이유
1. 처분개요

가. 청구인은 2003.1.14. 광주광역시 남구 OOO 대 264.5㎡를 매매를 원인으로 취득(2005.1.31. 추가 취득한 같은 동 OOO주차장 114.4㎡를 합하여 이하 “쟁점토지”라 한다)한 후, 2003.9.27. 쟁점토지 지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의 근린생활시설(연면적이 1,617.21㎡이며, 2007.4.26. 5층에 증축한 창고 64.98㎡를 합한 연면적 1,682.19㎡를 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 취득하였다OOO

나. 이후 청구인은 2022.10.28. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에게 쟁점건물과 쟁점토지를 합하여 OOO원에 일괄 양도한 후, 2022.12.31. 쟁점토지와 쟁점건물의 취득가액을 환산가액(쟁점건물의 환산가액은 OOO원으로, 이하 “쟁점환산취득가액”이라 한다)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고.납부하였다.

다. 처분청은 2023.4.24.~2023.5.12. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점토지에 대하여는 청구인이 신고한 환산취득가액을 신고시인하였으나, 쟁점건물에 대하여는 장부가액(OOO원으로 이하 “쟁점장부가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 보아 여기에서 감가상각비를 차감한 OOO원을 취득가액으로 하여 2023.7.21. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정.고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2023.10.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 쟁점장부가액은 실질에 부합되지 아니하므로 쟁점환산취득가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아야 한다.

청구인의 재무제표상 쟁점건물의 장부가액은 OOO원(쟁점장부가액)이나, 동 장부가액은 쟁점건물 신축을 위한 재료비 등의 세금계산서 수취금액(OOO원)에 불과하고 쟁점건물의 기준시가(OOO원)에 비하여도 현저히 낮은 금액으로서 실지거래가액으로 볼 수 없다.

「건설산업기본법」 제41조

제1항 제1호에 의하면 연면적 200㎡를 초과하는 건축물의 시공은 건설사업자만 할 수 있는바, 쟁점건물은 최초 신축 당시 연면적이 1,617.21㎡로 기준면적을 초과하여 건설사업자에게 형식적으로 도급을 맡길 수밖에 없었다.

공사 일체를 시공하는 건설사업자의 도급에 의한 건물신축은 허위자재사용이나 과다경비 청구 등이 우려되는 것이 일반적이어서 이를 극복하기 위하여 청구인이 직접 쟁점건물을 신축하였다.

직영공사의 경우 공사원가를 구성하는 재료비, 노무비, 경비 중에서 주요 지출항목인 재료비와 노무비는 건축주가 직접 지출하고 건설사업자와의 도급계약서 금액은 최소한의 용역비용으로 도급공사계약서 금액은 전체 공사비용을 반영하였다고 볼 수 없다.

도급공사금액 외에 재료비나 노무비 등을 실제 지출했음에도 불구하고 노무비의 경우 일용근로자가 대부분이어서 영수증이나 현장공사일지 등이 보관되어 있지 않으며 제 비용에 관한 실제 지급증빙이 없고 미비한 상태이다.

재무상태표 등에 기재된 장부가액에는 전체 재료비, 노무비, 경비 등이 반영되지 않았고 일부만으로 전체공사비를 산정한 허위의 장부가액으로서 기준시가보다 더 적은 금액이 계상되어 일반적인 공사비에도 미치지 못하며, 실제와 다른 허위 금액으로서 쟁점건물의 취득가액에 해당하지 아니하고 확인되지도 않은 경우이므로 청구인은 쟁점장부가액 대신 실제의 양도가액에 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가의 변동율을 곱한 환산취득가액을 적용하여

「소득세법」 제114조

제7항의 규정에 따라 양도소득세를 적법하게 신고한 것이다.

장부가액이 기준시가보다 상회한 경우라면 장부가액을 실지거래가액으로 볼 수도 있지만 세무대리인의 실수에 의한 임의적인 가액으로 취득당시 기준시가보다 낮은 금액으로 계상된 쟁점장부가액은 실지거래가액으로 볼 수 없고, 쟁점건물 보유기간 중인 2007년에 창고를 증축하였음에도 해당 금액이 재무상태표에 반영되지 않는 등 증축금액이 누락된 쟁점장부가액은 실지거래가액으로 볼 수 없다.

