이유
1. 처분 개요 청구인은 94.10.11 임대사업을 위한 사업자등록을 하고 부산광역시 북구 OO동 OOOOOO 대지에 지하1층·지상6층 연건평 1,119.12㎡인 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 신축하고 95년 1기 부가가치세 신고시 임대수입금액으로 209,580원을 신고하였다. 처분청은 청구인의 95년도의 년간 임대료 환산액이 36,000,000원 미만이고 95.12.20까지 과세특례포기신고를 하지 아니하였으므로 96.1.1부터 과세특례자로 전환되었다 하여 재고매입세액을 가산하여 95년 2기분 부가가치세 34,926,500원을 96.7.18 청구인에게 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.9.4 심사청구를 거쳐 96.12.16 심판청구를 하였다. 2. 청구인주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 쟁점건물에 대한 준공검사가 95.6.16 있었지만 동 건물 마무리 공사비 마련을 위하여 청구외 OOO으로부터 20,000,000원 및 청구외 OOO으로부터 30,000,000원을 임대선수금조로 받고 95년 1기분 부가가치세 확정신고시 간주임대료 209,580원을 신고하였으나, 이는 선수임대료에 대하여 신고한 것으로 잘못된 신고이고 사실상 임차자들이 쟁점건물에 입주한 날은 95.7.1 이므로 이 날이 청구인의 임대사업개시일이 되어야 할 것이다. 그러하다면 95년 2기 부가가치세 과세기간의 청구인의 임대수입금액이 36,000,000원에 미달되어 동 기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간인 96년 2기부터 과세특례가 적용되므로 동 과세기간 개시 10일전인 96.6.20에 한 과세특례포기는 적법한데도 처분청이 청구인의 임대사업을 개시일을 95.7.1 이전으로 보아 96년 1기에 과세특례자로 전환되었다고 하여 재고납부세액을 가산하여 과세함은 부당하다. 나. 국세청장의견 일반과세자에서 과세특례자로 유형전환이 되는 시점은 신규로 사업을 개시한 경우 최초의 과세기간에 대한 확정신고후 개시하는 과세기간부터 기산하도록 되어 있는 것으로 쟁점부동산에 대한 임대사업이 개시된 날이 95년 1기이며 동 과세기간의 공급가액 209,580원을 12월로 환산하면 36,000,000원에 미달되어 96.1.1부터 과세특례자로 전환되는 것이므로 95.12.20까지 과세특례 포기신고를 하여야 함에도 청구인은 96.6.20 과세특례 포기신고를 하였기에 재고납부세액에 대한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이건 심판청구의 다툼은 청구인의 쟁점건물에 대한 개시된 날이 언제이며 따라서 과세특례자로 전환된 날이 언제인지를 가리는데 있다. 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제25조 제1항 및 같은법시행령 제74조 제1항 제1호에서 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가인 공급대가가 36,000,000원에 미달하는 대리·중개·주선·위탁매매 및 도급이외의 사업을 영위하는 개인사업자를 과세특례자로 하도록 규정하고 있다. 또한 같은법 제25조 제2항은 직전년 또는 직전과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 과세특례자인지를 가리도록 하였다. 같은법시행령 제74조의2 제1항은 법 제25조의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산하도록 하였다. 부가가치세법 제30조 제2항 및 같은법시행령 제78조 에서는 과세특례자가 일반과세자의 규정을 적용받고자 할 때에는 적용받고자 하는 달의 전달 20일까지 과세특례포기신고서를 제출하도록 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제5조 및 같은법시행규칙 제3조 제3호에서는 용역의 공급을 개시하는 날을 사업개시일로 하도록 규정하고 있다. 다. 심리 및 판단 (1) 청구인은 94.10.11 일반과세사업자로 사업자등록을 하고 임대사업에 공할 쟁점건물을 신축하였는 바 94년 2기 부가가치세 과세기간에는 신축에 따른 매입세액을 환급받았으며 95년 1기에는 209,580원의 임대수입이 있은 것으로 처분청에 신고하였다. 