이유
1. 처분 개요 가. 처분청은 청구법인이 2009.7.21. 취득한 OOO 토지 284.7㎡(이하 ‘이 건 토지’라 한다)에 대하여 창업벤처중소기업이 당해 사업을 영위하기 위하여 취득하는 사업용재산에 해당된다고 보아 「조세특례제한법」(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 취득세와 등록세를 면제하였다. 나. 그 후 처분청은 2012.2.7. 현지 출장결과 청구법인이 2011.9.26. 이 건 토지상에 신축한 건축물 2,815.23㎡(지하3층·지상15층, 옥탑면적 포함, 이하 “이 건 건축물”이라 한다)에 대하여 벤처기업집적시설로 지정만 받았을 뿐 그 일부는 사무실 및 근린생활시설용도로 임대한 사실을 확인하고, 이는 이 건 토지 중 임대하고 있는 건축물의 부속토지에 해당하는 면적 221.61㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 대하여는 당초 취득목적인 당해 사업에 직접 사용하지 아니한 채 다른 용도로 사용하고 있는 것으로 보아 이 건 토지 취득가액OOO 중 쟁점토지에 해당하는 가액 OOO을 과세표준으로 하고 「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항 및 제131조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OO,OOO,OOOO(가산세 포함)을 2012.7.10. 청구법인에게 부과 고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2012.8.20. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 2008.8.28. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」(2010.1.27. 법률 제9984호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인된 법인으로, 당해 사업을 영위하기 위하여 2009.7.21. 이 건 토지를 취득하면서 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정에 의하여 취득세 등을 면제받은 다음 2009.11.5. 건축허가를 받아 공사를 진행하여 2011.1.18. 당시 건축중인 이 건 건축물을 벤처기업집적시설로 지정받은 상태에서 2011.9.26. 사용승인을 받았고, 이에 처분청은 이 건 건축물 중 일부만 청구법인이 직접 사용하고 있을 뿐 그 나머지 면적은 임대하고 있다고 하여 이에 해당하는 부분의 부속토지인 쟁점토지에 대하여 면제된 이 건 취득세 등을 추징하였는데, 청구법인은 이 건 토지 취득당시 「지방세법」 제276조 제3항의 규정에 의한 취득세와 등록세 감면신청을 하지 않았지만, 지방세 감면대상의 판단은 납세의무 성립당시에 사실관계와 법률이 정하는 바에 따라 판단하여야 하며, 「지방세법」상 감면신청에 관한 규정은 납세자의 협력의무에 불과한 것이지 기한 내에 감면신청이 없다고 하여 감면요건이 충족되어 당연히 감면대상인 것을 감면대상에서 배제하는 것은 아니라 하겠고OOO, 또한, 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다는 중복감면 배제원칙을 규정하고 있는 「지방세법」 제294조 는 납세자에게 유리한 감면율을 적용하라는 것이므로OOO, 청구법인이 이 건 토지에 대하여 「지방세법」 제276조 제3항의 규정에 의한 취득세 등의 감면신청을 하지 아니하고 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항의 규정을 근거로 취득세 등을 면제받았다 하더라도 이 건 토지 취득과 관련하여 「지방세법」 제276조 제3항의 규정을 적용하는 것이 청구법인에게 유리하다면 이를 적용하는 취득세 등을 면제함이 타당하다 하겠다. 그렇다면 「지방세법」 제276조 제3항은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하도록 규정하고 있는 반면, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」은 벤처기업집적시설에 대한 지정요건만을 규정하고 있을 뿐 해당 시설에 대한 사업시행자에 대하여는 규정하고 있지 아니하므로, 위 「지방세법」상의 감면규정을 적용함에 있어서는 벤처기업집적시설 취득 이전에 해당 건축물이 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 벤처기업집적시설로 지정되면 족한 것이며, 실질적으로 벤처기업집적시설의 사업을 시행하면 되는 것이지 벤처기업집적시설의 사업시행자로서 지정되어야 하는 것은 아니라 할 것으로, 청구법인은 이 건 토지를 취득하고 그 지상에 이 건 건축물을 신축 취득하기 이전에 이미 이에 대하여 벤처기업집적시설로 지정을 받았고, 벤처기업집적시설을 조성하기 위하여 토지를 취득하는 경우 이는 당해 시설을 조성하기 위해 필요한 설계, 건축, 감리 등과 같이 일종의 시설취득을 위한 준비행위에 해당된다 할 것이며, 이러한 일련의 투자는 해당 건축물의 사용승인을 받는 시점에 벤처기업집적시설로서 완전하게 성립된다 하겠으므로 실질적으로 벤처기업집적시설의 사업을 실시한 것으로 보아야 할 것이다. 