이유
1. 원처분개요

청구법인은 청구외 OOO와 공동으로 취득한 경상북도 구미시 OO동 OOOOO 소재 대지 1,440.9㎡(청구법인의 지분 1,077.9㎡)위에 지상5층 2,932.17㎡, 및 지하 1,176.8㎡의 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하여 동 건물의 지상5층 건물은 청구법인이 분양하고, 지하 건물은 청구외 OOO가 취득하였으며 청구법인은 OOO로부터 지하건물의 건축비로 322,000,000원을 받았다.

처분청은 쟁점건물 중 청구외 OOO가 취득한 지하건물을 청구법인이 신축·분양한 것으로 보아 쟁점건물 전체의 양도차익에 대한 특별부가세 242,703,096원을 포함하여 93.12.24 청구법인에게 91.1.1～91.12.31 사업연도분 법인세 414,974,530원을 경정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.2.18 이의신청과 94.5.27 심사청구를 거쳐 94.9.26 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견

가. 청구법인 주장

청구법인과 청구외 OOO가 공유하는 대지에 청구법인과 청구외 OOO가 공동으로 건축허가를 받아 건설도급계약을 체결하고 쟁점건물을 준공후 각각 자기지분을 등기한 것이므로 청구외 OOO가 취득한 쟁점건물의 지하층은 청구법인이 분양한 것이 아니며, 쟁점건물을 청구외 OOO와 공동으로 신축한 사실은 토지의 취득시 부동산매매계약서, 등기부등본, 건축허가, 민간인건설공사 표준도급계약서, 준공검사서 등이 공동으로 된 것으로 보아도 입증되고, 청구외 OOO로부터 공사원가를 초과하여 공사대금을 받은 것은 당사자의 한쪽이 어떤 일을 완성할 것을 약속하고 상대방이 그 일의 결과에 대하여 보수를 지급할 것을 약정한 형태의 도급에 해당되는 데도 처분청은 쟁점건물의 지하층도 청구법인이 분양한 것으로 보아 이 건 특별부가세를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장의견

청구법인은 청구외 OO건설(주)와의 민간건설도급 계약시 도급인이 청구법인의 대표이사인 OOO외 1인으로 기재되고 있고, 청구외 OO건설(주)가 공사대금을 청구법인으로부터 영수한 사실 등을 처분청에서 확인하였고, 청구외 OOO와 청구법인이 사전약정한 약정서 내용에서도 쟁점건물의 지하분과 지상분의 공사비용을 건축면적에 비례하여 부담하기로 약정하고서도 별도 단서조항에서 평당 900,000원의 공사비를 지급하기로 약정한 사실과 청구법인이 지하층에 실질적으로 투입된 공사원가로 산정한 278,118,441원을 훨씬 초과하는 322,000,000원을 공사대금으로 수령한 사실등을 볼 때 청구법인의 주장대로 청구외 OOO가 토지매입에서부터 설계·시공시 실제로 참여 하였다 하더라도 이는 분양받을 사람을 미리 지정하여 분양받을 사람의 의사와 용도에 맞게 설계·시공하였다고 판단되므로 주문 및 예약판매 형식의 분양에 해당된다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인과 청구외 OOO가 공유하는 토지 위에 쟁점건물을 신축하여 그 지상건물(5층)은 청구법인이 분양하고 지하건물은 청구외 OOO가 취득하였는 바 그 지하건물을 청구법인이 분양한 것인지 또는 청구외 OOO가 청구법인과 공동으로 건축하여 취득한 것인지 여부와 쟁점건물의 양도에서 발생한 소득이 특별부가세 과세대상이 되는지 여부를 가리는데 있다.

나. 이 건 관련법령 및 사실관계를 본다.

법인세법 세59조의2 제1항에서 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물·부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지 등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.”고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제124조의3 제5항에서 주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 도시계획구역내의 토지는 5배, 도시계획외의 토지는 10배의 배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지는 특별부가세과세대상이 되는 토지등에서 제외한다고 규정하고, 제6항에서는 “제5항의 경우에 주택건물의 일부에 점포등 다른 목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른 목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 주택의 면적이 다른 목적의 건물의 면적과 같거나 그 보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 보고, 그보다 작은 경우에는 그 전체를 주택으로 보지 아니한다.”고 규정하고 있다.

(1) 청구법인은 청구외 OOO와 90.5.30(잔금약정일) 경상북도 구미시 OO동 OOOOO 소재 답 1,260㎡ 및 같은동 OOOOO 소재 답 1,881㎡ 합계 3,141㎡를 공동으로 취득하였고 이 토지 중 청구법인의 소유지분은 2,349.7㎡이며 청구외 OOO의 소유지분은 791.3㎡이었다.

위의 두필지의 토지는 토지구획정리로 지번이 OOOOO으로 변경되었고 그 면적은 1,440.9㎡(쟁점토지)가 되었으며 쟁점토지 중 청구법인의 소유지분은 1,077.9㎡이고 청구외 OOO의 소유지분은 363㎡이 되었다.

