이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2009.6.15. OOO으로부터 OOO 외 2필지 대지 2,427㎡ 및 위 지상건축물 9,976.61㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 OOO에 취득하고 2009.6.19. 쟁점부동산의 취득가액OOO을 과세표준으로 하여 등록세를 신고납부하고 청구법인 명의로 소유권이전등기를 경료한 후 2009.7.15. 취득세를 납부하였으나 처분청은 청구법인이 쟁점부동산에 대한 취득세 신고당시 장부에 계상된 국민주택채권 매각차손액 OOO, 법무사 수수료 OOO, 합계 OOO을 취득가액에서 누락신고한 사실을 확인하고, 그 누락금액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO을 2010.10.6. 청구법인에게 부과고지하였다. 나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 국민주택채권 매각차손액과 법무사 수수료는 쟁점부동산이 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 비용이고, 쟁점부동산 취득일(2009.6.15.) 이후인 2009.6.19. 소유권이전 등기일에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 비용이므로 취득세의 과세표준에 포함될 수 없으며, 또한 쟁점부동산에 대한 등록세 신고납부는 소유권이전등기보다 선행되어야 하므로 이 보다 후행하는 등기관련 비용으로서의 국민주택채권 매각차손액과 법무사 수수료는 취득세 및 등록세의 과세표준에서 모두 제외되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점부동산을 취득하면서 매입한 채권을 매각함에 따라 발생한 국민주택채권 매각차손액 OOO은 쟁점부동산의 취득과 관련하여 청구법인이 제3자에게 지급한 비용이므로 이를 취득가액에 포함시키는 것이 타당하고OOO, 등기관련 수수료인 법무사수수료는 OOO 해석변경일OOO 이후 취득하는 분부터 취득세 과세표준에 포함되어야 하는 바, 쟁점부동산은 2009.6.15. 취득하였으므로 동 비용은 취득가액에서 제외하는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 취득후 소유권이전등기를 하는 경우 국민주택채권 매각차손액 및 법무사 수수료가 취득세 및 등록세 과세표준에 포함되는지 여부 나. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 자료 및 청구법인의 항변자료에는 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 매도자인 OOO과 매수자인 청구법인(2010.3.26. OOO에서 OOO으로 법인명칭을 변경함, 이하 “을”이라 한다)간에 2008.12.24. 체결한 쟁점부동산의 매매계약서의 주요 내용은 다음과 같다. ① 쟁점부동산에 대한 매매대금은 OOO(토지가격 OOO, 건물가격 OOO, 부가가치세 별도)으로 하고, 본 계약상의 잔금지급과 동시에 청구법인은 OOO으로부터 임대인의 지위를 승계받으며, 청구법인은 계약금(예약보증금) 및 OOO이 청구법인에게 제공할 부동산 임대현황에 따른 임대보증금OOO을 차감한 잔금을 OOO에게 지급하기로 한다. ② 계약금은 OOO, 잔금은 OOO(잔금지급일 2009.6.15., 부가가치세 OOO, 별도), 합계 OOO(부가가치세 포함 OOO)으로 하고, 청구법인이 OOO에게 예약증거금으로 기지급한 OOO(2008.12.26. 지급)과 OOO(2009.1.12. 지급)은 계약체결일 기준으로 계약금으로 본다. (나) 청구법인은 쟁점부동산을 등기하기 위하여 2009.6.30.을 발행일자로 한 국민주택채권을 2009.6.19. 매입하여 그 즉시 매도하였으며, 청구법인이 지출한 국민주택채권 매각차손액은 OOO(채권매입금액 OOO-매도금액 OOO+매도수수료 OOO+법인세 OOO-선급이자 OOO)인 것으로 나타난다. (다) OOO 10층에 사업장을 둔 법무사 OOO는 쟁점부동산의 소유권이전 등기에 따른 법무사 수수료 명목으로 OOO(부가가치세 별도)을 수수하고 이에 대한 세금계산서를 2009.6.19. 발행한 사실이 나타난다. (라) 청구법인의 장부 중 토지계정(거래일 2009.6.19., 거래처 : OOO)의 차변에는 OOO(계약금액 OOO, 취득세 등 OOO, 채권할인금액 OOO, 법무사 수수료 OOO, 인지세 OOO)이 계상되어 있고, 건물계정(거래일 2009.6.19., 거래처 : OOO)의 차변에는 OOO(계약금액 OOO, 취득세 등 OOO, 채권할인금액 OOO, 법무사수수료 OOO, 인지세 OOO)이 계상되어 있으며, 합계(거래일 2009.6.19., 거래처 : OOO)란의 차변에는 OOO(계약금액 OOO, 취득세 등 OOO, 채권할인금액 OOO, 법무사 수수료 OOO, 인지세 OOO)이 각각 계상되어 있다. (2) 청구법인은 국민주택채권 매각차손액과 법무사 수수료는 쟁점부동산이 아닌 다른 물건이나 권리에 관한 비용으로 쟁점부동산 취득일 이후인 소유권이전 등기일에 그 지급원인이 발생 또는 확정된 비용이므로 취득세의 과세표준에서 제외하여야 하고, 쟁점부동산에 대한 등록세 신고납부후에 국민주택채권 매각차손액과 법무사 수수료를 지급하는 것이어서 등록세의 과세표준에서 제외되어야 한다고 주장하고 있다. (3) 먼저, 국민주택채권 매입비용 및 법무사 수수료가 취득세 과세표준에 포함되는지 여부에 대하여 본다. (가) 지방세법 제111조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제82조의2 제1항 제2호에서 법인장부에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 신고가격이 시가표준액에 미달하는 경우에도 법인장부상 입증되는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 적용하도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제82조의3에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상 물건의 취득시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래 상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용[소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접.