이유
1. 처분개요

가.

청구법인은 2008.2.29.부터 2009.4.30.까지의 기간 중에 OOOO OOO

OOO OOO OOOO-OO O OOOO OO OO,OOOO(OO OO O OO

OO

OO

)를

취득하고, 2010.8.18. 그 지상에 창고용 건축물 3,399.6㎡(이하 이 건

건축물“이라 하고, 이 건 토지와 함께 “이 건 부동산”이라 한다)를 신축

하여 취득(지목변경분 포함)한데 대하여 「조세

특례제한법」(2010.

12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것, 이하

같다) 제120조 제3항 등에서 규정하고 있는 창업중소기업의 사업용

재산의 취득으로 하여 처분청으로부터 취득세 등을 감면받았다.

나.

처분청은 2012.8.29. 자체세무조사 결과 청구법인이 이 건 부동산 중 건축물 3,323㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다) 및 옥외 하치장 토지

1,651㎡(이하 쟁점건축물과 부속토지 3,323㎡를 포함하여 “쟁점부동산

”

이라 한다)를 주식회사 OOO에게

임대한 것으로 보아 쟁점부

동산에 대한 취득세 OOO, 농어촌

특별세 OOO, 등록세

OO,OOO,OOOO, 지방교육세

OOO, 합계 OOO을 2012.11.5. 청구

법인에게 부과고지

하였다.

다

.

청구법인은 이에 불복하여 2013.1.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 등 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 2007년 10월 창고업 및 화물취급업 등을 주업으로 하여 설립되었고, 화물운송 및 보관사업을 하기 위하여 이 건 부동산을 취득하여 2011년에는 OOO 산업에 필요한 품목을 전문적으로 공급하기 위하여 관세청으로부터 특허보세구역으로 허가를 취득한 이후, 외국선주사의 물품취급을 주업으로 하는 OOO와 물품보관계약을 체결하고 매월 창고보관 업무를 해주며, 창고보관수수료를 받아 오고 있는 바,

창고업을 영위한다는 것은 물품의 보관 및 이에 부수되는 운송, 하역

등의 제반용역을 제공하면서 그 댓가를 받는 것으로 OOO와

물품보관계약을 체결하면서

OOOO의 많은 수입물품 보관사업자가 사용하는

책

정방식인 OOO 방식으로 보관료를 책정하였고, OOO

OOO의

입출고

물품은 1척의 선박건조를 위하여 1프로젝트 단위로 정확

하게 계획된

스케

줄에 의하여 수입되어 창고에 입출고되기 때문에 1년

동안의 물품 종류와

크기, 보관기간 등을 사전에 정확이 예측할 수 있고,

1년 동안의 총 창고

보관 비용을 예상할 수 있어 2012년 동안의 전체 보관료를 책정하고, 이를 1개월 단위로 나누어 그 익월 1일에 창고 보관수수료를 받기로 한 것으로

비록, 그 형식을 임대차계약으로 하였으나,

이는 거액의 보관료에 대하여 사전협의를 위해 작성된 1년 동안의 보관

요금의 청구서이지 절대 임대차 계약의 내용은 아니다.

또한,

OOOOOO가 취급하는 물품들은 거의 대부분이 수입보세물품으로

해당 보세물품을 보관·운송하기 위해서는 보세사가 운영하는 사업

장에

한하여 가능하고, 계약자의 보세물품이 선적되어 입고되고, 반출

될 때마다 청구법인의 책임 하에 입고 및 반출되고 있으며, 해당 관련

사실들은 모두 관세청에 보고하고 있고, OOO의 보세물품의

운송 및 보관에 대한 모든 신고 및 보관업무를 일괄하여 대행하여 주고

있

으며, 이에 대한 관리 감독 및 물품보관의 모든 책임을 지고 있음에도

처분청은 이 정상적인 창고업의 영업행위를 임대차 계약관계로 오인하여 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 부당하므로 취소되어야 한

다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산에 대하여 청구법인이 OOO와 체결한 보세창고 임대차 계약서를 보면, 임대차기간은 2012.1.1.부터 2012.12.31.까지로 하고, 임차보증금은 OOO, 임차료는 매월 1일에 지급하며 1월은 OOO, 2월은 OOO, 3월은 OOO, 4월부터 12월까지는 매월 OOO으로 각각 되어 있는 점, 쟁점부동산과 관련된 각종 공과금(인터넷사용료, 전기요금), 지게차운영비, 각종보관료, 경비용역비 등을 OOO가 청구법인에게 지급함으로써 사실상 부담하고 있는 점, OOO의 거래처원장에는 청구법인에게 임대료를 매월 지급한 것으로 되어 있는 점, 2012.8.29. 이 건 부동산 현지확인 결과, OOO가 쟁점부동산을 사용하고, 직원 2명이 상주하면서 관리하고 있는 사실 등을 종합하여 볼 때, OOO가 쟁점부동산을 사실상 임차하여 외국선주사와의 물품통합계약서에 의해 청구법인에게 지급한 임대료는 매출원가(사업지원원가)로, 보관물품에 대한 매출은 OOO으로 처리하여 명백하게 자기계산하에 직접 사용한다 할 것이다.

