이유
1. 원처분의 개요 청구법인은 인천광역시 남구 OO5동 OOOOOOOO에 주소를 두고 주택건설업을 영위하고 있으며 아파트 신축부지로 사용하기 위하여 경기도 시흥시 OO동 OOOOOO 소재 임야 3,306㎡(이하 “쟁점① 토지”라 한다)는 92.5.16 청구외 OOO로부터 1,080,000,000원에 매수하기로 계약하고, 같은곳 OOOO 소재 임야 8,238㎡(이하 “쟁점② 토지”라 하며, 쟁점① 토지와 함께 “쟁점토지”라 한다)는 92.5.7 청구외 OOO로부터 2,803,500,000원에 매수하기로 계약하였으며, 그외에도 같은곳 OOOO외 40필지 6,349㎡(이하 “쟁점외 토지”라 한다)를 91.8월부터 93.10월까지 사이에 취득하였고, 이후 위 아파트 신축·분양 계획을 취소함에 따라 쟁점외 토지를 94.2.7 청구외 OOO주택건설(주)에 양도하고 특별부가세 및 법인세를 신고납부하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점외 토지 이외에 쟁점토지를 미등기전매한 것으로 보아 96.3.16 청구법인에게 94사업년도 귀속분 특별부가세 303,322,440원과 법인세 108,649,170원 및 갑종근로소득세 306,973,330원을 결정고지하였다.(이후 국세청의 심사결정에 따라 특별부가세 217,430,830원과 법인세 144,758,920원 및 갑종근로소득세 276,828,450원으로 경정되었음) 청구법인은 이에 불복하여 96.5.15 심사청구를 거쳐 96.8.27 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 1) 쟁점토지등 위에 아파트를 신축·분양하고자 쟁점① 토지는 매도자 OOO와 매매대금 1,080,000,000원에, 쟁점② 토지는 매도자 OOO와 2,803,500,000원에 매수계약을 체결하였으며 OO건설(주)과도 93.9.10 공사도급계약을 하였다. 그러나 아파트 신축사업추진중 시공하청과 관련한 영업성과 평가등을 위한 타당성조사에서 손실이 예상되어, 동 사업을 포기하기로 결정하였는 바, 쟁점토지에 대한 잔금을 청산하지 못한 상태에서 매도자들과 94.2.1 매매 계약을 해약하기로 합의하였고 OO건설(주)과도 94.2.14 공사계약을 해약하였다. 따라서 쟁점토지는 매매계약 해약 후 청구외 OOO와 OOO가 OOO주택건설(주)에 양도하였음에도 청구법인이 미등기전매한 것으로 보아 과세한 것은 부당하다. 2) 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 미등기 전매한 것으로 보고 청구외 OOO주택건설(주)의 매매대금지급과 관련한 금융추적조사 후 쟁점외 토지와 쟁점토지의 양도차익 630,000,000원을 청구법인의 대표이사인 OOO의 근로소득으로 보아 갑종근로소득세 360,000,000원을 결정고지하였으나, 청구법인의 대표이사 OOO에 대한 상여처분은 구 법인세법(80.12.13 법률 제3270호로 개정된 것으로 94.12.21 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항을 적용한 것으로 동 법률은 헌법재판소의 위헌판결(93헌바32, 95.12.18)을 받았는 바, 처분청의 상여처분은 법률에 근거가 없는 것으로 부과처분도 취소되어야 한다. 3) 청구법인이 쟁점토지 취득계약시 중개인인 청구외 OOO에게 지급한 60,000,000원과 청구외 OOO주택건설(주)와 쟁점토지 및 쟁점외 토지의 양도계약시 청구외 OOO에게 지급한 중개수수료 150,000,000원은 중개수수료로서 손금에 산입되어야 한다. 4) 청구법인이 아파트 신축·분양사업추진시 매입한 경기도 지역공채 34,185,000원은 쟁점외 토지 양도시 청구외 OOO주택건설(주)에게 양도하였는 바, 처분청은 위 금액도 양도차익에 산입하였으나 동 금액은 자본적지출로서 비용으로 인정되어야 한다. 3. 