이유
1. 처분개요

가.청구법인은 OOO 설립되어 가방 및 핸드백 등 제조업을 영위

하는 법인으로서, 2012사업연도 법인세 신고 시 연구·인력개발비 당기 발생액 OOO에 중소기업 비율 25%를 적용한 OOO의 연구·인력개발비 세액공제를 신청하여 공제받았다.

나.OOO지방국세청장은 청구법인 등이 지분 49.77%를 보유하고 있는

OOO가 관계기업에 해당되고, 두 회사의 2012사업연도 매출액이

OOO 이상으로써

「조세특례제한법 시행령」제2조

제1항 각 호 외의 부분 단서의 중소기업 졸업 기준에 해당하는 것으로 보아, 중소기업 및

중소기업 유예기간의 세액공제 비율 적용을 배제하여 15%의 공제

비율을 적용하여 과다 공제한 연구·인력개발비 세액공제액을 재계산한

후 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 이에 따라 OOO

청구법인에게 2012사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다.

2.청구법인 주장 및 처분청 의견

가.청구법인 주장

(1)

「조세특례제한법」상 실질적 독립성 기준으로서의 관계기업제도를 적용하여 중소기업 해당 여부를 판단하는 경우에는

「조세특례제한법 시행령」제2조

제1항 제3호에서 “실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」제3조

제1항 제2호에 적합할 것”이라고 규정함으로써 다음과

같이 「중소기업기본법 시행령」에 따라 직전 3개 사업연도 평균 매출액 OOO 이상을 기준으로 하여야 한다.

(가)매출액 기준의 경우 그 기준연도를「중소기업기본법 시행령」상 규정인 “직전 3개 사업연도 평균 매출액”에 따르되 그 규모만을 다시「조세특례제한법 시행령」에서 “OOO”으로 정하고 있다.

(나)조세특례제한법 집행기준에서도 관계기업제도를 적용하는

경우

매출액 기준 중소기업 판단을 “직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 OOO 이상인 기업”이라고 규정하고 있다.

(다)

세법 어디를 살펴보아도 관계기업제도를 적용하는 경우 「조세

특례제한법 시행규칙」제2조

제4항에 “～매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다”라고 매출액의 성격만을 규정

하고 있을 뿐 당해 과세연도라는 표현이 없고, 「조세특례제한법 시행령」

에서 인용한 「중소기업기본법 시행령」에서 “직전 3개 사업연도”라는

표현만 있어 매출액 기준 판단은 당해 사업연도가 아닌 직전 3개 사업연도 평균 매출액를 기준으로 중소기업을 판단하여야 한다.

(2)

청구법인은 아래 <표1>과 같이 직전 3개 사업연도 평균 매출액이

OOO을 초과하지 않아 관계기업제도에 의한 중소기업에 해당하므로 처분청의 부과처분은 부당하다.

<표1>

나.처분청 의견

(1)

「조세특례제한법」상 실질적 독립성 기준으로서의 관계기업 제도를

적용하여 중소기업 해당 여부를 판단하는 경우에는 「중소기업기본법 시행령」이 아닌 「조세특례제한법」의 규정에 따라 당해 사업연도의 매출액 OOO 이상을 기준으로 판단하여야 한다.

(가)

「조세특례제한법 시행령」제2조

제1항 각 호 외의 부분 단서

“매출액이 1천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다”라고 규정하고 있어 「중소기업기본법 시행령」을 차용할 이유가 없다.

(나)

관계기업 제도는 대기업 또는 중소기업 규모로 그룹을 형성하여 계열사와 합하면 실질적으로 대기업 규모인 기업들이 각각 중소기업으로 분류되어 각종 지원을 받는 불합리한 사례가 발생하여 이러한

기업들을 중소기업에서 제외하고자 하는 취지임에 비추어 볼 때, 매출액 기준을 ‘당해 사업연도 매출액’으로 하는 것이 ‘직전 3개 사업연도 평균 매출액’으로 하는 것보다 입법 목적 및 특례 규정의 엄격해석 차원에서

조세공평의 원칙에 부합되고, 2011 개정세법 해설 및 국세청 예규(법규과

-749, 2013.7.11.)에도 ‘당해 사업연도 종료일의 매출액을 기준’으로 중소기업 졸업기준을 판단하도록 되어 있다.

(다)「조세특례제한법 시행규칙」제2호 제4항에 규정된 “기업회계 기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액”을 기준으로 중소기업 여부를 판단할 수 있다.

(2)청구법인과 관계기업의 2012사업연도 매출액은 OOO을 초과하여 중소기업 졸업기준에 해당하므로 처분청이 매출액을 기준으로

하여 당해 사업연도의 연구·인력개발비 세액공제 비율을 적용한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가.쟁점

관계기업의 매출액 기준 중소기업 해당 여부 판단 시 직전 3개 사업연도의 평균매출액이 아닌 당해 사업연도 매출액을 기준으로 하여

중소기업이 아닌 것으로 보아 과다공제한 연구·인력개발비 세액공제를 배제한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1)조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ①내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다.

3.제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액

나.해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액

1)중소기업인 경우: 100분의 25

2)중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율

가)최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15

나)

가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10

3)1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)

100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

(2)조세특례제한법 시행령(2013.2.1. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업의 범위)①「조세특례제한법」(이하 "법"이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), -(중략)- 을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.

1.상시 사용하는 종업원수·자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내일 것

3.실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 -(중략)- 같은 영 제3조 제1항 제2호 다목을 적용할 때 "별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는"은 "

「조세특례제한법 시행령」 제2조

제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는"으로 본다.