또한, 쟁점건물이 신축된 시기(2003년)는 양도일(2022년)부터 약 19년 전으로 청구인은 양도소득세 신고 시 많은 노력을 기울여 쟁점건물의 취득가액을 입증할 자료를 찾고자 하였으나 그러지 못하였고, 처분청 또한 세무조사 과정에서 당연히 금융거래자료 조사를 하였을 것임에도 불구하고 관련 자료를 확인하지 못하였으므로 이 경우는 취득가액이 불분명한 경우로 보아야 한다.

국세청은 2022년의 경우 건물 기준시가 반영률이 84%라고 발표하였는데 그동안의 물가상승을 감안하지 않더라도 취득당시인 2003년 시가반영율을 84%라고 한다면 산출된 기준시가 OOO원에 시가반영율 84%를 적용해 보면 추산되는 쟁점건물의 시가는 OOO원인데 비하여 장부가액은 OOO원에 불과하므로 쟁점장부가액이 기준시가 대비 현저히 낮은 금액일뿐더러 그 비율 또한 57%에 불과하여 시가와 현저한 차이가 있다.

처분청은 세무조사 당시 도급계약서나 매입세금계산서 금액을 확인하고도 이를 취득가액에 합산하지 아니하였다. 해당 금액이 시가 등과 현저한 차이가 나고 지출증빙이 없어서 실지거래가액으로 인정되거나 또는 확인된 금액이 아니라고 하는데 그럴 경우에는 청구인이 신고한 바와 같이

「소득세법」 제114조

제7항에 따라 ‘증빙서류의 미비로 취득당시의 실가를 인정 또는 확인할 수 없는 경우’에 적용해야 하는 환산취득가액을 적용하여야 한다.

장부가액이 건물 신축과 관련하여 ‘지출된 증빙에 의해 확인’되어서 그 가액을 적용한다는 것이 아니라 지출증빙과는 아무런 상관없이 장부가액은 “이유 여하를 막론하고 취득가액이다”라는 결정을 하여 “실질을 반영하지 않은 장부가액은 취득가액 결정 시 환산취득가액을 적용하여야 한다”는 다수의 대법원 판례(대법원 2018.5.30. 선고 2018두38048 판결 등, 참조)와도 부합되지 않는다.

이 건의 경우 쟁점건물 신축비용의 일부인 세금계산서상의 금액 외에 별도의 증빙자료가 확인되지 아니하고, 쟁점건물의 도급계약서상 도급금액은 시가와 현저히 차이가 있어 처분청 스스로도 그 가액을 취득가액으로 삼지 않았으며, 재료비, 노무비, 기타 경비 지급에 관한 지급일자나 그 내역에 관하여 증빙자료가 없으며, 기타 증빙이 없거나 중요부분이 미비된 경우에 해당하므로 환산취득가액을 적용하여야 한다.

따라서, 처분청이 환산취득가액이 아닌 쟁점장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

(2) 세무조사 사전통지서에 ‘조사사유’가 누락되어 위법하다.

처분청은 2023.3.27. 청구인에게 세무조사 사전통지를 하였으나 해당 통지서에는 ‘조사사유’가 기재되어 있지 않았다. 조사대상이 무엇인지, 왜 조사를 하는지에 관하여 출발부터 근거를 제시하지 아니하여 처분청은

「국세기본법」 제81조의7

제1항의 규정을 위반하였다.

처분청은 고의 또는 중과실로 세무조사 사전통지서에 조사사유를 누락함으로써 청구인의 소명권과 방어권을 침해하였으며, 청구인이 조사를 받는 과정에서 증빙서류가 없는 쟁점장부가액의 경우 장부가액이 아니라 환산가액을 적용함이 타당하다는 등의 소명을 하지 못하였다.

따라서, ‘조사사유’가 누락된 세무조사 사전통지에 의해 진행된 이 건 세무조사는 절차상 중대한 하자가 있으므로 부과처분을 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점장부가액은 실질에 부합하므로 쟁점환산취득가액이 아닌 쟁점장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아야 한다.

청구인은 쟁점장부가액이 기준시가보다 낮은 가액이므로 실지거래가액으로 보기 어렵다고 주장하나, 기준시가는 부동산 등을 매매, 상속 또는 증여할 때 세금 부과의 기준이 되는 가격으로 기준시가가 실지거래가액을 뒷받침하는 절대적인 기준이 될 수 없으며, 건축물 신축비용은 제반 가격 형성 여건 등에 따라 편차가 발생할 수 있다.