국세청장 의견 1) 쟁점토지가 94.7.20 청구외 OOO와 OOO로부터 OOO주택건설(주)에게 소유권이전등기 되었는 바, 청구법인이 쟁점토지의 잔금으로 94.3.17 OOO에게 215,000,000원을 지급하고 94.7.2 OOO에게 240,000,000원을 지급한 사실이 확인됨으로 처분청이 청구법인이 쟁점토지를 미등기전매한 것으로 보아 과세한 처분은 정당하다. 2) 청구외 OOO주택건설(주)가 쟁점외 토지와 쟁점토지의 대금중 1,270,000,000원을 청구법인의 대표이사인 OOO의 계좌에 입금한 사실이 확인되는 바, 위 금액전체를 위 OOO의 근로소득으로 보아야 하나 위 1,270,000,000원중 위 OOO에 대한 가수금 반제금액으로 확인되는 700,000,000원을 차감한 570,000,000원을 위 OOO의 근로소득으로 봄이 타당하다. (청구법인 주장중 3과 4는 심사청구시는 주장하지 아니하였는 바, 국세청장의 의견이 없음) 4. 심리 및 판단 가. 쟁점 1) 청구법인이 쟁점토지를 미등기전매한 것으로 보아 특별부가세와 법인세를 부과한 처분의 당부 2) 미등기전매에 따른 양도차익중 일부를 대표이사에게 상여처분한 것으로 보아 갑종근로소득세를 부과한 처분의 당부 3) 청구법인이 지급하였다는 중개수수료를 손금으로 인정할 수 있는지 여부 및 4) 청구법인이 아파트 신축·분양 사업추진시 매입한 경기도 지역공채 34,185,000원을 손금으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 1) 법인세법 제59조의 2 (과세표준) 제1항은 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 규정하고, 제2항은 “제1항에서 「양도」라 함은 토지등에 대한 등기에 관계없이 매도·교환·법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.(단서생략)”고 규정하고 있으며, 제59조의 4(세율) 제4항은 “「미등기 양도토지등」이라 함은 토지등을 취득한 내국법인이 그 토지등의 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 것을 말한다.(단서생략)”고 규정하고 있다. 법인세법 제59조의 2 제3항은 “제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 1. 취득가액(단서생략) 2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 3. 취득가액에 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액”이라고 규정하고, 같은법시행령 제124조의 2 (특별부가세의 과세표준계산) 제1항은 “법인이 각사업년도에 2이상의 자산을 양도한 경우에 있어서 법 제59조의 2 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업년도에 양도한 자산별로 법 제59조의 2 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다.(이하 생략)”라고 규정하고 있으며, 제2항은 “법 제59조의 2 제3항에서 「취득가액」이라 함은 제48조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적지출액을 합계한 금액을 말한다”고 규정하고 있다. 2) 구 법인세법(80.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로 94.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조(결정과 경정) 제5항은 “법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 대통령령이 정하는 바에 의한다”고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제94조의 2 (소득처분) 제1항은 “법인세의 과세표준을 신고하거나 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 다음 각호의 규정에 의한다”고 규정하고, 제1호에서 “익금에 산입한 금액이 사외유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 한다고 규정하면서 그 단서에서 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다”라고 규정하고 있다. 