이유
1. 처분개요 가. 청구법인 은 2014.8.22. OOO을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 2015.5.22. 이 건 부동산의 사용현황을 조사한 결과, 당초 취득세 등을 감면받은 지하 101호는 수익사업 용도로, 취득세 등을 신고·납부한 지상 101·501호(이하 “쟁점부동산”이라 한다)는 고유업무에 직접 사용하고 있는 것을 확인하고, 2015.7.10. 청구법인에게 이 건 부동산 중 지하 101호에 대하여 감면한 취득세 등 OOO을 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 2015.9.16. 쟁점부동산에 대하여 신고·납부한 취득세 등 OOO을 환급하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인이 취득신고 당시 이 건 부동산의 각 호별 취득가액을 임의로 안분하여 산정하고 이를 기준으로 감면분과 과세분 취득세 등을 산정하였으나, 각 호별 취득가격은 총 취득가격에 각 호별 시가표준액 비율을 적용하여 산정하여야 하는 것으로 보아, 위 기준에 따라 산정된 각 호별 가액을 과세표준으로 적용하여 쟁점부동산의 환급세액을 산정하고, 당초 신고한 각 호별 세액을 조정하여 2015.11.16. 청구법인에게 취득세 OOO을 환급하는 것으로 하여 경정청구에 따른 결과를 통지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2016.2.12. 이의신청을 거쳐 2016.7.4. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청이 취득세의 과세표준은 취득자가 신고한 가액으로 한다고 규정하고 있는 「지방세법」상의 규정을 부인하고, 하위 법령인 「지방세법 시행령」에서 규정한 방법에 따라 이 건 부동산의 각 호별 취득가액을 산정한 것은 「지방세법」상의 관련 규정의 취지를 오해한 것이다. (2) 청구법인은 이 건 부동산을 취득하고 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」에 따라 신고한 각 호별 취득가액을 과세표준으로 하여 취득세 등을 신고하였으나, 처분청이 신고한 내용을 부인하고 각 호별 취득가액을 시가표준액 비율로 안분하여 재계산한 것은 부당하고, 이 건 부동산의 중개업자는 거래시세, 임대료, 면적 등을 감안하여 합리적으로 각 호별 취득가액을 나눈 것이며, 청구법인은 위 금액을 적정한 시세로 신고하여 취득세를 탈루함이 없이 적정하게 납부한 것이고, 처분청도 이를 인정하여 취득세 등을 감면하였으며, 청구법인은 이를 토대로 고유목적 사업에서 수익사업 용도로 전용된 부분에 대하여도 수정신고를 하고 추징도 받았으므로 처분청이 환급금액을 줄이는 것은 신의성실원칙에 위배되는 것이고 「지방세법」 제10조 의 법리를 위배한 것이다. 나. 처분청 의견 (1) 청구법인은 이 건 부동산의 각 호별 취득가격을 시가표준액 비율로 안분하여 산정하는 것은 불합리하다고 주장하나, 건설교통부의 부동산 실거래가 신고제도 업무처리 요령을 보면 부동산거래신고 가격의 검증은 부동산거래계약신고 및 주택거래계약신고를 통해 신고처리 된 거래정보 중 거래물건 유형이 공동주택, 단독주택 및 토지만을 그 대상으로 하고 있는바, 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후, 「부동산 거래 신고에 관한 법률」 제3조에 따라 부동산거래계약신고를 하고, 부동산거래계약 신고필증을 교부받았다 하더라도 상가 건물인 이 건 부동산의 신고가액은 「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제6조의 규정에 의하여 검증을 받은 가격에 해당한다고 할 수는 없다 할 것이므로 이를 사실상 취득가격으로 인정하기 어렵다 하겠고, 청구법인이 이 건 부동산을 일괄취득한 사실이 매매계약서 및 거래원장에서 확인되고 있으며, 달리 그 구분과 관련된 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있는 이상, 처분청이 「지방세법 시행령」 제19조 제1항에 따라 건축물 등을 한꺼번에 취득하여 그 취득가격이 구분되지 않는 경우로 보아 취득가액을 호수별 시가표준액 비율로 안분한 것은 정당하다. (2) 청구법인은 수익사업으로 전용한 부분을 추징할 때와 고유업무로 전용한 부분을 환급할 때의 취득가액을 달리 적용하는 것은 신의성실의 원칙에 반한다고 주장하나, 처분청은 청구법인이 환급청구한 금액이 부동산거래신고 시 임의로 안분한 금액을 과세표준으로 하여 산정되었음을 확인하고, 관련 법령에 따라 전체 취득가액을 이 건 부동산의 호수별 시가표준액 비율로 안분하여 산출한 취득가격에 기 납부액 및 추징액 등을 가감하여 환급액을 산정한 것으로 확인되는바, 처분청이 쟁점부동산 등의 과세표준을 달리하여 청구법인의 이익에 반하는 처분을 하였다고 보기 어렵다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 이 건 부동산 중 각 호별 취득가격을 총 취득가액에 각 호별 시가표준액 비율을 적용하여 산정한 것이 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 2014.8.22. OOO을 신고·납부하였다. (나) 처분청은 2015.5.22. 