그리고 구 행정자치부의 벤처기업집적시설에 대한 지방세 감면요령(2002.3.4.)에서 ‘벤처기업집적시설 지정신청은 중소기업청이 고시OOO한 벤처기업집적시설 지정 관리에 관한 지침 제4조의 규정에 의거 토지사용승낙서, 토지매매계약서, 부동산매매계약서만 있으면 당해 부동산을 취득하지 아니하더라도 신청이 가능하므로 벤처기업시설용 부동산을 취득하지 아니한 상태에서 먼저 벤처기업집적시설로 지정을 받은 후 당해 부동산을 취득하여야 취득세 등을 감면받을 수 있다’고 하고 있지만, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의한 벤처기업집적시설지정 신청서에 의하면 시설소재지, 시설명 등 시설개요를 작성토록 하고 있고, 벤처기업집적시설로 지정받기 위하여는 ‘배치도 및 평면도’를 요구하는 등 최소한 설계작업은 완료되어야 벤처기업집적시설 지정신청이 가능하므로, 토지 취득 전에 누구나 벤처기업집적시설로 지정신청이 가능하다고 하면서 반드시 그 이전에 벤처기업집적시설로 지정받아야 한다는 처분청의 논리는 모순이라 하겠고, 또한, ‘벤처기업집적시설 지정 및 관리 안내’자료 ‘4. 지정요건’에서 ‘집적시설은 선지정 후요건 충족제도로 건물이 건축되지 않은 상태에서도 지정신청이 가능하며, 건축물의 일부도 집적시설로 지정받을 수 있음’으로 안내하고 있으며, ‘6.(지정·변경) 신청서류’에서 ‘신축예정 또는 신축중인 건축물을 벤처기업집적시설로 지정받고자 하는 경우’에 대하여 안내하고 있는바, 이는 벤처기업집적시설이 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」상 건축물로 정의되어 있어 건축물 준공 전에 지정받을 것을 요구하고 있는 것이므로, 「지방세법」 제276조 제3항을 적용함에 있어 모든 사업자가 토지 취득 전에 벤처기업집적시설로 지정받아야 한다는 것은 너무도 불합리한 경우가 아닐 수 없고, 이러한 경우 토지 취득 시점에 설계도를 보유하는 사업자는 벤처기업집적시설 지정신청이 가능하여 취득세 등이 면제되고, 그렇지 아니한 사업자는 벤처기업집적시설 지정신청이 불가능하여 취득세 등이 면제되지 않는다는 논리는 법적용의 형평성에 어긋난다 하겠으므로 쟁점토지에 대한 이 건 취득세 등의 부과처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다OOO 할 것인바, 「지방세법」 제276조 제3항은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 따라 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있는 한편, 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제18조 제1항 및 2항은 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시·도지사로부터 그 지정을 받을 수 있고, 시·도지사로부터 지정을 받은 벤처기업집적시설은 지정받은 날(건축 중인 건축물은 제22조에 따른 건축물의 사용승인을 얻은 날)부터 1년 이내에 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 4개 이상, 연면적의 100분의 70 이상을 벤처기업 등 대통령령으로 정하는 기업이 사용하게 할 것, 제2호에 해당하지 아니하는 지정 면적은 벤처기업집적시설 등 대통령령으로 정하는 시설이 사용하게 할 것 등의 요건을 갖추어야 한다고 규정하고 있으므로, 신축예정 또는 신축중인 건축물을 벤처기업집적시설로 지정받고자 하는 경우 건축계획서, 배치도 및 평면도, 토지대장 등본 및 토지등기부등본(지정신청자와 토지 소유자가 다른 경우에는 토지승낙사용서 또는 토지매매계약서)을 첨부하여 벤처기업직접시설 지정신청을 할 수 있지만, 청구법인은 이 건 토지 취득 전 혹은 취득 후부터 취득신고 시점까지 벤처기업집적시설 지정신청을 한 적이 없어 그 취득당시(토지 취득에 따른 납세의무 성립시점)에는 「지방세법」 제276조 제3항에 따른 벤처기업집적시설의 사업시행자에 해당된다고 볼 수다 할 것이어서 이때 바로 위 규정을 적용하기는 어렵다 하겠고, 또한, 취득세 등의 감면은 감면받고자 하는 자의 신청을 통하여 취득 시점에 사용계획 및 예정에 따라 해당 규정을 적용하여 그 감면여부를 결정하는 것이며, 청구법인의 주장처럼 두 가지 이상의 감면적용이 가능하다 하더라도 적용되는 법 규정마다 세율 및 추후 추징되는 조건들이 개별적으로 적용되므로, 청구법인이 이 건 토지 취득당시 「지방세법」상 감면대상인 벤처기업집적시설용 토지가 아닌 「조세특례제한법」상 창업벤처중소기업의 사업용재산으로 취득세 등의 감면신청한 이상, 추후 이에 대한 사후관리 역시 「조세특례제한법」의 규정으로 판단하여야 할 것이다. 