②제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니하고, 제2호에 따른 유예기간 중에 있는 기업에 대해서는 합병일이 속하는 과세연도부터 유예기간을 적용하지 아니한다.

1.「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우

2.유예기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우

3.제1항 제3호의 규정에 의한 기업외의 기업에 해당되는 경우

4.창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우

④제1항 각호외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수·자기자본·자본금·매출액·자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

⑤제1항을 적용할 때 기업이

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항 제2호, 별표 1 및 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다.

(3)조세특례제한법 시행규칙(2013.2.23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것)

제2조(중소기업의 범위) ④영 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호에 따른 매출액은 기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서상의 매출액으로 한다. 다만, 창업·분할·합병의 경우 그 등기일의 다음 날(창업의 경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한 금액을 말한다.

(4)중소기업기본법 시행령(2014.4.14. 대통령령 제25302호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3."관계기업"이란 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 "외부감사대상기업"이라 한다)이 제3조의2에 따라 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다.

제3조(중소기업의 범위)①「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1.해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가.상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나.자산총액이 5천억원 이상인 기업

다.자기자본이 1천억원 이상인 기업

라.직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2.소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 기업

다.

관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업

제3조의2(지배 또는 종속의 관계) ①지배 또는 종속의 관계란 기업

이 직전 사업연도 말일 현재 다른 국내기업을 다음 각 호의 어느 하나와 같이 지배하는 경우 그 기업(이하 "지배기업"이라 한다)과 그 다른 국내기업(이하 "종속기업"이라 한다)의 관계를 말한다. 다만, 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제1조의2 제2호 및 같은 법

시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 기업과 그

연결재무제표에 포함되는 국내기업은 지배기업과 종속기업의 관계로 본다.

1.지배기업이 단독으로 또는 그 지배기업과의 관계가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

가.단독으로 또는 친족과 합산하여 지배기업의 주식 등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 개인

나.가목에 해당하는 개인의 친족

2.지배기업이 그 지배기업과의 관계가 제1호에 해당하는 종속기업(이하 이 조에서 "자회사"라 한다)과 합산하거나 그 지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자와 공동으로 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

3.자회사가 단독으로 또는 다른 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

4.지배기업과의 관계가 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 자가 자회사와 합산하여 종속기업의 주식등을 100분의 30 이상 소유하면서 최다출자자인 경우

다.사실관계 및 판단

(1)청구법인은 외부회계감사 대상 법인이고, 청구법인의 대표이사

OOO과 OOO의 주식을 49.77% 소유하여 청구법인과OOO는

「중소기업기본법 시행령」제2조

제3호의 관계기업에 해당한다

(2)관계기업인 청구법인과 OOO의 매출액 신고내역은 아래 <표2>와 같고, 관계기업의 2012사업연도 매출액 합계액은 OOO으로 나타난다.

<표2>

(3)처분청은 청구법인이 관계기업에 속하는 기업으로서 매출액이 중소기업 졸업 기준에 해당되는 것으로 보아 연구·인력개발비 세액공제 비율을 청구법인이 신고 시 적용한 25% 대신 15%를 적용하여 과다 공제한 세액을 경정·고지한 것으로 확인된다.

(4)

청구법인은 관계기업의 중소기업 졸업기준을 매출액에 의해 판단할

경우

「중소기업기본법 시행령」 제3조

제1항 제2호에 따라 직전 3개

사업연도 평균 매출액 OOO 이상 여부를 기준으로 하여야하며,

관계기업의 직전 3개 사업연도 평균 매출액이 OOO인 청구법인에

대하여 2012사업연도에 연구·인력개발비 세액공제 25% 적용을 배제한

처분은 부당하다고 주장하며 관계기업의 손익계산서 사본 등을 제출하였다.

(5)

위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은

관계기업의 중소기업 해당 여부 판단은 직전 3개 사업연도의 평균

매출액이 OOO 이상인지 여부에 따라 판단하여야 한다고 주장하나,

관계기업제도는 대기업 또는 중소기업 규모로 그룹을 형성하여 계열사와

합하면 실질적으로 대기업 규모인 기업들이 각각 중소기업으로 분류되어 각종 지원을 받는 불합리한 사례가 발생하여 이러한 기업들을 중소기업에서 제외하고자 하는 취지인바,

「조세특례제한법 시행령」제2조

에서

관계기업에 속하는 기업의 매출액이 OOO 이상인 경우 중소기업으로

보지 아니하고, 이에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용

하지 아니하도록 되어 있으며, 관계기업의 경우 그에 속하는 여러 기업

매출액의 합계액이 최초 OOO 이상이 될 경우 당해 사업연도에 설립된 새로운 기업의 매출액이 OOO 이상 되는 것과 같아 관계

기업에 대한 매출액 기준 중소기업 판단은 관계기업을 구성하는 기업

전체의 직전 3개 사업연도 평균 매출액이 아닌 당해 사업연도의 매출액을

기준으로 함이 관계기업제도의 취지에 부합한다 할 것이다.

또한,

「조세특례제한법 시행령」제2조

제2항에서 관계기업과 같이

중소기업 유예기간을 적용하지 아니하는 창업·분할·합병 등 기업에

대하여 같은 법 시행규칙 제2조 제4항에서 그 등기일의 다음 날(창업의

경우에는 창업일)이 속하는 과세연도의 매출액을 연간 매출액으로 환산한

금액으로 한다고 하여 당해 사업연도의 매출액을 기준으로 한 점 등에 비추어 관계기업의 중소기업 해당 여부에 관한 매출액 1천억원 이상 판단도 이들 창업 법인 등과 동일한 기준을 적용함이 타당하므로 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「국세기본법」제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.