이 건 부동산의 사용현황을 조사한 결과, 당초 취득세 등을 감면받은 지하 101호는 수익사업 용도로, 취득세 등을 신고·납부한 지상 101·501호(쟁점부동산)는 고유 업무에 직접 사용하고 있는 것을 확인하고, 이 건 부동산 중 지하 101호에 대하여 감면한 취득세 등 OOO을 2015.7.10. 부과·고지하였다. (다) 청구법인은 2015.9.16. 쟁점부동산에 대한 취득세 등 OOO을 환급 하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였고, 처분청 은 청구법인이 취득신고 당시 이 건 부동산의 각 호별 취득가액을 임의로 안분하여 산정하고 이를 기준으로 감면분과 과세분 취득세 등을 산정하였으나, 각 호별 취득가격 은 총 취득가격에 각 호별 시가표준액 비율을 적용하여 산정하여야 하는 것으로 보아 위 기준에 따라 산정된 각 호별 취득가액을 과세표준으로 적용하여 쟁점부동산의 환급세액을 산정하고, 당초 신고한 각 호별 세액을 조정하여 2015.11.16. 청구법인에게 취득세 OOO을 환급하는 것으로 하여 경정청구에 따른 결과를 통지하였다. (라) 매도자 주식회사 OOO에 매수하는 것으로 기재되어 있고, 각 호별 매매가액은 기재되어 있지 아니한다. (마) 청구법인이 신고한 이 건 부동산의 각 호별 가액 및 시가표준액 비율로 안분한 이 건 부동산의 각 호별 가액은 아래 <표1>과 같다. (바) 청구법인의 장부에 의하면, 청구법인은 이 건 부동산의 매매대금으로 2014.7.4. OOO을 지급한 것으로 나타나고, 각 호별로 지급된 가액은 나타나지 아니한다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 부동산의 각 호별 취득가격을 총 취득가액에 각 호별 시가표준액 비율을 곱하여 산정한 것이 부당하다고 주장하나, 「지방세법」 제10조 제1항에서 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제5항에서 다음 각 호의 취득에 대하여는 제2항 단서 및 제3항 후단에도 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액을 과세표준으로 한다고 규정하면서 그 제3호에서 판결문ㆍ법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제19조 제1항에서 토지와 건축물 등을 한꺼번에 취득하여 토지 또는 건축물 등의 취득가격이 구분되지 아니하는 경우에는 한꺼번에 취득한 가격을 토지와 건축물 등의 시가표준액 비율로 나눈 금액을 각각의 취득가격으로 한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 이 건 부동산을 일괄취득하여 각 호별 취득가액이 나타나지 아니한 사실이 이 건 부동산의 매매계약서, 청구법인의 장부 등에 의하여 확인되는 점, 「지방세법」 제10조 에서 건축물등을 일괄취득하는 경우 각 호별 취득가격 산정방법에 대하여는 규정하고 있지 아니하므로 각 호별 취득가격의 산정방법은 「지방세법 시행령」 제19조 제1항에 따라야 하는 점, 청구법인은 처분청에 이 건 부동산의 거래계약 신고시 각 호별 취득가액을 신고하였으므로 이 금액을 각 호별 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 상가용 건축물과 부속토지인 이 건 부동산은 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」제28조에 따른 가격 검증대상에 해당하지 아니하고, 이 법령에 의하여 검증을 받지 아니한 가격은 당해 부동산의 객관적인 가치를 그대로 반영하였다고 보기 어렵다 할 것이므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어려운 점, 처분청이 이 건 부동산의 각 호별 취득가액을 산정할 때 잘못이 있었던 사정이 나타나지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 이 건 부동산의 각 호별 취득가격을 총 취득가액에 각 호별 시가표준액 비율을 곱하여 산정하고, 이를 기준으로 쟁점부동산의 환급세액 등을 감액한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.