그렇다면 청구법인이 이 건 토지상에 건축물을 신축한 후 이를 당초의 감면요건에 부합하게 창업벤처중소기업의 사업용재산으로 직접 사용하였어야 함에도 불구하고 벤처기업직접시설로 지정받았을 뿐 그 일부를 사무실 및 근린생활시설로 임대한 사실이 확인된 이상, 임대부분의 부속토지인 쟁점토지 또한 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용한 것으로 보아 면제된 이 건 취득세 등을 추징한 것은 적법하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 창업벤처중소기업이 취득한 토지 일부를 당해 사업에 사용하지 아니한 채 다른 용도로 사용한 것으로 보아 면제된 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항은 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 영위하기 위하여 창업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날)부터 4년 이내에 취득하는 사업용재산 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 하면서, 취득·등록일부터 2년 이내에 당해 재산을 정당한 사유 없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대 포함)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다고 규정하고 있다. (2) 「지방세법」 제276조 제3항은 「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제16조의 규정에 의한 산업단지개발사업시행자, 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의한 사업시행자 및 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득(「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제41조의 규정에 의한 환매권의 행사로 인한 취득을 포함한다)하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 하면서, 그 취득일부터 3년 내에 정당한 사유없이 산업단지·산업기술단지 또는 벤처기업집적시설을 개발·조성하지 아니하는 경우 또는 부동산의 취득일부터 5년내에 벤처기업집적시설의 지정이 취소되거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제18조 제2항의 규정에 의한 요건을 갖춘 날부터 5년 이내에 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 감면된 취득세·등록세 및 재산세를 추징한다고 규정하고 있다. (3) 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제18조 제1항은 벤처기업집적시설을 설치하거나 기존의 건축물을 벤처기업집적시설로 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 연면적 이상인 경우 시·도지사로부터 그 지정을 받을 수 있다고 하면서, 지정받은 사항을 변경하는 경우에도 또한 같다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조의8 제1항은 법 제18조 제1항 전단에서 “대통령령으로 정하는 연면적”이란 건축물의 연면적(전용면적을 말한다)이 1천200제곱미터 이상인 경우를 말한다고 하면서, 다만 건축물의 일부를 지정받으려는 경우에는 각 층 연면적의 100분의 50 이상을 지정대상에 포함하여야 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제11조의9 제1항은 법 제18조 제1항에 따라 벤처기업집적시설로 지정받으려는 자는 지식경제부령으로 정하는 바에 따라 시·도지사에게 벤처기업집적시설의 지정신청을 하여야 한다고 하면서, 지정받은 사항을 변경하려는 경우에도 또한 