이유
1. 사 실

청구인이 서울특별시 서초구 OO동 OOO O 대지 425㎡ 지상에 5층건물(지층 근린생활시설 209.88㎡, 1층 근린생활시설 209.88㎡, 2-4층 사무실 629.64㎡, 5층 주택 167.34㎡, 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 89.12.29 준공한 후 쟁점건물 모두를 임대하고 임대수입금액에 대한 89년도 제2기분 부가가치세 신고시 매입세액(38,669,864원)을 환급받은 데 대하여, 처분청은 공부상 주택부분(167.34㎡)을 면세용역의 공급으로 보아 위 매입세액의 공제를 배제하고 91.3.16 이 건 89년도 제2기분 부가가치세 5,884,960원을 부과한 바,

청구인은 이에 불복하여 91.5.10 심사청구를 거쳐 91.8.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장

청구인은 쟁점건물의 5층은 공부상으로는 용도가 주택으로 되어 있지만 실질적으로는 주택이외의 용도로 사용하였고, 주택부분을 포함한 쟁점건물 전층을 임대하고 그 임대수입금액에 대해 부가가치세를 신고하였고, 앞으로도 주택부분에 거주할 의사가 없고 계속 사업용 건물로 임대할 계획이므로 주택부분에 대한 매입세액의 공제를 배제함은 부당하다는 주장이다.

3. 국세청장 의견

이 건 사실관계를 보면, 준공신고서 및 준공검사필증에서 쟁점건물은 지하1층, 지상5층 건물로서 지하1층과 지상1층은 근린생활시설(209.88㎡×2), 지상2층, 3층, 4층(209.88㎡×3)은 업무시설, 지상5층(167.34㎡)은 주택임을 알 수 있으며, 임대차계약서에서 청구인은 임차인인 생산기술연구원에 89.12.20부터 90.1.15까지 쟁점건물 전층을 임대하였고, 이어 임차인들인 주식회사 OO인터내셔날, 주식회사 OO, OO공사에 91.2.2부터 93.2.1까지 또한 전층을 임대계약하였음을 알 수 있고, 위 임차인들은 사실확인서에서 쟁점건물의 전층을 임차하여 사무실로 사용하고 있음을 확인하고 있으나 위 임차인들이 비록 쟁점건물의 전층을 사무실로 사용하고 있다고 확인하고 있지만 청구인이 계속하여 다음 임차인에게도 주택을 사무실로 임대할 것인지 여부를 알 수 없을뿐더러, 이 건의 경우 쟁점건물의 주택부분을 사무실로 용도변경하여 사용하고 있다는 증거 또한 없다.

따라서 처분청이 쟁점건물의 주택부분에 대하여

부가가치세법 제17조

제2항 제4호의 규정에 따라 주택부분에 대한 매입세액을 불공제한 결정에는 달리 잘못이 없다는 의견이다.

4. 쟁 점

이 건의 다툼은 주택으로 신축하여 임대한 건물을 임차자가 일시적으로 사무실로 사용한 경우, 그 주택의 신축에 따른 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

5. 심리 및 판단

처분청은 청구인이 89.12.29 신축공사한 쟁점건물 전층(지층 근린생활시설 209.88㎡, 1층 근린생활시설 209.88㎡, 2-4층 사무실 629.64㎡, 5층 주택 167.34㎡)을 사업용건물로 임대하고 그 임대수입금액에 대한 89년도 제2기 부가가치세 신고시 매입세액(38,669,864원)을 환급받았으나 위 공부상 주택부분(167.34㎡)은 면세용역의 공급으로 보아 해당 매입세액(5,349,972원)의 공제를 배제하고 이 건 과세한 데 대하여, 청구인은 공부상 주택부분을 포함한 쟁점건물 전층을 임대하고 그 임대수입금액에 대해 부가가치세를 신고하였고, 앞으로도 해당 주택부분에 거주할 의사가 없고 계속 사업용건물로 임대할 계획이므로 해당 주택부분에 대한 매입세액의 공제를 배제함은 부당하다고 주장하고 있어서

먼저, 관련법규정을 살펴본다.

부가가치세법 제12조

제1항에서 “다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다”고 하고 그 제11호에서 “주택과 이에 부수되는 토지의 임대용역으로서 대통령령이 정하는 것”이라고 규정되어 있고, 같은 법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”고 하고 그 제4호에서 12조의 규정에 의하여 “면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”이라고 규정되어 있으며, 같은 법 시행령 제34조 제1항에서 “법 제12조 제1항 제11호에 규정하는 주택과 이에 부수되는 토지의 임대는 상시주거용(사업을 위한 주거용의 경우를 제외한다)으로 사용하는 건물(이하 “주택”이라 한다)과 이에 부수되는 토지로서 그 면적이 건물이 정착된 면적의 5배(도시계획구역밖에 있는 토지의 경우에는 10배)를 초과하지 아니하는 것의 임대를 말하며, 이를 초과하는 부분은 토지의 임대로 본다”고 규정되어 있다.

한편, 89.5.22 서울특별시 서초구청장이 발행한 건축허가서를 보면, 쟁점건물의 5층은 용도가 “주택”으로 되어 있고, 건물의 부동산등기부등본에도 쟁점건물의 5층은 주택으로 등기되어 있어서 쟁점건물 5층은 주택으로 건축허가를 받아 주택으로 사용하도록 신축되어 있음을 알 수 있다.

따라서 청구인이 쟁점건물 5층은 주택을 임대한 것으로 보아야 할 것이다. 또한 임차자가 주택을 일시적으로 사무실로 사용하고 있다고 하더라도 주택으로서의 구조에는 변함이 없다 할 것이다.

그러하다면 주택으로 신축하여 준공검사를 받은 후 사무실로 개조하기 위하여 추가로 건축비가 소요된 경우 그 추가로 소요된 재화에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것은 별론으로 하더라도, 부가가치세가 수익·재산 등이 그 귀속하는 사람을 고려함이 없이 그 재화의 물적 측면에 주안점을 두어 과세하는 물세이고, 부가가치세법령에서 면세되는 재화가 과세되는 재화의 생산에 사용(예시: 수도물이 제조업에 사용된 경우)된다고 하여 면세되는 재화를 과세되는 재화로 보는 것(다만,

부가가치세법 제17조

제3항에서 면세되는 재화가 과세되는 재화의 생산에 사용되는 경우 의제매입세액을 공제하도록 규정하고 있으나 이는 법령에서 구체적으로 열거하고 있음)은 아니므로, 처분청이 앞에서 열거한 법령에 의하여 쟁점건물 5층의 주택부분에 대한 매입세액의 공제를 배제하고 이건 처분한 것은 정당하다고 판단되고 청구인의 주장은 이유없다고 판단된다.

6. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.