이유
1. 원처분 개요 청구인은 인천직할시 북구 OO동 O OOOO 임야 2,810㎡, 같은곳 O OOOOO 임야 1,654㎡, 같은곳 O OOOOO 임야 7,375㎡, 같은곳 O OOOOO 임야 9,937㎡ 합계 21,776㎡의 100분의62(이하 “쟁점토지”라 한다)을 61.5.5 취득, 90.11.17 양도하고 90.12월에 기준시가에 의하여 자산양도차익 예정신고·납부한 사실이 있다. 청구인이 위 신고당시 적용한 쟁점토지의 기준시가인 90.8.30 고시한 90.1.1 기준 개별공시지가가 91.8.20 ㎡당 10,000원～69,000원에서 ㎡당 140,000원으로 상향조정되었으며, 처분청은 상향조정된 기준시가인 90.1.1 기준 개별공시지가를 적용하여 쟁점토지의 양도차익을 산정하고 93.9.16 청구인에게 90년 귀속 양도소득세 679,533,370원 및 동 방위세 132,848,110원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복, 93.11.6 심사청구를 거쳐 94.2.4 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구인은 90.11.17 쟁점토지를 양도하고 90.8.30 고시된 90.1.1 기준 개별공시지가를 적용하여 90.12.21 자산양도차익 예정신고·납부를 하였음에도 불구하고 91.8.20 재조정된 개별공시지가를 적용하여 이 건 과세한 처분은 개별공시지가를 소급적용한 것으로서 이는 경제행위의 예측가능성 및 법적 안정성을 침해하는 것이며 소급과세금지의 원칙에도 위배되므로 부당하다는 주장이다. 나. 국세청장은 쟁점토지의 과세표준확정신고기한인 91.5.31 이후에 공시지가 상승차액에 대하여는 국세기본법 제47조 제1항에 “정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에게 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과한다”고 규정하고 있어 공시지가 상승에 따른 신고납부 불성실가산세를 적용하여 양도소득세를 결정고지 하는것은 잘못이나 공시지가 상향조정된 차액에 대하여 양도소득세를 결정한 처분에는 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 이 사건의 다툼은 청구인이 쟁점토지의 양도에 대하여 자산양도차익 예정신고·납부를 한 후 처분청이 조정된 기준시가에 의하여 쟁점토지의 양도차익을 산정, 양도소득세를 확정결정한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 이 건 관련규정을 본다. (1) 소득세법 제60조 및 동법시행령 제115조 제1항 제1호 규정에 의하면 토지의 기준시가는 국세청장이 정하는 지역을 제외하고는 시장·구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 “개별공시지가”라 한다)로 하고 다만, 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 재무부령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다라고 규정하고 있다. (2) 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조 제1항에서 “국가·지방자치단체, 정부투자기관관리기본법에 의한 정부투자기관 기타 대통령령이 정하는 공공단체가 다음 각호의 목적을 위하여 토지의 가격을 결정하는 경우에는 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌다고 인정되는 하나 또는 둘 이상의 표준지의 공시지가를 기준으로 하여 당해 토지의 가격과 표준지의 공시지가가 균형을 유지하도록 하여야 한다. 다만, 필요하다고 인정하는 때에는 산정된 지가를 다음 각호의 목에 따라 가감조정하여 적용할 수 있다(각호 생략)”라고 규정하고 있으며 개별토지가격합동조사지침중 개정령(국무총리 훈령 제248호, 91.4.2) 제12조의3에서 “토지특성조사의 착오 기타 위산·오기등 지가산정에 명백한 잘못이 있을 경우에는 시장·군수 또는 구청장이 지방토지평가위원회의 심의를 거쳐 경정결정할 수 있다. 다만, 경미한 사항일 경우에는 지방토지평가위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다”라고 규정하고 있다. 다. 쟁점토지의 90.1.1 기준 개별공시지가가 91.8.20 재조정된 경위를 인천직할시 북구청 공문(북토관 58221-161, 93.3.12)에 의하여 살펴보면, 쟁점토지는 90.4.20～90.6.20 기간동안의 토지특성조사 및 지가산정에 대한 일제 조사당시 용도지역 및 표준지 적용착오로 조사된 것이 발견되어, 인천직할시 북구청장이 91.8.20 지방토지평가위원회를 개최, 개별토지가격 합동조사지침 제12조의3의 규정에 의거 ’90 개별토지가격 착오조사분에 대하여 자문평가사의 자문자격을 득한 후 동 위원회의 심의를 거쳐 쟁점토지의 지가를 경정결정하였음을 알 수 있고, 따라서 인천직할시 북구청장이 쟁점토지의 개별공시지가를 재조정한 것은 쟁점토지의 지가산정의 명백한 잘못에 대하여 쟁점토지의 지가와 표준지의 지가의 균형을 유지하도록 하기 위한 것으로써 그 근거 및 절차가 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조와 개별토지가격합동조사지침개정령 제12조의3의 규정에 비추어 적법한 것으로 보여진다. 라. 그러므로 처분청이 쟁점토지의 양도당시 시행되던 소득세법 제60조 및 동법시행령 제115조 제1항 제1호의 규정에 의하여 인천직할시 북구청장이 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률 제10조 및 개별토지가격합동조사지침 개정령 제12조의3의 규정에 의하여 91.8.20 재조정한 90.1.1 기준 개별공시지가를 쟁점토지의 기준시가로 결정한 당초처분은 정당하다. 마. 따라서 이 건 청구주장은 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.