 호의 자에게 미리 정한 가격(이하 "행사가격"이라 한다)으로 신주를 매수할 수 있는 권리나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 기업의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 이 경우 주주총회의 결의는 ｢상법｣ 제434조를 준용한다.

 1. 벤처기업의 임직원(대통령령으로 정하는 자는 제외한다)

 2. 벤처기업이 인수한 기업(해당 기업 발행주식 총수의 100분의 30을 초과하는 주식을 가진 벤처기업의 경우에만 해당한다)의 임직원(대통령령으로 정하는 자는 제외한다)

 3. 해당 기업이 필요로 하는 전문성을 보유한 자로서 대통령령으로 정하는 자

② 제1항에 따라 부여하는 주식은 회사의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과할 수 없다. 다만, 제1항제3호에 해당하는 경우에는 회사의 발행주식 총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.

○ 벤처기업법 제16조의5 【주식매수선택권의 행사】

① 제16조의3제1항에 따라 주식매수선택권을 부여받은 자는 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 같은 항에 따른 결의가 있는 날 또는 제16조의4제3항에 따라 이사회에서 정한 날부터 2년 이상 재임하거나 재직하여야 이를 행사할 수 있다. 다만, 제16조의3제1항제3호에 해당하는 자에게 부여된 주식매수선택권은 그 결의가 있는 날 또는 제16조의4제3항에 따라 이사회에서 정한 날부터 2년이 경과하고 대통령령으로 정한 요건을 충족한 경우에만 이를 행사할 수 있다.

○ 상법 제340조의2 【주식매수선택권】

① 회사는 정관으로 정하는 바에 따라 제434조의 주주총회의 결의로 회사의 설립ㆍ경영 및 기술혁신 등에 기여하거나 기여할 수 있는 회사의 이사, 집행임원, 감사 또는 피용자(被用者)에게 미리 정한 가액(이하 "주식매수선택권의 행사가액"이라 한다)으로 신주를 인수하거나 자기의 주식을 매수할 수 있는 권리(이하 "주식매수선택권"이라 한다)를 부여할 수 있다. 다만, 주식매수선택권의 행사가액이 주식의 실질가액보다 낮은 경우에 회사는 그 차액을 금전으로 지급하거나 그 차액에 상당하는 자기의 주식을 양도할 수 있다. 이 경우 주식의 실질가액은 주식매수선택권의 행사일을 기준으로 평가한다.

③ 제1항에 따라 발행할 신주 또는 양도할 자기의 주식은 회사의 발행주식총수의 100분의 10을 초과할 수 없다.