한편, 헌법재판소법 제45조 (위헌결정)는 “헌법재판소는 제청된 법률 또는 법률조항의 위헌여부만을 결정한다”고 규정하면서 단서에서 법률조항의 위헌결정으로 인하여 당해 법률 전부를 시행할 수 없다고 인정될 때에는 그 전부에 대하여 위헌결정을 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은법 제47조 (위헌결정의 효력) 제1항은 “법률의 위헌결정은 법원 기타 국가기관 및 지방자치단체를 기속한다”고 규정하고 있으며, 제2항은 “위헌으로 결정된 법률 또는 법률의 조항은 그 결정이 있는 날로부터 효력을 상실한다”고 규정하면서 단서에서 형벌에 관한 법률 또는 법률조항은 소급하여 그 효력을 상실한다고 규정하고 있다. 다. 쟁점1)을 본다. 청구법인은 아파트 신축·분양을 위하여 쟁점토지를 매입하고자 하였으나 시공하청과 관련한 영업성과평가결과 결손이 예상되어 부득이하게 쟁점토지의 매수계약을 해약하였음에도 처분청이 미등기 전매로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 「매도인이 OOO주택건설(주)에서 받을 매매대금에서 청구법인이 매도인에게 지급한 금액을 직접 상환받는다」는 내용의 청구법인과 94.1.27자 청구외 OOO 및 94.2.1자 OOO와의 해약합의서와 해약반환금 지급내역서등을 제시하고 있다. 반면, 처분청은 청구법인이 쟁점토지의 매도자인 청구외 OOO 및 OOO와 체결한 당초의 매매계약이 해제되었다고 볼만한 증거가 없고, 청구법인이 쟁점토지를 OOO주택건설(주)에게 양도한 대금으로 쟁점토지의 잔금을 위 OOO 및 OOO에게 지급한 사실이 금융거래추적조사 등으로 확인되는 바, 미등기 전매에 해당된다고 판단하였다. 살피건대, 청구법인은 잔금을 지급하지 아니한 상태에서 청구외 OOO 및 OOO와 쟁점토지의 매매계약을 해제하였으므로 처분청이 청구법인이 쟁점토지를 미등기전매한 것으로 본 것은 부당하다고 주장하면서 처분청이 잔금청산으로 본 쟁점① 토지와 관련된 94.3.17 양도자 OOO에게 지급한 215,000,000원은 잔금이 아니라 OOO와 OOO주택건설(주)간 매매계약이 94.2.7 체결된 이후 위 OOO가 쟁점① 토지 대금수령전에 취득한 부동산 대금지급에 필요하다고 대여를 요청하여 청구법인이 대여한 것이며, 쟁점② 토지와 관련하여 OOO에게 지급한 94.7.2자 240,000,000원은 기지급한 중도금등과 관련된 청구법인과 OOO간 자금의 정산에 불과하다고 주장하고 있다. 그러나 ① 청구법인과 청구외 OOO 및 OOO간에 92.5월 체결된 쟁점토지 매매계약서에 의하면, 계약금으로 OOO에게 100,000,000원 OOO에게 300,000,000원을 지급하도록 되어 있는 반면 위 계약의 해제는 청구법인의 귀책사유에 기인한다 할 것이므로 위 계약금은 양도자인 청구외 OOO 및 OOO가 청구법인에게 반환하지 아니하여도 됨에도 위 OOO 및 OOO는 쟁점토지를 청구법인에게 당초 매도계약한 금액(OOO 1,080,000,000원, OOO 2,803,500,000원)보다 청구외 OOO주택건설(주)에 매도하였다는 금액(OOO 1,300,000,000원, OOO 2,900,000,000원)은 크나 실제수령액은 OOO는 1,095,000,000원으로 당초 매도금액과 유사하나 OOO는 2,790,000,000원으로 당초 매도계약금액보다 적음을 알 수 있다. 따라서 청구외 OOO 및 OOO가 상당한 이유없이 위 계약금을 포기한 것은 통상적인 거래관행으로 볼 때 설득력이 없으며 납득할 만한 증빙의 제시도 없다. ② 한편, 청구외 OOO 및 OOO가 청구법인과의 당초계약을 해제하고 청구외 OOO주택건설(주)에 쟁점토지를 양도하였다면, 청구외 OOO 및 OOO가 OOO주택건설(주)로부터 매도대금을 전액 수령하여 당초계약 해제로 인한 반환금상당액만을 청구법인에게 반환함이 정상적인 자금흐름임에도 청구외 OOO 및 OOO는 OOO주택건설(주)로부터 매매대금으로 받은 자금의 전액 또는 대부분을 청구법인에게 지급한 후 상호정산하였음이 금융조사결과 나타나는 바, 판단컨대 이는 청구법인이 청구외 OOO 및 OOO의 예금계좌를 이용한데 불과한 것으로 판단되고 사후정산형태를 취할 수밖에 없는 사유에 대하여 적절한 증빙의 제시가 없다. 