청구인은 2003년 쟁점건물 신축 당시 경제활동이 활발한 40대의 나이에 수입금액이 OOO원인 철물점을 10여년 이상 운영한 사업자로 건축에 필요한 부수자재를 공급하고 공사 마무리도 직접 하는 방식 등으로 보통의 건축주에 비하여 건물신축공사의 원가를 절감할 수 있는 여지가 충분하다.

이에 쟁점장부가액은 취득당시 기준시가OOO 대비 67.9%로 명백히 허위로 볼 만큼 경제성이 결여된 금액은 아니며, 장부 외 매입세금계산서, 도급계약서, 취득세 신고 과세표준으로도 확인되는 금액이다.

오히려 쟁점환산취득가액은 기준시가의 181.3%에 달하여 경제성이 현저히 결여된 가액으로서 이는 동일 규모의 양도차익이 발생하는 납세자와의 과세형평을 저해하고 응능부담과 실질과세의 원칙에 현저히 벗어나는 것이다.

과세관청이 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재금액을 실제 취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하였다면, 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액에 대한 다른 증빙자료, 즉 매매계약서상 거래가액과 다르다는 점이나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실제취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 입증하여야 함에도 청구인은 증빙이 없다는 정황만을 주장할 뿐, 신축 시 발생한 비용에 관한 금융내역이나 추가적인 공사 관련 계약서 등의 증빙자료를 전혀 제시하지 못하고 있다.

장부가액의 인정 여부는 최초 신축 시부터 장부의 비치 및 복식장부로 기장하였는지, 이후 감가상각비 계상을 적정하게 하였는지, 도급계약서 및 금융증빙, 지방세 등 관련 제세 신고.납부내역, 부가가치세 및 세금계산서 등에 대한 종합적인 판단이 필요하다.

만약 청구인이 종합소득세 신고 시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성.제출한바 있는 쟁점장부가액을 그 외의 조세에서 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고.납부체계의 근간이 흔들리게 되며, 결국 양도소득세 산정과 관련한 취득가액의 결정에 있어 청구인으로 하여금 보다 유리한 환산가액의 적용 여부를 취사선택할 수 있도록 하는 결론에 이르게 된다.

청구인은 창고 증축 관련 비용이 장부가액에 누락된 것으로 보아 장부가액이 실지거래가액이 아니라고 주장하나, 2007년 증축한 창고는 2003년 최초 취득 시 공사원가와는 무관하며 전체 건물면적의 3.9%에 불과하다. 또한 창고 증축 부분은 건축물대장상 지상 5층을 증축한 것으로 확인되는바, 이는 부동산임대업 과세사업과 관련이 없는 원가이다.

이에 반해 2008년 세금계산서를 수취한 자본적지출OOO원을 장부에 반영한 내역은 확인되고 있고, 이에 창고 증축과 관련하여 원가를 장부에 기재하지 않았다는 사유만으로 쟁점장부가액 전체에 대한 신뢰성을 부인하기 어렵다.

또한, 청구인은 처분청이 쟁점토지에 대하여는 환산취득가액을 인정하면서도 쟁점건물에 대하여는 환산취득가액을 부인한다고 주장하나, 쟁점토지는 2003년 취득당시 장부가액 OOO원으로 계상하였으나 쟁점토지의 취득세 등 신고가액은 OOO원에 불과하여 장부가액과 큰 차이가 있고, 청구인은 2005.1.31. 쟁점토지와 연접한 광주광역시 남구 OOO 주차장 114.4㎡를 추가 취득하였음에도 장부가액에 전혀 변동이 없으며, 쟁점토지는 쟁점건물과 달리 장부가액을 뒷받침할 수 있는 세금계산서, 매매계약서, 고정자산 감가상각내역 등이 확인되지 않는 등 토지의 장부가액은 실제 취득가액을 반영하지 못하고 있어 환산취득가액을 적용하는 것은 적정하다.

또한, 청구인은 동일 소재지의 물건에 대하여 동일기준의 원칙을 적용하여야 한다고 주장하나, 토지와 건물은 명백히 별개의 자산으로 양도소득세 신고서상에서도 취득가액, 양도가액, 양도소득금액을 각 계산하도록 되어 있으며, 건물 신축 시 토지와 건물의 취득 시기가 다른 것이 일반적으로, 토지에 환산취득가액, 건물에 실지거래가액으로 취득가액의 구분을 달리 적용하는 것은 아무런 문제가 없다.

따라서, 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 쟁점환산취득가액이 아닌 쟁점장부가액을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

(2) 세무조사 사전통지서에 ‘조사사유’가 누락된 것은 단순한 착오에 불과하여 세무조사에 위법이 있었다고 볼 수 없다.

