이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2010.12.29.부터 2011.11.28.까지 OOO을 신고.납부하였다. 나. 청구법인은 2013.11.1., 2013.11.4. 이 건 토지상에 건축물 36,034.94㎡(이하 “이 건 건축물”이라 하고, 이 건 토지를 포함하여 이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축한 후, 그 취득가격 OOO을 ＜표2＞와 같이 신고.납부하였다. 다. 청구법인은 2014.6.30. 이 건 건축물 중 주1동의 3층 1,926.96㎡를 「지방세특례제한법」(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정된 것, 이하 같다) 제46조의 기업부설연구소(그 부속토지를 포함하여 이하 “이 건 연구소”라 한다)로 인정받은 후, ＜표3＞과 같이 이 건 건축물의 면적 36,224.59㎡(＜표1＞의 면적 36,034.94㎡에 2014.6.11. 신축한 창고 227.04㎡를 합하고 경비실 37.39㎡를 제외한 면적임) 중 공장 등 16,632.27㎡(공장 9,559.98㎡, 사무실 5,958.03㎡, 회의실 887.22㎡, 창고 227.04㎡)와 이 건 연구소 1,926.96㎡ 합계 18,559.23㎡는 이 건 건축물의 전용부분으로, 나머지 17,665.36㎡(전기실, 휴게실, 공조실, 주차장, 로비.관람석, 후생동, 기숙사동 등)는 공용부분으로 각각 구분한 후, 이 건 연구소의 전용부분(1,926.96㎡)뿐만 아니라 이 건 건축물의 전용부분 18,559.23㎡에서 이 건 연구소의 전용부분이 차지하는 비율(10.38%)에 상당하는 공용부분 1,833.66㎡(전체 공용부분 17,665.36㎡의 10.38%)도 기업부설 연구소의 용도에 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 보아 이 건 건축물과 이 건 토지 중 취득세 면제대상이 되는 기업부설연구소용에 직접 사용하는 건축물의 면적을 3,760.62㎡로, 그 부속토지의 면적을 5,061.80㎡(＜표1＞의 48,765㎡의 10.38%)로 각각 산출하였다. 라. 청구법인은 이 건 부동산의 취득가격 OOO의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 마. 처분청은 이 건 건축물의 연면적 35,997.55㎡(＜표2＞의 면적 합계에서 경비실 면적을 제외한 면적)에서 이 건 연구소용 건축물의 전용부분(1,926.96㎡)이 차지하는 비율(5.35%)을 산출한 후, 여기에 이 건 건축물의 취득가격 OOO으로 산출하였다. 바. 또한, 처분청은 이 건 건축물 중 주1동과 부1동(이하 “이 건 본관”이라 한다)의 건축물대장에 따라 이 건 본관의 부속토지를 43,244㎡로, 취득가격을 OOO으로 산출하였다. 사. 처분청은 2015.12.3. 위와 같이 산출한 이 건 연구소용 건축물의 취득가격 OOO을 청구법인에게 환급하고, 나머지 부분(공용)에 대한 경정청구는 이를 거부하였다. 아. 청구법인은 이에 불복하여 2015.12.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 기업부설연구소용 부동산에 대하여 취득세 등을 감면하는 것은 연구 및 인력개발을 촉진하기 위한 것으로서 기업부설연구소로 인정받은 전용부분을 정상적으로 이용하기 위해서는 주차장, 식당, 기숙사 등 공용부분의 이용이 필수적인바, 기업부설연구소가 소재하는 건축물의 전용부분에서 기업부설연구소용으로 인정받은 전용부분이 차지하는 비율에 해당하는 공용 부분 역시 기업부설연구소용으로 직접 사용되고 있다고 보는 것이 타당함에도 처분청이 기업부설연구소용으로 인정받은 전용부분에 대해서만 취득세 등을 환급한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 「지방세특례제한법」제46조 제1항에서 취득세 면제대상이 되는 기업부설연구소용 부동산이란 미래창조과학부장관으로부터 인정받은 면적을 한도로 보는 것이 타당하다할 것이므로 기업부설연구소로 인정받은 범위를 초과하는 공용부분은 실제로 기업부설연구소의 공용부분으로 사용된다 하더라도 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 보기는 어려울 뿐만 아니라 기업부설연구소의 전용부분의 정상적인 이용을 위해 필수적이라고 보이는 주차장 등을 제외하더라도 이 건 건축물 중 부1동의 관람석 등과 후생동 및 기숙사동의 경우에는 직원의 후생복지를 위한 선택적인 시설로서 이 건 연구소가 소재하는 주1동 건축물과는 다른 건축물인바, 처분청이 후생동 등의 건축물에 그 사용 여부에 관계없이 기업부설연구소용 부동산에 해당되지 않는다고 보아 청구법인의 취득세 경정청구의 일부를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 취득세가 면제되는 기업부설연구소용 부동산에 건축물의 공용부분이 포함되는지 여부 나. 관련 법령 (1) 지방세특례제한법(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정된 것) 제46조【연구개발 지원을 위한 감면】대통령령으로 정하는 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내인 것으로 한정한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세를, 과세기준일 현재 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 각각 2014년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 폐쇄하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세를 추징한다. (2) 지방세특례제한법 시행령(2014.1.1. 대통령령 제25060호로 개정된 것) 제23조【기업부설연구소】① 법 제46조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 기업부설연구소”란 토지 또는 건축물을 취득한 후 4년 이내에 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조 제1항 제2호에 따른 기준을 갖춘 연구소로서 같은 법 시행령 제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정을 받은 것을 말한다. (3) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 제14조【특정연구개발사업의 추진】① 미래창조과학부장관은 기초연구의 성과 등을 바탕으로 하여 국가 미래 유망기술과 융합기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 대하여 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각 호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다. 2. 