처분청은 청구인이 신고한 임대수입금액을 12월로 환산하면 36,000,000원에 미달되므로 동 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간인 96년 1기부터 과세특례자로 전환되며, 96년 1기에 일반과세자가 되기 위하여는 과세특례포기를 과세기간개시 10일 전인 95.12.20까지 하여야 하는데도 이를 하지 아니하였다 하여 재고매입세액으로 과세하였음이 인정되고 있다. (2) 청구인이 쟁점건물을 신축하여 임대사업을 영위하고 96.6.20 과세특례포기를 하였으므로 일반과세자로 사업자등록을 한 청구인이 제공한 임대용역의 년간 환산가액이 36,000,000원에 미달한 경우 어느 시기에 과세특례자로 전환되는 지는 개시한 날을 언제로 보아야 하느냐에 의한다 하겠다. 전시 부가가치세법 제5조 및 같은법시행규칙 제3조 에 의하면 용역의 공급을 개시한 날을 사업개시일로 하였으므로 임차인이 쟁점건물을 이용하였을 때가 임대사업을 개시한 날이라고 하여야 하며 이 날 전에 임대보증금을 받았다 할지라도 이 날을 사업개시일로 볼 수 없는 것은 임대기간이 실제 이용하는 기간을 기준으로 하여 정해지기 때문이라 하겠다.(재정경제원 예규 간세 12651-605, 81.5.20도 같은 뜻임) 청구인이 95년 1기 부가가치세 확정신고시 임대수입금액으로 209,580원을 신고 하고 이에 따른 세액을 납부하였으므로 95년 1기에 임대사업이 개시되었다고 볼 수도 있으며 처분청도 이와 같은 이유로 청구인의 사업개시일이 95년 1기라 하여 이 건 과세처분을 하였다. 그러나 청구인이 95년 1기 부가가치세 신고시 처분청에 제출한 부동산 임대공급가액명세서에 의하면 위 209,580원은 청구인이 임차인 OOO으로부터 받은 임대보증금 30.000.000원과 OOO으로부터의 임대보증금20,000,000원에 대한 일할 이자 상당액으로써 이러한 사실에서는 청구인이 임대보증금을 95.6.30 전에 받은 사실은 인정되지만 임차인이 입주하여 쟁점건물을 사용하였는지는 당사자간의 임대차계약서 및 실지의 입주 사실을 밝히는 다른 증빙에 의하여야 할 것이다. 청구인과 청구외 OOO 및 OOO과의 임대차계약서에 의하면 임대차기간이 95.7.1부터 개시되는 것으로 되어 있으며 임대보증금외에 월임대료를 지급하는 것으로 되어 있다. 청구인은 95년 1기 부가가치세신고시에는 앞서 본 바와 같이 임대보증금에 대한 이자상당액만을 임대수입금액으로 신고하였지만 95년 2기 이후의 부가가치세 신고시에는 월임대료의 과세기간분 상당액을 임대보증금에 대한 이자상당액과 함께 신고하였는데 이는 임차인이 95년 2기에 쟁점건물에 입주하여 이를 사용하였기 때문이라고 보인다. 한편 임차인에 대한 처분청의 과세내용을 살펴보면 미용업을 영위한 청구외 OOO은 95.7.8 사업자등록을 하고 95년 2기부터 부가가치세를 신고 하였으며 처분청도 위 자의 신고 내용대로 결정하였으며 위 OOO도 쟁점건물에서 95.7.1이후 사업을 하였다고 당심판소에 확인서를 제출하고 있다. 또한 청구외 OOO은 95.7.6 처분청에 사업자등록을 하고 부가가치세 면세사업인 한의원을 영위하였는데 결정된 95년분의 수입금액 14,250,000원에 95.7.1 이전 분이 포함된지 여부를 처분청 담당 공무원에게 문의한 바에 의하면 위 수입금액은 95.7.1 이후 분이라고 확인한 사실이 있다. 위와 같은 사실에 의하면 쟁점건물을 임차한 임차인이 이를 사용한 시점은 95.7.1이후라고 보이며 청구인은 임차인이 쟁점건물을 사용하기 전에지급한 임대보증금에 대한 이자상당액도 과세되는 것으로 잘못 알고 이에대한 부가가치세를 신고하였다는 청구인의 주장은 신빙성있다 하겠다. (3) 위와 같이 쟁점건물에 대한 임대사업이 개시된 날이 95.7.1 이후라고 보이는 이 건에 있어서는 최초의 과세기간인 95년 2기에 대한 확정신고 후 의 과세기간인 96년 2기가 개시하는 96년 7월의 전달인 96.6.20에 청구인이 과세특례포기를 하였으므로 청구인은 일반과세자에서 과세특례자로 전환되지 아니하였다 하겠고, 따라서 청구인이 과세특례자로 전환되었음을 전제로한 재고매입세액의 과세처분은 잘못이라 하겠다. 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.