같다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제5조 제1항 제1호·제2호는 법 제18조 제1항에 따라 벤처기업집적시설의 지정을 받으려는 자는 별지 제5호서식에 따른 신청서에 벤처기업집적시설로 지정받으려는 건축물이 영 제11조의8 제1항에 해당함을 증명하는 서류와 별지 제6호서식에 따른 벤처기업집적시설 운영계획서를 첨부하여 시·도지사에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다. (4) 한편, 「지방세법」 제292조 및 같은 법 시행령 제231조 제1호는 이 장의 규정에 의하여 취득세·등록세의 감면을 받고자 하는 경우에는 감면대상 부동산을 취득한 날부터 30일 이내에 지방세감면신청을 하여야 한다고 하면서, 다만 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다고 규정하고 있고, 「지방세법」 제294조 는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있다. (5) 청구법인은 2008.4.28. 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조 에 따라 벤처기업확인서OOO를 교부받고 2009.7.21. 이 건 토지를 취득한 후 「조세특례제한법」 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항을 근거로 처분청에 취득세 등의 감면신청을 하여 취득세 등을 감면받았다. (6) 2009.11.5. 청구법인은 처분청으로부터 건축허가를 받았는데, 2010년 12월 청구법인이 작성한 건축계획서상에는 그 용도가 업무시설과 근린생활시설로 되어 있고, 2011.1.18. OOO로부터 건축중인 이 건 건축물에 대하여 벤처기업집적시설로 지정(연면적 2,798.91㎡, 총지정면적 2,405.09㎡)을 받은 다음 2011.9.26. 처분청으로부터 이 건 건축물에 대한 사용승인을 받았다. (7) 2012.2.7. 처분청 담당공무원OOO은 현지 출장하여 청구법인이 이 건 건축물의 일부를 사무실 및 근린생활시설로 임대하고 있음을 확인하였다. (8) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련법령 등을 종합하여 살펴본다. 지방세법령은 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 지방세감면신청을 하여야 하고, 그 감면신청을 하고자 하는 자는 정해진 기간 내에 지방세감면신청서를 제출하여야 한다고 규정하고 있다고는 하나, 이는 면제처리의 편의를 위한 사무처리절차를 규정한 것에 불과한 것일 뿐 그 신청이 면제의 요건이라고 볼 수는 없으므로OOO 지방세관계법 등에서 정하는 지방세 감면요건에 해당하는 경우에는 해당 지방세를 감면함이 타당하다. 그러나, 「지방세법」 제294조 에서 동일한 과세대상에 대하여 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다고 규정하고 있으므로 추후 추징요건이 성립되어 감면된 지방세를 추징하는 경우에도 당초 감면의 근거가 된 조항의 추징규정을 적용하는 것이 조세공평에 부합된다OOO 할 것이다. 그렇다면 청구법인은 이 건 토지를 취득할 당시 「조세특례제한법」상의 규정을 들어 지방세 감면신청을 하였고, 처분청 또한 이에 근거하여 이 건 토지에 대한 취득세 등을 면제하였음에도 청구법인이 이 건 토지상에 신축한 건축물 일부를 토지에 대한 감면사유와는 다른 용도로 사용하고 있는 이상, 그 부속토지인 쟁점토지에 대하여는 위 「조세특례제한법」상의 추징규정을 적용하는 것이 타당하므로, 쟁점토지에 대하여는 창업벤처중소기업이 당해 재산을 해당 사업에 사용하지 아니한 채 다른 용도로 사용하고 있는 경우라는 「조세특례제한법」 제119조 제3항 및 제120조 제3항 각 본문 단서의 추징요건이 성립되었다 하겠다. 설사 청구법인이 주장하는 것처럼 쟁점토지에 대하여 「지방세법」 제276조 제3항의 규정을 적용할 수 있다 하더라도 위 규정은 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」에 의하여 지정하는 벤처기업집적시설의 사업시행자가 벤처기업집적시설을 개발·조성하여 분양 또는 임대할 목적으로 취득하는 부동산에 대하여 취득세 등을 면제하는 것인 반면, 청구법인은 벤처기업집적시설로 지정받지 않은 상태에서 이 건 토지를 취득하였으므로 위 「지방세법」의 규정에 의한 취득세 등의 면제대상에 해당된다고 보기도 어렵다. 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구법인에게 부과 고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.