이유
1. 처분 개요

(1) 청구법인은 OOO공사가 출자(98%지분)하여 설립한 기계관련 엔지니어링 서비스업을 영위하는 법인으로 1994.12.30 특수관계법인인 OOO공사와 「배연탈황 등 연구개발사업용역공급」에 대한 용역공급계약(이하 “쟁점계약”이라 한다)을 체결하였는 바, 1996.2월 쟁점계약의 용역공급계약금액이 과다하게 산정되었다는 감사원의 감사지적에 따라 당초 약정된 26,500,000,000원의 공급계약금액 중 1,225,933,000원을 감액하는 계약을 체결하고 동 감액된 금액 1,225,933,000원(이하 “쟁점수입금액”이라 한다)을 당해 사업연도의 수입금액에 포함하지 아니하였다.

(2) 청구법인은 쟁점계약과 관련하여 1997.1.1～1997.12.31, 1998.1.1～1998.12.31사업연도(이하 “1997사업연도”, “1998사업연도”라 한다)에 OOO공사의 OOO연구원으로부터 선급받은 용역공급계약금액을 금융기관에 예치함에 따라 발생된 이자수입금액 152,820,426원(1997년 143,933,316원, 1998년 8,887,110원, 이하 “쟁점이자”라 한다)을 이자수익으로 계상하지 아니하고 OOO연구원에 반환하였다.

(3) 처분청은 쟁점계약과 관련된 쟁점수입금액과 쟁점이자에 대하여 특수관계법인인 OOO공사에게 이익을 분여한 것으로 판단하고 이를 부당행위계산 부인대상 및 부가가치세 매출과세표준의 신고누락금액으로 보아 동 금액을 각사업연도 소득금액에 익금산입·기타사외유출처분하였고, 1996년 제1기 부가가치세 과세표준에 가산하여 2001.8.9 청구법인에게 1996.1.1～1996.12.31사업연도(이하 “1996사업연도”라 한다) 법인세 591,384,690원, 1997사업연도 법인세 286,011,950원, 1996년 제1기 부가가치세 159,371,290원을 고지결정하고, 1998사업연도 법인세 45,006,310원을 환급결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2001.11.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점계약에 의한 「배연탈황시설공사」는 OOO공사와 청구법인이 “선도기술개발사업공동관리규정(국무총리훈령제288호,1984.2)”이 정하는 사업비계산방법에 따라 총계약금액 26,500,000,000원으로 용역공급계약을 체결하였지만, 감사원에서 쟁점수입금액이 과다하게 계약금액에 포함되어 있음을 지적함에 따라 쟁점수입금액을 차감하는 수정계약을 체결하였으므로 쟁점수입금액은 그 감액근거가 명백한 만큼 이를 부당행위계산 부인대상으로 본 이 건 처분은 부당하다.

(2) 청구법인과 OOO공사가 체결한 쟁점계약과 관련된 사업은 정부의 G-7 프로젝트의 일환인 환경공학기술개발사업 등 선도기술개발사업이므로 쟁점계약에 대한 모든 사항은 선도기술개발사업수행에 필요한 사항을 규정한 “선도기술개발사업공동관리규정”을 준수하여야 할 것인 바, 동 규정에 따라 쟁점계약을 체결하였으므로 쟁점계약과 관련된 용역공급이 최종적으로 손실이 발생하였음을 이유로 동 규정에 따른 감사원의 감사지적에 의하여 쟁점수입금액을 감액한 것을 특수관계법인에게 이익을 분여하기 위한 것이라고 볼 수는 없다.

(3) 쟁점계약은 “선도기술개발사업공동관리규정”과 “환경공학기술개발사업운영규정”이 동시에 적용되는 연구개발사업으로 동 규정에서 총괄주관기관은 사업비를 재지급 할 때까지 발생한 예금이자와 연구기간 중 발생한 이자는 환수조치 하도록 규정하고 있음에 따라 쟁점이자를 반환하였으므로 이를 부당행위계산 부인대상으로 볼 수 없다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인이 쟁점수입금액을 감액계약한 것은 “선도기술개발사업공동관리규정”을 적용함에 따른 것이라고 주장하나, 동 규정은 국무총리훈령으로서 정부기관 및 연구기관에만 적용될 사항이지 일반상사법인인 청구법인에게까지 일률적으로 적용될 규정은 아니며, 이 건 쟁점계약은 손실이 예상되는 불평등계약이므로 쟁점수입금액의 감액을 부당행위계산 부인대상으로 본 이 건 처분은 정당하다.