한편,

일반적인 창고보관료(또는 창고사용료)란 영업 창고가 화물을

보관

하는 대가로 요율의 기준에 따라 징수하는 요금이라 할 것이고, 부동산

임대란 돈을 받고 자기 물건을 상대편에게 사용·수익하게 하는 것이

므로 창고보관료에는 임대보증금, 일정한 임대료 및 각종 공과금(인터넷

사용료, 전기요금, 경비용역비)을 청구 할 수 없다고 할 것이므로, 이는

「물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률」 제2조 제5의3에서 규정한

물류창고업에 해당하는 것이 아니라 사실상 쟁점부동산의 임대차 계약

이라 할 것이며, 임대차계약서에서 쟁점부동산의 임차료 지급시기를 매월 1일로 규정하고 있음을 볼 때 당해 임차료는 창고업자가 물건을 임치한 대가로 받는 보관료가 아니라 OOO에게 쟁점부동산을 제공한 대가로서 받는 임대료라고 보는 것이 타당하다고 할 것이고, 그렇다면, 청구법인이 쟁점부동산을 당해 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로

사용·처분(임대 포함)하는 경우에 해당된다 할 것이어서 이 건 취득

세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없

다

.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 쟁점부동산을 창업중소기업에 대한 세액감면 업종인창고업에 사용하였는지 여부

나. 관련 법령

(1)

조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)

제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ③ 창업중소기업과 창업

벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

1. 광업

2. 제조업

3. 건설업

4. 음식점업

18. 대통령령으로 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)

제

119조(등록세의 면제등) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는

등기에 대해서는 등록세를 면제한다. 다만, 제1호의 경우 등기일부터 2년 이내에 해당 재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른 목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우 또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은 세액을 추징한다.

1. 창업중소기업 및 창업벤처중소기업이 해당 사업을 하기 위하여 창

업일(창업벤처중소기업의 경우에는 벤처기업으로 확인받은 날을 말한다. 이하 같다)부터 4년 이내에 취득하는 사업용 재산에 관한 등기

제120조(취득세의 면제등) ③ 창업중소기업 및 창업벤처중소기

업이 해당 사업을 하기 위하여 창업일부터 4년 이내에 취득하는 사업용

재산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 취득일부터 2년 이내에 그

재산을 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 다른

목적으로 사용·처분(임대를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)하는 경우

또는 정당한 사유 없이 최초 사용일부터 2년간 해당 사업에 직접 사용

하지 아니하고 다른 목적으로 사용하거나 처분하는 경우에는 면제받은

세액을 추징한다.

(2) 조세특례제한법 시행령(2010. 8. 25. 대통령령 제22356호로 개정되기 전의 것)

제5조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) ⑧ 법 제6조제3항제18호에서 "대통령령으로 정하는 물류산업"이란 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개·대리 및 관련 서비스업, 화물포장·검수 및 형량 서비스업 및 「항만법」에 따른 예선업과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업(이하 "물류산업"이라 한다)을 말한다.

(3) 상법

제155조(의의)

타인을 위하여 창고에 물건을 보관함을 영업으로 하는 자를 창고업자

라 한다.

제156조(창고증권의 발행) ① 창고업자는 임치인의 청구에 의하여

창고증권을 교부하여야 한다.

② 창고증권에는 다음의 사항을 기재하고 창고업자가 기명날인 또는 서명하여야 한다.

1. 임치물의 종류, 품질, 수량, 포장의 종별, 개수와 기호

2. 임치인의 성명 또는 상호, 영업소 또는 주소

3. 보관장소

4. 보관료

5. 보관기간을 정한 때에는 그 기간

6. 임치물을 보험에 붙인 때에는 보험금액, 보험기간과 보험자의 성명 또는 상호, 영업소 또는 주소

7. 창고증권의 작성지와 작성년월일

제162조(보관료청구권) ① 창고업자는 임치물을 출고할 때가 아

니면 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구하지 못한다. 그러나

보관기간 경과후에는 출고전이라도 이를 청구할 수 있다.

② 임치물의 일부출고의 경우에는 창고업자는 그 비율에 따른 보관료 기타의 비용과 체당금의 지급을 청구할 수 있다.

(4) 민법

제618조(임대차의 의의) 임대차는 당사자일방이 상대방에게 목

적물을 사용, 수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을

지급할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

다. 사실관계 및 판단

(1)

청구법인과 처분청이 제출한 자료에 의하면, 다음과 같은 사실을

알 수 있다.