따라서 처분청이 청구법인이 쟁점토지를 미등기전매한 것으로 보아 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 라. 쟁점2)를 본다. 청구법인은 처분청의 대표이사 OOO에 대한 상여처분은 구 법인세법(94.12.21 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조(결정과 경정) 제5항을 적용한 것으로 동 법률은 헌법재판소의 위헌판결(93헌바 32, 95.12.18)을 받았는 바, 처분청의 상여처분은 법률에 근거가 없으므로 부과처분도 취소되어야 한다고 주장하고 있으며, 처분청은 청구법인의 대표이사인 OOO에게 귀속된 양도차익은 구 소득세법 제21조 (근로소득) 제1항 제1호 (가)목에 규정된 근로소득에 해당하여 이를 근거로 과세한 것이지, 구 법인세법 제32조 제5항의 규정에 따라 과세한 것이 아니므로 정당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 헌법재판소는 95.11.30 위헌소원사건 (94헌바14 법인세법 제32조 제5항등 위헌소원)결정서에서 구법인세법 (1980.12.31 법률 제3270호로 개정된 것으로 1994.12.22 법률 제4804호로 개정되기 전의 것) 제32조 제5항은 수권사항의 주제(主題)에 관하여 그것이 익금에 산입한 금액의 처분이라는 점만을 제시하고 있을 뿐이고 그 위임에 의하여 대통령령의 제정자가 따라야 할 기준인 소득의 성격과 내용 및 그 귀속자에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 아니하며(중략), 익금에 산입한 금액이라는 것이 기업회계와 세무회계 차이로 인한 세무조정액을 의미하는 것으로 구체적으로는 여러가지 원인에 의하여 발생할 수 있는 금액일 뿐만 아니라 그 금액의 실제적 귀속자도 다양할 것인 점에 비추어 보면, 위 법인세법의 규정에 위와 같이 그 주제가 한정된 것만으로는 하위법규에 규정될 내용이 어떠한 것이 될 것인지를 예측하기는 곤란하다고 생각되므로 위 법인세법 규정은 국민의 납세의무의 성부 및 범위와 직접적인 관계를 가지고 있는 중요한 사항을 하위법규에 백지위임한 경우라고 보아야 할 것인 바, 그렇다면 이 사건 규정은 결국 국민의 권리의무에 관한 기본적 사항에 해당하는 소득처분에 관련된 과세요건을 정함에 있어서 아무런 기준을 제시함이 없이 하위법규인 대통령령에 전적으로 일임함으로써 포괄적으로 위임하였으므로, 조세법률주의와 위임입법의 한계에 관한 헌법규정을 위반하였다고 결정하였다. 한편, 헌법재판소법 제47조 (위헌결정의 효력) 제1항은 법률의 위헌결정은 법원·기타국가기관 및 지방자치단체를 기속한다고 규정하고 있고, 제2항은 위헌결정된 법률의 조항은 결정이 있는 날로부터 효력을 상실하는 것으로 규정하고 있으므로 위 법인세법 제32조 제5항은 헌법재판소가 위헌결정한 95.11.30부터 효력을 상실한다 할 것이고, 헌법재판소의 위헌결정의 효력은 위헌제청을 한 당해사건만 아니라 위헌결정이 있기전에 이와 동종의 위헌여부에 관하여 헌법재판소에 위헌여부 심판제청신청이 되어 있는 경우의 당해사건과 별도로 위헌제청신청등은 하지 아니하였으나 당해 법률 또는 법조항이 재판의 전제가 되어 법원에 계류된 모든 일반사건에까지 미친다 할 것이다. (대법원 91누1462, 92.2.24도 같은 뜻임) 따라서 처분청의 「법인세 과세표준금액 및 세액경정결의서」등을 보면 처분청은 청구법인이 쟁점토지를 미등기 전매한 것으로 보고, 이에 따른 양도 차익 630,898,740원을 대표이사인 OOO에게 상여처분하였으나, 이후 청구인의 심사청구시 「상여처분대상은 처분청이 본 양도차익 630,898,740원이 아니라 위 OOO의 통장에 입금된 1,270,000,000원으로 보는 것이 정당하나 위 OOO이 청구법인에게 가수금으로 반제한 700,000,000원을 차감한 570,000,000원을 