(2) 감사원이 환경처 산하의 “OOO연구원”의 예산집행을 감사하는 과정에서 노출된 쟁점수입금액과 관련된 공사대금의 적정지급여부는 OOO연구원이나 OOO공사의 문제로서 하청업자인 청구법인과 직접적인 관련사항은 아닌 것인 바, 쟁점수입금액은 OOO공사가 우월적 지위를 이용하여 청구법인에게 책임을 전가한 것에 불과하다.

(3) 공사선수금은 발주자가 하청업자에게 지급할 공사대금 중 일부를 선지급하는 금액으로서 이는 하청업자의 자금부담을 덜어주기 위한 것이고 그에 의한 예금이자는 하청업자의 수익이 되는 바, 선수금을 예치하여 발생된 수입이자를 발주업체에게 반환한 것은 부당한 것이므로 쟁점이자를 부당행위계산 부인대상으로 본 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 특수관계법인인 용역계약의 거래처에 대한 감사원 감사지적에 의하여 과다 계약된 금액을 반환한 것이 부당행위계산 부인대상에 해당하는지 여부

(2) 특수관계법인인 용역계약의 거래처로부터 선수금을 수령한 뒤 동 선수금을 예치함에 따른 이자수익을 관련규정에 의거 거래처에 반환한 것이 부당행위계산 부인대상에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1)

법인세법 제20조

【부당행위계산의 부인】

정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

(2)

같은법 시행령 제46조

【법인의 부당한 행위 또는 계산】

② 법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 시가를 초과하는 가액으로 현물출자 하거나 그 자산을 과대상각한 때

2. 무수익자산을 출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 때

3. 출자자 기타 특수관계에 있는 자(이하 "출자자등" 이라 한다)로부터 무수익자산을 매입하거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 때

4. 출자자등으로부터 자산의 시가를 초과하여 매입하거나 출자자 등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때

7. 출자자 등에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때. (단서생략)

9. 기타 출자자등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여

(가) 사실관계

① 청구법인이 청구법인과 특수관계법인인 OOO공사와 체결한 쟁점계약은 「배연탈황실증설비(200MW)연구개발사업」에 따른 시설공사로서 동 연구개발사업은 대기오염을 방지하기 위한 연구사업의 일환으로 정부(10%)와 OOO공사(90%)가 기금을 조성하고 환경처의 주관하에 환경처 산하기관인 OOO연구원이 동 연구개발사업을 시행하였으며, OOO연구원은 OOO공사의 연구소인 OOO연구원에게 동 연구개발사업의 시설공사를 발주하였고, OOO공사(OOO연구원)는 이를 다시 청구법인에게 도급함에 따라 체결된 계약임을 관련 계약서 등에 의하여 확인할 수 있다.

② 또한, 감사원이 OOO연구원에 대한 감사시 위의 「배연탈황실증설비(200MW)연구개발사업」을 위한 쟁점계약의 도급금액의 산정과 관련하여, 동 연구개발사업 등 선도기술개발사업에 대한 관리규정인 “선도기술개발사업공동관리규정(국무총리 훈령 제286호, 1984.2월)”에 규정된 사업비의 산출방법과 달리 시작품제작과 관련된 비용이 과다계상되었다는 지적에 따라 감사원이 이에 대한 시정지시를 OOO공사에 하자, OOO공사와 청구법인은 동 지시에 따라 쟁점계약의 도급금액 중 쟁점수입금액을 감액하였는 바, 이는 감사원의 감사지시서 및 쟁점계약의 수정계약서 등에 의하여 확인되고, 동 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

③ 쟁점계약에 대한 계약서의 일반용역계약조건 제8조4(계약금액결정의 착오 등으로 인한 계약금액의 조정)를 보면, 계약체결 이후에 계약금액 결정의 착오 등으로 인하여 계약금액을 조정할 사유가 발생한 경우 계약금액을 조정할 수 있도록 정해져 있고, 동 계약서에 첨부된 일반시방서 제1번의 연구수행방법에는 계약자는 “선도기술개발사업공동관리규정”을 준수하여 수행하도록 약정하고 있는 바, 이에 대하여 청구법인은 이 건 심판청구시 쟁점계약의 “선도기술개발사업공동관리규정”의 준수여부에 대하여 쟁점계약의 기술개발사업을 주관하는 환경부산하 한국환경기술진흥원에 질의하여 한국환경기술진흥원으로부터 청구법인도 “선도기술개발사업공동관리규정”을 준수하여야 하는 위탁연구기관이라는 해석의 회신(전담900-98, 2002.2.6)을 받은 사실이 있다.