쟁점토지의 지상에 지상5층, 지하1층의 쟁점건물을 신축하여 쟁점건물 중 지상5층은 청구법인이 분양하고 지하1층은 청구외 OOO가 취득하였는 바 쟁점건물의 신축 및 분양과정을 보면

① 90.5.14 청구법인과 청구외 OOO는 공유하는 쟁점토지에 설계비·도급액·기타공동부대비용은 건축면적에 비례하여 부담하고 건물을 신축하되 건물이 준공될 경우 지상건물은 청구법인 소유로 하며 지하부분은 청구외 OOO가 소유하기로 약정하고 동 약정서의 단서에 지하층 공사비는 평당 900,000원으로 하기로 하였다.

② 청구법인과 청구외 OOO는 90.9.27 건축주를 청구법인과 청구외 OOO 명의로 쟁점건물의 건축허가를 받고, 90.9.29 청구외 OO건설(주)와 민간건설공사표준도급계약을 체결하였으며 동 계약서상 도급금액은 813,000,000원이고 도급인은 청구법인의「대표이사 OOO외 1인」으로 되어 있다

③ 91.9.19 건축주를 청구법인과 청구외 OOO 명의로 쟁점건물은 준공허가가 되었고, 쟁점건물의 지상1층에서 5층 2,932.17㎡는 청구법인 소유로 보존등기하고 지하1층 1,176.8㎡는 청구외 OOO의 소유로 보존등기하였다.

그리고 쟁점건물의 1층은 대중음식점 및 소매점 710.04㎡, 2층은 사무실 및 학원 742.5㎡, 3층에서 5층은 연립주택 1,479.63㎡이고 지하층은 볼링장 1,176.8㎡이다.

④ 청구법인은 청구외 OOO로부터 지하층 1,176.8㎡의 건축비로 322,000,000원을 받았으나 청구법인이 지하층 건축비로 배분한 금액은 278,118,441원이므로 43,882,559원의 이익이 발생하였다.

⑤ 청구외 OOO는 쟁점건물의 건축에 관한 모든 사항은 청구법인이 하였고 자기는 지하층의 건축비를 평당 905,000원 정도로 계산하여 322,000,000원을 지급하였다고 93.10.11 처분청의 세무공무원에게 확인한 바 있고

또한 청구외 OOO는 청구법인과 쟁점건물 신축에 대한 약정서를 작성하고 지하층 건축비를 평당 900,000원 정도로 계산하여 지급하면 된다고 생각하였을 뿐 총 설계비나 공사금액은 알지 못하며 쟁점건물의 분양에는 관여하지 않았고 분양이익을 분배받은 사실도 없다고 94.4.24 처분청의 세무공무원에게 진술하였다.

위와 같이 쟁점토지를 공유하는 청구법인과 청구외 OOO는 건축허가에서부터 준공과 소유권보존등기까지 모두 공동으로 한 것으로 보아 쟁점건물을 공동으로 신축한 것으로 보이고, 다만 쟁점건물의 신축을 주관한 청구법인이 지하층에 배분한 공사원가 278,118,441원을 초과하는 322,000,000원을 청구외 OOO로부터 받음으로써 43,882,559원의 차익이 발생하였으나 이는 쟁점건물을 공동으로 신축하면서 각자가 소유하게 될 층별 면적에 대해 공사비용을 정확히 안분계산하는 것이 어려우므로 청구법인은 건축공사를 주관하고 청구외 OOO는 지하층의 평당 예정공사원가만 부담한 것으로 볼 수 있으므로 청구법인이 쟁점건물의 건축공사를 주관함으로써 발생한 이익 43,882,559원에 대하여 법인세를 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 청구법인이 쟁점건물 전체를 신축하여 지하층 부분을 쟁점토지를 공유하고 있는 청구외 OOO에게 분양하였다고 보기는 어렵다고 판단된다.

(2) 청구법인과 청구외 OOO가 쟁점건물을 공동으로 신축하여 지상1층부터 5층을 청구법인이 소유하고 지하층은 청구외 OOO가 소유한 사실을 인정한 다음,

쟁점건물의 지상1층부터 5층의 면적 2,932.17㎡중 3층부터 5층의 연립주택 면적은 1,479.63㎡이고 1층과 2층의 상가면적은 1,452.54㎡로서 주택의 면적이 상가의 면적보다 크므로 청구법인의 주장과 같이

법인세법시행령 제124조의3

제6항의 규정에 의하여 그 전체를 주택으로 볼 수 있는지 여부를 보면

① 단순히 연립주택의 면적 1,479.63㎡와 상가의 면적 1,452.54㎡를 비교하면 연립주택의 면적이 27.09㎡만큼 약간 크다.

② 그러나 쟁점건물은 상가와 주택의 복합건물로서 상가부분이 경제적 효용가치가 월등히 높을 뿐만 아니라 그 구조나 기능면에서 상가가 연립주택에 부속되어 있다거나 연립주택이 상가에 부속되어 있는 건물로 보기는 어렵다.

즉

법인세법시행령 제124조의3

제6항에 규정하고 있는 “주택의 일부에 점포등 다른 목적의 건물(상가)이 설치되어 있는 경우”에 해당되지 않는다고 할 것이다. (같은취지 : 국심 91구16, 91.5.27 합동회의)

따라서 쟁점건물 중 상가 1,452.54㎡와 연립주택 1,479.63㎡는 각각 다른 용도와 기능을 가진 별개의 독립된 건물로 보아야 하고, 상가의 분양(양도)에서 발생한 소득에 대하여는 특별부가세가 과세되어야 할 것으로 판단된다.

다. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제61조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.