연구 인력ㆍ시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소 및 기업의 연구개발전담부서 (4) 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령 제16조【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】① 법 제14조 제1항 제2호에서 “연구 인력·시설 등 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”란 다음 각 호의 구분에 따라 해당 연구소에서 근무하는 연구전담요원을 늘 확보하고 교육과학기술부령으로 정하는 세부기준에 적합한 연구시설을 갖춘 기업부설 연구기관으로서, 교육과학기술부령으로 정하는 사항을 신고하여 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 미래창조과학부장관은 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정할 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은OOO 기기제조업 등을 목적사업으로 하여 1996.1.25. 설립하였다. (나) 청구법인은 2010.12.29.부터 2011.11.28.까지 이 건 토지를 취득한 후, 2013.11.1. 및 2013.11.4. 이 건 토지상에 이 건 건축물을 신축하고 이 건 토지의 지목을 농지 등에서 대지로 변경하였다. (다) OOO은 2014.6.30. 이 건 본관 3층 중 1,926.96㎡(전용부분)를 청구법인의 기업부설연구소로 승인하였다. (라) 청구법인은 2015.11.13. 아래 ＜표4＞와 같이 이 건 건축물의 전용부분과 그에 상당하는 공용부분을 합한 3,760.63㎡와 그 부속토지 5,061.8㎡를 청구법인이 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산으로 하여 그에 따른 취득세 등 OOO의 환급을 구하는 취득세 등의 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인이 이 건 건축물 중 1,926.96㎡와 이 건 토지 중 2,763.29㎡를 기업부설연구소용으로 직접 사용한다고 보아 이 건 부동산의 취득세 중 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 해당하는 취득세 등 OOO을 2015.12.3. 청구법인에게 환급하였다. (마) 청구법인이 제출한 건축물의 건축물대장, 각 동별 도면 등을 보면, 이 건 본관의 전용.공용부분 및 청구법인과 처분청이 각각 판단한 이 건 연구소용 부동산의 현황은 ＜표4＞와 같다. (2) 「지방세특례제한법」제46조 및 같은 법 시행령 제23조 제1항에서 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령」제16조에 따라 미래창조과학부장관에게 신고하여 인정받은 기업부설연구소에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 건축물을 그 목적대로 사용하기 위해서는 전용부분 뿐만 아니라 건축물 내에 소재하는 주차장.계단.복도 및 기계실 등 공용부분의 사용도 필수적이라 할 것이므로 기업부설연구소의 경우에도 미래창조과학부장관으로부터 기업부설연구소로 승인받은 전용부분 외에 그에 상응하는 공용부분도 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산에 포함된다고 보는 것이 타당하다고 할 것인바, 처분청이 이 건 연구소의 전용부분(그 부속토지를 포함한다)만을 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산으로 보아 이 건 연구소의 공용부분에 대한 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이라 할 것이다. (4) 다만, 이 건 건축물 중 후생동, 기숙사동 등은 이 건 연구소가 있는 이 건 본관과 다른 건축물로서 별개의 취득세 과세대상이므로 청구법인이 임직원을 위한 후생복지시설로 사용하고 있다고 하더라도 그러한 사실만으로 이 건 연구소의 업무 목적이나 용도에 맞게 제공하는 것으로 볼 수는 없다고 할 것인바, 후생동 등은 그 용도에 관계없이 이 건 본관 및 이 건 연구소의 전용부분과 공용부분을 산출하는데 있어서 당초부터 제외되어야 할 것이고, 이 건 본관의 휴게실 및 관람석(＜표4＞의 ⑧, ⑨)도 그 효용과 기능을 볼 때, 주차장 등과 같은 공용부분에 해당된다고 보기 어렵다고 할 것이다. (5) 따라서, 휴게실 및 관람석을 포함한 이 건 본관의 전용부분 (19,362.0㎡＜표4＞의 ㉤)에서 이 건 연구소(1,926.96㎡)가 차지하는 비율(9.95%)에 상당하는 공용부분은 이 건 연구소의 정상적인 운영에 반드시 필요한 시설이라 할 것이므로 이 건 연구소 전용부분 1,926.96㎡과 전용부분에 따른 공용부분 1,075.79㎡(＜표4＞의 ㉥ 10,811.96㎡의 9.95%), 합계 3,002.75㎡를 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산으로 보아 그 취득가격 OOO에 해당하는 취득세 등은 면제하는 것이 타당하다고 판단된다. (6) 한편, 「지방세특례제한법」제46조 에서 기업부설연구소용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 건축물 바닥면적의 7배 이내인 부속토지도 포함한다고 규정하고 있고, 1동의 건축물을 취득세 과세대상 용도와 면제대상 용도로 구분하여 사용하는 경우 당해 건축물뿐만 아니라 그 부속토지도 건축물의 사용 면적 비율대로 안분하여 취득세 과세대상 여부를 판단하는 것이 합리적이라고 할 것이므로 이 건 본관 건축물의 부속토지 43,244㎡)중 이 건 연구소 비율 9.95%에 해당하는 4,108.18㎡도 기업부설연구소 용도에 직접 사용하는 부동산으로 보아 그에 해당하는 취득세 등도 면제하는 것이 타당하다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「지방세 기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호 .제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.