(나) 판단

법인세법 제20조

에서 규정하는 부당행위계산의 부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적으로 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되어야 할 것인 바(같은 뜻, 대법95누8751, 1996.7.26), 본 건의 경우 청구법인이 감액계약을 체결한 것은 감사원의 감사지적과 “선도기술개발사업공동관리규정”을 준수하도록 되어있는 쟁점계약의 약정사항을 이행한 것으로 보이고, 제반 정황을 고려해 볼 때, 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것이라고 보기 어려우므로 청구법인이 쟁점수입금액을 감액한 것을 부당행위계산 부인대상으로 본 이 건 처분은 부당하다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여

(가) 사실관계

① 청구법인은 청구법인과 특수관계법인인 OOO공사와 체결한 쟁점계약이 이행됨에 따라 OOO공사의 연구소인 OOO연구원으로부터 연구사업비를 선급받았고, 이를 금융기관에 예치하여 1997사업연도에 수입이자 179,916,616원이 발생하였으며, 이에 대한 법인세 35,983,300원을 해당 금융기관이 원천징수하였고, 1998사업연도에도 수입이자 11,171,230원이 발생하였으며 이에 대한 법인세 2,284,120원을 해당 금융기관이 원천징수하였는 바, 청구법인은 각 수입이자에서 원천징수된 세액을 차감한 쟁점이자를 OOO연구원에 반환하였음을 이유로 각사업연도 소득금액계산시 익금에 산입하지 아니하였고, 원천징수된 법인세만 수입이자로 계상하고 이를 기납부세액으로 하여 각사업연도의 법인세에서 차감하여 법인세를 신고납부한 사실이 법인세과세표준신고서 등에 의하여 확인된다.

② 처분청은 쟁점이자는 청구법인이 쟁점계약에 대한 용역공급의 대가를 선급받아 이를 금융기관에 예치하여 발생한 이자로서 청구법인의 수익인 익금에 해당하는 것으로 보아 이 건 처분하였고, 청구법인은 쟁점계약의 「배연탈황실증설비(200MW)연구개발사업」은 선도기술사업인 동시에 환경기술연구개발사업으로서 “선도기술개발사업공동관리규정”과 “환경공학기술개발사업운영규정”을 동시에 적용하여야 하는 바, 동 규정에서 사업비와 관련된 이자는 이를 환수하여 사업비로 사용하도록 규정하고 있으므로 쟁점이자를 반환하고 동 이자금액을 수입금액으로 계상하지 아니한 것은 정당하다고 주장하고 있다.

③ 환경공학기술개발사업운영규정(환경부훈령 제358호, 1997.4.25)의 제36조(사업비의 관리 및 사용) 제4항에 “총괄주관기관에서 연구기관에 사업비를 재지급할때까지 발생한 예금이자와 연구기간 중 발생한 이자는 환경공학기술개발사업을 위한 재투자를 원칙으로 하되 사업관리비로 사용 할 수 있다.” 라고 규정하고 있고, 1999.9.6 환경부훈령 제472호로 개정된 동 규정을 보면 제28조(개발사업비의 관리 및 사용) 제10항에서 “총괄주관기관의 장은 당해 연도 협약기간 중 발생한 개발사업비의 모든 예금이자를 환수한 후 제7항의 규정에 의한 집행잔액 및 제29조 제5항의 규정에 의한 정산액과 함께 특별한 사유가 없는 한 환경부장관에게 일괄적으로 보고하여야 한다” 라고 규정되어 있어 환경기술연구개발사업에 있어 사업비에 의하여 발생되는 이자금액은 이를 다시 사업비로서 투자하도록 규정되어 있음을 알 수 있다.

(나) 판단

쟁점(1)에서 살펴본 바와 같이 쟁점계약은 대기오염을 방지하기 위한 연구사업의 일환으로 정부와 OOO공사가 기금을 조성하고 OOO연구원이 시행하면서 그 사업의 일부를 청구법인에게 위탁한 특수한 사업으로서 별도의 “선도기술개발사업공동관리규정”과 “환경공학기술개발사업운영규정” 등의 관련 규정을 준수할 의무가 있는 사업으로 판단되는 바, 관련 규정에서 사업비와 관련하여 발생된 이자에 대하여는 사업비로 재투자하도록 규정하고 있음에 따라 청구법인이 쟁점이자를 사업수입금액이나 수익으로 계상하지 않고 총괄주관기관에 반환한 것이므로, 이를 일반적인 선수금에 대한 회계처리와 다르다 하여 이를 부당행위계산 부인대상으로 본 이 건 처분은 부당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 이유 있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.