OOO의 근로소득으로 보는 것이 정당하다」고 결정함에 따라 처분청은 570,000,000원을 위 OOO에게 상여처분하였음이 확인되고 있는 바, 위 처분금액은 통상의 근로대가로 볼 수 없으므로 구 소득세법 제21조 (근로소득) 제1항 제1호 (가)목의 근로소득이라기보다 (다)목의 「법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액」으로 보아야 할 것이며, 따라서 처분청이 위 570,000,000원을 사실상 전시한 구 법인세법 제32조 제5항의 규정을 근거로 하여 대표자에게 상여처분한 이 건 과세처분은 근거법률의 효력이 상실된 위법한 처분이므로 이는 취소되어야 할 것으로 판단된다.(국심 95서2730, 96.12.23 합동회의도 같은 뜻임) 마. 쟁점3)을 본다. 청구법인은 쟁점토지 취득계약시 중개인인 청구외 OOO에게 지급한 60,000,000원과 쟁점외 토지 및 쟁점토지를 청구외 OOO 및 OOO와 함께 청구외 OOO주택건설(주)에게 양도하면서 중개인인 청구외 OOO에게 지급한 150,000,000원은 중개수수료로서 손금에 산입되어야 한다고 주장하면서 청구법인 대표이사 OOO이 중개인 OOO에게 송금한 중개수수료 관련 93.12.28자 무통장입금표 및 OOO의 확인서와 중개인 OOO의 확인서등을 제시하고 있다. 그러나 청구법인이 위 OOO에게 92.10.7부터 95.3.11까지 6차례에 걸쳐 지급하였다는 중개수수료 46,800,000원은 청구인으로부터 이를 입증할 수 있는 자료의 제시가 없을 뿐 아니라 청구법인이 위 OOO에게 중개수수료 대신 그랜저 2.4차량(91년식으로 청구인은 8,000,000원 상당이라고 주장)을 양도하였다는 청구주장도 중개수수료 대가인지에 대한 증빙의 제시가 없으며, 93.12.28 청구법인 대표이사 OOO이 위 OOO의 저축예금계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에 150,000,000원을 자기앞수표로 송금한 것도 OOO주택건설(주)와의 쟁점 및 쟁점외 토지의 양도계약체결일(94.2.7)보다 한달이전에 이루어져 중개수수료로서 지급된 것인지 여부가 확인되지 아니하므로 청구주장은 신빙성이 없다. 바. 쟁점4)를 본다. 청구법인은 쟁점토지등 위에 아파트 신축·분양 사업추진시 93.8.25 매입한 경기도 지역공채 34,185,000원은 쟁점외 토지 양도시 청구외 OOO주택건설(주)에게 양도하였는 바, 동 금액은 비용으로 인정되어야 한다고 주장하면서 「청구법인이 매입한 지역개발공채 34,185,000원을 OOO주택건설(주)에서 회수하여 보관중이다」라는 내용의 96.3.27자 OOO주택건설(주) 대표이사 권영익의 확인서등을 제시하고 있다. 살피건대, 처분청이 청구법인의 쟁점외 토지 및 쟁점토지의 양도가액으로 본 5,940,898,740원에 대하여 자본적지출로 인정한 공과금등 532,287,394원(설계비 70,000,000원, 공과금 37,698,960원, 이행보증보험료 3,079,990원, 산림전용부담금 159,821,000원, 대체조림비 6,212,750원, 농지조성비등 45,173,220원, 도로공사비 210,301,474원)에는 경기도 지역개발공채 매입비 34,185,000원이 제외되어 있음이 확인되고 있고, 청구외 OOO주택건설(주)도 위 지역개발공채 34,185,000원을 위 토지의 매수대가에 포함하여 대금을 지급하고 이를 양수하였음을 확인하고 있는 바, 위 지역개발공채는 건축허가와 관련하여 매입한 것이어서 그 매입비를 쟁점토지 및 쟁점외 토지의 자본적지출로 인정하여야 한다는 청구주장은 이유없으나, 위 양도대금 5,940,898,740원중에는 위 지역개발공채가액 34,185,000원이 포함되어 있음이 확인되므로 처분청이 쟁점토지 및 쟁점외 토지의 양도가액으로 본 위 5,940,898,740원중에서 지역개발공채 매입비상당액 34,185,000원을 제외하여 쟁점 토지 및 쟁점외 토지의 양도가액을 결정함이 타당하다고 판단된다. 사. 그러므로 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.