간접비용(부가가치세 제외)을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다]을 말한다고 규정하고 있으며, 취득세 등의 과세표준이 되는 “취득가격”에는 과세대상물건의 취득시기 이전에 지급원인이 발생 또는 확정된 것으로서 당해 물건자체의 가격은 물론 그 이외에 실제로 당해 물건 자체의 가격으로 지급되었다고 볼 수 있거나 그에 준하는 취득절차비용도 간접비용으로서 포함OOO된다 하겠다. (나) 청구법인은 2009.6.15. 쟁점 부동산을 취득하여 2009.6.19. 소유권이전등기를 한 사실이 제출된 관련자료에서 입증되고 있어 쟁점부동산을 취득하기 이전에 소유권이전등기를 하거나 법무사에게 소유권이전등기를 위임하는 경우에는 국민주택채권을 매입하여야 하고 등기위임에 따른 법무사 수수료를 지급하여야 하지만, 쟁점부동산을 취득한 후에 등기를 하거나 등기를 법무사에게 위임하는 경우에는 취득일 당시에는 국민주택채권을 매입할 의무가 없고 등기위임에 따른 법무사 수수료도 지급할 필요가 없고 등기를 하기 위한 필요적 비용인 국민주택채권 매각차손액 및 법무사수수료 지급의무가 취득일 후에 비로소 발생된 것이어서 취득세 과세표준에서 제외되는 것이라 하겠다. (3) 다음으로, 국민주택채권 매입비용 및 법무사 수수료가 등록세 과세표준에 해당되는지에 대하여 본다. (가) 지방세법 제111조 제1항, 제2항 및 제5항에서 취득세의 과세표준은 취득자가 신고한 가액에 의하되 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 시가표준액에 의하지만 법인장부에서 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격이 시가표준액에 미달되는 경우에도 그 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하도록 규정하고 있고, 같은 법 제130조 제1항, 제2항 및 제3항에서 등록세의 과세표준은 등기 당시의 등기자의 신고한 가액에 의하되 신고가액이 없거나 신고가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액에 의하지만 같은 법 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 하고 등기 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 하도록 규정하고 있으며, 주택법 제68조 제1항 제2호에서 부동산에 대한 소유권이전등기를 하는 경우에 국민주택채권을 의무적으로 매입하도록 규정하고 있다. (나) 청구법인은 2009.6.15. 쟁점 부동산을 취득한 후 국민주택매각차손 및 법무사수수료를 지급하고 2009.6.19. 소유권이전등기를 한 사실이 제출된 관련자료에서 입증되고 있어 국민주택매각차손 및 법무사수수료는 등기를 하기 위한 필요적 비용에 해당된 다 하겠으나 지방세법 제111조 제5항 및 같은 법 제130조 제3항에서 법인장부에서 취득가격이 입증되는 취득의 경우 취득세 과세표준은 사실상의 취득가격을 적용하도록 규정하고 있고, 등록세의 과세표준은 원칙적으로 등기 당시의 신고한 가액에 의하고 신고가 없거나 신고한 가액이 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 적용하지만 법인장부에서 취득가격이 입증되는 취득의 경우에는 신고가액이나 시가표준액에 불구하고 법인장부상 사실상의 취득가격을 적용하도록 규정하면서 예외적으로 등기 당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에 한하여 변경된 가액을 적용하도록 규정하고 있고, OOO에서 취득후에 등기를 하는 경우 등록세 과세표준은 원칙적으로 취득세의 과세표준은 동일하게 적용될 수 있는 것이지만 취득 이후 상당기간이 도과되어 과세물건의 가액이 자산재평가나 감가상각 등의 사유로 변경되었을 경우에는 등기일 현재의 법인장부 및 결산서 등에 의해 입증되는 가액을 적용하여야 하므로 취득이 완료되고 단순히 등기를 이행하기 위해 매입하는 국민주택채권의 매각차손과 등기절차의 대행을 위해 지급하는 법무사 수수료는 취득세와 등록세의 과세표준에서 제외OOO되어야 한다고 유권해석하여 우리원에 통보한 점, 대법원에서 법인장부 등에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대한 등록세의 과세표준은 등기.등록당시의 장부상 가격이 아니라 취득 당시의 가격인 사실상의 취득가격에 의하는 것으로 판결OOO하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 국민주택매각차손 및 법무사지급 수수료는 등록세 과세표준에서 제외되는 것이 타당하다 하겠다. 따라서, 쟁점부동산을 취득한 후에 소유권이전등기를 하는 경우 국민주택채권 매각차손액과 법무사 수수료는 취득세 및 등록세 과세표준에서 모두 제외함이 타당함에도 처분청에서 취득세 및 등록세 과세표준에 포함시켜 부과고지한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 지방세기본법 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.