(가)

청구법인은 2007.11.1. OOO을

본점소재지로 하고,

선박 구성부분품 제조업, 기자재 유통, 보관 및 창고업, 부동산

임대 및 매매업 등을 목적사업으로 하여 설립되었고,

2007.11.10.

OOOO OOO OOO OOO OOOO-O을 소재지로 하고, 서비스, 제조

/보관 및 창고, 금속절삭가공기계 등을 업태/제조로 하여 사업자등록을

하였다.

(나) 청구법인은 2008.2.29.부터 2009.4.30.까지의 기간 중에 이 건

토지를 취득하였고, 2010.8.18. 이 건 건축물을 취득하였으며, 2011.12.

1.

OOOOO으로부터 이 건 부동산 소재지에 선박기자재 및 선용품에 대한

특허

보세구역 특허를 받았으며,

2011.12.30. OOO와 임차기간을 2012.1.1.부터 2012.12.31.까지로

하고,

임차보증금을 OOO으로 하며, 2012년 1월 임차료를 OOO

2월 임차료를 OOO, 3월 임차료를 OOO, 4월부터 12월까지의

임차료를 OOO으로 하여 이 건 부동산 중 옥내 3,240㎡(건축물), 옥외 1,651㎡(토지) 및 사무실 83㎡(건축물)에 대한 임대차계약을 체결하였고,

동 임대차계약서에는 관리비는 당 보세창고의 운영에 직접 및 공용으로

부담되는 전기, 가스, 통신비로서 실비로 청구된 금액을 기준으로 OOO가 부담하고, OOO는 선량한 관리자로서의 목적물을 사용관리하고, OOO의 고의 또는 과실로 인한 피해는 OOO의 부담으로 원상복구하여야 한다라고 기재되어 있다.

(다)

청구법인은 2012.8.8. 이 건 부동산 소재지에 물류창고업 등록을

하였고, 처분청 세무담당공무원의 이 건 부동산 현지 확인서에는

2012년 1월

체결된 임대계약서상 창고 3,240㎡, 사무실 83㎡, 옥외

하치장 1,651㎡는 OOO가 현재 사용하고 있으며, 별도

경계로 구분되어 사무실 근무 직원 2명이 상주하면서 외국인 선주

회사의 조선기자재 등의 입·출입을 관리하고 있다고 기재되어 있다.

(라) 그 외, 청구법인은 청구법인이 OOO에게 보낸 보관료 견적안내문, 2012년 창고보관 내역 및 보세창고 수입화물 진행정보,

품목카드 및 사진 등을 제출하였고, 처분청은 쟁점부동산의 사용대가를

월별(월초지급)로 창고임대료로 처리한 OOO 거래처원장

,

OOOOOO가 청

구법인에게 인터넷사용료 및 전기요금, 크레인 사용료

, 지게차

운영비, 컨테이너 및 조선기자재 보관료 및 경비용역비 등을 지급한 사실이 나타나는 세금계산서 등을 증거자료로 제출하고 있다.

(마)

한편, 청구법인이 제출한 자료 및 청구법인의 심판관회의 의견

진술

내용을 종합하여 보면, 청구법인은 쟁점부동산의 임대료에 대하여

별도의 추후정산을 한 사실이 없는 것으로 나타난다.

(2)

위의 관련법령과 사실관계를 종합하여 살피건대,

청구법인이 쟁점

부동산에 대하여 OOO와 1년간 임대차계약을

체결하고, 임차보증금

OOO에 월 임차료 OOO 내지

OOO을 매월 1일에

지급받은 점, 쟁점부동산에 보관하는 물품의 사용관리 책임이

OOO

OOO에게 있고, 쟁점부동산

운영에

직접 및 공용

으로

부담되는 전기,

가스, 통신비를 OOO

OOO가 부담하는 것으로 임대차계약서가 작성

된 점 및 추후

실제로

보관한 물량에 따라 월 임차료에

대하여 사후정산이

이루어 진 사실이 없는 점 등에

미루어 보면,

청구법인이 OOO로부터 지급받은

월 임차료는 물건을 보관한

대가로 받은 보관료가 아니라 부동산 사용자에게 받는 임대료라고 보는

것이 타당하다 할 것인 바, 비록, 청구법인이 OOO의 보세물품의

신고 및 하치·적재 등의 업무를 대행하였다 하더라도 이러한 사실만으로

청구법인이 쟁점

부동산을

창고

업에 사용한 것으로 보기에는 어려움이 있다

할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산을 임대업에 사용한 것으로 보아 청구법인

에게 이 건 취득세 등을 부과고지한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

「지방세 기본법」 제123조

제4항과

「국세기본법」 제81조

및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.