청구인은 세무조사 사전통지서에 ‘조사사유’가 누락되어 청구인이 소명권과 방어권을 침해당하였다고 주장하나, 당초 세무조사 절차에 위법이 있다고 하더라도 중대한 것이 아닌 한 과세처분의 취소사유가 되지 않는 것(대법원 2009.4.23. 선고 2009두2580 판결, 참조)으로 세무조사 사전통지서 상 ‘조사사유’가 미기재된 것은 단순 착오에 불과하여 그 하자가 중대한 것이라고 볼 수 없다.

또한, 2023.4.24. 세무조사 착수 시 처분청은 세무대리인 입회하에 ‘조사사유’ 등을 청구인측에게 충분히 설명하였으며, 조사공무원이 납세자권리헌장을 낭독하고 청구인으로부터 청구인의 자필서명이 된 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독확인서’를 받았으며, 동 확인서에는 조사사유, 조사기간, 권리보호절차 등을 설명하였다는 취지가 기재되어 있다.

처분청은 조사기간 중에도 청구인에게 충분한 소명권과 방어권을 보장하였으나 청구인은 증명자료가 없다는 이유로 소명에 불응한바, 단순히 세무조사 사전통지서 상 ‘조사사유’가 미기재 되었다는 이유로 소명권과 방어권을 침해당하였다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 환산취득가액을 부인하고 장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 과세한 처분의 당부

② 세무조사 사전통지서에 ‘조사사유’가 누락되어 위법하다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제81조의7(세무조사의 통지와 연기신청 등) ① 세무공무원은 세무조사를 하는 경우에는 조사를 받을 납세자(납세자가 제82조에 따라 납세관리인을 정하여 관할 세무서장에게 신고한 경우에는 납세관리인을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 조사를 시작하기 15일 전에 조사대상 세목, 조사기간 및 조사 사유, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 통지(이하 이 조에서 “사전통지”라 한다)하여야 한다. 다만, 사전통지를 하면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되는 경우에는 그러하지 아니하다.

(2) 국세기본법 시행령

제63조의6(세무조사의 통지) ① 법 제81조의7 제1항에 따라 납세자 또는 납세관리인에게 세무조사에 관한 사전통지를 하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 문서로 해야 한다.

1. 납세자 또는 납세관리인의 성명과 주소 또는 거소

2. 조사기간

3. 조사대상 세목, 과세기간 및 조사 사유

4. 법 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시하는 경우에는 해당 부분조사의 범위

5. 그 밖에 필요한 사항

(3) 소득세법

제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(괄호 생략). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액

나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ② 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제105조에 따라 예정신고를 한 자 또는 제110조에 따라 확정신고를 한 자의 신고 내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

④ 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 양도소득 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조, 제97조 및 제97조의2에 따른 가액에 따라야 한다.

⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

(4) 소득세법 시행령

제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 쟁점건물은 철근콘크리트구조의 근린생활시설로서 청구인은 2003.1.14. 쟁점토지 지상에 쟁점건물 신축허가를 받아 2003.2.21. 착공, 2003.9.27. 사용승인을 거쳐 2003.10.27. 소유권보존등기를 마쳤으며, 쟁점건물의 신축과 관련하여 건축주는 청구인, 시공자는 B 주식회사(이하 “B”이라 한다), 설계자는 C이다.

(나) 청구인은 2003.2.10. 쟁점건물에서 부동산임대업을 개업하여 2003년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 OOO와 같이 고정자산 매입세금계산서를 수취하였다.

(다) 청구인은 종합소득세 복식부기의무자에 해당하며 아래 ＜표3＞과 같이 종합소득세 신고 시 쟁점건물의 기초가액을 OOO원(2008년 자본적 지출액 OOO원을 더하여 OOO원이 쟁점장부가액임)으로 하고, 감가상각비에 대하여 매년 정액법(상각율 2.5%)을 적용하여 부동산 임대소득의 필요경비로 신고하였다.

(라) 광주광역시 남구청장이 처분청에 회신한 공문에 의하면, 쟁점건물의 취득세 신고 과세표준액은 OOO원이고, 청구인은 취득세 OOO원, 등록세 OOO원을 납부한 것으로 나타난다.

(마) 청구인이 건축허가 및 착공신고 시 관할지방자치단체에 제출한 민간건설공사 표준도급계약서 상 주요 내용은 OOO와 같다.

