이유
1. 원처분 개요 청구법인은 서울특별시 OO구 OO동 OO OOOOOOOO, 토지 859.8㎡ 및 건물 2,346.16㎡를 90.3.30 OO상사(소재지: 서울특별시 중구 OO로 OO OOOOOOO)의 OOO에게 1,980백만원에 양도하고 부가가치세의 과세대상인 건물의 공급가액을 56백만원으로 하여 90.4.25 부가가치세 5,600,000원을 신고·납부하였다. 처분청은 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 단서규정에 의하여 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 토지가액과 건물가액을 안분계산하여 91.12.16, 90년도 제1기분 부가가치세 183,380,260원을 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 91.12.26 심사청구를 거쳐 92.3.11 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 청구법인은 이 건 부동산을 양도함에 있어 거래상대방인 OO상사의 OOO이 부동산가액 1,980백만원중 건물가액을 56백만원으로 요구하므로 그대로 합의하고 그에따라 세금계산서를 교부하여 적법하게 부가가치세를 신고 납부하였는데도 불구하고 처분청이 양도가액중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 과세한 처분은 부당하다는 주장이다. 국세청장은 청구법인이 제시한 합의서상 건물의 공급가액 56백만원은 청구법인의 장부가액 626,795,369원과 89.12.18일자 감정가액 476,076,500원과 비교하여 볼 때 현저히 낮은가액으로 그 신빙성이 없어서 실지거래가액으로 인정할 수 없으므로 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 단서규정에 의하여 토지와 건물의 가액을 안분계산하여 과세한 당초처분은 정당하다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 거래쌍방이 합의한 토지와 건물의 가액이 장부가액 및 감정가액에 대비하여 현저히 낮은가액인 경우 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 안분계산한 처분이 정당한지 여부에 다툼이 있다. 나. 부가가치세법시행령 제48조의2 (과세표준의 안분계산) 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있는 바, 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있으며, 구분표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 하는 데에는 하등의 문제가 없다고 할 것이나, 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액인지 여부가 불분명하고 구분표시된 토지의 가액과 건물의 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념등에 비추어 합당하지 않다고 인정되는 경우에 그 계약서상에 표시된 건물가액을 건물의 공급가액으로 할 수는 없다고 할 것이다(91서665, 91.6.11외 다수 같은 뜻임). 한편, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약서 체결전에 그 부동산을 담보로 금융기관에서 대출을 받기 위하여 공인감정기관의 감정을 받은 가액이 있거나 거래당사자중 일방 또는 쌍방이 국가, 지방자치단체 또는 법인으로서 거래당사자가 토지·건물가액을 관련 장부에 구분하여 기장하고 있고, 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액중에서 건물가액 상당을 그 실지거래가액으로 보는 것이 지방세법상 과세시가표준액으로 안분하여 계산한 가액을 공급가액으로 하는 것보다는 보다 더 합리적이라고 할 것이며, 90.12.31 신설된 부가가치세법 시행령 제48조의2 제4항에 의하면 부가가치세법 시행령 제48조의2 제3항 본문의 규정을 적용함에 있어 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 기타 구축물의 실지거래가액으로 보되 이 경우의 적용순서는 다음 각호의 순서에 의한다고 규정하면서 그 제1호에서 “주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획서상의 분양가액” 그 제2호에서 “토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액, 이 경우 장부가액이 없는 때에는 취득가액을 기준으로 한다” 그 제3호에서 “지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액”을 열거함으로써 위와같은 해석내용이 대부분 입법화 된 것으로도 뒷받침된다고 할 것이다(국심 91구2155, 92.1.18 외 다수 같은 뜻임) 다. 청구법인의 장부에 토지가액 52,020,000원 건물가액 626,795,369원으로 기장되어 있고, 청구법인이 이 건 부동산을 담보로 OOOO은행 OO지점으로부터 대출을 받을 때 위 은행이 한국감정원 동부지점에 의뢰하여 감정(동부 3512-89)한 내용에 의하면 89.12.18 현재 토지가액은 728,250,600원, 건물가액은 496,076,500원으로 평가되어 있다. 위의 사실을 종합하여 볼 때, 청구법인의 장부가액은 토지가액이 70.7.1 청구법인 설립시 취득하여 재평가를 하지 않아서 현실화되어 있지 않으므로 이 건 부동산의 매매가액에 대하여는 다툼이 없는 실지거래가액 1,980백만원을 기준으로 한국감정원의 토지·건물의 감정가액 비율인 60.47:39.53으로 안분한 가액 782,694,000원을 건물의 가액으로 하여 부가가치세를 과세함이 타당하다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.