(바) 2021.12.31. 현재 쟁점건물의 장부가액(재무상태표 상 계상금액)은 OOO원이고, 감가상각누계액은 OOO원이며, 쟁점건물의 신축일(2003.9.27.) 현재 쟁점건물의 기준시가는 OOO원이다.

(사) 쟁점건물과 같은 구조의 근린생활시설(점포 및 상가, 철근콘크리트 슬래브지붕)에 대하여 한국부동산원이 발간한 2002년 건물신축단가표 등은 OOO와 같다.

(아) 쟁점장부가액, 세금계산서, 취득세 신고서 외 쟁점건물의 신축비용이 얼마인지를 확인할 수 있는 청구인의 금융거래자료 등은 제시되지 아니하였다.

(자) 처분청이 2023.3.27. 청구인에게 발송한 세무조사 사전통지OOO 기재내용은 아래와 같다.

(차) 청구인이 2023.4.24. 작성하여 처분청에 제출한 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서’에는 청구인이 처분청으로부터 ‘조사사유’ 등을 설명받았음을 확인한다는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 실지 취득가액을 확인할 수 없어 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 과세관청이 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 해당 장부의 기재를 실제취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 입증하였다면 장부가액을 부인하려는 납세의무자 측에서 장부의 기재가 실지거래가액에 대한 다른 증빙자료, 즉 매매계약서상 거래가액과 다르다는 점이나 장부를 실제와 달리 기재한 납득할 만한 이유를 밝혀 장부가액을 실제취득가액으로 인정할 수 없는 사정을 입증하여야 할 것인바(서울고등법원 2015.6.23. 선고 2015누30106 판결, 참조), 이 건의 경우 처분청은 쟁점건물의 취득과 관련하여 청구인이 스스로 작성한 장부에 기재된 가액(OOO원), 청구인이 건축허가 및 착공신고 시 관할 지방자치단체의 장에게 제출한 도급계약서 상의 도급금액(OOO원), 쟁점건물의 신축과 관련하여 B로부터 수취한 세금계산서 상 공급가액(OOO원), 청구인이 관할 지방자치단체의 장에게 스스로 신고한 취득세 신고서 상의 과세표준(OOO원) 등이 쟁점장부가액과 유사한 것으로 보아 쟁점장부가액이 쟁점건물의 실제거래가액임이 상당한 정도로 입증된 것으로 보이는 반면, 청구인이 주장하는 쟁점장부가액이 기준시가보다 낮다는 등의 사정만으로 쟁점장부가액이 실제와 달리 기재되었다는 사실에 대하여 입증이 되었다고 보기 어려워 보이고, 또한

「소득세법」 제114조

제7항 및 같은 법 시행령 제176조의2 제1항 제1호에서 환산취득가액 적용하려면 ‘취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우’에 해당되어야 하는바, 이 건의 경우 쟁점건물의 취득가액을 알 수 있는 장부, 도급계약서, 세금계산서, 취득세 과세표준신고서 등이 존재하는 것으로 보아 그 중요한 부분이 미비된 경우라고 보기 어렵다 할 것이어서 쟁점건물의 취득가액을 산정함에 있어서 쟁점장부가액을 배제하고 쟁점환산취득가액을 적용하기는 어려워 보인다 할 것이다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 처분청의 양도소득세 세무조사 사전통지서에 ‘조사사유’ 기재 누락으로 청구인의 소명권과 방어권을 침해받았다고 주장하나, 세무조사 절차에 다소 위법이 있었다고 하더라도 실질적으로 전혀 조사를 하지 않거나 사기나 강박 등의 방법으로 과세처분의 기준이 되는 자료를 수집하는 등 중대한 것이 아닌 한 그러한 사정만으로 과세처분의 취소사유로는 되지 않는다고 할 것인바(대법원 2009.4.23. 선고 2009두2580 판결, 참조), 이 건의 경우 비록 처분청이 청구인에게 세무조사 사전통지를 하면서 ‘조사사유’를 기재한 사실은 없으나, 청구인이 2023.4.24. 작성하여 처분청에 제출한 ‘납세자권리헌장 등 수령 및 낭독 확인서’에 청구인이 처분청으로부터 ‘조사사유’ 등을 설명받았음을 확인한다는 내용이 기재되어 있는 것으로 보아 이 건 세무조사가 절차를 위배하였다고 볼 만큼의 하자가 있다고 보기 어렵다 할 것이다.

(다) 따라서, 처분청이 쟁점장부가액을 쟁점건물의 취득가액으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제80조의2

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.